2GDUA

E232q mutant of sucrose phosphorylase from bifidobacterium adolescentis in complex with sucrose
Total Genus 180

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
180
sequence length
504
structure length
503
Chain Sequence
MKNKVQLITYADRLGDGTIKSMTDILRTRFDGVYDGVHILPFFTPFDGADAGFDPIDHTKVDERLGSWDDVAELSKTHNIMVDAIVNHMSWESKQFQDVLAKGEESEYYPMFLTMSSVFPNGATEEDLAGIYRPRPGLPFTHYKFAGKTRLVWVSFTPQQVDIDTDSDKGWEYLMSIFDQMAASHVSYIRLDAVGYGAKEAGTSCFMTPKTFKLISRLREEGVKRGLEILIQVHSYYKKQVEIASKVDRVYDFALPPLLLHALSTGHVEPVAHWTDIRPNNAVTVLDTHDGIGVIDIGSDQLDRSLKGLVPDEDVDNLVNTIHANTHGESQAATGAAASNLDLYQVNSTYYSALGNDQHYIAARAVQFFLPGVPQVYYVGALAGKNDMELLRKTNNGRDINRHYYSTAEIDENLKRPVVKALNALAKFRNELDAFDGTFSYTTDDDTSISFTWRGETSQATLTFEPKRGLGVDNTTPVAMLEWEDSAGDHRSDDLIANPPVVA

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
source organism Bifidobacterium adolescentis
publication title Structural Rearrangements of Sucrose Phosphorylase from Bifidobacterium adolescentis during Sucrose Conversion
pubmed doi rcsb
molecule keywords sucrose phosphorylase
total genus 180
structure length 503
sequence length 504
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.4.1.7: Sucrose phosphorylase.
pdb deposition date 2006-03-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00128 Alpha-amylase Alpha amylase, catalytic domain
A PF09244 DUF1964 Domain of unknown function (DUF1964)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.20.220.10 Mainly Beta Single Sheet Glycosyl hydrolase fold alpha-Amylases 2gduA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2gduA01
3.90.400.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Oligo-1,6-glucosidase; domain 2 Oligo-1,6-glucosidase; Domain 2 2gduA02
3O2LA 3WH6A 1G0CA 2Y5EA 3K1DA 3WH5A 3U57A 2B31A 1UWRA 2VJXA 4PMOA 2W63A 3A3HA 3II1A 1H0GA 1KBBA 3LPGA 2ZIDA 2VOTA 2UY2A 3EMZA 3OLGA 5EB8A 1CEOA 1BYBA 3BAIA 4B15A 4CN1A 1WCGA 2WMHA 4J3TA 4ZFMA 3ALFA 2W61A 3BAXA 3T0BA 3WDIA 3OG2A 5A8MA 2WNWA 5I24A 3W6LA 1IT0A 1MXDA 5M03A 4KGJA 3AMKA 3ARXA 5CPSA 5FCZA 1VEPA 1ZBWA 1V02E 2CBVA 4AYSA 1XCXA 4CD8A 4C7DA 4WLCA 4MNLA 3ZR6A 2EBNA 4NRSA 5A6BD 2GDUA 1BPLB 3AFBA 2D2OA 1MW3A 1NM9A 3PBGA 5HPOA 3SCOA 5A2BA 5GNZA 1V0KA 1FFQA 3BSGA 2FDMA 1AMYA 3OA5A 1JDAA 3OZPA 1CTNA 1G5AA 1WZAA 1JXJA 1V3MA 1ISXA 1Q6CA 1GW1A 3NJ3A 4LXFA 1VBUA 2CYGA 5BXTA 1K9TA 1B31A 1GOIA 1RH9A 5DO8A 3ZT7A 1UYQA 1C8YA 3WQWA 4JAWA 4JKMA 4ZEPA 1M03A 1UH2A 1S46A 7A3HA 1UZ1A 1FP9A 1SMAA 2Y2WA 2WPGA 1J11A 5E6ZA 5D8WA 3WEZA 1UWUA 4HTYA 1QHPA 3WNKA 1GCYA 2ZUUA 3AHXA 5ABEA 2J8FA 5BRPA 3IJ8A 4W88A 5JUVA 2XVNA 3ARUA 5E0FA 1SMDA 1UR9A 1MW1A 3WKZA 3WBEA 3W37A 4W8AA 4MAZA 5CJ5A 4D72A 4JKKA 3L4UA 5CGTA 4FLQA 4GZIA 2ZUTA 2ZUWA 2XIIA 1CGXA 1HVXA 2G3NA 2JF6A 1CGVA 2OSWA 3L4ZA 5I79A 1R7OA 5E0CA 1FHDA 2VX7A 1RP8A 2J4GA 2FGZA 1FP8A 3PZOA 1W2PA 3PZUA 1WNOA 2F61A 4D6EA 5A94A 4GIAA 1ZJAA 3MUY1 2BY2A 3K4DA 4J3XA 2WKLA 4GI6A 4M81A 2O9PA 1XC6A 1B3XA 1OT2A 4HPGA 3D5HA 5JBDA 2XVPA 1EXPA 1UUQA 5ABHA 3OIHA 1GVYA 2BHUA 5A6SA 5C8BB 1W1VA 4M56A 5A6BA 2ZICA 4Y7EA 2PF0A 1LF1A 1BFNA 2EEXA 3VIPA 4QLLA 1XSJA 2Y4SA 1OWQA 2J47A 2WHJA 4M24A 3UG5A 1ZJBA 1ISZA 4DWSB 4N0RA 3L4VA 3AZRA 3WN6A 3POCA 3F5LA 1K9EA 1W9DM 1C90A 4GXPA 4UFLA 2G4FA 1F4HA 4UOQA 3CPUA 3IJ7A 1TZ7A 1E72M 4JFUA 3AS3A 1CLXA 2XM1A 7CGTA 1V6VA 1E0VA 1OSEA 3QGVA 1Q6EA 4UFKA 3RJYA 1D3CA 5CLTA 4EANA 3VGHA 1JZ7A 1GQLA 3N18A 1NARA 1FA2A 1G1YA 2VRKA 1VEMA 1XCWA 3B9EA 1TUXA 2PWHA 2WHKA 1BHGA 1QOXA 2FHBA 2GK1A 4AZ6A 4EAMA 3G6LA 2ZWYA 3MO4A 1CGUA 3WIJA 3AS1A 3AS2A 2VVNA 2OYLA 2A3EA 3AXHA 1NOUA 4BQ5A 3SURA 4NI3A 1BQCA 2ESCA 4HA3A 5M3WA 2ZXBA 3OLIA 2PWGA 2JEPA 1M7XA 4PMNA 3QOMA 2DT1A 1KCKA 2BS9A 2YDQA 3NYDA 4AD1A 2QPSA 3QOKA 3WNPA 4GQQA 3QR3A 1YQ2A 1VB9A 2GJPA 3VILA 3VNZA 3WNMA 2JEQA 5EFFA 3I3BA 3UG3A 2VL4A 5A8QA 4NSBA 3F5JA 2NW0A 3SUSA 4A4AA 1WDSA 1TE1A 3B9DA 1MXGA 1E70M 4YPJA 1CZ1A 1ZB5A 1CGYA 1W2VA 3WMSA 2FHCA 3VIMA 1VRXA 3W25A 1PZ2A 3PTMA 2QMJA 1VFMA 3WY1A 3NDYA 5BXRA 1GVIA 2X09A 2EPKX 4UOJA 4C7FA 2EQDA 4H2CA 4DWSD 3UG4A 3W4RA 1TG7A 2WZEA 1NWTA 3N1AA 3NIYA 2PBGA 1KGXA 4MB5A 3THCA 5LA0A 4CCCA 3WQ5A 3CUJA 4TTUA 5DT7A 2VCCA 1CDGA 4FLRA 3GZAA 2BHZA 1NQ6A 3VDHA 3WD2A 1VEOA 5I3DA 3GBEA 1ZU8A 1QHOA 2JF7A 1I75A 3AQUA 4TVUA 5CLWA 1OT1A 3EDKA 4MTVA 3SCUA 1VF8A 4GI8A 3L4TA 5CG0A 1UQZA 4XZBA 1EHAA 1E56A 1AQ0A 2J7HA 2YDSA 1B0IA 2BXZA 1LL4A 4AD5A 4UQBA 1HJWA 1WDQA 1W1YA 1UD3A 1B2YA 4U33A 2QLYA 1ITCA 3GXDA 4IPLA 1JF6A 2YL8A 2DT2A 3M46A 4F8XA 2JIEA 3WDPP 1HJUA 1OGBA 4F9DA 5IFPA 4ZE4A 1CNVA 4A3HA 3QHNA 1J0YA 1KQZA 1UOKA 2ZUMA 1H11A 1R86A 4PSRA 2CXGA 1XH0A 3CUIA 1ZBCA 3VD3A 1GUVA 4UOZA 1DP0A 2VZUA 3ARZA 3CHFA 2WLYA 1TA3A 3L4WA 1E73M 2G3IA 3FNDA 2G3MA 2QF8A 1LLOA 2WYSA 1MYRA 1J9YA 2G41A 4TX8A 3WNNA 2UY5A 2J7GA 2VZVA 4U5KA 3WFLA 4JCLA 1HJXA 4RE2A 2O9RA 1DWJM 3VIKA 3WF0A 2BY3A 3RJXA 2WAGA 2DH3A 4U2YA 1CGTA 3MUAA 2ZX7A 4JL1A 3G6MA 4HOZA 1GPFA 3UCQA 3MSDA 3PZ9A 2IXVA 1UWIA 1V0NA 3BLKA 3VIGA 4Z2GA 2VQUA 1UR1A 1KWKA 3BC9A 4PMUA 3GXMA 4Q22A 2YBTA 1MQRA 3CHDA 4DWSA 4QLKA 2VR5A 2O92A 2DSZA 4RE3A 2YL6A 1GOQA 4FLOA 3U7BA 3CTTA 1JYWA 2DH2A 3VMPA 1ESWA 3AIUA 3VX1A 1X6NA 1XSIA 2WVTA 1FOBA 1C7TA 2Y24A 2BVYA 4MB1A 2E40A 2VI0A 5BWFA 5I2UA 1HXJA 2HVMA 1C8QA 2BVDA 1V6XA 4JL2A 5JBEA 1M01A 4WKAA 3W27A 4AZCB 4OZOA 1PAMA 2Z1SA 1QNOA 1OGGA 2J7CA 1W3HA 4H04A 3AHZA 2W62A 1EH9A 4ATLA 2IUZA 1G01A 4EE9A 4UFIA 1HIZA 4PTXA 3WD4A 3CMJA 4MJ2A 3MUZ1 3OZOA 3T2QA 2ZXAA 1HKMA 4TXEA 2W67A 4UFJA 3W82A 2D24A 5A3HA 3PZNA 1KXQA 1WZLA 1MFUA 3K46A 3ZJKA 4P7QA 1UWQA 1UD5A 1W3KA 4NZCA 1QI0A 5IHRA 2XFYA 2VQTA 5A6LA 4GZJA 3LPFA 4W5ZA 3E1F1 1E55A 3RDKA 3GXIA 3WBAA 5A8NA 3I3EA 4M8UA 1BSIA 1WKYA 4PMZA 3DHPA 2VUYA 4CVWA 1UR0A 1U30A 2VURA 4JHZA 2WVVB 4QP0A 4AWEA 1FH9A 4PRWA 3W29A 5DMYA 2VRQA 3WF3A 3ZJ8A 4GKLA 1V02A 3CMGA 3SCPA 1DTUA 1BTCA 3MMWA 3RMEA 5I6SA 1WP6A 3VD7A 2OWCA 3TTSA 3WH9A 3WNOA 4BF7A 3SCNA 2EPMX 4YHGA 3UEQA 2TAAA 6A3HA 4CD5A 2CBJA 4E2OA 1H5VA 1PZ3A 5C71A 4C7GA 5I77A 1CXEA 1CLVA 1JZ6A 2DIEA 2OSYA 2Y8VA 1E5JA 3WELA 1UR2A 5E9AA 2RGMA 3AICA 2WC7A 3PZTA 2ZUVA 3D3AA 3VO0A 8A3HA 1E6ZA 2ZXDA 4H8VA 2D0FA 2GJXB 3PZQA 1M04A 1F4AA 3WQ8A 1D2KA 1VIWA 1XRVA 2WHLA 3U5UA 3VDBA 3TONA 4S3KA 2J78A 2WCGA 1HP5A 1O6IA 4XZWA 1R85A 1QPKA 1MVYA 1X1NA 1RP9A 1NP2A 1JDDA 2V5CA 1WZKA 2DPEA 3VDCA 4AZHA 3GTNA 1GONA 3GXFA 1OIMA 2WZIA 5CXPA 2QPUA 1H41A 4PTMA 5BXSA 2D3LA 3W28A 4AZ5A 4HPHA 1XD1A 1V6UA 2AOSA 1AQHA 1EA9C 5JIWA 1UD4A 3AHYA 4WK9A 3ECQA 5A6AA 4E8CA 1JFXA 2WCAA 4Z2HA 2YA0A 2C8NA 4ZXLA 1PX4A 5ABFB 2GJRA 3IAQA 1GOWA 2UWFA 1XSKA 1FH8A 5BRQA 4AIUA 3KWXA 1VFOA 4D6DA 1W3LA 5KZ6A 2XFFA 4U3AA 2DEPA 1GQJA 4ACZB 2ZUSA 3N13A 5I78A 5A2AA 2QV4A 2VX5A 2ZUNA 3CZGA 1TR1A 3AMCA 1BVNP 1QVBA 1DWIM 2ZE0A 3A4AA 5CPQA 1GJWA 4JFWA 4AY1A 2XWEA 5JIPA 5FL1A 2A3CA 3CUHA 1HKJA 4V27A 4DUVA 3TP4A 2X0HA 3N17A 4AEFA 1V0MA 1J0HA 3A47A 1JGIA 4CGTA 4AD0A 4MDOA 2ZX5A 1HF6A 1SFSA 2WB5A 5D9NA 3NCOA 3BMWA 5DEZA 2VZSA 1KCLA 3N15A 1LJYA 3T09A 2E9LA 2CITA 3S6TA 1KR1A 5M17A 3I3DA 5CGMA 5M5DA 3W81A 1LL7A 2C7FA 2WMIA 1DWHM 1KR0A 4W7WA 4XV0A 3DYOA 1UHVA 4Z2JA 2D1ZA 4RE4A 3BCDA 2OYMA 1E15A 3TA9A 3VGGA 4RL3A 4QCFA 1J12A 3BAKA 2YKKA 1O7AA 4D1IA 1PIGA 3L4XA 5HXMA 1J18A 6CGTA 1QHZA 1EQPA 2YOCA 1C8XA 1AQMA 4QLJA 2BNJA 3IANA 4CD6A 3RO8A 1QNPA 1K6AA 4B3KA 2DIJA 5IXEA 2PB1A 3N11A 2YA2A 3W24A 4Q7NA 3AIEA 3EDFA 5CPTA 4TOQA 1US2A 4TVDA 2EPOA 1DWGM 8CGTA 4P8XA 1CXHA 2NT0A 2VTFA 4LYPA 4QAWA 4MAVA 4X0NA 4D6HA 5ABGA 4D1JA 1N82A 5A1AA 4PTVA 4P8VA 2YA1A 5FKYA 3AXIA 3ZIZA 5GNYA 1L0PA 4HU8A 3W26A 3WDRA 3WMBA 2J79A 2E0PA 3WFZA 1UKOA 3WDQA 4XUYA 1J10A 3WQ4A 1KQYA 5I0DA 2WBGA 3VMNA 2YLLA 3BXWA 4CCEA 5D8ZA 3TOPA 3RIKA 1E0WA 4NRRA 5A6KA 3B9AA 3GM8A 4W93A 1GOKA 3SIMA 2A3AA 2E4TA 1H0IA 4WIWA 2ZX6A 3VIJA 2Z1KA 3SCSA 4J3UA 1PX8A 1E40A 1EGZA 1QI4A 4W85A 1MQQA 2IXUA 3GBDA 2XYLA 3A6OA 2WWDA 3ARPA 4W7UA 4W87A 2WLZA 3VIHA 4K68A 5EMYA 1HVQA 3NSXA 4UZUA 3WY3A 4J7RA 3WL1A 1UZ4A 3HU7A 4OOUA 4B9YA 2VZTA 1Q6DA 2X1IA 1RD6A 1W1TA 1LWHA 1CGWA 3PTKA 1FHLA 3MU7A 3MANA 2CESA 3AHVA 4AEEA 3RPMA 3POHA 3WH8A 4PUDA 1V3HA 4H8UA 4UNIA 4KRTA 3SUUA 1LL6A 2RGLA 5E6YA 4AZGA 1CWYA 1VFFA 1D7FA 3VDAA 3AIQA 1E1EA 4LYQA 2PBOA 1JG9A 3IAPA 1FFRA 3AYSA 4F79A 2J77A 2XTKA 2PWDA 2J7DA 2CKRA 2X0YA 4B9ZA 5HOSA 4B16A 7TAAA 2EPLX 4PMXA 3HMCA 1LG2A 2GSJA 4ZE5A 1UD8A 4AZ7A 2J7FA 4D6IA 2WVSA 1KBKA 1WB0A 1Z32X 2J8GA 5GPRA 2XSBA 1VJSA 4UQCA 3VD9A 2WMKA 3WUEA 4ACZA 2CHNA 3PZIA 1E6RA 1K9DA 1EOMA 2FH8A 3SUWA 2V3EA 3T0DA 1VENA 1E3ZA 3AROA 1EDQA 2YL5A 4YN5A 4Z2KA 1LWJA 4EK7A 4D6GA 2VZOA 2J25A 4X9YA 1VJZA 3WUFA 2D3NA 3HN3A 3CHEA 3AOFA 1G94A 3N04A 3BH4A 4DUWA 2XHYA 3JUGA 1UA7A 4UQAA 2C0HA 3FAXA 2E8ZA 3WY4A 1KB3A 2FGLA 1BYAA 3MUIA 5FL0A 5GNXA 1E6SM 1CXIA 3O6AA 3DC0A 1R8LA 2E8YA 1H49A 1TFVA 1E4IA 5A6JA 2WBKA 5KEZA 5IFTA 4L4PA 1UKQA 1XV8A 3GYCA 2VT0A 4YHEA 5FOOA 1ISWA 1MFVA 4GO9A 4GI9A 1ITXA 1CENA 2Q8XA 2WSKA 1JZ8A 4PCTA 4BQ2A 3VD5A 1HNYA 3AIVA 1ZL1A 4BZYA 3EMCA 3WNLA 4KMQA 3DYPA 3FW6A 5D9PA 3VIOA 1B1YA 2UY3A 2GDVA 2YL9A 4F9JA 1JFHA 1LQ0A 3ARTA 3WSUA 3CZKA 3AIRA 2GVYA 5FIPA 3TTOA 5AC4A 1Q6GA 1V3JA 4GINA 1CYGA 1X6LA 3PN8A 3VMOA 1PIFA 1HT6A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3O2L A;  3WH6 A;  1G0C A;  2Y5E A;  3K1D A;  3WH5 A;  3U57 A;  2B31 A;  1UWR A;  2VJX A;  4PMO A;  2W63 A;  3A3H A;  3II1 A;  1H0G A;  1KBB A;  3LPG A;  2ZID A;  2VOT A;  2UY2 A;  3EMZ A;  3OLG A;  5EB8 A;  1CEO A;  1BYB A;  3BAI A;  4B15 A;  4CN1 A;  1WCG A;  2WMH A;  4J3T A;  4ZFM A;  3ALF A;  2W61 A;  3BAX A;  3T0B A;  3WDI A;  3OG2 A;  5A8M A;  2WNW A;  5I24 A;  3W6L A;  1IT0 A;  1MXD A;  5M03 A;  4KGJ A;  3AMK A;  3ARX A;  5CPS A;  5FCZ A;  1VEP A;  1ZBW A;  1V02 E;  2CBV A;  4AYS A;  1XCX A;  4CD8 A;  4C7D A;  4WLC A;  4MNL A;  3ZR6 A;  2EBN A;  4NRS A;  5A6B D;  2GDU A;  1BPL B;  3AFB A;  2D2O A;  1MW3 A;  1NM9 A;  3PBG A;  5HPO A;  3SCO A;  5A2B A;  5GNZ A;  1V0K A;  1FFQ A;  3BSG A;  2FDM A;  1AMY A;  3OA5 A;  1JDA A;  3OZP A;  1CTN A;  1G5A A;  1WZA A;  1JXJ A;  1V3M A;  1ISX A;  1Q6C A;  1GW1 A;  3NJ3 A;  4LXF A;  1VBU A;  2CYG A;  5BXT A;  1K9T A;  1B31 A;  1GOI A;  1RH9 A;  5DO8 A;  3ZT7 A;  1UYQ A;  1C8Y A;  3WQW A;  4JAW A;  4JKM A;  4ZEP A;  1M03 A;  1UH2 A;  1S46 A;  7A3H A;  1UZ1 A;  1FP9 A;  1SMA A;  2Y2W A;  2WPG A;  1J11 A;  5E6Z A;  5D8W A;  3WEZ A;  1UWU A;  4HTY A;  1QHP A;  3WNK A;  1GCY A;  2ZUU A;  3AHX A;  5ABE A;  2J8F A;  5BRP A;  3IJ8 A;  4W88 A;  5JUV A;  2XVN A;  3ARU A;  5E0F A;  1SMD A;  1UR9 A;  1MW1 A;  3WKZ A;  3WBE A;  3W37 A;  4W8A A;  4MAZ A;  5CJ5 A;  4D72 A;  4JKK A;  3L4U A;  5CGT A;  4FLQ A;  4GZI A;  2ZUT A;  2ZUW A;  2XII A;  1CGX A;  1HVX A;  2G3N A;  2JF6 A;  1CGV A;  2OSW A;  3L4Z A;  5I79 A;  1R7O A;  5E0C A;  1FHD A;  2VX7 A;  1RP8 A;  2J4G A;  2FGZ A;  1FP8 A;  3PZO A;  1W2P A;  3PZU A;  1WNO A;  2F61 A;  4D6E A;  5A94 A;  4GIA A;  1ZJA A;  3MUY 1;  2BY2 A;  3K4D A;  4J3X A;  2WKL A;  4GI6 A;  4M81 A;  2O9P A;  1XC6 A;  1B3X A;  1OT2 A;  4HPG A;  3D5H A;  5JBD A;  2XVP A;  1EXP A;  1UUQ A;  5ABH A;  3OIH A;  1GVY A;  2BHU A;  5A6S A;  5C8B B;  1W1V A;  4M56 A;  5A6B A;  2ZIC A;  4Y7E A;  2PF0 A;  1LF1 A;  1BFN A;  2EEX A;  3VIP A;  4QLL A;  1XSJ A;  2Y4S A;  1OWQ A;  2J47 A;  2WHJ A;  4M24 A;  3UG5 A;  1ZJB A;  1ISZ A;  4DWS B; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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