2IXUA

Crystal structure of the modular cpl-1 endolysin complexed with a peptidoglycan analogue (wild-type endolysin)
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
338
structure length
338
Chain Sequence
VKKNDLFVDVSSHNGYDITGILEQMGTTNTIIKISESTTYLNPCLSAQVEQSNPIGFYHFARFGGDVAEAEREAQFFLDNVPMQVKYLVLDYEDDPSGDAQANTNACLRFMQMIADAGYKPIYYSYKPFTHDNVDYQQILAQFPNSLWIAGYGLNDGTANFEYFPSMDGIRWWQYSSNPFDKNIVLLDDEEDDKPKTAGTWKQDSKGWWFRRNNGSFPYNKWEKIGGVWYYFDSKGYCLTSEWLKDNEKWYYLKDNGAMATGWVLVGSEWYYMDDSGAMVTGWVKYKNNWYYMTNERGNMVSNEFIKSGKGWYFMNTNGELADNPSFTKEPDGLITVA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Elucidation of the Molecular Recognition of Bacterial Cell Wall by Modular Pneumococcal Phage Endolysin Cpl-1.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus phage cp-1
total genus 92
structure length 338
sequence length 338
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2006-07-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01183 Glyco_hydro_25 Glycosyl hydrolases family 25
A PF01473 CW_binding_1 Putative cell wall binding repeat
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.10.270.10 Mainly Beta Ribbon left handed beta-beta-3-solenoid Cholin Binding 2ixuA02
2.20.120.10 Mainly Beta Single Sheet Multimodular pneumococcal cell wall endolysin, domain 3 Multimodular pneumococcal cell wall endolysin, domain 3 2ixuA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2ixuA01
3AIQA 3CIVA 1PAMA 2Z1KA 4DUWA 3VM7A 1UD6A 3CHCA 1LQ0A 2XIBA 4DWSB 5BWFA 1BPLB 4QP0A 1EDTA 1AMYA 1G01A 1DTUA 3ZSSA 1JD7A 4B9YA 4QCFA 3BAYA 3A4AA 3WUFA 2ZXDA 1E4MM 5GNZA 3T0DA 3OZOA 5I24A 1X6NA 2VVNA 2V5DA 5DT5A 2UY2A 3AISA 5FL0A 3FAWA 3CZKA 3MSDA 2WC4A 3TTYA 2J77A 4PTWA 2OWCA 2BMLA 5C70A 3SIMA 4MDOA 1ISWA 1OGBA 2Y8VA 1TUXA 2UY5A 2EJ1A 2W61A 2WMHA 3MS8A 5AY7A 1QI3A 4M56A 1OCQA 1EO5A 4WJXA 2J74A 4NI3A 4D71A 5M3WA 1KWKA 1KXHA 4M80A 1ESWA 4B3LA 1EXPA 3FHQA 3L4VA 2E8YA 3POCA 3S6TA 1UD8A 1ZU8A 5BRQA 1LL7A 2EPMX 1FH7A 4JFVA 1N82A 1X6LA 4JIEA 4AZCB 3PZIA 5A6JA 1H8GA 2AAAA 3BAKA 1NOWA 3ZR5A 3MKKA 3WDQA 2YL5A 2CERA 5D4YA 2PWFA 1V0LA 4HOXA 5I5RA 1SYTA 1UD2A 1WKYA 3N18A 2E9MA 1WNOA 3WMBA 5FL1A 3MV11 1JFHA 1XCXA 2CETA 1HNYA 2YDQA 3MMWA 1K9EA 3GH7A 1LG1A 3CMJA 4C7FA 4H04A 4D6DA 5HXMA 3CZ8A 1NARA 3AFBA 3EBVA 4PSRA 1D2KA 2VZUA 2QMKA 2E4TA 4R27A 4AMCA 4AD5A 1IT0A 1XCWA 3WIJA 1WAWA 4W88A 2YBTA 2QF8A 2X8PA 1W3JA 3MU7A 2XWDA 4AEEA 1QNRA 3VIJA 4MNKA 1I1XA 2WVTA 3DYOA 3AHYA 3OGVA 4J3XA 1ZBVA 1KQZA 1SMAA 4H2CA 1GCYA 2ZWZA 1B2YA 4RL3A 4UTFA 5IFPA 4AIEA 1UR0A 2DSUA 2VT0A 4EKJA 1C7SA 3B9EA 3WNKA 1B0IA 4ACZA 4MJ2A 5IHSA 2WMFA 1WP6A 2J75A 3HU7A 3VTRA 1V0MA 3GXMA 3L2LA 3WH8A 4EAMA 4L4PA 1UR4A 9CGTA 4P8XA 4D6HA 1LJYA 1CXFA 3A4XA 1HKJA 3IK2A 5DF0A 5EFDA 1FA2A 3WNPA 1QNPA 1BYDA 2YA1A 3NIYA 1OGSA 2X8RA 2WC7A 2GJXB 1A3HA 4D6GA 2O9OA 2WPGA 3KEHA 3BC9A 3M46A 4IISA 1EOKA 2D22A 5A8OA 1ODZA 2HVMA 4TVDA 2WZHA 1GVMA 5FOOA 2EPNA 1VFUA 4TVCA 2DQXA 2BXYA 5CJ5A 1M53A 1E5NA 3PZUA 3BCDA 1J9YA 3K1DA 1GQIA 3FN9A 2V3GA 5AYIA 2J7DA 1UH3A 5HBFA 2A3AA 3M07A 4OOUA 1E6NA 4LYQA 1W3HA 4AYSA 4BQ5A 4CN6A 4D6JA 2IXUA 1E56A 3W6MA 3WQ8A 1BQCA 2XG9A 4AC1X 5ECUA 2FDMA 2G3MA 1TR1A 2G4FA 5JBFA 4RE3A 3SUTA 4UR9A 4D6EA 1EGZA 1VEPA 4PMRA 2ZXAA 4E8CA 7A3HA 1QNQA 4IPNB 2WKGA 4JFTA 1H2JA 4JFSA 2X1IA 4PTXA 1JNEA 5A3HA 3ZIZA 1MYRA 2VX6A 4HU0A 4UQEA 2F61A 2DT2A 2WWDA 2OYMA 3VGFA 1W3KA 2ZX8A 1JZ6A 1BLIA 2WZEA 3KLLA 8A3HA 1UYQA 1OWQA 2DSZA 1ZJAA 1GUVA 5EBAA 3SCUA 3NDYA 4BZYA 2ZX9A 2A3BA 4TXEA 3HZ3A 3K8LA 1B3VA 4W86A 4UQBA 4JHOA 4AZBA 1UUQA 3UEQA 1K9FA 3OLGA 1QVBA 3CMGA 4TOQA 4B16A 2XYLA 5JIPA 2CKSA 5EFFA 3WQVA 2E3ZA 1KXVA 2EQDA 1ISYA 4J3VA 3B8SA 1F4AA 3O2LA 3SCPA 5A6AA 4YN5A 3ZQ9A 4CCCA 4PMZA 3KL3A 1XV8A 3DC0A 4AD2A 2VI0A 5CQ1A 1OB0A 1EQPA 3GNOA 3IJ7A 3FNDA 4HOWA 1JF6A 1GZJA 1UR1A 4ZE5A 4X0VA 1E6PA 3T08A 4LQ1A 1PIGA 4UCFA 5FCZA 4PUDA 1M01A 2DDXA 4HZ7A 3U57A 4CVUA 2BV9A 3MANA 2G7CA 1UH4A 1JZ5A 3ARYA 3AHTA 3VX0A 1M04A 1W9VA 2V05A 2CESA 3WL0A 4ZFMA 1JZ8A 4GIAA 3I3BA 1VB9A 1MXGA 4DM2A 4YHEA 1NWTA 4PCTA 4CD7A 1E5JA 4BQ3A 3IANA 2PWHA 1VFMA 7TAAA 1V02A 4V28A 3ZR6A 5BRPA 4PN2A 1BGGA 4NZCA 1WE5A 3WMCA 5E09A 4H8VA 5A2CA 2BY3A 3N12A 2ZICA 1KGUA 2MANA 1VJSA 2BVDA 1S46A 2WNWA 1LL4A 1JAKA 1KR0A 1W32A 2J8FA 1FHLA 1R7OA 2FH8A 1L8NA 3W0KA 4CD6A 1UOKA 3EMQA 1E6SM 5CGMA 1UKQA 1EQCA 4U3CA 3T2OA 3N04A 1EIBA 5D9MA 5CPQA 3OGRA 4ML4A 1W2VA 5M5DA 3AIBA 2VJXA 1CNVA 3CTTA 3PBGA 2J7CA 3NSMA 1JG9A 1LLOA 1C3FA 3GH5A 4UQDA 2HISA 3WQ5A 4M29A 2GJRA 2YOCA 3W6LA 2UY3A 4URIA 5BXPA 4PRWA 3VKKA 4W93A 6CGTA 2WANA 1CTNA 4GI8A 2WZIA 2ZUTA 3AQUA 4LX4A 5CZKA 4ZXLA 3EYPA 7CGTA 1JYVA 1E15A 1JAEA 3SURA 4IUGA 3RPMA 4AZIA 2FH6A 1D3CA 2YIHA 4B9ZA 3U5UA 4TVUA 3RILA 2YL9A 2GSJA 1V3JA 4AEFA 3T2QA 4CU6A 4CUCA 4PCSA 1VBRA 2WVUA 1E4NA 3AS0A 2O9PA 1D7FA 2WMJA 1XSJA 2UY4A 1J0HA 1MWOA 1CENA 2DT0A 3GXDA 5A6BD 3M7SA 4AXNA 1OM0A 3VDAA 1E6XM 4P7LA 3AYRA 3CZGA 3WMSA 3SCWA 1LF1A 2WVVA 3AZSA 4UQCA 4Z2IA 2JF6A 1QI4A 5I78A 3A47A 1R87A 1UG6A 3GZAA 4IM4A 4W85A 1O6IA 1DP0A 1V3IA 5A2AA 2J7EA 3TTQA 2X2YA 4HZ6A 2XIIA 2WBKA 4JZ5A 2BY0A 3GBEA 4W87A 1KGWA 5CG0A 2CKRA 1JNDA 3OIHA 5EB8A 1HKKA 2VCBA 5DT7A 4E4PA 1PEZA 4PUEA 3BH4A 4JHZA 1BGAA 3W81A 4EE9A 4JFUA 2VC9A 1W9BM 1G0CA 2CPUA 3NYDA 3W24A 2X05A 1GJWA 2OWWA 2FGLA 1DWHM 2Y5EA 4LPCA 5ABGA 1WO2A 2EEXA 2JEPA 2Y2WA 4UOQA 3OG2A 1CXHA 2DH2A 3WD0A 1R86A 2ZX7A 3WBEA 1OT2A 5A8MA 2IUZA 1ZBKA 5HPOA 2G3NA 3MUZ1 3OLEA 2CXGA 1Q6GA 1C8YA 3UERA 4ACYA 3EDKA 2QJ6A 2OSYA 4GZEA 2F6EA 1DHKA 4WSJA 2VZTA 3W29A 5A6KA 1QI5A 1UZ1A 4L4OA 5D9NA 3EMZA 1Q6EA 4M8UA 3NSXA 3RJYA 3WD4A 3GH4A 1U2YA 2ESCA 4ZEPA 4ATDA 4JFWA 2VZOA 3ZMRA 3SCRA 2RGLA 3VVGA 4AW7A 3DECA 4U2YA 2YL6A 4S3JA 4WKFA 1F4HA 4PMQA 1J0ZA 1V6XA 1DWFM 2GDUA 3BAWA 5D9OA 4GO9A 1J0KA 4GINA 2WVVB 3PZTA 2OYKA 4OUEA 3WFZA 1ECEA 1V03A 3ARVA 3NSNA 3SUWA 2BS9A 2QV4A 2JIEA 4V27A 4WK9A 1FH9A 2BFGA 4TUFA 1E6QM 2J7HA 3WQ4A 5E0CA 2YLLA 2BHZA 1M03A 3W37A 1VRXA 3L4YA 2WWCA 2CBVA 4HA4A 3DHUA 5FKYA 1TE1A 1KFWA 3SEPA 3W26A 3SUVA 1AVAA 2WSPA 2WCSA 1I1WA 4WKHA 3WENA 3QOMA 3PZOA 4M81A 3MMUA 4P7NA 3D5HA 2A3HA 3VD3A 1QOXA 4KRTA 3WH6A 4XZWA 1EHAA 4UFMA 1WB0A 1LWJA 4AY1A 1JZ4A 1W1VA 3W27A 4M24A 3L4XA 3PZQA 2QPUA 1V3LA 5A2BA 2GJXA 2XSAA 1HJSA 5LA0A 2W5FA 3TP4A 1XH1A 4P7OA 3WH7A 4H7VA 4KGLA 1KGXA 2V3FA 2EPLX 1KCKA 3U7VA 1JD9A 3VIFA 1CDGA 2BHUA 1HF6A 4WSKA 4D6FA 1EDQA 1GOMA 1W9UA 3AXHA 4JL1A 4AZHA 3L2MA 1GQJA 2O9TA 3SCQA 5ABHA 3IAQA 3WELA 2ZUVA 1UWRA 4HA1A 2OLHA 2XVGA 4MPKA 1VFOA 5A6MA 4AZGA 2UWFA 2XJ7A 1K9DA 1PZ2A 1C90A 4W7WA 1SFSA 2D0HA 1V0NA 2D20A 1P6WA 3THDA 4MAZA 3D3AA 4Z2GA 3WD2A 2GUYA 4BQ2A 4QAWA 3RM8A 3TOPA 3L4WA 3O6AA 1B90A 1US2A 2C8NA 2G3JA 2ZUNA 1BFNA 2D3NA 4MTVA 5ABFB 2YJQA 1W3LA 2XM2A 5I79A 5FIPA 1VIWA 3BCFA 4P8WA 4CN1A 5AC4A 2D3LA 1QPKA 3LMYA 3VM5A 1E0VA 4BF7A 2GDVA 5EMYA 3BLKA 4W5UA 5BROA 3F4VA 1JXJA 4WLCA 1JZ7A 2WVSA 1E9LA 4KWUA 3CUGA 3T0AA 1NQ6A 1SMDA 3RMEA 4WIWA 4BCEA 2ZUUA 3GTNA 1H11A 4UFKA 4MNMA 1HKMA 3WUGA 3T09A 1BF2A 1HIZA 3ZJ6A 1GQLA 1UWSA 3ZO9A 1ISXA 2J7FA 4UFHA 1UWUA 5A6SA 1IV8A 3WQWA 1LG2A 3GBDA 4U5KA 3AIWA 2WCAA 4GZJA 5LA2A 5A8PA 2WHMA 2YDRA 4PMUA 1KXQA 4KGJA 4XUYA 3WEOA 4J7RA 4JKMA 1A47A 1EOMA 1B30A 4PYSA 3B9DA 2J8GA 3CZEA 1XH2A 3GNRA 1UQYA 4LXFA 1C91A 4S3KA 1L0PA 3AROA 1MQQA 4CGTA 4U33A 1B3XA 3SCVA 2OYLA 5DO8A 4FLQA 3APGA 3FW6A 3VDCA 4CN4A 1B31A 1GONA 1WZMA 2CCRA 4FLRA 3VIHA 3BAJA 3VIMA 3CLWA 3G6LA 3ALGA 3ARRA 1OIFA 1K9TA 1E72M 3VGEA 2QMJA 3KLKA 1W1YA 3KL0A 3QGVA 2WW5A 3F5LA 4P8UA 1AQ0A 3LPOA 4CU8A 1G1YA 4MNLA 2VVSA 3RIKA 1E0XA 1B1YA 1OD0A 1ITXA 4PTVA 1LWHA 5E6YA 4FLSA 3ARXA 2WCGA 1YQ2A 3SCNA 1NP0A 2J7GA 2VRJA 3OZPA 1JYNA 4OKDA 4X0NA 5DEZA 1VAHA 3CH9A 1FFQA 1MW3A 4F66A 2YL8A 1V6YA 1VFFA 1ZBCA 2WHKA 1FHDA 1OT1A 1RPKA 1UWQA 1J0IA 2V5CA 1VENA 1BSIA 1HT6A 3LPPA 5I0DA 1UR9A 3KE0A 1J0JA 4H8UA 2EO7A 1C92A 1ZS2A 5I23A 3UR8A 3TTOA 2VZSA 1UHVA 2X09A 3UCQA 4JL2A 2QPSA 2F8QA 2WMKA 1E4IA 3QHOA 4QLKA 4UFJA 1H09A 3CHDA 2PWGA 2XGBA 4PMNA 4J27A 2X0HA 4V2XA 4LYRA 2NT1A 5FD0A 3I3EA 1C8QA 2D0FA 4TX6A 3QOKA 1KWGA 1H4PA 4U2ZA 1NWSA 3ALFA 4P7RA 2WLYA 4PBGA 3WSUA 2W62A 5DFAA 3VGGA 4D1JA 3AMDA 5I3DA 2YDSA 3VGBA 3GNPA 5A6BA 4JCLA 4GQRA 5IDIA 5CSUA 2XVLA 3AIVA 3N9KA 4UQAA 3S2CA 1V02E 3AS3A 4M82A 3IAPA 1UZ4A 3WNLA 4PSPA 1J12A 3WNOA 5BXTA 1E6ZA 1CIUA 4D72A 1Q4NX 2Y24A 2EPKX 3WD1A 4A3HA 5JIWA 3PTMA 3PTQA 1GOIA 3N11A 2J25A 5LA1A 1RD6A 2WKLA 3VDBA 4TTGA 3ZT5A 3F5KA 3K8KA 2RGMA 4DUVA 1W91A 3TONA 4XB3A 1KXTA 4ZENA 3WNMA 3VD4A 1V3HA 3VOCA 3K46A 2AOSA 2WK2A 1TG7A 4EANA 2PWEA 4W7UA 4Z2HA 2EPOA 1ITCA 1QHZA 3IJ9A 1QW9A 4U5IA 3NUKA 3E1F1 4U31A 1I75A 3BAIA 3RCNA 8CGTA 1DWJM 4B3KA 1JZ2A 4AWEA 3CO4A 2JALA 4FF5A 4F79A 1H49A 2V3DA 1RP9A 2Z1SA 2YBUA 2BY2A 2WSKA 4CKQA 1TVNA 3M6DA 3JUGA 5A94A 1DEDA 3AHZA 4FMVA 5I77A 4X9YA 2W92A 3VNZA 2W63A 3SCSA 2IXVA 2XFYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3AIQ A;  3CIV A;  1PAM A;  2Z1K A;  4DUW A;  3VM7 A;  1UD6 A;  3CHC A;  1LQ0 A;  2XIB A;  4DWS B;  5BWF A;  1BPL B;  4QP0 A;  1EDT A;  1AMY A;  1G01 A;  1DTU A;  3ZSS A;  1JD7 A;  4B9Y A;  4QCF A;  3BAY A;  3A4A A;  3WUF A;  2ZXD A;  1E4M M;  5GNZ A;  3T0D A;  3OZO A;  5I24 A;  1X6N A;  2VVN A;  2V5D A;  5DT5 A;  2UY2 A;  3AIS A;  5FL0 A;  3FAW A;  3CZK A;  3MSD A;  2WC4 A;  3TTY A;  2J77 A;  4PTW A;  2OWC A;  2BML A;  5C70 A;  3SIM A;  4MDO A;  1ISW A;  1OGB A;  2Y8V A;  1TUX A;  2UY5 A;  2EJ1 A;  2W61 A;  2WMH A;  3MS8 A;  5AY7 A;  1QI3 A;  4M56 A;  1OCQ A;  1EO5 A;  4WJX A;  2J74 A;  4NI3 A;  4D71 A;  5M3W A;  1KWK A;  1KXH A;  4M80 A;  1ESW A;  4B3L A;  1EXP A;  3FHQ A;  3L4V A;  2E8Y A;  3POC A;  3S6T A;  1UD8 A;  1ZU8 A;  5BRQ A;  1LL7 A;  2EPM X;  1FH7 A;  4JFV A;  1N82 A;  1X6L A;  4JIE A;  4AZC B;  3PZI A;  5A6J A;  1H8G A;  2AAA A;  3BAK A;  1NOW A;  3ZR5 A;  3MKK A;  3WDQ A;  2YL5 A;  2CER A;  5D4Y A;  2PWF A;  1V0L A;  4HOX A;  5I5R A;  1SYT A;  1UD2 A;  1WKY A;  3N18 A;  2E9M A;  1WNO A;  3WMB A;  5FL1 A;  3MV1 1;  1JFH A;  1XCX A;  2CET A;  1HNY A;  2YDQ A;  3MMW A;  1K9E A;  3GH7 A;  1LG1 A;  3CMJ A;  4C7F A;  4H04 A;  4D6D A;  5HXM A;  3CZ8 A;  1NAR A;  3AFB A;  3EBV A;  4PSR A;  1D2K A;  2VZU A;  2QMK A;  2E4T A;  4R27 A;  4AMC A;  4AD5 A;  1IT0 A;  1XCW A;  3WIJ A;  1WAW A;  4W88 A;  2YBT A;  2QF8 A;  2X8P A;  1W3J A;  3MU7 A;  2XWD A;  4AEE A;  1QNR A;  3VIJ A;  4MNK A;  1I1X A;  2WVT A;  3DYO A;  3AHY A;  3OGV A;  4J3X A;  1ZBV A;  1KQZ A;  1SMA A;  4H2C A;  1GCY A;  2ZWZ A;  1B2Y A;  4RL3 A;  4UTF A;  5IFP A;  4AIE A;  1UR0 A;  2DSU A;  2VT0 A;  4EKJ A;  1C7S A;  3B9E A;  3WNK A;  1B0I A;  4ACZ A;  4MJ2 A;  5IHS A;  2WMF A;  1WP6 A;  2J75 A;  3HU7 A;  3VTR A;  1V0M A;  3GXM A;  3L2L A;  3WH8 A;  4EAM A;  4L4P A;  1UR4 A;  9CGT A;  4P8X A;  4D6H A;  1LJY A;  1CXF A;  3A4X A;  1HKJ A;  3IK2 A;  5DF0 A;  5EFD A;  1FA2 A;  3WNP A;  1QNP A;  1BYD A;  2YA1 A;  3NIY A;  1OGS A;  2X8R A;  2WC7 A;  2GJX B;  1A3H A;  4D6G A;  2O9O A;  2WPG A;  3KEH A;  3BC9 A;  3M46 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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