1R7AA

Sucrose phosphorylase from bifidobacterium adolescentis
Total Genus 181
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
181
sequence length
504
structure length
503
Chain Sequence
MKNKVQLITYADRLGDGTIKSMTDILRTRFDGVYDGVHILPFFTPFDGADAGFDPIDHTKVDERLGSWDDVAELSKTHNIMVDAIVNHMSWESKQFQDVLAKGEESEYYPMFLTMSSVFPNGATEEDLAGIYRPRPGLPFTHYKFAGKTRLVWVSFTPQQVDIDTDSDKGWEYLMSIFDQMAASHVSYIRLDAVGYGAKEAGTSCFMTPKTFKLISRLREEGVKRGLEILIEVHSYYKKQVEIASKVDRVYDFALPPLLLHALSTGHVEPVAHWTDIRPNNAVTVLDTHDGIGVIDIGSDQLDRSLKGLVPDEDVDNLVNTIHANTHGESQAATGAAASNLDLYQVNSTYYSALGNDQHYIAARAVQFFLPGVPQVYYVGALAGKNDMELLRKTNNGRDINRHYYSTAEIDENLKRPVVKALNALAKFRNELDAFDGTFSYTTDDDTSISFTWRGETSQATLTFEPKRGLGVDNTTPVAMLEWEDSAGDHRSDDLIANPPVVA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of sucrose phosphorylase from Bifidobacterium adolescentis.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Bifidobacterium adolescentis
molecule keywords sucrose phosphorylase
total genus 181
structure length 503
sequence length 504
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.4.1.7: Sucrose phosphorylase.
pdb deposition date 2003-10-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00128 Alpha-amylase Alpha amylase, catalytic domain
A PF09244 DUF1964 Domain of unknown function (DUF1964)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.20.220.10 Mainly Beta Single Sheet Glycosyl hydrolase fold alpha-Amylases 1r7aA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1r7aA01
3.90.400.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Oligo-1,6-glucosidase; domain 2 Oligo-1,6-glucosidase; Domain 2 1r7aA02
2JEQA 4QAWA 5I77A 1QHOA 1IZKA 3ARRA 1GQKA 3L4TA 2XPKA 4R5EA 4XV0A 3PTKA 3F5LA 4NRRA 1VF8A 4W93A 1UH3A 3QOKA 1HN1A 2GJRA 3WUEA 2ESCA 4AD3A 3RMEA 5HXMA 3BSGA 1SMDA 3A4XA 1OGSA 2XIBA 1RP9A 2XJ7A 1NWRA 4GZJA 3RM9A 2WMFA 2Y4SA 2GDUA 3ARWA 1QI4A 3VDCA 1FH7A 2JE8A 4AD2A 1SFSA 1R86A 2UY3A 4FK9A 1ZBCA 1V0MA 4HMEA 4ZFMA 4GZEA 1BTCA 4S3KA 2QMKA 1JFHA 2BS9A 1CEOA 2HISA 3BMVA 5FIPA 4W85A 1KGWA 1BG9A 1CXLA 1MWOA 5CPSA 2O92A 3VU2A 1H11A 4FLOA 3ZSTA 1OCQA 3AHYA 1OWQA 1Z32X 1KXVA 6TAAA 2YLAA 3WNLA 3QGVA 5IFTA 4UQAA 3ZT7A 4OOUA 3NCOA 4MAZA 1UKTA 5A8PA 4GI9A 4UTFA 3MUAA 1YHTA 3E1F1 1UYQA 1HP5A 4J3VA 1V3MA 2BY3A 4D72A 3GNPA 1ZJAA 2EEXA 2CBVA 1ISYA 4IISA 1C8QA 2CESA 5BXPA 1E43A 3ZM8A 1UD5A 4H04A 2CETA 4CD6A 2VR5A 3PZNA 1VEPA 3TONA 3VM5A 3WH5A 1XSKA 5BXRA 2ZIDA 2BHZA 2XTKA 3O2LA 4KGLA 1N82A 3AIVA 4TVDA 1OB0A 4DUVA 1C93A 3BLKA 1M03A 2WWCA 1B3VA 1GOWA 1XSIA 4HU0A 4IM4A 1XV8A 4PBGA 3W81A 2W5FA 2VQUA 1HJXA 4PMQA 1B3XA 2Q8XA 4JHOA 5A1AA 2XVKA 3VMPA 1W2VA 1GHSA 5BROA 3ARXA 1OINA 3OLGA 5CPTA 2BV9A 2J62A 1EO7A 1CXEA 2WMGA 4UFLA 3ARVA 2XIIA 5FCZA 2C7FA 1EQPA 3WH8A 4HMDA 5A6JA 4IUGA 1HVXA 3ZT6A 3SUVA 1QW9A 3RM8A 1B90A 5DEZA 3KL0A 5M3WA 2C8NA 2ZXDA 1W1PA 5A95A 2XWDA 3TP4A 5A8OA 3N11A 3UG4A 2VCAA 2W61A 1H09A 1FHDA 1HJVA 2PB1A 2D1ZA 3AICA 2XVPA 3GM8A 1XGZA 5BYWA 3AMGA 1E1FA 3B9DA 1L0PA 3CHEA 2D0HA 3WBAA 3NDYA 2VRJA 1QI5A 2YL9A 3NDZA 5A6LA 3ZJ8A 4GO8A 2ZICA 4W7UA 1FFQA 2JIEA 1C90A 4DWSC 3AJ7A 3GBEA 4BQ4A 3CZ8A 5GNYA 5A8MA 4W8LA 4EE9A 1GOQA 1KQZA 3ZQ9A 1ITCA 1J0HA 2VUYA 4D1JA 1B30A 2X0HA 4YN5A 2V3DA 5A2AA 3QR3A 3VX0A 3ZJKA 3UESA 4UNIA 4ZXLA 2PWEA 5E6ZA 1CGWA 3ECQA 3GTNA 2DDXA 3K4AA 4PMXA 1R8LA 2WAGA 2EJ1A 5CJ5A 2WB5A 2YL8A 2DSWA 1PX8A 5GPRA 1QNRA 2F61A 4W7WA 4CUCA 5E0CA 2CIPA 4U5KA 2OWCA 2WC4A 2VI0A 3OLEA 2VVSA 2VZOA 3K8LA 1G5AA 1I1XA 3KEHA 2A3EA 1HNYA 2ZUWA 4L4OA 5D9MA 1XRVA 2AMGA 4HA4A 2VX7A 4UR9A 3W24A 1E6ZA 1WE5A 2X09A 4MADA 3W25A 2VO5A 1OIMA 4TX8A 2VQTA 3CH9A 3AS2A 2WZIA 4J3XA 5I5RA 5I24A 1JNEA 2FHCA 2NW0A 2Y2WA 2QPSA 3CZKA 5FKYA 4XX6A 5F7UA 5BWFA 1V02A 2PWFA 3GH7A 1CGXA 5D8WA 1JZ4A 1B1YA 5LA2A 1WZLA 1CXFA 1E71M 2WSKA 3CUFA 4P7LA 1K9FA 4Z2GA 3OLIA 2V38A 1UKPA 1V02E 4UQCA 3K4DA 3GZAA 4JFUA 4AD0A 1QOXA 3W29A 1VEOA 4MNKA 4PYSA 1ISXA 2GUYA 4HOXA 4EAMA 1J9YA 3OLDA 2WXDM 3DHUA 4YPJA 4HOZA 3I3EA 5CLTA 1KWKA 4P7OA 3MSGA 3RJXA 4MB5A 3EMQA 1QI2A 3WMBA 1B3YA 1XCWA 1BGGA 3WH6A 4P7NA 1GJWA 3S6TA 3T0AA 5D4YA 3VD4A 3FHAA 2YA1A 5AYIA 3OA5A 5CXPA 4EK7A 4ACZB 3OBAA 4E4PA 2A3CA 2PBOA 4UQDA 4AZ5A 4Q22A 3DYOA 3AMDA 5AYBA 1LLOA 1VIWA 1J0IA 4ATDA 5CQ1A 2WMIB 3ARQA 4ZE5A 3VO0A 1OGBA 4D6HA 2YOCA 3W6MA 4RL3A 4GO9A 2VVNA 1BYCA 1A3HA 1UZ1A 4HA1A 3L4YA 2PWHA 1CXKA 3PN8A 1E6XM 4AEEA 3FW6A 1JF6A 1MFVA 3CZJA 2E3ZA 2DEPA 3VD5A 1K9DA 5I0DA 3WD1A 2BFGA 4BS0A 4Z2LA 1JIBA 3RDKA 4CD8A 5A3HA 2X8RA 4W84A 3PZMA 2EPNA 2UWFA 1VFOA 4D6EA 3WEMA 3NIYA 4PMYA 4TTGA 4AXNA 3FN9A 4IPNB 4HOWA 2Y8VA 2DH2A 2VX5A 2EPKX 1KGUA 2WVTA 3AHVA 3N1AA 5IHRA 2OWXA 1WZMA 4ZENA 1MVYA 1GCYA 2GDVA 3RCNA 3PHAA 1DHKA 2W62A 3GH5A 3W27A 3M7SA 2DPEA 1E1EA 4B3KA 1V6UA 2BXYA 4Z2HA 5CGMA 3UR8A 4KRUA 2V5DA 2IXUA 1HT6A 1W1YA 1RPKA 4H2CA 4H8UA 3VGFA 3AS3A 3BSHA 3VUPA 2D24A 1CGTA 9CGTA 4ZE4A 5CZKA 2XFRA 2ZE0A 3MSDA 1CGYA 3VIMA 3NYDA 3WEZA 1PX3A 2DGAA 3BH4A 1W3KA 1R87A 5AC5A 4P8XA 3PZIA 1C8YA 2WVSA 2EO7A 2YA2A 3AXIA 3BAWA 4CU8A 2CPUA 2DT3A 2J4GA 4B3LA 4MB1A 3G6MA 3N04A 1J10A 1EQCA 2OSWA 3MS8A 4NZCA 3FY1A 2DT1A 1E0XA 2VZVA 2J75A 1OT2A 2NSXA 3WL1A 3VMNA 1CLVA 2B31A 5E6YA 3W4RA 2BY0A 1LG1A 2FH8A 1E3XA 4X0VA 4PRWA 3POHA 4MNJA 2ZUMA 3ZSSA 4LQ1A 3U7VA 3QHMA 3AMKA 1MW2A 5I3DA 2A3BA 2GVYA 2FHBA 3N9KA 4WIWA 5HPOA 2XUCA 2BVDA 1V3JA 3CHFA 2YBTA 2J7DA 1E56A 5LA0A 1BYAA 4F8XA 1GOIA 2D2OA 2X2YA 4TTUA 4JCLA 4TX6A 2W91A 3SCPA 3WEOA 4M56A 1GW1A 4X0NA 4B9YA 4BZYA 1V0LA 1UA7A 1US3A 2VC9A 4BQ3A 1I75A 2W4XA 2BXZA 2JFEX 2FH6A 2WCSA 4MB4A 1UH4A 1AVAA 5D9NA 1ZB5A 5BCAA 4LX4A 1EH9A 1JFXA 1MW0A 2BHYA 1XC6A 5BXSA 4TVUA 5FL0A 3VPLA 4LPCA 3WDHA 3WY1A 2NT0A 1TE1A 4D6DA 1E73M 3L4WA 1E4MM 3CO4A 4CCCA 1F4AA 2QMJA 4UFKA 4KWUA 4OKDA 4WKFA 3VIFA 1J18A 1UQZA 1J11A 1V6VA 3ZT5A 1NARA 3SCQA 4D6CA 3MUZ1 1WKYA 1H49A 4D1IA 3DHPA 3SUTA 1V6WA 1VJZA 4GI8A 1W1VA 5C8BB 1CENA 4J3UA 4U2YA 1KXTA 4DWSD 1QVBA 3WF1A 2CHNA 3GXMA 1EOKA 3VGEA 4YHGA 4UQBA 4MDOA 3HJEA 2YKKA 4W86A 4XUYA 1CGVA 3QHOA 3L2MA 1CIUA 1D2KA 3CUHA 4GI6A 1BPLB 1Q6CA 2X1IA 1JYXA 4UQEA 1D3CA 5EFDA 3ZJ6A 4DUWA 1JI1A 1WDSA 2WCGA 2E9MA 3U5UA 1UR9A 1E3ZA 1XH1A 3AHZA 4AEFA 3WY4A 1Y7VA 1EDQA 1MXDA 3VGDA 2NT1A 1GOOA 3BMWA 3CGTA 4DM1A 1OM0A 1UA3A 1PX4A 3WIJA 1XHGA 1W2PA 1CECA 1TUXA 2QV4A 5IHSA 5E70A 5A6SA 2O9RA 3VDHA 1VAHA 4M24A 1NOWA 3AXXA 5DT7A 2G4FA 3SCWA 4D6JA 2VCCA 4HZ7A 4URIA 3F5KA 2DSUA 5A8NA 2WHMA 3N13A 2EPOA 2YIHA 1JYVA 4CN1A 3LPGA 5CGTA 1NP2A 1EOMA 3VGBA 2ZWZA 2UY2A 1QI0A 4H8VA 2DSVA 4GKLA 1GQLA 4KGJA 4PTVA 4TXEA 4BQ5A 1JYNA 1GQJA 4GXPA 1E55A 4MNMA 4PSRA 1GQIA 4CCEA 2FHFA 3F4VA 2EPMX 1E72M 3BCDA 3VIIA 1V6XA 2WVVA 3WDJA 3GYCA 4IPLA 3ARPA 5FD0A 3WD0A 4J7RA 1VBRA 5BXTA 3OZOA 3WL0A 1B0IA 2WC7A 3THCA 3VGGA 3DECA 3WFZA 3LMYA 4E2OA 1B31A 3AMCA 2J7EA 2V3FA 3CMJA 7CGTA 1R85A 5DF0A 2WPGA 4AISA 3RJYA 1O6IA 1XCXA 2OSYA 3PZTA 1LG2A 3EDDA 2YDQA 1UD4A 1UWQA 1KR0A 3O9NA 1E4LA 1WP6A 2UY5A 3WD3A 2WHJA 3EDFA 5EBAA 3BAXA 2J8FA 5LA1A 2PWGA 1IZJA 4AZ6A 3HMCA 1KQYA 2CKRA 3S2CA 2GJPA 4ZEPA 1ODZA 1UKQA 2VOTA 2E8YA 4C7GA 4M80A 2G3NA 2YL5A 1BYDA 3WUFA 1NOFA 3D5HA 4U2ZA 4C7DA 3AHXA 1W9VA 4N42A 1GPFA 3AIUA 1Q4NX 3FAXA 2WVVB 1CBGA 3SCNA 2JF7A 4BF7A 3A6OA 4DUXA 3WY3A 2F8QA 1UWUA 5KZ6A 2DT2A 3PZUA 2J79A 1LL7A 2WCAA 2D3LA 2PBGA 3MU7A 4NSBA 3WH7A 4GIAA 1HJQA 4QCFA 4JIEA 3NUKA 3PZGA 4MDPA 1FH8A 1PPIA 4A3HA 5M03A 3WQ4A 3SCSA 1JNDA 5ECUA 1FP8A 2J78A 8A3HA 4XZBA 3T09A 2Y24A 2D23A 2YDRA 4FLSA 1GZJA 3I3BA 4PTMA 1QBAA 3OZPA 4M1RA 2OYKA 3MMDA 2IXVA 3M46A 2O9PA 4PSPA 4OBSA 2TAAA 4LYRA 2WSPA 3UETA 1UD8A 4PMNA 2DH3A 2MANA 1VEMA 1XD0A 3U5YA 2QLYA 1HIZA 1E6NA 1OIFA 4MTVA 1UD2A 2XYLA 1KBBA 3CHCA 2WNWA 6A3HA 3WD2A 1M53A 3K8MA 3BXWA 1GNXA 1XSJA 4YHEA 1OD0A 1BYBA 1O7AA 3A4WA 1C91A 3AHTA 1JL8A 1QPKA 2OSXA 5GNZA 3AZTA 3POCA 1PEZA 1E5NA 1HKJA 1XH2A 3AIWA 3VIGA 1JAKA 2VT0A 4AZ7A 3T2PA 3B9AA 3U57A 3VIKA 1UWSA 4J3WA 1NM9A 4U3AA 3J7HA 3WENA 3MMUA 3HU7A 1QNOA 4TVCA 1GVIA 3VX1A 4AZCA 1C3FA 1RP8A 4M81A 1CGUA 1BQCA 4CKQA 1FFRA 5FOOA 3KE0A 1CNVA 1HKMA 1W9DM 2FGZA 3AOFA 2J7HA 4P8VA 4PMUA 5ABEA 3ZIZA 1EO5A 2XM2A 3L4UA 3VNYA 5E9AA 3TTSA 1OBAA 5HOSA 3BAKA 4RE3A 1D7FA 3AFBA 3RM4A 4B15A 1K9TA 1ISWA 2G3MA 2XG9A 1J0YA 3VMOA 3AIRA 3AYSA 4QLLA 5I2UA 1BVZA 4AZGA 2VR4A 2GSJA 2WC3A 3VILA 2E4TA 2D0GA 1GUVA 3GH4A 1W9PA 3VD9A 1ESWA 1KCLA 1OD8A 5I78A 1SYTA 3VVGA 1BVNP 1MQQA 2DSZA 3VD7A 1Q6GA 2VURA 2RGMA 4H41A 3WDQA 5A6KA 4AIUA 1WCGA 2AOSA 5I6SA 1CPUA 2D3NA 4PMOA 2ZXQA 2QPUA 2E9BA 2VRQA 1GOMA 2G8ZA 3GDBA 1Q6EA 1C7SA 2CITA 1R7AA 4NF7A 3BC9A 1EGZA 1H5VA 3SCRA 3T2OA 3WDRA 3CUIA 2WANA 2FGLA 1CXHA 4HZ8A 5A6AA 4BA0A 4GPNA 4LGXA 2VJXA 2X05A 5FL1A 1UR8A 1J0ZA 2PWDA 2W66A 3WDPP 3WQ6A 2WK2A 3OGSA 4AD4A 1E0VA 1G1YA 3F5JA 4CD7A 2HVMA 4HPHA 2WBKA 5IFPA 1GOKA 4AIOA 1IT0A 2XGIA 1W1TA 3FHQA 3PZOA 3UG3A 1U2YA 1E6QM 1DWFM 1GONA 4HA3A 1XD1A 3CHDA 4Z2IA 4CVWA 5E0FA 3ARYA 1AQMA 1C92A 2CERA 3AS0A 4JFSA 1W3HA 1U30A 4JFVA 1HKKA 5HNNA 7TAAA 3ZOAA 5IDIA 3CUJA 4CVUA 1ZL1A 5A2BA 1NH6A 2W63A 4QDMA 2BNJA 4PUEA 1QW8A 3EDEA 4RE2A 1J01A 2ZUTA 2YDSA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2JEQ A;  4QAW A;  5I77 A;  1QHO A;  1IZK A;  3ARR A;  1GQK A;  3L4T A;  2XPK A;  4R5E A;  4XV0 A;  3PTK A;  3F5L A;  4NRR A;  1VF8 A;  4W93 A;  1UH3 A;  3QOK A;  1HN1 A;  2GJR A;  3WUE A;  2ESC A;  4AD3 A;  3RME A;  5HXM A;  3BSG A;  1SMD A;  3A4X A;  1OGS A;  2XIB A;  1RP9 A;  2XJ7 A;  1NWR A;  4GZJ A;  3RM9 A;  2WMF A;  2Y4S A;  2GDU A;  3ARW A;  1QI4 A;  3VDC A;  1FH7 A;  2JE8 A;  4AD2 A;  1SFS A;  1R86 A;  2UY3 A;  4FK9 A;  1ZBC A;  1V0M A;  4HME A;  4ZFM A;  4GZE A;  1BTC A;  4S3K A;  2QMK A;  1JFH A;  2BS9 A;  1CEO A;  2HIS A;  3BMV A;  5FIP A;  4W85 A;  1KGW A;  1BG9 A;  1CXL A;  1MWO A;  5CPS A;  2O92 A;  3VU2 A;  1H11 A;  4FLO A;  3ZST A;  1OCQ A;  3AHY A;  1OWQ A;  1Z32 X;  1KXV A;  6TAA A;  2YLA A;  3WNL A;  3QGV A;  5IFT A;  4UQA A;  3ZT7 A;  4OOU A;  3NCO A;  4MAZ A;  1UKT A;  5A8P A;  4GI9 A;  4UTF A;  3MUA A;  1YHT A;  3E1F 1;  1UYQ A;  1HP5 A;  4J3V A;  1V3M A;  2BY3 A;  4D72 A;  3GNP A;  1ZJA A;  2EEX A;  2CBV A;  1ISY A;  4IIS A;  1C8Q A;  2CES A;  5BXP A;  1E43 A;  3ZM8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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