1KBI | Genus

Total Genus 173

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	173
sequence length	511
structure length	504
Chain Sequence	EPKLDMNKQKISPAEVAKHNKPDDCWVVINGYVYDLTRFLPNHPGGQDVIKFNAGKDVTAIFEPLHAPNVIDKYIAPEKKLGPLQGSMPPELVCPPYAPGETKEDIARKEQLKSLLPPLDNIINLYDFEYLASQTLTKQAWAYYSSGANDEVTHRENHNAYHRIFFKPKILVDVRKVDISTDMLGSHVDVPFYVSATALCKLGNPLEGEKDVARGCGQGVTKVPQMISTLASCSPEEIIEAAPSDKQIQWYQLYVNSDRKITDDLVKNVEKLGVKALFVTVDAPSLGQREKDMKLKFSNTKKTNVEESQGASRALSKFIDPSLTWKDIEELKKKTKLPIVIKGVQRTEDVIKAAEIGVSGVVLSNHGGRQLDFSRAPIEVLAETMPILEQRNLKDKLEVFVDGGVRRGTDVLKALCLGAKGVGLGRPFLYANSCYGRNGVEKAIEILRDEIEMSMRLLGVTSIAELKPDLLDLSTLKARTVGVPNDVLYNEVYEGPTLTEFEDA

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__9224051321312396__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__9224051321312396__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1KBI/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__9224051321312396__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"9224051321312396","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1KBI/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__9224051321312396__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Saccharomyces cerevisiae
publication title	Crystallographic study of the recombinant flavin-binding domain of Baker's yeast flavocytochrome b(2): comparison with the intact wild-type enzyme. pubmed doi rcsb
molecule keywords	CYTOCHROME B2
total genus	173
structure length	504
sequence length	511
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 1.1.2.3: L-lactate dehydrogenase (cytochrome).
pdb deposition date	2001-11-06

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00173	Cyt-b5	Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain
A	PF01070	FMN_dh	FMN-dependent dehydrogenase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.120.10	Alpha Beta	Roll	Flavocytochrome B2; Chain A, domain 1	Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain	1kbiA01
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1kbiA02

1WAUA 2VFFA 3UXDA 2WO5A 4WOZA 1W54A 3BG5A 4FEZA 1W31A 5CZTA 5U7SA 1MZHA 4WY0A 4NJIA 1BTMA 4QQ3A 2E09A 2H90A 4GRSA 1XBYA 2PRMA 4AAJA 1PIIA 4HNVA 2YDAA 3N9SA 3QC3A 1H1ZA 2GQ9A 1H7NA 2G95A 4JDBA 4K6AA 1H7WA 1I87A 3TFCA 1M59A 2ZTJA 4WUIA 4O1DA 3U6WA 4YCPA 3EX1A 1TTJA 1GTEA 3G3DA 1OK4A 3GXPA 1VC4A 1KTCA 3QEZA 4AWUA 1E51A 2H8ZA 3EXSA 3NPVA 2GVJA 3BW3A 4JDYA 3O05A 4O0ZA 4RZ4A 4Y6GA 2E5BA 2RDTA 4B8NA 3GDTA 4HSOA 1KFCA 1EHBA 4GC4A 3GB6A 1LOQA 5FF4A 1TMHA 4ZL1A 1H7PA 3UNDA 3W7OA 4NJGA 2Y7DA 5HMSA 4LOCA 4ML9A 3N14A 5CG7A 1EP3A 5EYWA 4YXGA 1G4EA 4NJHA 5DBTA 1EX5A 3NQDA 3S8HA 1VRDA 2PCQA 4JTTA 1FCBA 2YR1A 5D2YA 4Y90A 4L4MA 2C19A 1YXYA 3NYZA 3LBCA 4K8HA 1XUUA 1TPC1 5D05A 3PC0A 2Y7EA 3FYOA 3C3NA 4GWEA 3FKRA 5IBXC 3ABRA 3TJLA 2VFDA 7TIMA 4UFIA 4Q32A 4LTSA 3OIXA 2QR6A 3O1NA 1XL9A 4NX5A 3DAQA 3C2FA 1TQJA 3T78A 1L6YA 1BWLA 4I9AA 5FEXA 3W1RA 2BX7A 4BI5A 3QSRA 3IV3A 1I2PA 1PHWA 4H6KA 3PM6A 2IQTA 2ZZ5A 3LRLA 3UZ5A 3AJXA 2PURA 3NQAA 3G1VA 2M33A 1B9BA 1S5WA 4O8RA 1TV8A 1QNVA 4N02A 1W3NA 1VYPX 4QITA 5F1UA 3PWAA 3FJLA 1R2SA 2FB3A 2QUVA 4JTGA 4UNLA 4GNJA 4DXVA 2GJNA 3M41A 4FNSA 2X2GA 5AHLA 1JUBA 3EWXA 1H51A 3OZZB 6TIMA 4EVZA 4ORMA 3SSJA 1B5MA 4LVDA 3W7RA 2ATMA 1S5TA 1FX6A 1U83A 3NQMA 5LGZA 3A5VA 2I14A 3X32A 1SZNA 3ABSA 1QAPA 3QQ0A 5D37A 2BZNA 2PRLA 1I4NA 8TIMA 1KFEA 3IVUA 2F84A 3LBMA 3KVLA 3CEPA 1EPXA 1EUNA 1JQXA 2ISSA 3SECA 1MEIA 3T4CA 5AYYA 1WBJA 1MEWA 3ANYA 3TJXA 3F4NA 3UY7A 1LP6A 4KFPA 2FPYA 3LI1A 3SGZA 1C8VA 5AHNA 1JUKA 4O11A 1F73A 4NZJA 1FWTA 4AB4A 3S5NA 4BF9A 2QCEA 3W2UA 1GJPA 4O50A 1TV7A 3W1TA 3NPUA 3P67A 1SW3A 5LNSA 1THFD 3MHFA 4MPQA 3T40A 4MUZA 5K2ZA 2G97A 5MHBA 1P5BA 3DFTA 5DELA 4ADTA 4JTEA 1LYXA 1OHLA 1ZENA 2NV1A 4MJZA 3M43A 3C61A 2EF9A 2VEIA 3G22A 1G7UA 3KVMA 3B0PA 1QO5A 3O63A 2ZZ2A 2W0UA 4X9SA 1O95A 2A6NA 4O12A 5E93A 2XFWA 2KZHA 5EA9A 5HR7A 3VKJA 4GUGA 3OVRA 3HOJA 3L65A 1A5CA 4Z0SA 3RLVA 1T99A 5HULA 1DL3A 3P5YA 4GUJA 4JTLA 1PL9A 5F1VA 1K7XA 2V5BA 2EGZA 3UPWA 2DJLA 4N9DA 1V7YA 3KVJA 3D0CA 1FDJA 1GYNA 3G1XA 4ADUA 4MZYA 5FF2A 1KBIA 4XBKA 3BW4A 4PCFA 4HPJA 4IJBA 1TO3A 1TTPA 2WNNA 3GR8A 3KOFA 2H3BA 4LV4A 4MY1A 1YTDA 4CCEA 2WSYA 2YW3A 1LRQA 3QW3A 3TU9A 1K7EA 3E0IA 1RPXA 3W85A 1XM3A 1NVMA 3OVQA 3UD6A 4QSHA 3M1ZA 5L6UA 4J9JA 1KM5A 3GVGA 3DZ1A 3TXZA 3ATYA 4AHOA 2G5WA 2DZSA 4NXKA 4IOTA 5KZDA 1LRTA 4YLWA 3Q58A 2B4GA 5KZEA 2CLMA 1AW3A 3DXIA 3PB2A 4FNRA 5G2HA 4Z1AA 5BW6A 1FDYA 2VXNA 2P10A 3TX9A 1XXXA 4KKXA 2CU0A 3HG5A 3L68A 5FEZA 4CQ8A 2V2CA 2W6RA 1ICSA 5AHMA 2FJKA 5L9FA 1M6JA 3DFQA 4LVFA 4R34A 1GG1A 4P2VA 1W5OA 3BVJA 3W7EA 1K8XA 3M0ZA 3N3MA 1H1YA 3X34A 2CZDA 4QM1A 2DZWA 3G1HA 2QCLA 3KRZA 4TX9A 4RV8A 3LERA 4IXXA 3EX4A 1OK6A 4ZMGA 2Q8LA 1AW2A 3W1UA 3M9YA 4S1FA 2Y6ZA 1TB3A 4O17A 5D33A 4LWWA 3TNOA 1KV8A 3TC6A 1FUYA 1EA0A 5FESA 4A2RA 1OX5A 3A23A 2YYTA 3M5VA 3TUUA 2A85A 3DKLA 3INPA 4P61A 5HUOA 2C6QA 3UQNA 1F74A 4EF8A 1ADOA 2A1YA 5D32A 3MI6A 1JCXA 2OJPA 5K9XA 3CQ0A 4MIMA 3R89A 3LRMA 1W3TA 3LCIA 1OYAA 4PH6A 1RV8A 1NX7A 2A6LA 1TPWA 3ZS4A 2PE4A 5CPNA 5TBOA 1G7VA 3HMJG 1SFJA 4R33A 4O4VA 1GVQA 4UIOA 4O1AA 2VKZG 3B04A 1TPB1 3NZRA 1O5KA 1OJXA 2CLEA 1U9UA 4FO4A 4LUIA 3VCRA 5KSWA 3ABQA 5BMWA 4A29A 1AK5A 1KTNA 1UUOA 4O4WA 1KFJA 4E2BA 4IPJA 3TR2A 2NXIA 1IGSA 1BEUA 3TK7A 2DJXA 3G18A 3IGUA 3FA5A 3LCFA 3UWUA 2EKCA 5EL1A 1W5PA 3KRUA 3LHVA 4TU1A 2FTPA 3S1WA 4TR9A 4RXFA 3LX9A 2QJGA 3PBVA 4MYAA 5KTLA 3MJYA 4CQ9A 2ABAA 2ZRZA 3BG3A 1KM1A 2NWSA 4FF7A 3PR2A 4RR4A 3W7HA 1WA3A 1QMLA 3G1SA 3LCHA 2A21A 3STEA 3UWYA 4ZQNA 2ALDA 2A2IA 1S5VA 2GJLA 2ZA3A 4CCCA 1FWRA 3HIJA 1TSIA 2FPTA 1AW1A 5TQLA 3LHTA 4O15A 5H91A 1H7RA 3TC7A 3BLIA 5CGQA 4U28A 3M7WA 1I5UA 2C3ZA 3M5XA 3LCWA 4Z1CA 2FFCA 2ZCGA 1W1ZA 3G1DA 4HSNA 2EAWA 4YMZA 3RMJA 2E77A 1B57A 1W5QA 5DY2A 4CCDA 3SI9A 1XCFA 4OV9A 1JCMP 3MUXA 3WJWA 2X16A 4PFMA 3FIGA 3HGRA 3BW2A 3ZWTA 1OX4A 3L2IA 3S1XA 5AYZA 4MY8A 2NXHA 3GDMA 1XDMA 4O16A 1LM1A 3LXCA 3W1QA 3R12A 2Y88A 2YZRA 3G1FA 3F4WA 1LBMA 1JVNA 2P1FA 4AH7A 2JKPA 4JTJA 4DO5A 3CT7A 3PG8A 4X3ZA 1SZFA 4RJEA 3GNDA 3NM3A 1SZEA 5DN1A 4NJKA 3W2NA 2OMAA 2WKJA 3HF3A 4JX6A 4H4IA 4LRTA 1W8SA 3QSTA 2GQ8A 3R5EA 4DPQA 4K38A 5AHIA 3KXQA 4Z0JA 3VI2A 1O4UA 1IF2A 3TQVA 3C2RA 3P62A 4UFJA 2QCFA 3NL5A 3NQEA 3M47A 2NXGA 4HKPA 4O28A 3LV5A 1GQNA 1TJRA 5IM51 3W86A 3W87A 4N4PA 4M19A 1AL7A 2AGKA 3P74A 4JS3A 1X7FA 4FIQA 4R53A 3P82A 4KWWA 1F76A 4X2RA 1GG0A 1UASA 2EPHA 4ZQRA 3I7SA 1P1XA 4LT9A 4BR1A 3VE7A 3THAA 3NQ7A 5BMXA 4OT7A 2NUYA 2Y89A 3PSVA 4N9CA 1U9MA 4UMBA 4LW7A 1VR6A 1CW2A 2TYSA 4UTMA 2B7QA 3GDLA 2VEMA 3KS0A 1SO5A 3TMQA 2VEPA 1GT8A 5IBXA 2CLHA 2X30A 1G69A 2VOMA 4IGHA 2B7PA 3RNDA 3TCEA 1GWJA 4JX5A 4O10A 3A9IA 3O8AA 1WX0A 1Q6OA 1I2QA 4IMCA 4M7TA 4FNPA 3TE9A 5F2MA 2ZZ1A 5G4WA 1HO1A 4MFEA 4WY0B 3W70A 5LHFA 4EWND 1QOQA 1YTKA 5FI8A 4LUJA 4AF0A 5D2VA 3KHJA 4N9BA 4H3DA 3W7IA 4JEQA 3S5OA 3TKFA 3IVSA 4LS2A 3LCXA 3NNTA 1AWPA 1UB3A 3M5YA 5I3IA 5K4XA 4MKNA 5LZLA 3Q94A 4Y8FA 2J9YA 1N55A 2Y85A 4UTLA 2A5HA 1J2WA 3L66A 4ONVA 3O06A 2RHGA 3M6YA 3USBA 3FS2A 4TMCA 2Z0IA 4JY9A 4S2BA 1YDOA 5E1QA 4FB7A 3W2JA 1IIHA 3LHWA 1ZALA 3B8DA 3HGJA 1Q45A 4FNQA 1QCWA 4NXSA 3CLMA 1TRIA 1SSDA 1C29A 3QF0A 2O7QA 4PA8A 4CLMA 1RQEA 5DCBA 1C9DA 1VCGA 4UMCA 4D2JA 3CM4A 4RZ6A 4UCGA 3PUEA 3Q37A 3TV8A 2X1UA 5CKSA 3W7CA 1T8XA 3CU2A 1UUMA 1EWEA 3KAOA 1LR6A 1F5ZA 3PUOA 3DKJA 4YCOA 1WYIA 5CPMA 1AXXA 4A3UA 2E1DA 1EWDA 1H7OA 1JJKA 3TIMA 1PE1A 3I68A 5D2XA 1KFBA 3RK8A 1R46A 5CZ0A 2QUTA 4G1KA 1UBSA 2ZRUA 4UFLA 3HO8A 4AXKA 3EKLA 3MWAA 4PL1A 1L2UA 3EWYA 3EWBX 5D2TA 2ZRYA 2QAPA 3R13A 4O19A 4BFAA 1LQXA 3KFTA 2FPVA 3CIXA 2VC6A 1DKWA 1NF0A 1EP1A 2NV2A 4ADSA 3SR7A 4AHQA 1PCWA 1A50A 4GE8A 4IQLA 5CSRA 2Y61A 3C6CA 3U2OA 3G0XA 3W07A 3PBWA 3N73A 4RLIA 5DY3A 4IPIA 3UY8A 2E5DA 1TREA 3S6DA 1L9WA 1MSSA 3W9ZA 4ZQPA 1NAL1 1J03A 3GIYA 5LSMA 3EEGA 3MUSA 1DOSA 4K36A 2CFFA 4DO6A 1GVRA 3G3MA 4NVTA 4ORIA 4QIUA 4DF2A 3NQ2A 1GVFA 1TRDA 2ZZ3A 2WV8A 3WJYA 4LC6A 1K02A 3HGSA 2ZRVA 3MBDA 3GKAA 1GTHA 3LLFA 4UTTC 4KFOA 4WJEA 2C16A 1LLWA 2V2HA 4I7VA 5AC6A 5D09A 3BLEA 1V5XA 1U5JA 2ATSA 1F6PA 4LV9A 5CPOA 2WQPA 4HHPA 3VFLA 2RH9A 1ML1A 1H7XA 4JR5A 3TQKA 2QCDA 2CZ5A 2YGYA 1FCQA 2ZBTA 1ME7A 1OFPA 3A21A 4M7SA 1VCVA 1D3HA 3CTLA 2ZQ0A 3DI0A 2YFOA 4KFNA 3JR2A 4LVGA 1JRCA 2BLEA 3DBPA 1B5AA 5HNRA 4NU7A 1GYLA 3LOTA 2VFIA 3EB2A 2E6AA 1LDCA 4GUFA 1KFKA 2A4AA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2W91 A;  2WC7 A;  3ZFH A;  2V82 A;  3NGJ A;  1GVS A;  5DXX A;  1PAM A;  2P50 A;  1HO4 A;  1LBL A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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