3N9R | Genus

Total Genus 109

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	109
sequence length	307
structure length	297
Chain Sequence	MLVKGNEILLKAHKEGYGVGAFNFVNFEMLNAIFEAGNEENSPLFIQASEGAIKYMGIDMAVGMVKIMCERYPHIPVALHLDHGTTFESCEKAVKAGFTSVMIDASHHAFEENLELTSKVVKMAHNAGVSVEAELGRLMGIAVLVNPKEAEQFVKESQVDYLAPAIGTSHGAFKFKGEPKLDFERLQEVKRLTNIPLVLHGASAIPDNVRKSYLDAGGDLKGSKGVPFEFLQESVKGGINKVNTDTDLRIAFIAEVRKVANEDKSQFDLRKFFSPAQLALKNVVKERMKLLGSANKI

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	Fructose-bisphosphate aldolase
publication title	Rational Design, Synthesis, and Evaluation of New Selective Inhibitors of Microbial Class II (Zinc Dependent) Fructose Bis-phosphate Aldolases. pubmed doi rcsb
source organism	Helicobacter pylori
total genus	109
structure length	297
sequence length	307
chains with identical sequence	B, K, P, U, Z, e, j
ec nomenclature	ec 4.1.2.13: Fructose-bisphosphate aldolase.
pdb deposition date	2010-05-31

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01116	F_bP_aldolase	Fructose-bisphosphate aldolase class-II

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3n9rA00

4O1DA 1F7BA 3I7RA 1EP2A 1K8YA 3NQAA 3PUEA 1K7FA 2E6AA 1GVRA 1XCFA 3HPXA 3N3MA 3L5MA 4Z1DA 1VH7A 4AVFA 2VFFA 3RLVA 4GUHA 5TQLA 3SI9A 3B4UA 4LVAA 4M19A 3HBLA 2YZRA 3LM7A 2VEPA 2EGZA 4I7VA 5HR6A 4IGHA 3BV4A 3FYOA 1G69A 3ABSA 1MEHA 1RZMA 4N02A 4HSNA 5I3FA 3NPUA 3WJZA 4WZHA 3W2MA 4Q4KA 1Z41A 3ZWSA 3O6YX 4XBKA 2W0UA 1BWLA 5G2WA 2G95A 3IVUA 4O54A 4JTTA 3SW6A 1SO6A 3M7WA 1HFBA 3STFA 4J9JA 5DY2A 3WK1A 1KFKA 1V5XA 3M5ZA 1LOQA 1VHCA 2V8ZA 3CB8A 4WX2A 2Y61A 4MY8A 1QDSA 4WOQA 3QRHA 1VZWA 4FEZA 1FQ0A 2QUVA 2GQ8A 1VPXA 3EX4A 3G3MA 1A5SA 5F2IA 2Y63A 2V2CA 2V2HA 2YXGA 1HTIA 1LROA 1LOSA 2IQTA 1TO3A 3MYOA 2J9ZA 4FNQA 2ZZ4A 4LS0A 3TH6A 1L2UA 3G1HA 2V5LA 1QPOA 1RD5A 5IBXA 1ZHAA 4GUGA 5EPDA 4IUOA 4CCCA 4IPJA 3L2IA 5IBXC 3CIXA 5G2HA 3LI0A 1LP6A 1QOPA 3CWOX 1JUEA 3DKJA 2PCQA 3NNTA 2H6RA 3MBDA 4Q33A 4UFMA 4BWLA 3PY2A 5CPOA 2CZ5A 3HPSA 3HG5A 3JS3A 4HPXA 4ZQMA 1QFEA 3QMSA 2YX0A 3W2KA 1W1ZA 1W31A 1OVDA 5KZMA 3PM6A 3W70A 3TSBA 3RNDA 1TB3A 1LZOA 4LWWA 4N9BA 1F05A 2DZWA 3U8GA 2ZZ1A 1ZY9A 3M5XA 4NNAA 2NV2A 5EL1A 3NM1A 1RQBA 5HWMA 3BO9A 4MJMA 1VCGA 3W1UA 1ZAIA 4K38A 4Z0JA 1H7RA 5CG7A 4FNSA 5GVJA 4UTWA 3W1AA 3VE9A 1XBYA 1K3UA 5CZTA 1ZAJA 4O15A 3W75A 4NZFA 3HGRA 4S2BA 1I2NA 3FFSA 3S0CA 3O6DA 5D38A 3F03K 5A8GA 3ZS4A 4E2DA 4XKYA 5LNSA 5D04C 3R13A 3FJLA 1KBIA 1LLZA 3S5ZA 4WUIA 3G1SA 5LNRA 4TO8A 5C5YA 1OFPA 3NL2A 1H1ZA 3DFNA 5H91A 4PTNA 5KINA 1D3GA 2C16A 1R46A 2ZA1A 3GVGA 3S5OA 2H8ZA 3W88A 4FX6M 1T0OA 2Y89A 3KOFA 4YCPA 1FUYA 4LV4A 3NO5A 2Z0IA 3WK2A 1TV5A 1OFRA 1WYIA 1ZFJA 2CW6A 3NL6A 1W0MA 3O63A 1C29A 4JY9A 3LBCA 3RLUA 7TIMA 5H2ZA 1EP3A 3PUDA 2Y7DA 3QSRA 3SY5A 5FEWA 5I3GA 2CU0A 1ADOA 2CFFA 1PL9A 1TCDA 2QCDB 3M5VA 6TIMA 3G1VA 5TBOA 3G0XA 5D02A 3GDRA 2QJIA 2E68A 2AGKA 3A21A 3KVMA 1R2SA 1XFBA 3E9AA 2FB3A 5K9DA 5C2XA 2B7PA 4JDYA 2YFOA 1QAPA 1GZGA 3HO8A 1ICSA 4NVTA 1KLZA 2J9YA 2X1UA 3W1MA 1W5NA 1RQEA 1N8FA 4WJEA 5DBUA 3LCWA 3TJXA 1O94A 1XBXA 4NT0A 3PG8A 3FIGA 3I7QA 1BWKA 4W9TA 3LTYA 4O1BA 4N9CA 4E2BA 4M7TA 3PBVA 1XL9A 2KZHA 4TIMA 2Q3RA 3TJLA 2GQAA 1VCVA 1TTJA 1OYAA 3QQ0A 3PSVA 2TRSA 1VYRA 4BF9A 1EPXA 1TMHA 4PL1A 4XTDA 1XI3A 2RHGA 4RZ5A 2VEIA 3LCHA 1GYLA 5AFDA 1JCMP 3IIXA 1GYNA 2CLFA 3M9YA 4Z0SA 2C15A 1JRBA 5DXYA 1KFCA 5D33A 1H1YA 4FNTA 4AXKA 1DJNA 5J5DA 2A1YA 2VFIA 3SFKA 3B8DA 3GDKA 5KZEA 2ZRYA 5J5RA 4KFPA 2WSYA 1DOSA 3FLUA 4MY9A 1DVJA 1LRNA 4ORMA 5K7JA 1JQVA 3EX3A 2WV8A 5CPMA 3C4UA 1QNVA 5D32A 1LORA 1T99A 2R94A 4LNYA 4MPQA 5DCBA 1FWSA 4N6EA 3C2EA 3O15A 5U7SA 3N19B 3S5YA 3I6RA 2XN2A 4OU1A 3EKLA 3QW4B 1Q3NA 1GVQA 5CSSA 2GOUA 1K7EA 4AF0A 1G6CA 2FIQA 5AHNA 4DO6A 5AHFA 1QPQA 5C55A 2CLOA 3K30A 4DXVA 2I9EA 1TPEA 3PBUA 4AWTA 3RK8A 3SSJA 4WY0F 2WNQA 2C0AA 3DHDA 1FCUA 2OT1A 1FWWA 2QR6A 3EXRA 3N9RA 1OF6A 3G0SA 4IX0A 3NQVA 5I3HA 2DJLA 1S3HA 2EPHA 1NEYA 4M6VA 1ME9A 3NPWA 2QCEA 1W3NA 1PCWA 3GX9A 3MP5A 3W6YA 2ISVA 3EXSA 3P8IA 2X30A 4HHPA 3HGJA 2CLMA 1KTCA 4RX0A 1GPWA 3QPYA 4AH7A 3U2OA 5BRBA 3PSWA 3O06A 5TIMA 3L0KA 5G1TA 4NXKA 3OVPA 3NQGA 1GT8A 3NQCA 3VKJA 4AEOA 4LS1A 2DZPA 3F4NA 1OX4B 3S42A 8TIMA 2E1DA 3CC1A 3G1XA 5DXXA 3PAJA 1Q45A 1WA3A 3PB2A 2O7QA 3EX6A 4M6PA 3M47A 1LYXA 2YGYA 3R2GA 3MO7A 1KTBA 3P80A 2A85A 3SGZA 3MHFA 4RV8A 3C3NA 4AWUA 1EP1A 2WPBA 4LUIA 3UWUA 3DBPA 3TROA 1W3TA 3EWWA 4OBTA 2AQWA 3NL3A 1TV8A 4X9SA 1MEWA 1AW2A 1I4NA 1GTEA 1IXOA 3L65A 1LCOA 2EAWA 4Y9AA 3UWQA 3T7VA 5KSWA 2QCGA 3HG2A 1M7OA 3V75A 5D03A 1G4PA 1KFJA 4CQ9A 4FIRA 3MI6A 3ATZA 5HR7A 5F2LA 1BKSA 4S2CA 1KM6A 2V0TA 3DFQA 4LY8A 4YMZA 4IMDA 1DQXA 5D09A 4O52A 3THAA 2A2IA 5AYXA 2YDAA 1A5CA 2E6YA 4PODA 5D2XA 3WJXA 1F73A 2WOQA 1H7WA 1FWNA 1FXQA 2DZSA 5HUPA 1XUUA 3TW7A 3DFOA 1L6WA 4XZ9A 1I45A 2G5WA 3P61A 4R7JA 1EIXA 4GWEA 5KMYA 1D3HA 1W37A 3STEA 4KWVA 1B9BA 3PG9A 5AHEA 1YTDA 1EB3A 3BPWA 1ICQA 3NZ1A 1K8XA 4UTKA 3W71A 3ABRA 4JX5A 2ZRUA 3MYPA 1W54A 2CLIA 3GIYA 1XDLA 3G3DA 3ABOA 4E0CA 3A5VA 2R14A 1EWDA 3OIXA 1X8FA 1K03A 3LHWA 3LHYA 4FF7A 2YYUA 3VFLA 2QJGA 4FB7A 5C6MA 4UIOA 3S6DA 2VXNA 3NR0A 4X22A 2A7NA 5FF7A 1ALDA 5A5WA 4ADSA 1TJRA 2CZEA 4ONVA 4XQ6A 2H3BA 1X7FA 1YDVA 5AOUA 2NX3A 5SWUA 2FTPA 2R8WA 3C2OA 1P4CA 1QOQA 4MVAA 3CEPA 1SU5A 4ML9A 4K39A 5CZJA 3TSDA 2XFWA 3W1RA 1L6SA 3HB9A 1LBFA 2C19A 2NUWA 3TV8A 2JK2A 4UFHA 4AMAA 1XM3A 4XTIA 1CW2A 1KTNA 1HUVA 5K9CA 2NZLA 4IXXA 1W8SA 1FBAA 2ZRZA 1OK6A 1TRDA 1LM1A 2ZRWA 3T4CA 4Y96A 1PHWA 4ORIA 5U4NA 1VYPX 3E0IA 3N2MA 2CZDA 5FF3A 3MW7A 2X1TA 4ZQPA 2G96A 5D37A 4K37A 2HTMA 4C1LA 1C8VA 4M7SA 3GXNA 3M1ZA 2XN0A 1JULA 2C1HA 2TPSA 1WDWA 1GVSA 1TPWA 2C14A 4QJ1A 3WJYA 3UWYA 3NPVA 3LLDA 4JY8A 3SR7A 4JYEA 2Q3OA 2QUTA 3W7HA 3HIJA 3ELFA 1LTDA 4JD4A 3PF3A 4CNNA 3GK0A 2X16A 4PFMA 3A5FA 1TJPA 4QSHA 4JTSA 3LB0A 3BW3A 1OFDA 3B06A 3N73A 2ZFAA 2TSYA 4UTJA 3NQFA 3W1LA 3A24A 1H62A 1SFLA 1EA0A 3I68A 4LU0A 3NA8A 1A5BA 3W3OA 2QDHA 4JTKA 2ATSA 3UWVA 3TU9A 3N14A 1TSIA 1XBVA 1K02A 3S1XA 3CU2A 3LV5A 2P1FA 3VE7A 4M6QA 1TPUA 4NJJA 4LW7A 3BW4A 2NLIA 3KRUA 2OX1A 4Z1AA 4AB4A 3TA6A 2F7FA 2QDGA 4DF0A 5FEXA 3QMRA 3ATYA 1KM1A 1BEUA 1NAL1 5DN1A 3W83A 3N2XA 4NJHA 4UTMA 1LOLA 2QCMA 4CCDA 5BMWA 3WJWA 4GNJA 2WJZA 2W6RA 1M5WA 4A22A 3IVTA 3S1VA 4Y90A 3G8EA 4NJKA 1WAUA 3EWYA 3UYCA 3LRLA 4DF2A 3LCGA 1AL7A 5FI8A 2GUUA 4EF8A 1J5TA 2NV1A 3H55A 4GUIA 3B03A 3IEBA 4RZ6A 3S9YA 1XKYA 4WQ6A 4O57A 3S1UA 2J24A 3BG9A 5C54A 5I3JA 2BTMA 1TTQA 3CEUA 1JVNA 1KW1A 2P0OA 4QNEA 4UFLA 3WJSA 3W86A 1O5KA 1SZFA 2Q8ZA 1SW0A 3LHTA 2GJNA 1IXNA 3AJXA 4JTLA 3MJYA 1HO1A 1MSSA 1TIMA 3H54A 3LRMA 4RCXA 2ZRVA 5CZSA 3CT7A 4XKYB 4D2JA 3MI3A 2FPYA 3TK7A 3LOTA 3GLCA 4N4QA 3T44A 4FXRA 4Y8FA 3PBWA 4JN6A 5F4WA 2RKXA 4CNPA 3IIPA 4IMEA 4JTJA 1OG0A 4R33A 1XBZA 5LGZA 1QR7A 3SZ8A 4IPIA 1N7KA 4GUJA 2NWRA 1M6JA 1THFD 3B05A 4Q32A 2E77A 3HGSA 5F4XA 2O7SA 3P62A 2Z6IA 4H3DA 4WXZA 1G7UA 1JCJA 2I14A 3TUUA 3STGA 1TPDA 2VFDA 2QCNA 4OWGA 3YPIA 3G24A 5HQEA 1B57A 4YWIA 1JCLA 2Y7FA 2FQIA 3PVFA 1J2WA 4BI5A 3NQ2A 5CKSA 3FOKA 3N34A 2D73A 3U6WA 1TTPA 1S5TA 3TKFA 2A4AA 4O10A 1YXYA 4JICA 4QQ3A 4UCGA 2HS6A 4XWUA 4I7UA 2ZCGA 1P0KA 5AC6A 3W1QA 2CLEA 4A29A 2Y7EA 1SZNA 3QC3A 1KM0A 4KKXA 3P60A 3TNOA 4IMGA 4JNMA 5FF4A 3W2NA 3LXCA 3LCXA 4GRSA 4LVGA 4FXSA 4E38A 1QCWA 1UUOA 3TXZA 2VC6A 4IQLA 3A22A 1Z42A 1OX5A 1TYGA 3IIVA 5AN7A 4MKNA 1KV5A 5HULA 2E6DA 3LBMA 1WQ5A 3M43A 1MXSA 4OT7A 1TPB1 5HWNA 1HG3A 3LERA 4JTEA 1H7XA 3W7LA 2VELA 1UJPA 2JKPA 2QCFA 2C3ZA 2QEZA 4LS2A 1IGSA 4AAJA 4DPPA 4YXGA 1F5ZA 1OYCA 2OT0A 3GNDA 4LTSA 4UFJA 1SR9A 3EX2A 2ABBA 1Q6LA 3FYPA 1AW1A 3OVRA 1X1ZA 5MHBA 4JX4A 2QAFA 4NZJA 4O13A 1RQHA 3TMQA 1YYAA 3TFCA 3ZR4A 3UPBA 5LKYA 3R89A 3HJZA 2QF7A 2Y62A 4JTUA 1W5PA 2QKFA 3GB6A 1TQXA 3BK0A 2PRHA 2QCDA 4Z1BA 1WXJA 1VQTA 1MO0A 3CM4A 4AF0B 4P61A 1T96A 1GOXA 1GJPA 3VNDA 1EEPA 4LOCA 4A2RA 4BI7A 2E5DA 3NPXA 4JTHA 2BXVA 3BG5A 3CIWA 2VOMA 1U83A 3W85A 3PUOA 3HG3A 2A0NA 5G1YA 3CQ0A 4GXMA 3LX9A 4RLIA 1RV8A 2YW3A 1VLIA 1W5QA 3FKKA 1UB3A 1XXXA 1IIGA 4LVFA 3W76A 2EHHA 5ABTA 3BGGA 3OBKA 3TC7A 4WY0B 4OV9A 3MHUA 4TMBA 2QCCA 4EF9A 5AHMA 3IV3A 4PEKA 4QISA 2DZUA 1O95A 3QW3A 4X2RA 4U4MA 3QF0A 3L5AA 3IIOA 5HJLA 4NX0A 3PWAA 1KM5A 4OHQA 1RVGA 1TV7A 4DF1A 1LDCA 1I2RA 3CPRA 5G2IA 5KZDA 1OJXA 2DZVA 1W56A 2JKAA 4WD0A 3LTSA 1G4EA 1JUKA 3NQ6A 5D2YA 3OHIA 3CWNA 2Y7GA 3GDTA 4MZ1A 4CQAA 4UMBA 3NQ7A 3G22A 3B04A 2B7OA 4JYFA 4DBEA 4GJ1A 4U28A 1KBJA 1YDNA 1ME8A 3Q94A 4HNVA 3W7PA 1BTMA 1P1XA 3IRDA 2Z2UA 5DELA 3OVQA 2G97A 4PL2A 2JBMA 3P74A 3O8AA 2WNZA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3N9RA

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