1OBAA

Multimodular pneumococcal cell wall endolysin from phage cp-1 complexed with choline
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
338
structure length
338
Chain Sequence
VKKNDLFVDVSSHNGYDITGILEQMGTTNTIIKISESTTYLNRCLSAQVEQSNPIGFYHFARFGGDVAEAEREAQFFLDNVPMQVKYLVLDYEDDPSGDAQANTNACLRFMQMIADAGYKPIYYSYKPFTHDNVDYQQILAQFPNSLWIAGYGLNDGTANFEYFPSMDGIRWWQYSSNPFDKNIVLLDDEEDDKPKTAGTWKQDSKGWWFRRNNGSFPYNKWEKIGGVWYYFDSKGYCLTSEWLKDNEKWYYLKDNGAMATGWVLVGSEWYYMDDSGAMVTGWVKYKNNWYYMTNERGNMVSNEFIKSGKGWYFMNTNGELADNPSFTKEPDGLITVA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Basis for Selective Recognition of Pneumococcal Cell Wall by Modular Endolysin from Phage Cp-1.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteriophage cp-1
molecule keywords LYSOZYME
total genus 99
structure length 338
sequence length 338
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-01-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01183 Glyco_hydro_25 Glycosyl hydrolases family 25
A PF01473 CW_binding_1 Putative cell wall binding repeat
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.10.270.10 Mainly Beta Ribbon left handed beta-beta-3-solenoid Cholin Binding 1obaA02
2.20.120.10 Mainly Beta Single Sheet Multimodular pneumococcal cell wall endolysin, domain 3 Multimodular pneumococcal cell wall endolysin, domain 3 1obaA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1obaA01
1UWTA 1TR1A 3WD1A 4CD7A 4TVDA 4E8DA 1KR1A 4CCEA 4Z2HA 4AYSA 3CBWA 4CKQA 1FFQA 3WDHA 1EH9A 1CZ1A 3TTQA 5FD0A 1CGYA 1WZLA 4B3KA 1UH4A 3VD3A 1BF2A 5JBDA 2X8PA 2E3ZA 3ALGA 5M3WA 4P7RA 2DH2A 4M8UA 4GZJA 1US2A 1JZ4A 1GQLA 1UQYA 3NSNA 1E70M 4JL1A 3VD7A 2J78A 1MQPA 2QMJA 4QLLA 2YJQA 3F5JA 3WFLA 2WYSA 1KQYA 2X09A 4IPLA 6CGTA 2DSVA 3VINA 1CGTA 5D9PA 2YLLA 2X1IA 3GBEA 2FGZA 1FH7A 4CUCA 4S3KA 2YL9A 1CXEA 1DWFM 5A8MA 1M03A 1N82A 2XTKA 3ARRA 3T0AA 3WKZA 3AS0A 1R85A 4H41A 2EEXA 2VQUA 4BCEA 3K8LA 2BV9A 2A3CA 1GQJA 1GONA 2IUZA 4HOXA 2XJ7A 1GOMA 1ZBCA 2XSAA 1UQZA 3MV11 4JHZA 3NDYA 2WWCA 3UG5A 5A6AA 4GO8A 3BMVA 1LJYA 4WF7A 2ZUTA 3TTOA 5CLTA 2CBIA 2VURA 1PBGA 3WIJA 2JEPA 2NT1A 1H1NA 1UD8A 2G41A 4PUDA 2YKKA 4UOQA 2JIEA 2O9PA 1E0XA 1NP2A 4TTUA 1GUVA 1UA7A 1E73M 2AOSA 5D4YA 1EDTA 3BLKA 1GVMA 4AXNA 5CSYA 1C90A 3A3HA 4MDOA 4DM2A 3FN9A 4D6EA 5BXTA 4AYGA 1V3MA 2C7FA 1V02E 1B3ZA 3I3BA 4PCTA 1JYWA 1JNEA 1MW1A 1CXFA 1XD0A 5FKYA 1ZJBA 2PBOA 4D6GA 2GK1B 3IK2A 3N04A 5I3DA 2X0HA 5GNYA 1ZB5A 4PSPA 4CD6A 4M24A 5DT5A 5IFTA 3WD2A 3EMQA 1W9UA 2XVLA 4CD4A 1BYDA 1UR1A 4BZYA 1CDGA 1HJQA 3PHAA 1JDDA 4KRUA 5A6SA 1K9EA 4MB4A 5CPQA 3CGTA 3IANA 5A6BD 3VM5A 2D3LA 1PJ9A 2GJXA 2WBGA 3VTRA 3SCWA 2G3MA 1Q6FA 2BVYA 4TVCA 1ZU8A 4PSRA 4MADA 1KXVA 5AC4A 3II1A 1V3JA 5I24A 5I78A 3OG2A 4P8VA 3VUPA 2GSJA 2WKLA 4ATWA 2EJ1A 1H41A 4M82A 4AISA 1J18A 2DH3A 2XSBA 4B16A 1DHKA 3WDQA 3SUWA 2VNCA 3AZTA 5E0CA 1OBAA 3UG4A 2X8OA 1VRXA 4XX6A 2XVGA 4BQ5A 1HJSA 2CEQA 3GNPA 3N12A 3CZKA 1V6WA 4C7FA 2WVTA 2ZXDA 1JYNA 3WF3A 3G6LA 2XWDA 5JIWA 4HMEA 3PZ9A 2IXUA 1Z32X 2WPGA 1J10A 1FOBA 3VGHA 4GZIA 1OT1A 3SCVA 1ISYA 3OLDA 2E9LA 3BAXA 1F4AA 4H7VA 4ZENA 2XFFA 3VIJA 5KZ6A 1CLXA 4J3XA 1JNDA 2BXZA 2WMGA 3RPMA 1UWIA 1EHAA 3IJ8A 2Y4SA 2OWCA 3VMNA 4AD5A 3PTKA 4FLRA 1JZ8A 4U31A 4M29A 1W9DM 1E71M 3VD4A 1H8GA 2VJXA 2VZSA 3VIHA 2DIJA 1WDSA 1BG4A 2AAAA 3AHTA 1P6WA 4NF7A 5IDIA 1E0VA 2BXYA 3WNLA 4LYQA 5CGMA 1LL7A 1US3A 2DT3A 2FHFA 2G3JA 3CO4A 1V0MA 2O9OA 3EBVA 1XGZA 1JZ6A 2OSYA 1MWOA 1RP8A 1V03A 1GHRA 1R87A 2VZTA 2ZICA 3VMPA 1ZL1A 4UR9A 3WN6A 2WAGA 4WKAA 4TXEA 3WQ6A 4F8XA 1WCGA 2YDRA 4AD4A 4CN4A 1BGGA 4NSBA 3ZT5A 1UA3A 1X1NA 1FP9A 2F2HA 5C70A 4R5EA 1DWGM 4HPGA 3VKKA 5BYWA 4GKLA 4D6CA 2JALA 3VGFA 3RJYA 3TTYA 3WF1A 1U33A 3UEQA 5FCZA 1EDGA 3W6LA 1VJZA 3QOKA 3VPLA 1M04A 2OWXA 4ML4A 2XYLA 1G9HA 2ZX6A 4MAVA 3AHYA 1E5NA 4Z2GA 1NQ6A 2O9RA 1UH2A 5A8PA 2BFGA 9CGTA 1V6YA 1JYXA 1NWRA 4PTXA 4D1JA 2WCSA 2VR5A 3CMGA 1TCMA 1J11A 2WM0A 3M7SA 4QLKA 1UD3A 3GH7A 3HZ3A 2XGBA 1QHOA 5BCAA 1OIMA 5E70A 4JFVA 3W6MA 1MXDA 7CGTA 2Y2WA 4GPNA 1CLVA 4GIAA 3FHQA 3PZUA 2RGLA 3ARTA 3RM8A 4EE9A 2WHKA 1UD6A 2X8RA 3TOPA 3AIWA 3EDFA 2GFTA 4GI9A 1UR0A 4PUEA 1J0ZA 2VOTA 1EO7A 1UD5A 1MQRA 3SCUA 2CBVA 4F79A 1YHTA 3SCPA 1W1TA 3NSMA 4MTVA 3ARUA 1ECEA 5FOOA 1BFNA 2G3NA 3RM9A 1V0KA 4M1RA 1TVPA 3CUJA 1M7XA 3VGBA 4UQAA 1E4MM 4DUWA 2WMKA 1KGUA 3RO8A 1NH6A 2D3NA 2PF0A 4ZXOA 2E9MA 3W28A 4Y7EA 5C8BB 3GXDA 4YHGA 3QGVA 1J0IA 3AS2A 1QW9A 1KCLA 5EFFA 3W0KA 2W62A 1DTUA 1KXQA 3BAWA 3L4TA 3IAQA 1XD1A 1E40A 1GVYA 1HT6A 1TZ7A 4JHOA 4UQ9A 2UY2A 3VGEA 4OKDA 1WE5A 2WMHA 1GZJA 2ZXAA 1VBRA 3D5HA 8CGTA 4BS0A 2W63A 3U57A 1EQCA 1E56A 3ECQA 3MO4A 3SUVA 1GQIA 2PWDA 4RE3A 1VEOA 1GPFA 3AMDA 2CXGA 3GXMA 3VO0A 3BXWA 5A8QA 4W8BA 3AIEA 5AC5A 4PN2A 3WEMA 1QNSA 2PWEA 1VENA 1E55A 4MDPA 3NYDA 1WDPA 4WLCA 1IV8A 4H8VA 4AZCB 2E9BA 1M53A 4J3WA 2D22A 3SIMA 1JIBA 1SYTA 3WELA 4A3HA 2EXOA 3CHFA 4JFUA 1W3HA 4P7NA 4U5IA 4RE2A 4WSJA 1EA9C 1VF8A 3N11A 1R7OA 3TA9A 1HJXA 2YL8A 1D7FA 4NI3A 1NOWA 4AEFA 2QHAA 3CUFA 4E2OA 4RL3A 4HA1A 3LPGA 1SMAA 1VEMA 4TX6A 4M56A 3VIGA 1G94A 5A2BA 2PC8A 2XHYA 2CHNA 5ECUA 4JFWA 1ZBVA 1Y7VA 1RPKA 3MANA 3VIPA 1HKJA 5JBFA 1E6SM 4CU7A 2V04A 1U30A 3K1DA 1CWYA 2QJ6A 3THCA 6TAAA 3AHXA 1KWKA 2XIIA 2BHYA 1OD0A 3ARVA 1CPUA 3O9NA 3K4DA 2EPKX 2DIEA 2DT0A 3ARSA 1CIUA 2EO7A 5GNZA 1OD8A 2D2OA 1H2JA 1JD7A 4X9YA 2F6EA 1KQZA 1TUXA 3WNMA 5KEZA 1PX4A 3BCFA 1CGVA 4C7DA 1BVZA 5DMYA 2EBNA 1JZ2A 2OWWA 1G5AA 1V3HA 1XRVA 3AZRA 1ISXA 2J8FA 3L2LA 1AQHA 2UY5A 4PMNA 2WCAA 4S3JA 1CEOA 4FK9A 5D9OA 1J01A 1GCYA 1TA3B 3M07A 3O6AA 3BCDA 4NRSA 4M80A 1UR9A 4PYSA 1PX3A 4UNIA 5HDRA 5LA1A 3SCRA 4XZBA 1QNQA 1LL6A 1HJWA 4LGXA 2XVPA 4UFIA 3WNOA 4CU6A 1UKOA 1B0IA 4XUYA 2CPUA 3GTNA 1E6PA 3WBEA 4ACZB 2WHJA 3AROA 3WEZA 4U3CA 2VZOA 3L4YA 3BAYA 3KEHA 4TTGA 3EDDA 3WNPA 1GORA 1JL8A 2QLYA 5DFAA 7TAAA 3WQVA 2V38A 1Q6CA 1WP6A 3AICA 1CTNA 1GOWA 3AXXA 1BLIA 3WL1A 4J3TA 3NUKA 3VD5A 4U2YA 1SFSA 2XM1A 4W84A 1MVYA 1H11A 4NC2A 4V27A 1E4IA 5HPOA 3T0BA 4MJ2A 4CVWA 3EMCA 5AYIA 1BYCA 2WHMA 2O9TA 1KWGA 1LLOA 3W27A 2A3EA 4WSKA 4KGJA 3E1F1 1MW2A 2A3BA 4KMQA 4PMUA 4JKKA 3GH5A 3LPFA 2D0GA 2XUCA 2FH6A 3ZJ6A 5CLWA 4GZEA 4AIUA 5FL0A 1V6XA 3VX1A 1CXHA 4JIEA 4PMXA 1ZJAA 1JFXA 3AOFA 2ZXQA 1HF6A 1QHZA 4YPJA 3VGGA 4D72A 1WDRA 3CZJA 5LYRA 1WO2A 2VUYA 5A8NA 1CECA 3GH4A 1C92A 3BMWA 1EQPA 4W93A 4KRTA 1KB3A 5CPTA 4X0NA 3GYCA 3T2OA 2W67A 2V5DA 3I3DA 4BA0A 3W29A 4CN6A 2VO5A 1AQMA 1D2KA 3VILA 1CGUA 1QHPA 2XWEA 5HBFA 1JD9A 1ISWA 1B3VA 2GJRA 2VCAA 1TE1A 2TAAA 2YBTA 4UCFA 3SCQA 3WF2A 2C8NA 2D0HA 4Z2KA 1I1XA 2V3EA 4D71A 4AMCA 4W7WA 5IFPA 2Y5EA 2BY0A 1HL9A 4GINA 3ZSTA 3VIOA 4NRRA 1W1YA 3WL0A 4H2CA 1KR0A 3KL5A 2G8ZA 1DEDA 3T2PA 3K4AA 4PBGA 3TONA 1B3WA 4OIFA 5D9MA 2WVVA 4HU0A 4AD3A 4AZIA 2WZIA 3A4XA 4LX4A 3UCQA 3AXHA 1CGWA 1ITXA 2CHOA 3T2QA 1XH2A 2YIHA 3WEOA 5D9NA 2CCRA 3S6TA 2WMJA 1KBBA 3OB8A 1CYGA 4CVUA 3HN3A 2G3IA 3SUUA 2D20A 4Z2IA 1CENA 1B30A 3N13A 4HZ7A 1JDCA 4OBSA 2WMFA 4C7GA 4TX8A 3ARQA 5JUVA 1OB0A 1SMDA 3AS1A 4R27A 3OGRA 3TTSA 4W88A 3CHDA 1VBUA 1WB0A 1EXPA 3GDBA 2DDXA 4UQBA 4NBYA 1UHVA 4ATDA 4D6JA 2VTFA 3WDIA 4ZFMA 2VRJA 4Z2JA 4M81A 4AZHA 3T08A 2JF7A 3EDKA 2A3HA 1BAGA 4WK9A 2OYLA 2X8MA 1PIGA 3DHPA 1GQKA 1XCXA 1CBGA 1O6IA 3GZAA 2YA1A 1ODZA 5IHRA 4P7OA 4JZ5A 2CESA 5E6ZA 2E0PA 2FH8A 4AY1A 3A6OA 3HIAA 3W24A 1E6XM 2VX5A 1A47A 5A94A 5EBAA 5M5DA 2XFYA 5A3HA 4P8WA 4JL2A 1H0GA 2VR4A 2CETA 3APGA 2OLHA 4J3SA 1X6LA 1I75A 4Q7NA 3AMKA 4NZCA 4W89A 5AYBA 4GQRA 1WPCA 2OSXA 2FGLA 4CCDA 1UWQA 4UFKA 2DT2A 4TOQA 2GJPA 2Y8KA 3NSXA 4BF7A 2NSXA 4GQQA 2FDMA 1WZAA 4JKMA 3MS8A 4J7RA 1H5VA 5IXEA 2VYUA 4PTVA 4W86A 1AMYA 3AI0A 1C8XA 4IM4A 1DWJM 4LQ1A 2VCBA 3NIYA 3ARZA 4JFSA 3CHCA 1HJVA 3ZSSA 3GNRA 5C71A 2WANA 1M01A 3M46A 6A3HA 4P8UA 3OGVA 3QHNA 1V0LA 2JE8A 1G0CA 1R8LA 1BYBA 1UD2A 1FP8A 1BSIA 5BWFA 3HMCA 4GI8A 2WC3A 3BC9A 4P7LA 2D23A 4J28A 1JXJA 3AJ7A 4AZCA 3MUZ1 1H09A 2UY4A 3M6DA 3QHMA 2GDUA 4MAZA 3FHAA 3DC0A 2J7FA 5DT7A 3VX0A 3ARXA 2O92A 4EAMA 4TUFA 1GOQA 1MYRA 3N9KA 2CKSA 1HVXA 1KGWA 1QBAA 3VIMA 2J62A 3SUTA 2WKGA 2WMIB 3WSUA 3LPPA 4EK7A 5CZKA 3W37A 4UZUA 3ZJ7A 2WSKA 1H4PA 3WNKA 5LA0A 3ZJKA 3N18A 3MUY1 1DWIM 1RP9A 1FH8A 2PWGA 4ZEPA 2CERA 4WKFA 4OZOA 4UFHA 1UUQA 3VVGA 3POCA 1C8QA 3QOMA 3UETA 4PTWA 2XIBA 1QI4A 2VT0A 2DSZA 1XSKA 2YDSA 3VDAA 1W1VA 2XM2A 2D0FA 1BG9A 4EKJA 1ISZA 5I0DA 5A6MA 3WF0A 1JAKA 2YBUA 2OYKA 1OWQA 3GNOA 3ZQ9A 2WVSA 5CSUA 1HP5A 3SURA 3W26A 1VFOA 2JF6A 2J75A 3VDCA 2WZEA 2GJXB 2DSKA 3N1AA 3T09A 1QW8A 1RD6A 3FW6A 5LA2A 2D24A 1OGBA 3WDRA 1NWSA 3VDBA 1HP4A 4J3VA 3SCTA 1UR4A 3AMGA 1PIFA 4OJYA 1UOKA 4CD5A 5D8WA 1BYAA 1UH3A 1PEZA 2ZX5A 2FHBA 5BXPA 1TA3A 2WLYA 2ZIDA 1W1PA 4U2ZA 1CXKA 5I5RA 2WXDM 3VIIA 2HISA 2ZUUA 1WZMA 4X0VA 3BSHA 5E09A 5CQ1A 2G4FA 4E4PA 4AZ5A 4DWSA 2CNCA 4ACZA 4PMRA 4P8XA 1EOKA 3L2MA 2ZUWA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1UWT A;  1TR1 A;  3WD1 A;  4CD7 A;  4TVD A;  4E8D A;  1KR1 A;  4CCE A;  4Z2H A;  4AYS A;  3CBW A;  4CKQ A;  1FFQ A;  3WDH A;  1EH9 A;  1CZ1 A;  3TTQ A;  5FD0 A;  1CGY A;  1WZL A;  4B3K A;  1UH4 A;  3VD3 A;  1BF2 A;  5JBD A;  2X8P A;  2E3Z A;  3ALG A;  5M3W A;  4P7R A;  2DH2 A;  4M8U A;  4GZJ A;  1US2 A;  1JZ4 A;  1GQL A;  1UQY A;  3NSN A;  1E70 M;  4JL1 A;  3VD7 A;  2J78 A;  1MQP A;  2QMJ A;  4QLL A;  2YJQ A;  3F5J A;  3WFL A;  2WYS A;  1KQY A;  2X09 A;  4IPL A;  6CGT A;  2DSV A;  3VIN A;  1CGT A;  5D9P A;  2YLL A;  2X1I A;  3GBE A;  2FGZ A;  1FH7 A;  4CUC A;  4S3K A;  2YL9 A;  1CXE A;  1DWF M;  5A8M A;  1M03 A;  1N82 A;  2XTK A;  3ARR A;  3T0A A;  3WKZ A;  3AS0 A;  1R85 A;  4H41 A;  2EEX A;  2VQU A;  4BCE A;  3K8L A;  2BV9 A;  2A3C A;  1GQJ A;  1GON A;  2IUZ A;  4HOX A;  2XJ7 A;  1GOM A;  1ZBC A;  2XSA A;  1UQZ A;  3MV1 1;  4JHZ A;  3NDY A;  2WWC A;  3UG5 A;  5A6A A;  4GO8 A;  3BMV A;  1LJY A;  4WF7 A;  2ZUT A;  3TTO A;  5CLT A;  2CBI A;  2VUR A;  1PBG A;  3WIJ A;  2JEP A;  2NT1 A;  1H1N A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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