The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
98
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sequence length |
339
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structure length |
338
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Chain Sequence |
SLFRQSFLTDTLDVHIVAPAEQVLSNGVQLKLYQRGVLEVIPENPTQETKNIIISCGIHGDETAPMELVDSIIKDIESGFQKVDARCLFIIAHPESTLAHTRFLEENLNRLFDEKEHEPTKELAIADTLKLLVRDFYQDTEPKTRWHLDLHCAIRGSKHYTFAVSPKTRHPVRSKALVDFLDSAHIEAVLLSNSPSSTFSWYSAENYSAQALTMELGRVARIGENALDRLTAFDLALRNLIAEAQPEHLSKPCIKYRVSRTIVRLHDDFDFMFDDNVENFTSFVHGEVFGHDGDKPLMAKNDNEAIVFPNRHVAIGQRAALMVCEVKTRFEEGELVYD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
X-ray structure of succinylglutamate desuccinalase from Vibrio Parahaemolyticus (RIMD 2210633) at the resolution 2.3 A, Northeast Structural Genomics Target Vpr14
rcsb |
molecule tags |
Hydrolase
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source organism |
Vibrio parahaemolyticus
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molecule keywords |
Succinylglutamate desuccinylase
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total genus |
98
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structure length |
338
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sequence length |
339
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chains with identical sequence |
B
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ec nomenclature |
ec
3.5.1.96: Succinylglutamate desuccinylase. |
pdb deposition date | 2005-10-19 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
A | PF04952 | AstE_AspA | Succinylglutamate desuccinylase / Aspartoacylase family |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Beta | Beta Barrel | OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) | OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) | ||
Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Aminopeptidase | Zn peptidases |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4OME A; 2IMO A; 2PRQ A; 4OIW A; 2AFS A; 5LRJ A; 2ZOG A; 1HDU A; 2I3C A; 4MCQ A; 5LRK A; 5K8O A; 1F2P A; 2PJ5 A; 1ARL A; 3IC1 A; 1HDQ A; 3N5F A; 3KQZ A; 2CTB A; 3PB6 X; 3B2Y A; 3KQX A; 1JQG A; 1CX8 A; 3D7D A; 4JZ0 A; 2CTC A; 1CG2 A; 3B3W A; 3FH4 A; 2C6C A; 2O4H A; 4PXB A; 4UEZ A; 1XFO A; 4X8I A; 3K9T A; 4UEE A; 1YLO A; 1F57 A; 1QQ9 A; 3I1U A; 3PFO A; 3B3T A; 5K8P A; 1Y7E A; 1HEE A; 5K8M A; 5CBM A; 3NH8 A; 3PBE A; 1Q7L A; 2PJ3 A; 3KAS A; 4MXU A; 1M4L A; 3S9L A; 4UIB A; 3SJG A; 2IJZ A; 2BCO A; 1RTQ A; 2ABZ A; 1XRY A; 1LAP A; 2JBJ A; 3FEC A; 3HUV A; 2RFH A; 3ISX A; 3V7Z A; 3BXM A; 3NFZ A; 4ZI6 A; 4WWV A; 2GRE A; 4UEF A; 3CT9 A; 4Z65 A; 5HVH A; 2PJ6 A; 1XMB A; 3V38 A; 4PXC A; 1VIX A; 2Q43 A; 1CP6 A; 2ZEF A; 3PB8 X; 4P6Y A; 2VL1 A; 5CPA A; 4ZYQ A; 4R8F A; 4O23 A; 3B3C A; 2PCU A; 4X2T A; 4P4E A; 3SI2 A; 4A37 A; 4OC1 A; 3CPX A; 1ZG9 A; 3ISZ A; 1Z8L A; 4MRI A; 4NGR A; 2JEW A; 2V8G A; 4UIA A; 4PXE A; 1AMP A; 3T8W A; 2PJ0 A; 3HLP A; 3RAM A; 4OKO A; 4IHM A; 4OC3 A; 2C6G A; 3PRT A; 2V8V A; 6CPA A; 1Y0Y A; 3KR4 A; 1OBR A; 4JYW A; 4PPZ A; 2PVW A; 1EE3 P; 3FVL A; 3B3S A; 3PBB A; 3D66 A; 1LCP A; 2F7V A; 4P44 A; 2WZN A; 3D7F A; 4OC4 A; 1ZG7 A; 1YSJ A; 1Z2L A; 1F2O A; 3WT4 A; 1IY7 A; 3MN8 A; 4OC5 A; 4P4D A; 1TF9 A; 1VGY A; 4NGM A; 3CDX A; 3K2K A; 3D67 A; 4G1P A; 3KI9 A; 3BI0 A; 4OC2 A; 2J9A A; 2CIJ A; 2NYQ A; 1ELL P; 3SJF A; 1XBU A; 4F9V A; 2ZEN A; 4R6T A; 4RUH A; 3H8E A; 1UWY A; 3S9M A; 2POK A; 5HVG A; 2AFX A; 2FVG A; 1VHE A; 1LFW A; 4YU9 A; 3D68 A; 3B3V A; 3SJE A; 4NJR A; 1XJO A; 1ZLH A; 4MHN A; 2OOT A; 1GYT A; 3IO1 A; 1R3N A; 3L2N A; 2WYR A; 4BD9 A; 2QYV A; 2G9D A; 2Q51 A; 2PIZ A; 5F09 A; 1BPM A; 2PJ2 A; 4MCP A; 4NGP A; 5I4M A; 2ZEH A; 2PJ1 A; 3H8G A; 1R43 A; 2PJC A; 4K3N A; 4NGQ A; 3LWU A; 5D8N A; 2V8D A; 3IIB A; 4DJL A; 4ZY1 A; 2AFW A; 3IJ3 A; 3NA6 A; 1TXR A; 4OID A; 2GLF A; 3VAR A; 1CP7 A; 1VHO A; 3JRU A; 2AFU A; 2ZOF A; 4TWE A; 4FBE A; 3TX8 A; 2XEJ A; 1YW4 A; 4A39 A; 1BLL E; 3D4U A; 1ELM P; 1FT7 A; 2ANP A; 2RB7 A; 2XEG A; 1DE4 C; 1CPS A; 2ZEE A; 3FMC A; 4PXD A; 3TC8 A; 4TNU A; 4WJB A; 4FAI A; 3LMS A; 5IB9 A; 4MHY A; 8CPA A; 3FEE A; 2ZEM A; 4R7M A; 4FWU A; 4FUU A; 4KSI A; 1TKJ A; 1Z5R A; 4P4J A; 3SJX A; 2PJ8 A; 2AFZ A; 3GB0 A; 2Q4Z A; 1BPN A; 2GU2 A; 3WC5 A; 1LOK A; 2NSM A; 3WC6 A; 3WAB A; 4NFR A; 4W9Y A; 3KR5 A; 2QJ8 A; 2C6P A; 2OR4 A; 4OC0 A; 2PE3 A; 3GUX A; 4ZY0 A; 3D7G A; 1TKH A; 4PQA A; 1PYT B; 4P10 A; 3B7I A; 4A38 A; 3MRU A; 2HC9 A; 4P4I A; 2EK8 A; 4EWT A; 4LQG A; 1ZLI A; 3WC7 A; 3DLJ A; 4MHZ A; 2GLJ A; 4ZX9 A; 3BI1 A; 2DEA A; 3QNV A; 2JBK A; 1ZG8 A; 1NSA A; 1YME A; 3PB9 X; 5JH9 A; 1AYE A; 4CPA A; 1IGB A; 1FNO A; 2EK9 A; 4YWY A; 5HVF A; 4MMO A; 4OP4 A; 4F9U A; 4NGN A; 2CF4 A; 3B35 A; 3H8F A; 4DUK A; 4MCS A; 1QMU A; 3KHX A; 3GLJ A; 3FJU A; 4ZX8 A; 5LRG A; 3KGQ A; 1ARM A; 2PJB A; 1LAN A; 3FX6 A; 3KHZ A; 5D29 A; 2HB6 A; 4MHP A; 3RBU A; 2ZEO A; 3PB7 X; 4ONW A; 2ZEG A; 3IWW A; 1TF8 A; 5LYF A; 4DYO A; 2V8H A; 3VH9 A; 1Y0R A; 2BOA A; 1DTD A; 4MCR A; 3SI0 A; 4AXV A; 3IEH A; 4NJQ A; 3KL9 A; 3FED A; 5JM6 A; 4H2K A; 4UF4 A; 2AFO A; 1CPX A; 1TKF A; 4NGS A; 5LYL A; 3D7H A; 2PJ9 A; 1LAM A; 3RZA A; 1H8L A; 4EME A; 2PJ7 A; 1PCA A; 3VAT A; 5LYD A; 5JGF A; 2XEF A; 4A94 A; 5HXD A; 2EWB A; 3BHX A; 2BO9 A; 4R76 A; 3DGV A; 2ZED A; 4F8Z A; 2F8H A; 3SI1 A; 2PVV A; 2O53 A; 4P45 A; 1YW6 A; 2ZEL A; 5K8N A; 5ELY A; 3S9N A; 1KWM A; 2AFM A; 4EFD A; 5DS0 A; 2PJ4 A; 2PIY A; 2XEI A; 7CPA A; 4IK2 A; 4ZY2 A; 5J1Q A; 4B6Z A; 2IQ6 A; 3NH4 A; 4P4F A; 3PEI A; 5THW A; 3PB4 X; 3KZW A; 3NH5 A; 2PJA A; 5LYI A; 2V77 A; 2ZEP A; 4GM5 A; 3IFE A; 4Q7A A; 3FF3 A; 2QVP A; 4X3R A; 4NGT A; 2C1C A; 4P4B A; 3CPA A; 1BAV A; 3PFE A; 1CBX A; 4IAV A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4OX9 Q; 5BN4 A; 2HUG A; 1ICW A; 2KA7 A; 4MNO A; 4DV6 Q; 1TWG B; 4RA8 A; 5DM7 3; 5JJL A; 2VZZ A; 2JYO A; 4KOT A; 1KNA A; 1F2P A; 2PJ5 A; 5M5Y H; 1M4D A; 3FPU B; 3G6J B; 4ZKC B; 3KQZ A; 1Z4E A; 1N8R C; 1NR2 A; 3NBH B; 2WAC A; 4F88 A; 3JAM L; 4X65 Q; 1VMP A; 3PO3 H; 3KQX A; 1BBU A; 1JQG A; 4A76 A; 4DPG A; 4TRD A; 3DM1 A; 3E0K A; 5IWA Q; 3HOV G; 1X55 A; 1JCK B; 2IJ0 A; 1CG2 A; 3B3W A; 1D5X C; 2A4N A; 3FH4 A; 1TWC B; 1S3Z A; 3S9W A; 4DR7 L; 2O4H A; 4UCP A; 5F47 A; 2YND A; 4OLL A; 1K3R A; 3BJU A; 1VHS A; 1H9J A; 3KOJ A; 2F0J A; 4LUA A; 4DR6 L; 2HCC A; 3RR5 A; 2ASB A; 1Y9K A; 4UEE A; 4NEX A; 2MGS A; 3RLO A; 1KDC A; 3CCQ A; 4A3M H; 3LD2 A; 4JI0 Q; 5K8P A; 5IYC G; 2DJG C; 5CBM A; 5LMN L; 1AUG A; 1AFP A; 3VDY A; 1XMQ Q; 3EIV A; 3Q24 A; 4NXM L; 1FR3 A; 1D1I A; 3ULJ A; 3WWV A; 5C0X I; 1M4L A; 3H0G B; 5CBE E; 3CXQ A; 3S9L A; 3S1N H; 1YVO A; 2KCW A; 3KDF A; 2IJZ A; 4EX5 A; 3NTK A; 4EGV A; 1RTQ A; 4BBR G; 4P74 A; 1XRY A; 3FP9 A; 5IGF A; 1QST A; 4M1U B; 3FDT A; 3SHL A; 3ISX A; 2D4O A; 5HGQ A; 2ZXP A; 1KQS A; 2B2W A; 1UEB A; 4KJO A; 3NEL A; 4DV2 L; 1V1Q A; 2HDM A; 1SNM A; 1QCB D; 2FMC A; 4A4I A; 5JJI A; 1S5E D; 3GTL H; 4B11 A; 4JJX A; 4H89 A; 2KEE A; 1LT4 D; 4A93 H; 4RCN A; 3BS1 A; 3BVM A; 5AJ3 Q; 1YJW A; 3CCL A; 3SHP A; 4DR2 Q; 1EUJ A; 1JJ2 A; 4RGT A; 3MVV A; 2WB1 G; 5CPA A; 4XT3 B; 4R8F A; 4X3U A; 2QEJ C; 1UFH A; 2I5H A; 5DEH A; 5J1Z A; 2BA0 A; 4GLX A; 4NCZ A; 3A5Z B; 2ZJQ A; 1PH2 A; 1I6H B; 5ISV A; 2HQY A; 4PG3 A; 4X6A H; 2EBJ A; 3GTQ H; 3T90 A; 3ISZ A; 5HMN A; 1I4Q A; 2CW0 C; 1K9M C; 1Q2Y A; 4MFK A; 4HED A; 1LLR D; 3OWE B; 4ZKB B; 3FBU A; 4NGR A; 1EOV A; 1BCP C; 3T4A C; 3TO6 A; 3TOA A; 3MXN B; 3T8W A; 2PJ0 A; 3G48 A; 3SXN A; 4A75 A; 2ZXV A; 4APV A; 2EYO A; 1CA5 A; 1CKN A; 5C6A A; 4YWL A; 1JWU D; 4B9W A; 1AW7 A; 3BYY B; 2BH2 A; 2C6G A; 1F9R A; 1Y8P B; 4PV6 A; 3PRT A; 3J7Z C; 3RYO A; 1HPC A; 3PF4 A; 5JOB A; 3W3A A; 4ZLT F; 1GHK A; 2CY2 A; 4JYW A; 1Q82 C; 4GN4 B; 2UU9 Q; 3UY5 A; 3WR7 A; 4KOR A; 3GTK B; 3KF6 A; 1B7Y B; 3FVL A; 3D66 A; 5CV5 A; 2D0P A; 1ET6 A; 1LCP A; 2RDG A; 1K8M A; 5EGT A; 1IL8 A; 4P44 A; 2EYJ A; 1O7Z A; 3K5O A; 1EL0 A; 3I55 A; 4CGY B; 1YSJ A; 2R7H A; 2ZW4 A; 5JEA G; 2D0O A; 1B1Z A; 1WTX A; 1BBX C; 5JQ4 A; 3WT4 A; 5FOB B; 1IY7 A; 3MN8 A; 1MGS A; 1BBW A; 2FHT A; 3CCS A; 4OC5 A; 3MFY A; 4P4D A; 1ZXT A; 3F8K A; 4NGM A; 3M3Y H; 2B4D A; 2PCF B; 2FS5 A; 4AQY Q; 4HJ7 A; 1GUG A; 3H4Q A; 1QIL A; 3HOX H; 3M4O B; 4G1P A; 2F0S A; 4ULL A; 1Y9W A; 2Z3M A; 1PRT D; 5A28 A; 1XBU A; 2EY1 A; 2PQA A; 2Q7S A; 4G57 A; 3JAM i; 2JDD A; 4F9V A; 4GKJ L; 4RUH A; 2UXB Q; 4E2A A; 1S5C D; 3E6Z X; 3S9M A; 1T5E A; 1E2V A; 2OZU A; 2P0W A; 3CC4 A; 2AWO A; 1NSL A; 4R8I A; 4KZT A; 3MA2 B; 4DXG A; 3R9F A; 2H5X A; 1SYC A; 1GXD C; 2VS1 A; 3B3V A; 4NXY A; 3VR4 A; 4NJR A; 2GE3 A; 1ZLH A; 1TQO A; 3SK4 A; 1J5E L; 2EUI A; 1U4L A; 1D2B A; 2A6H D; 2K5T A; 1R3N A; 3NQT A; 3S1Q H; 2SDF A; 4GOP A; 2WYR A; 2K33 A; 2QYV A; 3A74 A; 1W3S A; 4CAW A; 2Q51 A; 3H91 A; 2PIZ A; 2CQA A; 5AG5 A; 5F09 A; 4POF A; 2VXK A; 4DK6 C; 3W2D A; 1BPM A; 4MCP A; 2NVX B; 1WWZ A; 2NVQ H; 2WSA A; 1U4R A; 2B2Y A; 3T51 B; 2VZY A; 2B29 A; 4KLV A; 1JE4 A; 4K3N A; 1O78 A; 3GKR A; 3PIO A; 3J80 L; 2V8D A; 3HKS A; 4BXX G; 4DJL A; 4ZY1 A; 3ZJ0 A; 1ESR A; 4QGU A; 4DV6 L; 2KBN A; 3VAR A; 1KZF A; 1II3 A; 1FVI A; 2F0P A; 4BY7 H; 2A8V A; 1V1P B; 1L1O A; 2QGQ A; 3IL8 A; 3P75 A; 4JYA Q; 3QOL A; 2QW7 A; 1WTQ A; 4Y7N H; 4HJ8 A; 4ORF A; 1E1T A; 3A55 A; 2F03 A; 4PQX A; 1FT7 A; 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