2IXUA

Crystal structure of the modular cpl-1 endolysin complexed with a peptidoglycan analogue (wild-type endolysin)
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
338
structure length
338
Chain Sequence
VKKNDLFVDVSSHNGYDITGILEQMGTTNTIIKISESTTYLNPCLSAQVEQSNPIGFYHFARFGGDVAEAEREAQFFLDNVPMQVKYLVLDYEDDPSGDAQANTNACLRFMQMIADAGYKPIYYSYKPFTHDNVDYQQILAQFPNSLWIAGYGLNDGTANFEYFPSMDGIRWWQYSSNPFDKNIVLLDDEEDDKPKTAGTWKQDSKGWWFRRNNGSFPYNKWEKIGGVWYYFDSKGYCLTSEWLKDNEKWYYLKDNGAMATGWVLVGSEWYYMDDSGAMVTGWVKYKNNWYYMTNERGNMVSNEFIKSGKGWYFMNTNGELADNPSFTKEPDGLITVA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus phage cp-1
publication title Elucidation of the Molecular Recognition of Bacterial Cell Wall by Modular Pneumococcal Phage Endolysin Cpl-1.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 92
structure length 338
sequence length 338
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2006-07-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01183 Glyco_hydro_25 Glycosyl hydrolases family 25
A PF01473 CW_binding_1 Putative cell wall binding repeat
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.10.270.10 Mainly Beta Ribbon left handed beta-beta-3-solenoid Cholin Binding 2ixuA02
2.20.120.10 Mainly Beta Single Sheet Multimodular pneumococcal cell wall endolysin, domain 3 Multimodular pneumococcal cell wall endolysin, domain 3 2ixuA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2ixuA01
1V6UA 1E72M 3PZUA 1E4NA 4QLKA 2VZVA 1WDQA 4P8UA 4PMVA 4UQBA 4A3YA 3FN9A 1E4LA 4UQ9A 4AXNA 3B9DA 3VIHA 1VRXA 2XYLA 5CXPA 4F66A 1BTCA 2DDXA 4RE4A 3ZOAA 3SUVA 1C92A 2WMFA 3S2CA 1ISYA 1VJZA 3WF2A 2D24A 2FHFA 4R27A 1KXTA 4UR9A 2WMHA 4CN6A 2W62A 1W1VA 2BY3A 4YHEA 3ARZA 1C8XA 1JD9A 1HKMA 2E3ZA 1BSIA 1CTNA 3VOCA 4MNJA 1PPIA 5A2AA 1E0WA 4J28A 1UWIA 6CGTA 1W3HA 5A6AA 1E71M 2XVGA 2Z1KA 5I5RA 2ZX8A 4GZJA 4PUDA 4CU8A 1W9XA 4C7DA 2GUYA 1HNYA 4A4AA 3FY1A 4PMXA 3VIKA 1ZBWA 4D1IA 1ITCA 4H04A 1B0IA 2V5CA 3ZQ9A 1QNPA 4JKLA 3AXIA 2V3GA 4WJXA 2FHBA 2WZEA 1Q6DA 1K9FA 4CD5A 1BVZA 1GW1A 3W81A 3K4DA 4PTWA 3VX0A 4DWSD 1VAHA 1ESWA 3BAKA 4ZFMA 3ZIZA 1DWIM 3WMCA 2Y2WA 3L4ZA 4HZ7A 3SCPA 3T2PA 1E6PA 2Z1SA 1CNVA 2CCRA 5JBFA 2YDRA 4ATDA 2ESCA 2PWHA 4CD7A 2E0PA 3PZ9A 4AIEA 6TAAA 3DHPA 2PC8A 3N13A 4PMQA 1OINA 3UEQA 3VDCA 3OLIA 2G41A 1BHGA 2D23A 1Q6EA 5FD0A 4W86A 2WANA 3MS8A 4MAZA 2J7BA 1UA7A 1E4MM 4RL3A 3FHAA 1E6QM 1W3JA 2J7EA 2VX7A 4JHOA 3M7SA 3TTQA 4A3HA 1E6XM 1DP0A 4KGLA 3WQ6A 3GXMA 1M7XA 5FL1A 1LG2A 2E9MA 3FHQA 3CHCA 5DFAA 3E1F1 1WKYA 2G3JA 4UOQA 5HPOA 1UH2A 3PTKA 4AZ7A 4DWSC 2ZOXA 2DT0A 4JL1A 3ZT6A 4GQRA 3K8MA 2A3AA 1E6RA 1UWTA 4W8LA 4ZEPA 3AIVA 1JIBA 3ZT5A 2HISA 1WDRA 4V2XA 1B3VA 3ZSTA 3RILA 1I1XA 4L4PA 3ZM8A 3WQ5A 4BCEA 4RE2A 4HZ6A 3K4AA 1UG6A 5EFFA 4XV0A 4PUEA 4QCEA 3ARTA 3VD9A 3MUAA 3AICA 3IJ7A 5E6YA 4CU6A 4MAVA 3GZAA 1V02A 4KGJA 2YL8A 5BXRA 2JALA 4LYRA 5C71A 2UY5A 4PN2A 2PWEA 1BYCA 4XZBA 3CZKA 2XSAA 1H49A 2V04A 1H1NA 3BCDA 2ZX5A 4UQAA 2JEQA 3PZIA 2ZICA 3K8LA 2QLYA 1E15A 1CBGA 3SURA 1G01A 3GNRA 3OBAA 3VGEA 1VEPA 3GYCA 4Z2GA 3A47A 3WMBA 3QHMA 4D72A 1V03A 1UKSA 4HU0A 2RGLA 1GOWA 5GNZA 2WVVB 2WAGA 2X0YA 1GVYA 4TX6A 1W2VA 5A6BD 1KGUA 4Y7EA 1CXEA 3VMOA 1JF5A 4AZGA 1JYVA 4KH2A 1CXKA 3ZO9A 1CLXA 3EBVA 1UD2A 2CBUA 1OSEA 3AS0A 2J62A 1JZ5A 1WDSA 2VJXA 4QDMA 3AHXA 1OGGA 1JDCA 2QJ6A 3MSGA 1LWHA 3K1DA 4GINA 2VZSA 4OKDA 1W9BM 3WEZA 1GPFA 2C8NA 4LGXA 2DSUA 3NSMA 5EB8A 3RMEA 4GKLA 2MANA 3HJEA 1CENA 1LLOA 5D9OA 2D0FA 1EOMA 1NP0A 3L4VA 1Q6GA 3AISA 3GNOA 3KLKA 2X8MA 5GNXA 3WEMA 5CJ5A 1TVPA 3TTYA 2ZX9A 5E9AA 1HX0A 3F5KA 1WZLA 2WMIA 4IPNB 3WUFA 5M3WA 2DT3A 4W87A 2V3FA 1BAGA 2C0HA 2J75A 3BAIA 3VMPA 3W6MA 3HIAA 1GQJA 1ZBKA 1C91A 1I75A 3D5HA 2YL6A 1VENA 4UFMA 5EMYA 5CSUA 2D0GA 4AWEA 2VYUA 1D2KA 1NWTA 4WIWA 2A3BA 2WZHA 1UWRA 4F8XA 2VO5A 3N11A 1GONA 3ARUA 1PBGA 3VGHA 2GJXA 4UFLA 3SUTA 1O6IA 1W32A 1CWYA 1V0KA 3MMWA 1UWSA 4V28A 4PCTA 3RDKA 1ZJAA 3OGSA 3IK2A 1VFUA 1JL8A 1XSJA 4LYPA 4P8VA 2BXZA 1E5JA 3KL3A 7A3HA 4HTYA 2DQXA 1KXVA 1ZBCA 3DYOA 3CHEA 1E0XA 3QR3A 3MU7A 5IFTA 1CXFA 3FNDA 3AZSA 1PZ2A 2VX4A 2VC9A 2CPUA 1XD1A 2CITA 1HN1A 2GK1A 4ZENA 1CECA 4BQ2A 1HKKA 3HMCA 2CKSA 1Q6FA 4W5UA 4U2ZA 3ZMRA 2ZE0A 1LQ0A 4B9ZA 5M03A 3UCQA 1NP2A 2A3CA 3CPUA 2YLAA 1QHZA 5BWFA 1OB0A 3THCA 2BHZA 4UFHA 2WZIA 4HZ8A 3ARSA 3VIGA 3AIQA 4ACZB 3O9NA 4DM1A 3WL0A 1ZU8A 4PMRA 3VO0A 3A4XA 2J4GA 1ZJBA 4PMZA 1J12A 3FAXA 2ZUSA 3DYPA 2E9BA 4U31A 3PZTA 5IFPA 4FLOA 3BAWA 2WC3A 3CUIA 4W7VA 3W29A 4AZCA 1XSIA 5BXSA 1GVMA 2XVLA 2Y8KA 3CUJA 5CGTA 4BS0A 3T0AA 5AC5A 5DO8A 4WK9A 3U7VA 1JYNA 4H8HA 2WWCA 4UNIA 2JFEX 3SEPA 2VCCA 1KCLA 3NSNA 1OGSA 5D9PA 2WMGA 1MW2A 2WCSA 4NC2A 1BGGA 2QPSA 3SCNA 5BXPA 2W67A 1JF6A 4N0RA 4P8WA 1HVXA 3F5JA 5I23A 1HJWA 3AIWA 2F61A 1QI2A 1J11A 3OLGA 2YDQA 3A3HA 5A69A 1UYQA 4BZYA 2WWDA 1H8GA 2VZOA 3AHVA 4W7UA 4AD2A 5M17A 4W89A 4E8CA 1JFHA 2WHKA 5FOOA 3WQ8A 2BHUA 1MYRA 1J0KA 2BNJA 1CLVA 3J7HA 1QI5A 4AW7A 2VQUA 1KR1A 2OWWA 5E6ZA 1W9VA 1CPUA 3W24A 1PZ3A 4Z2KA 4GI8A 4W85A 3RJYA 1TA3B 4U5KA 2ZWYA 1D3CA 1ECEA 2GVYA 4OBSA 4PBGA 3WDQA 1GOOA 2WSPA 2CNCA 2Y4SA 1J0ZA 4UFKA 5A94A 3MMDA 1MW0A 1FP9A 2YA2A 3UR8A 3O6AA 5ABFB 1XH2A 4HOWA 5HXMA 1EGZA 3VD4A 2E4TA 3BLKA 4JCMA 1HKIA 1QOXA 2EPOA 2XIIA 1UZ4A 1N82A 5DEZA 3AMLA 3AROA 3WH7A 4NBYA 1WAWA 3GH7A 5E09A 1QI0A 1VJSA 3OLEA 2ZIDA 4TX8A 4X36A 2W91A 3WN6A 3VKKA 1OBAA 3IJ9A 2CKRA 1W3KA 3PBGA 4MNMA 2G3NA 1E1EA 2F8QA 2WVTA 2NT0A 4MJ2A 2VUYA 3W6LA 5CSYA 1V6XA 2WC7A 1V02E 3EMZA 4MTVA 3MUZ1 4E4PA 8CGTA 1GNXA 3AHTA 2J7HA 4OBRA 1VF8A 3GH5A 4JFVA 3PZQA 3VNZA 2XJ7A 3CIVA 2YKKA 3VIMA 1OD8A 2ZUUA 1CGWA 1UR4A 4P7OA 4QFUA 3B9EA 2VOTA 4LYQA 4WKHA 5E0FA 2QHAA 2WHLA 3VGFA 1GUVA 3WD0A 3WF3A 3MV11 4NC0A 3VX1A 4JKMA 3VGDA 1JI1A 3VDAA 1R8LA 1E40A 1MXGA 4J3UA 2PBGA 4CCEA 3BGAA 3M07A 3AZRA 1DWFM 4F79A 2AMGA 1JD7A 3AIRA 3EDKA 1W3LA 5KZ6A 2CETA 5A95A 2EPMX 4M29A 1JDDA 2QV4A 1DWJM 4R5EA 1B2YA 2J78A 3U57A 1L8NA 3U7BA 5JBEA 1JZ4A 1JYWA 1DTUA 2DSVA 3TA9A 1PAMA 1RH9A 2YBTA 4Z2HA 1NWRA 1TCMA 3RPMA 1HXJA 3VDHA 1GVIA 3I3EA 1SR0A 1KQZA 1ZB5A 3WDHA 4H7VA 1V6VA 3CZLA 1IZKA 2XUCA 2IXUA 1EDTA 4JAWA 4D71A 1QW8A 1X6LA 1ZL1A 1BPLB 2VRJA 3A4AA 4CGTA 4D6IA 3THDA 4YHGA 4D6HA 3WDPP 1LL7A 4OUEA 1AQHA 4P7NA 4UQDA 4U2YA 1MFUA 2XIBA 3KWXA 3WNNA 3SCVA 1JAEA 1TUXA 4QP0A 1IT0A 3W4RA 2ZXDA 2GDVA 3GDBA 3WFLA 1UR9A 2DIEA 4NBXA 4AZ5A 1PX3A 1OIFA 2CBVA 1BLIA 4PRWA 2OWXA 3MUIA 1ISWA 2CXGA 4AD5A 1UR1A 4GI6A 4M56A 1I1WA 3G6MA 2PB1A 2WLZA 1QNRA 1UKTA 3BH4A 1EIBA 4W84A 5LA2A 5HPCA 1V3HA 1CGVA 3WUEA 4DUXA 2DSWA 2XHYA 3AIUA 4WF7A 1U33A 5CPSA 3OGVA 2EPKX 5D9MA 3NUKA 3GNPA 1KCKA 1H5VA 1DWAM 3WD3A 3W38A 4PTVA 1U2YA 5TD4A 1PIGA 2VR4A 1BYDA 2DSZA 3AMDA 5LA0A 3OLDA 1LF1A 1UH4A 2E8ZA 2CYGA 1GOMA 4IISA 5C70A 3FAWA 3B9AA 3T08A 1WCGA 2J7FA 3WD1A 4UOJA 4URIA 2CHOA 3IAPA 5KEZA 3WELA 1US3A 1KWGA 2EEXA 4UTFA 1J18A 1FHLA 3GXIA 1QI4A 2D3LA 5AC4A 1XCWA 4EK7A 1E55A 1H0IA 2XVNA 4KRUA 3CO4A 2DSKA 1UOKA 2JIEA 1V0LA 4BQ5A 4S3KA 4D6JA 4NSBA 4V27A 1QW9A 3SUWA 5M5DA 4U3AA 1W1TA 2W92A 3ZSSA 4DWSB 4UFIA 1JZ6A 2XFRA 3BAXA 5I78A 5CPQA 3N12A 1HJVA 3OZOA 2VURA 5HBFA 2G7CA 3WBAA 4Z2IA 2OYLA 1EQCA 3EDEA 3ZJ6A 1M04A 3RM8A 2YJQA 3U5YA 1HJXA 3TTOA 1OIMA 1GJWA 2PBOA 3DHUA 3IAQA 4AYSA 1IV8A 2FH6A 1UKPA 4H41A 4AD3A 3QGVA 2JF6A 4LPCA 1BYBA 2XPKA 5BROA 1X6NA 2BFGA 4X9YA 2OYKA 1UA3A 5A2BA 1H41A 1FHDA 1CYGA 2XM1A 3W37A 1AQ0A 2F6EA 3CHDA 2X05A 2V3DA 2QF8A 4GO9A 3CTTA 4X0VA 3GXFA 1JXKA 4C7GA 5I0DA 1B1YA 2GFTA 5AY7A 1KGWA 4DUVA 1IZJA 1W2PA 3MO4A 2D2OA 5FKYA 2VX6A 3WQWA 2A3HA 4B3LA 2GDUA 1FFRA 1UKOA 3MMUA 4TTGA 4PMNA 2D1ZA 5CPTA 1H4PA 3ARWA 5JIWA 2NW0A 2WVUA 1V6YA 5LA1A 2O9OA 4FMVA 1TMQA 2YOCA 2J8GA 2YL5A 3AOFA 5IXEA 1WNOA 5DT7A 4XB3A 1GOKA 1HF6A 5CLTA 4PTXA 1RD6A 3SCTA 1NM9A 3F5LA 4DUWA 3I3BA 3SCSA 1S46A 3ARPA 5E0CA 1GOQA 1EA9C 2XG9A 3SUSA 1GJUA 4HMCA 3ZJ8A 3WF1A 1R86A 2PWFA 3BAJA 4CU7A 3T0BA 1J0HA 3TP4A 3AMKA 3WUGA 3UERA 2WKLA 4P8XA 3WH9A 4J3SA 1H09A 1MVYA 4KMQA 3WH5A 2YA0A 3T2OA 3VDBA 4GO8A 3POHA 4H8UA 1ISVA 3AXXA 3CMGA 3VGGA 1M01A 4Z2LA 2ZX6A 3CGTA 1OT1A 4M82A 3VIJA 1HCXA 6A3HA 3K8KA 3WY1A 1HJUA 2EO7A 1G5AA 2V3EA 2DT2A 3AHZA 3DYMA 1A3HA 1EO5A 3AXHA 4CN4A 3UETA 3BMVA 5CGMA 3ARRA 2YBUA 3LPOA 1QHOA 3ALFA 4MNLA 3UG4A 1UD6A 1FA2A 3MSDA 4J3WA 4W88A 1VB9A 3KZSA 2EBNA 5JIPA 2C7FA 4EAMA 1XC6A 3VILA 1MWOA 1UQZA 3LPPA 4D6CA 4HU8A 1ISZA 1C8YA 2VRKA 2O9RA 3S6TA 4JFTA 1TFVA 3WNMA 2BY0A 3SIMA 2EPNA 4XX6A 1H3GA 2CESA 2W61A 3BCFA 2J8FA 2OSWA 3WMSA 1XH1A 3EDDA 3WFZA 3VU2A 4EE9A 2YLLA 5JUVA 2RGMA 4ZXLA 3OGRA 4PYSA 1SMDA 3TTSA 7TAAA 4EKJA 3EDFA 3FXYA 3AIBA 1TVNA 4X0NA 4QLJA 4JFWA 2DH3A 3GXDA 4QAWA 1TR1A 3CZJA 1JZ3A 1E9LA 1PX4A 5ECUA 2OYMA 2BVDA 3NCOA 2D22A 1UR8A 1MQQA 4M8UA 2WM0A 4UOZA 2CBJA 3II1A 3AS1A 1F4AA 1JAKA 4D6EA 4Q7NA 5A6JA 1PEZA 4OZOA 4AZHA 4MB4A 2X2YA 3AZTA 3PZMA 1KQYA 3L4XA 5I3DA 3HZ3A 2CHNA 4BQ3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1V6U A;  1E72 M;  3PZU A;  1E4N A;  4QLK A;  2VZV A;  1WDQ A;  4P8U A;  4PMV A;  4UQB A;  4A3Y A;  3FN9 A;  1E4L A;  4UQ9 A;  4AXN A;  3B9D A;  3VIH A;  1VRX A;  2XYL A;  5CXP A;  4F66 A;  1BTC A;  2DDX A;  4RE4 A;  3ZOA A;  3SUV A;  1C92 A;  2WMF A;  3S2C A;  1ISY A;  1VJZ A;  3WF2 A;  2D24 A;  2FHF A;  4R27 A;  1KXT A;  4UR9 A;  2WMH A;  4CN6 A;  2W62 A;  1W1V A;  2BY3 A;  4YHE A;  3ARZ A;  1C8X A;  1JD9 A;  1HKM A;  2E3Z A;  1BSI A;  1CTN A;  3VOC A;  4MNJ A;  1PPI A;  5A2A A;  1E0W A;  4J28 A;  1UWI A;  6CGT A;  1W3H A;  5A6A A;  1E71 M;  2XVG A;  2Z1K A;  5I5R A;  2ZX8 A;  4GZJ A;  4PUD A;  4CU8 A;  1W9X A;  4C7D A;  2GUY A;  1HNY A;  4A4A A;  3FY1 A;  4PMX A;  3VIK A;  1ZBW A;  4D1I A;  1ITC A;  4H04 A;  1B0I A;  2V5C A;  3ZQ9 A;  1QNP A;  4JKL A;  3AXI A;  2V3G A;  4WJX A;  2FHB A;  2WZE A;  1Q6D A;  1K9F A;  4CD5 A;  1BVZ A;  1GW1 A;  3W81 A;  3K4D A;  4PTW A;  3VX0 A;  4DWS D;  1VAH A;  1ESW A;  3BAK A;  4ZFM A;  3ZIZ A;  1DWI M;  3WMC A;  2Y2W A;  3L4Z A;  4HZ7 A;  3SCP A;  3T2P A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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