2IXU | Genus

Total Genus 92

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	92
sequence length	338
structure length	338
Chain Sequence	VKKNDLFVDVSSHNGYDITGILEQMGTTNTIIKISESTTYLNPCLSAQVEQSNPIGFYHFARFGGDVAEAEREAQFFLDNVPMQVKYLVLDYEDDPSGDAQANTNACLRFMQMIADAGYKPIYYSYKPFTHDNVDYQQILAQFPNSLWIAGYGLNDGTANFEYFPSMDGIRWWQYSSNPFDKNIVLLDDEEDDKPKTAGTWKQDSKGWWFRRNNGSFPYNKWEKIGGVWYYFDSKGYCLTSEWLKDNEKWYYLKDNGAMATGWVLVGSEWYYMDDSGAMVTGWVKYKNNWYYMTNERGNMVSNEFIKSGKGWYFMNTNGELADNPSFTKEPDGLITVA

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Elucidation of the Molecular Recognition of Bacterial Cell Wall by Modular Pneumococcal Phage Endolysin Cpl-1. pubmed doi rcsb
molecule tags	Hydrolase
source organism	Streptococcus phage cp-1
molecule keywords	LYSOZYME
total genus	92
structure length	338
sequence length	338
ec nomenclature	ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date	2006-07-11

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01183	Glyco_hydro_25	Glycosyl hydrolases family 25
A	PF01473	CW_binding_1	Putative cell wall binding repeat

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.10.270.10	Mainly Beta	Ribbon	left handed beta-beta-3-solenoid	Cholin Binding	2ixuA02
2.20.120.10	Mainly Beta	Single Sheet	Multimodular pneumococcal cell wall endolysin, domain 3	Multimodular pneumococcal cell wall endolysin, domain 3	2ixuA03
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	2ixuA01

1GVYA 3EDKA 4HOXA 1PAMA 3RPMA 3BSHA 3IAQA 1HL9A 1HJXA 2WVVB 2ESCA 3GH5A 3T08A 5E6YA 2QPUA 2X8MA 3OBAA 1UKPA 8A3HA 3RIKA 1E70M 3RDKA 3MUIA 1CENA 4ACYA 4CKQA 3K8LA 4HPHA 5AYIA 1XYZA 5ABEA 4OBRA 2C7FA 2WZIA 4URIA 1MXGA 4ZXLA 5BYWA 4J27A 2VCCA 1MW1A 1ISWA 1EOMA 5D9MA 2UWFA 3WQ5A 2WHLA 1WZLA 1KBKA 3QHNA 1TVPA 4MAVA 3WELA 2WB5A 4X0NA 1UH2A 2DT1A 1JAKA 5EFDA 1UZ1A 3HJEA 3AHXA 2YBTA 3PBGA 1CLVA 5E70A 1QNOA 3MKKA 3T0DA 3N1AA 4P8WA 2D20A 3LMYA 3M7SA 4PMXA 2VOTA 2J7BA 4DWSC 3B8SA 1JYWA 3A4AA 3GM8A 4LX4A 4AYSA 4TTUA 3IANA 4J3VA 3S6TA 5CSYA 4AIEA 1GOMA 3K8MA 4E2OA 3EDJA 3FN9A 2BVYA 3WDIA 3GNOA 2EJ1A 1UZ4A 2XM1A 2V3GA 1FFRA 1UD8A 4TX6A 2WHJA 1CXFA 4PBGA 3ARWA 3ZJ6A 3AZRA 2XPKA 5CSUA 1GUVA 1OWQA 3VD9A 2EXOA 1B3XA 1HP5A 4D72A 4AIUA 5E09A 4V28A 1J0HA 1VEMA 1QHPA 1R7OA 4YPJA 3NDYA 3VGFA 3EMQA 3L2MA 3KL3A 4KWUA 2A3CA 5CPQA 1E56A 3KZSA 2OWWA 2OYKA 3CZEA 8CGTA 3MANA 2J7EA 2WCGA 5A6SA 5C8BB 1X6LA 1VJZA 4D6DA 3VM5A 1C90A 1GPFA 1ZS2A 4JAWA 4RE4A 2OSYA 5E0CA 2ZXBA 3K46A 1EHAA 1CGYA 4AD3A 3WD2A 5AC4A 2GJRA 3CTTA 3W26A 1QVBA 2FH6A 4LPCA 1PZ2A 3WDPP 4D71A 4PTXA 3W27A 1EXPA 2X8RA 4YHGA 3ZJ7A 1W3KA 1QW8A 4C7FA 2WK2A 4D6JA 2VI0A 4UOJA 3WQ6A 1UWSA 4AD0A 5I78A 1E1EA 1GQJA 3PZVA 1KQZA 3ZSTA 2BY3A 2D0FA 3PZQA 4CGTA 2YLAA 3GXDA 4JFSA 3RMEA 4FLSA 4AISA 5CXPA 2VVSA 1HNYA 3WH8A 4M56A 5A1AA 3ARVA 4ACZA 2V38A 2WSKA 1BYBA 5A8OA 5BXTA 1VFOA 3QR3A 1JFXA 1NOWA 3CHFA 1K9EA 5CJ5A 4HU8A 3PTQA 2X05A 4WKAA 2A3EA 4ZE4A 1W3JA 1B30A 5AYBA 1ZJBA 4CCCA 2Y8VA 2BXYA 1B1YA 4B3KA 3KLKA 2ZOXA 1GHRA 4UQDA 1E4IA 3BH4A 3W28A 1HJUA 3ARXA 1QHOA 1YQ2A 2O9OA 2EPMX 4NRRA 1R87A 3AS3A 4WJXA 5GQBA 1CXKA 4JCMA 3ZO9A 2X2YA 4YHEA 1M53A 2XFYA 3GBEA 2G41A 1E6XM 2MANA 1JYVA 1JZ8A 1G94A 1JDDA 3AIEA 4JL1A 1R86A 2WAGA 5BXPA 4UOQA 3VNZA 4QCEA 1PJ9A 3AROA 5HOSA 5A6MA 2J8GA 3UCQA 1BPLB 1V3JA 2XVGA 2Y5EA 1VAHA 5IHSA 5M03A 2DEPA 4JCLA 1FHDA 1UA7A 1WDQA 3FW6A 5E9AA 4L4OA 1KFWA 4GINA 3PZGA 1E4LA 2D3NA 3VNYA 4GZJA 2DDXA 3A3HA 3WMCA 3MS8A 4CU7A 1GCYA 4MB4A 2VRJA 1G9HA 1UR4A 1V6UA 2UY4A 1BAGA 3AS2A 4PMYA 1V3IA 1ODZA 2XGIA 3N12A 4Q7NA 3FXYA 3CHDA 3TTYA 4PMZA 1M04A 4OBSA 4WSJA 2YA1A 1TUXA 1UUQA 1H0GA 1B90A 4H8UA 3LPOA 4MDOA 1HX0A 2XSAA 1LL7A 4GQRA 1AVAA 4AYGA 3M6DA 3QGVA 3WH7A 1UQZA 1WNOA 1Q6CA 3CUGA 4HZ7A 1DEDA 4Z2IA 3K8KA 3N18A 1D7FA 2DSVA 2XVLA 4P7RA 4TVDA 5EMYA 2XVKA 2BVDA 4XB3A 2VNCA 4WLCA 4CVUA 3LPPA 1RP9A 2VZSA 1EA9C 3MU7A 2PBOA 2PWDA 1G0CA 1BQCA 1H11A 3AMKA 1E5NA 1MYRA 5DFAA 2G7CA 1V0KA 2DH3A 1B2YA 1LG1A 1V6YA 3BAJA 2EEXA 3W29A 2WMKA 1MW2A 1V3MA 2XVNA 2WMJA 3ZJ8A 4U3CA 1WZKA 1VJSA 2VZTA 3GNRA 1FP8A 1CWYA 3W6LA 1KQYA 3PTMA 1LQ0A 3DHPA 2JEPA 1CNVA 3AMGA 4OOUA 3EDDA 4NI3A 1TVNA 5M3WA 1UD5A 5I2UA 1UWTA 1JFHA 3WQ4A 1ODUA 1RD6A 3VIFA 3O6AA 1Z32X 3THDA 4W8BA 2EPOA 3T2OA 3DHUA 3AMLA 5E0FA 1HL8A 4FLQA 1PIGA 3J7HA 4AEEA 4AZCA 3SUSA 2XM2A 2WC4A 4U2ZA 3WUGA 4D6GA 3UG5A 3WN6A 1PX8A 1W2PA 1HKKA 3AHTA 2UY3A 3CGTA 1O6IA 2NT1A 2V3EA 4CUCA 3ZR5A 2QF8A 1HVXA 2XIBA 1HJWA 3AYRA 2WC7A 5I23A 1UKQA 1B3VA 3KWXA 3QHMA 1UR9A 3W37A 4WSKA 1E43A 2ZICA 3OGVA 2X0HA 1E6RA 1XH1A 1BF2A 3AYSA 1UWQA 2Q8XA 3VGGA 3ARTA 5LA2A 3ZQ9A 2OWCA 2YDQA 1UR0A 5CPSA 3PHAA 2YLLA 2W4XA 1RH9A 4HA4A 7A3HA 3RJYA 4Q22A 2GFTA 1UG6A 5JBEA 2PWHA 4UFLA 3VILA 3UESA 3WMBA 3TONA 3B9AA 4A3YA 1QOXA 4E4PA 4UZUA 1H41A 1HP4A 4QFUA 2DT3A 4A3HA 4AW7A 2PI6A 2OYMA 4ZXOA 1QI4A 5DEZA 2FHCA 2Y2WA 1VEPA 3WBEA 4J3UA 3AZTA 2W66A 1QI3A 1WKYA 4IPNB 2ZUNA 2AOSA 1C8QA 3LPGA 3WQWA 4FK9A 1XCXA 1GJWA 2VX6A 3W53A 2YL8A 5A8QA 4DM2A 3D3AA 1G01A 3AXHA 4EE9A 5IHRA 4LQ1A 3WF0A 1B31A 5A2AA 1NOFA 2VURA 1VIWA 1E40A 2G4FA 4HA3A 3L4VA 3WEMA 1U30A 2XYLA 1GVIA 2WSPA 3ARUA 2WVUA 3L4YA 3BC9A 3B9DA 4JIEA 5HPCA 2QV4A 4N42A 3BAYA 3MUY1 1OIMA 1QI0A 2J7GA 3WUBA 2O92A 3L4WA 2ZUTA 1DHKA 2PBGA 4H8HA 3N13A 3W38A 3IJ9A 4P7QA 1V0LA 2XFFA 1ISYA 4JKLA 1G1YA 3U7BA 4WKFA 2W62A 2EBNA 4IPLA 2XUCA 2E8YA 3GNPA 4AY1A 3WDJA 2BV9A 4AZGA 3G6LA 2BNJA 3F5LA 3ARZA 4OKDA 1QPKA 5D9PA 5HNNA 1Q6GA 4PSPA 2NT0A 3WY1A 4C7GA 1ZBVA 5GNYA 3VD4A 2JE8A 1E73M 1FOBA 2CXGA 4EK7A 2D0GA 2ZUVA 2VX4A 3NDZA 2QPSA 2UY5A 5BRQA 1HJQA 3WF2A 5JIPA 1H8GA 3HZ3A 3RM9A 2JFEX 2J25A 1KCKA 4N0RA 4IISA 2EO7A 5ABHA 3WSUA 2WMGA 4CN4A 1LL6A 1CEOA 1NARA 5I0DA 5LA1A 4FMVA 3WFZA 3AICA 1LWHA 1V3HA 1R8LA 3WNNA 1S46A 2E3ZA 2VYUA 1MW0A 7CGTA 2V3FA 2ZX9A 4WF7A 1NWUA 5CG0A 1UKSA 4PUEA 1OGSA 4MNJA 2BVTA 4B3LA 1EQCA 1BG9A 4CN6A 3PN8A 1H4PA 3JUGA 4M8UA 4QLJA 1V6WA 4GI6A 5FIPA 3RO8A 5DT7A 1TA3B 3W4RA 1DTUA 4X0VA 5CQ1A 3T09A 3SUUA 4OJYA 3GH4A 4QLKA 5A8NA 4Z2GA 4PMUA 3OZPA 4GPNA 5DF0A 1EOKA 1JZ6A 4AD1A 5FCZA 3WNPA 2V04A 5I24A 2QJ6A 1FFQA 4TUFA 3WFLA 3TP4A 5BXRA 2QHAA 3IAPA 1QHZA 1J0ZA 4AC1X 4AZ5A 2AAAA 4HA1A 1OSEA 1KB3A 1JXJA 4TVCA 2RGLA 2OWXA 1CZ1A 4TVUA 5C70A 3DECA 4PCSA 3VD3A 1KGWA 1NWRA 5A6KA 4YN5A 2WBKA 3HIAA 4MNLA 3AIUA 1E72M 3AXXA 1XSKA 2CBVA 3FAXA 2Y8KA 3NUKA 4X36A 4U2YA 4UTFA 1QBAA 1UA3A 1VB9A 1FA2A 1HCXA 4EANA 3BSGA 2BY1A 3PZ9A 1ZBCA 5EBAA 4PMOA 1TZ7A 1R85A 1W9BM 2WXDM 2DIJA 1ZBWA 2YA0A 1EO5A 4MB1A 5M5DA 5D4YA 3N15A 2DT2A 3VIMA 3NSXA 4M81A 3IJ7A 1ZB5A 3AIRA 1L0PA 1JAEA 1GW1A 1O7AA 2JF7A 3TTSA 3A4WA 2XIIA 2FGLA 2VR4A 3B9EA 3SCVA 1OT1A 3N9KA 2X8PA 3CZLA 1DWHM 3K4DA 1JNDA 2GSJA 1BVNP 3AIQA 5KZ6A 4H41A 1VENA 3UEQA 1CGUA 3W25A 1KR1A 3VMPA 3L2LA 3N04A 3AQUA 1GOQA 4UR9A 3SCUA 3SEPA 1UWRA 4XX6A 3RCNA 4PMDA 3O9NA 1V6XA 1M7XA 4CD8A 2V3DA 4MADA 1GOOA 2WKGA 4Z2JA 4S3JA 4AEFA 1KBBA 3VOCA 1JYXA 2YKKA 3WD4A 3OLGA 1E6NA 3VD5A 3UETA 3OIHA 1L8NA 3WQ8A 4D6CA 4H04A 1DWIM 3HU7A 3SIMA 4QP0A 3GZAA 1W9UA 5DT5A 1EGZA 1KXVA 2CBIA 4OIFA 3PZNA 3WUEA 4JHZA 4AMCA 4MNKA 4U3AA 3BMWA 4JKKA 4NC2A 1E6QM 1M03A 4M1RA 1UD2A 1Q6EA 2W91A 1QBBA 2OYLA 4UFKA 1J01A 3HN3A 4W7VA 1E15A 4RE2A 3F5KA 3CHEA 5GNXA 3POHA 1GOKA 4P7OA 3L4TA 1UR8A 2GJPA 4BF7A 2VCAA 2VT0A 4W87A 2JEQA 4ZFMA 4PCTA 3WH6A 1SYTA 2YIHA 1RPKA 2PB1A 1PBGA 4RL3A 2YL9A 1NM9A 4PTVA 3UERA 3FNDA 2ZX7A 5BXSA 4HZ8A 2GDUA 1EQPA 4NSBA 1J0KA 4HMEA 2BY2A 4BA0A 1H1NA 2J74A 3WL0A 4ATWA 4GKLA 2GVYA 2XHYA 1E5JA 4XUYA 3WNMA 1X6NA 3ECQA 2PF0A 3CUHA 1M01A 3POCA 2WZHA 4PEEA 2CERA 3FHQA 1F4HA 2WMHA 4MNMA 2X09A 1GZJA 5A3HA 3VIKA 2Y4SA 3VIJA 5CZKA 1AQMA 1YHTA 1HN1A 2D2OA 3AZSA 2YL5A 4PSRA 3WENA 3WF1A 1WPCA 1MW3A 5GNZA 1XD0A 2J75A 3WQVA 1TR1A 3K4AA 3OGRA 1IT0A 3CH9A 1CXLA 3VGDA 2JIWA 2CPUA 1W1TA 1DP0A 1KXHA 3AHVA 2XSBA 2TAAA 2WVSA 1QNPA 1GQKA 1JYNA 2V5CA 2DSWA 1HKJA 4KRUA 4P7LA 2GJXA 1KCLA 5CGMA 3AJ7A 4PMVA 1A47A 4J7RA 1Q6FA 3GXIA 1UHVA 2DH2A 3WIJA 1PX4A 3PZTA 2V05A 3F4VA 3VVGA 3GH7A 4ACZB 4AIOA 5D8WA 1LG2A 4QCFA 4GO9A 1B3YA 3CHCA 5ABFA 5TD4A 5FD0A 1OD0A 1V03A 2WZEA 4U5KA 3AXIA 1WCGA 4NBXA 1QI2A 3L4XA 2BHUA 4J28A 1C8XA 2WWCA 3WEOA 3UG4A 1NH6A 3AFBA 4KH2A 1OINA 5HBFA 3WNLA 1V3LA 2E4TA 3SCRA 2E0PA 1B3ZA 3MSGA 1JD7A 1E1FA 1HF6A 1P6WA 2A3HA 3SCQA 2C8NA 1I75A 1UKOA 4U31A 4BZYA 4GZIA 2J47A 4P8VA 2VTFA 2YL6A 1WDRA 3GTNA 4D6IA 4F9DA 2VZVA 1E55A 2W67A 2JALA 1VBUA 5IFTA 1C92A 1W91A 4HU0A 3EYPA 3SCSA 1UH4A 2VMFA 4W5UA 5A6BA 2DT0A 1PX3A 2W92A 4CU6A 1XYFA 4D1IA 1OD8A 3AI0A 1TMQA 1NOUA 2PWFA 5FL0A 1JD9A 1WAWA 4AZBA 5E6ZA 2FH8A 1PZ3A 3LPFA 3OG2A 3VIOA 1BYCA 2VL4A 1CXEA 2BMLA 4M29A 4W85A 1J9YA 1CPUA 2CKRA 2HISA 2X1IA 4A4AA 1NQ6A 4MDPA 2XJ7A 2F6EA 2VX5A 3GBDA 3BGAA 3CMJA 4AXNA 2CETA 1CGWA 2ZXQA 3N17A 4JFWA 2WCSA 2CITA 4CD6A 2CYGA 3ALGA 1OCQA 5A8PA 1OBAA 4P7NA 4CVWA 2X0YA 1ZU8A 3ARPA 5A94A 4DUWA 4PYSA 4E8DA 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3VKKA 4CCDA 1W9DM 2WMFA 1FH8A 3CLWA 4TX8A 2ZXAA 4UQ9A 2W61A 1JNEA 1LWJA 2YA2A 1DWAM 1JZ5A 1UR1A 1J0JA 1DWFM 4FF5A 3VDHA 2JF6A 1IZJA 2DQXA 2VZOA 2W63A 4W7WA 1LLOA 2F61A 4IM4A 4W89A 1W1PA 3APGA 4W8AA 1CIUA 1U2YA 3VMOA 4AWEA 1BTCA 3QOMA 1QW9A 1XD1A 1US2A 1J0IA 3GXFA 1CBGA 2ZX5A 4W8LA 4QLLA 1BYAA 2ZUUA 3CZGA 4UCFA 2VQUA 3WNOA 4H7VA 3CBWA 3RILA 3HMCA 1KGUA 4J3TA 4UFHA 2D22A 3WKZA 4AZ6A 3ZT7A 4TTGA 2ZIDA 4MAZA 3MUAA 5HDRA 3QHOA 3WBAA 3FHAA 1B3WA 1UD6A 1W9XA 1BLIA 4NF7A 4NZCA 2OLHA 2O9RA 5A95A 1HKIA 1VRXA 4R5EA 5DMYA 1H09A 5A8MA 5A6JA 1UD3A 4U33A 1JDCA 1EHNA 2WMIB 2XTKA 4LGXA 2CKSA 4AD5A 1SMAA 3AISA 4JKMA 3VDBA 2ZUMA 1CYGA 3ZOAA 1HIZA 2WM0A 1W9VA 2WHMA 1PIFA 2BS9A 5C71A 2J4GA 4H8VA 2BXZA 1D3CA 3CUFA 1JI2A 3VGHA 6A3HA 3PZMA 1WB0A 3VINA 1BG4A 3TOPA 5AC5A 1UR2A 1UKTA 1UD4A 3WDRA 1EO7A 1QNQA 1UH3A 2D23A 4TOQA 3RM4A 3MO4A 3SCOA 3G6MA 4BQ4A 1K9TA 3S2CA 2FHBA 2J77A 1Q6DA 5JIWA 1GQLA 4FLRA 3VMNA 5LA0A 1W1YA 5BWFA 1LL4A 3CO4A 4C7DA 1MVYA 1US3A 4PTMA 1LJYA 4HOZA 2G3NA 2ZE0A 3NSNA 1E6PA 3WD0A 3U5UA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2IXUA

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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