3TFC | Genus

Total Genus 121

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	121
sequence length	348
structure length	343
Chain Sequence	LRTQVDQLNIDLLELISKRANLVQEIGKIKLRFDPLREREMLNTILAANEGPFEDSTVQKLFKEIFKAGLELQEEDHSKALLVSRKNKKEDTIVTVKGLPIGNGEPVFVFGPCSVESYEQVAAVAESIKAKGLKLIRGGAFKPRTSPYDFQGLGLEGLKILKRVSDEYGLGVISEIVTPADIEVALDYVDVIQIGARNMQNFELLKAAGRVDKPILLKRGLSATIEEFIGAAEYIMSQGNGKIILCERGIRTYEKATRNTLDISAVPILKKETHLPVMVDVTHSTGRKDLLLPCAKAALAIEADGVMAEVHPDPAVALSDSAQQMDIPEFEEFWNAILASNLV

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__9313418304656444__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__9313418304656444__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3TFC/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__9313418304656444__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"9313418304656444","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3TFC/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__9313418304656444__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase/isomerase
source organism	Listeria monocytogenes
publication title	Structural analysis of a 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase with an N-terminal chorismate mutase-like regulatory domain. pubmed doi rcsb
molecule keywords	3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase
total genus	121
structure length	343
sequence length	348
chains with identical sequence	B
ec nomenclature
pdb deposition date	2011-08-15

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00793	DAHP_synth_1	DAHP synthetase I family
A	PF01817	CM_2	Chorismate mutase type II

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.59.10	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Chorismate Mutase Domain, subunit A	Chorismate mutase	3tfcA01
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3tfcA02

3QEZA 4MVAA 4BWLC 4NNAA 3IGUA 3W07A 3CTLA 1QOQA 5MHBA 1OYAA 3ABSA 3SY5A 2VENA 4GC4A 3NXFA 1D3GA 3P67A 3EKZA 4HT3A 4EIVA 1RQEA 1H7NA 2PCQA 1TPFA 3CC1A 1LRNA 4JS3A 1K7EA 4LVAA 4RXFA 1SSDA 3TIMA 2BSLA 4M6QA 3E0IA 4GJ1A 4MIMA 1DJNA 4DBEA 1B57A 2FDSA 3W2KA 3NQVA 5EL1A 3G0SA 4UTHA 2UV8G 1KLYA 3W7JA 1SW0A 3SI9A 1IIGA 3QMSA 4H3DA 5CG7A 5H91A 3O1NA 4FIRA 5LHFA 2H90A 4ZZ9A 3CT7A 3GKFA 3REMA 4XKYA 3C2RA 5L9FA 1U83A 1MEWA 4NU7A 1YPFA 3HGXA 3BW2A 5D2WA 4IMGA 1L2UA 3P82A 3QW4B 4ZVJA 4B5NA 3HOJA 2OT0A 4DXVA 4LVFA 3N9SA 1QNVA 4GUFA 2QCDB 2QDHA 4UFKA 1VYPX 3BARA 4JY9A 1VCFA 2CLIA 4DEFA 2X2GA 4ZMGA 3W2NA 3GKAA 3DZ1A 3PY2A 1LP6A 5AYYA 3A24A 3SIZA 2IQTA 3M44A 3W2JA 2W19C 3NVTA 1GVQA 1FDYA 3JS3A 1K8YA 4FX6M 4CQ9A 2DORA 4CCCA 4IXXA 3TXVA 4FO4A 2G97A 2Z6JA 3TQ0A 4UXDA 3WJWA 2WO5A 3W22A 2PRMA 1S3HA 2ZRUA 1WAUA 3DFSA 3BW3A 3GK0A 3NQ7A 1K8ZA 3QFEA 1H7RA 3Q94A 3L5MA 1W37A 2NUXA 4AF0B 2NV1A 3O6DA 3L66A 4AVFA 4UIOA 1KLZA 4Y9AA 4N9BA 3HJZA 3S5ZA 4TX9A 3TMLA 3G8RA 2QJHA 4ZQCA 3QJAA 2H8XA 3G1HA 5HWJA 2CLOA 4PFMA 1HUVA 2E5BA 4LNYA 1FDZA 5EA9A 3PSVA 2VKLA 1EEPA 2RDWA 2H6RA 1OFAA 1YXYA 6ALDA 3IV3A 1QO2A 1G7VA 3L0KA 2WSYA 5CKSA 5EMUA 1W8SA 2VKZG 2Y7EA 5AC6A 5FESA 3W7IA 4OQVA 5FI8A 2VEIA 4UMBA 2WSQA 3I65A 3G22A 2QCGA 3INPA 3TX9A 2PURA 4JTEA 1MEIA 1KM5A 1K3UA 2NUWA 4ALDA 5F2GA 1AW2A 5K3VA 4MYXA 2J9ZA 2VFEA 4DBDA 4GFSA 4L4LA 5AYZA 3EWYA 4LS0A 5J5RA 1ADOA 1ZAHA 3EX1A 2W79A 1XDLA 4PCFA 4IMCA 2CZDA 3W1MA 2VOMA 1IF2A 1K7FA 4NNBA 5AHNA 2FB3A 3MI6A 2JKPA 2Y63A 3TFXA 3PAJA 1DHPA 2ZZ1A 3BGJA 3RK8A 3LB0A 3LHVA 2CW6A 2ISSA 3EX4A 3GZ3A 2C19A 3K30A 4NJJA 1W5OA 2W0UA 1WOBA 3A5FA 1O5XA 5C2XA 1QAPA 4NJHA 4JTJA 4M6PA 4O10A 4KFOA 3PBYA 3N2XA 5F4XA 3R2GA 3E12A 4H4IA 1TB3A 3G0UA 5KITA 3FYPA 2A6LA 4GRSA 1YTKA 1OX4A 3EXRA 1GZGA 1WA3A 5I3KA 3MYOA 5DY3A 3W7KA 1KFKA 3CPRA 4E38A 1FY6A 1LM1A 2E5CA 3WFAA 4IXHA 5CGQA 3UWWA 1YTDA 1NF7A 1NSJA 1W5QA 4M19A 5AHFA 3QSTA 2TMDA 3IGSA 4J9JA 3MO7A 2YW3A 3TU9A 1TMHA 3STFA 5HR7A 3NL2A 1W54A 3GDTA 3L67A 1ECMA 3TW7A 5G4WA 3GVGA 2HMCA 1JR1A 4O16A 3W7EA 2Y7DA 5F1VA 4XBSA 4EF9A 4OBTA 2E6DA 1NAL1 3PF3A 4O50A 3EKLA 3P62A 1OFEA 2XN2A 4QITA 3TJXA 4O1BA 1A5SA 2TYSA 3M5ZA 5G1TA 2G5WA 2ZQ0A 3NQGA 3M5YA 4IX2A 2WSRA 4UUIA 2RDUA 2DZXA 1SR9A 3UPWA 3S1XA 4JTGA 4AEOA 3LGEA 1UB3A 1VCGA 3GDRA 1DBTA 3IVSA 3DHFA 4PA8A 2P0OA 3N73A 1VYRA 4N2YA 3QPYA 5LHEA 4LT9A 1W5NA 3AJXA 1UUOA 1B4EA 4UNKA 1M7OA 5U4NA 2I14A 5G2IA 3UPBA 1Y0EA 4OGZA 1O4UA 1FWSA 4KWVA 1G4EA 1SZGA 4RLIA 2NWRA 4AHPA 1HO1A 2E5DA 3VKJA 3LHWA 3F4WA 4NJGA 5IBXA 3HB9A 2ZA1A 3EWUA 3OIXA 1B9BA 3DBPA 2C18A 5D2TA 1SO4A 1F05A 3LDVA 3ZR4A 2J88A 2E68A 4AF0A 1RV8A 3BW4A 1LOQA 4N4PA 1G4SA 2Y61A 3G1VA 3SZ8A 1OHLA 2I1OA 1LBFA 2OMAA 4A22A 2QR6A 3N34A 3B03A 1G6CA 3HG4A 3W1AA 1GG0A 2QJIA 2QAPA 4IGHA 4O17A 4XTDA 2EHHA 2W1AC 4N9CA 2RH9A 3TCEA 4JICA 3C3NA 3G0XA 2Q8ZA 2A0NA 2EAWA 3C8FA 2CLMA 3C0JA 3W75A 2YFNA 2R14A 1LDCA 2ZZ3A 3HMJG 4WY0A 4UTUA 1PE1A 4NX0A 5DELA 3TR2A 4CLMA 3C2EA 3TMQA 2PE4A 5CZSA 1G7UA 2C14A 3M5XA 2Y7FA 3GYEA 3W7QA 4DO4A 3UWYA 2DZSA 4O1AA 3CEPA 1GVSA 3EX3A 3M9YA 5F2MA 4HNTA 4CNOA 5I3GA 2V5BA 1PHQA 3QC3A 4OE7A 5DY2A 2JGQA 4GNJA 1VJIA 2ZTJA 4HSOA 4RR4A 3W2UA 1GTHA 1UCWA 5IBXC 2CLFA 3GNNA 4JEQA 1LBMA 1OFDA 1ZCOA 2XFWA 4LRSA 4CCDA 2V2DA 3Q2DA 3WK3A 4O12A 2X1SA 2Z6IA 4MY9A 5F4SA 5KZEA 4TIMA 1JCJA 1I4NA 2ZRWA 3E02A 1A53A 2DJLA 5EBUA 1TPVA 1J5TA 5TIMA 5C55A 3R13A 4GUGA 2R91A 4PL1A 4CQ8A 4L4MA 5AHMA 1JUBA 2ATMA 1HL2A 1TV8A 3PWAA 4ZL1A 4O15A 3RFAA 3MBFA 3G18A 5K4XA 1GT8A 1QCWA 3DGRA 4FNSA 4JIQA 2QCCA 3S1WA 4GWEA 4K6AA 1YDOA 3A22A 1Q6QA 2WNNA 3EWZA 4QSHA 5D02A 3FFSA 4RXGA 3TV8A 2QUVA 1KA9F 3NL5A 1R30A 1VS1A 2H9DA 3LXAA 4JGDA 1THFD 3G24A 4TU1A 4JD4A 5KSWA 4LUJA 4FNRA 3PUEA 3PSWA 4UMCA 3RU6A 3QZEA 1FX6A 3UWVA 2J6XA 4POCA 3G1DA 2C1HA 3DENA 3BG5A 4O19A 3O07A 1O60A 3TSBA 3NQ6A 3ZFHA 2BX7A 3VE9A 3EX6A 3TUUA 1P1XA 1OABA 1RR2A 1Z48A 3ABOA 1KM2A 4HN4A 5EY5A 3NOEA 3M43A 3MHUA 2FPVA 4M7TA 1JCYA 1RQBA 3T78A 1FXPA 5FEPA 4YWIA 3PR2A 1M5WA 3ATYA 3B8DA 3BO9A 4X22A 1KFLA 3LCIA 1N8FA 1WV2A 2LLEA 1MEHA 3A5VA 4JTUA 3UZJA 5C6MA 4DPPA 4O8RA 3I6RA 4XTIA 3CEUA 3NO5A 3NGJA 3W7HA 4FB7A 3OG3A 4PH6A 3N3MA 2NUYA 3LXBA 1TJPA 5D2XA 1QPQA 4IPIA 1H50A 2XN0A 4LC6A 1OG0A 1ZENA 4IUOA 1ZFJA 3V75A 2DZUA 2V0TA 3OA3A 5FF7A 5AHIA 1PL9A 4O54A 3EXTA 4W9TA 3TSDA 4DELA 3D0CA 4DF0A 4AB4A 1TJRA 1X8FA 1EWDA 4Z1AA 3N2MA 3UQNA 1BWKA 5HJLA 4QM1A 3HG5A 2B7OA 3W1XA 3WJSA 3ABQA 1W3TA 4JTSA 3LERA 4RJEA 5CZJA 3VFLA 3L0GA 4EVZA 3FJLA 1JCNA 3W74A 1LRQA 1SO6A 1VZWA 1Q6LA 3W1TA 1UBSA 3W88A 3C56A 1PVNA 3FOKA 3KX6A 1F6KA 3C2FA 1DVJA 1F6PA 2QAFA 4CCEA 3CIWA 1FBAA 2A85A 1H1ZA 1TPC1 2VEPA 3LV5A 2Z0IA 2DZWA 3NQEA 4Y6GA 4NT0A 1SO3A 3S1VA 1G4PA 1OYBA 4U28A 3O06A 4UTKA 4UTIA 1R2TA 3W73A 3LCGA 4PODA 1JQVA 1Z44A 3M16A 3C4UA 1F5ZA 5E0KA 2GQ9A 5LNWA 1K7XA 1I2QA 1OFPA 3NZRA 4N9EA 3P84A 3OVQA 1XI3A 2HSAA 3L2IA 1H7WA 4JN6A 4MZ1A 5D05A 3UXDA 2Q3OA 1XBXA 3G1AA 4LWWA 2E6FA 3DFPA 5J5DA 3KVMA 2ZZ7A 1TV5A 1RQHA 2X1RA 2CU0A 5D09A 4UFJA 2FQIA 4R53A 1R2SA 1ICPA 4UTTA 2FJKA 2NWSA 4O53A 5CPNA 2WQPA 1L6SA 3DKLA 4ORMA 4UTLA 4NJKA 4UR8A 1OYCA 4P61A 3GIYA 2C15A 1KM6A 3T4CA 3LLDA 5E1QA 3ELFA 1JCXA 3ABRA 3FYOA 2VELA 3W76A 4D2JA 3P8JA 2Q3RA 1FDJA 4FF7A 4QAIA 5D2VA 3TC6A 1KBIA 2VFIA 3HGJA 4GUIA 4FNTA 4GUJA 2NX3A 3OVRA 2JGYA 2ZRVA 1ONRA 4NX5A 1L6YA 3O6YX 5LSMA 2FB2A 3DI0A 4LV4A 4HNVA 3N19B 1K8XA 3I68A 2Y88A 3SSJA 1HFBA 3LV6A 3MI2A 2WV8A 3PB2A 4NXKA 3DFTA 3HBLA 3SFKA 2G96A 4MY1A 2E6AA 3PULA 2R94A 1X1ZA 4Q33A 3W23A 1BTMA 1TPB1 4BK9A 3KAOA 1DORA 4R33A 1TCDA 2YW4A 2QBVA 5BRBA 1ICSA 2GVJA 1GWJA 3LI0A 3IIPA 2Z2UA 1VPXA 2Y85A 2YDAA 2RHGA 2QCNA 3IIZA 1A5CA 2H9CA 3L0NA 4WXZA 3NPUA 3P60A 1L9WA 2YCEA 1OK6A 3HF3A 3PBWA 5L6UA 3NPWA 4IOTA 1H61A 3JR2A 3OEXA 3HGSA 4PTNA 2Y62A 3R89A 4O4VA 1PIIA 1H7PA 1YXDA 4UTTC 4CNPA 1FWWA 2RDTA 3IIOA 1XKYA 2X30A 2E1DA 4UC5A 4PL2A 2CZ5A 3HG3A 1GPWA 3W1UA 4LV9A 5I3HA 5D32A 1ZJIA 5CSRA 2A7RA 4O57A 4O14A 1TO3A 1R46A 2Z1BA 1H7OA 3RLUA 2NZLA 3QH2A 5DCEA 1L6WA 4AHQA 5BNKA 3HQ1A 1BKSA 3FIGA 3QPZA 3S5YA 4NQ1A 3O15A 2BZNA 3IIVA 3WK0A 4ZQMA 5KTLA 3L9CA 2WNQA 1SU5A 1TTJA 4JTTA 4UFMA 3TQVA 2QJGA 4WXYA 4S1FA 3T55A 2QEZA 3DKJA 3QM3A 1S5VA 5FF2A 1TV7A 3C2OA 2JKAA 1YBZA 4JTLA 2DU2A 4N02A 2RKXA 3P8IA 4Y96A 3NQCA 2OZ0A 4HKPA 2PC4A 1OFQA 3STGA 1FCBA 4IMDA 1XBYA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2VEG A;  3QTP A;  1H11 A;  1KRM A;  3ID7 A;  3STC A;  2A3B A;  3WNO A;  2BY2 A;  4TX8 A;  3SCS A;  4NZ1 A;  3LTY A;  3ZVH B;  1EX1 A;  2C1I A;  2RAG A;  4EPB C;  3IJ6 A;  1KRA C;  2E40 A;  3UW6 A;  1YAD A;  5BZA A;  3HIJ A;  3WJZ A;  2WCG A;  1AFS A;  1W3K A;  2GVG A;  1M9H A;  3DFN A;  4XZB A;  2DZB A;  3PZM A;  4QLJ A;  4EAM A;  2HVN A;  1F74 A;  4ZO6 A;  4S3B A;  2I17 A;  1W3N A;  5JQ9 A;  1P0K A;  1JPK A;  1SW7 A;  4L5Z A;  3SEC A;  5DAN A;  4GUH A;  3VE7 A;  3OZP A;  4MB5 A;  1EXP A;  3P93 A;  1MQR A;  3QR3 A;  3WL1 A;  2DIE A;  3GIP A;  4CN1 A;  3RG6 A;  2IXV A;  5CKX C;  1TJ0 A;  1D3C A;  1H7X A;  5EBA A;  2UY5 A;  4YHG A;  1LLW A;  1VPQ A;  3LRL A;  1R2R A;  3LMZ A;  2PTX A;  1EFZ A;  4RNF A;  3AI0 A;  2VC6 A;  3AIE A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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3TFCA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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