The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
175
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sequence length |
622
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structure length |
622
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Chain Sequence |
GSMFDIKRKTIEWGGKTLVLETGRIARQADGAVLATMGETVVLATAVFAKSQKPGQDFFPLTVNYQEKTFAAGKIPGGFFKREGRPSEKETLVSRLIDRPIRPLFVKGFKNEVQVVVTVLQHDLENDPDILGMVAASAALCLSGAPFMGPIGAARVGWVDGAYVLNPTLDEMKESKMDLVVAGTADAVMMVESEIQELSEEIVLGGVNFAHQQMQAVIDAIIDLAEHAAKEPFAFEPEDTDAIKAKMKDLVGADIAAAYKIQKKQDRYEAVGAAKKKAIAALGLSDENPTGYDPLKLGAIFKELEADVVRRGILDTGLRIDGRDVKTVRPILGEVGILPRTHGSALFTRGETQAIVVATLGTGDDEQFIDALEGTYKESFLLHYNFPPYSVGETGRMGSPGRREIGHGKLAWRALRPMLPTKEDFPYTIRLVSEITESNGSSSMATVCGSSLAMMDAGVPLVRPVSGIAMGLILEQDGFAVLSDILGDEDHLGDMDFKVAGTSEGLTSLQMDIKIAGITPAIMEQALAQAKEGRAHILGEMNKAMDAPRADVGDFAPKIETINIPTDKIREVIGSGGKVIREIVATTGAKVDINDDGVVKVSASDGAKIKAAIDWIKSITDE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of Caulobacter Crescentus Polynucleotide Phosphorylase Reveals a Mechanism of RNA Substrate Channelling and RNA Degradosome Assembly.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
POLYRIBONUCLEOTIDE NUCLEOTIDYLTRANSFERASE
|
| molecule tags |
Transferase/rna
|
| source organism |
Caulobacter vibrioides
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| total genus |
175
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| structure length |
622
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| sequence length |
622
|
| chains with identical sequence |
B, C
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| ec nomenclature |
ec
2.7.7.8: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase. |
| pdb deposition date | 2012-03-07 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00013 | KH_1 | KH domain |
| A | PF00575 | S1 | S1 RNA binding domain |
| A | PF01138 | RNase_PH | 3' exoribonuclease family, domain 1 |
| A | PF03725 | RNase_PH_C | 3' exoribonuclease family, domain 2 |
| A | PF03726 | PNPase | Polyribonucleotide nucleotidyltransferase, RNA binding domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | Polyribonucleotide nucleotidyltransferase, RNA-binding domain | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Ribosomal Protein S5; domain 2 | GHMP Kinase, N-terminal domain | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Ribosomal Protein S5; domain 2 | GHMP Kinase, N-terminal domain | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 | K Homology domain, type 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4OO1 B; 5K36 E; 4OO1 D; 4IFD G; 2DGR A; 2JA9 A; 2JEB A; 1X4M A; 2JEA I; 2BR2 B; 2WNR A; 5C0X A; 2BA1 G; 4BA1 I; 4AIM A; 2WP8 B; 1OYS A; 2CTL A; 4WAL A; 2JEA B; 2PY9 A; 2NN6 A; 1ZTG A; 1DT4 A; 2CTJ A; 1X4N A; 1UDN A; 3GME A; 4BA1 B; 2NN6 G; 2OPV A; 3VKE A; 2C39 A; 2C38 B; 4AM3 A; 2Z0S A; 3L7Z B; 2BA0 G; 2JZX A; 5JEA A; 3M85 G; 5JEA G; 4OO1 A; 2PNZ A; 5C0X E; 4B8T A; 4OO1 G; 4IFD A; 1UDO A; 2BR2 A; 2E3U A; 2YQR A; 2NN6 E; 5C0X F; 2ANR A; 3GCM A; 5K36 C; 1TUA A; 5K36 F; 4JVY A; 1VIH A; 1UDQ A; 1UDS A; 4BA1 A; 2MJH A; 2FMR A; 2JE6 I; 2PO1 B; 4BA2 A; 2HH2 A; 5JEA E; 3M7N G; 2C38 A; 3M7N D; 2CTE A; 4OO1 E; 3L7Z A; 4JVH A; 3HKM A; 4NBQ A; 2BA0 A; 2JE6 B; 3H1C A; 3KRN A; 4IFD E; 1WVN A; 2QND A; 2BL5 A; 2PO2 B; 1ZZK A; 3CDI A; 2JEB I; 3H36 A; 3DD6 A; 4IFD C; 1J5K A; 4IFD F; 3V69 A; 2PQU A; 1WHU A; 1E3P A; 1R6M A; 2C37 B; 2CTK A; 5C0X B; 3GLL A; 5C0X D; 5C0X C; 1K1G A; 3B4T A; 2WP8 A; 5K36 B; 5K36 D; 3AEV B; 2JEA A; 2NN6 C; 2PO1 A; 2NN6 F; 2JVZ A; 1ZZJ A; 2C39 B; 2PO0 B; 1DTJ A; 1KHM A; 1ZZI A; 5JEA C; 1E3H A; 5JEA F; 2ANN A; 1WE8 A; 4OO1 C; 4QMF B; 2PNZ B; 4OO1 F; 4LIJ A; 4IFD B; 4IFD D; 2C37 A; 2P2R A; 2CTM A; 1OYP A; 2JEB B; 5C0X G; 2BA1 D; 5K36 A; 2WNR B; 3CDJ A; 4BA2 I; 5K36 G; 3U1K A; 1R6L A; 4WAN A; 2OPU A; 2HH3 A; 2NN6 B; 2NN6 D; 2AXY A; 1J4W A; 2PO0 A; 4BA2 B; 2CTF A; 1OYR A; 2CPQ A; 1VIG A; 3L7Z C; 2JE6 A; 1EC6 A; 2BA0 D; 2PO2 A; 3M85 D; 5JEA B; 4AID A; 5JEA D; #chains in the Genus database with same CATH topology 4JI5 I; 4URL A; 3FXR A; 4AVZ A; 1I1S A; 2JVH A; 3FIW A; 1HOM A; 1FOK A; 3FAU A; 3QPS A; 5IP6 A; 5F27 A; 3M1E A; 4L5J A; 4E70 A; 4Z2Y A; 2EA4 A; 2VON A; 2ACJ A; 1IXS B; 2E1R A; 5HOO A; 2EZK A; 2HS5 A; 1V54 H; 1X3Z B; 1TZL A; 2NVY J; 4WAL A; 2MC4 A; 4CYD A; 4IVN A; 4MO7 A; 1UDN A; 1N33 E; 2PX9 A; 1W4M A; 5EG0 A; 1MBK A; 1BI0 A; 4RGU A; 4LIU A; 1R1T A; 4FIS A; 1U8R A; 1HCR A; 5EJC A; 3RIR A; 2DBB A; 5L3C A; 4QTR A; 4XSX F; 2QSG X; 2M0M A; 4XOR A; 2VPR A; 3CP8 A; 2M8W A; 2VKC A; 1HNZ E; 1HA8 A; 1CGP A; 3RSN A; 4IEJ A; 2E3U A; 1JKR C; 2ANR A; 1SFU A; 1BR1 A; 3CCR I; 1VQK I; 1MSE C; 5IP9 J; 2ZJP F; 3CCV I; 2PT7 G; 1OJL A; 2PNM A; 2VKH A; 2LYC A; 3B6C A; 1N33 H; 1U78 A; 1K7A A; 3KYC B; 4JQF A; 3T1Y E; 1N33 I; 3WTS C; 3J7A Y; 4M72 A; 4A12 A; 3DKX A; 4BYY A; 3I53 A; 1YG2 A; 2O1W A; 2V1N A; 1JXS A; 3T5X A; 4J00 A; 4YRV A; 2EFG A; 1A36 A; 3DTE A; 1XD7 A; 1O7L A; 4MQV A; 1LEB A; 1ZAR A; 2OZ6 A; 1SD5 A; 2EBI A; 1I3Q J; 1FSH A; 3B82 A; 2GAU A; 2QKL B; 3H35 A; 4PJL A; 3VEP A; 4ZC3 A; 2X4H A; 3BZK A; 2CMP A; 2V79 A; 3ZZU A; 2FOK A; 3I9V 2; 1FSE A; 2CTK A; 1U6G A; 2RNJ A; 2LBF A; 3TOA A; 2KIQ A; 4MEY F; 1MJA A; 3DEE A; 2DA2 A; 1X2N A; 3H3U A; 1VQ4 I; 1MIJ A; 2LOO A; 2BV3 A; 1Z91 A; 3HRS A; 2TCT A; 2D5V A; 2FX0 A; 3SZT A; 5M3M J; 1HKQ A; 2MA3 A; 3HRM A; 2P5V A; 4E7S A; 5GAH J; 3W2V A; 2CQK A; 3C7J A; 5EGO B; 3H5R A; 2F4O B; 4M3G A; 3IL2 A; 3BQY A; 3HOX J; 4UT4 A; 1W7P D; 5IOZ A; 5JLW A; 2CH0 A; 4LIJ A; 5BR8 H; 1IO2 A; 1ZG5 A; 2L9N A; 4ZZD A; 3CJT B; 4E7J A; 2C37 A; 4DR6 H; 2ZSH B; 4P5O A; 2YPR A; 1Z7U A; 4KJZ A; 5D4R A; 2Y9Z A; 1G8X A; 2JEB B; 2HXO A; 4DR6 I; 3VSK A; 1TWF J; 3HKZ A; 1UHM A; 4XRS G; 2A05 A; 2NOJ B; 3ZN0 A; 4BKX A; 3HSE A; 3E5U A; 2EIL H; 4L9T A; 4BA2 B; 2H6B A; 4BXX J; 1FJG H; 1HXD A; 3VWB A; 3GTQ J; 5J4V A; 3BT9 A; 1BIA A; 1YLF A; 4EMS A; 3G73 A; 4XRM A; 1R7J A; 2HQ5 A; 2AJ4 A; 4DR7 H; 4CH7 A; 5F0F A; 5LLQ A; 3FF5 A; 5FFZ A; 3F8N A; 3MKZ A; 4DUZ E; 2FD5 A; 4FJU A; 2HHH E; 4I0B A; 2E5L E; 4BL0 B; 2CGP A; 2K7L A; 5KHD A; 3RF2 A; 1P4A A; 1D0Z A; 3MZ8 A; 2LY9 A; 4IXA A; 2Q8K A; 3N05 A; 5FD5 A; 3DWL E; 1G3T A; 1X0A A; 4U0W A; 2JZY A; 2XSJ C; 1IN4 A; 1HW2 A; 1H9G A; 3OOU A; 1DGW Y; 2LTM A; 4DYR A; 5J3L A; 4XR6 A; 1VBI A; 3CUQ B; 1SFE A; 1TNS A; 3SFZ A; 3DEW A; 3R60 A; 2IOQ A; 4YIR X; 3AKZ A; 4GO1 A; 3SEZ A; 4G6D A; 1VQL I; 3Q0V A; 1H73 A; 2Z0S A; 1HKS A; 3K4N A; 1YRN B; 5K7H A; 3M1C A; 1EF4 A; 2P0W A; 2PQ8 A; 5JEA G; 2VKD A; 1PUE E; 3K70 C; 3ERE D; 2EFO A; 4DUZ I; 4RM2 A; 2E5L H; 1EV7 A; 2E5L I; 1D1C A; 2DQL A; 1TW2 A; 3S93 A; 2FFM A; 4LPF A; 2DQR A; 5E3L A; 1DPU A; 2O1T A; 5H6Q A; 1Q1V A; 1MDM B; 2MJH A; 3Q3S A; 2HVR A; 4DBR A; 2HR3 A; 4A3J J; 4BA2 A; 3I4N J; 4RPF A; 4FN5 A; 3FK6 A; 2YSR A; 2H27 A; 4EM2 A; 1Z5C A; 4UNO A; 1PKP A; 1Z21 A; 2FBH A; 4LF5 E; 1MZB A; 2COB A; 2WTE A; 4RAZ A; 3J81 C; 2Z5C B; 1IBM H; 5FRN A; 1J9I A; 2KZV A; 1IBM I; 5DYM A; 2PQU A; 2XRN A; 4ENM A; 1WHU A; 3HUG A; 2CZ9 A; 3KLO A; 3ZR8 X; 3QT7 A; 3BRO A; 3K4B A; 1G3Y A; 1V5F A; 2RN7 A; 2GZW A; 2WV0 A; 3CTA A; 4FX4 A; 3P9K A; 3GZ6 A; 4MDT A; 2X1E A; 3IRQ A; 3KX2 A; 2XB0 X; 1XNR H; 2V9P A; 4UUS B; 4IF4 A; 2E36 A; 2DPD A; 4LLN A; 2UUA E; 2EFQ A; 2L5Q A; 3D0S A; 5CVJ A; 1XNR I; 2E1N A; 2VI6 A; 4JV5 E; 1QVT A; 3GX4 X; 1BC7 C; 3CMA I; 2P5K A; 4G6Q A; 3TQN A; 1KKH A; 1OLT A; 4HV6 A; 2ZNY A; 4LF7 E; 4XN3 A; 2IGM A; 4A6D A; 4HF2 A; 3K1J A; 2IAI A; 4IL6 C; 2VC0 A; 4XBF A; 4KN4 X; 1U5T C; 4FT8 A; 1NXU A; 4FW6 A; 4IFD B; 1J0R A; 3M3Y J; 1YX5 A; 4PJ0 C; 4HQM A; 5DCM A; 2P2R A; 4UV8 A; 2Y2Z A; 1OYP A; 1B59 A; 1T6S A; 2Y0M A; 5FFX A; 3HOS A; 1ELO A; 3CDJ A; 5A2Q C; 1FY7 A; 1SVL A; 3ML6 A; 3PQK A; 2G8Y A; 3HDD A; 3RYR A; 4HYE A; 2NN6 D; 2HDC A; 1J4W A; 4JV5 H; 1Z7L A; 3TL4 X; 5GAE J; 4Y4R A; 3W3C A; 3SHF A; 3ZGK A; 4M3F A; 3GTP J; 4IZJ A; 4JV5 I; 3ASN H; 3I54 A; 1D1B A; 4A93 J; 1EA6 A; 2DEI A; 4LF7 H; 4L0Z B; 3TW6 A; 1AA7 A; 2HKJ A; 4LF7 I; 4GRI A; 2FBK A; 4AQY H; 1NHJ A; 4M1K A; 2XAG A; 1PDN C; 4E7H A; 2ELH A; 3HZJ A; 4AQY I; 2JUC A; 5LHG A; 1ZLK A; 3F8M A; 2CWH A; 3HB9 A; 5TRD A; 2ZM6 E; 2VE9 A; 2BHZ A; 3OTO E; 5FRO A; 2X0L A; 1T39 A; 3HJC A; 2JEA B; 3R0A A; 4F92 B; 3H5N A; 1ZTG A; 2VOD A; 4BA1 B; 4D7N A; 4JI0 H; 4UUS A; 1K6O A; 3S2W A; 2L7Z A; 4JX5 A; 4BE2 A; 1S7E A; 3WU2 C; 3ABM H; 3CO7 C; 1K79 A; 5KNL A; 4JI0 I; 2VQE H; 1WKM A; 2PMZ N; 2VOP A; 1IN8 A; 4HAC A; 5FLM J; 3WGG A; 2XAJ A; 3L7Z B; 4JI8 H; 2K1H A; 2KQR A; 2LH9 A; 3RTR A; 2KIM A; 1VQN I; 2VQE I; 1Z6R A; 3QD7 X; 2R7W A; 3TO9 A; 4JI8 I; 3PO3 J; 1HQC A; 5DD8 A; 4EJU A; 2W7N A; 3J80 C; 1I27 A; 4IFD A; 4RA2 A; 5BNG A; 1HK7 A; 2ZME B; 5LFA A; 2OCC H; 3E6B A; 3L7W A; 2YUS A; 5ILU A; 2NN6 E; 2KIF A; 2LG4 A; 3ZQ7 A; 4B4C A; 3WTT C; 4ZVI A; 5C0X F; 2ZM6 I; 1VQ7 I; 2NNN A; 1WVR A; 2AXL A; 2ZXH A; 3HPH A; 1WCM J; 1YJ9 I; 1B9M A; 4FWD A; 2Y48 A; 2MAB A; 2ELK A; 1YIJ I; 4G7O F; 2CUJ A; 4D5F A; 1NTC A; 1FBU A; 4CGZ A; 3M7N D; 4WUC A; 3H9G A; 2HKX A; 2EH3 A; 3JSO A; 4D0P A; 3EUH A; 1VQ6 I; 4PGH A; 1ZR4 A; 3M8J A; 2O6G E; 1TT5 B; 1MSZ A; 4A0Y A; 4XMY A; 1D8K A; 3QU3 A; 1GVD A; 4E4H A; 2M87 A; 2CFX A; 1XGO A; 3HTS B; 1K61 A; 2HK3 A; 1J5E E; 2E34 A; 2EIM H; 4PJM A; 3P3E A; 2P8T A; 4J19 A; 2JRT A; 5K36 B; 2BVM A; 2JEA A; 5F0C A; 3M9A A; 1QGP A; 1NHI A; 1R5G A; 2M1B A; 2KRC A; 4ZH4 F; 1Z0B A; 3OIO A; 4DW6 A; 2ICW G; 4IO9 F; 4EQQ A; 1PP7 U; 4C9Y A; 2BE5 F; 3ASO H; 4Q48 A; 1B9N A; 1CQT A; 1ZZI A; 4E7K A; 3ZQF A; 3DKW A; 1LDD A; 4BJ5 C; 3LSH A; 4ABZ A; 4RGR A; 4I09 A; 1X1C A; 4QMF B; 4DV6 E; 1ACI A; 1LJ9 A; 4E7Z A; 4NQW B; 1J5E H; 2ZME A; 1RRE A; 1LUJ B; 3DKY A; 3O2P E; 2EV0 A; 3K17 A; 2ZBK A; 3WU0 A; 5TIS C; 1J5E I; 4AYB A; 1IJW C; 1FYM A; 2VQG A; 1B72 B; 2YU9 J; 2DLL A; 3OS1 A; 3GKU A; 4HPQ A; 4UUV A; 3I56 I; 3BQZ A; 2WAQ A; 2H6C A; 2PJR B; 3OYM A; 4N4N B; 3JAM W; 5JR3 A; 4MYU A; 4U3D A; 2X1C A; 5D5V B; 2DA6 A; 4MNU A; 2OD5 A; 1DPR A; 3D5S C; 4DIQ A; 2XSD C; 2R5Y B; 2EZH A; 1XPX A; 3ZMV A; 4JP0 A; 4FW5 A; 5JFR A; 2FNA A; 2Z5U A; 1QZE A; 2JSP A; 1XMO E; 2UU9 H; 1UHS A; 4AID A; 1WRJ A; 1ZKG A; 4ZYE A; 4B09 A; 1FP2 A; 2UU9 I; 4LOC A; 2BW3 B; 3SYT A; 2UXC E; 4LCG A; 1JGG A; 3WU6 A; 4BHC A; 5ILS A; 5DUK A; 2A3S A; 2PBI A; 5F1R A; 5BOX A; 1N25 A; 2R5Z A; 1OR7 C; 2Q0O A; 1J5Y A; 3HHG A; 2D2W A; 1XTA A; 4XKB A; 3S32 A; 1H7U A; 2PY9 A; 2FU4 A; 1WJD A; 2IVM A; 2R7R A; 3DF8 A; 3OY9 A; 4NHJ A; 2G9W A; 3VKE A; 1ZEL A; 5EEH A; 4B3R E; 1XMO H; 4NXN H; 1FNN A; 3K4M A; 3RKY A; 4FAS D; 2BA0 G; 5DS9 A; 4YHH E; 2JZX A; 1F1Z A; 2CW0 F; 1XMO I; 1L0O C; 2Z3Y A; 4NXN I; 2HYG D; 3V7R A; 1J2X A; 5C0X E; 1H7S A; 4NQW A; 2FEZ A; 4Y33 A; 4HDV A; 3KYL A; 3DPL C; 1N36 H; 3HL2 A; 4IOA F; 5M5W J; 1N36 I; 1Z5A A; 1F0X A; 5GAD J; 5FO5 A; 1BW5 A; 1T95 A; 1YH8 A; 3JR9 A; 1VQ9 I; 4LD5 A; 2KIU A; 5GME A; 4LFA H; 3ZKB A; 1JT6 A; 3T1H E; 3NEU A; 4G12 A; 1F5T A; 1BI3 A; 2W4S A; 3VDX A; 3W6J B; 4QSH A; 1JKO C; 2R5Y A; 1KZH A; 1JGS A; 3ROU A; 4FW7 A; 3UKG A; 3PQJ A; 2VBY A; 4HW0 A; 2ZJR F; 3HKM A; 1OFC X; 1UG0 A; 2E1C A; 3A4C A; 2JEB I; 3C18 A; 1F36 A; 2W00 A; 3JRB A; 3S2D J; 4LF6 E; 2I5U A; 3DU6 A; 2PMH A; 3E3V A; 3OL3 A; 3BG6 A; 3QP5 A; 5H2F C; 3WG7 H; 2KMU A; 2PJP A; 3MKL A; 1C0W A; 4LCF A; 1OYW A; 3KE2 A; 4A3E J; 2OU2 A; 1HW5 A; 1T98 A; 2IER A; 1QZZ A; 3T1H I; 1WI3 A; 5DDG A; 5GTH C; 3WTU C; 1D0Y A; 1ZM4 A; 1S20 A; 2NRA C; 1WPK A; 2VKV A; 3DXJ F; 1Z0C A; 4RAF A; 4XKC A; 1MW7 A; 3TW7 A; 4DPW A; 3BZ6 A; 5JVG F; 5J1Y A; 1PP8 F; 4OO1 C; 1XMA A; 4OO1 F; 4IQ4 A; 4I3H A; 2I8D A; 4IFD D; 4S05 A; 5IP7 J; 2PFB A; 3HHH A; 1TQP A; 3LA3 A; 4XM3 A; 3QT6 A; 1G6N A; 1FNM A; 2LKP A; 2IA2 A; 3GW2 A; 2X9D A; 3VSL A; 3ESW B; 3WE2 A; 4J3D A; 1HF0 A; 4HDU A; 3KEQ A; 4WAN A; 1EH7 A; 2MSY A; 1JT0 A; 3OET A; 1WJB A; 2STW A; 4PDK A; 1XDS A; 5EKW A; 1VIS A; 3U21 A; 3F3X A; 1DP7 P; 3KFW X; 3TMO A; 2CU7 A; 3QPH A; 4RB0 A; 4XLH A; 4FJS A; 4I01 A; 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