2GDV | Genus

Total Genus 176

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	176
sequence length	504
structure length	504
Chain Sequence	MKNKVQLITYADRLGDGTIKSMTDILRTRFDGVYDGVHILPFFTPFDGADAGFDPIDHTKVDERLGSWDDVAELSKTHNIMVDAIVNHMSWESKQFQDVLAKGEESEYYPMFLTMSSVFPNGATEEDLAGIYRPRPGLPFTHYKFAGKTRLVWVSFTPQQVDIDTDSDKGWEYLMSIFDQMAASHVSYIRLDAVGYGAKEAGTSCFMTPKTFKLISRLREEGVKRGLEILIEVHSYYKKQVEIASKVDRVYDFALPPLLLHALSTGHVEPVAHWTDIRPNNAVTVLDTHDGIGVIDIGSDQLDRSLKGLVPDEDVDNLVNTIHANTHGESQAATGAAASNLDLYQVNSTYYSALGCNDQHYIAARAVQFFLPGVPQVYYVGALAGKNDMELLRKTNNGRDINRHYYSTAEIDENLKRPVVKALNALAKFRNELDAFDGTFSYTTDDDTSISFTWRGETSQATLTFEPKRGLGVDNTTPVAMLEWEDSAGDHRSDDLIANPPVVA

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

publication title	Structural rearrangements of Sucrose Phosphorylase from Bifidobacterium adolescentis during sucrose conversion rcsb
molecule tags	Transferase
source organism	Bifidobacterium adolescentis
molecule keywords	sucrose phosphorylase
total genus	176
structure length	504
sequence length	504
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.4.1.7: Sucrose phosphorylase.
pdb deposition date	2006-03-17

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00128	Alpha-amylase	Alpha amylase, catalytic domain
A	PF09244	DUF1964	Domain of unknown function (DUF1964)

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.20.220.10	Mainly Beta	Single Sheet	Glycosyl hydrolase fold	alpha-Amylases	2gdvA03
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	2gdvA01
3.90.400.10	Alpha Beta	Alpha-Beta Complex	Oligo-1,6-glucosidase; domain 2	Oligo-1,6-glucosidase; Domain 2	2gdvA02

3PZTA 4PMQA 2O9OA 3KL5A 3T0AA 4A4AA 1FH7A 1VJSA 1HX0A 1LG1A 3A4XA 1H2JA 3WKZA 2A3AA 3PZIA 1E40A 4J7RA 1Q6DA 2EXOA 2FHBA 3W28A 5IFTA 4U2YA 4QP0A 1PZ2A 3VIOA 3PBGA 5I24A 3AXXA 4MJ4A 4U5IA 1OD8A 2RGMA 4W8BA 3NCOA 1JDCA 2WMGA 1JAEA 3RCNA 4YN5A 2VO5A 3B9DA 1CGYA 2PBOA 4WJXA 3VNZA 4C7GA 1OCQA 3KE0A 4R27A 3VUPA 2FHFA 1PJ9A 4MTVA 3T2PA 4D6IA 2JIEA 1UZ1A 2YBTA 1JDDA 3WELA 2CITA 2ZUUA 1I1XA 1QBAA 3ARWA 5JBEA 4E4PA 2YBUA 1H1NA 3FNDA 3BAJA 3VGHA 4WF7A 3WDHA 5I2UA 4P7OA 3L4TA 3GNRA 3VDBA 4J3SA 1KFWA 2W62A 3VIHA 1CGVA 1VB9A 3POCA 4PSRA 4YPJA 3SUWA 5D9NA 2JIWA 3AZRA 4P8XA 4B16A 2GSJA 4CCDA 4P8UA 2Q8XA 3WMBA 2BS9A 5LA1A 1UKTA 5BXRA 1W9XA 3THCA 2WVVB 5E6YA 1C3FA 1US2A 3BAYA 3K1DA 3SUTA 3B9EA 1VBRA 1W2PA 2DEPA 2B31A 5C71A 4Z2IA 2OWWA 1TVPA 7TAAA 1DWJM 3BAIA 4UFHA 5CLTA 1J0IA 3KZSA 3OZPA 4KWUA 1CNVA 2Y4SA 1W3KA 1VIWA 3AMGA 3MMWA 1B31A 2YDRA 5I6SA 2WYSA 4UOZA 5A6SA 4TXEA 4C7FA 1AQ0A 5A6AA 3GM8A 4M81A 1XH2A 4DUXA 1WNOA 4IPLA 3U5YA 4AWEA 4PUDA 4GINA 2WNWA 1UA3A 5HPCA 3AHYA 1K6AA 1UOKA 1J0JA 3ZOAA 3W4RA 3WDIA 1JZ4A 4B3LA 2WB5A 1GONA 1UUQA 1E1EA 4MNJA 1XH0A 4Z2HA 3RM9A 4MDOA 1GJWA 2PI6A 2CEQA 5AC4A 1HXJA 1YHTA 4GZJA 2BY3A 1XSKA 4CUCA 2E9MA 3KWXA 2VJXA 3MV01 4AD5A 4MB4A 1W1VA 4ACYA 2FHCA 2J8FA 1ZU8A 3NJ3A 1GOMA 2VZVA 1WDSA 2DSVA 4D6HA 4NF7A 4JL2A 1PBGA 2WZHA 1Q6CA 5DT7A 3VMPA 3FW6A 2IXVA 3HU7A 3II1A 2YA2A 3W38A 1UH2A 1WE5A 1H0IA 1H4PA 2PC8A 1RPKA 1GOKA 5BXPA 3QHOA 4MAVA 1GNXA 2DSKA 1MXDA 2W91A 4AZIA 3L4ZA 5E6ZA 3S6TA 4JKKA 3VTRA 2C0HA 3AIUA 2DH3A 3VKKA 1JI2A 2VVNA 5A8NA 1JYVA 4N42A 3WH8A 1KWKA 2CHNA 2ZWZA 2YA0A 3AOFA 3VGFA 2EPKX 4W7VA 1E55A 2VZSA 4XV0A 3WF0A 4JL1A 1ZJBA 5CPSA 4AD3A 3BC9A 3OLEA 1QNOA 4Q22A 5AYBA 1E56A 3N11A 4W7WA 3OLDA 4TVUA 1GJUA 4KGLA 4OIFA 3WNMA 4AD0A 2PWGA 4JFTA 2GJXA 1V0LA 1HJWA 3O6AA 4D6DA 2E8YA 1BQCA 4DWSA 2CKRA 2Z1KA 5D9MA 1HNYA 4GZIA 5HNNA 3WD0A 4AZHA 1PIGA 5IFPA 5HOSA 5EBAA 4CD8A 4TVCA 2WLZA 4L4OA 3U7BA 2WZIA 1SFSA 3N13A 1C93A 5HBFA 1E6PA 4D72A 3VX0A 1HN1A 1Q6EA 4GO8A 4AISA 4AZGA 3S2CA 5JBFA 1BSIA 2WCAA 3GTNA 5FIPA 1E6QM 4B9ZA 3CGTA 1CIUA 3ECQA 5FL1A 3AHVA 1ZBKA 3I3EA 2DSWA 4PN2A 3PZMA 2ZOXA 4JKLA 4Y7EA 1UYQA 1E9LA 3OZOA 2WKLA 4LX4A 4PMOA 1UD6A 4AIOA 1PEZA 2CIPA 2UWFA 2Y5EA 5GNZA 3BXWA 4CN6A 5E9AA 1ISZA 1WDRA 1CEOA 2W5FA 2CBJA 4UR9A 5A69A 4UQEA 1G01A 3ZT5A 5IHRA 1UG6A 4M29A 4H8VA 4XB3A 4WSKA 4D1IA 2W92A 1HJUA 2JEQA 1UA7A 5DO8A 2WHMA 3OA5A 2G3IA 4WK9A 3T2OA 1CYGA 2YJQA 2ZUWA 1WZAA 4Q7NA 2WPGA 1PX8A 3PZGA 1EOMA 4HU0A 1CWYA 3KEHA 1JGIA 2QLYA 3AIRA 4HPHA 1MW0A 4LXFA 1NWTA 1UD8A 1WCGA 2Y8VA 3MSGA 3MANA 4GPNA 3SUSA 3WMCA 5A2CA 2VZUA 2J7GA 3AISA 4U5KA 2J4GA 3DECA 1XSIA 1M04A 1EQCA 2VCBA 3OBAA 4BQ3A 3PZVA 1UZ4A 1E0WA 2J74A 3DHUA 1VEOA 2XM1A 1VFFA 3N1AA 1R7AA 4P7LA 5BXSA 1M03A 4ACZB 2J7CA 3MS8A 1B3WA 1M7XA 4JZ5A 4L4PA 4W7UA 3DYOA 2AOSA 1CXLA 2J7FA 5JIPA 4F9DA 5LA2A 2YOCA 2VQTA 5GPRA 1V6XA 4XZBA 1CPUA 1H0GA 2D3LA 3J7HA 3T0BA 3WUFA 1JI1A 4BCEA 2WAGA 1US3A 4MDPA 4BA0A 2DDXA 5C8BB 1AVAA 1UWQA 3OLGA 1XSJA 3A3HA 3ALFA 1RP8A 4HA3A 3AIEA 3AXIA 4B9YA 2VVSA 4PEEA 3W37A 4MB5A 4CVUA 3W26A 1CENA 4AMCA 1XGZA 1KBBA 4J28A 6A3HA 4FK9A 1B9ZA 2QMKA 1VJZA 2ESCA 2ZX9A 3I3DA 3MUY1 2GUYA 2OWXA 3F5KA 4Z2LA 2JFEX 4LYPA 1IZJA 2DIJA 3ZR6A 3WIJA 1C8XA 1GUVA 1BLIA 1JIBA 1JL8A 1BFNA 1QW9A 2CYGA 5A8OA 1ODZA 1G1YA 1NQ6A 4X9YA 1PPIA 2YA1A 4AIEA 2XTKA 2WBGA 2V5DA 2WW5A 1DWGM 3GBDA 4JHZA 3AI0A 4Z2GA 1B3YA 1WZKA 3SCUA 2W66A 1O6IA 3BSGA 2WLYA 3VX1A 2J25A 3CO4A 3EMZA 1W3HA 1E5NA 1V0MA 3T09A 4FLRA 1GOIA 4TX8A 3ZM8A 4J3UA 1KXTA 5D8WA 5A8QA 5I23A 2ZE0A 4UZSA 2FDMA 2NSXA 3W81A 1ZL1A 5M5DA 3PHAA 1EIBA 5A6KA 3ZJ7A 1GORA 2XGIA 2BXYA 1UKPA 4PMVA 3UERA 1CLXA 4WKFA 1DTUA 1ZS2A 4PMYA 1JAKA 3VDCA 3W6LA 1E0XA 3VIGA 1W9DM 1V3MA 4U31A 1J0HA 2VL4A 1KB3A 3BCFA 4URIA 4D6CA 3WQWA 3MV11 5KZ6A 1H3GA 1PIFA 2VNCA 1LL6A 2X0YA 2W4XA 3QGVA 4LPCA 3VD3A 4AY1A 5LA0A 3OLIA 5I79A 1K9EA 1KXQA 4E8DA 2WC7A 1BYCA 1EDTA 1R86A 2WC3A 5F7UA 1W9BM 5D4YA 3PTQA 3SCOA 1J9YA 2EQDA 1NOWA 1UHVA 3A47A 2OYMA 3O9NA 4HPGA 3PZ9A 2GJXB 1E0VA 3F5LA 1OINA 1HJXA 3MUAA 1J0KA 3UCQA 4QDMA 4DWSB 1HJVA 2J79A 2VX7A 5FL0A 1E3XA 2VTFA 3CUFA 1BYDA 1E43A 3CMJA 5I3DA 1CGTA 2XGBA 2CXGA 3LPFA 3ZJKA 1P6WA 4ZXLA 4AXNA 4UOQA 2WKGA 2XM2A 1M01A 2BVTA 1LLOA 1WZMA 2YDSA 4QLLA 1BHGA 2VR4A 3VDAA 1K9DA 3AICA 1H11A 3L4XA 3MMDA 3QOMA 3EDDA 1KBKA 3WD2A 4MB1A 1GCYA 1W2VA 1QVBA 3WH6A 2XFRA 3K46A 4PTWA 3EDFA 4JCMA 3W25A 3APGA 1JZ5A 2WMFA 4J3XA 3GNOA 2VCCA 3AHTA 4QLKA 3GNPA 1OT2A 2E9LA 2VR5A 3W6MA 4M1RA 3L4VA 3FY1A 1KGWA 1MQRA 2WMHA 3T2QA 1TG7A 2NW0A 3CHDA 1N82A 4NZCA 1LG2A 3ZT6A 4EE9A 3RDKA 2BY1A 1CXFA 1E72M 4UOJA 4BQ2A 1EDQA 4S3KA 3OGSA 1B2YA 1E4MM 1OIMA 3BH4A 1JZ8A 5HXMA 3OB8A 1PZ3A 3N04A 1ZJAA 1OGBA 4ZE4A 5DFAA 1HKMA 2G8ZA 1XRVA 4HZ6A 1QOXA 2BV9A 1C7TA 4UQCA 5BRPA 2YLLA 1CXEA 3BAWA 3G6LA 2YKKA 3TTSA 5CPQA 3K8KA 1EO7A 4C7DA 1J10A 1VEMA 3MUZ1 3WNNA 1L0PA 2XYLA 4JFVA 1B90A 3SCRA 1H09A 3WENA 1XYFA 2WVUA 2FH8A 3IJ9A 4QAWA 3UR7A 4LGXA 5D8ZA 1FFRA 3PZQA 1XCWA 1TFVA 3NSXA 1ZBVA 1EH9A 4RE3A 4ACZA 1QPKA 1GOQA 1W9UA 4AZCB 3WY2A 4KRTA 1QNPA 2YL9A 3RO8A 4B15A 4D1JA 1C91A 1SMAA 5I5RA 2CERA 5A94A 1C8QA 3ZMRA 3AMCA 4W8AA 3NDZA 4W88A 3AIWA 3CUIA 1VF8A 1BYAA 3T08A 1W3LA 4KMQA 5IDIA 1V0KA 1XV8A 3HJEA 1UR4A 3BSHA 2CBVA 4W5UA 4WIWA 3NUKA 3EYPA 5HPOA 1J18A 3CLWA 1WZLA 4QCEA 3ARTA 2WHKA 3FHAA 4MNLA 5BCAA 1XYZA 1XH1A 3CHEA 1OBAA 1JZ2A 4F66A 2D22A 1JXJA 1UKOA 1ITXA 1OM0A 5CZKA 1V3HA 2ZUMA 3RJYA 1E71M 2Y2WA 5A6LA 1V6UA 4UTFA 1MFUA 1VENA 1JZ6A 1IT0A 3ZR5A 1GHSA 4W8LA 2CETA 4NRSA 4CU6A 2WK2A 1C90A 1V3JA 1DHKA 1NP0A 2ZXQA 1UD2A 1CZ1A 2V3GA 1FHDA 3IANA 3CUHA 1CDGA 1R8LA 4PMNA 3OGRA 2E3ZA 1UH3A 4MAZA 5A8PA 4QFUA 2GJPA 2FGZA 1NWUA 2WCGA 4PMRA 2J8GA 5CSYA 2PF0A 2XWDA 3ARPA 4AYSA 2XVPA 2ZXAA 1IV8A 1V08A 1UQYA 1ISVA 2XSAA 1GQJA 1NWSA 4ZE5A 4EAMA 3AQUA 4E8CA 4W5ZA 1JDAA 1QI3A 4HP5A 4UNIA 1CXHA 3CH9A 3AMDA 3MKKA 4DM1A 1OGGA 4AD4A 3ZSTA 2WMJA 3RJXA 1EO5A 3VDHA 3UG3A 4GXPA 2DT2A 1BGAA 2F2HA 3VOCA 4KRUA 3KL0A 3B9AA 5A2AA 1I75A 2AAAA 4DWSD 1QHPA 2ZIDA 1E6RA 4PSPA 3G6MA 4MADA 3UG5A 4YHGA 1HL8A 3PTMA 2FGLA 1HKIA 4CN1A 2A3HA 4GZEA 2VZOA 4P7QA 5ABEA 3WL1A 2OSWA 2V38A 3SIMA 3ZJ8A 4UQBA 4GI9A 5A6MA 4DM2A 3PZNA 2ZX6A 1DEDA 1QBBA 4CU7A 1QI5A 4OOUA 2MANA 4PCSA 2VRKA 2WSKA 1OB0A 2AMGA 1UWTA 2WSPA 3ZSSA 5CGMA 2V3EA 2BY2A 5BRQA 1H41A 3VD4A 1EHAA 1EA9C 1OSEA 3SUVA 2CBUA 2XPKA 2QF8A 2VT0A 4P7RA 5AC5A 2ZUVA 1V03A 1ESWA 1V6WA 4OJYA 4F8XA 5ABGA 1TA3B 2BHUA 1V0NA 2YL8A 3ZIZA 1HJSA 1HT6A 1D3CA 2YL5A 1GQLA 3TTOA 2EEXA 3VINA 1ISYA 2ZX7A 1C7SA 3D3AA 1JZ7A 3SCWA 4HTYA 2HVMA 3SCTA 4JCLA 4CD5A 2VX6A 5ABHA 2E8ZA 4ZENA 1JD9A 3DYPA 2J7BA 2W67A 5D9PA 3SCVA 1TVNA 1U2YA 1RP9A 1Q6FA 1NH6A 4UQDA 3EMCA 2G41A 3AIBA 3MU7A 1SMDA 1UD4A 4AZ5A 1B3ZA 4M82A 5C70A 1FP8A 4UFKA 2EPLX 1KGUA 1JF6A 3PZOA 4MJ2A 3SCPA 4GI6A 4HA4A 4TOQA 1VAHA 2YLAA 5A8MA 2WBKA 4ML4A 2QPUA 1MFVA 3GH7A 4PMDA 2TAAA 2WWCA 6CGTA 2G3MA 3U7VA 3VIFA 4IISA 4H7VA 3N15A 3AJ7A 2FH6A 4D6EA 5HDRA 2YL6A 7A3HA 3CUJA 5CXPA 5CGTA 2XIIA 1SR0A 3CBWA 1S46A 2PWHA 2HISA 2D0GA 1JD7A 4HOWA 5I0DA 1DP0A 3WQ6A 2VRJA 4AD2A 4AD1A 4PTVA 1JF5A 3AXHA 1KR1A 1UWUA 2E4TA 3QR3A 3THDA 3AIVA 1KXVA 2WMKA 2DT1A 3M07A 1HVXA 3VIKA 3ARVA 1J01A 1ECEA 1QNQA 3AMKA 3JUGA 1KR0A 1AQHA 1QHOA 4W87A 1E1FA 4X0VA 4JFWA 4RE2A 3CIVA 2EPOA 3VPLA 2DSUA 4AZCA 1J12A 5DMYA 3WQVA 3WH5A 3CPUA 3U5UA 4H8HA 4RL3A 3VMNA 3QHNA 4PMUA 3CZJA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2GDVA

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