2QR6 | Genus

Total Genus 117

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	117
sequence length	380
structure length	371
Chain Sequence	NLYFQGMRDHVEIGIGREARRTYSLDDISVVSSRRTRSSKDVDTTWHIDAYKFDLPFMNHPSDALASPEFVIEMGKQGGLGVINAEGLWGRHADLDEAIAKVIAAYEEGDQAAATRTLQELHAAPLDTELLSERIAQVRDSGEIVAVRVSPQNVREIAPIVIKAGADLLVIQGTLISAEHVNTNLKEFIGSLDVPVIAGGVNDYTTALHMMRTGAVGIIVGGGENTNSLALGMEVSMATAIADVAAARRDYLDETGGRYVHIIADGSIENSGDVVKAIACGADAVVLGSPLARAEEAAGKGYFWPAVAAHPRFPRGVVTESVAAPSLEQILHGPSTMPWGVENFEGGLKRALAKCGYTDLKSFQKVSLHVN

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__4963327373778936__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__4963327373778936__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2QR6/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__4963327373778936__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"4963327373778936","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2QR6/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__4963327373778936__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfd81fa54aa071b46180f92/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfd81fa54aa071b46180f92/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfd81fa54aa071b46180f92/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfd81fa54aa071b46180f92/pdb.gz): 1463 ms

reading 371 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

371 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 30 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:370});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Corynebacterium glutamicum atcc 13032
publication title	Crystal structure of IMP dehydrogenase/GMP reductase-like protein (NP_599840.1) from Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 Kitasato at 1.50 A resolution rcsb
molecule keywords	IMP dehydrogenase/GMP reductase
total genus	117
structure length	371
sequence length	380
ec nomenclature
pdb deposition date	2007-07-27

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00478	IMPDH	IMP dehydrogenase / GMP reductase domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.10.50.20	Mainly Beta	Ribbon	Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2	Inosine monophosphate dehydrogenase (IMPDH)	2qr6A01
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2qr6A02

3CU2A 2CLEA 4NJJA 1I2NA 5I3GA 2X1TA 4BR1A 2C19A 3EWBX 4Y90A 1X8FA 2UV8G 3PBUA 3W70A 4DO6A 3HJZA 1SZFA 2J9XA 3TU9A 3BG9A 3GR8A 1JRCA 3EKLA 5K4ZA 1ZFJA 3W23A 3BG5A 3CQ0A 2GJLA 1H7PA 2NX9A 1UCWA 4LV4A 2CLOA 4ZQOA 3VI2A 4ADUA 1ZALA 4PCFA 1HG3A 4FHAA 1F73A 1CX9A 3IGUA 3G3DA 3W1PA 1KM6A 3SW6A 3DHFA 4ONVA 3F4NA 3S8HA 4CQAA 2O7QA 3IIPA 3GZ3A 4RLIA 5I3FA 4O53A 3VE7A 5AC7A 4S2BA 1XBXA 4X9SA 3TW6A 3KX6A 1K7EA 3H55A 2B7NA 4O8RA 2ZQ0A 1JVNA 3C56A 4IX2A 4NUWA 2E6FA 1FQ0A 5AFDA 1JQXA 1TV5A 3STFA 3DENA 2RDUA 1GG1A 4HN4A 1RQEA 5F4WA 5D05A 2ZZ7A 4TIMA 1R2SA 4ML9A 1YPFA 3S9YA 5DXXA 4PTNA 2TRSA 3WJSA 1RQHA 3KRZA 3W7QA 3W7PA 1VLWA 1J5TA 4MZYA 1TQJA 1GQNA 3ANYA 1GJPA 4N6EA 1X6UA 4UR8A 2YDAA 1DV7A 1YXDA 4MOZA 1I8JA 1WAUA 3W76A 5IBXC 3MI3A 1EWEA 1TPB1 2YYUA 4UTMA 5AYXA 1X1ZA 3L67A 2WSRA 4JX4A 1GZGA 4O4VA 3P80A 4A2RA 1FCUA 1FWSA 3C2EA 3PULA 3ZWSA 1OX4B 3KVKA 5AHEA 4FX7A 3QYQA 2PRMA 1OFDA 4BWLA 3W1QA 1C8VA 4O1DA 5TBOA 2WSQA 2D73A 1Q6LA 3QC3A 4JIPA 2JBMA 3G3MA 2QCNA 3E96A 3LTYA 1Z44A 3B06A 3DKJA 2E5CA 3O06A 4EOUA 3VFLA 4PC8A 4UTUA 1QFEA 3KHJA 3S5OA 1B57A 1DKWA 3GAYA 4OQVA 3B0UX 4POCA 3QQ1A 3O16A 3SJ3A 4EF9A 2QAPA 2V9DA 5D32A 1SSGA 4IJBA 2BTMA 4UTJA 4JICA 3S5NA 4BK9A 4MLJA 2VFFA 3NL3A 2VC6A 2X1UA 4H3DA 1HTIA 2ZZ1A 4N4QA 4HNVA 3Q37A 3A21A 3TXVA 3KFTA 3MO7A 4MZ1A 2FPVA 2ATMA 1H1ZA 3CEUA 1GEQA 4KFOA 1SW3A 1W31A 3TH6A 4YCOA 1IXQA 4UMAA 1TJPA 4JTJA 3IIOA 4EVZA 4O0ZA 1F6KA 1LRQA 3W83A 3DH7A 4ZVJA 1HO1A 4O57A 1W0MA 3O1NA 4IMFA 3UWUA 3PBYA 3HPZA 1ALDA 2EAWA 1AW1A 1L9WA 4IMGA 3S1UA 4MFEA 2XFWA 3GDRA 2CLHA 1O95A 3C3NA 1LOSA 3LHWA 2J6XA 1FDJA 4JTSA 3THQA 5FF7A 3DI1A 4JDBA 4W9TA 4JTKA 3MBDA 4GNJA 1GVOA 3AO0A 1DQWA 3QPYA 4UXDA 3TC7A 3NYZA 3W2LA 2FIQA 5I3JA 5C6MA 2NUXA 2QCDA 1PL9A 3MHFA 5DXYA 5G4EA 1SW0A 1DOSA 5KSWA 3SECA 3UYCA 5DELA 4XKYA 2ZRXA 4DO5A 2V0TA 3NQVA 1ZJIA 4DEFA 2WPBA 4O28A 4QJ1A 2B0MA 1W37A 2RDWA 4K37A 5F2LA 1TMHA 5G2WA 2EPHA 1ZCOA 2CLIA 4GJ1A 5LGZA 4PODA 3NZRA 4LS0A 1TB3A 5CSRA 4LUIA 2BZNA 2EGZA 1YDNA 3W85A 3CIWA 3FA5A 1H62A 3W1UA 1P0NA 3WJWA 4AF0B 2V81A 1WOAA 3T40A 4N9EA 1H7NA 3A9IA 3AJXA 5CG7A 3I7QA 4CNOA 4UFJA 2EKCA 2Y61A 4UFHA 5C5YA 1PHQA 5FEZA 4DF2A 2ISSA 3PM6A 3EXTA 1B9BA 2ZRVA 3NQDA 3NR0A 1I45A 1LYXA 2GVGA 1G7VA 1WOBA 4DO4A 1OVDA 3STGA 2E6AA 3TA6A 1O60A 1W8SA 5F2IA 1AW2A 5AN7A 1GG0A 3W75A 5AYYA 1VLIA 4RZ4A 4GC4A 3DKLA 1R47A 4O16A 3CEPA 3UWYA 5G4WA 1Z48A 3EX2A 3TDFA 3P84A 1JUKA 5H91A 4IPJA 1IXOA 4PEKA 3GK0A 3JR2A 2RHGA 4Z1AA 1KM3A 1GWJA 3L68A 2H3DA 2Q3OA 1ME7A 5CZJA 4Y6GA 1H63A 4XBKA 2PRLA 2AAMA 4IUOA 3NGJA 2YCEA 3L21A 4I9AA 4GBUA 4QSHA 1OYCA 1WV2A 3WJXA 1S3HA 1VCGA 1WBHA 3MYPA 1OJXA 1RR2A 3B4UA 4TMCA 2OX1A 3NZ1A 1YADA 1LDCA 3LLDA 5DY2A 3BK0A 3S1XA 2VELA 3CWNA 4N9CA 3S42A 3BO9A 3S6DA 2H90A 3M5XA 3IVSA 1PCWA 3SZ8A 3HG3A 4A3UA 2X1RA 4PL1A 5U4NA 2Y7GA 3L5MA 3O05A 4JYFA 5E1QA 2YGYA 4CCDA 4ZZ9A 3LV5A 4LNYA 3Q58A 1SSDA 3L0KA 5T26A 5DN1A 3NPXA 3QF0A 5CPNA 1J4EA 4DPPA 1KTBA 4X3ZA 3W6YA 1FWRA 4LV9A 4WZHA 1Q3NA 1OK4A 3L5AA 3NXFA 3A5FA 2JKAA 1DHPA 2WOQA 4LVGA 5EYWA 4O1CA 2FB2A 4MIMA 4N9BA 3DFPA 1FCBA 3EWXA 1KFBA 2CW6A 2E68A 2Y85A 4FNSA 4RJEA 3I68A 1KM2A 3LM7A 4A21A 3KOFA 2F7FA 3UZ5A 3RFAA 1ZAIA 2NX3A 3ELFA 4Y9AA 4E0CA 2HS6A 3G1HA 4ICNA 4QISA 4R7JA 2JKPA 4LOCA 1SZNA 1YYAA 4FX8A 4JGDA 3NPVA 2A21A 1AL8A 4AHOA 1O5XA 3OA3A 4KFPA 2FB3A 3NNTA 1LM1A 5E93A 2QDHA 3JRKA 5BOOA 2ALDA 4HT3A 2NZLA 4MFDA 3TQKA 3TSDA 1OFOA 1PS9A 3VCRA 4UFLA 3T7VA 4JY9A 5DCBA 5A5WA 1VHCA 3BGGA 3NL2A 1K8XA 3T78A 4O12A 1GT8A 3LXCA 4O54A 4G1KA 3DI0A 2DJXA 3P5ZA 4DBEA 1QPQA 3UWZA 4H6KA 3SI9A 3NDOA 3TFCA 3KRSA 3LV6A 5FF0A 1JULA 3B0PA 1SPQA 1W5OA 5BW6A 2DZVA 2XN2A 4R53A 4RKAA 4O52A 2C14A 3R12A 1L6SA 5DLCA 1X7FA 4LC6A 6ALDA 5BMXA 3G0SA 3W7GA 3Q2DA 2VXNA 2QJGA 2B7PA 3MP4A 1OF8A 3DAQA 3OG3A 3I6RA 2TSYA 2ISWA 3DXIA 3QM3A 4MJMA 3IV3A 4MY1A 1PVNA 2H3BA 3CPRA 4UTTA 4C1LA 1QWGA 3LXBA 1BWKA 1GVFA 1IXNA 4XTIA 2DZWA 3NQ8A 1CW2A 1TPVA 3N9SA 2CFFA 1R46A 4JXCA 1AMKA 4JNMA 2TPSA 3EWYA 4GUJA 3C2VA 4AHQA 3C8FA 4UUIA 3F1QA 3MP5A 3CLMA 4JD4A 3G8RA 3N9RA 1DJQA 4QAIA 4Z08A 2H8ZA 2DZPA 5BRBA 5MHBA 3VKJA 1M7PA 3ZFHA 3QQ0A 4JTLA 1LCOA 4M7TA 4MKNA 3W86A 1PCKA 4HHPA 3HF3A 5DY3A 5I3HA 1TSIA 5I3KA 3W7DA 3GDTA 4MLRA 4NNAA 4PFMA 4WOZA 4O11A 4J9JA 5HULA 2G96A 1E51A 1KBJA 1K3UA 1VCVA 3C61A 2VKZG 3RMJA 1LOLA 4FNRA 1HFBA 1EA0A 3RLVA 4K36A 1XI3A 3CTLA 3DHDA 2C15A 1F05A 1ME9A 2VFEA 1FWTA 4AMAA 1DQXA 4JEQA 3GAKA 3L65A 2JGQA 1TPC1 1EP1A 2CZEA 4WXZA 3FFSA 3B03A 1OG0A 4K6AA 3W7RA 2V5LA 2WJZA 4NQ1A 4RZ6A 4BI5A 1OX5A 3M5ZA 4NJHA 3ABSA 1O4UA 1PE1A 1LBFA 2R8WA 4HSOA 4XBSA 2A5HA 1KLZA 3LCLA 2VOMA 2QCMA 2FPTA 3M41A 1F5ZA 1Q45A 1GTHA 4CNNA 4TMBA 1LLWA 2VEPA 1QAPA 3PC0A 2Z6IA 3G8EA 3G1FA 1QPRA 4KWVA 5AHNA 3PS7A 2NWRA 1TPH1 3PAJA 4IPIA 3STEA 5LKYA 1TTPA 5BMWA 3ZR4A 1OFRA 3NL6A 1A5BA 4WQ6A 5SWUA 3HPXA 4ZQRA 3W84A 3TE9A 3FKKA 1FXPA 3QW3A 1MXSA 2RFGA 2HS8A 2A7NA 2ZZ2A 4N2YA 3W7JA 4DQWA 4FX6M 3MP3A 3NQEA 3P82A 3VE9A 3TK7A 1OABA 1VYRA 3BGJA 3H53A 5HR7A 4A2SA 2NXHA 2QCDB 2VEKA 2YFNA 3QW4B 1Q6OA 4EIVA 4XTDA 2Y63A 4OHQA 1H51A 4XKYB 2X2GA 1W3TA 4LVFA 1VRDA 1O94A 5HR6A 5HWJA 3V75A 3DGRA 1ICPA 4TR9A 1ONRA 2O7SA 1T0OA 2WSYA 3UXAA 4DF1A 1ZENA 4UMCA 3EX6A 1SQ7A 1JRBA 1R2RA 3P61A 5AHFA 4Z0JA 2HTMA 5IBXA 3G22A 2ZRZA 1QO5A 1TV7A 3W1TA 3YPIA 4IXXA 4KFNA 4X2RA 4XZ9A 4LW7A 1YTKA 2WKJA 4ADSA 2DZSA 2C18A 3L5LA 4JTUA 3UZJA 4NZFA 3UXDA 1MEIA 5LNSA 3HQ1A 2QJIA 2R94A 2ZBTA 2A1YA 4AXKA 1EUNA 5HJLA 3G1YA 3W7OA 4BF9A 5L9FA 4E2BA 4WXYA 2QEZA 4D2JA 3GNNA 1B3OA 2NLIA 1W54A 5FF4A 1IF2A 1K02A 1YXCA 3IIXA 1EWDA 1ADOA 3W7IA 5H2ZA 2NV1A 3BV4A 2GUUA 3TMQA 4GE8A 1OFPA 2Q8LA 3W3OA 3LCIA 3EB2A 4UTWC 1WBJA 1P1XA 1H7WA 4JTTA 3C0JA 4MY9A 2BX7A 3T44A 5HUOA 3FYOA 5HWMA 4WUIA 4JS3A 4I7VA 4X22A 1QCWA 4I7WA 4DF0A 2DORA 3EXRA 3FJLA 3H54A 1ML1A 3KVLA 4K38A 1NFBA 2W0UA 3MMTA 2ZA3A 2NX1A 3A23A 4LC8A 1EB3A 3D0CA 2IQTA 3B05A 1JJKA 2A2IA 1EX5A 1IIGA 2ISVA 3CHVA 2C0AA 4O18A 3EEGA 1V7YA 2YFOA 4Z1BA 3LXAA 3LTPA 4FIRA 3S1VA 2QCEA 1VYSX 1MZHA 4FF7A 2BLEA 4N9DA 4FXSA 3PSWA 4EF8A 2Y6ZA 1ZNNA 5LHFA 3FLUA 5CZTA 3O63A 4UFIA 3O6CA 4IXHA 5E0KA 5AHLA 1G4PA 3MW7A 3W07A 2QCLA 1S5WA 2WV8A 1YLVA 2J9YA 3HGOA 1QO2A 5HWNA 4AWSA 3LCFA 4FXRA 2GPTA 1ZY9A 3W87A 3IGSA 3DZ1A 1YTDA 1XDMA 5I3IA 1NAL1 1EP3A 3WK3A 1IGSA 3VNDA 4GRSA 1S5VA 3SR7A 1T8XA 2YYTA 1U5JA 4IOTA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 3CU2 A;  2CLE A;  4NJJ A;  1I2N A;  5I3G A;  2X1T A;  4BR1 A;  2C19 A;  3EWB X;  4Y90 A;  1X8F A;  2UV8 G;  3PBU A;  3W70 A;  4DO6 A;  3HJZ A;  1SZF A;  2J9X A;  3TU9 A;  3BG9 A;  3GR8 A;  1JRC A;  3EKL A;  5K4Z A;  1ZFJ A;  3W23 A;  3BG5 A;  3CQ0 A;  2GJL A;  1H7P A;  2NX9 A;  1UCW A;  4LV4 A;  2CLO A;  4ZQO A;  3VI2 A;  4ADU A;  1ZAL A;  4PCF A;  1HG3 A;  4FHA A;  1F73 A;  1CX9 A;  3IGU A;  3G3D A;  3W1P A;  1KM6 A;  3SW6 A;  3DHF A;  4ONV A;  3F4N A;  3S8H A;  4CQA A;  2O7Q A;  3IIP A;  3GZ3 A;  4RLI A;  5I3F A;  4O53 A;  3VE7 A;  5AC7 A;  4S2B A;  1XBX A;  4X9S A;  3TW6 A;  3KX6 A;  1K7E A;  3H55 A;  2B7N A;  4O8R A;  2ZQ0 A;  1JVN A;  3C56 A;  4IX2 A;  4NUW A;  2E6F A;  1FQ0 A;  5AFD A;  1JQX A;  1TV5 A;  3STF A;  3DEN A;  2RDU A;  1GG1 A;  4HN4 A;  1RQE A;  5F4W A;  5D05 A;  2ZZ7 A;  4TIM A;  1R2S A;  4ML9 A;  1YPF A;  3S9Y A;  5DXX A;  4PTN A;  2TRS A;  3WJS A;  1RQH A;  3KRZ A;  3W7Q A;  3W7P A;  1VLW A;  1J5T A;  4MZY A;  1TQJ A;  1GQN A;  3ANY A;  1GJP A;  4N6E A;  1X6U A;  4UR8 A; 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2QR6A

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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