The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
46
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sequence length |
223
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structure length |
223
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Chain Sequence |
SENYALTTNQGVRIADDQNSLRAGSRGPTLLEDFILREKITHFDHERIPERIVHARGSAAHGYFQPYKSLSDITKADFLSDPNKITPVFVRFSTVQGGAGSADTVRDIRGFATKFYTEEGIFDLVGNNTPIFFIQDAHKFPDFVHAVKPEPHWAIPQGQSAHDTFWDYVSLQPETLHNVMWAMSDRGIPRSYRTMEGFGIHTFRLINAEGKATFVRFHWKPLA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Characterization of a Large Subunit Catalase Truncated by Proteolytic Cleavage(,)
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Oxidoreductase
|
source organism |
Escherichia coli
|
molecule keywords |
catalase HPII
|
total genus |
46
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structure length |
223
|
sequence length |
223
|
chains with identical sequence |
B, C, D, I, J, K, L
|
ec nomenclature |
ec
1.11.1.6: Catalase. |
pdb deposition date | 2004-12-28 |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | ||
Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | Arc Repressor Mutant, subunit A | ||
Mainly Beta | Beta Barrel | catalase hpii fold | catalase hpii domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1YE9 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2ME6 A; 3BG5 A; 5HS8 A; 2V7F A; 4NXN M; 1IC8 A; 2D5V A; 1ZGJ A; 4L8R C; 2LC2 A; 2CFO A; 2R62 A; 1SFU A; 2E1C A; 1TL8 A; 2ELJ A; 2M0C A; 2QF7 A; 3GQ3 A; 2CSO A; 2CW8 A; 2MH2 A; 1XGN A; 2CW0 F; 3CCJ I; 4IBE A; 2HOA A; 1YS7 A; 3HGY A; 2EZH A; 4LJZ F; 3IH2 A; 4RM2 A; 3SDG A; 1JI8 A; 3KVW A; 3F21 A; 2XAQ A; 1VTN C; 5AIQ A; 4LGM A; 5BPI A; 2WV0 A; 2KIS A; 4BGD A; 2KLO A; 1NV9 A; 4JYK A; 1ORY B; 2EPF A; 1WVR A; 4Z2Y A; 1V92 A; 1YX5 A; 2XEP A; 1WH5 A; 3TED A; 2HOT A; 3TWL A; 5IZ7 D; 1MMD A; 1QO0 D; 4QWQ A; 1F43 A; 2E19 A; 1JXS A; 1Y8G A; 5F3W A; 2ECB A; 1MZB A; 2OBP A; 3G2B A; 3DPT A; 3U2R A; 4I6Z A; 3TMO A; 3B7Z A; 3GME A; 3U61 B; 2Z8Y M; 5EEA A; 3S14 J; 2QZ8 A; 4W1U A; 5FKL A; 4LF7 M; 3DZD A; 4MGY E; 3BPV A; 2VUM J; 2EIM H; 5F6F A; 4LJ4 A; 3W3C A; 2HTJ A; 2I10 A; 3DTE A; 4EMS A; 1WJE A; 4LB5 A; 2LOO A; 1YI2 I; 3R8F A; 1XSD A; 4XBO A; 1OPC A; 1ZLJ A; 4NC8 A; 5FLX K; 3RGP A; 5ITY A; 3J81 Z; 3J7A O; 3SMP A; 4E7K A; 2D7G A; 2EFP A; 3QPL A; 2LK2 A; 1B6A A; 2EFQ A; 1OFH A; 3G6E I; 1VI0 A; 3J7A Y; 5FTL A; 1SAN A; 4RAZ A; 5KO3 A; 4A0X A; 3ZN0 A; 4BEH B; 1B72 B; 2NVQ J; 4A3C J; 4WXC A; 1P2F A; 2DTZ A; 5IWA M; 3HOU J; 2BY3 A; 3GTL J; 1A6I A; 4BB9 A; 1QPM A; 3FXK A; 3SZG A; 4G6D A; 4HLY A; 1P9Q C; 3CJQ B; 3FK6 A; 4FHT A; 1HBX G; 2UUB M; 4CZC A; 3GTP J; 5F0F A; 3FDY A; 3I0T A; 4B43 A; 2XAS A; 2JZY A; 3DQV C; 5LBQ A; 1IUY A; 2JVG A; 5H6Q A; 1LE8 B; 2ZME A; 3GLH A; 5HS9 A; 3LW5 F; 4FCT A; 4KDP A; 3BOS A; 3QU6 A; 4A5N A; 2H09 A; 3H0D A; 2K02 A; 2R93 J; 1YG2 A; 5M5W J; 6PAX A; 2O8K A; 3ISP A; 1F4I A; 3JRH A; 2JA7 J; 3VEP A; 2MJ5 B; 4H4K C; 1TGU A; 3JRG A; 2X1C A; 2KNZ A; 5E6J A; 3GYH X; 3RGS A; 1VQ4 I; 1PJI A; 3M8F A; 3CLQ A; 2JUC A; 3M6A A; 2FQ3 A; 2BWE A; 3PXG A; 2COB A; 3H92 A; 4PSX A; 5IP6 A; 4B44 A; 4E6K G; 1R6R A; 2JK3 A; 3HPH A; 3OR2 C; 5E1Z B; 4Q47 A; 2RAE A; 4M72 A; 1VF9 A; 1Z7L A; 3L2C A; 2DJI A; 1G59 A; 4PZJ A; 2E36 A; 4ZDP A; 1G2H A; 3T15 A; 3HU2 A; 3C7J A; 4X6A J; 2O25 A; 1PP7 U; 1ZMU A; 1D0M A; 3CF2 A; 3GFI A; 2HL7 A; 2HHH M; 1O3S A; 1JR3 A; 1TT0 A; 3TOB A; 2KDL A; 1V5G A; 3SEQ A; 1RET A; 1WRJ A; 1H9G A; 4GHL A; 1EH8 A; 3JTG A; 1SVL A; 3L29 A; 1N32 M; 3CCV I; 4ZYG A; 1X4O A; 2OD5 A; 1W7P D; 1YE9 A; 2DWZ B; 1XMQ M; 2XKO A; 5HDN A; 4QSH A; 1FPQ A; 2H1L A; 5J47 A; 2UUZ A; 4V2F A; 4ON0 A; 3MKW B; 2IP2 A; 3FMS A; 4C30 A; 1XN7 A; 3OR1 C; 3F8B A; 1EKE A; 1XX5 A; 3KP5 A; 4ZYD A; 2M30 A; 5L3E A; 4GEW A; 4XK8 F; 1ORK A; 2Y9Y A; 2ISY A; 4DV7 M; 4P9U A; 5DD8 A; 3LVV A; 4NQW B; 3V7S A; 1YJW I; 4NRV A; 3SC3 A; 3V8K A; 1GLN A; 2QVO A; 1Q02 A; 3HOT A; 2CP8 A; 2M60 A; 2BOL A; 2MYS A; 5J8F A; 4L4U A; 1AHD P; 1I1G A; 1R4N B; 3OS2 A; 2HQA A; 1SFK A; 2KRK A; 3TQS A; 3IV5 A; 3M3Y J; 1E9S A; 4KOD A; 3W0L B; 1QUS A; 1X3U A; 5BPD A; 4WF2 A; 3AG2 H; 3CLO A; 3THG A; 1KYW A; 2ZXW H; 4RMN A; 1ON2 A; 3K6G A; 1B59 A; 2M5W A; 3K92 A; 2GOM A; 4AD9 A; 3L09 A; 3U6S A; 4D1Q A; 1FTZ A; 1G41 A; 4JN6 A; 2VB6 A; 3TGN A; 2L4A A; 2LTP A; 1FIP A; 2V6C A; 3OYG A; 4RB3 C; 1N75 A; 4I2O A; 3Q9V A; 3RZD J; 4DYR A; 2CQQ A; 2A69 F; 2VJI A; 4DQ2 A; 3L2A A; 1NHG C; 3O8H A; 1IY0 A; 1O7L A; 1PDN C; 2PI0 A; 3C3E A; 3FYC A; 3MJ5 A; 3J80 S; 4DV6 M; 3BTL A; 1HDD C; 4M9Z A; 5IP9 J; 3GLH E; 1NHA A; 1Z3X A; 2Q2E B; 3ASO H; 2NXN B; 2J5P A; 4L0Z B; 2DWM A; 3DBR B; 5LHG A; 1AIP C; 4R79 A; 1YS6 A; 2QKL B; 4XM3 A; 1Y6I A; 3K1P A; 5ICG A; 5FLV A; 2XB5 A; 2JPC A; 3WHC A; 1AKH B; 2P5T A; 2J7N A; 3AAF A; 1ZMV A; 1IBM M; 2ISZ A; 1VEG A; 3VYT B; 1KON A; 1OKR A; 1TLH B; 1H88 C; 2AQF A; 2K5C A; 4II3 A; 2D7E A; 1QVU A; 1OAI A; 1L2D A; 3A01 B; 4HQE A; 2GA2 A; 4RAG A; 1A5T A; 2NS7 A; 4BAY A; 4RBO A; 3ZH9 B; 2I7P A; 2VXZ A; 4MFE A; 4KLN A; 5IYD J; 3HTU A; 4HF2 A; 4KIT B; 4CHU A; 3U61 A; 4IRH A; 1PUE E; 3CC4 I; 5KPT A; 1EF4 A; 2H27 A; 1TQM A; 1SXJ B; 1T08 B; 2EV6 A; 5LHI A; 3DFZ A; 4IHS A; 2K9D A; 3P9K A; 3OY9 A; 1Z7U A; 3JW4 A; 2VOP A; 1D8K A; 2XRL A; 5EF6 A; 1JR3 E; 4RGS A; 2ICW G; 1U78 A; 5HS7 A; 1LVK A; 2NRA C; 3KE2 A; 2BZT A; 4GCV A; 1J0R A; 3CES A; 2XRO A; 3DF8 A; 5FTM A; 1GVN A; 2X0L A; 2EKF A; 4OOI A; 2L7K A; 2OZ6 A; 2PN6 A; 3VK7 A; 2CO5 A; 1PUF B; 4BEH A; 1TWF J; 4BQN A; 3HRU A; 2X4H A; 2JZ0 A; 3C9P A; 5TRD A; 1YRN B; 1Y8R B; 2KJB A; 2WV1 A; 5GAD J; 2VON A; 5FRO A; 2ZME C; 1QDT A; 1WPK A; 1P3Q Q; 5FLX Z; 1R4M B; 1RKW A; 3JCU C; 2HPM A; 1R9T J; 4XBF A; 3KDS E; 2C9C A; 2HDD A; 4J00 A; 1ZRF A; 2GLO A; 1ACI A; 1O3R A; 1WJ7 A; 2FH0 A; 4DV5 M; 3K9T A; 1KSF X; 4MLO A; 3RZO J; 1ZGA A; 1FEX A; 4XLF A; 3IG8 A; 4ENM A; 5E79 C; 2MA3 A; 1SFO J; 3SAT A; 1ONV A; 1O3Q A; 2H94 A; 1LE8 A; 1VQ7 I; 4QOZ C; 3W67 A; 5FB2 A; 3DBH B; 4HV5 A; 5J1R A; 1R7J A; 2OUM A; 5KAI C; 1PJR A; 1UFM A; 2XZF A; 3RCO A; 3JR5 A; 3A42 A; 1YW9 A; 2Y9Z A; 3H4J A; 3E6D A; 4IZZ A; 5E1X A; 5LLQ A; 1I6X A; 1UM8 A; 3FX3 A; 3HPG A; 4KIF A; 2MH8 A; 2CRU A; 4M3D A; 1PM5 A; 2BJW A; 2K9L A; 2K3F A; 2LRE A; 5C3E J; 3O8G A; 1WI9 A; 3QAU A; 1MBF A; 4DR7 M; 5EYR A; 3I58 A; 1APL C; 5JVG F; 4BHB A; 1KU2 A; 2LG4 A; 2UXD M; 1UG2 A; 5LRR A; 2X6Y A; 3E6B A; 3T6P A; 1CF7 B; 1NG6 A; 1TH3 A; 3RPU A; 5D4R A; 2CG4 A; 3MCZ A; 1N34 M; 2E5Z A; 1OFC X; 5H20 A; 5E17 F; 3HOX J; 1HDP A; 1T0F A; 4RKU F; 3OYN A; 3I4V A; 1MBG A; 4S05 A; 1ZTR A; 5DNY A; 1Q1H A; 3FXL A; 3FUV A; 2W4S A; 4BKX A; 2O6G E; 1JTX A; 2GXG A; 4QLC U; 5L3G A; 3PQJ A; 1ZAO A; 4G6Z A; 1OIS A; 1QPI A; 4OMY A; 1P4W A; 4HA8 A; 4X65 M; 4IBI A; 1ZG5 A; 3HZJ A; 3R9X B; 2EH3 A; 5CQE A; 4M0W A; 3DV8 A; 5L3B A; 1J7K A; 1TZL A; 2K3P A; 2Y21 A; 4JOM A; 3E5Q A; 1XDU A; 4Y4R A; 3IUO A; 3L28 A; 1IQP A; 1W36 D; 1BBY A; 4HNU A; 3JRI A; 3IG5 A; 1TTY A; 3BR6 A; 2NVX J; 2RRE A; 1UAA A; 1SFE A; 2ZFU A; 4NQW A; 5F1J A; 3VDX A; 4KN4 X; 3BCB A; 2P4W A; 4C9Y A; 1FMV A; 5IY5 H; 1JKO C; 3I3L A; 3RKX A; 3CCY A; 2K9M A; 3E97 A; 2PX9 A; 3J7Z I; 3MWM A; 4M74 A; 3KW6 A; 4X64 M; 2VBY A; 1BW6 A; 5D5W B; 2LF7 A; 3BRO A; 3FM3 A; 3LL7 A; 3FHZ A; 3OSF A; 4P9F A; 4O3M A; 2ZXI A; 3VYU B; 1WJD A; 4Y52 J; 3GTQ J; 3PQK A; 4II2 A; 1QZM A; 2WA0 A; 1DDN A; 2H8R A; 4DGW B; 3BLY A; 5LEJ A; 4L0Y B; 2LYC A; 4PD2 A; 4EVI A; 2VPL A; 1SVO A; 4U7D A; 3FIW A; 4YIF A; 5M3M J; 2KXE A; 3ABL H; 3PNV A; 3HKP A; 3GQ4 A; 2ZAO A; 2RDP A; 5KAF C; 2FUG 2; 3GRU A; 5C4X J; 1XCV A; 3PL8 A; 2QUF A; 1H0M A; 1BC7 C; 1MBE A; 4YRV A; 2KIM A; 2L02 A; 3J7B A; 2XF5 A; 1XDS A; 2YR0 A; 2YSR A; 4LF4 M; 4ZC3 A; 3RSN A; 5EGO B; 3Q0V A; 3I53 A; 4IBJ A; 4F3Q A; 1ZV1 A; 2HOE A; 5M3F J; 1RUO A; 2Q2E A; 3GF2 A; 3C58 A; 5ED4 A; 3EUH A; 3K4J A; 2LH9 A; 4NSR A; 1IBL M; 2DZN B; 4ENK A; 3TL4 X; 1AKH A; 1X37 A; 2X85 A; 4DBG B; 3ABM H; 4CA0 A; 1NJG A; 3DA1 A; 3GZN B; 5L8R F; 1MBK A; 4EJU A; 3BTI A; 1MMG A; 4AI6 A; 4J19 A; 2ESN A; 4GC9 A; 4OVZ B; 3TDU C; 4BNC A; 3PO3 J; 1LEB A; 2GAU A; 3CDH A; 3B73 A; 1XMK A; 3A01 A; 5ITU A; 3IRQ A; 3FXO A; 3C18 A; 4P5O A; 1NHW C; 3SHG B; 1UHW A; 2Z33 A; 3HOY J; 3FD9 A; 1OQY A; 1T6S A; 4DUZ M; 2OPT A; 2O03 A; 3T5X A; 2DCE A; 4HSR A; 5F0C A; 3LSJ A; 2YNM D; 4E70 A; 1SXJ A; 1I3Q J; 1RR7 A; 4KT6 A; 1V5E A; 5HLI A; 3JAM S; 1FYK A; 4HLQ A; 2LH0 A; 2TRT A; 4EAT A; 1SFX A; 3JSO A; 1QAQ A; 5C1B A; 1H6U A; 3CDL A; 4A3E J; 4MGK E; 2EZL A; 4EJV A; 4HW0 A; 3GPX A; 3C2H A; 1QZE A; 4FVM A; 4MIM A; 4WXD A; 3CCR I; 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2R0I A; 3QPH A; 2MGQ A; 4II7 A; 5DCM A; 1EFU B; 4PDI A; 1Z91 A; 2VL8 A; 3IH3 A; 3CQZ J; 1F4K A; 3S2H J; 1TNS A; 5CVJ A; 2B9S A; 1CF7 A; 2KIU A; 3TKY A; 1UEL B; 2HKJ A; 2XHK A; 3F23 A; 2HYF A; 3IRR A; 2XAH A; 3I4M J; 2FOW A; 1NNU C; 2DHR A; 4HNT A; 1JUM A; 2MLG A; 2X9D A; 1XSV A; 3LA2 A; 1Q1V A; 3SXY A; 1YQA A; 2L7I A; 3K4N A; 2YU9 J; 3RKW A; 2DAK A; 4E7J A; 3J81 K; 3VB2 A; 3B7N A; 3FMR A; 2HYJ A; 3Q5F A; 2DFH A; 1HQC A; 1D1C A; 1U8B A; 1FOK A; 4CIC A; 2Y0T A; 1X2M A; 3FTF A; 2M4G A; 4U87 A; 3RJP A; 1WSU A; 2W00 A; 4PFP A; 1DU0 A; 3CUQ A; 3UGJ A; 3UNG C; 4LZJ A; 4M0D A; 1ETX A; 3T38 A; 2K9S A; 1WGL A; 3MN2 A; 4H0E A; 1Z6T A; 4DV3 M; 1SXJ E; 4BY1 J; 4PFO A; 3ULQ B; 4W97 A; 2G3Q A; 2K85 A; 2X1D A; 2O61 A; 3QYF A; 1J75 A; 4F92 B; 3ZPL A; 1ZAR A; 3KPH A; 1JGG A; 3D5L A; 3I51 A; 4UVC A; 2DAI A; 3BOQ A; 4FIS A; 4RS8 A; 4M73 A; 1S7A A; 3QPS A; 4BDZ A; 5IT9 K; 7CAT A; 1WHC A; 4IJA A; 5CVU A; 2OJE D; 4R3D A; 3CMA I; 4RF0 A; 3PJR A; 2CWB A; 4YFX F; 2EZK A; 1Z77 A; 2K47 A; 2DOA A; 2VIX A; 3LWF A; 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