5C8BB

Structural insights into the redesign of a sucrose phosphorylase by induced loop repositioning
Total Genus 148
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
148
sequence length
504
structure length
504
Chain Sequence
MKNKVQLITYADRLGDGTIKSMTDILRTRFDGVYDGVHILPFFTPFDGADAGFDPIDHTKVDERLGSWDDVAELSKTHNIMVDAIVNHMSWESKQFQDVLAKGEESEYYPMFLTMSSVFPNGATEEDLAGIYRPRPGLPFTHYKFAGKTRLVWVSFTPQQVDIDTDSDKGWEYLMSIFDQMAASHVSYIRLDAVGYGAKEAGTSCFMTPKTFKLISRLREEGVKRGLEILIEVHSYYKKQVEIASKVDRVYDFALPPLLLHALSTGHVEPVAHWTDIRPNNAVTVLDTHDGIGVIDIGSDQLDRSLKGLVPDEDVDNLVNTIHANTHGESQAATGAAASNLDLYFVNSTYYSALGCNDQHYIAARAVQFFLPGVPQVYYVGALAGKNDMELLRKTNNGRDINRHYYSTAEIDENLKRPVVKALNALAKFRNELDAFDGTFSYTTDDDTSISFTWRGETSQATLTFEPKRGLGVDNTTPVAMLEWEDSAGDHRSDDLIANPPVVA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Redesign of the Active Site of Sucrose Phosphorylase through a Clash-Induced Cascade of Loop Shifts.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Bifidobacterium adolescentis
molecule keywords Sucrose phosphorylase
total genus 148
structure length 504
sequence length 504
ec nomenclature ec 2.4.1.7: Sucrose phosphorylase.
pdb deposition date 2015-06-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00128 Alpha-amylase Alpha amylase, catalytic domain
B PF09244 DUF1964 Domain of unknown function (DUF1964)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.20.220.10 Mainly Beta Single Sheet Glycosyl hydrolase fold alpha-Amylases 5c8bB03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5c8bB01
3.90.400.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Oligo-1,6-glucosidase; domain 2 Oligo-1,6-glucosidase; Domain 2 5c8bB02
5BCAA 4AD5A 1V0MA 4BA0A 3GZAA 3EMCA 2V38A 5ABEA 1GVYA 2AAAA 4BQ4A 3AHZA 1EOMA 1UD4A 4NF7A 2X0YA 3ZOAA 4DUVA 1E6NA 3MS8A 3BSHA 5CGTA 1CGWA 2WVTA 1E3XA 4TVUA 3WMCA 3GXFA 2XSAA 3CUJA 5D9MA 1FHLA 1QVBA 2VI0A 4B9YA 3UG5A 3PTMA 1HJQA 3PTQA 4W5UA 3RM8A 3TONA 1VRXA 4NZCA 1R7OA 4WSKA 5CPQA 1BLIA 1H41A 1J0IA 5A6KA 3LPOA 4CD8A 2J74A 2ZXBA 2ZIDA 3F5LA 3WDRA 3W37A 1NWTA 2OYLA 4B3LA 5CPTA 5FL0A 4J3WA 3ZQ9A 4MTVA 4LX4A 4WKAA 1XCXA 2YL9A 3T09A 1YQ2A 5M3WA 4U33A 1MVYA 7TAAA 3AQUA 3B9AA 1EXPA 1TUXA 3PZQA 2E40A 2WXDM 3WUBA 1J01A 4IM4A 1E71M 4P8WA 3AIQA 3VD5A 3SIMA 3BCDA 4OIFA 1UR1A 3W4RA 3WH9A 3WKZA 1XV8A 2VMFA 1OB0A 2V3DA 4H8UA 4X0NA 1UUQA 2YL6A 3SEPA 3SCQA 1CGVA 4H8VA 4AEFA 1EDQA 3EDFA 3KL0A 1UWIA 1Q6FA 4CCEA 3EDDA 1C93A 1E43A 1GOOA 4Y7EA 1VBRA 3ZJKA 3L4VA 3VD4A 1UD5A 2UY4A 3CZ8A 5JIWA 2ZUUA 1MXGA 3WMSA 3OA5A 1LF1A 3ZSSA 1GOQA 3W6MA 1RP9A 3NJ3A 4MDOA 3BC9A 4D1JA 1KR1A 5EMYA 1W32A 1YHTA 5ECUA 2ZUMA 1EQPA 1Q6DA 2AMGA 1OWQA 5E6ZA 2CETA 1NP0A 5F7UA 1E0XA 2VO5A 2E3ZA 2FH6A 2E9LA 4HOWA 1JYXA 1B31A 5JBEA 2W67A 2XHYA 5CSUA 3VIIA 3II1A 4MNMA 5LA0A 1ZB5A 3WMBA 2OWWA 4TUFA 2WLZA 1HVXA 4AZCB 2BHUA 2QF8A 4WKHA 3CUIA 3F4VA 3F5JA 3ARYA 5A2CA 2PF0A 1OBAA 2WAGA 4Z2KA 1KQZA 1CTNA 4MNJA 1JL8A 2EBNA 1B30A 2V3FA 4L4PA 1F4AA 4TTGA 4UTFA 5IFTA 5ABGA 2E8ZA 1N82A 3AXXA 3VIPA 2PBGA 4U2YA 1L8NA 2D3LA 3SCOA 1W3JA 1FHDA 2J7CA 3A4AA 4HPHA 1W2VA 3WBEA 2XVKA 2W61A 3WNPA 3BH4A 2FH8A 2G3MA 3FAWA 3DC0A 2YOCA 3CUHA 4D71A 4MJ4A 2CHOA 2JIEA 2WHJA 1W3HA 1UKPA 1HVQA 4P7NA 1IV8A 1ODUA 3WL0A 4AD4A 5DMYA 1E6XM 1ITXA 2OYMA 4JZ5A 1B3ZA 3T2OA 1VF8A 4H04A 2XVNA 4QCEA 1J0YA 3VILA 1OIMA 5A3HA 2VX6A 2VR5A 2B31A 1IZKA 1OT2A 3ZJ6A 2UY2A 4JHZA 4L4OA 9CGTA 1J11A 3T0BA 1CENA 2XSBA 5DT7A 2FGLA 4M29A 4QAWA 4CU6A 3WD3A 3GBEA 3RMEA 3CMGA 4IPLA 4RE2A 2W62A 3WH5A 1H49A 1KBKA 1K9FA 5AY7A 4J3UA 3B9EA 4AZ5A 5I5RA 3BLPX 2VL4A 1H11A 2WCSA 3VIKA 3UG4A 3BGAA 1Z32X 1KGXA 1V0KA 5CGMA 1W91A 3M46A 3FHQA 1E4LA 4AMCA 1WO2A 3W28A 1W1YA 3VD9A 1V6XA 3MUY1 3UESA 2NT0A 2DSWA 4GXPA 2YA0A 2BS9A 2BY1A 4D1IA 1V02A 1G0CA 2J8GA 1CPUA 3W0KA 5KZ6A 2XG9A 4M81A 3EMZA 4GKLA 3GNPA 4Q7NA 1UZ1A 5AYBA 1ZS2A 4UZUA 4J3TA 1CYGA 5A6BA 2A3AA 5D9NA 1JD7A 3DYPA 1V3MA 4U5KA 1H2JA 5BYWA 1CXLA 1HKMA 2PWFA 2DQXA 1MFVA 3CHCA 4PMYA 3OLGA 4JFWA 5E9AA 1JYNA 1C8YA 1QNOA 6A3HA 3WUGA 3CIVA 5CXPA 3VVGA 3ZR5A 4WK9A 3UCQA 3RDKA 1WCGA 1GQKA 1WZMA 3A3HA 4AD3A 2WWDA 1H3GA 1SR0A 4K68A 1XCWA 4AWEA 1CLXA 3M6DA 5CLWA 3CZLA 1FH9A 3WY2A 5M5DA 2GJXA 1FOBA 1PIGA 1KQYA 3U7VA 1W1VA 3AIUA 3K4AA 1UYQA 2DT3A 2A3EA 1VFOA 2D1ZA 2VZTA 1E70M 5LA2A 3PZVA 3KEHA 4DWSC 3PN8A 1UKSA 2EQDA 4FMVA 3LPFA 3FNDA 3MKKA 4BS0A 3ARZA 4AZ6A 3CLWA 1BG4A 1E40A 1G94A 4GO9A 3QGVA 4H41A 5CJ5A 1JFHA 1VAHA 3AS0A 3BAJA 5A1AA 1JYVA 1HIZA 5IFPA 3GH4A 1ISXA 5D8ZA 1W1PA 5BROA 2GK1A 3DECA 1GQJA 4KRUA 4V2XA 1CNVA 5HOSA 2JE8A 3L2MA 2JFEX 3PHAA 4PCTA 3VKKA 1ESWA 3CPUA 1TA3B 5HPOA 3SUUA 5ABFA 4V27A 2D24A 3AIRA 2YJQA 3TTOA 1Q6GA 1OGSA 4YHGA 5BRQA 4CVUA 3OBAA 1CDGA 3LPPA 5BXSA 1GORA 5A6AA 5I77A 4UQAA 1TE1A 1NWRA 2VX5A 1JGIA 1E5JA 4UZSA 4Z2JA 3AIWA 2BV9A 2W4XA 3PZMA 4UFHA 1E6PA 2WHKA 1UH4A 2XVLA 4PSRA 1EA9C 4JIEA 1GQIA 1CXKA 2ZICA 2ZE0A 4CD5A 3ZO9A 2OSWA 2BXYA 5E0FA 1HL9A 4B16A 4PEEA 2DT0A 3U5YA 2DDXA 1B3YA 4F66A 4MNLA 3NYDA 1JI2A 1WDQA 2WKLA 1WPCA 2VTFA 3GTNA 2WW5A 3PBGA 4GINA 4GQRA 5C71A 2WC7A 1GHSA 4C7DA 4PN2A 3NSNA 1PZ2A 4LYQA 1XYZA 2ZOXA 4GIAA 4XX6A 2BVTA 2E9MA 3EYPA 2AOSA 4OBRA 3L4WA 4YHEA 4EK7A 2YA2A 3EDKA 2YLLA 4PTWA 1MQRA 4P7QA 1PX3A 1NH6A 3NSMA 4URIA 3WF4A 3T0AA 3AHYA 1OCQA 2G8ZA 4AD1A 4PTMA 3VMNA 2WM0A 3T2QA 2V3GA 4HZ6A 5A6SA 2VX7A 1UD6A 4PCSA 4PMNA 3LPGA 3ZJ7A 2WC3A 3KL5A 2PWGA 1H5VA 2C0HA 4HMEA 2ZX9A 4TOQA 3W81A 1AQHA 1KBBA 1XSIA 1FFRA 2DSUA 3WH6A 5M03A 1JF6A 4W88A 1H1NA 1H0IA 3AI0A 3OLIA 3WD0A 3OLEA 3IJ9A 1LL4A 1NOUA 4EAMA 4ACZA 1E56A 5LYRA 3D5HA 2QMJA 1JZ6A 4MJ2A 8CGTA 2ZXAA 3WF2A 4J3XA 1QBBA 1CXFA 1E3ZA 4PUDA 3AMGA 1OD0A 1FP8A 2VZUA 4CCCA 2QMKA 1WDPA 2RGLA 2WWCA 3VPLA 1US3A 3KL3A 3AIVA 1UQZA 3K8KA 1D2KA 3MMDA 5A94A 2YKKA 4KMQA 3HN3A 4W5ZA 1ZU8A 2WKGA 1QBAA 3FN9A 3VDBA 3WD2A 3VGBA 3ARSA 1CGXA 4PYSA 2J62A 1BYBA 3AZRA 4CN4A 5BXPA 2DPEA 5CLTA 1E4NA 4UQCA 4P8UA 4EANA 3WSUA 1NOFA 1HKKA 3U57A 2WZHA 3SCVA 3IK2A 5JUVA 2WK2A 2D20A 1RP8A 1K6AA 4D6FA 2OLHA 5A8OA 1MW2A 5BXRA 4MAVA 3T2PA 5D9OA 1PX8A 5HNNA 3WD1A 1V03A 2ZUTA 1UH2A 2Y8VA 4IISA 3A4WA 2EXOA 3WH7A 4B9ZA 4QLLA 2V5CA 1GPFA 2Y8KA 3VM7A 1GJUA 3QHOA 1E0VA 2J77A 2ZX6A 3PZTA 2ZXQA 3WUEA 4WF7A 4UCFA 3VDAA 1V3LA 7CGTA 2CYGA 1HL8A 2PWDA 4CUCA 1EO7A 2CITA 3HJEA 1HKJA 3CUGA 4TX6A 3WIJA 3E1F1 4HA3A 1PX4A 1BSIA 1A47A 3N17A 5AYIA 1GCYA 1BYCA 1X6LA 1CIUA 5GQBA 5FKYA 3AMKA 3N18A 3O6AA 3CHDA 3RIKA 2XYLA 1WKYA 5FD0A 3K4DA 4AZIA 1GOIA 1JZ2A 3W26A 1XH2A 4BQ5A 4CGTA 1LL6A 2GSJA 4V28A 1M53A 1K9TA 4UNIA 2BVYA 4UFLA 1UKTA 1X6NA 3KZSA 3MU7A 2HVMA 3RM4A 1JZ8A 1BYDA 4W86A 4RL3A 2WMIB 4F9DA 3ZJ8A 2W91A 1CWYA 3ZT6A 4AZBA 3SUSA 2YL8A 1UR9A 1VBUA 1OM0A 1J0ZA 3FW6A 3ZM8A 1E72M 1NWUA 3VO0A 2WVUA 3ZSTA 1XC6A 1HT6A 5A8MA 4MB3A 3WDIA 3IJ8A 2ZUWA 1SMDA 4ZE4A 3WNLA 3CHFA 1VENA 1M7XA 4PSPA 4DUWA 2J7GA 4W85A 4H8HA 4CVWA 2J75A 5LA1A 4NRRA 3MMWA 4W87A 3N13A 2PWHA 2Y24A 4JAWA 4XV0A 4UOZA 2OSXA 2WYSA 3WEMA 3AZTA 3VIHA 2YL5A 4N0RA 4TX8A 4UR9A 1KB3A 3AS2A 3BAWA 4LXFA 4AY1A 3AYSA 4PTVA 2VR4A 2WMFA 5CQ1A 1AVAA 3EMQA 3EBVA 4JCMA 1K9DA 2Y2WA 2YLAA 1WZKA 2J7DA 3RILA 4X9YA 4M56A 2XGIA 3PZNA 1E1FA 4F79A 3CZGA 4WLCA 1HF6A 5A6JA 5FL1A 5EFFA 2W92A 1B2YA 1PIFA 3VNYA 1B0IA 1XH1A 4HTYA 1HJWA 3WH8A 2BHYA 1CLVA 1JF5A 4KRTA 3BAIA 2WSPA 2XIBA 3AMDA 3UG3A 3WY1A 1MW1A 1CGYA 2WVVB 1VJZA 4UOQA 4UQ9A 4YPJA 1TMQA 1HJXA 1KXHA 4CU7A 4F8XA 3WD4A 1C92A 3VGGA 2CPUA 4AD2A 5E70A 4CCDA 1TZ7A 1KXQA 3ALGA 1UWSA 2XFRA 2X05A 4JKLA 1JI1A 1QHPA 1J9YA 1G5AA 1KCKA 2BXZA 5FIPA 2G4FA 1Y7VA 2C7FA 1DWHM 1RPKA 2XM1A 1EHNA 1DWJM 4ZENA 1FA2A 4PUEA 4HMCA 4WIWA 2WCAA 1HXJA 2X1IA 4GI6A 2QHAA 3GXIA 3VMOA 4U31A 4E8CA 1ZBVA 3GNRA 2GK1B 1P6WA 1K9EA 4EKJA 4W8BA 1TG7A 3KE0A 1LL7A 2WHMA 1WZLA 3RM9A 3CBWA 4AISA 1V6VA 1C90A 1QI0A 4J27A 1EO5A 1BG9A 4HZ8A 1EH9A 5DF0A 5ABFB 1LLOA 1E5NA 1QI5A 1CXHA 2VZVA 2O9RA 2VOTA 3SCRA 2G3NA 4BQ2A 4ZEPA 3WQ5A 1UD2A 2PC8A 3VNZA 2GVYA 4J3SA 1V6WA 4FK9A 2MANA 1NP2A 4WJXA 3ARUA 1UQYA 2W63A 3T0DA 1J10A 1BGGA 2CIPA 2OWCA 4AC1X 1AQMA 1CXIA 3CHEA 1JZ3A 5A6BD 3L2LA 2Z1KA 2FHBA 4HPGA 4ZXOA 3AJ7A 2WANA 2Z1SA 3AFBA 3CZKA 3N04A 1DHKA 3G6LA 3W82A 3AHTA 3EDJA 5D8WA 2QPUA 4GZIA 4S3KA 5A69A 1UKOA 4MDPA 3F5KA 1F4HA 4DM2A 2CESA 1HP5A 4UQBA 3AHVA 2DEPA 2J7FA 1KXTA 4W93A 1LG2A 1WDRA 1VFMA 4AZCA 4A3YA 4DWSD 2X2YA 5A8NA 2XIIA 2D23A 3NUKA 3GM8A 1E1EA 1HX0A 1UWQA 4DWSA 2QV4A 3VIFA 4GPNA 2YDRA 4AYSA 1XSKA 3BLKA 2ZXDA 1PAMA 1BF2A 1NWSA 5D9PA 1E73M 3EDEA 2IUZA 1KFWA 4QFUA 4UFJA 1W2PA 3SCNA 1MW3A 3AISA 2XUCA 2CKRA 3CUFA 3I3DA 1JIBA 3QOKA 3SCSA 1V3HA 1HN1A 2FGZA 1H09A 1M03A 1JYWA 3WNKA 4UFKA 3WF3A 1QNRA 2WBKA 3WQVA 3ALFA 1ZJBA 1UR4A 1OIFA 3VGEA 1EGZA 5GNZA 1V6YA 5C8BB 3B9DA 3VGDA 1I75A 4CD6A 1AMYA 1JNDA 1JXKA 1NM9A 2VURA 1ISYA 4RE4A 3O9NA 1HJSA 2BY3A 1E6ZA 4Z2HA 3BAXA 1GHRA 2NT1A 5IXEA 1I1XA 1U30A 4HOZA 3WDQA 4JFTA 1C8QA 1EHAA 3DYMA 5CSYA 1GUVA 2VUYA 1GQLA 3L4ZA 2E4TA 4JL2A 4UOJA 4XZBA 3CZJA 4Z2LA 1V3IA 1RH9A 3ECQA 4KGJA 3NDYA 1PEZA 3VGFA 5EBAA 3VD3A 1CBGA 1BPLB 3PTKA 2J7HA 1QI4A 5GNYA 4OOUA 3GH5A 3IJ7A 1GOMA 4QP0A 1MFUA 2VCAA 2VT0A 3K8MA 1JZ5A 2VQUA 2GUYA 5HXMA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5BCA A;  4AD5 A;  1V0M A;  4BA0 A;  3GZA A;  3EMC A;  2V38 A;  5ABE A;  1GVY A;  2AAA A;  4BQ4 A;  3AHZ A;  1EOM A;  1UD4 A;  4NF7 A;  2X0Y A;  3ZOA A;  4DUV A;  1E6N A;  3MS8 A;  3BSH A;  5CGT A;  1CGW A;  2WVT A;  1E3X A;  4TVU A;  3WMC A;  3GXF A;  2XSA A;  3CUJ A;  5D9M A;  1FHL A;  1QVB A;  2VI0 A;  4B9Y A;  3UG5 A;  3PTM A;  1HJQ A;  3PTQ A;  4W5U A;  3RM8 A;  3TON A;  1VRX A;  4NZC A;  1R7O A;  4WSK A;  5CPQ A;  1BLI A;  1H41 A;  1J0I A;  5A6K A;  3LPO A;  4CD8 A;  2J74 A;  2ZXB A;  2ZID A;  3F5L A;  3WDR A;  3W37 A;  1NWT A;  2OYL A;  4B3L A;  5CPT A;  5FL0 A;  4J3W A;  3ZQ9 A;  4MTV A;  4LX4 A;  4WKA A;  1XCX A;  2YL9 A;  3T09 A;  1YQ2 A;  5M3W A;  4U33 A;  1MVY A;  7TAA A;  3AQU A;  3B9A A;  1EXP A;  1TUX A;  3PZQ A;  2E40 A;  2WXD M;  3WUB A;  1J01 A;  4IM4 A;  1E71 M;  4P8W A;  3AIQ A;  3VD5 A;  3SIM A;  3BCD A;  4OIF A;  1UR1 A;  3W4R A;  3WH9 A;  3WKZ A;  1XV8 A;  2VMF A;  1OB0 A;  2V3D A;  4H8U A;  4X0N A;  1UUQ A;  2YL6 A;  3SEP A;  3SCQ A;  1CGV A;  4H8V A;  4AEF A;  1EDQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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