1LDCA

X-ray structure of two complexes of the y143f flavocytochrome b2 mutant crystallized in the presence of lactate or phenyl-lactate
Total Genus 141
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
141
sequence length
502
structure length
478
Chain Sequence
KISPAEVAKHNKPDDCWVVINGYVYDLTRFLPNHPGGQDVIKFNAGKDVTAIFEPLHAPNVIDKYIAPEKKLGPLQGSMPPELVCPPYAPGETKEDIARKEQLKSLLPPLDNIINLYDFEYLASQTLTKQAWAFYSSGANDEVTHRENHNAYHRIFFKPKILVDVRKVDISTDMLGSHVDVPFYVSATALCKLGNPLEGEKDVARGCGQGVTKVPQMISTLASCSPEEIIEAAPSDKQIQWYQLYVNSDRKITDDLVKNVEKLGVKALFVTVDAPSLGQREKDMKLKALSKFIDPSLTWKDIEELKKKTKLPIVIKGVQRTEDVIKAAEIGVSGVVLSNHGGRQLDFSRAPIEVLAETMPILEQRNLKDKLEVFVDGGVRRGTDVLKALCLGAKGVGLGRPFLYANSCYGRNGVEKAIEILRDEIEMSMRLLGVTSIAELKPDLLDLSTLKARTVGVPNDVLYNEVYEGPTLTEFEDA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title X-ray structure of two complexes of the Y143F flavocytochrome b2 mutant crystallized in the presence of lactate or phenyl lactate.
pubmed doi rcsb
molecule keywords L-LACTATE DEHYDROGENASE
molecule tags Oxidoreductase
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 141
structure length 478
sequence length 502
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.1.2.3: L-lactate dehydrogenase (cytochrome).
pdb deposition date 1995-04-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00173 Cyt-b5 Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain
A PF01070 FMN_dh FMN-dependent dehydrogenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.120.10 Alpha Beta Roll Flavocytochrome B2; Chain A, domain 1 Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain 1ldcA01
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1ldcA02
4LS0A 3O6DA 4MLJA 1H7PA 1EX5A 3W9ZA 4E0CA 2NLIA 1Y0EA 2DJXA 5LNUA 4HNVA 1ZJIA 5DCDA 1TCDA 3UD6A 4N9DA 4Y90A 1ZFJA 3C8FA 1EUAA 5HQEA 2X2GA 2XN2A 3LBCA 2ZDRA 4JTEA 1H7WA 3B4UA 4LT9A 5HMSA 3W07A 4FX8A 3KRSA 2VOMA 3W7CA 1YDVA 2Y7DA 3HGRA 1TPWA 1PV8A 1A5CA 1WOAA 3QSTA 4RXFA 5I3JA 3PWAA 3TQVA 1ZCOA 1H62A 1R47A 4JTTA 3IV3A 2C1HA 4DBEA 3NPUA 3LF5A 3LB0A 1SOXA 1TIMA 1M2IA 1SZNA 4JYDA 4N9EA 3FEMA 3GR8A 1R46A 1J5TA 4UFJA 4E2BA 4GUFA 1D9EA 2DORA 3MHFA 4LS1A 3SR7A 4ZL1A 4DF2A 3NQFA 4RCXA 1WBHA 5IBXA 1TPDA 4CNNA 3SGUA 3W23A 3G1HA 3BGGA 4WXYA 5K9XA 4K7YA 1HO4A 2QCHA 4NJKA 1GVFA 2NWSA 3L21A 3P5ZA 3PUOA 3BV4A 4MJZA 1H61A 1J4EA 4UFHA 2QDGA 1XC4A 4W9TA 3HIJA 1XBZA 4N4PA 5G4EA 3I7SA 3TE9A 4IX0A 2J9ZA 5BNKA 1NAL1 4UTWA 5C2XA 4HNTA 3H54A 1JCJA 1KBJA 1WV2A 3QH2A 4Z1DA 4PEKA 3TAOA 3WK1A 2OT0A 1UB3A 3VFLA 3A22A 4XTDA 3L68A 3SZ8A 2YCEA 4I9AA 1P4CA 2I9EA 3NQ7A 3S1WA 1VHCA 1L6SA 4XQ6A 1Q6QA 2CLOA 2NUYA 2Q8LA 2Z0IA 1TREA 1MZHA 1PIIA 3W7RA 3OBKA 3W2MA 1LRQA 3ABSA 1LOSA 4EIVA 1DBTA 1W3NA 5I3KA 1KLZA 4LUJA 4O0KA 4UNKA 5C6MA 1KFJA 4M7SA 1I45A 3OZZB 1KBIA 1ZY9A 3CEPA 4O12A 5DBUA 1FWNA 2P1FA 2NXIA 2V2DA 4YLWA 1TB3A 2E5DA 3V1PA 3QW3A 1MEHA 1Q6LA 3DI1A 1WBJA 1V5XA 3W71A 2QAPA 3N3MA 2HS8A 1M7OA 4MY1A 4HNUA 3D0CA 3ANYA 4JX4A 4HKPA 4PL2A 1GVRA 2FJKA 2G97A 2BZNA 4NNBA 4HIBA 3PS7A 1I2PA 3SECA 1QNVA 5FF4A 4FNQA 4IOTA 1EHBA 3W85A 5C54A 2C15A 4FNPA 4N9BA 1XDLA 2CLIA 1S3HA 3LM7A 3TDFA 5AHIA 3L0NA 4Q33A 5LHFA 3NL3A 3PC0A 3N19B 3CLMA 3DFTA 2EAWA 3NG3A 2AXXA 3NNTA 3IVUA 5DLCA 3C3NA 3O6CA 1WA3A 4H3DA 4CQ9A 4O57A 5I3HA 1VYRA 1BWKA 4UTTC 1MO0A 3PSVA 2C0AA 3PR2A 2QEZA 4FXSA 3CWOX 1NSJA 1DQXA 1DV7A 3M5VA 2QCEA 4RR4A 2V9DA 2ZZ3A 2CWNA 3A9IA 5K4ZA 3EB2A 3ABRA 5FF3A 3NZ1A 5BRBA 4MYAA 4X8YA 2QAFA 1AMKA 3G0UA 4PC8A 3KRZA 1OG0A 3LHWA 1XBYA 1JULA 5HWNA 3LI1A 2ZRYA 3LV5A 3HF3A 4DQWA 5D2TA 3W70A 4NNCA 1M6JA 5L9FA 4RJEA 1CYOA 4BI5A 3EWUA 5F4WA 2ISSA 2A1YA 2ZRUA 1W5QA 2R14A 3W6YA 4O13A 3C2RA 5D2XA 1K03A 1QPQA 1PL9A 3UPWA 5F1VA 4UTHA 5K4XA 4PH6A 2UV8G 2Z2UA 5HINA 1QWGA 4QIUA 5LHEA 5F2IA 2FTPA 3GR7A 4IMCA 2FIQA 4Q32A 5D09A 1GTHA 3L2IA 4MFDA 3GB6A 2A0NA 3W75A 3A24A 3W2KA 1TJPA 3W1UA 3F4WA 1G4EA 1H1YA 4LRTA 1NVMA 4FX6M 1GYNA 2YZRA 1EIXA 2FB2A 3OIXA 1XCFA 4MPQA 4AWSA 1H60A 4ZQCA 2Y85A 3INPA 3M43A 3WJWA 1LP6A 3LCGA 2EF9A 3TUUA 3NQCA 5J5DA 2W0UA 2QF7A 1R2SA 2NXGA 5G4WA 2C19A 1VCFA 1QO5A 4FNRA 3F1QA 3Q94A 4WOZA 5L6UA 3L9CA 3KVJA 1L6YA 4UTUA 3QYQA 3PSWA 4KFOA 3C2EA 2V82A 2Z1BA 1YTKA 4AF0B 2FLIA 1J03A 3M9YA 5F4SA 3TQ0A 3S1VA 1GEQA 3G0SA 4Y96A 3X34A 3W7KA 4UCGA 2GJLA 4TR9A 2EHHA 1VPXA 1YXDA 3PBWA 5EA9A 3DH7A 2ZBTA 3NQ2A 3IRDA 3VNDA 2F7FA 3A23A 1R2RA 4OHQA 2WQPA 3HMJG 3W1PA 1QPNA 4ZQNA 2EKCA 2Y7GA 5AC7A 2QR6A 4LOCA 4JTGA 4P2VA 4HSOA 4YWIA 5AYXA 1H51A 2GUUA 4FXRA 1JJKA 3Q58A 4JNMA 1I2OA 1VS1A 2QDHA 4N9CA 1CI1A 4BF9A 4IPJA 3WK2A 3NQEA 1QAPA 3W7PA 2DZVA 1H50A 3CB8A 3GDRA 1BEUA 2GVLA 3MW7A 2IBJA 2V5LA 1W5OA 3LDVA 2TRSA 1TQXA 5FESA 5G2WA 1OFEA 1ZAJA 4GRSA 1KV8A 1LYXA 4MIMA 3EXSA 3VI2A 4JY8A 3G1SA 1PHWA 1S5WA 3H53A 1DJNA 1T0OA 1F76A 1DOSA 3G1XA 4A2RA 1QCWA 3ATZA 2ATMA 4DO5A 1TPFA 1ZNNA 3FJ6A 3OVPA 5IM51 3BW3A 2ABBA 3LCHA 4M5PA 4OU1A 1AWPA 3GZ3A 1HG3A 2YYTA 1TPUA 5FF0A 2H3DA 3GNNA 4M6VA 3P7YA 3TKFA 2WKJA 3LXAA 1R30A 4NX0A 5LZLA 3NA8A 1TTIA 5FEPA 4PODA 5AHLA 2ZRWA 1AW3A 1Z48A 3NQAA 2AQWA 3PG9A 3NL5A 5U7SA 5A8GA 3SIZA 2CZEA 4UTIA 2AAMA 1JCNA 3QPZA 3WJSA 3LLDA 1OJXA 2FPYA 4OQVA 2B7QA 1XFBA 2YFNA 4AHOA 5D33A 5HWMA 4MYXA 5HR7A 2DZXA 5AHEA 3WK3A 4OV9A 4MZ8A 5SWUA 4WXZA 5AFDA 3EX2A 3ZFHA 3VE9A 1W56A 2C16A 2CLKA 5LNSA 1IXOA 5KZDA 3OVRA 1KM5A 1SFLA 2RH9A 4JXCA 4DO4A 1FCVA 5E0KA 1DQWA 2XFWA 4ALDA 3KFTA 1IETA 1NX7A 3MI3A 5G1TA 3WJXA 1SZEA 1WXJA 3MUSA 3KAOA 2YGYA 2I89A 4Q4KA 5K9CA 2H8ZA 3C61A 4O52A 4GXMA 5LGXA 5HULA 1W5NA 4ICNA 2YW3A 1GWJA 1U9UA 1TRIA 1F5ZA 1K7FA 1SSGA 4JYFA 4BWLC 3TSBA 4GUHA 1RVGA 1LM1A 5KINA 3G1FA 1Q3NA 5F1UA 5LKYA 3LGEA 4MFEA 3R13A 5D04C 1KV5A 3LRKA 5FEZA 1IXNA 3A5FA 4XUGA 4JIPA 4PCFA 4RK8A 1TMHA 1RQEA 3PBVA 1OX6A 2YX0A 4AEOA 2H8XA 1LBLA 3GX9A 3EX6A 2Z6IA 1AL7A 2X1UA 1C29A 2E5CA 4QITA 5D2WA 3KVKA 4ADSA 1KTNA 1KFCA 5F2LA 3NXFA 4XTIA 1DKWA 1J2WA 3QMSA 1ALDA 3O63A 3TXZA 4KFNA 1W37A 1QMLA 5CZJA 3SI9A 1GQNA 3HG4A 1RQBA 3W87A 3NQDA 3EWZA 4BFAA 2J88A 5D03A 1NEYA 3P67A 4CCDA 3WJZA 5I3IA 1ZAHA 3TJLA 2C14A 3LTSA 2FDSA 3GVGA 5C55A 3H55A 1FXPA 1XDMA 2VEPA 4BI7A 4JX5A 2YR1A 2QUUA 1V7YA 2Y62A 2ISVA 4QJ1A 1IGSA 1JRBA 4LUIA 1W0MA 2ZZ1A 5J5RA 4O54A 3SJ3A 4UXDA 4NXSA 2QCMA 3NOEA 1ME8A 3B05A 2NXHA 3B06A 5DXYA 3KS0A 3NGJA 5K3VA 1F7BA 4I7WA 5FEWA 2V2HA 4R7JA 5AC8A 3G1AA 2VEIA 5DELA 2YFOA 3KOFA 3ZWTA 2ZA1A 3UZJA 5H2ZA 2GVJA 1SFJA 2X30A 5AYYA 1B3OA 4ZQOA 1TYGA 3MUXA 3SSJA 5IBXC 5DN1A 1AL8A 5EPDA 1G4SA 4HNNA 1FBAA 4K6AA 1ICPA 1K7XA 4GBUA 4DELA 3HG3A 4O50A 1X1OA 1TRDA 5E93A 1OK6A 2VFFA 1JUBA 3BO9A 1LROA 1OFRA 1GVOA 1CX9A 1AW5A 1KM3A 3KVMA 1GG0A 3UWVA 3HBLA 4LTSA 3M5XA 5GVJA 1TV5A 4YCOA 3T40A 3BG9A 2OX1A 3BK0A 5CKSA 4JGDA 4WD0A 1HFBA 4LV4A 2Z6JA 1M20A 4ZZ9A 3N73A 4FO4A 2DZUA 3KHJA 3TJXA 2BXVA 3W1LA 4NJJA 1LRTA 3W74A 2D73A 3OVQA 1KFEA 4IX2A 2B7OA 3KVLA 3GXPA 4UFMA 3LCXA 1SU5A 3B0VC 4JDBA 1K7EA 3QF0A 3TA6A 4S2BA 4X2RA 4FEZA 4JR5A 1HKOA 2A7RA 1NFBA 1TPC1 3QJAA 2WSQA 3B0PA 1LDCA 4ZQPA 2JKAA 3MWAA 3P5YA 3RU6A 4FNUA 3NEVA 3LHVA 2TYSA 4NZJA 3GDLA 1G6CA 4A2SA 3NL2A 4ZVJA 5TQLA 2W6RA 4POCA 4IMFA 3CM4A 1FCBA 3L5MA 4K38A 4ZMGA 3X33A 3TC6A 1VR6A 3B0UX 3LERA 2GVGA 3TSDA 1G69A 1C8VA 4O4WA 3TU9A 4DEFA 3LCIA 1WAUA 1XKYA 3RF9A 4O10A 1J0QA 1M5WA 4UTMA 2VFHA 5U4NA 1LOQA 2QCNA 5G2HA 2GJNA 3C2VA 3EX1A 3DFQA 4H4IA 3C6CA 5CZSA 4S1FA 3W72A 3LOTA 3QPYA 1O4UA 4O16A 4J9JA 3M47A 3S1XA 3ZR4A 4KWWA 1N55A 3DFSA 3WFAA 3UY7A 1KM0A 2A7PA 3I65A 1YDNA 3BLFA 3P62A 4UTJA 2J27A 2I96A 4JTLA 1N7KA 4JTSA 1VJIA 2CLHA 4UTLA 3TMLA 1O94A 4LY8A 3HGSA 3T44A 3P82A 4AWUA 3LXCA 1JUEA 3NL6A 3YPIA 3NQMA 3EXTA 5EL1A 4LC6A 3MP3A 4AHPA 4CNOA 1AXXA 1B9BA 2VELA 2ZTKA 4IJBA 3RLVA 1YXYA 4R33A 3IIXA 4QNWA 1OFPA 4R53A 3LXBA 1AG1O 3LTYA 2HS6A 4GJ1A 4QNEA 4YXGA 2ZFAA 4RZ4A 3R5EA 1Q6RA 4A22A 1HO1A 3LX9A 3SGZA 5HUPA 1CW2A 3IVTA 3QSRA 3SY5A 1B5AA 2TSYA 4QISA 5TIMA 3W1NA 4UTKA 1MXSA 3ELFA 1ADOA 2C13A 4U4MA 3VE7A 3UPBA 3W76A 2VFIA 3LTPA 1YTDA 4D2JA 1SUXA 5A5WA 3GAYA 2PRLA 2WSYA 4Z0SA 4GWEA 4MLRA 3U6WA 1LCOA 3IGXA 4Z08A 4LVBA 3M5YA 3BW4A 2FPVA 2R91A 2PURA 1EPXA 3TFCA 4NJHA 4PTNA 1GJPA 1CXYA 1LRNA 3S1UA 2YXGA 2BWGA 1G7VA 4JY9A 3LCWA 1PCKA 1QOQA 2QJGA 4JDYA 3PBUA 3AO0A 3S5ZA 3UXAA 1B4EA 1L6WA 4AVFA 3TXVA 4M19A 3LHUA 2NUWA 3PM6A 3L0GA 3N9RA 6TIMA 1GZGA 4DF0A 1X1ZA 1OF8A 2J9YA 1ICQA 1HUVA 2ZRZA 3NPVA 3L0KA 5DBTA 3S42A 3RK8A 1QDSA 3RMJA 3UWWA 1GG1A 1UBSA 2CZFA 3M41A 1EP2A 5LNWA 2O7QA 1SR9A 4XKYA 4YCPA 1OHLA 3MI2A 4DXVA 4UTTA 2Y7EA 4TMBA 3M1ZA 1JVNA 2O7SA 1N8FA 1GYLA 2AGKA 3DFOA 5CPLA 4O8RA 1D3HA 4RZ6A 2E6DA 2GQ8A 3W7GA 3QZEA 1L2UA 2ZZ6A 3U8GA 3TC7A 2RDUA 2WNNA 2V81A 4HILA 1F6KA 5D32A 5CG7A 1K3UA 1H1ZA 3FLUA 1DO9A 3EKLA 1FDZA 3G22A 2R94A 3HPZA 3N14A 3KXQA 3KX6A 3W7DA 5AB3A 4JTFA 3QEZA 4AHQA 3E12A 3W2NA 3B03A 4JS3A 4X22A 1ICSA 3DENA 4ADTA 2OCZA 2ZYFA 3FOKA 1F05A 3HGJA 2WSRA 3TCEA 3MBDA 3MP5A 2C18A 3RLUA 2CFFA 3LCFA 1DORA 4L4LA 1XI3A 2Y63A 1WOBA 2X1RA 4HHPA 1IIGA 3UWQA 1K8ZA 1I8JA 7TIMA 1H7NA 3DGRA 4FB7A 1KTCA 3HG5A 4UFIA 4AH7A 1P0NA 4LWWA 3W1RA 2GOUA 2QCCA 1QR7A 1R2TA 2A7NA 3W3OA 6ALDA 2FPTA 3CEUA 3UYCA 3E9AA 2WPBA 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 4UR8 A;  3BG5 A;  3IIO A;  3OA3 A;  5LNV A;  3P84 A;  4QSH A;  3W7E A;  2QCL A;  1RD5 A;  1FCQ A;  1XBV A;  4N02 A;  4CLM A;  1G4T A;  1EWE A;  4JYE A;  4Y9A A;  1KFK A;  3SFK A;  3NQ6 A;  2A2I A;  4AF0 A;  1EA0 A;  1BTM A;  2JGY A;  2FQI A;  1QFE A;  2WJZ A;  1KM2 A;  2B7N A;  3S6D A;  3TK7 A;  3G18 A;  1I87 A;  1HL2 A;  1YPF A;  2E6F A;  2G95 A;  3I68 A;  4TX9 A;  3I6R A;  1G4P A;  3NO5 A;  1JR1 A;  3ZWS A;  1OFA A;  4OWG A;  1VHN A;  3W7J A;  3O15 A;  3S5O A;  2A5H A;  5AC6 A;  4FHA A;  2JKE A;  3U2O A;  1FXQ A;  3O1N A;  1P0K A;  4GFS A;  4KWV A;  3W1T A;  1DJQ A;  5FF2 A;  2QKF A;  3RND A;  4WUI A;  4AMA A;  3HPS A;  3UQN A;  4HPJ A;  1T96 A;  2E09 A;  3SW6 A;  2I14 A;  5H91 A;  4O15 A;  3E49 A;  1I2Q A;  1LBF A;  2NX1 A;  5CPO A;  5BMX A;  3G3M A;  1O95 A;  1KM1 A;  1WYI A;  3NZR A;  3O6Y X;  3R2G A;  5EMU A;  1TTJ A;  4A29 A;  1BWL A;  4HIN A;  1ME7 A;  4WY0 F;  5D30 A;  3PAJ A;  3A21 A;  4E38 A;  1VC4 A;  2E68 A;  3GDM A;  3UY8 A;  4IQL A;  2C6Q A;  2OT1 A;  3QMR A;  4JTJ A;  3O05 A;  5I3F A;  3IIV A;  3AJX A;  2ZRX A;  4LVD A;  2YPI A;  4DBD A;  1X7F A;  1HTI A;  3CHV A;  1XL9 A;  3UWZ A;  4LW7 A;  3P81 A;  5HUO A;  5I3G A;  2BX7 A;  3EWB X;  3RFA A;  3W7O A;  4NU7 A;  3TH6 A;  1ICC A;  1C9D A;  3W2U A;  1W8S A;  2YSW A;  2Q3O A;  1H7R A;  4UMB A;  3CTL A;  4DPP A;  3HB9 A;  3I7Q A;  1G67 A;  3S5Y A;  2QJI A;  3DFN A;  2LLE A;  4JTH A;  3QQ1 A;  2RFG A;  4WOQ A;  5E1Q A;  4L4M A;  2ZRV A;  3NDO A;  4NNA A;  3W1Q A;  3IEB A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3OBK A;  3URB A;  3ABS A;  4B91 A;  1LOS A;  4EIV A;  1QI0 A;  1DBT A;  1KLZ A;  4LUJ A;  4AMC A;  3OZZ B;  3LPF A;  1RBO B;  2MNR A;  1KBI A;  4UOJ A;  2P1F A;  2BVD A;  4H8U A;  2V2D A;  4ZOA A;  2PWH A;  3KBV A;  2E5D A;  3V1P A;  1Q4N X;  1MEH A;  2R1L A;  3AOF A;  3DI1 A;  4YYC A;  3VNY A;  2IPW A;  3U57 A;  3V5C A;  5DML A;  3ID7 A;  4D6I A;  1BQG A;  2QAP A;  3EB3 A;  2OYK A;  4ZO8 A;  4MY1 A;  2C1G A;  3WMC A;  1FWB C;  3ANY A;  4HKP A;  4Q4P A;  3H21 A;  3CZE A;  1QNV A;  3QHN A;  2NLY A;  4K1G A;  4AC7 C;  5DMY A;  3VGB A;  4IOT A;  1EHB A;  1F8I A;  1XDL A;  2CLI A;  1S3H A;  3E5P A;  1KXH A;  3N1A A;  1T7L A;  3L0N A;  3UR5 A;  3PTM A;  2YBT A;  4FF5 A;  1RUS A;  2D2G A;  4D9P A;  3CO8 A;  1B0I A;  3C3N A;  1IEI A;  4H3D A;  4YTQ A;  4O57 A;  5TD4 A;  2WC7 A;  4HME A;  1BWK A;  3PSV A;  3PR2 A;  3BOF A;  4FXS A;  3GC2 A;  1DV7 A;  3WLI A;  3K8L A;  2QCE A;  3HQP A;  4RR4 A;  4FI4 A;  2V9D A;  4I8D A;  3A9I A;  4B5W A;  3F2D A;  2EJA A;  1K70 A;  4MYA A;  3WUE A;  3QLD A;  1AMK A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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