2IXUA

Crystal structure of the modular cpl-1 endolysin complexed with a peptidoglycan analogue (wild-type endolysin)
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
338
structure length
338
Chain Sequence
VKKNDLFVDVSSHNGYDITGILEQMGTTNTIIKISESTTYLNPCLSAQVEQSNPIGFYHFARFGGDVAEAEREAQFFLDNVPMQVKYLVLDYEDDPSGDAQANTNACLRFMQMIADAGYKPIYYSYKPFTHDNVDYQQILAQFPNSLWIAGYGLNDGTANFEYFPSMDGIRWWQYSSNPFDKNIVLLDDEEDDKPKTAGTWKQDSKGWWFRRNNGSFPYNKWEKIGGVWYYFDSKGYCLTSEWLKDNEKWYYLKDNGAMATGWVLVGSEWYYMDDSGAMVTGWVKYKNNWYYMTNERGNMVSNEFIKSGKGWYFMNTNGELADNPSFTKEPDGLITVA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Elucidation of the Molecular Recognition of Bacterial Cell Wall by Modular Pneumococcal Phage Endolysin Cpl-1.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus phage cp-1
total genus 92
structure length 338
sequence length 338
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2006-07-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01183 Glyco_hydro_25 Glycosyl hydrolases family 25
A PF01473 CW_binding_1 Putative cell wall binding repeat
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.10.270.10 Mainly Beta Ribbon left handed beta-beta-3-solenoid Cholin Binding 2ixuA02
2.20.120.10 Mainly Beta Single Sheet Multimodular pneumococcal cell wall endolysin, domain 3 Multimodular pneumococcal cell wall endolysin, domain 3 2ixuA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2ixuA01
5A6SA 3T2QA 4NRSA 1UWRA 3ARUA 1XYZA 3AZTA 1QNSA 3GDBA 1D2KA 1VEOA 1E9LA 5BROA 3D5HA 3RILA 1QNQA 1ISZA 4PSPA 1TR1A 4PMOA 1E0VA 3PZNA 4J3XA 2WHJA 1ESWA 1CWYA 3VNZA 3CLWA 3VKKA 3UETA 2BMLA 1CYGA 5AYBA 3HJEA 5I78A 2PBGA 4MDPA 1PX4A 3N17A 3WD1A 5BXTA 2W91A 1E6ZA 3ALGA 3OG2A 4F66A 3A3HA 3SUSA 4UTFA 4A4AA 4AYSA 1B0IA 3EDDA 5E6ZA 4N0RA 1CXEA 2RGMA 2WVVA 5CPTA 4C7GA 5HOSA 1BSIA 3I3BA 3FHAA 1UA7A 2OLHA 3F5JA 2JF7A 4AD1A 3FAXA 1WDSA 1B3ZA 4OUEA 5CPSA 1UKQA 4CKQA 5A6MA 1JZ4A 1KQYA 2EO7A 3CTTA 3OIHA 3KEHA 1E6NA 2WVVB 2VZUA 3T0DA 4GZIA 2A3HA 1W9BM 3VIMA 3AIEA 2JF6A 4GQQA 2CKSA 4EE9A 2XIBA 4UQAA 3VINA 2Z1KA 1BGGA 3PZ9A 4AZGA 2EPLX 3FNDA 4MAZA 4TOQA 2G3MA 1YQ2A 1KGUA 5E6YA 3WF4A 1OWQA 2X0HA 3U5YA 2VURA 3AISA 4OJYA 4AY1A 1U30A 3VIIA 3CZKA 4MJ2A 2XGIA 4CU6A 1UKSA 1JGIA 3OLIA 1C8QA 2VOTA 1EIBA 3EMZA 5CLTA 2VQTA 4Q7NA 4P8XA 5CGMA 4WSKA 5BYWA 4UQDA 1ECEA 2Y5EA 1H4PA 1ISWA 1LL7A 1V0KA 2PI6A 3VD3A 4W8AA 1SR0A 3ZM8A 1E0XA 2DT1A 4HMDA 3BCFA 4CD6A 3K8LA 2V3EA 2Y8VA 2BHUA 3VD5A 3VGEA 2VMFA 3TONA 1MW3A 1IZKA 1ZBWA 1W1TA 1GOKA 5CZKA 1L8NA 1V0LA 5A6BA 3QHOA 1H5VA 2V3GA 4GO8A 3NSNA 4EK7A 1E4NA 2BHYA 1HL8A 1R87A 1V6UA 1C93A 2VRJA 4H8HA 1EO7A 4ATDA 1TVPA 4IISA 4D6EA 5A2CA 2G3JA 4E2OA 3B9EA 4NZCA 3BGAA 2V38A 3WNPA 2FGZA 3GM8A 3ALFA 5LA2A 3W25A 4AD3A 1JZ6A 1UWUA 1LL6A 2DDXA 1KCKA 4NBXA 1EQCA 2A3BA 2WBGA 1V08A 2W61A 3VIFA 3PBGA 4U33A 5D4YA 3BAXA 1MQPA 1KR1A 3A4AA 5A8OA 5DMYA 2OSYA 3ZT7A 1A3HA 3GH4A 4OIFA 5AC4A 2WBKA 3VMPA 4QFUA 1W9PA 1BAGA 5FD0A 5EMYA 5JUVA 3GXIA 4JFSA 3OBAA 1QBAA 1WZLA 1MQRA 4FF5A 1MW2A 3CHEA 3N04A 3U5UA 4ZE4A 1GQIA 5I0DA 4XB3A 5M5DA 3CUHA 4ZXOA 3ZIZA 2E0PA 3WD3A 1CIUA 4DUWA 1XGZA 4MDOA 1K9TA 1HN1A 4E8CA 1J18A 5ABEA 3SUTA 4Z2JA 3VNYA 2Y8KA 2PWEA 5D8ZA 1J11A 3RM4A 1PZ3A 3AI0A 4LQ1A 1UKOA 4QCEA 4Y7EA 2ZX8A 1L0PA 5BRQA 3DYOA 3W24A 3VD4A 1JZ5A 3UESA 2YA1A 3L2MA 4NI3A 2E4TA 4A3HA 2JIEA 4DM2A 2PBOA 1VIWA 2VYUA 2QLYA 5TD4A 2CITA 2XUCA 1W1YA 2X8RA 5A8QA 2HISA 3M46A 3SCTA 1WPCA 3WNNA 4AIUA 3IANA 5E70A 2YA2A 2XFRA 2Y2WA 2ZUSA 3W6LA 3LPPA 1KR0A 4J3SA 3B9AA 1PJ9A 2GDVA 3WQ6A 3AZRA 4HOXA 2WWDA 1HKKA 1QI5A 2UY4A 2QMKA 2PB1A 4H7VA 4P7OA 3IJ9A 4KH2A 2WWCA 2ZUNA 1E73M 3B9DA 3VIJA 3L2LA 2VC9A 2PWHA 1F4HA 1W1VA 1VBUA 4L4OA 2UY5A 3EMCA 1Q6GA 1B30A 1RP9A 3D3AA 4WLCA 3FY1A 4M81A 4WKAA 1CDGA 2YDRA 2FGLA 1R8LA 3BSHA 4D6HA 4WIWA 4DWSD 1NWTA 5HNNA 4PTXA 1V0MA 1PZ2A 3CUGA 2BVDA 4MADA 3AJ7A 3SCNA 4TUFA 2J77A 3GXMA 3DC0A 2GJXA 2J7DA 2DSVA 4YN5A 1J0ZA 1HVXA 1K9DA 5DT5A 2YL6A 1W3JA 3PZUA 1G1YA 4D1JA 4UZSA 2VQUA 4B16A 4H8UA 3BAKA 3MV01 5DFAA 2GJXB 1J0KA 1V6XA 2OYMA 1PIFA 4UFMA 3RDKA 3MV11 1LG2A 2XG9A 1F4AA 4LXFA 5D9MA 3AS1A 1QHPA 2BY3A 1NWUA 3T08A 3ZMRA 2VZTA 4M29A 4D6CA 2EQDA 3ARVA 1TE1A 2DIEA 2Q8XA 4LYQA 2HVMA 1GOQA 4EAMA 2X2YA 6A3HA 3ZR5A 1AQMA 3GTNA 3PZQA 3DHUA 2VZOA 3WH7A 1XH1A 1ODZA 5DT7A 1V6YA 5HXMA 1AVAA 1QOXA 1WDPA 3K46A 2YOCA 2CCRA 4R5EA 4WK9A 2J25A 1UD3A 4PMNA 2OYKA 5CSUA 2IUZA 1C7SA 4XZWA 1GCYA 3UG4A 3K8MA 4RL3A 2XVGA 3WSUA 5BXPA 5E0FA 4UOQA 4OBSA 1LF1A 1HJQA 4Z2KA 3T0AA 3AMKA 3GNOA 2XHYA 3WENA 1UR0A 1B9ZA 3PZOA 3I3EA 1IZJA 2D24A 1ZBVA 3SCOA 4AMCA 2Y4SA 4QLJA 3WMCA 3KLLA 1OGSA 3MSGA 1EXPA 3F5LA 1BVNP 3VVGA 4AISA 1J12A 3BC9A 3WF0A 1VJSA 4GPNA 3I3DA 4ZE5A 1DWAM 5CLWA 2W63A 3TTOA 1W9UA 1BTCA 1OGGA 1QNOA 1CXIA 1OGBA 1JXJA 4MNLA 2J4GA 2WVSA 1JD9A 2V5DA 4AZHA 1V3HA 2XYLA 2J7BA 4QAWA 2YJQA 4F8XA 1I75A 1HKMA 1LLOA 3VDCA 3ZJ6A 1FH8A 2ZOXA 3IJ7A 3WQ5A 4UNIA 1CGUA 2WANA 1W2PA 1CGWA 2DT2A 3LMYA 4TTUA 4TVCA 1QI0A 2X0YA 3FXYA 1VEPA 2EPMX 1ISVA 1CEOA 3HIAA 5CQ1A 3II1A 1C8XA 3M7SA 3VGGA 5M03A 3UERA 1Z32X 4B9ZA 1ZJBA 2O9PA 2BY1A 4CVUA 3OGSA 3SCPA 1B3YA 1I1WA 1PEZA 3WEMA 1EHNA 4EANA 4TXEA 1AMYA 3CIVA 1LJYA 2J7GA 6CGTA 2W4XA 3DECA 3WBEA 3CUIA 3BAWA 4AZ7A 1R85A 4JFWA 3PTKA 5LA1A 2D0FA 1QI3A 5JIPA 1EA9C 4EKJA 3L4WA 1FA2A 3K4DA 5ABFA 2NT0A 3AIRA 3GBEA 4XX6A 4Z2LA 4HTYA 3WUGA 1TA3A 4PMXA 4QCFA 3ARPA 3W82A 5I23A 5CXPA 3CBWA 3AHZA 2GJPA 3K4AA 3RPMA 1WKYA 3SIMA 1LQ0A 3AMGA 5ABFB 1IT0A 1AQ0A 1DTUA 1HIZA 5I77A 3CZJA 4PUEA 3UCQA 1TA3B 1E6XM 3KLKA 4ACYA 3WD2A 1UZ1A 1H1NA 4JFUA 2J7HA 2F6EA 3WEZA 4HOZA 4PBGA 2UY3A 1GQKA 2VZSA 1OB0A 4NBZA 1GORA 2V3DA 4GIAA 5IHSA 2E8ZA 4JCMA 2YL8A 3ZJ8A 1DWHM 4Q22A 2BY0A 1E40A 4K68A 3OLGA 1VFOA 2YA0A 2E3ZA 1UQYA 3QHMA 1VJZA 1H0GA 5FL1A 5A3HA 4JFTA 2XIIA 3AMCA 3VIGA 3LPOA 4UR9A 2VVSA 4Z2IA 3WF3A 3AQUA 4GQRA 3L4YA 3AIQA 2IXVA 1BHGA 1JDAA 1KB3A 3GH5A 4PMRA 1UR1A 2XVLA 4CVWA 3ECQA 1VF8A 2NW0A 1Q4NX 3B8SA 3WKZA 3BMWA 1XYFA 3OLEA 2BHZA 5FKYA 1WE5A 1KXVA 3FN9A 3RO8A 4R27A 4GI8A 1WZMA 2WMJA 1UG6A 1NWRA 2G8ZA 1CLVA 1EOMA 2AAAA 1B3VA 5BXRA 2ZUVA 3T0BA 3WH5A 5DO8A 5FL0A 3WQWA 3ZJKA 5A6KA 2WMFA 1M01A 1HT6A 3AXIA 3L4VA 2VRQA 4AZBA 2VJXA 3SUVA 2A3EA 3AOFA 1CXHA 3HU7A 1G0CA 2QMJA 3WBAA 4CU8A 4U5IA 5AY7A 4XV0A 3AS2A 4UFJA 2FDMA 1BYAA 2VO5A 3JUGA 3M6DA 1QI4A 4W8LA 4MJ4A 1OT1A 4UQEA 1J0HA 4J27A 3K8KA 1B90A 1OD8A 2D3LA 2GFTA 3POHA 4MB5A 3AYRA 1C8YA 2C0HA 1KXQA 4UQ9A 3W29A 2XVPA 1G9HA 4YPJA 4HMEA 1XSKA 4J3VA 1DWGM 2JFEX 1ZBKA 2CBUA 1EHAA 1LL4A 4AZCA 4FLQA 1GONA 1TG7A 1X1NA 4UFIA 4P7RA 1G94A 3ZT5A 3CPUA 1J0JA 3AICA 3VIHA 3AXHA 4U3CA 2VCCA 5EFFA 3WY1A 1E43A 5A6JA 1MFUA 3IAQA 2DGAA 2TAAA 4AZCB 4P7QA 2W92A 2J79A 1UKPA 4F9DA 2QHAA 3MUZ1 3DYMA 2WMKA 1WDRA 4J28A 1H0IA 4TX6A 2EEXA 2W67A 2YBTA 2ZX5A 2OWXA 4S3KA 1V6VA 2WKLA 3ZSTA 4GO9A 1VAHA 2WMIA 1CNVA 1DWFM 2CESA 1UWQA 1MYRA 4DUVA 2WZEA 1XH2A 2FHFA 3SCVA 4S3JA 4NF7A 4OKDA 4AEEA 2CBIA 2WC7A 3W28A 3ZJ7A 1OM0A 2O9TA 4TVDA 3QOKA 5A8NA 2O9OA 1XD0A 1W3HA 2VZVA 1J0IA 1MVYA 4OBRA 1G5AA 5BCAA 2J47A 3UR8A 4HA1A 1J10A 2Y24A 2G7CA 4CD8A 4KMQA 4TVUA 1AQHA 1KFWA 3J7HA 2VR4A 5A6AA 2D3NA 4LPCA 3AS3A 3CO4A 4BQ3A 1PPIA 5A8PA 2GVYA 2ESCA 3CMJA 4CCCA 3RMEA 1HKIA 3PZVA 4PSRA 5GQBA 1E56A 4ML4A 4AWEA 4IM4A 3WMBA 1NOUA 2J7EA 1E55A 1BF2A 1B1YA 2D22A 2W62A 1HP5A 3EDFA 8A3HA 3CUJA 5GNYA 2QPUA 5CJ5A 2O92A 3EDKA 4H2CA 3VMOA 3U7BA 1UA3A 2VCAA 1BGAA 2WHKA 3WL1A 4M1RA 1HKJA 2DSUA 1H49A 5JBEA 1BFNA 2QV4A 1U33A 1NOFA 3MMUA 1ISXA 2G41A 1UZ4A 8CGTA 2DEPA 1TZ7A 1K9FA 1CGVA 2WCSA 1BG4A 1V3JA 2WPGA 3VM5A 1N82A 1MQQA 4IUGA 1JF6A 1FHLA 2WAGA 4GINA 2VT0A 2D0GA 1E3XA 3VDBA 4BZYA 2YDQA 4NC2A 4H04A 4UQBA 3DHPA 4AD0A 1NH6A 3SCRA 1V6WA 3PZIA 1RP8A 4LYRA 2J7FA 4C7FA 4W93A 3SCWA 3T09A 4P8VA 3VGBA 3WQ4A 1H09A 1BYBA 4JIEA 2F61A 2J75A 4D6FA 1WO2A 1UUQA 4F79A 4D72A 2E9LA 1WCGA 4FMVA 4MPKA 2VX5A 3VIPA 2WMGA 3TA9A 2XM2A 4W5UA 4AZ6A 3PZTA 5A2BA 4BF7A 1JNEA 3PTMA 4LYPA 3MMWA 7A3HA 5HDRA 2EXOA 1Q6CA 2WYSA 1HP4A 1ZBCA 3SUWA 4E8DA 3ZQ9A 2EPKX 3T2PA 4PTWA 3UG3A 3SEPA 1HCXA 1GVMA 4TX8A 2AOSA 4KGJA 4Z2GA 4BS0A 3APGA 1O6IA 9CGTA 1C3FA 2CERA 2D2OA 4PCSA 4UOJA 4J3UA 1EOKA 2DIJA 2DH2A 1KXHA 4ATLA 1E6PA 3VU2A 3SCQA 2VNCA 2JEQA 1GVIA 1TFVA 5ECUA 5IFPA 4AZ5A 4UCFA 1D3CA 5D9PA 2J62A 3VPLA 4L4PA 4U31A 4P7NA 1C90A 1OINA 3ARQA 3FHQA 4DM1A 1B3XA 3UG5A 3BLPX 1W9DM 3OLDA 3F5KA 3VMNA 1M03A 3S2CA 2XGBA 2DQXA 4WF7A 1VBRA 1PX8A 4W87A 3BSGA 3VILA 4UFHA 1PIGA 4W85A 2J78A 5BXSA 5HPCA 2PWGA 4JKMA 1CPUA 1WZKA 1E70M 3EMQA 1GJWA 4V27A 4HPHA 1OBAA 3KL0A 1M04A 2FHBA 1KWKA 1K6AA 3W53A 4XZBA 2WLZA 1CXLA 2VL4A 3MS8A 1GJUA 2V5CA 2BVTA 5A6LA 3CUFA 4KWUA 3WDHA 1UWTA 4AD5A 5DEZA 4C7DA 2A3AA 4J3WA 2E8YA 1V0NA 4MNKA 1B31A 2FHCA 1JDDA 4BA0A 2CYGA 5I5RA 2JE8A 1UD8A 5HBFA 2BXZA 3G6MA 1HL9A 5IXEA 1CECA 1QW9A 5JBDA 3ARSA 1YHTA 1JYNA 3WEOA 3VIKA 1BVZA 3MMDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5A6S A;  3T2Q A;  4NRS A;  1UWR A;  3ARU A;  1XYZ A;  3AZT A;  1QNS A;  3GDB A;  1D2K A;  1VEO A;  1E9L A;  5BRO A;  3D5H A;  3RIL A;  1QNQ A;  1ISZ A;  4PSP A;  1TR1 A;  4PMO A;  1E0V A;  3PZN A;  4J3X A;  2WHJ A;  1ESW A;  1CWY A;  3VNZ A;  3CLW A;  3VKK A;  3UET A;  2BML A;  1CYG A;  5AYB A;  3HJE A;  5I78 A;  2PBG A;  4MDP A;  1PX4 A;  3N17 A;  3WD1 A;  5BXT A;  2W91 A;  1E6Z A;  3ALG A;  3OG2 A;  4F66 A;  3A3H A;  3SUS A;  4UTF A;  4A4A A;  4AYS A;  1B0I A;  3EDD A;  5E6Z A;  4N0R A;  1CXE A;  2RGM A;  2WVV A;  5CPT A;  4C7G A;  5HOS A;  1BSI A;  3I3B A;  3FHA A;  1UA7 A;  2OLH A;  3F5J A;  2JF7 A;  4AD1 A;  3FAX A;  1WDS A;  1B3Z A;  4OUE A;  5CPS A;  1UKQ A;  4CKQ A;  5A6M A;  1JZ4 A;  1KQY A;  2EO7 A;  3CTT A;  3OIH A;  3KEH A;  1E6N A;  2WVV B;  2VZU A;  3T0D A;  4GZI A;  2A3H A;  1W9B M;  3VIM A;  3AIE A;  2JF6 A;  4GQQ A;  2CKS A;  4EE9 A;  2XIB A;  4UQA A;  3VIN A;  2Z1K A;  1BGG A;  3PZ9 A;  4AZG A;  2EPL X;  3FND A;  4MAZ A;  4TOQ A;  2G3M A;  1YQ2 A;  1KGU A;  5E6Y A;  3WF4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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