2IXUA

Crystal structure of the modular cpl-1 endolysin complexed with a peptidoglycan analogue (wild-type endolysin)
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
338
structure length
338
Chain Sequence
VKKNDLFVDVSSHNGYDITGILEQMGTTNTIIKISESTTYLNPCLSAQVEQSNPIGFYHFARFGGDVAEAEREAQFFLDNVPMQVKYLVLDYEDDPSGDAQANTNACLRFMQMIADAGYKPIYYSYKPFTHDNVDYQQILAQFPNSLWIAGYGLNDGTANFEYFPSMDGIRWWQYSSNPFDKNIVLLDDEEDDKPKTAGTWKQDSKGWWFRRNNGSFPYNKWEKIGGVWYYFDSKGYCLTSEWLKDNEKWYYLKDNGAMATGWVLVGSEWYYMDDSGAMVTGWVKYKNNWYYMTNERGNMVSNEFIKSGKGWYFMNTNGELADNPSFTKEPDGLITVA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Elucidation of the Molecular Recognition of Bacterial Cell Wall by Modular Pneumococcal Phage Endolysin Cpl-1.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus phage cp-1
molecule keywords LYSOZYME
total genus 92
structure length 338
sequence length 338
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2006-07-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01183 Glyco_hydro_25 Glycosyl hydrolases family 25
A PF01473 CW_binding_1 Putative cell wall binding repeat
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.10.270.10 Mainly Beta Ribbon left handed beta-beta-3-solenoid Cholin Binding 2ixuA02
2.20.120.10 Mainly Beta Single Sheet Multimodular pneumococcal cell wall endolysin, domain 3 Multimodular pneumococcal cell wall endolysin, domain 3 2ixuA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2ixuA01
2EPNA 5IXEA 3ZT7A 5I2UA 4FLRA 1CXKA 2VX4A 3BAWA 1BYBA 1UH3A 2WHMA 1MWOA 4GZJA 5CPSA 3VIKA 1KQZA 4JKKA 5CGMA 4JHZA 4D6DA 3WH6A 4GIAA 5CPTA 2BHUA 3PZVA 1H11A 2PBOA 2VRKA 3ARQA 3RM4A 2GSJA 3VVGA 1GNXA 2OWWA 3GDBA 3AIBA 1B30A 3WMBA 2W92A 2YBTA 3AIVA 1ITCA 1M04A 1VENA 5FL1A 2VC9A 1JZ2A 3UETA 4FLQA 3VD7A 2FH8A 5A6AA 1UR8A 3AMLA 5I6SA 3GH4A 3RJXA 3ZSSA 3L2LA 4J3XA 1ZJAA 3CIVA 2D20A 4HMCA 4GXPA 5LA2A 2UY4A 4MDOA 1V6VA 3PN8A 5A6BD 1HIZA 3NSNA 5CXPA 3BMVA 2CETA 1E6RA 1FOBA 2BY3A 4W5ZA 2PWDA 3AS2A 2C7FA 2OYMA 4NBXA 4FMVA 1US2A 4WK9A 1WAWA 1VFUA 2WXDM 1O7AA 3SCVA 1H0GA 2QPUA 1HJWA 4F8XA 3CUJA 4BQ5A 2DGAA 3WENA 1UKQA 2UWFA 2YLLA 3CZEA 4QCEA 5D9MA 3VD5A 4GO8A 8CGTA 1XD0A 4C7GA 2WLYA 1BGAA 2YA0A 4MNKA 2EPKX 5BRQA 3L4UA 3K1DA 1CGVA 2XGIA 4HA1A 4RE4A 1E9LA 3A47A 1DWIM 3VIPA 2YJQA 1LF1A 4UFKA 3GM8A 1CGUA 1U30A 4W7UA 2BFGA 4TX6A 1E43A 1PEZA 2OSYA 4J28A 3MV11 5ABHA 5BWFA 1X6NA 4S3KA 1UWTA 5GPRA 1C8YA 3WD4A 3W37A 1TE1A 3N12A 1QNQA 1C7TA 1LL6A 3JUGA 1E72M 3GBEA 1FHDA 1W2VA 1SMAA 1UD8A 3SCQA 4A3HA 1OGBA 1QBAA 3F5JA 1EDQA 4UOJA 4AD3A 3W24A 3PTKA 2E3ZA 3WIJA 4EANA 1RPKA 5LA0A 4D6HA 1FH9A 2J74A 1C8XA 4NI3A 3U5UA 1JIBA 1QW8A 5A6MA 1CGTA 2EQDA 1US3A 5IHRA 4KH2A 1CWYA 2WMKA 3S2CA 2D0GA 1HL8A 2X2YA 4E4PA 4U2YA 4BS0A 1GCYA 4AW7A 4UQDA 4CD8A 2BMLA 1FP8A 4AD1A 1B3YA 1K6AA 1XCXA 4PMOA 3OGSA 1LJYA 4LYRA 1C3FA 3SUSA 3OGRA 3KWXA 1DWGM 2J8GA 2BV9A 2XWEA 1QNPA 5IFPA 1E1FA 4NC2A 1R87A 2WZEA 1WP6A 3L4ZA 5CLWA 3UESA 1EQPA 3GZAA 1KCKA 1WPCA 1XYFA 3WBAA 4ZEPA 5C71A 1UD4A 2CHNA 4MADA 4P7QA 4J3TA 5A2AA 1CXFA 2D0HA 2QPSA 3BC9A 3M46A 5CSYA 4WF7A 5A6LA 3KL0A 1K9TA 2YA2A 5KZ6A 4W85A 1OBAA 1HJQA 1QI5A 2J78A 4X36A 4TX8A 2W61A 3FAWA 4GI8A 5AYIA 3UEQA 2PBGA 2BHZA 4W87A 2QMKA 2ZUWA 4YHEA 1GZJA 3ZMRA 3RM9A 2J7DA 1HKJA 5M03A 3UERA 1XHGA 1VFMA 3VIFA 3SCOA 4OBSA 4MPKA 1MFUA 2DPEA 3NYDA 1ECEA 2PF0A 4MNMA 5A6SA 2VCBA 4OZOA 2YOCA 1RH9A 2W5FA 2A3CA 2E9BA 3A4WA 1OGGA 1XCWA 5IDIA 2WCAA 3VDHA 1V3LA 3BCFA 2WWDA 3L4TA 1TR1A 1UR9A 1UWIA 2YL6A 1R7OA 3A4XA 3PZ9A 4GZIA 1U2YA 4PTWA 3DHUA 3WEOA 3WQ4A 3AS0A 3K46A 2VX7A 3WD1A 3OA5A 4KGLA 7TAAA 1MXDA 3O9NA 3W0KA 3FY1A 5AC4A 1GUVA 2OWCA 3ZJ8A 8A3HA 4QLLA 5GQBA 4U33A 4OKDA 2VR5A 4WLCA 1WZLA 3TA9A 3RCNA 3VD3A 2ZE0A 1ZJBA 2JF6A 3GH5A 1BAGA 4PSPA 1JD9A 1GOMA 2G4FA 4RE3A 1J9YA 1E1EA 1E56A 1EGZA 4D1JA 3O6AA 1CIUA 4JCMA 3M07A 4EK7A 2VMFA 3WF0A 1VEOA 3EMQA 1WZKA 4GZEA 4UZUA 1M03A 4DUVA 1VJZA 3TTOA 1EO5A 3WFLA 3MUY1 1MFVA 5D8WA 1SYTA 3N13A 1UQZA 4AYSA 1C92A 4JKLA 3ARTA 3FXYA 3ZJ6A 4UR9A 1BTCA 1IZKA 1PZ3A 1LWHA 1Y7VA 3K8LA 3N1AA 2RGMA 5M3WA 4JFTA 3AHYA 2J7FA 1QHOA 1LLOA 2VVSA 3AS1A 4V2XA 5CSUA 3AIRA 2Q8XA 3EDEA 6TAAA 1I75A 1UR1A 2EPMX 3VM7A 1W9XA 1UA7A 1E3XA 3ARWA 3SIMA 1BLIA 2WMIB 4PCTA 4AZHA 1U33A 1B3VA 3IJ9A 1WE5A 2J8FA 3OIHA 3LMYA 3CHDA 3AIEA 3HIAA 2YL8A 3SURA 3WY1A 1PIGA 1HJUA 3W29A 2GJPA 4H8UA 4UCFA 2V3FA 1H5VA 4QCFA 1F4AA 1GVYA 1DWJM 5C8BB 1AQHA 5M17A 3WMSA 1VBUA 1NARA 3MU7A 1GJWA 3TTYA 1XH2A 3VILA 1GOOA 1VIWA 2CXGA 1TZ7A 3K4AA 3AMDA 4MNLA 1C8QA 2VZUA 3CUHA 4RE2A 2JFEX 3WDJA 5BXTA 2WVVB 2VX5A 3ARSA 5GNXA 2X8RA 3WNOA 2O9RA 3OGVA 1DP0A 2CIPA 2DSKA 2YDQA 2W66A 5AYBA 3AZTA 5E09A 3TONA 3OG2A 2UY3A 3CZJA 3NDZA 2ZXBA 4DWSA 1TUXA 4B9ZA 3U7VA 1PZ2A 3FHQA 4D6EA 6A3HA 3VGBA 1GONA 1PBGA 4B3LA 3VMOA 3WKZA 3M7SA 4BQ4A 3SUVA 1GQIA 5BXSA 2VRJA 1JYVA 1V3HA 1B31A 4AC1X 5A6KA 4JFUA 3WD3A 3ZR5A 1ZL1A 5DO8A 4CVUA 1E6XM 1V3IA 2VQUA 3L4XA 1H1NA 1QHPA 3CZLA 1ISWA 4GPNA 2G3JA 3MMWA 2WC3A 2EPOA 4BZYA 2D1ZA 3CMGA 3EBVA 4AIOA 2YDSA 2ZUVA 3MMDA 2VR4A 1C91A 1W9DM 1W9VA 2BNJA 1J12A 2X05A 3TP4A 4HOZA 4B3KA 2WVSA 1OM0A 3CHCA 4CN4A 2WCSA 2ESCA 3BSHA 4F79A 2YIHA 4EKJA 1XYZA 1QNSA 1GPFA 3QOKA 2WMJA 1HCXA 2XIIA 3GTNA 1QW9A 1JDCA 4E2OA 1Q6CA 3WUEA 4CU6A 4PTXA 4HZ6A 3WEZA 4PMQA 4W7VA 3AJ7A 4CD5A 4QFUA 2ZX7A 1GQKA 1B3WA 2WHJA 1ZBKA 4W93A 1CDGA 1BF2A 3NIYA 2D3LA 2OWXA 1UA3A 5ABEA 4CKQA 3J7HA 2VZVA 4WKHA 4LQ1A 5I3DA 2D22A 1V0KA 3CGTA 1TG7A 3EDKA 2W91A 4B16A 2NW0A 2CBUA 3GNPA 3NSMA 3KLKA 1W1TA 3RILA 1AVAA 3KL3A 2Y8KA 4RL3A 3G6MA 1PX8A 1WDSA 4W84A 5FKYA 2WBKA 1JD7A 4PTVA 4BQ2A 3SCUA 1F4HA 2CHOA 4QP0A 2ZOXA 5HPCA 4TOQA 2YLAA 3I3DA 1BG9A 3AMCA 4AZBA 1M7XA 4PCSA 1RP9A 3BLPX 3AHXA 5TD4A 3AICA 1KXHA 1WNOA 2ZX5A 1H3GA 3PZUA 1KGXA 2W63A 4JHOA 4XUYA 3K8MA 1C90A 4AD0A 4U5KA 5E9AA 2CERA 4AZ5A 5CPQA 3G6LA 1E0VA 4W5UA 1C93A 4HZ8A 4U31A 4V27A 1B3XA 2XGBA 3W6MA 2W67A 5ABFA 4PN2A 4UOZA 1J11A 1JAEA 2DSUA 1MYRA 2VURA 1PX3A 4P7NA 1GVIA 1KXTA 3VD4A 5E6YA 4MB3A 3RIKA 1UKTA 3NDYA 2DT1A 2QF8A 1H0IA 3AXXA 1JNDA 2WK2A 1UD2A 2CCRA 1HP5A 4D6GA 2WWCA 2C8NA 4NC0A 3QOMA 2GUYA 4F9JA 2BVYA 3WMCA 1K9FA 3BSGA 3PZOA 4AXNA 4P8XA 4M82A 1MQRA 3AXHA 1UYQA 2ZXDA 3B9AA 1ITXA 1LG1A 3LPPA 4AYGA 1G01A 1WDRA 1RD6A 5A69A 1QVBA 4HTYA 2G7CA 3AHZA 1FA2A 3AZSA 3AISA 2X0HA 1KXQA 3W28A 3I3BA 1NOWA 2CKSA 2V5CA 3UG5A 2NSXA 3GBDA 4DWSB 1MVYA 2WAGA 2CKRA 1HL9A 4E8CA 3VGHA 2A3EA 1B90A 3ARXA 1H8GA 2F2HA 2E4TA 2AAAA 1JZ3A 5M5DA 2CBIA 4U5IA 5BROA 3QR3A 4WJXA 2VCCA 2WCGA 4AEFA 1YHTA 1Q4NX 3FW6A 1BYCA 4H7VA 1GOIA 1E5JA 3IANA 4DM1A 4OBRA 2YBUA 1B3ZA 1KB3A 1QPKA 3VDCA 3BGAA 2J7CA 5D9OA 1NWRA 2CITA 1B0IA 1Q6DA 3ARUA 1ESWA 3W82A 3MSGA 5DMYA 2XSAA 4ATDA 1UKSA 2JEPA 1UR4A 1NM9A 4KGJA 2CPUA 5BYWA 2C0HA 4EAMA 2XVGA 4CU8A 2WMIA 1HKIA 3B9DA 2CBJA 3KL5A 1JF6A 1G5AA 2CEQA 4D1IA 5DEZA 4JFSA 2AOSA 1BGGA 1W9BM 1XSKA 1UHVA 5FIPA 1K9DA 4M29A 3MO4A 4N0RA 1QI2A 1D3CA 1UD3A 1JGIA 1B1YA 1JFXA 3BAIA 2JALA 5CJ5A 4HPHA 1E3ZA 1TA3B 3T2PA 3VNZA 2OLHA 4JZ5A 1EA9C 2ZUTA 4FLSA 1PPIA 1EQCA 3KLLA 1UH2A 5AC5A 2BHYA 5LYRA 2OSWA 5HBFA 1B9ZA 2BY2A 4PMXA 3QHNA 3IJ7A 4P7RA 3SCSA 4X0VA 1EXPA 2WVVA 3ZIZA 1Z32X 4H41A 4NRSA 3NSXA 2A3BA 3MMUA 1CPUA 1H2JA 4AD5A 1UWUA 5A8MA 3VM5A 4GINA 1E5NA 2EBNA 1VFFA 3AZRA 4CCEA 2ZWYA 4Z2IA 3MUZ1 3D3AA 1HJSA 4Z2HA 3D5HA 1DWFM 2VO5A 2WPGA 4UFIA 3U7BA 4CD4A 2Y24A 2IUZA 2JE8A 2WC7A 5ABFB 1R8LA 3AROA 2XFRA 3WNMA 1ISXA 5A8PA 3CHFA 1BYDA 2FDMA 1EHAA 4LYQA 4P8VA 3VINA 3K8KA 3CUFA 3KE0A 4PBGA 4AZGA 4CCDA 1J10A 3WQ8A 2F6EA 1C7SA 3AIUA 4HZ7A 1DEDA 5HPOA 3DYMA 2FHFA 3NUKA 1E70M 3SCPA 4AMCA 4MB1A 2XVKA 1Q6EA 3W27A 4EE9A 3N11A 2F61A 2TAAA 4LPCA 3WUBA 4XX6A 1V0NA 1V6XA 2XVNA 4IISA 4PMUA 3HMCA 1KWKA 3AYRA 2VI0A 4AEEA 2BS9A 1E55A 2XM1A 4DWSC 3WDRA 3T08A 3BH4A 1MW0A 2PI6A 4PMRA 4QLKA 4UQCA 3W4RA 3WNPA 3SCNA 2V3EA 1ZB5A 4MB5A 4QAWA 5JBEA 2X1IA 2AMGA 2G41A 5D4YA 3I3EA 1E15A 2HISA 2J75A 4YPJA 3HJEA 2O9PA 3WUFA 2DEPA 1J0JA 4UNIA 3A6OA 4AD2A 1A3HA 1WDQA 2DSZA 3EDDA 3OZPA 3W6LA 4W88A 4Z2JA 1R85A 1MW2A 1V02A 1E4MM 4AZIA 1V6YA 3VIJA 2V5DA 3AQUA 2XFFA 3OZOA 4PUEA 1XSJA 2DT2A 3GXMA 5CLTA 1I1WA 2VTFA 1G94A 4H8HA 1UQYA 4V28A 3RJYA 4CD6A 2E8ZA 3LPOA 4MB4A 1E0XA 1CGWA 2GFTA 2J62A 1MW3A 3AMKA 1R7AA 1HP4A 1LG2A 4HP5A 2EPLX 4KWUA 2YL5A 2Z1SA 2ZX8A 3CZ8A 4PMNA 4A3YA 3AYSA 1SMDA 2QJ6A 3ZJ7A 4JFWA 4ZENA 3VGEA 1BFNA 3CPUA 1ZBVA 2WB5A 1E73M 2J47A 5DFAA 1JDDA 1WZAA 4W8LA 4TUFA 1CYGA 1XSIA 3RDKA 3OLGA 1FH7A 3L4WA 3HU7A 4TXEA 3OLEA 1L0PA 1JFHA 3TOPA 4L4OA 5GNZA 1HXJA 5I78A 3K4DA 4CU7A 2OYLA 3QGVA 4DM2A 1IV8A 4L4PA 4ZFMA 4MDPA 2WKLA 2YDRA 2XJ7A 4K68A 1CZ1A 1H41A 3WH9A 4J7RA 3AS3A 1VEPA 3B8SA 3EMCA 2XPKA 1QBBA 3EYPA 1XGZA 2JEQA 2WYSA 4JCLA 3GXFA 1W9PA 3FAXA 3ZT6A 1JYXA 2Y4SA 3QHMA 1LL7A 2V3DA 1NWTA 1LL4A 3IK2A 3CMJA 3WDPP 3RMEA 1JDAA 1MXGA 5JBFA 5A2BA 1L8NA 3OLIA 4DWSD 2VT0A 2O92A 2WANA 7A3HA 2DT3A 5BXRA 1GJUA 3THDA 1WO2A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2EPN A;  5IXE A;  3ZT7 A;  5I2U A;  4FLR A;  1CXK A;  2VX4 A;  3BAW A;  1BYB A;  1UH3 A;  2WHM A;  1MWO A;  4GZJ A;  5CPS A;  3VIK A;  1KQZ A;  4JKK A;  5CGM A;  4JHZ A;  4D6D A;  3WH6 A;  4GIA A;  5CPT A;  2BHU A;  3PZV A;  1H11 A;  2PBO A;  2VRK A;  3ARQ A;  3RM4 A;  2GSJ A;  3VVG A;  1GNX A;  2OWW A;  3GDB A;  3AIB A;  1B30 A;  3WMB A;  2W92 A;  2YBT A;  3AIV A;  1ITC A;  1M04 A;  1VEN A;  5FL1 A;  2VC9 A;  1JZ2 A;  3UET A;  4FLQ A;  3VD7 A;  2FH8 A;  5A6A A;  1UR8 A;  3AML A;  5I6S A;  3GH4 A;  3RJX A;  3ZSS A;  3L2L A;  4J3X A;  1ZJA A;  3CIV A;  2D20 A;  4HMC A;  4GXP A;  5LA2 A;  2UY4 A;  4MDO A;  1V6V A;  3PN8 A;  5A6B D;  1HIZ A;  3NSN A;  5CXP A;  3BMV A;  2CET A;  1E6R A;  1FOB A;  2BY3 A;  4W5Z A;  2PWD A;  3AS2 A;  2C7F A;  2OYM A;  4NBX A;  4FMV A;  1US2 A;  4WK9 A;  1WAW A;  1VFU A;  2WXD M;  1O7A A;  3SCV A;  1H0G A;  2QPU A;  1HJW A;  4F8X A;  3CUJ A;  4BQ5 A;  2DGA A;  3WEN A;  1UKQ A;  2UWF A;  2YLL A;  3CZE A;  4QCE A;  5D9M A;  3VD5 A;  4GO8 A;  8CGT A;  1XD0 A;  4C7G A;  2WLY A;  1BGA A;  2YA0 A;  4MNK A;  2EPK X;  5BRQ A;  3L4U A;  3K1D A;  1CGV A;  2XGI A;  4HA1 A;  4RE4 A;  1E9L A;  3A47 A;  1DWI M;  3VIP A;  2YJQ A;  1LF1 A;  4UFK A;  3GM8 A;  1CGU A;  1U30 A;  4W7U A;  2BFG A;  4TX6 A;  1E43 A;  1PEZ A;  2OSY A;  4J28 A;  3MV1 1;  5ABH A;  5BWF A;  1X6N A;  4S3K A;  1UWT A;  5GPR A;  1C8Y A;  3WD4 A;  3W37 A;  1TE1 A;  3N12 A;  1QNQ A;  1C7T A;  1LL6 A;  3JUG A;  1E72 M;  3GBE A;  1FHD A;  1W2V A;  1SMA A;  1UD8 A;  3SCQ A;  4A3H A;  1OGB A;  1QBA A;  3F5J A;  1EDQ A;  4UOJ A;  4AD3 A;  3W24 A;  3PTK A;  2E3Z A;  3WIJ A;  4EAN A;  1RPK A;  5LA0 A;  4D6H A;  1FH9 A;  2J74 A;  1C8X A;  4NI3 A;  3U5U A;  1JIB A;  1QW8 A;  5A6M A;  1CGT A;  2EQD A;  1US3 A;  5IHR A;  4KH2 A;  1CWY A;  2WMK A;  3S2C A;  2D0G A;  1HL8 A;  2X2Y A;  4E4P A;  4U2Y A;  4BS0 A;  1GCY A;  4AW7 A;  4UQD A;  4CD8 A;  2BML A;  1FP8 A;  4AD1 A;  1B3Y A;  1K6A A;  1XCX A;  4PMO A;  3OGS A;  1LJY A;  4LYR A;  1C3F A;  3SUS A;  3OGR A;  3KWX A;  1DWG M;  2J8G A;  2BV9 A;  2XWE A;  1QNP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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