2J8GA

Crystal structure of the modular cpl-1 endolysin complexed with a peptidoglycan analogue (e94q mutant in complex with a tetrasaccharide- pentapeptide)
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
338
structure length
338
Chain Sequence
VKKNDLFVDVSSHNGYDITGILEQMGTTNTIIKISESTTYLNPCLSAQVEQSNPIGFYHFARFGGDVAEAEREAQFFLDNVPMQVKYLVLDYQDDPSGDAQANTNACLRFMQMIADAGYKPIYYSYKPFTHDNVDYQQILAQFPNSLWIAGYGLNDGTANFEYFPSMDGIRWWQYSSNPFDKNIVLLDDEEDDKPKTAGTWKQDSKGWWFRRNNGSFPYNKWEKIGGVWYYFDSKGYCLTSEWLKDNEKWYYLKDNGAMATGWVLVGSEWYYMDDSGAMVTGWVKYKNNWYYMTNERGNMVSNEFIKSGKGWYFMNTNGELADNPSFTKEPDGLITVAE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Elucidation of the Molecular Recognition of Bacterial Cell Wall by Modular Pneumococcal Phage Endolysin Cpl-1.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteriophage cp-1
molecule keywords LYSOZYME
total genus 94
structure length 338
sequence length 338
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2006-10-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01183 Glyco_hydro_25 Glycosyl hydrolases family 25
A PF01473 CW_binding_1 Putative cell wall binding repeat
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.10.270.10 Mainly Beta Ribbon left handed beta-beta-3-solenoid Cholin Binding 2j8gA02
2.20.120.10 Mainly Beta Single Sheet Multimodular pneumococcal cell wall endolysin, domain 3 Multimodular pneumococcal cell wall endolysin, domain 3 2j8gA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2j8gA01
1R86A 4CN4A 1QNSA 1JZ2A 1Z32X 3AICA 3GBEA 3VIKA 2AOSA 4P7RA 1J10A 1ESWA 1EHNA 4UOQA 3WBAA 4JKKA 4S3JA 3WD3A 1HX0A 4ACZA 3L4YA 3ECQA 2BY2A 3A4XA 3DYOA 2EPLX 1E40A 2VL4A 3VIIA 2WLYA 2NT1A 1QHZA 1WAWA 4UZSA 1VF8A 2XVNA 3RIKA 5ABFB 3U5UA 1QBBA 1H8GA 4E4PA 2XIBA 4TX8A 1W91A 4TUFA 4C7DA 1JZ8A 2WWCA 5CSYA 3ARSA 5JBDA 1J0KA 4UFKA 4UNIA 1W9VA 1J11A 4QLLA 4HTYA 1UKPA 1QOXA 4W87A 3HMCA 4CD5A 4JKLA 4XX6A 5GNZA 4PEEA 4U3CA 3VIGA 4QAWA 3W82A 3PZNA 4M80A 4HA3A 4BS0A 4PMZA 5A6MA 2BHZA 1WPCA 4W7WA 2WBGA 4CD4A 2CPUA 1W3KA 2V05A 1W1TA 3AYSA 1AQ0A 2GK1A 2WYSA 3AZRA 2DSVA 2ZIDA 3ZT6A 4AIOA 1H0IA 1JXJA 2WVVB 1ISXA 2OLHA 3WKZA 2QHAA 3GXFA 4PBGA 2WSPA 1JF6A 4RE2A 5I78A 4LQ1A 1UWUA 1JYWA 2X8RA 3AHXA 4HOZA 5LA2A 1M53A 3WF3A 2BHUA 3ZO9A 3GDBA 1AVAA 2F8QA 3ARYA 4M81A 1ZBKA 2JE8A 1EDQA 3IJ8A 4NF7A 4M24A 3VGBA 1BYBA 3N18A 5E9AA 4FLSA 1ODZA 2WCAA 2QMKA 3POHA 4Z2KA 2VNCA 1XD1A 5A6BD 2OWXA 4FK9A 2IUZA 4LPCA 2CCRA 5F7UA 1JF5A 3KE0A 2VC9A 5I23A 4TXEA 3ZJ6A 4MDPA 3KL0A 3WUFA 2CESA 4WSJA 4ZEPA 2G41A 1GQJA 3SURA 2BY3A 4FLQA 2ZOXA 3VMPA 3N04A 3EDDA 2FH6A 2ZUSA 1UR4A 2JFEX 1OGSA 4UFHA 5AYIA 1UD2A 2CBJA 2V3EA 1UZ1A 4FF5A 2VUYA 2WKLA 3PZMA 5CZKA 4BQ2A 1HN1A 2EXOA 3AIQA 1UR8A 2YKKA 3AOFA 2CNCA 4Z2HA 3CHEA 1EOKA 3VGFA 3T09A 1SR0A 1BG9A 1UA7A 3CTTA 1V6UA 3CZKA 3NYDA 4PYSA 2A3CA 3BC9A 4NBZA 3TTOA 4ZENA 3VD5A 1XSIA 1M01A 4D6IA 3CZLA 1CLVA 3FNDA 1MXDA 1HKMA 1LJYA 2ZWYA 3WL0A 1XC6A 1ISZA 2QPUA 5A69A 4PUEA 4AIEA 1ZB5A 1KGWA 1LG1A 3AXHA 2GSJA 3VGDA 4PN2A 5CQ1A 4CD7A 3PZUA 5FOOA 1MVYA 1EXPA 3U57A 4IM4A 4KGJA 4MNKA 4TTGA 3VUPA 4HA1A 2VRQA 1E0VA 2OYLA 3L2LA 3HJEA 3FHAA 3HZ3A 3OZOA 4J3VA 4AZ5A 1UR9A 1WE5A 4KMQA 4JFSA 1QI3A 3VGHA 3PZQA 2XG9A 3L4WA 1E3XA 3APGA 1UWRA 1FP8A 3FHQA 4JIEA 4P8WA 3M7SA 1DWFM 1HVQA 5A6BA 1JDCA 2J47A 3THCA 4D71A 3GYCA 1LG2A 2D2OA 1OSEA 2QMJA 5HOSA 1PPIA 8A3HA 5A95A 1W32A 5DMYA 2B31A 4CD6A 2XGIA 1CECA 4WKHA 3BAKA 1GORA 2PWGA 4H8HA 4HOWA 2D0GA 2BNJA 3RCNA 3SCOA 3HIAA 3GH4A 3VGGA 4Z2JA 3BAYA 4HMDA 1VRXA 4AD5A 5TD4A 1VFUA 3PN8A 4PSPA 2EBNA 4QDMA 2AAAA 1CBGA 2YLAA 1BPLB 1FHLA 3T0DA 3FW6A 1UHVA 1NP0A 1W9DM 3F5KA 5E0CA 4CUCA 2J7HA 1HKKA 3MO4A 1HJUA 2X2YA 4BF7A 2YA0A 1UD3A 2EJ1A 3GH5A 4WKFA 4AWEA 2XSBA 4AIUA 2ZUNA 5FCZA 3W6MA 3THDA 3VDAA 4WF7A 1MW1A 3VD3A 4P8UA 1KQYA 2ZX5A 3CHFA 3A4AA 1MW2A 2VQUA 3WDQA 4WLCA 3LPFA 4PUDA 5BXPA 2EPOA 2WBKA 2W4XA 1QNQA 4UOJA 4CCCA 3BMVA 3RJYA 3UR7A 5ABGA 2V5DA 4W8BA 1KFWA 4UQEA 1KCLA 3AS3A 2O9TA 2WMFA 4ATWA 3OBAA 2ZUTA 1RP9A 1UH4A 1JDDA 1C91A 2XWDA 5LA0A 4F66A 5E6YA 2WMHA 2WHLA 4U31A 2VO5A 1W2VA 3AXIA 1JD7A 3SCQA 1A47A 4NBXA 2XUCA 2WVUA 2WVTA 2UWFA 6TAAA 3W37A 5E6ZA 3U7VA 3ARQA 2XWEA 1U33A 1IZJA 1NM9A 4NI3A 1BTCA 3ARVA 1IT0A 3W25A 3WF1A 3WD0A 2EO7A 4TX6A 5A8PA 3QHNA 1XRVA 4AZCB 1JAKA 2J7EA 1GOMA 2WHJA 1TE1A 5EB8A 3ZQ9A 3VTRA 4YN5A 3ZR6A 3F4VA 5M5DA 1SMAA 5BXSA 3AMDA 1J0ZA 1XCWA 3VDBA 3WQ8A 3VIOA 3MS8A 3K4DA 2A3AA 3OLGA 1NQ6A 1JZ6A 4NC2A 4MNJA 3T2OA 1KR1A 2WC7A 4U33A 2ZUUA 4HMEA 2VRJA 1JZ3A 6A3HA 2ZICA 2X09A 3QHOA 2WMKA 1J0IA 3N11A 2C8NA 2WSKA 2DDXA 5FL0A 3WENA 3NJ3A 1S46A 3UERA 5ABHA 3W81A 1TVPA 2XFYA 1QI0A 2XJ7A 2WCSA 2D24A 1D2KA 1WDSA 1PEZA 3KL3A 5D9PA 4GI6A 1H4PA 3DC0A 4AZ7A 2XIIA 1W9XA 3ZSSA 5JBEA 4FMVA 3NDZA 1KBBA 1XD0A 2W92A 1MFUA 4GO8A 1ZS2A 4J3XA 5CSUA 2WZEA 1CIUA 3DHUA 1E1FA 4RL3A 4W89A 1TUXA 5CGTA 1GUVA 1C8YA 5I2UA 4U5KA 1E72M 4YHGA 1JFHA 3KLLA 3I3BA 1CGUA 3AQUA 2YDSA 4M56A 1AMYA 3B8SA 2GDVA 4HZ8A 1JYXA 4AZGA 5EFFA 4AISA 1FH7A 2VYUA 1OIFA 3O2LA 4R5EA 1EA9C 1W9UA 1W3HA 4NRRA 2YL9A 4GQRA 3A3HA 5A8MA 4UTFA 3CIVA 1HF6A 1ITXA 2WAGA 1UR1A 4ZFMA 3L4ZA 1E3ZA 5FD0A 3AFBA 1OM0A 3UR8A 2VX7A 4U2ZA 4L4PA 1B9ZA 1DWAM 2BXYA 1BGAA 2XFRA 3OB8A 5A3HA 1UOKA 1L8NA 3UG5A 7A3HA 3L4UA 1PX3A 2CBUA 1G9HA 1U2YA 3AHVA 1E6NA 3AIRA 1B3WA 2C7FA 1JXKA 5BCAA 1CPUA 1OCQA 1KGUA 3CZGA 1MW3A 1RP8A 4J3UA 2CEQA 4EAMA 1LL6A 4OBSA 2DSKA 3DYPA 1BG4A 3ARZA 1HL8A 4D1JA 3VDCA 1UD8A 1G94A 5CPQA 4P7OA 3W4RA 1GOKA 3HN3A 4JFUA 4UQ9A 1GOQA 1Q6EA 2CBIA 1KXQA 2W5FA 1O6IA 3L4XA 2OSYA 2VTFA 3QOMA 4GQQA 3FAXA 3AIVA 3MKKA 4XZBA 2W67A 1PX4A 3IK2A 4OOZA 3WN6A 4DWSD 5I24A 1B30A 5FL1A 3GNRA 3WQWA 1E4LA 1JYVA 2CITA 4AW7A 1H49A 4LYQA 1R85A 5D8ZA 2JIEA 3KLKA 5A6LA 3ZOAA 3AIEA 4ACYA 4HZ7A 1CGWA 3B9DA 1GQKA 3KEHA 4KWUA 2OSWA 1E70M 1MXGA 1VFOA 3RDKA 3AIWA 1V03A 1WZAA 4V28A 4WIWA 1QNRA 3WQ5A 3T0AA 3N9KA 1US2A 4HZ6A 2J7CA 2PB1A 3MUAA 2WM0A 4TTUA 3MMDA 2X1IA 4CCDA 1NARA 3L4TA 2YL8A 2IXVA 4U3AA 1BFNA 1MFVA 2WPGA 4V27A 3SCRA 1V02A 5D9MA 1SMDA 3UG4A 2ESCA 4J7RA 1TA3A 1XGZA 4B3LA 1LL4A 1UR0A 5D9NA 3LPPA 1UKSA 4B9YA 3ZR5A 3AMLA 3N17A 3CHCA 1XHGA 2VT0A 5C8BB 4RE4A 2Y5EA 1W9BM 2ZXDA 3IANA 1LLOA 3WNPA 3OLIA 3BLPX 2CKRA 4UFMA 5IHRA 2JALA 1MYRA 3GZAA 4DWSB 3B9EA 1BGGA 1GCYA 2J74A 2XSAA 3W0KA 1Y7VA 1H09A 4JKMA 3CZJA 1E4IA 2CXGA 3S2CA 4MB4A 2EPKX 3ZJKA 1V0MA 1D3CA 1ZBWA 1KXVA 2XGBA 3VIJA 3BAJA 1TG7A 4X9YA 4CN1A 2ZX8A 2ZXQA 2QPSA 4MNLA 4IISA 1EIBA 2VZSA 4UQDA 4DUWA 1CENA 2FH8A 4C7FA 4URIA 3D5HA 1GPFA 3POCA 3FY1A 1W1YA 3RJXA 2WKGA 2FDMA 4Q22A 2VZTA 4Z2IA 1KXTA 3AIUA 3WD4A 4HOXA 1M7XA 2JEQA 2WW5A 2V04A 2WVVA 3CMJA 1QI4A 1V3MA 3ALFA 4CGTA 2TAAA 4KGLA 1HXJA 4UFJA 1BSIA 1NWRA 1VEOA 4U2YA 1F4AA 4GZJA 4H8VA 1XCXA 2XM2A 2WMJA 1HJWA 2DT1A 4JFTA 3O6AA 1CTNA 4AXNA 2E8ZA 1E43A 4UR9A 3PZVA 5BWFA 1M03A 5EMYA 5CGMA 1KXHA 1CNVA 3KL5A 5FIPA 4JFVA 4D6FA 2GUYA 2BVTA 3MUZ1 4PTXA 3WD2A 2DT2A 8CGTA 4GIAA 4OOUA 2OWCA 5CPTA 2DPEA 1W9PA 2W61A 1V3JA 3BAIA 4OJYA 5CLTA 3SUTA 2ZX7A 1QBAA 4UQCA 2OYMA 3L4VA 4PSRA 3T2PA 5CG0A 3OGSA 3GM8A 4QLJA 1WZMA 4D6CA 2A3BA 1OIMA 1TVNA 2VVNA 5CLWA 3WDJA 1BF2A 2Z1SA 4BZYA 1ZJAA 1V6XA 4K68A 5EFDA 1NWTA 1UWTA 1B3VA 2V38A 4CKQA 5A6SA 2D23A 3K8MA 5BYWA 4Z2GA 3VIFA 1OD8A 1X6LA 3NIYA 4V2XA 1B2YA 3S6TA 3W27A 1J0JA 1JFXA 4CVUA 1HP5A 2J7DA 3G6MA 3WNNA 3SCNA 1E71M 1C7SA 2E40A 3RM9A 4HU0A 4LYRA 1FOBA 3AIBA 1W3LA 2D0HA 3MMUA 3E1F1 5JUVA 1WKYA 5CXPA 2DIJA 4AMCA 1JAEA 1EO7A 3NSNA 1R87A 2RGLA 2CETA 3VX1A 1GVMA 2UY5A 1OT2A 3A6OA 2WMIA 2DSZA 2VI0A 2XVKA 1I1WA 2WANA 5I79A 2G3IA 4PTMA 1H3GA 2XTKA 3SUWA 1UKQA 1WB0A 1MQPA 2FGLA 4OKDA 5FKYA 3AMKA 1GOOA 1C93A 1C90A 2ZWZA 1E55A 3OIHA 2DSUA 4PTWA 4PTVA 1V0LA 3VIHA 3WH8A 2E3ZA 4E8DA 1BQCA 1FFQA 3K4AA 1KCKA 5A6AA 2QV4A 3MSDA 2FHBA 4D6JA 2W62A 3DYMA 1GJWA 1RPKA 3ZJ7A 3VGEA 1H11A 1VB9A 4AYGA 1E6ZA 2GVYA 3L2MA 3QHMA 5C70A 2RGMA 1WNOA 3WIJA 1VJZA 4NBYA 2VR5A 1CWYA 1GVIA 2Y24A 3CMGA 4LGXA 4HA4A 3T2QA 3I3EA 1EDGA 4W86A 3BAWA 2V3DA 3OGVA 3J7HA 4XUYA 4S3KA 3SCSA 3SUUA 2DGAA 2ZUWA 2GDUA 2G3MA 4EE9A 3ZSTA 2UY4A 2YL5A 4JL1A 2BVDA 4GINA 3MANA 1R8LA 2YL6A 4X36A 4UQAA 1NOUA 1SFSA 4DM2A 3I3DA 1Q4NX 4RE3A 3LMYA 1FH8A 4HPGA 4AYSA 1E73M 1TCMA 2YA2A 1BYAA 5DFAA 2JF6A 3QGVA 4PMXA 3RO8A 2WC4A 5LA1A 1NWSA 4HPHA 2ZE0A 3ZM8A 1J18A 2GFTA 1B31A 3WFLA 4UFIA 2NW0A 4PCSA 1TFVA 2PBGA 1V3HA 1FH9A 1OT1A 2X0HA 6CGTA 5BRQA 2O92A 2V5CA 1W1PA 5LYRA 1FFRA 4ZXOA 4HP5A 4BQ3A 2Q8XA 2D20A 4QP0A 1WDPA 1EQCA 2DT0A 2E0PA 1UR2A 4GZIA 1GONA 1CXIA 4MB3A 4M29A 2PI6A 1QNOA 1CXEA 3SUVA 4Z2LA 1P6WA 2C0HA 5AYBA 2XVLA 5BXTA 3CO4A 1JNEA 1AQHA 2XPKA 1CXHA 1ISWA 1CGXA 4UZUA 1UWSA 3EDKA 5A6JA 1NWUA 1IV8A 5DEZA 1UD5A 5KEZA 4KH2A 2YA1A 4A3YA 4B15A 3CUIA 3VM5A 1V3LA 4W93A 4MDOA 2F61A 4ZE5A 2O9PA 4AZCA 1WO2A 4P8VA 3W38A 4H41A 2OSXA 3EMCA 1J12A 1RH9A 4P7NA 1QHOA 2GJXB 1UZ4A 1GOIA 2ZUVA 2G7CA 1ZJBA 5D8WA 1JZ7A 1DHKA 4W5UA 1OBAA 1PBGA 2YIHA 1LWHA 2J75A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1R86 A;  4CN4 A;  1QNS A;  1JZ2 A;  1Z32 X;  3AIC A;  3GBE A;  3VIK A;  2AOS A;  4P7R A;  1J10 A;  1ESW A;  1EHN A;  4UOQ A;  3WBA A;  4JKK A;  4S3J A;  3WD3 A;  1HX0 A;  4ACZ A;  3L4Y A;  3ECQ A;  2BY2 A;  3A4X A;  3DYO A;  2EPL X;  1E40 A;  2VL4 A;  3VII A;  2WLY A;  2NT1 A;  1QHZ A;  1WAW A;  4UZS A;  1VF8 A;  2XVN A;  3RIK A;  5ABF B;  3U5U A;  1QBB A;  1H8G A;  4E4P A;  2XIB A;  4TX8 A;  1W91 A;  4TUF A;  4C7D A;  1JZ8 A;  2WWC A;  5CSY A;  3ARS A;  5JBD A;  1J0K A;  4UFK A;  4UNI A;  1W9V A;  1J11 A;  4QLL A;  4HTY A;  1UKP A;  1QOX A;  4W87 A;  3HMC A;  4CD5 A;  4JKL A;  4XX6 A;  5GNZ A;  4PEE A;  4U3C A;  3VIG A;  4QAW A;  3W82 A;  3PZN A;  4M80 A;  4HA3 A;  4BS0 A;  4PMZ A;  5A6M A;  2BHZ A;  1WPC A;  4W7W A;  2WBG A;  4CD4 A;  2CPU A;  1W3K A;  2V05 A;  1W1T A;  3AYS A;  1AQ0 A;  2GK1 A;  2WYS A;  3AZR A;  2DSV A;  2ZID A;  3ZT6 A;  4AIO A;  1H0I A;  1JXJ A;  2WVV B;  1ISX A;  2OLH A;  3WKZ A;  2QHA A;  3GXF A;  4PBG A;  2WSP A;  1JF6 A;  4RE2 A;  5I78 A;  4LQ1 A;  1UWU A;  1JYW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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