2IXVA

Crystal structure of the modular cpl-1 endolysin complexed with a peptidoglycan analogue (e94q mutant)
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
338
structure length
338
Chain Sequence
VKKNDLFVDVSSHNGYDITGILEQMGTTNTIIKISESTTYLNPCLSAQVEQSNPIGFYHFARFGGDVAEAEREAQFFLDNVPMQVKYLVLDYQDDPSGDAQANTNACLRFMQMIADAGYKPIYYSYKPFTHDNVDYQQILAQFPNSLWIAGYGLNDGTANFEYFPSMDGIRWWQYSSNPFDKNIVLLDDEEDDKPKTAGTWKQDSKGWWFRRNNGSFPYNKWEKIGGVWYYFDSKGYCLTSEWLKDNEKWYYLKDNGAMATGWVLVGSEWYYMDDSGAMVTGWVKYKNNWYYMTNERGNMVSNEFIKSGKGWYFMNTNGELADNPSFTKEPDGLITVA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Elucidation of the Molecular Recognition of Bacterial Cell Wall by Modular Pneumococcal Phage Endolysin Cpl-1.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus phage cp-1
molecule keywords LYSOZYME
total genus 92
structure length 338
sequence length 338
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2006-07-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01183 Glyco_hydro_25 Glycosyl hydrolases family 25
A PF01473 CW_binding_1 Putative cell wall binding repeat
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.10.270.10 Mainly Beta Ribbon left handed beta-beta-3-solenoid Cholin Binding 2ixvA02
2.20.120.10 Mainly Beta Single Sheet Multimodular pneumococcal cell wall endolysin, domain 3 Multimodular pneumococcal cell wall endolysin, domain 3 2ixvA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2ixvA01
3JUGA 1UZ1A 5A6SA 1E15A 3VGEA 1UD5A 2CITA 2CBVA 4LGXA 2YDRA 2VZVA 4JZ5A 1FFQA 1E9LA 2OYMA 3AS0A 3T2PA 5I77A 1HKMA 1NWUA 1ITXA 4C7GA 3ZSTA 2WVSA 4UQAA 4PEEA 2VZUA 2J75A 4J3XA 2A3EA 3KWXA 1UD3A 1GHSA 4UFMA 4JKMA 2DT0A 3VIHA 3AISA 1HT6A 1J0YA 3ARQA 3WQ4A 2FGLA 1DTUA 1ESWA 2X0YA 1C91A 1GOOA 5DO8A 3ZJKA 2GJXA 4PRWA 3SCOA 4HZ8A 1WKYA 3VDBA 4ZEPA 5ABFB 4CCCA 4ACYA 3CBWA 2BNJA 3AHVA 3WD4A 4IUGA 1JD7A 3VMNA 3AFBA 1UZ4A 3DYMA 2ESCA 4CN6A 3WNPA 4RL3A 2XHYA 1Z32X 3CTTA 4XZWA 5CG0A 5C8BB 3RJYA 3GH5A 4CD7A 2XFYA 2X8PA 7A3HA 4HTYA 1TA3B 4V2XA 1ZS2A 3VKKA 1TCMA 2X2YA 4XZBA 1M53A 4L4OA 3RPMA 1XD0A 4CD4A 2F8QA 1CLVA 1F4HA 4U33A 1UA3A 2V5DA 1MW1A 2WANA 4J3SA 2VCAA 1M01A 4RE3A 3PTMA 3HZ3A 5GNZA 2VI0A 2XPKA 1NARA 2WSKA 1HP4A 1UH2A 1CGWA 1ZU8A 3SUVA 1G1YA 5DMYA 2OSXA 2XGBA 1CDGA 3CGTA 5AYIA 3KEHA 4Z2IA 2VVNA 4LX4A 1U33A 2WXDM 3UETA 1ISVA 4B9YA 3WF2A 1W1YA 4W8LA 1V0KA 1C8YA 1UWRA 3KL3A 1ECEA 3BAJA 3DYPA 3SCTA 3FW6A 2PI6A 4M82A 1UA7A 1WZAA 1Q6EA 5ABEA 1UH3A 3K4AA 1CXIA 3WDRA 4MJ4A 1UR9A 4W86A 3CMJA 3VINA 1HJQA 2CEQA 1G01A 4URIA 2D0FA 2ZX9A 3GXIA 4PMQA 4HOZA 1RP9A 4OJYA 2CETA 4EKJA 3I3DA 1J10A 1HVQA 2WC3A 5E9AA 1KR0A 2O9RA 3OLIA 2EBNA 1HJVA 3VDCA 5HNNA 2XFFA 1J12A 1WCGA 3BAKA 3U7BA 3CHDA 4Z2GA 3S2CA 4UQCA 4OUEA 1UWQA 4A3YA 3ZT5A 2A3AA 1E5JA 3WL0A 1XV8A 3OZOA 3PZVA 4HMDA 4UFIA 3KLKA 7CGTA 2E9BA 3BCDA 4U31A 1HNYA 2C0HA 1H4PA 1GCYA 1W2PA 1B90A 5GNXA 1OM0A 4UOZA 4QCFA 5IHRA 3VO0A 2VX6A 3DYOA 3FAWA 1DWIM 1QHPA 1HX0A 2W92A 2RGLA 2GUYA 1JAKA 2YDQA 3K8LA 3AQUA 1W3KA 2E4TA 3A4AA 1E71M 4JKLA 4HMCA 3W24A 1QI4A 1UD4A 1MW0A 1E0VA 1GOIA 3U5YA 4W93A 3AYRA 1OT2A 4P7LA 4Y7EA 3ZIZA 1MXGA 1MFUA 2XIBA 4KH2A 5CLWA 2ZX8A 1WE5A 1OBAA 4BA0A 1JI2A 5JIWA 2J4GA 1JYVA 4B9ZA 4JHOA 1J0IA 2WVTA 3ARSA 3SURA 4YN5A 2WC4A 2XVKA 2BY2A 2VURA 3HU7A 3PZUA 4UFHA 1XSKA 1W3JA 1GONA 1WB0A 2VX4A 1UYQA 1CGXA 4W88A 4NF7A 1NWRA 3WY1A 3WNMA 3SCRA 3RM9A 2WVVA 2WMJA 2BS9A 1H0GA 4IISA 4IPLA 4BS0A 2F2HA 1FA2A 3OLEA 1HP5A 3UEQA 3ZMRA 2W61A 1GOQA 1UD2A 5M3WA 3VM7A 1V3HA 5FIPA 1C3FA 3MUIA 1PEZA 3HIAA 1MW2A 5ABGA 3WF4A 1FHLA 4D6EA 1DWGM 4HU0A 3APGA 3SUWA 4OKDA 4UFKA 2YL8A 1UR0A 2GK1A 4NRRA 1HXJA 1V03A 2YBUA 3ZJ8A 3NSNA 3SCUA 4AD2A 1UKSA 3K46A 3KZSA 1V3KA 1L0PA 2QPSA 4MNJA 4GQQA 2W66A 3L4WA 4AC1X 2DIEA 2D23A 4GPNA 3TONA 3EDJA 4W5UA 3ZR6A 4OZOA 1OSEA 3N9KA 2Y24A 1GW1A 1H41A 4AIOA 3PZNA 1G5AA 1BF2A 2G7CA 1V02A 4HMEA 4AD3A 2CKSA 3IK2A 4FLQA 3CUIA 4TOQA 1TVNA 3VIPA 2XM1A 1W9PA 2VYUA 3AHYA 4HZ6A 1MQPA 3IJ9A 5EBAA 4PYSA 4LXFA 1CXEA 1QBBA 4WSKA 4MJ2A 4CKQA 2E3ZA 3M6DA 1AMYA 2ZOXA 1UG6A 3CUJA 4JAWA 3BCFA 4D1JA 2FHFA 1W91A 4XX6A 2VRJA 4P7RA 3AXXA 4PTVA 1WAWA 4Q7NA 1XH1A 1WZMA 5ABFA 2E8YA 3L4TA 2ZICA 3SCVA 5JIPA 1UKQA 1V3MA 2ZUWA 3K1DA 3CHCA 1VRXA 2CBIA 1BYCA 1SR0A 2CBUA 3WQWA 6CGTA 3VD4A 1G9HA 3ZJ7A 3GM8A 1OGSA 4PMUA 2ZXBA 1GUVA 2CBJA 5DT5A 1QNOA 3QHOA 4AMCA 1V6YA 2WHMA 1E73M 3F5JA 1C92A 1J01A 1FFRA 2WLZA 3SIMA 3THDA 5D8ZA 1NP0A 4AZ7A 1BLIA 1KBKA 1D3CA 2YKKA 3F4VA 2RGMA 2WMHA 1V3LA 4CD8A 5BXPA 2FH8A 2YDSA 1GOMA 4D6DA 2VCBA 4P8VA 4PMYA 3VGFA 2F6EA 1JFXA 1H1NA 5A6MA 1PIGA 2WBKA 7TAAA 1EQPA 2X1IA 2WM0A 4AYGA 4IPNB 3PZQA 4R27A 2WKLA 3UCQA 5CLTA 1JYXA 2BVTA 4D6HA 5DFAA 2B31A 4PCSA 2O9PA 1K6AA 1NWTA 1W1PA 3FHQA 5EB8A 3ARUA 1TG7A 3N18A 3SCPA 3T09A 4H2CA 3WIJA 4YHEA 1ODUA 4ZXLA 1QI3A 2QF8A 2DDXA 3U57A 2VR4A 3EMZA 2CKRA 1CIUA 2GDUA 1GQKA 1VJZA 3WEOA 2QJ6A 1EDGA 3WF0A 5FL1A 1VEOA 1E4MM 1Q4NX 3WDPP 2UY4A 4WLCA 3ARWA 4X9YA 5KZ6A 3AMLA 3ZM8A 1D2KA 5I78A 2EO7A 3TP4A 1UWIA 3PZMA 1IZJA 1WP6A 5CGMA 5A2AA 4LYRA 2ZUMA 1R7AA 2CHNA 4YHGA 1IZKA 5BROA 1GOKA 3POHA 4D6JA 1H0IA 3A3HA 3SCWA 2GDVA 3TTOA 1EOKA 1NOWA 1DEDA 1CZ1A 3W81A 4WKFA 1JL8A 3T08A 1TUXA 5C70A 5A6AA 2CNCA 1GQJA 5IFTA 3WH6A 1CENA 3L4UA 1VIWA 2ZUUA 3RDKA 4DWSB 5HOSA 1K9DA 4KGJA 4W7WA 3WNOA 4GZJA 2XVGA 2V3FA 3BXWA 2J8GA 4MB4A 2O92A 4WKHA 3WL1A 4W8BA 1U30A 3N04A 2XJ7A 2ZUVA 4X0VA 4JKKA 5A95A 4GIAA 3AXHA 4WSJA 6A3HA 1HKJA 1CNVA 4AZHA 2D3LA 1R85A 3MANA 2DT1A 8A3HA 1TMQA 5C71A 2V3EA 4H8VA 3O6AA 5GNYA 4MAVA 2PBOA 2W91A 1MXDA 4GO8A 1E55A 5D9OA 1QVBA 1QI5A 3OA5A 1E4LA 5BXTA 3A4XA 1MQRA 2WB5A 1JZ6A 2PWHA 2NT1A 1NQ6A 2XWDA 4N0RA 3VUPA 3WD0A 1BG4A 3AIVA 2PB1A 3WD2A 1A47A 3VOCA 3WNLA 4UOQA 3KLLA 4GXPA 5A1AA 4JCLA 1UD6A 5E6ZA 1OGBA 3WDHA 5M17A 5JBDA 3ZSSA 1VEMA 4M81A 1AQHA 1CPUA 2EXOA 1GHRA 5GQBA 3CLWA 2WPGA 3BMVA 4LYQA 3N13A 4U2YA 4J3UA 1DWHM 5BXRA 3RIKA 4AD5A 2Y8VA 4M24A 2WZHA 3NJ3A 2J79A 4BF7A 4AWEA 2XVPA 1CWYA 1W2VA 4Z2LA 1EIBA 1J0HA 2WNWA 1GNXA 1G94A 4C7FA 1CGUA 4JHZA 4ZXOA 3D3AA 2D0HA 1GOWA 3K8KA 3PTKA 2X8MA 1EO7A 1KWKA 3SUTA 1TZ7A 2E9LA 2BY3A 2BVDA 4GI9A 5EFDA 2YOCA 1MWOA 3GH4A 4UZUA 1X6NA 5CZKA 3HMCA 4TXEA 1UWTA 2QHAA 3WUFA 3G6LA 5I79A 2HISA 3VTRA 1ZL1A 4TX6A 1A3HA 4UOJA 3U5UA 1NP2A 2XVNA 5CQ1A 2BHYA 4BQ5A 1BGAA 3CUFA 4GQRA 4J28A 4S3KA 1LL6A 1XCWA 4FF5A 1Q6FA 1WPCA 1HIZA 4YPJA 3VIIA 4AYSA 4PMXA 4F9DA 1C8QA 3WMSA 1BG9A 1E70M 3VIJA 1R7OA 3AIRA 3CZ8A 2CXGA 3K4DA 4CCDA 4DWSC 3IAQA 4J3VA 4Z2JA 1GVIA 2ZE0A 4QP0A 3ECQA 4TX8A 3LPPA 1MVYA 3M07A 5E0FA 2BHZA 4PMVA 3EMQA 3IAPA 3L2MA 5AC4A 3IANA 3MUZ1 2WCSA 4CCEA 2YBTA 1H8GA 2YL9A 2XIIA 1EHAA 3SUSA 5FD0A 3ARYA 1QW8A 2E0PA 3ZT7A 1V0MA 1E6NA 1NM9A 1CLXA 3WBEA 4FK9A 2VUYA 2VC9A 4D1IA 1XSJA 3A4WA 4GI6A 2BY0A 3L4VA 4H8HA 4EAMA 3N11A 3VMPA 1CYGA 3ZO9A 2EPLX 2CERA 3MV11 3ZJ6A 1HF6A 2NT0A 2JF7A 1GVYA 3W53A 2EQDA 4NRSA 3BSGA 2FDMA 4PMOA 1J0KA 3M7SA 1JNDA 1YHTA 3VIMA 1XC6A 4OOZA 4GI8A 1WNOA 4WK9A 1GQIA 1W1VA 2YL6A 4PMZA 4UZSA 2WZEA 2W67A 1PZ2A 5JUVA 2J7CA 1HN1A 1KGWA 4GO9A 2WKGA 6TAAA 4OBSA 3OIHA 3EDEA 1GVMA 1O7AA 3L4XA 3GXMA 2DSUA 4NC2A 1VFOA 2UWFA 4GZEA 3VILA 1QNQA 1DWFM 4LQ1A 4W84A 4MADA 4E4PA 2D1ZA 1W3LA 1SMDA 3VGDA 3ZT6A 5ECUA 3AI0A 3AMGA 3VD9A 1UR1A 2BV9A 2WYSA 3IJ8A 3SCQA 2DSKA 2V04A 3FHAA 2Y2WA 3BAYA 1US3A 3WNKA 1YQ2A 4U5KA 1V3JA 1H09A 1VBUA 2JEPA 3ARRA 3NCOA 2DSVA 2WWDA 4J3WA 3EMCA 4P8UA 1MFVA 1QHZA 5E09A 4UQ9A 5FKYA 5BYWA 2WVUA 2CYGA 2YA2A 1Q6CA 4UCFA 2OWCA 3WBAA 1XYZA 3W38A 1NOUA 2OWWA 3UR7A 3FAXA 2UY5A 3WSUA 4CU7A 3UG5A 4CVWA 4ACZB 5I0DA 5M5DA 3BAXA 3OZPA 5F7UA 2EJ1A 5AYBA 5BRQA 3W37A 1JG9A 2XG9A 1BHGA 4AZCB 1B1YA 3D5HA 1CEOA 2WLYA 3QOKA 4R5EA 2V05A 1KXQA 4AZBA 3LMYA 4DWSA 1JDCA 4BQ3A 1JI1A 2BY1A 3WEMA 1ZBWA 5CSUA 1BAGA 1UUQA 1W3HA 2CCRA 3GH7A 2V5CA 2GSJA 5A69A 1WDRA 1KXTA 3NIYA 3CH9A 1WDQA 2J7BA 2VCCA 5IHSA 5EFFA 1VAHA 3EDDA 2JEQA 9CGTA 2YIHA 3VU2A 4RE4A 1JZ4A 2XM2A 1B3XA 3VMOA 3KE0A 3F5LA 3VIOA 1E4NA 3A6OA 4KGLA 1BQCA 1C7TA 1LWJA 4TTGA 3T0BA 2O9TA 1E6RA 3ARXA 2J8FA 1BPLB 2VZSA 2XVLA 4BQ4A 4KRTA 4MNKA 1UR8A 1XH2A 2IXVA 4HPHA 2F61A 4S3JA 1RP8A 1JIBA 4HA4A 4UQDA 1W9VA 5AY7A 1QW9A 4CGTA 3BGAA 4TTUA 3GNRA 2J77A 1LLOA 4N42A 1J0ZA 4V27A 3AZSA 2NW0A 1XSIA 3WH9A 1JZ5A 1IV8A 1NH6A 2VTFA 2V3GA 3MUY1 1B30A 3OBAA 1UWSA 1WDSA 2QLYA 5CXPA 1UD8A 1HJUA 1B0IA 4CU6A 1X1NA 3VIFA 3THCA 4AXNA 5A8QA 1XRVA 2YL5A 1OWQA 4AIUA 1FHDA 4M56A 3VD5A 2XUCA 3VD7A 4AEEA 4CD6A 4EK7A 1CECA 2ZWZA 4ML4A 1LG2A 3W6LA 4CD5A 3WD1A 2XTKA 5HPCA 2A3BA 1K9TA 4U5IA 2VNCA 4H41A 4OIFA 1J9YA 5HBFA 3CPUA 1V6XA 1O6IA 4WKAA 4W8AA 5A6LA 1JDDA 5EMYA 1E3XA 5BRPA 8CGTA 3QGVA 1TA3A 2G3NA 2JFEX 4C7DA 1V3IA 4QFUA 2UY2A 2WWCA 3SCSA 4BQ2A 2CIPA 3GXFA 3L4ZA 4XUYA 1BVNP 3ALGA 5ABHA 3KL0A 4NBZA 3WDQA 2E8ZA 1F4AA 1XD1A 1GZJA 1PZ3A 3WQVA 5HPOA 4FMVA 3RM4A 2ZUSA 3MU7A 2QPUA 4X0NA 5CPTA 1V08A 1KB3A 4GZIA 4M1RA 5DF0A 2V38A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3JUG A;  1UZ1 A;  5A6S A;  1E15 A;  3VGE A;  1UD5 A;  2CIT A;  2CBV A;  4LGX A;  2YDR A;  2VZV A;  4JZ5 A;  1FFQ A;  1E9L A;  2OYM A;  3AS0 A;  3T2P A;  5I77 A;  1HKM A;  1NWU A;  1ITX A;  4C7G A;  3ZST A;  2WVS A;  4UQA A;  4PEE A;  2VZU A;  2J75 A;  4J3X A;  2A3E A;  3KWX A;  1UD3 A;  1GHS A;  4UFM A;  4JKM A;  2DT0 A;  3VIH A;  3AIS A;  1HT6 A;  1J0Y A;  3ARQ A;  3WQ4 A;  2FGL A;  1DTU A;  1ESW A;  2X0Y A;  1C91 A;  1GOO A;  5DO8 A;  3ZJK A;  2GJX A;  4PRW A;  3SCO A;  4HZ8 A;  1WKY A;  3VDB A;  4ZEP A;  5ABF B;  4CCC A;  4ACY A;  3CBW A;  2BNJ A;  3AHV A;  3WD4 A;  4IUG A;  1JD7 A;  3VMN A;  3AFB A;  1UZ4 A;  3DYM A;  2ESC A;  4CN6 A;  3WNP A;  4RL3 A;  2XHY A;  1Z32 X;  3CTT A;  4XZW A;  5CG0 A;  5C8B B;  3RJY A;  3GH5 A;  4CD7 A;  2XFY A;  2X8P A;  7A3H A;  4HTY A;  1TA3 B;  4V2X A;  1ZS2 A;  3VKK A;  1TCM A;  2X2Y A;  4XZB A;  1M53 A;  4L4O A;  3RPM A;  1XD0 A;  4CD4 A;  2F8Q A;  1CLV A;  1F4H A;  4U33 A;  1UA3 A;  2V5D A;  1MW1 A;  2WAN A;  4J3S A;  2VCA A;  1M01 A;  4RE3 A;  3PTM A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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