3CM4A

Crystal structure of metal-free sialic acid synthase (neub) from neisseria meningitidis in complex with malate
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
348
structure length
348
Chain Sequence
QNNNEFKIGNRSVGYNHEPLIICEIGINHEGSLKTAFEMVDAAYNAGAEVVKHQTHIVEDEMSDEAKQVIPGNADVSIYEIMERCALNEEDEIKLKEYVESKGMIFISTPFSRAAALRLQRMDIPAYKIGSGECNNYPLIKLVASFGKPIILSTGMNSIESIKKSVEIIREAGVPYALLHCTNIYPTPYEDVRLGGMNDLSEAFPDAIIGLSDHTLDNYACLGAVALGGSILERHFTDRMDRPGPDIVCSMNPDTFKELKQGAHALKLARGGKKDTIIAGEKPTKDFAFASVVADKDIKKGELLSGDNLWVKRPGNGDFSVNEYETLFGKVAACNIRKGAQIKKTDIE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal structure of metal-free sialic acid synthase (NeuB) from neisseria meningitidis in complex with malate
rcsb
molecule keywords Capsule biosynthesis protein
molecule tags Biosynthetic protein
source organism Neisseria meningitidis
total genus 119
structure length 348
sequence length 348
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03102 NeuB NeuB family
A PF08666 SAF SAF domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3cm4A01
3.90.1210.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Type Iii Antifreeze Protein Isoform Hplc 12 Antifreeze-like/N-acetylneuraminic acid synthase C-terminal domain 3cm4A02
1OX5A 4LRTA 1KW1A 1LBMA 4NUWA 7AMEA 2Y7FA 3S1WA 2RFGA 3NQ8A 1JRCA 1FCVA 4LV9A 3TXZA 3PBVA 1EX5A 1TV5A 3UXAA 3WJWA 1LDCA 2ZTKA 2QR6A 3MJYA 2QDHA 1OX4A 2SPGA 3LRKA 4JXCA 3LDVA 4LVGA 3EX4A 3LCXA 4ML9A 4R33A 1FWRA 1XBXA 1DJQA 5LGZA 2R94A 3LI0A 1TO3A 4O10A 2GJNA 4IMGA 3G1FA 4XKYA 3E0IA 4FIRA 4YCOA 1IXOA 3A24A 3LXAA 4EIVA 2FPVA 3TR2A 5F4WA 2CZDA 5KINA 1EKLA 3WK1A 3BK0A 1AW2A 4Y96A 1C9DA 3TSMA 4LOCA 2A6NA 4LS0A 4UMCA 3N73A 3TW7A 1QPRA 3GB6A 7TIMA 5I3FA 4WUIA 1H7OA 3PR2A 3M16A 4ADTA 4XUGA 1TTQA 4AVFA 3TQ0A 1Q3NA 1WAUA 5D37A 4LVAA 3EKLA 3TSBA 2A5HA 1W5NA 1OFDA 3M6YA 1OFPA 3P61A 5D30A 4J9JA 1UBSA 4O0ZA 3TH6A 1D3HA 5C6MA 3DFNA 3SSJA 3UZ5A 1PIIA 3M5YA 4O8RA 3PUDA 4DO6A 3G8EA 1VR6A 3NM1A 5F2IA 4ZQNA 3FA5A 5D2WA 1XCFA 3RLUA 2GVGA 3R13A 3TX9A 1B7IA 1OFBA 4KFNA 4NJIA 1VH7A 1OPSA 4Q32A 1GG1A 3C2OA 1HG7A 3DENA 3L5MA 3C56A 3W74A 3G24A 2BTMA 2PC4A 1JCMP 3IIOA 4RLIA 1EP1A 2FPTA 4OU1A 3W85A 2RDUA 3FYOA 1FY6A 3IV3A 3GR7A 3B0VC 1OF6A 3P81A 3R2GA 4LUIA 1X8FA 2LLEA 3GXPA 5CGQA 3OVRA 5KSWA 3W7MA 3HPZA 4TIMA 4UCGA 4Y8FA 3W7NA 2E6YA 1KFLA 3GIYA 4O53A 2QEZA 2QCEA 4UTTA 3W70A 2WPBA 5KZMA 1C29A 4MY8A 1SFLA 4N9CA 3RMJA 3NZ1A 3NQGA 2AAMA 5LHFA 4WX2A 4Z1DA 2WSQA 4S2BA 4N6EA 1O60A 4K6AA 2NV1A 4WY0B 1TJRA 4UMAA 5LKYA 1LOQA 3L21A 4ADUA 3STCA 3LERA 4UTKA 2V5BA 3N34A 3L2IA 4FNUA 4XTDA 5C2XA 3TC7A 2ZA2A 3G1VA 1YDOA 1LM1A 4JTTA 2ZZ3A 4UFLA 3W7IA 2C13A 5I3IA 4QM1A 4JTHA 4O4VA 2ISSA 3S5NA 4GXMA 2X1SA 1YLVA 1R2TA 1ICSA 5D05A 1ME9A 2XN0A 5SWUA 4UTIA 2VENA 5CPOA 5FESA 1B4EA 2NWRA 1KTNA 1GJPA 2CFFA 3OIXA 5FEWA 1TPDA 1H50A 1KLZA 4N02A 3S1VA 3BVJA 3HG5A 5AC6A 5KZEA 3P67A 3EB2A 1YPIA 2LX2A 1KFCA 1QOQA 2P1FA 3O06A 4EOUA 3GAYA 1OYCA 1L2UA 2B7QA 2F7FA 3GDMA 3QMSA 3MBFA 3P84A 1OHLA 3SW6A 3PG8A 2QJHA 4CNOA 1SO4A 2EAWA 1DKWA 5D2YA 4RZ4A 1YTEA 3LHVA 4WQ6A 3VKJA 6ALDA 1WDWA 3G1DA 2O7QA 4BR1A 1WBJA 1H7RA 5I3HA 3LLDA 4JYEA 3TQKA 4NT0A 1U5JA 3SI9A 3OVPA 2RDTA 4OQVA 3T4CA 1OFAA 3I6RA 3A23A 3W1PA 5F1VA 1PCWA 2C18A 2QCFA 4JTSA 2W79A 5AYXA 3KVKA 3ABOA 2DJXA 5LNSA 4OV4A 4XTIA 4ADSA 2E6FA 4FNQA 4N4QA 4UR7A 4KWVA 4E2DA 2NZLA 4JIQA 3F03K 4A2RA 1G67A 1JABA 2ZRWA 2NX1A 2Z6JA 5G1TA 1HL2A 1KM1A 2JKPA 1FWNA 5DBTA 4C1KA 1VC4A 4M6PA 4RZ6A 2XFWA 3TU9A 4BI7A 4N9BA 4PA8A 2V5LA 2J6XA 4DO5A 2CLLA 2WQPA 4R7JA 5K9CA 2FB3A 4DBEA 2YSWA 3GDKA 4U4MA 4PC8A 1PV8A 3CB8A 2B7NA 3HG3A 4AXKA 3SJ3A 3W7EA 5BNKA 1LBLA 1Q45A 3DFTA 2H3BA 4UR8A 2QUVA 2EGZA 3I7QA 3P60A 3W1MA 1J2WA 4M7SA 3LX9A 4NXSA 1N8FA 5DXXA 4WY0A 2E68A 1G4SA 1TPH1 2W0UA 1TPVA 3QW4B 3QJAA 5KMYA 3HG4A 5J5DA 5LGXA 5DN1A 1AL8A 4UTTC 5AC7A 8MSIA 5AYYA 4A3UA 2C15A 3LTPA 1ZAIA 4NNAA 5D33A 3JS3A 3W9ZA 4Y90A 1B57A 5K4XA 4N2YA 4M5PA 5F2LA 2WOQA 3LBMA 3B0UX 1FCUA 1JQVA 3MP5A 4LVBA 4KFPA 1TPC1 1X1ZA 1G4PA 2D73A 5AHFA 2WSYA 2KZHA 1W3NA 1TTPA 1UUOA 1V5XA 2A7PA 3T40A 4Z0JA 2ZA3A 3AO0A 1EWDA 1CI1A 1VQTA 2TRSA 2E5DA 1I4NA 3KHJA 3NOEA 4WJEA 1NFBA 1H1YA 4WOQA 1W3TA 5U4NA 1DOSA 6MSIA 3KVLA 2C3ZA 4EF8A 3C2EA 3UWWA 4O1CA 1K7EA 4FX6M 3BLIA 3S5OA 4UTUA 1WOBA 4S2CA 2QDGA 4NJGA 4LWWA 2VFIA 4ICNA 1R46A 3BLFA 3LV6A 3QEZA 3MI3A 5TIMA 1HO1A 4FEZA 5I3GA 4NJKA 4HN4A 4CNNA 2QKFA 3NGJA 1SFJA 3W2UA 1RPXA 4MZ1A 2B4GA 4TX9A 3DAQA 2ZRZA 3NQAA 4YXGA 4O54A 4NJHA 4RX0A 3F4NA 2V0TA 4GFSA 2DORA 3M7WA 5HJLA 2CWNA 4MLRA 1VCGA 3NQ2A 4GBUA 2G5WA 1T96A 2PRLA 4MY9A 2QAFA 2ZFAA 3B04A 3NLAA 5DCBA 3E12A 1PHWA 3QF0A 5DLCA 5HWMA 2VFDA 4MJZA 1AW1A 2YYUA 3HQ1A 4DF0A 3BW3A 3UXDA 3G3DA 3SGZA 2GQ8A 3HPXA 3L66A 3TQVA 4AF0B 3G0XA 4RR4A 3M47A 2J9XA 2I9EA 5G2IA 3S9YA 1K02A 3DHFA 4X22A 4QITA 1H7PA 2V2DA 1Q6QA 1FWWA 4CCEA 1FDZA 1LORA 1G6CA 3WK3A 3KRSA 2H3DA 3GKFA 5LNUA 1TREA 3W1LA 4TMCA 2ZRXA 2HS8A 4MKNA 2CLIA 3G8RA 3W7LA 1YXCA 1W0MA 1DV7A 4H3DA 3STEA 2JKEA 4JY9A 2DZTA 1HO4A 2QUTA 1RQBA 1PCKA 1I2NA 3NL5A 5G2WA 3LXCA 3NL2A 3OBKA 4CNPA 3TA6A 4O52A 3MUXA 4CQ9A 1G7VA 3W7RA 3EX2A 4LS1A 3P8IA 4JTEA 4AEOA 2X1UA 3W75A 4QQ3A 2OT0A 3P5YA 3GKAA 2YFNA 3IVSA 3LXBA 1H7XA 4MLJA 1I2PA 3WK0A 4AAJA 4A29A 1OYBA 4JYFA 1DBTA 1K03A 4O17A 3W87A 1QDSA 1XBVA 1FCBA 3M5ZA 3TNOA 3L65A 3UY7A 4NZJA 3IRDA 4ZQOA 3NPXA 4HT3A 2YPIA 4BI6A 2Y62A 1F5ZA 3BV4A 3D0CA 2ZRVA 3S1UA 3P74A 1TPEA 2Q8ZA 1OG0A 4GC4A 4A22A 4K38A 2BSLA 2R14A 3SIZA 1W56A 3IIVA 2Q8LA 5EPDA 5K9DA 3QFEA 4W9TA 4UMBA 3C2RA 4GUJA 1ICPA 4JX5A 1F76A 3NQFA 1EPXA 1M7PA 1W5MA 3MSIA 1TYGA 3BG3A 4HNVA 4FNTA 1FUYA 2NLIA 3T55A 3W1TA 3LHYA 3HGRA 3VNDA 2PRHA 3QRHA 1G7UA 4AWSA 5DCDA 1K7FA 1YADA 1LBFA 3NYZA 3QZEA 1WX0A 4JTJA 4NNBA 1UCWA 3AMEA 2J9ZA 1TRIA 3L0NA 3W6YA 1DQXA 3Q37A 3NO5A 3NA8A 1OABA 3WK2A 4EF9A 3S8HA 3QMRA 2CLFA 1H7WA 4FF7A 4IMDA 1F05A 3A5VA 1BKSA 1RR2A 4Z0SA 4O13A 1W5QA 4UR4A 1Q6RA 3R12A 1ML1A 3N19B 2R91A 2VFEA 3VI2A 1FBAA 3I7RA 3VCRA 1NEYA 5LZLA 4ZQCA 4XWUA 4UTLA 1GVFA 4UNKA 1A5AA 2XN1A 4AF0A 1L6YA 2X2GA 2A21A 5HQEA 3RNDA 2QCHA 2GOUA 2EHHA 2ISVA 3UWQA 1KM6A 4LS2A 3MYPA 3MMTA 1G69A 3NDOA 4KFOA 1IXQA 1KM2A 2WNQA 5FF2A 2ZYFA 4AHOA 3I68A 3R8RA 3GDRA 1WQ5A 3QPYA 1TIMA 8AMEA 2JGQA 4IXXA 5J5RA 1KFEA 3P8JA 3S5YA 2BZNA 3B8DA 5I3JA 2BX7A 3QW3A 4ORMA 1SQ7A 1QPQA 4NU7A 4Q33A 3GDLA 4UTHA 2IQTA 1UUMA 3MI6A 4AHPA 1AG1O 2HS6A 3W84A 1HUVA 2VEKA 3LHTA 5HUOA 3BPWA 5AHNA 1TTJA 3NQ7A 5AHLA 2YX0A 4RZ5A 3EWXA 5D2VA 3OA3A 2YYTA 3W2MA 2YGYA 2ALDA 2BXVA 3M43A 3NPWA 2ZQ0A 3BGJA 3ABSA 4UTWA 5CZTA 1OFQA 5CSSA 3HF3A 1XUUA 3NQEA 3EX1A 5D03A 3P62A 2X1TA 1MEIA 1W8SA 4JS3A 1P5BA 4O12A 6AMEA 1SUXA 4LRSA 2CZEA 1VJIA 3AJXA 1GOXA 5FF0A 5BW6A 3OEXA 5KITA 3KVJA 2FDSA 1K7XA 4IGHA 1D9EA 3FIGA 5U7SA 1IXNA 3IGSA 1QPOA 1H7NA 1BEUA 5CPNA 3W7KA 4HHPA 1Z41A 4HSOA 3C4UA 3BW4A 2DZUA 2A0NA 3QSTA 2W6RA 2ZZ2A 3SGUA 4GUGA 4EWND 2LX3A 4BF9A 3LGEA 1QPNA 1MSSA 3O6CA 2ATSA 4GUFA 1H61A 1YDNA 3W2KA 4TU1A 3A9IA 2A7RA 3C3NA 5HULA 5F4SA 1MSJA 3FYPA 2QCLA 4IUOA 2V30A 2ZZ1A 4K7YA 2PURA 4FX7A 2QAPA 2JGYA 2FJKA 1N55A 9MSIA 2X30A 1OYAA 1TPB1 1S5VA 1VYPX 2E5BA 3L9CA 3LTSA 3IVUA 1DVJA 1VRDA 2HMCA 5DY3A 1I8JA 4HKPA 1XKYA 1EB3A 4U28A 5K7JA 3NL3A 4GJ1A 5D04C 2A2IA 3DFPA 5K9XA 3W86A 4EVZA 4JIPA 4UUIA 1LYXA 1KDFA 1D3GA 1ZY9A 6TIMA 4FNRA 1A5CA 2DZSA 1GVRA 3PSWA 5FF7A 5G1YA 3G18A 1ME8A 1CX9A 4BWLA 5ABTA 2Y7GA 5L6UA 3UWYA 1AK5A 5EA9A 1JCNA 1LP6A 4Z08A 1B7KA 1T0OA 2ZBTA 2TPSA 3CWOX 1PVNA 1T99A 3PS7A 5CKSA 5HNRA 2MSJA 3KX6A 1THFD 2Z6IA 1SPQA 4LTSA 3SR7A 1YYAA 2ZRUA 5FEZA 3GZ3A 3SY5A 1F6KA 5K2ZA 4RXGA 3TC6A 3DI0A 3C52A 3CQ0A 3W1QA 1NVMA 3CIWA 3B05A 1R47A 1NF7A 1VGAA 3HBLA 5AHMA 2QCGA 2CZ5A 2X16A 4RK8A 3W3OA 1W54A 4JDBA 2WNZA 4A21A 3ZWTA 4FNPA 1XXXA 1S5TA 3L67A 3PY2A 3PC0A 3O07A 1YXYA 1X6UA 1W5OA 4LVDA 2A4AA 3NR0A 3TMLA 4WXYA 3MYOA 4XBKA 5H2ZA 2H8ZA 2Y63A 3FKKA 3GNDA 1W1ZA 1L6SA 4KWWA 3HIJA 4LC8A 3ATZA 1QNVA 2E09A 1GWJA 3KVMA 2YXGA 2QCNA 5AYZA 3W2NA 5BMWA 4DF2A 4JDYA 3NAVA 3CEUA 1EEPA 2V81A 1LTDA 1NF0A 1KM3A 4K8EA 1TV7A 1J4EA 3CLMA 1QAPA 2FQIA 3DI1A 1H51A 5F2GA 5FF3A 3EXRA 3NXFA 1M5WA 4IX0A 3GDTA 3R5EA 5EYWA 5F2MA 1YTDA 4UFIA 2ZCGA 5HINA 3S42A 5FEPA 4UTWC 1DQWA 2CLHA 3PVFA 4N9EA 3LLFA 5G5IA 3V1PA 3MBDA 4LVFA 1GTHA 4WXZA 5CZJA 4C1LA 3UNDA 1FXQA 3IIZA 4UFJA 2ZDRA 4JD4A 3O1NA 4HNNA 1KV5A 3TFCA 2CW6A 3G1SA 2ZRYA 3HPSA 1IGSA 4IOTA 1TJPA 3DGRA 4CCCA 4XQ6A 5AN7A 2NUYA 3FS2A 1ZHAA 3BW2A 1JCXA 1K8ZA 4P61A 2FTPA 1UCSA 3NEVA 4LY8A 5DCEA 4FX8A 3W76A 4CQAA 5EKYA 3UYCA 4QSHA 1XL9A 1A5BA 4WD0A 1N7KA 1TPFA 4QAIA 3P80A 1VCFA 4AB4A 1B3OA 4WY0F 1KV8A 4CQ8A 1VZWA 2YZRA 1SSGA 1VHNA 2QCCA 3PUOA 3QM3A 4NX0A 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 4K37 A;  3JR2 A;  1SSD A;  1VYS X;  2C0A A;  3FJL A;  4K8H A;  3MW7 A;  5K4Z A;  3RF9 A;  5D09 A;  3N9R A;  1HFB A;  1ICQ A;  1SO6 A;  3WFA A;  3G1X A;  3LB0 A;  2ZTJ A;  4MSI A;  3MHU A;  1GTE A;  1GZI A;  2E6A A;  3LHU A;  1P0N A;  3C0J A;  3F4W A;  3W07 A;  4QIU A;  2OX1 A;  4AMA A;  3QH2 A;  4M19 A;  3NNT A;  4PH6 A;  1VHC A;  3A5F A;  3NL6 A;  4POC A;  1LOL A;  1E51 A;  4HNU A;  3UWU A;  5A8G A;  4LW7 A;  1SZF A;  1OFR A;  2AGK A;  1IF2 A;  1KBJ A;  4PTN A;  3TKF A;  3NQV A;  3USB A;  1GPW A;  4N4P A;  1AW5 A;  4HPX A;  1I2O A;  4ZQP A;  3MWA A;  3EX6 A;  1TQJ A;  4Z1B A;  4H6K A;  1P0K A;  3W1R A;  1SZN A;  1XDL A;  5F1U A;  3S1X A;  2JK2 A;  4R34 A;  4OV9 A;  3EWW A;  1SR9 A;  1G4E A;  3M5V A;  4HSN A;  3PG9 A;  1RQH A;  3QC3 A;  5C55 A;  4MPQ A;  3M44 A;  1FDY A;  4WOZ A;  3LCW A;  3C8F A;  3LCI A;  3EWY A;  3BGG A;  3BLE A;  1VCV A;  3G3M A;  3E9A A;  2NV2 A;  1RD5 A;  4DPQ A;  2GQ9 A;  4ALD A;  2WSR A;  2I14 A;  2V82 A;  1LRQ A;  4OWG A;  1BTM A;  9AME A;  1XDM A;  3LHW A;  3MP3 A;  3LI1 A;  2YW4 A;  3JRK A;  4HPJ A;  3W2J A;  3HB9 A;  4HNT A;  3RFA A;  5E0K A;  4FIQ A;  4WZH A;  2Y6Z A;  3NQD A;  1H62 A;  4UFH A;  3ZR4 A;  3UZJ A;  3CT7 A;  1JUE A;  2H8X A;  5CG7 A;  3DU0 A;  5IM5 1;  5EMU A;  4NXK A;  4JX6 A;  2WO5 A;  1Z48 A;  2QJG A;  3CU2 A;  2JKA A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1EP1 A;  2RDU A;  2PLC A;  3IV3 A;  3B0V C;  3GNR A;  3WQ5 A;  3T0T A;  1X8F A;  2LLE A;  3GXP A;  2ZX7 A;  4C90 A;  4O53 A;  1XYM A;  4UTT A;  3W70 A;  1QW8 A;  3D47 A;  4DM2 A;  3H7R A;  2HCV A;  1AZ2 A;  1E72 M;  1GOI A;  1RA0 A;  2WSQ A;  4FXF A;  4GYF A;  2YB4 A;  4N6E A;  4QQU A;  4UMA A;  3L21 A;  3WIJ A;  4FNU A;  1BG9 A;  3VC5 A;  5C2X A;  3SQM A;  5HDR A;  4JTT A;  4UFL A;  2C13 A;  3IAC A;  4E6M A;  4CU8 A;  1JYX A;  2HVN A;  2X1S A;  3VA8 A;  1YLV A;  1B4E A;  1YEY A;  1KTN A;  2P50 A;  3PPF A;  5FEW A;  2G41 A;  1KLZ A;  2WHK A;  4N02 A;  3S1V A;  3BVJ A;  4QDM A;  2FMN A;  1SVD A;  1DE6 A;  3RCM A;  5AC6 A;  3U0H A;  2OR2 A;  1YPI A;  2PD9 A;  4LAN A;  1E5N A;  1YE6 A;  3WH5 A;  1YX1 A;  3VPL A;  4GG9 A;  2O9P A;  4HMD A;  3GAY A;  1CEN A;  2B7Q A;  1W9B M;  3THD A;  2WJF A;  4H9V A;  3T8L A;  3PG8 A;  2OEJ A;  4CNO A;  2V3F A;  1IWA A;  2EJA A;  1Q6D A;  4RZ4 A;  1D2K A;  2VX7 A;  1D8C A;  1TJ1 A;  2WPG A;  4F3H A;  1AQM A;  3VKJ A;  1XII A;  1XYC A;  3G1D A;  2O7Q A;  1WBJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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