2WQP | Genus

Total Genus 116

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	116
sequence length	348
structure length	348
Chain Sequence	QNNNEFKIGNRSVGYNHEPLIICEIGINHEGSLKTAFEMVDAAYNAGAEVVKHQTHIVEDEMSDEAKQVIPGNADVSIYEIMERCALNEEDEIKLKEYVESKGMIFISTLFSRAAALRLQRMDIPAYKIGSGECNNYPLIKLVASFGKPIILSTGMNSIESIKKSVEIIREAGVPYALLHCTNIYPTPYEDVRLGGMNDLSEAFPDAIIGLSDHTLDNYACLGAVALGGSILERHFTDRMDRPGPDIVCSMNPDTFKELKQGAHALKLARGGKKDTIIAGEKPTKDFAFASVVADKDIKKGELLSGDNLWVKRPGNGDFSVNEYETLFGKVAACNIRKGAQIKKTDIE

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__018227702499204__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__018227702499204__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2WQP/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__018227702499204__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"018227702499204","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2WQP/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__018227702499204__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfdd0393af69c25ea16afe6/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfdd0393af69c25ea16afe6/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfdd0393af69c25ea16afe6/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfdd0393af69c25ea16afe6/pdb.gz): 1040 ms

reading 348 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

348 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 35 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:347});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Neisseria meningitidis
publication title	The Inhibition of Neisseria Meningitidis Sialic Acid Synthase by a Tetrahedral Intermediate Analog. pubmed doi rcsb
molecule keywords	POLYSIALIC ACID CAPSULE BIOSYNTHESIS PROTEIN SIAC
total genus	116
structure length	348
sequence length	348
ec nomenclature
pdb deposition date	2009-08-25

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF03102	NeuB	NeuB family
A	PF08666	SAF	SAF domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2wqpA01
3.90.1210.10	Alpha Beta	Alpha-Beta Complex	Type Iii Antifreeze Protein Isoform Hplc 12	Antifreeze-like/N-acetylneuraminic acid synthase C-terminal domain	2wqpA02

2B0MA 3L0NA 1U5JA 2H90A 1LBMA 3A23A 4AWSA 1OFEA 1X8FA 4AXKA 4UNKA 3CTLA 3LCWA 3NL2A 4O52A 2VEKA 3WJSA 2JK2A 3M5VA 4AB4A 1FX6A 4FNUA 3G3MA 3N2MA 3AO0A 5LNRA 3TXVA 1DVJA 4RZ4A 4WUIA 4IMEA 4DXVA 1S3HA 4O0KA 3PAJA 1WXJA 3W2KA 1B7KA 2E68A 2FTPA 3PBVA 4EIVA 2XN0A 2VFHA 3N9SA 2OMAA 3H55A 1YTKA 2RH9A 1PIIA 4NNBA 2BWGA 4RK8A 3S42A 3QRHA 1OYBA 3BARA 4ZVJA 2RDUA 1K03A 4L4LA 1FWNA 1LOQA 1H7NA 4BI5A 1IF2A 1GG0A 9MSIA 1IXNA 4O4VA 2QKFA 3B03A 1FCQA 3TSBA 3GAYA 2RKXA 1JUKA 4O53A 3F03K 4MOZA 3A21A 4UTTC 5FESA 4UC5A 3O07A 2G5WA 3IVUA 5DBTA 1V5XA 3LI0A 5FEPA 4NX0A 3W23A 4AWUA 3VFLA 3P84A 3TK7A 3VKJA 4GWEA 3L9CA 4IX2A 3SJ3A 1VRDA 4FB7A 4N4PA 1VQTA 3W74A 2VENA 4LC6A 1JCNA 5HR6A 3IGXA 2NXGA 2E09A 1W5MA 2QAFA 3H53A 2OT0A 4JTSA 4GRSA 5CGQA 2JGYA 3ATZA 3NQCA 3USBA 2Y85A 5E0KA 2YGYA 5DXXA 1C9DA 3HMJG 1OFBA 2EPHA 1EEPA 1TV5A 3UXAA 1LYXA 2YCEA 3VI2A 1I2OA 2DP3A 2X16A 4A21A 1LRQA 1PL9A 4IMGA 3CB8A 1VCGA 3S8HA 3A22A 4BI6A 4MKNA 1M7PA 4UTWC 4FX6M 4FNTA 4EOUA 3FYPA 1GOXA 2WV8A 1H7XA 4K37A 4MVAA 5K4XA 4O14A 3QMTA 1AG1O 1B3OA 4OQVA 2ZQ0A 2WSYA 4K7VA 4LRSA 4M6VA 1Q3NA 1Q45A 4I7WA 4GBUA 1LRTA 3GR8A 2VFIA 1U83A 2NXIA 3G0XA 2HTMA 1H62A 4TMCA 1W5NA 4UTJA 2GQ9A 5FF2A 3IIOA 4MY8A 1ZY9A 3I68A 5G1TA 3W2JA 2YW3A 5IBXA 4CCCA 1TO3A 1A5AA 1HUVA 1G4PA 4R53A 2ABBA 3PY2A 4AHOA 1GZIA 4IWWA 2YXGA 5I3GA 2ZZ2A 3A5VA 1DKWA 3CWNA 2Y61A 4ZZ9A 5C54A 5BW6A 3O15A 1W31A 2ZCGA 4ADSA 4NU7A 3W76A 3W7OA 1QDSA 3C6CA 5H91A 3T55A 3NVTA 4RXFA 5FF3A 1KM6A 1RZMA 5I3HA 4M7SA 3FEMA 2ZDRA 4UMBA 3LBCA 2HS8A 4JEQA 1DOSA 1XI3A 2RFGA 4YLWA 3GDLA 3NQGA 4M6PA 4O11A 1OFPA 1LZOA 4X2RA 3INPA 3WJYA 4GUFA 1I4NA 4WJEA 1NF0A 4TX9A 3PUEA 4JGDA 3TCEA 2WSQA 1X1ZA 3LLDA 3BG5A 2ZA2A 4FX7A 3QQ0A 3C3NA 4HSNA 4JTKA 2LLEA 5I3KA 4AF0B 1G4SA 3KVMA 2CLMA 2CLOA 5AFDA 1AMEA 1W3IA 3TNOA 2ZFAA 4HHPA 5HR7A 4N9EA 3PB2A 5F1UA 2GVJA 3CEUA 5AHEA 2X1TA 2G96A 1VCFA 3W83A 5FI8A 4YXGA 3MP3A 3P5ZA 2W79A 4QIUA 1IXPA 1TJPA 5CPOA 2Y62A 4QITA 3MYPA 4MZ1A 3RF9A 3S0CA 3G1SA 3V1PA 3NQVA 3BK0A 2FPYA 5KZMA 1P0NA 1TQXA 1UBSA 3O8AA 1G67A 1ALDA 4XKYA 1XC4A 3LCXA 2Q8ZA 3VCRA 3W7HA 1ZFJA 2E6AA 3W7DA 3HOJA 3MI2A 2AQWA 1K7FA 3MP4A 3NQ6A 4UXDA 5SWUA 1OPSA 3W1RA 2CLIA 3HGSA 1I45A 2FB2A 2V5LA 4AHPA 1OFRA 2NXHA 3M44A 3G1VA 2VEIA 3DHDA 1TPUA 3GXTA 3L5LA 3DFQA 3KVLA 4UCGA 5LGXA 3L5AA 1LRNA 3MMTA 4O54A 1FQ0A 3JRKA 3W2UA 1ZAJA 2QCMA 1JR1A 4JTFA 1JCYA 4Q4KA 5I3IA 5D2TA 2ZBTA 4LVDA 2EHHA 3Q58A 1FUYA 4P61A 3PVFA 3EKLA 4GUHA 3QH2A 3FFSA 4JR5A 1R30A 3W88A 3TUUA 2QJGA 1KFLA 3ZWTA 1DJNA 4GC4A 4N6FA 2V9DA 2WJZA 5C55A 3OVRA 7AMEA 3G0SA 2VEPA 2PCQA 4ZL1A 4M19A 3UWUA 3K30A 4N9CA 1RD5A 3L66A 4JDYA 1NFBA 3RFAA 1AW2A 3M1ZA 4IJBA 5F4SA 5D32A 3CQ0A 4PL2A 3W87A 1W1ZA 4O57A 4LC8A 2QF7A 2HMCA 3HGOA 3C2FA 2V82A 1VCVA 5AHNA 2ATMA 3OEXA 3CPRA 5AHFA 3RLUA 1T99A 1G4EA 1QAPA 2E1DA 5LGZA 7TIMA 1K8YA 4ADUA 1KLYA 3PULA 5HUPA 1K8XA 4PC8A 2QUUA 4WY0F 3MO7A 5F2LA 2A2IA 4N6EA 5D03A 1K7XA 3LXCA 5CSSA 1VLIA 1C8AA 4OGZA 3TV8A 1LROA 4JDBA 4C1LA 3BLEA 4O8RA 3MSIA 3YPIA 1SPQA 1H61A 2YFNA 3CT7A 3G1YA 3PG9A 1F76A 2YR1A 1CW2A 1H1ZA 1SQ7A 1VHNA 4HKPA 5HJLA 3NYZA 4LOCA 4DBDA 4JTIA 1FWTA 5G4WA 5C2XA 4AMAA 1H50A 1KFCA 3DFNA 1JRCA 1NF7A 3NQMA 5CSRA 5FEXA 3TW7A 1KTCA 1CI1A 1X6UA 3IEBA 1NSJA 1Q6QA 2VFGA 3B4UA 2Y70A 2WO5A 3NDOA 1E51A 4MLRA 5FEZA 1VC4A 2FQIA 2PE4A 2DZPA 4NJIA 3TC6A 3R5EA 3BGGA 4WY0A 2C15A 5BOOA 4Q33A 4WZHA 5CZJA 5J5DA 1QNVA 3CWOX 5CPNA 2E77A 4NJJA 4YCOA 3GZ3A 4MZ8A 3NQFA 4R33A 3SFKA 1A5BA 3GDRA 4HN4A 1I2PA 4OBTA 5D37A 5U4NA 3Q94A 2PURA 2TRSA 1H1YA 5AHMA 3I7QA 2FLIA 3G0UA 3MI6A 3M47A 1RQEA 2PRLA 1LORA 3W75A 5G5IA 1EA0A 1GPWA 1NEYA 3P62A 1ZALA 1IXOA 2H3BA 4CQ9A 2MSJA 4L4MA 5DCEA 2VXNA 5EMUA 2W6RA 2ZZ3A 1C89A 3GNNA 3W3OA 3PUOA 4I7VA 4O17A 3O05A 3MI3A 2FFCA 3EWXA 1VH7A 3FS2A 1GTEA 3P5YA 3IV3A 4FXSA 2ZZ1A 1RQBA 4UFJA 3BLFA 1ME8A 1J2WA 1SSGA 4JX5A 3R89A 4UTHA 4BI7A 3TAKA 3HG3A 3NR0A 3DH7A 2B7OA 4NQ1A 5E1QA 5FF0A 4RKAA 2VFDA 3ZWSA 2CLKA 4CQ8A 5CPLA 3LV6A 2X1SA 1SFLA 4MLJA 4UR4A 2EGZA 4FEZA 3I65A 1T8XA 3LV5A 2CFFA 3EXSA 2E5BA 1AL8A 1NVMA 3P81A 2QR6A 4QISA 2Q8LA 2ZRUA 2Q3RA 4HNVA 4S2CA 5BRBA 1CX9A 3SSJA 1KFJA 2I1OA 2ZRWA 1P5BA 1XBVA 4ZQRA 3WJZA 3P67A 1TYGA 3BG9A 4HNUA 2ZTKA 1LBLA 2BZNA 4K6AA 4KWVA 1FBAA 3LHTA 3IVTA 3T78A 4LW7A 3UQNA 2HSAA 1H63A 2OT1A 3JS3A 1AK5A 3B0PA 1F6PA 4QNWA 1TREA 2DZUA 3THQA 3TDFA 5BMWA 3E0IA 3UWWA 3W7JA 3GDMA 3KOFA 4UFLA 2J9YA 3G1DA 3W1NA 1JUEA 2WKJA 3WK3A 2PRMA 2GUUA 2DZTA 5LZLA 1PHQA 4O12A 2NUXA 2GOUA 3IIVA 3AMEA 3IVSA 1OABA 2O7QA 1LDCA 3W7EA 1OK6A 1HL2A 1KFBA 3NAVA 2AGKA 3T4CA 1OX6A 3M9YA 1EWDA 3CM4A 5DCBA 4QJ1A 4EVZA 1XDMA 1XM3A 4ML9A 4MFDA 1KM0A 3DFSA 4AMEA 3GNDA 4CNOA 5MHBA 1TTPA 4IXHA 3W85A 4UTTA 2CZ5A 2TPSA 4BR1A 4BK9A 3LXAA 3GB6A 4AEOA 3EX4A 8MSIA 1SO6A 2ZZ7A 1W5PA 5G2HA 1JRBA 1MZHA 1EKLA 5LNWA 1Z44A 2WNNA 2OZ0A 5EA9A 2VFFA 3M0ZA 4RZ6A 4DELA 1UUMA 1XXXA 3IIXA 5G2WA 5D05A 3QF0A 3A9IA 4UR6A 3NEVA 3NPUA 5CG7A 3LCIA 3B0UX 3G1AA 1A53A 3M5YA 3CIWA 2R8WA 3U6WA 1ZNNA 2VKZG 1YDVA 2GQAA 5KSWA 2QEZA 1JQVA 1L6SA 4UR7A 4K38A 1FCUA 3LOTA 3HG4A 6MSIA 2ZZ4A 4UTWA 3OVPA 1LP6A 1K7EA 1TV7A 2NZLA 2YW4A 4FNPA 3QW3A 2QCNA 3BVJA 2I9EA 3I7SA 3M5XA 3UY7A 3WK1A 1BEUA 4Y9AA 3PBWA 1ZCOA 4LVFA 3TH6A 4U28A 3T7VA 3P80A 3W6YA 3PSVA 1LOSA 1PV8A 4QSHA 3LTSA 4MFEA 5HWJA 2RHGA 5D2VA 4D2JA 2CZFA 1JCJA 1OF6A 3LM7A 1I2RA 2OCZA 2LX2A 1VYPX 3IIPA 3UZ5A 1K8ZA 1SZFA 4XZ9A 5HULA 2YZRA 2JBMA 3FJ6A 2XN2A 3TJXA 3W9ZA 3NG3A 3SGUA 3WK0A 1GVSA 1TPH1 3EWYA 1XUUA 3OBKA 4OV9A 3LCHA 3E96A 3NQ2A 4QAIA 4DBEA 2Y7GA 4PL1A 1UCWA 3LERA 3HGJA 3KFTA 4LT9A 3C2RA 1R2RA 3GLCA 1HTIA 1ZAHA 3W86A 3W72A 4XKYB 4MZYA 3GKFA 3QM3A 3C4UA 4NUWA 3O6YX 4H3DA 5G1YA 3GXPA 5KZEA 2NV1A 2HS6A 3GKAA 4N02A 1ICQA 4RJEA 2DZVA 4NJGA 4P2VA 3DZ1A 1QMLA 1MEHA 3C8FA 5HINA 2E5CA 3NPWA 2A0NA 1YPIA 4PA8A 4XUGA 1HO1A 1PCKA 1VR6A 5DN1A 3W1QA 1B9BA 5FF7A 5AOUA 3S1WA 4GXMA 1VYRA 5E93A 4MUZA 1QO5A 4FF7A 1A50A 4NXSA 2H8XA 6ALDA 2V2HA 1SO4A 4KFOA 1QOPA 2JKEA 2ZRXA 1L6YA 4K8HA 4WXZA 2CU0A 1GVRA 1QWGA 3STCA 5MSIA 3DI0A 1OVDA 3PWAA 1RQHA 3LTYA 4PFMA 3TSMA 4JN6A 2A85A 3EXRA 4A3UA 4N9DA 3FRNA 1H51A 4Z0SA 3KVJA 4WX2A 1JQXA 2R94A 1XBZA 2JKAA 4CNPA 2ZZ5A 3TSDA 3STFA 1JCMP 4K7YA 1OYAA 3W7LA 2CZDA 1XUZA 2I14A 3GDKA 1OFQA 4FX8A 3UPBA 3FYOA 4KFPA 1NAL1 4A2SA 1TJRA 4JY9A 5DY2A 1OFAA 4FNRA 4JIQA 3ABSA 3W1TA 3HO8A 1OHLA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2WQPA

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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