2J8FA

Crystal structure of the modular cpl-1 endolysin complexed with a peptidoglycan analogue (e94q mutant in complex with a disaccharide- pentapeptide)
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
338
structure length
338
Chain Sequence
VKKNDLFVDVSSHNGYDITGILEQMGTTNTIIKISESTTYLNPCLSAQVEQSNPIGFYHFARFGGDVAEAEREAQFFLDNVPMQVKYLVLDYQDDPSGDAQANTNACLRFMQMIADAGYKPIYYSYKPFTHDNVDYQQILAQFPNSLWIAGYGLNDGTANFEYFPSMDGIRWWQYSSNPFDKNIVLLDDEEDDKPKTAGTWKQDSKGWWFRRNNGSFPYNKWEKIGGVWYYFDSKGYCLTSEWLKDNEKWYYLKDNGAMATGWVLVGSEWYYMDDSGAMVTGWVKYKNNWYYMTNERGNMVSNEFIKSGKGWYFMNTNGELADNPSFTKEPDGLITVAE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Elucidation of the Molecular Recognition of Bacterial Cell Wall by Modular Pneumococcal Phage Endolysin Cpl-1.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteriophage cp-1
molecule keywords LYSOZYME
total genus 94
structure length 338
sequence length 338
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2006-10-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01183 Glyco_hydro_25 Glycosyl hydrolases family 25
A PF01473 CW_binding_1 Putative cell wall binding repeat
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.10.270.10 Mainly Beta Ribbon left handed beta-beta-3-solenoid Cholin Binding 2j8fA02
2.20.120.10 Mainly Beta Single Sheet Multimodular pneumococcal cell wall endolysin, domain 3 Multimodular pneumococcal cell wall endolysin, domain 3 2j8fA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2j8fA01
3G6MA 1EHAA 4KGLA 2DIJA 2PWGA 5A1AA 4HTYA 1HN1A 3GH5A 5CG0A 3CZKA 1R85A 4RE2A 2GDUA 2GJXA 2WVVA 3VIIA 2EPMX 5BCAA 2XWDA 3IJ9A 5A2AA 4AISA 2ESCA 1E40A 4AZHA 4X36A 1NWRA 3PZUA 5FCZA 1UD8A 4RE3A 3OGVA 1V6XA 2XFRA 1UQYA 2YL9A 1GOMA 3FXYA 1H11A 2G8ZA 3J7HA 4TX6A 1MQRA 4UQBA 2XGBA 3IANA 1WZAA 5LA0A 1O6IA 1QW9A 1PX8A 3CZJA 2WANA 2WWCA 1QNSA 1VEPA 2WCAA 2OYLA 2YJQA 2W63A 1V03A 2XM2A 1KXHA 1UH4A 1NH6A 1ISVA 3AJ7A 4HA3A 3WF3A 2XHYA 3G6LA 2E8YA 5I79A 2WLYA 3CHDA 4JHZA 4QCFA 1JZ2A 1GCYA 3VILA 3PZTA 3T08A 1JYWA 2ZXAA 4CN1A 2J8GA 2CYGA 3WUBA 4IPLA 5I3DA 1OIMA 3W26A 5A6LA 4C7GA 5A8PA 1B31A 3MKKA 2VX4A 3QGVA 3ARWA 1FH7A 2X8MA 1EXPA 3L4WA 1W3HA 2J75A 2VRJA 1G1YA 5A2BA 3TTYA 4MB4A 4XX6A 3VD4A 1CXHA 5HBFA 3VGEA 4TTUA 1E4IA 1TE1A 5GQBA 4HA4A 1H41A 1TMQA 2PI6A 5JBDA 3CUGA 3BH4A 1DWJM 3T0AA 1DP0A 4DWSD 4GQRA 4PEEA 4UQDA 3U7BA 1WZLA 3NSMA 4KRUA 3B9DA 1QOXA 5HOSA 3RCNA 1HJUA 4PUEA 1Q6DA 5BXTA 3M07A 3WDQA 2W61A 2C8NA 2WPGA 1B3VA 3RM8A 2IXUA 4D71A 3W28A 1H49A 3VDHA 4Z2LA 3ZJ6A 1GHSA 1JZ4A 1A3HA 3SCPA 4HMEA 1H09A 3AXHA 1MW1A 2V38A 4KMQA 3VINA 2D24A 3K1DA 1ISYA 1IZKA 2WMKA 1FH8A 5D9PA 2G3JA 2YA1A 1SFSA 5E70A 5A6AA 7TAAA 4URIA 2YBTA 3UETA 5A2CA 5IHRA 3A47A 3FW6A 3GDBA 3SEPA 3B9EA 3OLEA 1BYAA 3ARXA 4B15A 4MDPA 1TUXA 2V3FA 1US2A 1MW0A 3AYSA 3K8LA 1VFMA 2GJRA 3OBAA 3AXIA 4ZXLA 1Q6FA 1GHRA 2O92A 1EH9A 3WDIA 2ZX6A 4AD2A 2VL4A 5CPSA 3SUWA 3W6LA 2WNWA 3E1F1 2JALA 4TXEA 3B8SA 3M7SA 3WUEA 1IV8A 2OLHA 1KXTA 7A3HA 2WMJA 3LPFA 3WQ5A 3OIHA 3BSGA 1ZL1A 2VMFA 1WAWA 3WQ8A 4JKLA 4OOZA 1C92A 2ZX9A 1OB0A 1KBKA 4X9YA 2VURA 1UKTA 1B90A 2WBGA 1HVQA 3K4AA 3GM8A 4DM1A 3VD9A 1QHPA 3PZVA 2XFYA 3QOMA 3WL1A 3W37A 4H41A 1ZBWA 3DYOA 2ZUWA 1MXGA 2V3GA 1GZJA 1AVAA 3QOKA 5A6KA 3WDRA 3O9NA 3EDEA 1GJUA 3BAIA 3MSDA 3SCSA 2VR5A 3W38A 2O9RA 1J10A 1R7OA 3BLPX 1CXFA 4W86A 3FAWA 1W1PA 3CUHA 2DT1A 3MS8A 4AC1X 2XVLA 2Z1KA 4J3TA 1PX4A 1V3KA 4BQ4A 1UWRA 3KLLA 2NW0A 2J79A 2VQUA 4D6IA 4W7WA 1BHGA 4AWEA 4JIEA 4V2XA 3CZGA 3ALGA 4UR9A 4FK9A 1VEMA 4Z2KA 3VIOA 5JUVA 3NDYA 3CUJA 1PPIA 5C8BB 2ZUUA 4H7VA 5CGTA 5A69A 3K8KA 3DHUA 3KE0A 3II1A 3WUFA 2D0GA 4AMCA 4M82A 2ZUSA 3WNLA 4HOZA 4J3UA 2CHNA 2XWEA 4PMYA 1UR9A 3L4UA 4ZE4A 3W4RA 2VX7A 3S6TA 2X8RA 2JIWA 2ZE0A 4B9ZA 4TVCA 5CJ5A 2UY4A 4D1JA 3A4XA 2JF7A 2AMGA 2J7BA 4A4AA 2BNJA 4LYPA 5CXPA 7CGTA 1JZ5A 4PMQA 1I75A 2F6EA 1UA3A 3WQWA 4W7VA 3W24A 2CBIA 5GPRA 3ZOAA 3THCA 2J4GA 3GXMA 3OG2A 2CKRA 3AXXA 4UFJA 1ITCA 5CPTA 3T2OA 4HZ7A 4KWUA 3WNPA 1ZJAA 3K8MA 3NSXA 3B9AA 2UWFA 1Q6CA 1IZJA 4QAWA 2WHKA 1MW3A 3HJEA 3AS1A 3EDDA 4E4PA 1HKKA 2Y4SA 3CH9A 4JFWA 3GXIA 3GH7A 4KH2A 1V3LA 2WMGA 3BAYA 1Q6GA 1MQQA 4AW7A 2QF8A 3ZQ9A 1GORA 3AMCA 5A8QA 3ALFA 2WKLA 3VD3A 5BRQA 2D23A 1R8LA 4ACYA 1ODUA 2XG9A 2JE8A 3SURA 4NRSA 4W84A 1CDGA 4CCEA 2BY1A 4BQ2A 1UG6A 1ECEA 3WFLA 5I23A 4AEFA 3T0BA 3O6AA 2DSUA 3F5JA 3WEZA 3SUVA 2X8OA 2PWFA 5HXMA 3CPUA 1MFUA 3AZRA 3W82A 1MQPA 2J25A 1UR0A 4KRTA 1TZ7A 3S2CA 3PN8A 2E9LA 3BMVA 4TUFA 1GNXA 3GNOA 2EO7A 4MTVA 2E0PA 3PTMA 1HL9A 3MUY1 1SR0A 3TA9A 1UKPA 1U33A 1C7TA 4OBSA 1HP4A 5LA2A 4JCLA 1UHVA 4B3LA 2G3NA 2YA0A 1UUQA 1NOFA 3U7VA 1PZ3A 3BSHA 3UCQA 3ARVA 3VIHA 2ZUMA 2YL6A 1EIBA 3U57A 4U5IA 3WH5A 4GI6A 4AZCB 2Z1SA 4NC2A 1J0JA 4XUYA 3VOCA 2W62A 4JAWA 3PZOA 5JBEA 1DWIM 2W67A 2VQTA 1FFQA 4UFHA 3CMGA 3PZ9A 3CHEA 2B31A 5IFPA 4PSRA 3RMEA 4CD8A 2BHUA 3TTSA 2DPEA 1JNDA 3O2LA 5A8MA 3MUAA 1DTUA 4BF7A 2GDVA 3UR8A 3WDJA 1Y7VA 1QI0A 5GNZA 3L4VA 4JFVA 1LL6A 2QLYA 5A6MA 4X0NA 1JNEA 2ZX7A 2TAAA 2FHCA 2XIIA 3QR3A 4JL2A 1NOWA 1CBGA 1BAGA 3BMWA 2VVSA 1E70M 1PJ9A 2VVNA 4PTWA 4UFIA 1D3CA 4UZSA 3WBAA 3HU7A 3F5LA 3N17A 2GK1B 3PZIA 1E6XM 1FHDA 1B30A 1TA3A 4R5EA 4V28A 2WMHA 1KB3A 5ABFB 2OYKA 5DMYA 1DWAM 3WF1A 1E3ZA 1H4PA 3I3BA 2J78A 2V3DA 3CUFA 5D8WA 3BAJA 1VFFA 3PTKA 1E0WA 3T2QA 3VO0A 3BXWA 1OT1A 3GTNA 2DEPA 3HZ3A 3NSNA 1FOBA 2DH2A 1WE5A 1EO7A 3BC9A 1JFXA 1XSKA 3OGSA 2DSVA 4RL3A 2QMKA 4F79A 1KCKA 4W93A 3IK2A 3RJYA 2J7GA 2ZOXA 4J3XA 3WH8A 4MNKA 4ACZB 1E3XA 1V6VA 1J0IA 1VIWA 3AICA 3WBEA 5M5DA 4UQCA 5LYRA 3VKKA 1LL7A 4WKFA 4N0RA 1GQLA 1YHTA 1UD6A 4NC0A 3AI0A 4PCSA 4WSJA 4HMCA 3SCVA 3UESA 1S46A 2WHMA 3ZSSA 4J7RA 1WDRA 4W8LA 1KR0A 2V05A 3OGRA 4PCTA 4ZENA 3ZM8A 1HX0A 2DQXA 2FGZA 3OA5A 1OGGA 3WNOA 1VAHA 4QDMA 3NIYA 3IJ8A 4BA0A 4JFUA 1DWGM 2WMIB 4M81A 2ZXBA 4GO9A 3AIRA 2BV9A 1DWHM 2A3EA 1OSEA 2MANA 3CBWA 3EMQA 1DWFM 3CHCA 4QCEA 2XTKA 1QNRA 1F4HA 4LYQA 3MSGA 3W53A 3T0DA 2Y5EA 4HOXA 3GBDA 5CSYA 1E4NA 3M6DA 1UZ4A 3ZJ7A 2WZHA 3ARZA 3ZIZA 4Z2HA 1WB0A 5I5RA 2X0HA 4CKQA 1OINA 4H2CA 2VCBA 3EDJA 1E9LA 3TONA 1QI5A 1WKYA 1W32A 4EK7A 4B3KA 1E6PA 3ECQA 3ZJKA 1RH9A 2QJ6A 4CGTA 1L8NA 1CEOA 2XGIA 1GVYA 1ZS2A 1GOIA 4MB1A 1QI2A 1HXJA 3WH6A 4AD5A 1UOKA 3VU2A 1UKOA 1J9YA 2O9OA 3SCQA 5FOOA 4D1IA 5HDRA 1US3A 4BZYA 1X1NA 3TTQA 1ZB5A 4GI9A 4TX8A 1GVIA 2VUYA 2WC4A 2GUYA 4LYRA 4GXPA 5A8OA 4ZEPA 3NUKA 1HP5A 4AD3A 4NRRA 4PMRA 1JDAA 2BFGA 1WNOA 5AY7A 1DHKA 3VGDA 5IFTA 1UKQA 3FAXA 2F61A 2UY2A 6A3HA 2Q8XA 1KQYA 2BXZA 1Q4NX 5HPOA 1XC6A 4JFSA 1C91A 1BG4A 1SMAA 5E0FA 3N12A 2WK2A 4MAZA 1FH9A 4HPHA 1CGXA 3VIJA 2A3HA 2DT2A 5BYWA 3DYPA 4J28A 3VTRA 1J0ZA 1W9XA 1EDTA 4GI8A 1PAMA 4QLKA 2V5DA 2J7FA 2JF6A 3SCNA 1WO2A 1LG1A 3OZOA 2VOTA 5KEZA 4UFMA 3CZEA 2WM0A 2FH8A 1KR1A 2J8FA 4YN5A 3VDAA 1J0HA 5CSUA 3AYRA 2D1ZA 3VGHA 3WEMA 2G4FA 3WD3A 1CYGA 1E1FA 1W2PA 1UWUA 1JZ8A 5FL0A 3VUPA 2DSZA 1ZBVA 3AHZA 5CZKA 1V3IA 1KCLA 4JZ5A 3MMDA 5AC5A 4CD5A 3FN9A 2VR4A 3MV11 3VMOA 4DWSB 5AC4A 3DYMA 1G0CA 2A3BA 4NBZA 3CUIA 2GJXB 5CPQA 4HMDA 2G3IA 5CQ1A 2D20A 1QNQA 1W3LA 4Z2IA 3AMGA 2WB5A 2ZXQA 4ATLA 2OWXA 2PWHA 3VIMA 1W91A 2J62A 1E73M 1FHLA 3LPOA 3WUGA 3BAXA 2CERA 4D6JA 1H3GA 1VF8A 3ARSA 2CKSA 2V5CA 3AIVA 1VRXA 1W9PA 4WKAA 1C8YA 4BQ3A 3K4DA 5FIPA 1M01A 4U5KA 3AIEA 3N1AA 4W8AA 1UD5A 2DSKA 4NBXA 2Y2WA 4PMVA 2CCRA 2WHLA 1HF6A 2J7HA 1GOQA 4C7FA 1W3KA 5D9MA 2JIEA 3RJXA 2G7CA 1UR1A 4CN6A 1UA7A 1JXKA 4PMOA 4E2OA 1K9DA 4UQAA 3F5KA 3SCWA 3RDKA 1XD0A 3N13A 4OUEA 3RO8A 5LA1A 3GNRA 3GXFA 4AEEA 3WD1A 3L4ZA 4JKMA 3GBEA 5EFDA 1LWJA 1F4AA 3IAQA 4FF5A 3WQ4A 1FP8A 1JXJA 3QHMA 2XFFA 3WL0A 5A95A 4AY1A 3WD2A 5A8NA 3WN6A 1UWIA 2PF0A 2ZX8A 3D3AA 2VX6A 1EA9C 1CIUA 1Q6EA 1V0LA 5DT5A 3NCOA 4Q22A 3DECA 1XH0A 5IXEA 3KLKA 1KFWA 2CITA 1QI4A 4ML4A 3UG4A 4CUCA 4DM2A 4MB3A 1B9ZA 5AYBA 4AD0A 3KL5A 3U5UA 4GIAA 1BYBA 2WKGA 2AOSA 5GNYA 2ZUNA 3OLDA 4PMUA 2X2YA 1FFRA 3SCOA 1JZ3A 2RGMA 3SIMA 1UWSA 3RPMA 1XCWA 2WZEA 4WIWA 3CZ8A 1E5JA 5I2UA 1V0NA 1C7SA 3AZSA 3W0KA 3VD7A 1JI2A 4JKKA 1A47A 1HJXA 2QHAA 5E09A 3AIWA 1ITXA 4PTVA 1UR4A 4YHGA 1AMYA 3NYDA 3VD5A 2DH3A 3BGAA 2WYSA 1V02A 1QI3A 1VFOA 4HZ8A 1NP2A 4NZCA 1V0MA 1K9EA 1TG7A 2CHOA 2GK1A 2FHBA 1BF2A 3IJ7A 4YHEA 2YIHA 2EXOA 4BCEA 2X8PA 1CGTA 4H8VA 2NSXA 2JFEX 3WDPP 1GVMA 4D6HA 1MWOA 3WKZA 1FP9A 1K9TA 4UOJA 2HISA 2YKKA 2VC9A 4TVDA 2VZOA 4DUXA 5F7UA 2ZWZA 4AD1A 1JDDA 3PTQA 1ISWA 5BROA 1XH1A 2J47A 1UKSA 4H04A 3BAWA 1CXKA 3L4YA 1NP0A 4EE9A 3WIJA 3AHVA 4AIEA 5TD4A 4M56A 2CPUA 1LWHA 3VIGA 2E9BA 3W29A 5AYIA 2VJXA 5CLWA 2FH6A 3VNZA 2UY3A 1BGAA 5I78A 1CECA 4ACZA 3VMNA 2PBGA 3SUUA 3WQ6A 3WNNA 1HKJA 4H8UA 4OZOA 5M03A 2VT0A 3I3EA 1OM0A 1N82A 3UG3A 1JG9A 3RM9A 4PUDA 2D22A 1E15A 4FLRA 3LMYA 4U3CA 3U5YA 1UR2A 2HVMA 4C7DA 4AIUA 3WENA 1EO5A 4F9DA 1KWKA 2F2HA 3VVGA 4AD4A 4S3JA 5CLTA 2GJPA 1JZ6A 3N11A 4IISA 2WMIA 5GNXA 3VM5A 2CBUA 2WHJA 4AYGA 1QHOA 3L2MA 1BPLB 4MNJA 3A4AA 3AIUA 2RGLA 1K6AA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3G6M A;  1EHA A;  4KGL A;  2DIJ A;  2PWG A;  5A1A A;  4HTY A;  1HN1 A;  3GH5 A;  5CG0 A;  3CZK A;  1R85 A;  4RE2 A;  2GDU A;  2GJX A;  2WVV A;  3VII A;  2EPM X;  5BCA A;  2XWD A;  3IJ9 A;  5A2A A;  4AIS A;  2ESC A;  1E40 A;  4AZH A;  4X36 A;  1NWR A;  3PZU A;  5FCZ A;  1UD8 A;  4RE3 A;  3OGV A;  1V6X A;  2XFR A;  1UQY A;  2YL9 A;  1GOM A;  3FXY A;  1H11 A;  2G8Z A;  3J7H A;  4TX6 A;  1MQR A;  4UQB A;  2XGB A;  3IAN A;  1WZA A;  5LA0 A;  1O6I A;  1QW9 A;  1PX8 A;  3CZJ A;  2WAN A;  2WWC A;  1QNS A;  1VEP A;  2WCA A;  2OYL A;  2YJQ A;  2W63 A;  1V03 A;  2XM2 A;  1KXH A;  1UH4 A;  1NH6 A;  1ISV A;  3AJ7 A;  4HA3 A;  3WF3 A;  2XHY A;  3G6L A;  2E8Y A;  5I79 A;  2WLY A;  3CHD A;  4JHZ A;  4QCF A;  1JZ2 A;  1GCY A;  3VIL A;  3PZT A;  3T08 A;  1JYW A;  2ZXA A;  4CN1 A;  2J8G A;  2CYG A;  3WUB A;  4IPL A;  5I3D A;  1OIM A;  3W26 A;  5A6L A;  4C7G A;  5A8P A;  1B31 A;  3MKK A;  2VX4 A;  3QGV A;  3ARW A;  1FH7 A;  2X8M A;  1EXP A;  3L4W A;  1W3H A;  2J75 A;  2VRJ A;  1G1Y A;  5A2B A;  3TTY A;  4MB4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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