1H09A

Multimodular pneumococcal cell wall endolysin from phage cp-1
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
338
structure length
338
Chain Sequence
VKKNDLFVDVSSHNGYDITGILEQMGTTNTIIKISESTTYLNPCLSAQVEQSNPIGFYHFARFGGDVAEAEREAQFFLDNVPMQVKYLVLDYEDDPSGDAQANTNACLRFMQMIADAGYKPIYYSYKPFTHDNVDYQQILAQFPNSLWIAGYGLNDGTANFEYFPSMDGIRWWQYSSNPFDKNIVLLDDEEDDKPKTAGTWKQDSKGWWFRRNNGSFPYNKWEKIGGVWYYFDSKGYCLTSEWLKDNEKWYYLKDNGAMATGWVLVGSEWYYMDDSGAMVTGWVKYKNNWYYMTNERGNMVSNEFIKSGKGWYFMNTNGELADNPSFTKEPDGLITVA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural Basis for Selective Recognition of Pneumococcal Cell Wall by Modular Endolysin from Phage Cp-1
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteriophage cp-1
molecule keywords LYSOZYME
total genus 92
structure length 338
sequence length 338
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-06-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01183 Glyco_hydro_25 Glycosyl hydrolases family 25
A PF01473 CW_binding_1 Putative cell wall binding repeat
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.10.270.10 Mainly Beta Ribbon left handed beta-beta-3-solenoid Cholin Binding 1h09A02
2.20.120.10 Mainly Beta Single Sheet Multimodular pneumococcal cell wall endolysin, domain 3 Multimodular pneumococcal cell wall endolysin, domain 3 1h09A03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1h09A01
3NSMA 2CIPA 5FIPA 3BSHA 4F79A 4GIAA 4KH2A 1JD9A 1XH2A 3LPFA 1BYAA 3EDEA 2OSWA 1WDPA 3VM7A 2OWCA 5IHRA 2ZXQA 2A3BA 1V0MA 1PX3A 4DM1A 4N0RA 1CECA 3GXFA 2VO5A 4WKAA 1E4LA 2W5FA 1FH9A 4DWSD 5A6SA 2O9OA 3QHMA 4MJ2A 5CZKA 4R5EA 1IZKA 1E56A 4MNLA 1TR1A 4W7UA 3BLKA 4UFLA 3EMZA 3UG4A 3O6AA 3VIMA 2DPEA 4D6IA 3CZ8A 2BY2A 1MVYA 1R85A 3BH4A 4OJYA 4W8BA 3WNPA 5HDRA 1PAMA 5A94A 2WHJA 2WCAA 2PBOA 2D22A 1AMYA 1XRVA 2VX5A 1VFOA 1ZU8A 2WVVA 1UWTA 2QF8A 3PZIA 4AEFA 1W9DM 4CN6A 1M7XA 4UZSA 2FHCA 3ARWA 1CXEA 3W27A 2XJ7A 2J4GA 3KL3A 2DT3A 3WD2A 1CXIA 4WSKA 4NC0A 3OGRA 4H8UA 2GK1A 1ITXA 1R7AA 3QR3A 1W1TA 2EBNA 1E73M 2B31A 1FP8A 2RGMA 2ZICA 2XSBA 4GQRA 5AYIA 1CGVA 4NSBA 3VD3A 3FHQA 1B3XA 2X2YA 1H09A 2QHAA 5GNXA 2GDVA 1JGIA 1G01A 2BY0A 4OBSA 3KL0A 4IPNB 2PF0A 5AYBA 3DYMA 2VURA 4S3KA 4PMUA 3ZR5A 1BFNA 2V3FA 1LG2A 2V05A 1QI2A 1GOOA 2X1IA 2ZUUA 4C7GA 4AWEA 2FH8A 4RE3A 2VCBA 1E71M 3EYPA 2X8PA 4CD4A 5TD4A 4OOUA 2WBGA 1V3LA 3VDHA 1ZBVA 4PTWA 5ABEA 4OZOA 4J3SA 2UWFA 3NIYA 3T0BA 1BG9A 2VZVA 4B16A 2E9BA 2VVNA 3OLGA 1K9TA 4HOXA 1FOBA 1XH0A 2BNJA 2CYGA 2WHLA 1UKPA 5FCZA 3MANA 3AS1A 1A3HA 2DEPA 2CBIA 4D6HA 1HF6A 3FNDA 4TTUA 3JUGA 3L4VA 3THDA 3WELA 7A3HA 3ARZA 4DUVA 1CGUA 1V6XA 3MO4A 2EJ1A 4E4PA 1XCWA 2YJQA 2F61A 1JYNA 2WM0A 1PBGA 3UG3A 3VGGA 4X36A 1UR0A 1W3LA 3S2CA 3CHDA 4J3VA 2C8NA 3QGVA 2J7HA 3WF4A 1KBBA 4MB4A 2XIIA 2W63A 3SCUA 3AXIA 2DDXA 4W8LA 3WKZA 3TTQA 1R87A 3EBVA 5BXRA 3WY1A 2GJRA 3VIJA 4D6DA 4C7DA 5E09A 3W81A 1HKIA 1XSKA 3CZEA 1HJXA 5LA0A 4P7NA 1VB9A 1O7AA 1WNOA 1KCLA 3EDKA 2VZSA 3BCDA 1L8NA 4M56A 2X8RA 1QNSA 3AMKA 4TX8A 4CGTA 1MYRA 1PX4A 4AMCA 5IFPA 1H3GA 3W29A 2XTKA 3AZTA 4GKLA 3SUUA 2F8QA 1VIWA 4B15A 1BVNP 4P8VA 4YHGA 1CLXA 1NP0A 3B9AA 3CUGA 3FAXA 3BSGA 1VBRA 1E15A 1IT0A 2YLLA 3L4YA 3TTSA 3WMCA 3L4UA 2XHYA 2J77A 5E0FA 1GVMA 1D2KA 1U2YA 5CXPA 3SCPA 1TVNA 1NH6A 2RGLA 3SCQA 2VNCA 7CGTA 2ZX9A 4QCFA 5BCAA 4B3KA 3WD4A 1GCYA 2OWXA 5CPTA 3I3EA 2XVGA 1R8LA 4UQAA 2ZIDA 3WEZA 2X0YA 1JZ6A 1E3ZA 2DIEA 2CBJA 2BVYA 5A2CA 4KWUA 4P8UA 2WB5A 1XC6A 3VMNA 3W28A 3I3BA 4M8UA 2VX7A 3BAIA 5A8NA 4YPJA 1W1YA 2ZX5A 3POHA 2J79A 2YA1A 1UD6A 5JUVA 1ISZA 1DEDA 2E0PA 3N12A 3WQ4A 1UWRA 4M80A 2FHBA 3VGHA 1WE5A 1HJQA 1ZB5A 1A47A 3VINA 3U7BA 1H4PA 3PTQA 1OM0A 3WH9A 1GJWA 2VI0A 4BCEA 3WBEA 4UCFA 1CGYA 4BA0A 3VIFA 3N9KA 1UKQA 1GW1A 2G41A 2OWWA 1LWJA 2XFYA 3CMJA 3WQWA 3BAYA 4JIEA 4FLSA 3VPLA 1RD6A 1H8GA 2PI6A 5JBDA 6CGTA 2DH3A 4JKLA 1KQZA 1WB0A 1WZAA 1Y7VA 3M46A 3AS3A 1HIZA 4GQQA 1I75A 4PMNA 3N15A 3B9EA 1XSIA 2ZXAA 4CCEA 3BGAA 3ARUA 4CD5A 1TZ7A 4W84A 2WZEA 4S3JA 1V3IA 4GINA 4QP0A 4AZIA 2WMJA 4HU0A 3AIQA 2CITA 2WK2A 3AFBA 3UR8A 3LMYA 2JE8A 5I0DA 2EPNA 4FMVA 1XD0A 1HCXA 1CGTA 1QOXA 3WDPP 3AICA 5I5RA 5E9AA 1C7TA 3AJ7A 4QFUA 1GOWA 1E4MM 1E6NA 3SCSA 3WNMA 1E3XA 2J8GA 3I3DA 1NOFA 2JEQA 4PTXA 2WMFA 2G8ZA 1TA3B 4A4AA 4JFSA 4GXPA 2ZE0A 3W53A 1D7FA 1HVQA 2WVUA 2HISA 2FDMA 2YIHA 5DO8A 1H2JA 5FL1A 4JFWA 4FLOA 1Q6CA 1UKSA 2FGZA 2WC7A 4L4PA 3GNOA 5AC4A 4EE9A 4CCCA 2WLZA 1X1NA 1GOMA 5A6LA 2WSKA 2G7CA 5M17A 4PBGA 1NWRA 5A8QA 1FFQA 3KL5A 1QNRA 3VGBA 4CU8A 1PIFA 3WQ6A 3A47A 1BPLB 1I1XA 2BVDA 2CETA 3AS2A 2HVMA 3AIEA 4A3HA 3W0KA 2WBKA 4AEEA 1ODUA 4V27A 4EANA 1VEMA 1NQ6A 1H0GA 1W1VA 5HPCA 4XB3A 1WZMA 2FH6A 2WKGA 5ABFB 1G9HA 1UZ1A 1QI0A 2XM2A 2WKLA 3WQ5A 4Y7EA 5CQ1A 4GO8A 3ZMRA 4CD8A 4AZ7A 2ESCA 1ISYA 1DTUA 1OWQA 4B3LA 4Z2IA 3NDYA 1DWHM 3VGDA 3AOFA 4IUGA 1WKYA 3FAWA 2XUCA 3GTNA 3BAKA 1BGAA 1EO7A 4GI6A 1EH9A 3AI0A 3IJ8A 1IV8A 2Y4SA 3VIKA 4F66A 3OA5A 2XFFA 1AQ0A 2YBUA 1JAEA 1MW0A 1HJVA 1NWSA 1GQJA 5JIPA 4D6GA 3F5JA 3WH6A 3WUFA 1ODZA 1W1PA 1CXHA 1UH3A 3POCA 1EXPA 2YDQA 3SURA 4AISA 2D3LA 4CU7A 1BVZA 4UOZA 2Y5EA 2WMIA 3M7SA 6TAAA 1C92A 1QNPA 1LF1A 2CEQA 4URIA 1EHNA 3WH5A 3N13A 2Q8XA 1KB3A 4RE4A 3RCNA 4D6FA 3N04A 2VRKA 1UH2A 2DSUA 4AD3A 2QMKA 1MQQA 1KWGA 1P6WA 4D72A 5CGTA 2EPKX 1E0VA 3U5YA 5JBFA 1NARA 4XV0A 4AZHA 1BSIA 1UR1A 1KQYA 1CBGA 5D4YA 1CXLA 5FKYA 2GK1B 3VD9A 1J0IA 2GUYA 1JI2A 4PTVA 3U5UA 1HJSA 3W26A 4FK9A 3W6MA 5A8PA 1TVPA 1JYWA 5E0CA 1BQCA 1E0XA 4PEEA 3MU7A 4PTMA 3SUVA 4KRUA 1M01A 2BHZA 4AD2A 1W3KA 2Y8VA 3EMCA 1EQCA 1KCKA 1OB0A 2GJXA 1UA7A 5BXSA 4JAWA 1K9DA 4UFJA 2YDSA 3RJXA 4J28A 5D9OA 2DSVA 5CJ5A 4LPCA 3AMDA 3ZJ7A 2TAAA 4BS0A 5A2AA 3VDCA 4PMVA 3F5KA 2X8OA 1E6XM 4CN1A 1GONA 4J3WA 1H49A 5KEZA 3ALFA 2W67A 1V0KA 4JL1A 4MNJA 1ZL1A 3THCA 3AHZA 1D3CA 3CPUA 4PN2A 4TXEA 1VJZA 2UY2A 1US2A 2NSXA 3HN3A 1C91A 3CZGA 5M3WA 1LLOA 1LL6A 1NWUA 3OLDA 4UFIA 5EMYA 2G3IA 3KWXA 3ECQA 5ABGA 1B90A 2VZOA 4M24A 5BRQA 4F8XA 2VUYA 2ZUSA 3T08A 2XWEA 1VFUA 1S46A 4LYQA 3G6LA 3VMOA 5C70A 2JALA 5HNNA 4NBXA 1OD0A 2ZOXA 5I6SA 3L4XA 3WL1A 3CUJA 4UNIA 1DWAM 1HKJA 3WD3A 1AQMA 3APGA 3ZSSA 4CD6A 1C93A 3CHEA 4NF7A 1QNOA 2V3EA 3MUZ1 2YL5A 2WNWA 1V3HA 1UKTA 3PBGA 2XVKA 4QCEA 3ZO9A 1J0KA 1UWQA 1K6AA 4AZ5A 1ZS2A 3UR7A 2BVTA 1FFRA 2YA2A 1ZJBA 1V02A 3AMLA 5D9MA 2ZXDA 3CIVA 3HJEA 4WKFA 4X9YA 3NYDA 1Q4NX 4CN4A 1OIMA 3WNLA 1PZ2A 5A6BA 3S6TA 2YL8A 3VO0A 3AIUA 5CLWA 1QBBA 2G3NA 3IJ9A 1UR2A 2OSXA 3WF2A 2ZWZA 1WAWA 4TUFA 3VU2A 1GQKA 4LYRA 2WSPA 2F2HA 3MS8A 1BHGA 2GSJA 3WDJA 2UY3A 4HU8A 3WIJA 2VRJA 2QJ6A 1H11A 4YN5A 1KBKA 3MV11 3N17A 3GDBA 2J25A 1VJSA 3VIIA 1DWFM 1K9EA 1OINA 4AIOA 4LX4A 3VX0A 1PJ9A 3WQ8A 3CUFA 2VT0A 5FOOA 3AIBA 5I78A 3U7VA 1QVBA 1IZJA 1C3FA 1OGBA 2Y8KA 1HX0A 1SMAA 1OT1A 5IDIA 3KLLA 1B3VA 2PWHA 2ZX7A 3D5HA 5EFFA 1SYTA 3AYSA 4AXNA 4HPGA 4NRSA 4DWSA 1ZJAA 2O9RA 3WUEA 4UFHA 1V6WA 3SIMA 1OGGA 1ESWA 2Z1KA 4JL2A 4X0NA 1CNVA 1B30A 1LJYA 3WMBA 1E6SM 2XSAA 1US3A 1FH8A 5KZ6A 1W9VA 4W86A 1Q6EA 4NC2A 1RP9A 3MUIA 2E4TA 4WF7A 3A4XA 4V2XA 4AZCA 3WEOA 4HMEA 2XIBA 1VBUA 1GZJA 4H41A 3RDKA 3VILA 4BQ4A 1XGZA 1CDGA 3CHFA 3QOMA 1GQLA 1XHGA 1UH4A 4HMCA 3DYPA 3IAPA 3VTRA 1JZ7A 5C8BB 3GYCA 2VOTA 1KGUA 3HU7A 1HT6A 2E9LA 4ATLA 2XM1A 2IUZA 4MAZA 4CVUA 1J0JA 2CXGA 3RJYA 3TA9A 2IXVA 1UQYA 1G5AA 2OYLA 3AROA 1E4IA 3OG2A 1E0WA 4AD5A 1Q6FA 2WAGA 3PZNA 5HOSA 7TAAA 1ISVA 3W37A 1UA3A 3VIGA 1JZ4A 3W25A 2VCAA 1G94A 3T2PA 5HPOA 2AAAA 1GHSA 3AZRA 2QPUA 3WN6A 4BZYA 3CGTA 4D6EA 4NZCA 3GBDA 3LPGA 3RM8A 8A3HA 2DT2A 4PCSA 1NWTA 2J47A 5EFDA 2XG9A 1W2VA 4JCMA 5DT7A 1H5VA 5A1AA 4H7VA 5CSYA 3VD7A 2JIWA 1VEPA 4IISA 3RMEA 2E8YA 1MXDA 2J8FA 2BMLA 5E6ZA 5JBEA 1EGZA 4P7LA 3FW6A 1TE1A 1W32A 3GBEA 3DHUA 1XYZA 4OKDA 4OUEA 3WUBA 3U57A 4RL3A 4LXFA 4ZEPA 5IFTA 4E2OA 5D9PA 1HL9A 2X05A 1GHRA 4XZWA 1CGXA 1R86A 1V0LA 1OT2A 3ARTA 4ACYA 3AIWA 4CCDA 3ARPA 4PMYA 1E5NA 4ZENA 2PB1A 1JNDA 3WH7A 4H04A 4GZEA 1E5JA 1CPUA 1V3MA 3K8LA 3L4ZA 4HP5A 4M82A 1JF6A 1V6UA 3MMWA 4PMXA 1UWSA 2E8ZA 2YKKA 2X0HA 3CMGA 2BY1A 1ITCA 4X0VA 4QAWA 4ZE5A 1OSEA 2QPSA 3BAXA 5CSUA 2VR5A 1DHKA 5CLTA 5A6JA 3WF0A 2ZWYA 3GXDA 3W6LA 5A6AA 3HIAA 5E70A 3WDQA 2WWDA 4XUYA 1BYDA 3EDFA 2XPKA 1XH1A 3K4DA 3PZTA 3DHPA 1TCMA 1HXJA 1X6LA 2PWFA 3ARRA 4HZ7A 3O9NA 5I79A 1FH7A 4EAMA 3WMSA 4GZIA 3VX1A 3ARSA 3N11A 1MXGA 2CHOA 3AZSA 4PSRA 1JYVA 1NOWA 3WBAA 1OBAA 1MQPA 1WCGA 1M53A 3PZUA 5CPSA 1PX8A 3AXHA 2F6EA 2CERA 4TVCA 1QNQA 2VCCA 4ACZA 3AISA 2DGAA 1JZ2A 1EIBA 1KR1A 3WL0A 5M5DA 1E6RA 9CGTA 4QLLA 1HP4A 4M81A 1VRXA 4TVDA 1U33A 1J11A 1WO2A 2E3ZA 4GI8A 2IXUA 1XSJA 3ZSTA 1W9XA 1PEZA 2D0HA 3BLPX 5C71A 1CIUA 4ATDA 1U30A 1QHOA 5A2BA 4UR9A 3TONA 1GUVA 3G6MA 1VF8A 4U3CA 4U3AA 4HA4A 3II1A 5D8ZA 4C7FA 3EMQA 2CBUA 1JDDA 1BTCA 5ECUA 4JHZA 2CKSA 3QHNA 4JKMA 4JFVA 2D0FA 3AQUA 3PZOA 4NBZA 1WZLA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3NSM A;  2CIP A;  5FIP A;  3BSH A;  4F79 A;  4GIA A;  4KH2 A;  1JD9 A;  1XH2 A;  3LPF A;  1BYA A;  3EDE A;  2OSW A;  1WDP A;  3VM7 A;  2OWC A;  5IHR A;  2ZXQ A;  2A3B A;  1V0M A;  1PX3 A;  4DM1 A;  4N0R A;  1CEC A;  3GXF A;  2VO5 A;  4WKA A;  1E4L A;  2W5F A;  1FH9 A;  4DWS D;  5A6S A;  2O9O A;  3QHM A;  4MJ2 A;  5CZK A;  4R5E A;  1IZK A;  1E56 A;  4MNL A;  1TR1 A;  4W7U A;  3BLK A;  4UFL A;  3EMZ A;  3UG4 A;  3O6A A;  3VIM A;  2DPE A;  4D6I A;  3CZ8 A;  2BY2 A;  1MVY A;  1R85 A;  3BH4 A;  4OJY A;  4W8B A;  3WNP A;  5HDR A;  1PAM A;  5A94 A;  2WHJ A;  2WCA A;  2PBO A;  2D22 A;  1AMY A;  1XRV A;  2VX5 A;  1VFO A;  1ZU8 A;  2WVV A;  1UWT A;  2QF8 A;  3PZI A;  4AEF A;  1W9D M;  4CN6 A;  1M7X A;  4UZS A;  2FHC A;  3ARW A;  1CXE A;  3W27 A;  2XJ7 A;  2J4G A;  3KL3 A;  2DT3 A;  3WD2 A;  1CXI A;  4WSK A;  4NC0 A;  3OGR A;  4H8U A;  2GK1 A;  1ITX A;  1R7A A;  3QR3 A;  1W1T A;  2EBN A;  1E73 M;  2B31 A;  1FP8 A;  2RGM A;  2ZIC A;  2XSB A;  4GQR A;  5AYI A;  1CGV A;  4NSB A;  3VD3 A;  3FHQ A;  1B3X A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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