3TFC | Genus

Total Genus 121

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	121
sequence length	348
structure length	343
Chain Sequence	LRTQVDQLNIDLLELISKRANLVQEIGKIKLRFDPLREREMLNTILAANEGPFEDSTVQKLFKEIFKAGLELQEEDHSKALLVSRKNKKEDTIVTVKGLPIGNGEPVFVFGPCSVESYEQVAAVAESIKAKGLKLIRGGAFKPRTSPYDFQGLGLEGLKILKRVSDEYGLGVISEIVTPADIEVALDYVDVIQIGARNMQNFELLKAAGRVDKPILLKRGLSATIEEFIGAAEYIMSQGNGKIILCERGIRTYEKATRNTLDISAVPILKKETHLPVMVDVTHSTGRKDLLLPCAKAALAIEADGVMAEVHPDPAVALSDSAQQMDIPEFEEFWNAILASNLV

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__9030862337483216__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__9030862337483216__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3TFC/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__9030862337483216__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"9030862337483216","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3TFC/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__9030862337483216__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase/isomerase
source organism	Listeria monocytogenes
publication title	Structural analysis of a 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase with an N-terminal chorismate mutase-like regulatory domain. pubmed doi rcsb
molecule keywords	3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase
total genus	121
structure length	343
sequence length	348
chains with identical sequence	B
ec nomenclature
pdb deposition date	2011-08-15

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00793	DAHP_synth_1	DAHP synthetase I family
A	PF01817	CM_2	Chorismate mutase type II

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.59.10	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Chorismate Mutase Domain, subunit A	Chorismate mutase	3tfcA01
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3tfcA02

2QCHA 3B03A 5D2YA 3W7HA 2ZYFA 2FQIA 1HL2A 2WPBA 3B04A 3NL2A 1DHPA 5EMUA 3MWAA 4PODA 3IGSA 3NQGA 4NJGA 5CKXC 3MO7A 4QAIA 1HTIA 4B5NA 2C1HA 1HG3A 4JX5A 2VOMA 2WSQA 2DJXA 4RX0A 5I3HA 1OJXA 4JTJA 3P62A 3K30A 2NUWA 2QEZA 4I7VA 3BVJA 5ABTA 4O1BA 4JX6A 1M6JA 2VENA 3R13A 5F4SA 3CIXA 5FEXA 4K7VA 1OFDA 4XWUA 2C0AA 5DY3A 3G8RA 3MHUA 3KVMA 3W2MA 2OT0A 3WK2A 4LVAA 4UTJA 1XXXA 1OX4B 4MKNA 4U28A 5D30A 1IXNA 5HWMA 1G4PA 3ZR4A 4FEZA 3KAOA 4LS0A 4O4WA 1TTIA 3W3OA 4MJZA 3RMJA 2B7NA 1TPFA 3LRLA 1MEHA 3UNDA 4O0KA 5K3VA 4O50A 1KW1A 4ML9A 2D73A 2QJGA 1WBJA 5D04C 3G0UA 3P5ZA 4RXFA 2QCNA 1EP2A 2VEIA 5LNRA 1KM6A 4MOZA 4NU7A 5AHNA 5AYZA 3RK8A 3TXZA 4O1DA 3NYZA 1OFBA 3PWAA 1RVGA 3P8JA 5G4WA 3WFAA 3EXRA 2YW3A 4FIRA 1P5BA 2EGZA 5AN7A 4Z1BA 1L9WA 1IIGA 3KHJA 3DFTA 1FWRA 3IVTA 3KVLA 3LLDA 1LCOA 3W85A 1KFJA 2O7SA 2QAPA 3F1QA 3RU6A 5L9FA 1JCMP 3W7PA 1ME9A 2R91A 3NL5A 3D0CA 2GVLA 2G95A 1QFEA 3NGJA 1FBAA 3C0JA 3UYCA 1H7PA 1RQBA 1YYAA 3DH7A 1SW7A 4IXHA 4UTWA 2FPYA 3NQAA 3QPYA 4AEOA 2NWSA 1GTEA 4YMZA 3LXCA 2D8DA 2QDHA 4N02A 1O4UA 1XDLA 2PRMA 2FB3A 4O28A 1VYSX 3MP3A 4M6PA 4G1KA 2A0NA 3LHZA 1A5BA 1JCNA 1DQWA 2O7QA 2PURA 4UXDA 3H55A 1OYBA 3FIGA 3W86A 2TMDA 1OFQA 2A21A 4FHAA 3O06A 2ISWA 4JX4A 5TIMA 1S5WA 5HR7A 3O07A 5LKYA 5DCDA 1NVMA 1K7XA 1YADA 3QMRA 4UTKA 3B4UA 1P0KA 2YXGA 1P4CA 2OZ0A 5F1VA 3UPWA 2QCGA 1EWDA 3S5ZA 3KVJA 3QSRA 2EPHA 4NJJA 1W5QA 1SZEA 3FA5A 3S1VA 3U8GA 4ZQOA 2V2CA 4Q4KA 8TIMA 2DZXA 3W7KA 2Z6IA 1XBYA 3N3MA 3MYPA 3BV4A 3QM3A 5SWUA 1TMHA 1HO4A 2QCFA 1H7XA 3P67A 5KZEA 1LBMA 2FPTA 3E96A 3MI2A 1B4EA 1VHCA 4O4VA 5LSMA 1FWNA 1V7YA 2GVGA 4U4MA 4JTUA 3T55A 1C8VA 3TC6A 4NNBA 1KTBA 1GPWA 1U5JA 1XCFA 4MY9A 2VFIA 1L6SA 4Y9AA 3H54A 3FLUA 2XN0A 3REMA 1QPOA 3TW7A 4QJ1A 4BFAA 3W1XA 2QUUA 2A7NA 2BZNA 2OX1A 1VYRA 4PFMA 5LGXA 2A2IA 4UFMA 1PCWA 1LOSA 2WOQA 1Z48A 1MEWA 1QPQA 3LCXA 5TQLA 2NLIA 4ORMA 4LS1A 1OX4A 2QJIA 1DQXA 1H7OA 4WQ6A 4E2BA 3L66A 3HJZA 3W70A 2P0OA 3P5YA 2JKEA 3CQ0A 4FIQA 4IUOA 1B9BA 3E02A 1Q45A 2FPVA 4K8HA 3C3NA 5LGZA 4FXRA 1YDOA 1YLVA 3FEMA 2ZA2A 3NNTA 4M7SA 1JUKA 3GKFA 5AOUA 3F03K 1K3UA 2ZZ4A 3EX3A 3AJXA 4L4MA 4OQVA 4RR4A 3SGUA 3MBDA 2WNZA 1XUZA 5I3JA 3PVFA 4NXSA 2ZQ0A 3PBWA 1ZENA 3QMTA 2D8EA 2NX9A 1LTDA 3NQVA 3MP4A 4M6VA 3TFCA 1W0MA 3PB0A 3TV8A 4A29A 4POCA 4WY0B 5EL1A 3NQ6A 1VR6A 1OG0A 1SFLA 3W7EA 3KRUA 2H9CA 2QCDB 4XKYB 2Y7FA 2AAMA 2E09A 5AC6A 3TAKA 3PY2A 2V5BA 1LZOA 3G1VA 2DZVA 4UTUA 2B7QA 4RJEA 2ZZ1A 2E68A 3BG9A 5LNVA 2FDSA 3RFAA 3DFPA 5LZLA 1OFAA 4O57A 3PUOA 3DFOA 1OK6A 1G4TA 2WSYA 1KFBA 2E6FA 1MSSA 1W54A 3NG3A 2QCCA 3H53A 1A5AA 3NPUA 1W56A 4FB7A 1AW2A 4QSHA 1TPWA 3PBYA 4A2RA 3NQ2A 1MZHA 3GK0A 3HQ1A 3PULA 2PRLA 3L67A 3IEBA 4YL2A 3MJYA 5DELA 4MJMA 3Q2DA 3PG8A 1H7WA 2NUXA 3UPBA 4UFJA 5BW6A 5LHEA 3B0VC 3QH2A 3RF9A 5CKSA 4JR5A 4O16A 3M43A 1FWTA 3QW4B 4O10A 4UFHA 5G1TA 3T7VA 1SZFA 4TX9A 3E12A 1IGSA 2R14A 5HMSA 3A24A 4K38A 3G0SA 1QNVA 3NM3A 1BWKA 1O60A 5HINA 2CLHA 1ZNNA 4AH7A 1KTNA 3V1PA 1FWWA 4LNYA 3LTPA 2V81A 3HO8A 4N6FA 4IMDA 3EX6A 4NZFA 2RHGA 1T96A 3ABQA 3P82A 1I2RA 5D32A 1OFEA 2QF7A 4WX2A 4PTNA 5DY2A 3GDLA 2E5BA 3MW7A 3GDKA 3O6DA 2G97A 2Y62A 1WYIA 3C56A 4DF2A 1XFBA 3BW4A 4K39A 4Z1DA 4AWTA 1SR9A 1KM3A 2WKJA 2WJZA 4LOCA 3UY8A 5G2WA 2I1OA 2CZEA 3P61A 4A3UA 4I9AA 5DLCA 3F4WA 4LUJA 2OT1A 1ZAHA 3C52A 1DVJA 5BNKA 2ATMA 2YYTA 2WNNA 1GEQA 1VYPX 4FF7A 3ABOA 6ALDA 2JGQA 1OHLA 3M5VA 2DZTA 3GNNA 1SUXA 4BI6A 4NNCA 4NUWA 4MZ1A 3SECA 1LBLA 1GVQA 4HNNA 1WOAA 3BK0A 3HPXA 1F2JA 2H8ZA 4JDYA 1XL9A 5T26A 1SZGA 3CB8A 1JVNA 3FYOA 2CLMA 3W1MA 2QR6A 1Y0EA 3LX9A 2C6QA 3A5VA 2QCDA 1WV2A 2DU2A 4XKYA 1MO0A 1N8FA 4MFDA 4JTIA 5IBXC 3HG4A 3NXFA 4N6EA 5BMXA 4N9CA 1SFJA 3T4CA 2ZRVA 1TV8A 3FJ6A 1EIXA 4GFSA 1VZWA 4L4LA 4WOZA 5CSSA 3O6YX 3NQCA 1I2OA 2CLEA 4ZL1A 4BI7A 3S1UA 1Q6RA 1SO5A 3GLCA 1I2PA 3CEPA 3W7JA 3MBFA 3HG2A 3LB0A 4FXSA 1OFPA 3OVPA 1TQXA 3NQMA 4DQWA 2V2DA 4MLJA 5HJLA 2VFFA 1EB3A 2GJLA 3GVGA 1O94A 3ATYA 1H7RA 3DXIA 2NX3A 1EUNA 3LV5A 4MYAA 3HG3A 4HNUA 2E6YA 3ANYA 4NX5A 3YPIA 4N4PA 3E49A 3QFEA 2VFHA 4Z08A 1YXDA 2ZA1A 3M47A 1RZMA 3TKFA 3A23A 3B8DA 5D03A 5LHFA 3W1PA 3C6CA 1XC4A 5J5DA 1SO6A 1TTPA 3HGWA 1S3HA 3L9CA 4JTKA 4FNSA 1JJKA 3DU0A 1W31A 1LBFA 1VCGA 1S5VA 1KM5A 2HMCA 3IVUA 4GJ1A 4WJEA 3L2IA 3EWZA 4TMCA 3NPXA 5K9XA 2EAWA 3T44A 1W5PA 2Z6JA 4FNUA 5G4EA 3ZWTA 1VC4A 3T78A 1DBTA 3KRZA 2VEMA 4ZVJA 5FF4A 1AG1O 2H90A 1VLWA 1ICSA 4LS2A 5DXXA 1CW2A 2PRHA 3DBPA 4N9DA 3QEZA 4ZMGA 1FY6A 3G1SA 1MXSA 1IXOA 1Q6LA 4AAJA 3LHWA 3ZS4A 1BKSA 4JTSA 5D33A 3CWOX 2QAFA 3AO0A 3L0NA 3W76A 1VGAA 2C18A 3P84A 3TR2A 1NFBA 2HS6A 4HSNA 4CQ8A 4RZ4A 2VXNA 5I3KA 3OVQA 2H6RA 4YLWA 3CU2A 4MZYA 3LXAA 1H1YA 1GTHA 1OVDA 3P74A 3GDTA 4O8RA 3S1WA 1TV5A 4GC4A 2R94A 1FXQA 4LV4A 1TB3A 2RKXA 2E6DA 1UBSA 3TQKA 1W5OA 1JCYA 4HT3A 4S2CA 2Y6ZA 3DGRA 4O18A 2GPTA 5CZTA 3TNOA 3A9IA 1RR2A 1TPC1 3C2VA 3HGJA 3QQ1A 3NOEA 1FDJA 3W88A 1ME7A 4JEQA 3N2XA 3OG3A 2PCQA 2E6AA 4CLMA 1GVRA 2EHHA 3WJSA 2J27A 4O1CA 2ZZ7A 3I7SA 1KM2A 5HUPA 5F1UA 4DO5A 2DP3A 2X1UA 2FFCA 4UCGA 3PUDA 3W07A 2ZZ6A 4CQAA 3ZWSA 1TRIA 1ALDA 3PS7A 1IF2A 1KTCA 2TRSA 3DKLA 3L0GA 1EEPA 2HTMA 4N4QA 1QPRA 1KFLA 2C16A 4UIOA 1WBHA 2ZRZA 3TJLA 5KITA 1W8SA 1GVSA 4UC5A 1SPQA 2NWRA 4LY8A 1A50A 5C54A 3R89A 1JRBA 1ZHAA 4OWGA 3EXTA 1I45A 3G1AA 3FYPA 3OVRA 4OT7A 3IIPA 3HGRA 1NEYA 4IGHA 4A2SA 3DFQA 3JR2A 4NNAA 2FB2A 4IX2A 1Z42A 3HGXA 3NR0A 3QJAA 4HSOA 1BEUA 4OBTA 1CI1A 4LVFA 4JYEA 4Z1AA 3S8HA 4FX7A 1FXPA 4IQLA 1GYLA 5CZ0A 3R5EA 1TYGA 3PAJA 1PS9A 1R47A 3B0PA 5K4ZA 1GVOA 4IMEA 1EPXA 4DPPA 2GQAA 4R33A 3RNDA 1TPVA 1O5XA 1ECMA 2ZDRA 4DBEA 5AHMA 4EOUA 2J9YA 3RETA 4TR9A 4NZJA 5A8GA 4HPJA 2QCLA 5H91A 1J4EA 1X1OA 2GQ9A 3GKAA 3LHYA 4P2VA 3R12A 4LUIA 3S9YA 5TBOA 3P80A 4MY1A 1T8XA 3VKJA 3TSDA 3E0IA 2OMAA 1G7UA 4HIBA 5I3GA 2ZRXA 1VH7A 4X9SA 5E1QA 1AL7A 2W6RA 3C4UA 1YDNA 2V8ZA 3HGSA 3W7RA 3IGXA 3R2GA 1G4EA 3LERA 5D09A 4WXZA 2YFNA 2Y7EA 3W83A 4RXGA 4UMBA 5KMYA 1SSGA 3P7YA 1A5CA 2B0MA 4FNTA 1SW3A 1YXYA 3SSJA 4JTTA 1H50A 4H6KA 4AWUA 4GWEA 4WUIA 3TH6A 1FCVA 4UFKA 3W1QA 3LTYA 3STEA 3RLUA 3W84A 1DV7A 2A5HA 4GBUA 3QW3A 3G1YA 3VI2A 1PE1A 3LHUA 3KOFA 1RD5A 6TIMA 4Y96A 1K8ZA 2NX1A 3G22A 1H5YA 2B4GA 2W19C 4K7YA 4P61A 2E5CA 3VE9A 1LLWA 1LRQA 4HN4A 3T40A 3W7IA 3GXNA 2BSLA 3UXAA 3MYOA 3I7RA 2EKCA 1W3TA 2V0TA 3M1ZA 4XTDA 3NZRA 2F7FA 2C13A 3L5AA 2CLOA 4BK9A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3TFCA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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