3NYDA

Crystal structure of kemp eliminase hg-2 complexed with transition state analog 5-nitro benzotriazole
Total Genus 121
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
121
sequence length
303
structure length
303
Chain Sequence
AAQSVDQLIKARGKVYFGVATDQNRLTTGKNAAIIQADFGMVWPENSMKWDATEPSQGNFNFAGADYLVNWAQQNGKLIGGGMLVWHSQLPSWVSSITDKNTLTNVMKNHITTLMTRYKGKIRAWDVVGEAFNEDGSLRQTVFLNVIGEDYIPIAFQTARAADPNAKLYIMDYNLDSASYPKTQAIVNRVKQWRAAGVPIDGIGSQTHLSAGQGAGVLQALPLLASAGTPEVSILMLDVAGASPTDYVNVVNACLNVQSCVGISVFGVADPDSWRASTTPLLFDGNFNPKPAYNAIVQDLQQG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Iterative approach to computational enzyme design.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Thermoascus aurantiacus
molecule keywords Endo-1,4-beta-xylanase
total genus 121
structure length 303
sequence length 303
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2010-07-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3nydA00
2E40A 3ECQA 5IFPA 2ZUSA 1OT2A 1G0CA 2C7FA 3U7BA 2BY0A 5A2BA 2EPOA 5JIWA 1XYZA 2JF6A 1NWRA 3FY1A 3WSUA 3L4WA 3UERA 1FHDA 1CGTA 1PZ2A 3L4YA 5E6ZA 4M81A 2WSPA 1VEPA 1R87A 5A6AA 1OSEA 1PIFA 4Y7EA 1K9EA 3ZSSA 3WEMA 2W62A 4JHZA 5FL0A 4CU8A 1OINA 3ZJKA 1V6VA 3WF2A 1VEOA 2V3EA 3WH9A 5ABHA 3CUJA 1GVYA 2ZX8A 3IAQA 2E4TA 3AIQA 3CTTA 1JYVA 4B16A 1J10A 2BHYA 6CGTA 3CBWA 3J7HA 5I78A 3PBGA 1WZAA 3E1F1 2YL5A 1WPCA 1J9YA 2YBUA 1QOXA 4EANA 2XFYA 4DUXA 1UD6A 2WZHA 5HDRA 5A6MA 3QR3A 1E6QM 2XUCA 3PZTA 1PZ3A 4JL2A 2J74A 4C7GA 1KXHA 4FLRA 4MB5A 4D1JA 2VUYA 4UQ9A 1Q6CA 2WLYA 3PZOA 3EDJA 3SCVA 1B2YA 7TAAA 1KCLA 1UWQA 2QMJA 1V3MA 2ZXQA 3FHQA 1JDCA 2GDUA 3WBAA 4F66A 3AS2A 2VL4A 3GZAA 2DSZA 4NI3A 1PX3A 2ZE0A 4U3CA 3UETA 3LPGA 3UG3A 4AMCA 2ZUVA 2WNWA 3OGSA 2BNJA 3SIMA 1M04A 2ZICA 1H5VA 2WVTA 1QI4A 3PZVA 4NSBA 3W81A 5DFAA 2WMIA 1UWIA 3SCSA 3IJ7A 3CZEA 4PUDA 3WD4A 4IUGA 2PWHA 1BF2A 1X6NA 2ZOXA 2DEPA 3EDKA 2DDXA 3QHOA 3SUVA 2AAAA 4CU6A 1GQJA 3TTOA 4CCDA 3VNYA 4UQBA 3ZJ8A 3QGVA 2GVYA 3L2LA 3WQ4A 1V6XA 3KE0A 3VOCA 2UY5A 1CXLA 4JL1A 3RILA 1XH1A 2YKKA 4W7WA 4GO8A 3ZT7A 3SEPA 2WW5A 2BY2A 3JUGA 2F2HA 4J28A 2YL9A 1JF5A 1W3KA 1L0PA 3OLIA 4WKHA 5A3HA 4AZ7A 4CN6A 1QI2A 3QHNA 1HT6A 1W3JA 2AOSA 1OM0A 1GOQA 3EDFA 4CUCA 4ACZA 2VQUA 4UCFA 2VZSA 3W4RA 2DH3A 4W88A 1HKJA 1UWRA 5CJ5A 4PSPA 1LJYA 3POCA 3MUZ1 3K8MA 3CZJA 4DUWA 1OD8A 1CENA 4JFWA 3AIWA 1E1FA 4PUEA 1JYWA 3VMPA 2EPMX 3N15A 1U33A 3FAXA 2G41A 2J75A 1V02A 3AOFA 1BQCA 4EE9A 1UD5A 3PN8A 5CLWA 2W91A 3ZM8A 4WSKA 2F61A 4QDMA 4GI6A 4PMDA 5CGMA 4P8UA 2VR5A 2EJ1A 1J0YA 4TX6A 1WO2A 3W28A 1MW0A 1CLVA 4A4AA 4TTGA 3T2PA 4P7LA 4JFUA 4MB3A 3WDQA 1O6IA 2GJXA 1JZ8A 4IPLA 2PWGA 5CG0A 4AD2A 1BG9A 1CGYA 1W9DM 1XC6A 3ALGA 1GQLA 2VCBA 3NJ3A 4HOXA 1E73M 2WWDA 3AIEA 4TVUA 3VDAA 3GNOA 2ZXBA 4B9YA 1E4NA 2CXGA 4GZJA 3A47A 1TA3A 4AIEA 2G8ZA 2WKGA 1ECEA 3VKKA 1VB9A 2Q8XA 2XVLA 4M82A 1OGBA 3ZO9A 2PB1A 3F4VA 1AQHA 1C8YA 3DYPA 5CXPA 4ZENA 1QBAA 1W91A 2VVSA 4HPHA 1E0VA 4PBGA 5I2UA 3VD7A 3VD3A 4W8BA 1QI3A 1ZBWA 2W63A 1TVNA 3AFBA 2YOCA 2G3JA 2WSKA 4PSRA 3APGA 4JCMA 4MB4A 1HXJA 1HVQA 1BPLB 3EDDA 3CGTA 3PHAA 3DC0A 3W26A 1NP2A 3WF4A 3K1DA 1H3GA 1JZ7A 3W6LA 1RD6A 3TTSA 2WKLA 1FH7A 3RJXA 2J78A 4UFMA 3VMOA 3ZMRA 1FFQA 2V5DA 2WCGA 1E4MM 2XWDA 3MUY1 3N11A 4UR9A 3AXIA 2JFEX 2QPSA 2WMGA 2PWDA 5CSUA 5A69A 3IK2A 1HNYA 2Y5EA 3VDCA 4D6EA 2EPNA 2WMIB 4UOZA 4OOUA 2J7DA 3DYMA 4MB1A 4UZSA 3VIKA 5JBFA 2RGLA 2DIEA 3SUWA 1CZ1A 1JAKA 2XSAA 4DWSD 2OWWA 5CPQA 1UHVA 1CGWA 2X2YA 4CGTA 3AHTA 4LYQA 1XV8A 4MNLA 1XGZA 3WH8A 2YBTA 3WFZA 4UNIA 1QNPA 2D3NA 4LYRA 2DT1A 3W53A 1GZJA 1QW8A 1AQ0A 2E0PA 5BRQA 3AI0A 3WF3A 4TVDA 3S2CA 2GK1A 4HMEA 2D0HA 1E40A 3GXIA 1WZKA 3T2QA 3KEHA 3PTMA 1E6XM 3T09A 4P7RA 3SCQA 4F79A 3VU2A 1JIBA 3M6DA 1H1NA 3CZKA 4W87A 1TFVA 3WDHA 5BXPA 1JD7A 3WUFA 4Q7NA 2O9PA 4ACZB 3ZIZA 2CBIA 3T08A 1UR0A 4XZWA 4UFJA 4CD8A 4W8LA 3CUIA 4PTWA 3O9NA 4H8HA 4JKMA 3UG4A 4ACYA 4RE4A 1B30A 1E6RA 1KXQA 3THCA 2UY3A 3AS0A 4QFUA 3NSNA 4B9ZA 1OGSA 1R86A 3WL0A 4NF7A 4F8XA 5AC5A 3GNRA 1HJVA 1KWKA 2XG9A 4PTMA 4HU8A 4ML4A 1VFOA 3MMDA 2OYLA 3IAPA 1R8LA 5IHSA 1C93A 4LQ1A 4UZUA 3AIRA 1I75A 4MNMA 4RL3A 2V3FA 4MAZA 3K4DA 1UR4A 4EKJA 2JEQA 1NOFA 3LPOA 1E6NA 1JI1A 1J0IA 1CPUA 3MV11 4EAMA 4D1IA 4KRUA 4P8WA 5BYWA 1SMDA 1GNXA 2A3AA 4L4OA 4AC1X 2GJXB 4OOZA 1Q4NX 3WKZA 3BSGA 2AMGA 4PMQA 1EQCA 4JKKA 2BVDA 3GXFA 5HPOA 4QCEA 5A6JA 3AYRA 5AC4A 1UR8A 1IZKA 3VIJA 3MS8A 4GIAA 4BCEA 4X0VA 3NDYA 1TA3B 1CBGA 3L4VA 4JKLA 5EB8A 1J18A 1EO5A 3WD1A 3WNLA 3CUHA 1KQZA 2YA2A 2VTFA 4URIA 2ZX5A 2YDQA 2VRQA 3AROA 1JL8A 3VIHA 2XFFA 1B90A 1B31A 3VMNA 1NQ6A 2WC3A 5HBFA 3TTYA 1JDAA 1G94A 3M7SA 1ISWA 2DH2A 3SCWA 4AZIA 4CD5A 2VNCA 1SYTA 1GCYA 1UR1A 5A6BA 5DF0A 3TOPA 3OA5A 1HN1A 4K68A 4M80A 2WXDM 2D20A 1QHOA 1V02E 2D0GA 1UKOA 3WNKA 2DPEA 1ZBKA 2A3CA 1QNRA 4GZIA 3W27A 3FW6A 3EYPA 1HVXA 1M03A 1C7TA 5I79A 1C90A 2VVNA 1LF1A 5EMYA 2EO7A 3DHUA 4RE3A 2BXYA 3WQ8A 3CZ8A 3I3EA 3GNPA 3TONA 4JCLA 2QHAA 1I1XA 5F7UA 4D6FA 5D8ZA 4AY1A 1GHSA 4Z2HA 3N18A 4QCFA 1D3CA 2WMFA 2X09A 4DWSC 1XSJA 1XH0A 3VO0A 5CPSA 1KCKA 3AICA 4MTVA 3U5YA 2ZWZA 3AMCA 1JZ3A 3RDKA 2YL8A 1QNOA 1JYNA 1EQPA 1GONA 5M17A 1CGVA 2BV9A 3WH6A 4AZCA 1FA2A 3VM5A 3K4AA 4KH2A 2HISA 3AZSA 2DSVA 1S46A 1ZS2A 1Q6GA 4RE2A 5JBDA 2GK1B 1ESWA 1UG6A 4JAWA 1W9PA 5I6SA 4GKLA 1QPKA 3VIOA 1E5NA 3VIPA 3L4XA 5CQ1A 6A3HA 5JIPA 4UOQA 2YJQA 3BH4A 2J79A 2WVSA 3EMQA 3CIVA 1C91A 1W3LA 5FCZA 5DEZA 1UD4A 4R27A 4BQ5A 2WBKA 3NYDA 2A3HA 1EGZA 3FN9A 3VGHA 1SFSA 4PN2A 4B3LA 2VX4A 3AJ7A 1FP8A 3II1A 2QLYA 4PYSA 1JZ5A 1X1NA 2Y4SA 1E6ZA 2DSWA 3WH7A 4Z2KA 4WKFA 2E3ZA 3AIBA 1V6UA 1J12A 3MMWA 3WF1A 1OBAA 3NIYA 5ABFA 3VVGA 3WQVA 1UOKA 1X6LA 4TX8A 4X0NA 3W24A 1JZ6A 4ZXLA 5C71A 1BGGA 2IXUA 2JIEA 1UKTA 2CEQA 2D23A 3ZJ6A 3THDA 1UA7A 4CD7A 3FHAA 1JYXA 1PX8A 3VM7A 1UKQA 2A3BA 2GJRA 5GNXA 1HL9A 3WUBA 1VBUA 3NDZA 3L4UA 3LPFA 2WZEA 2BY3A 1UWSA 1E55A 1B3ZA 1B3WA 1JD9A 2VC9A 1BYBA 4J3TA 5FIPA 1QI0A 1W9XA 4U5KA 3U5UA 1ODUA 3PZMA 4Z2JA 3W25A 2UY4A 4AYSA 4CVUA 2WLZA 1VJSA 1V3HA 1XHGA 1OCQA 2BVYA 1DWAM 1W9UA 4HMCA 1UH2A 2YL6A 3O2LA 4YHEA 4H41A 1FH8A 2XGBA 4P7QA 2OYMA 5AY7A 2VR4A 4KGLA 2WM0A 2J8FA 4AIOA 2VO5A 4D6DA 2VZUA 1BGAA 2X1IA 1DWFM 4P7NA 1OT1A 3QOMA 2WHKA 4PMUA 5A2CA 6TAAA 4IM4A 3PZUA 1D2KA 2XM1A 2A3EA 2FHBA 2WC7A 1CLXA 3ARTA 1UD3A 1EDTA 1MWOA 3AHXA 1UD2A 3BCDA 1PAMA 1TCMA 4WLCA 5DO8A 3RJYA 1H0IA 4HOZA 2WBGA 3CPUA 4QLJA 1B3XA 1HJQA 1WDRA 1IZJA 5IDIA 2VRJA 4HZ7A 3MUIA 1UUQA 4U3AA 4FF5A 1CYGA 1UYQA 4OBRA 1NWTA 5CSYA 1CTNA 3WNPA 2JALA 2PWFA 2V5CA 1PX4A 1RP8A 1GOKA 3DYOA 2WMHA 4CCEA 4UTFA 1EOMA 2O9RA 2PF0A 1V0MA 1QBBA 3AISA 1TVPA 2J25A 3RCNA 4GZEA 4P8VA 1HL8A 3VILA 4C7FA 2ZUMA 4E2OA 2Z1KA 4P7OA 3WH5A 5E6YA 4AZCB 3VGDA 1UZ4A 1HX0A 2BXZA 1W1YA 1M7XA 4W8AA 5E70A 1EDQA 1LQ0A 4HTYA 2WC4A 2X0HA 5DT5A 4PMRA 3MUAA 3GDBA 3BCFA 3ZSTA 1E70M 3WY1A 4D6JA 7A3HA 3BAYA 1KGUA 2J7EA 4W86A 3K8LA 3WQ5A 4E8DA 4TUFA 2EPLX 2E9MA 1BFNA 1G9HA 1QHPA 1GOWA 4S3KA 4AZHA 4GQQA 4CU7A 4GI9A 1PEZA 1HJSA 1RH9A 1XD1A 1JGIA 3BXWA 1J0KA 4A3YA 2W61A 1V0NA 1UKSA 1C8QA 2PWEA 2WMJA 4UQEA 4H7VA 3L4TA 3AIVA 4JFSA 1KQYA 5ABFB 5BCAA 1DWJM 1ITCA 2ZWYA 1J01A 4AZGA 2BHUA 1LWJA 3GM8A 3CMGA 4WSJA 4XB3A 4E4PA 3HMCA 3KZSA 4BS0A 2WHJA 2XVKA 1W1PA 3TTQA 4AEEA 3B9AA 3AYSA 1B0IA 3OZOA 4V27A 3T2OA 5DMYA 3ARZA 4HMDA 2X05A 2ZUWA 3AMKA 4N42A 1NOUA 4WF7A 4EK7A 5KZ6A 4GINA 3BLPX 1ZBVA 3SUTA 1H11A 3A4XA 2CESA 1DP0A 4PMZA 2ZXAA 1UR2A 1U2YA 2NSXA 4D6GA 3CMJA 3M46A 2FH6A 5GNZA 3VD5A 2V3GA 1BVZA 3KL5A 1GQIA 3BSHA 1G01A 1CECA 2J7HA 2WAGA 2Y8KA 4FLSA 5IFTA 1EOKA 2EPKX 1XCWA 4IISA 5AYIA 4X9YA 3WMSA 3MKKA 5D9NA 3ZT5A 4DM1A 1VFMA 4DUVA 1MW1A 1E5JA 2CKRA 5A2AA 4HOWA 1R7OA 1ISXA 4PMNA 5FOOA 2WYSA 1EA9C 1UZ1A 1JFXA 1H4PA 1GW1A 3CH9A 5BXTA 4HA1A 4XZBA 3L4ZA 5A8PA 4M1RA 4BA0A 1US2A 1C3FA 4BQ4A 3QHMA 1JF6A 2DSKA 2DQXA 4H04A 2DT0A 4B3KA 3LMYA 1EDGA 2W4XA 1IT0A 1ZU8A 2Y2WA 1HJXA 1ODZA 5LYRA 2E9LA 4WK9A 4FMVA 4DWSA 1BAGA 3WD0A 1MW2A 2WB5A 2YLAA 1A47A 2X8RA 2J47A 2XGIA 1GOIA 5DT7A 3AZTA 1H09A 2BVTA 3EBVA 1OIMA 4AD3A 4AXNA 2VMFA 1KR0A 2GJPA 2DGAA 4FK9A 1W9VA 3W6MA 3ARYA 1R85A 1UQZA 3WQWA 2V3DA 2XWEA 1GORA 3WIJA 1E3XA 3EMZA 1CEOA 1H41A 2IUZA 3NSXA 3WDRA 1ZJBA 2J4GA 1PBGA 4TOQA 1M01A 3VPLA 5A1AA 4BZYA 1CNVA 1XRVA 1Q6DA 5M3WA 3IJ9A 2VOTA 3VGEA 1TE1A 8CGTA 1N82A 1J0ZA 3N12A 3ZJ7A 4ATLA 3I3BA 1GHRA 2YLLA 4CCCA 4UFKA 1DWHM 1WCGA 3CUGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2E40 A;  3ECQ A;  5IFP A;  2ZUS A;  1OT2 A;  1G0C A;  2C7F A;  3U7B A;  2BY0 A;  5A2B A;  2EPO A;  5JIW A;  1XYZ A;  2JF6 A;  1NWR A;  3FY1 A;  3WSU A;  3L4W A;  3UER A;  1FHD A;  1CGT A;  1PZ2 A;  3L4Y A;  5E6Z A;  4M81 A;  2WSP A;  1VEP A;  1R87 A;  5A6A A;  1OSE A;  1PIF A;  4Y7E A;  1K9E A;  3ZSS A;  3WEM A;  2W62 A;  4JHZ A;  5FL0 A;  4CU8 A;  1OIN A;  3ZJK A;  1V6V A;  3WF2 A;  1VEO A;  2V3E A;  3WH9 A;  5ABH A;  3CUJ A;  1GVY A;  2ZX8 A;  3IAQ A;  2E4T A;  3AIQ A;  3CTT A;  1JYV A;  4B16 A;  1J10 A;  2BHY A;  6CGT A;  3CBW A;  3J7H A;  5I78 A;  3PBG A;  1WZA A;  3E1F 1;  2YL5 A;  1WPC A;  1J9Y A;  2YBU A;  1QOX A;  4EAN A;  2XFY A;  4DUX A;  1UD6 A;  2WZH A;  5HDR A;  5A6M A;  3QR3 A;  1E6Q M;  2XUC A;  3PZT A;  1PZ3 A;  4JL2 A;  2J74 A;  4C7G A;  1KXH A;  4FLR A;  4MB5 A;  4D1J A;  2VUY A;  4UQ9 A;  1Q6C A;  2WLY A;  3PZO A;  3EDJ A;  3SCV A;  1B2Y A;  7TAA A;  1KCL A;  1UWQ A;  2QMJ A;  1V3M A;  2ZXQ A;  3FHQ A;  1JDC A;  2GDU A;  3WBA A;  4F66 A;  3AS2 A;  2VL4 A;  3GZA A;  2DSZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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