2GDV | Genus

Total Genus 176

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	176
sequence length	504
structure length	504
Chain Sequence	MKNKVQLITYADRLGDGTIKSMTDILRTRFDGVYDGVHILPFFTPFDGADAGFDPIDHTKVDERLGSWDDVAELSKTHNIMVDAIVNHMSWESKQFQDVLAKGEESEYYPMFLTMSSVFPNGATEEDLAGIYRPRPGLPFTHYKFAGKTRLVWVSFTPQQVDIDTDSDKGWEYLMSIFDQMAASHVSYIRLDAVGYGAKEAGTSCFMTPKTFKLISRLREEGVKRGLEILIEVHSYYKKQVEIASKVDRVYDFALPPLLLHALSTGHVEPVAHWTDIRPNNAVTVLDTHDGIGVIDIGSDQLDRSLKGLVPDEDVDNLVNTIHANTHGESQAATGAAASNLDLYQVNSTYYSALGCNDQHYIAARAVQFFLPGVPQVYYVGALAGKNDMELLRKTNNGRDINRHYYSTAEIDENLKRPVVKALNALAKFRNELDAFDGTFSYTTDDDTSISFTWRGETSQATLTFEPKRGLGVDNTTPVAMLEWEDSAGDHRSDDLIANPPVVA

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

publication title	Structural rearrangements of Sucrose Phosphorylase from Bifidobacterium adolescentis during sucrose conversion rcsb
molecule tags	Transferase
source organism	Bifidobacterium adolescentis
molecule keywords	sucrose phosphorylase
total genus	176
structure length	504
sequence length	504
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.4.1.7: Sucrose phosphorylase.
pdb deposition date	2006-03-17

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00128	Alpha-amylase	Alpha amylase, catalytic domain
A	PF09244	DUF1964	Domain of unknown function (DUF1964)

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.20.220.10	Mainly Beta	Single Sheet	Glycosyl hydrolase fold	alpha-Amylases	2gdvA03
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	2gdvA01
3.90.400.10	Alpha Beta	Alpha-Beta Complex	Oligo-1,6-glucosidase; domain 2	Oligo-1,6-glucosidase; Domain 2	2gdvA02

4ZENA 1GHRA 1OIMA 1OINA 4AWEA 1BTCA 1UR1A 2J77A 3MSGA 2PF0A 3TTYA 3WF1A 1R7AA 3AIEA 5CG0A 2E3ZA 1OB0A 3DYOA 2CBUA 4AEEA 2D2OA 2WCSA 1MFVA 2OSYA 2BHZA 1ESWA 2JE8A 3TTQA 3KL5A 2Y5EA 4M29A 4MNJA 1XSJA 4AD2A 2C0HA 4CVUA 3WFZA 1H2JA 1WAWA 1JZ5A 2GDVA 4URIA 1B3ZA 4JFUA 4CU6A 3ALFA 2E40A 3OIHA 3KE0A 2CERA 4U2ZA 2V3EA 2WVVB 3EDFA 1E3ZA 3CGTA 3AS1A 1HP4A 4AZBA 4PCTA 3VMNA 1HVQA 1KWGA 1RPKA 5BXPA 1E5NA 1OSEA 1SMAA 3OG2A 4WSJA 1NP2A 2YDRA 2FHCA 1FA2A 3L4YA 3W82A 5EB8A 4UQBA 1KXTA 5EFFA 5M17A 3LPPA 2WMIA 2DT3A 3F5LA 2UWFA 1ISWA 1JIBA 2G3JA 4Z2KA 1G0CA 4JHOA 3AHXA 1E70M 1KCLA 1QBBA 4D6FA 5A3HA 3RJXA 2CEQA 1E6SM 1US2A 3PTMA 2E8YA 1J18A 3W53A 4MTVA 2VZVA 4OJYA 1BLIA 1LG1A 4CUCA 5E9AA 4W93A 1GZJA 2WLYA 3L2MA 3VDBA 1V3IA 4U33A 2OSXA 2W92A 2Z1SA 1X1NA 3ARQA 3T0BA 1W2VA 1ZBCA 3ARUA 3RM4A 2WSPA 3UG4A 3ZT5A 2WMIB 3N11A 1UWQA 1UYQA 1PPIA 2ZWZA 2GUYA 1ZU8A 3AZTA 4JAWA 1E6ZA 4Z2JA 2VUYA 4NF7A 4LYRA 3VINA 4B3LA 2JF6A 3ARYA 4MAZA 4CD4A 2CESA 2ZUTA 2XM2A 3MMWA 3F4VA 2WW5A 3BMWA 2WHMA 3LPFA 1JYVA 3CHEA 4ZE5A 5KEZA 2ZUNA 1OD0A 3OLEA 4CN1A 4W8AA 4FLQA 2CKSA 3WL1A 1ZB5A 1DWAM 1V3KA 3PHAA 5A95A 3AFBA 2VQUA 2WMHA 3ZJ8A 2XYLA 1FH7A 3UR7A 1UG6A 2BY3A 2WHJA 2J7GA 4LYPA 1UA7A 4UR9A 4BQ3A 1HJUA 2OYKA 4UQDA 1XD0A 1UH3A 1ZBKA 4BZYA 1CPUA 4J3VA 1XD1A 4GI8A 3WD2A 5CQ1A 3AHZA 5JBEA 1SR0A 1W9UA 3WH5A 2XWDA 1HL8A 2PC8A 2ZXQA 4UOQA 1PIFA 4D6HA 2VRJA 2W67A 3VKKA 1UR2A 1LJYA 2DT2A 5HOSA 1JZ4A 3BMVA 1LL6A 2G3MA 1JF6A 1UR4A 3GM8A 3VILA 4UZSA 5AC4A 3EDJA 4BA0A 1HF6A 3SUSA 4EE9A 3AXXA 5CGTA 1UA3A 2CBJA 2XWEA 1B2YA 3ZO9A 4JKMA 2MANA 3PTQA 2ZUSA 3DHPA 1JZ8A 3CO4A 1V02A 3VGEA 5A2BA 3G6MA 1Q6EA 2ESCA 3CTTA 1MW1A 3HMCA 1W9DM 1DWFM 4V28A 5CJ5A 1QNRA 2CHOA 4M56A 3VU2A 1C8XA 4YHEA 5A6BD 3AIRA 4UZUA 3A3HA 4W7WA 3WY2A 4CD8A 3K8MA 4CVWA 2VO5A 2UY4A 2XM1A 4W84A 4PMNA 3WDPP 2GJPA 3VIHA 4J3SA 4A3HA 5A6AA 1V3HA 2D0GA 4JKKA 1VRXA 1VEOA 2VR4A 4W87A 2B31A 4UOJA 4ZFMA 7CGTA 1J10A 1E9LA 2D20A 1A3HA 4RL3A 5CPQA 3TP4A 4H8HA 4B9ZA 4YN5A 3LMYA 1W1TA 5DEZA 3B9DA 4ZEPA 1GNXA 1GQJA 5GNZA 3T09A 4OKDA 4JKLA 4S3KA 1H4PA 3WNLA 3WL0A 4W8LA 3A6OA 1P6WA 2C7FA 3WY4A 1E6PA 1JYWA 1KWKA 2XFFA 3N18A 3NIYA 3WBAA 1QPKA 1UR9A 4HP5A 3ARRA 1JNEA 5ECUA 1M53A 1J9YA 1HKJA 3I3BA 4CCDA 2WNWA 4D6JA 1ZL1A 1HKMA 1CXLA 1HXJA 2O9OA 5IFTA 2G4FA 3MMUA 4X0NA 4H04A 2GVYA 3S2CA 4U5IA 4E4PA 4PMUA 3MANA 4GPNA 4AMCA 1XH1A 1ITCA 3VDAA 1UKTA 1E40A 2VX7A 3SUWA 2YLLA 4EK7A 1UUQA 2CBVA 4W86A 3PN8A 1NOWA 5DO8A 3SCOA 3UEQA 2ZUMA 4IUGA 5FOOA 1N82A 2DT0A 3OZPA 4XZWA 3CHDA 5E0FA 1EDQA 1XSKA 3IJ8A 4QLKA 2X0HA 3ZOAA 3MKKA 5A8MA 1EHNA 3GNRA 3BC9A 5EBAA 1JAKA 4W7UA 5BXRA 3AIUA 4TVDA 4U5KA 2VR5A 4AYSA 2XVNA 1MVYA 2A3HA 4PSPA 3T08A 4DUVA 5JIWA 1M01A 4WKHA 1GVYA 1HJSA 3VM7A 2VCBA 1FFQA 4D6EA 1OGSA 3ZT6A 2EPLX 4U3AA 2VMFA 1LL7A 4D71A 4Z2GA 4DUWA 3GBEA 2TAAA 1R85A 1V6WA 4WK9A 1HJQA 1CGWA 1X6LA 5A6LA 2DT1A 2VC9A 4GI6A 3AOFA 2BXZA 1R8LA 1VB9A 4IM4A 5I2UA 1XYFA 4AIEA 3MMDA 1MXGA 5HPOA 3CMGA 3GDBA 2FH8A 2ZUUA 3ZIZA 1H5VA 1XGZA 5DMYA 3K46A 1V6UA 4Q7NA 4EAMA 1W91A 1V0LA 3CUGA 1LF1A 4UCFA 1DWGM 1AQMA 5I77A 2O9TA 4CD5A 3WUBA 3W38A 3WH8A 3W26A 3VIPA 4AD0A 1RP8A 4HA4A 5A8PA 4HMEA 4JFTA 3VPLA 2FHFA 1EH9A 1VFUA 3QOKA 1W32A 2D3NA 4ACZA 4CCEA 5BRQA 1W2PA 1XHGA 4OBSA 1L0PA 3VIOA 4JIEA 2RGLA 1BPLB 1K9TA 1BG4A 4FLOA 3W28A 4F8XA 3LPOA 1JG9A 4PUDA 4ZXOA 1PX4A 1TZ7A 3IK2A 3A4WA 4P7LA 1LWJA 2PB1A 2BVTA 2FHBA 1RH9A 1MW3A 3GH5A 2O9PA 4TX8A 3WD1A 2DSWA 4LX4A 2G41A 1SYTA 1BG9A 4PMRA 3VM5A 1V08A 4ACZB 1KB3A 1WZAA 1GCYA 1KR1A 2BVDA 2VCCA 2XPKA 4PSRA 1GOIA 1HJXA 9CGTA 3AISA 1QOXA 4MJ2A 3LPGA 3M07A 4L4PA 3VGFA 1OBAA 4JFVA 3F5JA 1V3LA 2ZICA 4CN4A 1QBAA 4JL2A 1CTNA 4AD5A 2FGLA 1UQZA 1UD5A 1V0KA 3AMLA 1VJSA 3L4XA 1E5JA 1DHKA 2ZX5A 5GNYA 5BROA 4H7VA 3N17A 3BAJA 2D1ZA 1B3VA 3VDHA 4Z2HA 3BLKA 1EDTA 1US3A 4Q22A 1IZKA 1E71M 4XX6A 4ZE4A 5BRPA 3GXDA 3NDYA 4AY1A 3AIBA 4NSBA 1JFXA 5E09A 2V5DA 1W9BM 4H41A 5LA0A 2XHYA 2XFRA 2YKKA 6TAAA 3ARPA 1OGBA 4JFSA 4P7QA 1JZ7A 5IHRA 3OLGA 3VD7A 1MYRA 4AZ7A 2DSZA 5I23A 2JEPA 2J25A 3B9EA 4PRWA 1B31A 1EDGA 2YDQA 3IANA 3W81A 1MW2A 1NOFA 2HVMA 4ATDA 1Q4NX 3D3AA 3RPMA 3FAXA 4V2XA 1GPFA 3WMSA 1BF2A 1X6NA 4BQ2A 1CGXA 1TUXA 3CZGA 3GXMA 1U33A 5CGMA 3RIKA 2BY2A 2XGBA 3W37A 3ZMRA 3WH7A 5LYRA 2OSWA 4AZCB 3VD9A 7A3HA 1C7TA 5M03A 2X09A 1KXHA 1A47A 4MB4A 5AYBA 2J78A 1UWRA 2WZHA 3ZR5A 3SCTA 1OCQA 1SFSA 1UOKA 3MV01 1HKKA 1V3JA 3UERA 1CWYA 1FHDA 3HJEA 1WNOA 4PTXA 1FH8A 4MADA 1MW0A 4U3CA 4WKFA 1TFVA 4CD7A 4XV0A 5ABGA 3VX1A 2W5FA 1OM0A 3MSDA 2QMKA 4MNKA 4R5EA 3AHTA 1E1EA 1ZJBA 4F9JA 3AYRA 3WY3A 1LWHA 5EFDA 3W6MA 2WPGA 3WH9A 2EEXA 3TONA 3CPUA 3QHNA 2J79A 1GORA 4B15A 2BVYA 3IJ9A 3MUIA 1NWTA 3U7VA 1JXJA 1PIGA 4GZEA 2CYGA 5A1AA 2ZX7A 2ZOXA 1D2KA 2E8ZA 1UD6A 1L8NA 4HZ8A 2UY2A 4Z2LA 1KQZA 4AD4A 3ZR6A 1J01A 4BCEA 4M1RA 2WHKA 3SIMA 1VFMA 5ABFB 1Q6FA 1WB0A 3NYDA 3GXFA 3KZSA 1NP0A 1CXIA 1NWRA 1OT2A 4UFMA 2BY1A 2WHLA 5DF0A 5A69A 3GZAA 4OUEA 1C8YA 1H09A 3ZT7A 3WBEA 4HOXA 1VBUA 3MUAA 4P8WA 2Q8XA 3ARSA 2QPUA 4CN6A 4MDOA 1BHGA 3VIKA 4BQ5A 3D5HA 1ISXA 3T2PA 3AZSA 1DTUA 1ZS2A 3RCNA 3SCWA 1CZ1A 1M7XA 2WZEA 3BAXA 1W1PA 2PWEA 4F9DA 5KZ6A 2EBNA 4W88A 4QDMA 3CMJA 4GINA 1W3JA 4DUXA 1WP6A 2A3BA 3CH9A 1E4MM 4PTWA 1D3CA 1JYNA 4AD1A 5DFAA 3WQVA 2CIPA 1UZ1A 3M7SA 3VGGA 3PZGA 3MV11 2FGZA 2AMGA 4N42A 2VZSA 5I24A 1QI4A 1VEMA 1E0VA 4PCSA 4HZ7A 5JBFA 2ZUVA 4P8XA 2PI6A 5HDRA 4ATLA 4D6CA 4MPKA 5BXSA 3POCA 1WZLA 2V3FA 2IXVA 3W0KA 3OZOA 3WUFA 4AIUA 2G3IA 1W3KA 1OIFA 3AMKA 2BHUA 1V0MA 1CBGA 1KXQA 1R7OA 2YA2A 5TD4A 3CHFA 3NUKA 1HVXA 3WNMA 4J27A 3EMZA 1GQKA 4UFJA 4WF7A 2UY3A 3WF0A 3WELA 3ALGA 1J0IA 4DWSB 4WJXA 3PZMA 4D1IA 3JUGA 4W8BA 1XCXA 3AQUA 1BAGA 2GK1B 1XH0A 2NT0A 1VAHA 3L4ZA 3WIJA 3VGHA 4U2YA 5E6ZA 4QFUA 3WQ4A 1UQYA 1JZ3A 1GQLA 1JI2A 1ZBVA 1H41A 5A8QA 4QLJA 2VQTA 3VIGA 1PJ9A 1UKSA 1PZ3A 5FL0A 1V03A 3UETA 2D24A 1TR1A 1LQ0A 5LA1A 2QMJA 2XGIA 4YPJA 3VD3A 1I1WA 5HPCA 1CGYA 1UKQA 5C8BB 2V3GA 3VD4A 2XTKA 2YDSA 5GNXA 2BV9A 3NSNA 1WE5A 1JNDA 4TVUA 5IFPA 1HN1A 1NH6A 2UY5A 3VTRA 1HNYA 3EYPA 1H0GA 1DWIM 4B3KA 1UWUA 1UHVA 4GXPA 2VZOA 2ZIDA 2CHNA 5E70A 4FF5A 2J7HA 3WEOA 1GHSA 4AZGA 4HMCA 1FFRA 1WKYA 2W66A 3POHA 1CNVA 1QW8A 2BNJA 1GOMA 1E43A 2PWHA 1CLXA 8A3HA 1UKPA 1XCWA 1H1NA 1WDSA 1E6RA 1UD8A 2VVSA 2ZXAA 4CU7A 1Z32X 2ZUWA 1C90A 2XG9A 4C7DA 1J0KA 4AC1X 3HN3A 1C7SA 3SUTA 5BCAA 1JD9A 3VGDA 2OWXA 1VEPA 3U57A 5DT7A 1HJWA 2XIBA 1O7AA 2WVUA 3CUFA 4C7GA 2WCAA 5I79A 2ZXBA 2VCAA 3ARWA 4ATWA 1KQYA 1GOWA 4RE2A 3WDHA 3VIJA 5CLWA 4AZ5A 1E6QM 3AROA 2XSAA 3FW6A 3WNPA 1TG7A 1U2YA 5HBFA 2F61A 4M80A 3GH7A 1LLOA 1VFOA 2YLAA 2WANA 2CCRA 1FOBA 2VZTA 4JL1A 1AQ0A 3AS0A 3VGBA 2F2HA 3GH4A 4PMOA 4BQ4A 4J3TA 4M8UA 1QI3A 3VNZA 3EBVA 3SCVA 1C91A 1FH9A 2VX4A 1RP9A 2EXOA 2YL8A 1J0JA 1I1XA 3QHMA 2V38A 5A6JA 5AY7A 4P8UA 4OIFA 4OOUA 4EKJA 1PEZA 3UR8A 1QI5A 4M81A 1ISVA 1E0WA 2YIHA 1TVNA 4UFHA 3EDDA 2CKRA 4DWSC 1C92A 3SUUA 2J7CA 4CGTA 3WSUA 1HKIA 5CXPA 5CSUA 1QNSA 3G6LA 3N15A 5A6SA 1JZ6A 3PZVA 5I5RA 2WCGA 5A8NA 1GJWA 4NRRA 1G9HA 4JHZA 4W85A 3BCFA 1JDCA 2YL5A 5D9NA 3BAWA 3WDIA 2DDXA 1FHLA 1O6IA 1FP9A 3OB8A 4HU0A 5FKYA 2VVNA 1MQPA 4UQCA 4MNMA 4WLCA 1AVAA 4MAVA 3AHYA 3N9KA 4PTMA 3DHUA 3WUEA 4DM1A 1QNPA 3ARXA 4AW7A 1MXDA 3WD4A 2WB5A 1E4IA 2DH2A 1ZJAA 4RE4A 2WYSA 3DECA 3NCOA 2OLHA 4MDPA 1CDGA 1YQ2A 3VX0A 2NT1A 1J0HA 1TA3A 1W9VA 1BGGA 3GXIA 3QOMA 3PZ9A 4AZIA 4HTYA 4CKQA 1W1YA 3L4TA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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