3LA4A

Crystal structure of the first plant urease from jack bean (canavalia ensiformis)
Total Genus 285
100200300400500600700800050100150200250300
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
285
sequence length
840
structure length
833
Chain Sequence
MKLSPREVEKLGLHNAGYLAQKRLARGVRLNYTEAVALIASQIMEYARDGEKTVAQLMLGQHLLGRRQVLPAVPHLLNAVQVEATFPDGTKLVTVHDPISRENGELQEALFGSLLPVPSLDKFAEDNRIPGEILCEDECLTLNIGRKAVILKVTSKGDRPIQVGSHYHFIEVNPYLTFDRRKAYGMRLNIAAGTAVRFEPGDKSVTLVSIEGNKVIRGGNAIADGPVNETNLEAAMHAVRSKGFGHEEEKDASEGFTKEDPNCPFNTFIHRKEYANKYGPTTGDKIRLGDTNLLAEIEKDYALYGDECVFGGGKVIRDGMGQSCGHPPAISLDTVITNAVIIDYTGIIKADIGIKDGLIASIGKAGNPDIMNGVFSNMIIGANTEVIAGEGLIVTAGAIDCHVHYICPQLVYEAISSGITTLVGGGTGPAAGTRATTCTPSPTQMRLMLQSTDDLPLNFGFTGKGSSSKPDELHEIIKAGAMGLLHEDWGSTPAAIDNCLTIAEHHDIQINIHTDTLNEAGFVEHSIAAFKGRTIHTYHSEGAGGGHAPDIIKVCGIKNVLPSSTNPTRPLTSNTIDEHLDMLMVHHLDREIPEDLAFAHSRIRKKTIAAEDVLNDIGAISIISSDSQAMGRVGEVISRTWQTADKMKAQTGPLKCDSSDNDNFRIRRYIAKYTINPAIANGFSQYVGSVEVGKLADLVMWKPSFFGTKPEMVIKGGMVAWADIGDPNASIPTPEPVKMRPMYGTLGKAGGALSIAFVSKAALDQRVNVLYGLNKRVEAVSNVRKLTKLDMKLNDALPEITVDPESYTVKADGKLLCVSEATTVPLSRNYFLF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
publication title Crystal structure of the first plant urease from jack bean: 83 years of journey from its first crystal to molecular structure
pubmed doi rcsb
molecule keywords Urease
total genus 285
structure length 833
sequence length 840
ec nomenclature ec 3.5.1.5: Urease.
pdb deposition date 2010-01-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00449 Urease_alpha Urease alpha-subunit, N-terminal domain
A PF00547 Urease_gamma Urease, gamma subunit
A PF00699 Urease_beta Urease beta subunit
A PF01979 Amidohydro_1 Amidohydrolase family
A PF18473 Urease_linker Urease subunit beta-alpha linker domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.10.150.10 Mainly Beta Ribbon Urease, subunit B Urease, beta subunit 3la4A03
2.30.40.10 Mainly Beta Roll Urease, subunit C; domain 1 Urease, subunit C, domain 1 3la4A02
3.20.20.140 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Metal-dependent hydrolases 3la4A04
3.30.280.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Urease; subunit A Urease, gamma-like subunit 3la4A01
4C6KA 1R9XA 4C6OA 1RK5A 1O12A 2XIOA 3K2GA 3OVGA 1IE7C 2W9MA 3V7PA 3GIQA 4C6PA 4C60A 3PBMA 4EP8A 4CEUA 2YZ5A 4XD4A 2R1PA 4EPBC 4DI8A 1P6BA 3AU6A 3ISIX 4KF1A 2QT3A 3MSRA 4EPDC 4EPEA 4DZHA 2HBXA 4C6BA 4RDYA 5A6TA 2O4QA 3SFWA 2Z4GA 2PLMA 4V1XA 4GYFA 4IFOA 4DIAA 2HPMA 4EPDB 4IG2A 3URNA 1EJXB 1FWAC 2OOFA 3UPMA 4C6NA 3PNZA 4GC3A 4C6QA 1EJWC 3RYSA 1FWCC 2GWNA 4WGXA 3S2LA 1A5NC 4H9TA 2D2JA 4LCSA 4LH8A 1FWBA 3ICJA 1P6CA 3DCPA 1WXZA 4PCPA 2FTYA 3OQEA 1FWGC 2PAJA 3LSBA 3ORWA 2E25A 3DC8A 2PGRA 3T1GA 3UBPC 3GU9A 3MDUA 3GU1A 3IACA 1FWIA 3MDWA 1YRRA 2I9UA 5FSDC 2OGJA 4KESA 1GKRA 4IQJA 3ITCA 1J6PA 4EP8B 4FURA 2Z24A 1R9ZA 1ADDA 1EZ2A 4HK7A 4RDVA 2EG6A 3MVIA 1E9YA 3TN6A 1W1IE 1EJUC 4EPEB 4LAKA 3UBPB 3DUGA 4IGNA 3LGGA 2Z28A 4INFA 3GTHA 1A4LA 1EJRC 3GG7A 3WMLA 4DLMA 1IE7A 1XWYA 4C5ZA 1V79A 4B3ZA 1PTAA 4C6MA 2VHLA 1ONXA 2Z00A 1ITUA 4IFKB 1EJUB 3EWCA 4IG2B 3E3HA 1YMYA 3UR2A 4EPBA 1EJTC 1EJRB 2QVNA 1FWEA 3QGKC 1FWDA 1QXLA 4EPDA 2GZXA 2FVKA 4KETA 2P53A 2ICSA 3D6NA 3S2JA 3JZEA 3A3XA 3K5XA 2OB3A 2OQLA 3SO7A 2VR2A 1HZYA 4RZBA 3MJMA 2FTWA 1EJTB 1YIXA 1EF2C 4H9MA 3HM7A 3OOQA 1V4YA 1FWHC 1NDZA 1FWIB 4CNTA 4DNMA 2D2GA 3GU2A 1FWAA 2Z2AA 3LA4A 3LSCA 1EJWA 1FWCA 4CQDA 4XD3A 3NEHA 1A5NA 4GXWA 1E9YB 4QSFA 1YBQA 3RHGA 2HNHA 4IGMA 2Z7GA 2DVTA 4LALA 3EWDA 2E1WA 2HQAA 1FWGA 3T8LA 2G3FA 1FWEC 1A5MC 4LEFA 1FWDC 4I6KA 1IE7B 3UBPA 4CEXC 1FKWA 3QGAC 4XAYA 1BF6A 5FSDA 3TNBA 4GY1A 3F4DA 3LS9A 1RAKA 4H9UA 4C6IA 4XD5A 1RK6A 4EPBB 3LY0A 4E3TA 1K70A 1FWEB 2EG7A 3CJPA 1FWDB 3QY8A 4IFKA 1EJUA 4DYKA 5HMFA 4NG3A 1KCXA 4H9YA 1J5SA 1EJRA 4UBPC 4XAFA 2CZVA 1XRTA 1EJVA 4HK6A 4GK8A 4LANA 1QW7A 4M51A 2R1KA 3FEQA 3N2CA 4OFCA 4LCQA 3IARA 2R1NA 2VC7A 4PBEA 1PB0A 1FWAB 1KRAC 3IV8A 1EJTA 3G77A 1DPMA 2R1LA 2FFIA 2VC5A 3URAA 2ADAA 1EJWB 3GTFA 1FWCB 3QGKA 5AKQA 1UBPC 4ZSTA 2R1MA 1A5NB 3MTWA 1NDYA 3C86A 1YBQB 3FDKA 3E38A 3TN4A 3IJ6A 4UB9A 1V77A 1M65A 3ID7A 4C6LA 1ITQA 2DVUA 3F2DA 1RJPA 4H9XA 2QPXA 1NDVA 1FWGB 1KRAB 4TQTA 3UF9A 1EF2A 4C6FA 1FWHA 3GRIA 5G4HC 4AC7A 4H01A 3A3WA 3TN5A 4B91A 5FSDB 3NQBA 1KRCA 4IH3A 4C6JA 4IFRA 4KQNA 4HA0A 4RDWA 3PNUA 4DO7A 3UR5A 3WYZA 1EJVC 4DZIA 3OJGA 3GTIA 1XRFA 4J2MA 4WVXA 1PO9A 4GBDA 1UMLA 2GOKA 4RDZA 1KRBC 5FSEC 1FWJC 4NI8A 1GKPA 4GZ7A 2ANUA 2FVHA 1A5MA 4P5UA 3S2MA 1S3TC 4GY0A 4ERGA 1EJVB 4J35A 3F2BA 3MVTA 4CEXA 2UBPC 1M68A 2WM1A 4ZSUA 2FVMA 3QGAA 5HMDA 4C6EA 2AQVA 2BB0A 2GWGA 1FWFC 2EG8A 4G2DA 4CQCA 4KEZA 1V51A 1FWJB 2HBVA 4G7EB 2P9BA 3LU2A 4HK5A 3AU2A 1VFLA 1A4MA 3FDGA 3GIPA 4KERA 2YB1A 5CH9A 1S3TB 4AC7C 1KRCC 3IGHX 2UZ9A 4C6DA 3E74A 4UBPA 3MPGA 1A5OC 1YNYA 3BE7A 1R9YA 4C6CA 1K6WA 4R85A 2P50A 3WZ0E 4GY7A 4C5YA 1EF2B 4ERAA 1FWHB 4JOMA 4AC7B 1O5RA 1KRCB 1UIOA 4DI9A 1KRAA 2BGNE 4QTGA 1V7AA 4H9VA 4ERIA 2ZC1A 4BKNA 1A5OB 2GSEA 1UBPA 2KAUA 1KRMA 3CS2A 4I6VA 2O4MA 3NURA 4B92A 1I0DA 4D8LA 3PAOA 3LGDA 1EJSA 5E5CA 2DVXA 3O0FA 4Z42A 1GKQA 2WJDA 3F2CA 1NFGA 1ZZMA 2A3LA 3A4JA 1A5MB 2OODA 1A5KC 5G4HA 4CEXB 1E9ZB 4F0LA 4ICMA 3HPAA 3O7UA 3F4CA 4J5NA 1EJXC 4XAZA 2I5GA 4WHBA 3E2VA 4C65A 4PE8A 2PGFA 3B0XA 3OU8A 2YB4A 2Z27A 1J6OA 3MKVA 3GUWA 1A5KB 1KRBA 4GX9A 5FSEA 3T81A 1FWJA 2QS8A 4G7EA 3RN6A 3RCMA 4H00A 1RJRA 4KEUA 2Z2BA 2WJFA 4LAOA 4UBPB 4AQLA 1RA5A 3E0LA 1S3TA 2KAUC 1PSCA 3HTWA 1A5LA 2UBPA 4QS5A 3B40A 1ONWA 3QY7A 4CQBA 4YIWA 1J79A 1FWFA 2VM8A 1EJSC 4QRNA 4Z42C 4EP8C 3IPWA 4KEVA 4NP7A 4PCNA 4CEUC 2F6KA 4GOAA 2AQOA 4CNSA 1EYWA 4CNUA 4XAGA 1K1DA 4XD6A 1UBPB 4EPKA 2KAUB 3IRSA 4RE0A 4EPEC 3E0FA 4V1YA 4LFYA 4R7WA 4R88A 5A6TC 2D2HA 1EJSB 4L9XA 1XGEA 2PUZA 4IF2A 4Z42B 1A5OA 3R0DA 4CEUB 1JGMA 1RA0A 5HMEA 1FKXA 4LCRA 4L6DA 1POJA 4QS6A 5G4HB 2WJEA 3PANA 3OODA 4MUPA 3GGMA 5LXXA 3K4WA 4F0SA 2AMXA 4B90A 3AUOA 3S4TA 5A6TB 2Y1HA 4DLFA 3URQA 4F0RA 1E9ZA 1A5LC 4LAMA 2Z25A 3B0YA 3LNPA 1FWBC 1P1MA 2Z26A 2HPIA 1KRBB 5FSEB 3EGJA 3QY6A 4BJHA 1RJQA 3URBA 2RAGA 1POKA 1M7JA 1A5KA 1A5LB 2UBPB 4BY3A 4GX8A 1FWIC 4QROA 3S2NA 1FWFB 1EJXA 1FWBB 3KM8A 2YXOA 3CAKA 2Z29A 3TN3A 2Q09A 4HJWA 2Q01A 2IMRA 1WXYA 4KIRA 3GTXA 4H9ZA 1I0BA 1NDWA 4PBFA 1UIPA 2VUNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WLNA 2UVRA 4YU1A 1CZ1A 4LVAA 5CPTA 4Q22A 1XLLA 2H8ZA 5JH1A 4EAYA 3MP3A 3LLFA 3FW6A 4JL2A 3VUPA 4KBXA 4CEUA 3GNNA 3FK4A 1XG4A 2I57A 2R6OA 4WF7A 3IJQA 1M5WA 1DIEA 2W67A 1OD8A 4I7VA 4I9AA 1JGIA 4B5TA 1FWRA 1Z48A 4O3RA 2AOSA 1EYEA 2GYIA 1JD7A 1QVBA 3BQ5A 5D32A 4HQVA 3S6DA 1UUMA 2HDJA 4Q8WA 1NP0A 4FA3A 3ARUA 3PN8A 3WH8A 1QI3A 2FFCA 4HNLA 4JR5A 2JIWA 3HGRA 4GD0A 7CGTA 1WO2A 2YCKX 2BZNA 3AIUA 3GB6A 3BJTA 3VUSA 1JCTA 4PCPA 4D72A 4DZAA 2XN0A 1G7VA 4FXRA 3RB3A 2QMKA 4F4ZA 3LBOA 4NT0A 1GKRA 3FJ6A 4IQJA 3N2BA 1EZ2A 1VRDA 3OYZA 2J74A 1KBJA 2GUBA 3N2OA 3HGOA 4ACZB 3O05A 1FDYA 3LRLA 4MKVA 4U31A 3SAZA 1H11A 3RO6A 4IRCA 2RGMA 3WMLA 4YCOA 1XRSA 4TOQA 1CW2A 1FFQA 4R33A 4TVUA 3NZQA 3UVIA 3L0NA 3VIGA 2QDHA 4C1NB 1EJRB 1W54A 3COTA 3AYVA 4FIRA 4W88A 1J4EA 1P43A 1XL9A 3MP5A 4JXCA 3VILA 3MJMA 4CN4A 4O3SA 4ECWA 1HW6A 1GHSA 4U2ZA 4C1KA 2VQUA 3BAJA 5LNSA 1B3WA 2PPGA 4E0CA 4PTNA 1K9DA 1HN1A 1TV5A 3LSCA 2V5BA 2FGLA 3DERA 3II1A 4QSFA 3RHGA 4B9ZA 2HNHA 4JYDA 4IGMA 1K9FA 2JK2A 3PR4A 2QXWA 4Z2LA 2PP1A 5DBUA 2DQWA 5FF7A 4MKSA 5C71A 3G6XA 1UCWA 3W7QA 1OCNA 4J9PA 4K36A 1XRVA 5I3JA 2D23A 2YXGA 2J7DA 4PSRA 4IRKA 3BGGA 5CC6A 5FEWA 1VEPA 4IP5A 3VVGA 3CU2A 3QY8A 1LRNA 4W7WA 4F4WA 1UKQA 1GQKA 1KGXA 4LBSA 2ACQA 3OYXA 1JXKA 4EF8A 4O12A 6ALDA 1R2SA 4RX0A 2AKZA 4HK6A 4YJ5A 2YCIX 4UQEA 1SZFA 1KW1A 4I9TA 2FPVA 4ECVA 1OGBA 2NUWA 5HUOA 2WKJA 1WYIA 1JQXA 3K4AA 1PIGA 3GTFA 5CGMA 4A3HA 3EDFA 4ORIA 1OFRA 3WMCA 4LUTA 4OIFA 4QITA 1V77A 3U4FA 1E6XM 4Z08A 1WKDA 4Q44A 3NL3A 3VPLA 4J9JA 3L5LA 4JFUA 3M0JA 2ZZ3A 2OWCA 3WLSA 4B91A 4FXFA 3NZ1A 4UFHA 1IEVA 2OR2A 4RKAA 1UPMB 3PB0A 1L6SA 3QGVA 4UTIA 3HPZA 4FB7A 1I2QA 5AB3A 1U33A 1PS9A 3PZOA 3HPFA 5CSYA 1GUVA 5XIMA 2OZ3A 3VAVA 1UP0A 3NSMA 3VIMA 2UBPC 3PSWA 2FVMA 3LK6A 4M1RA 5A2BA 1TX0A 1PX3A 2P9BA 4KS0A 3M46A 4M3PA 3VOCA 2YYUA 2YBUA 4EVZA 1A4MA 2EPNA 4J4KA 4AUBA 1VHCA 1C90A 2J7HA 1QRQA 4C6DA 2CWNA 3LPOA 4N4PA 5EFFA 1R9YA 4R85A 1R3SA 2P10A 3IAPA 4JOMA 4EACA 2PF0A 1FCQA 4JTCA 2J7BA 1A5OB 1OFBA 2DSUA 2ZRZA 1PYMA 4B92A 1RCQA 2WC4A 3A9BA 4UQ9A 2GSHA 1QWKA 4UZSA 4K39A 2Z1WA 3OHMB 4S1FA 5IBXC 5A6AA 2WSYA 3C6CA 1DV7A 3SW6A 2XIMA 3MYOA 3BUVA 1XC6A 4MWAA 5CPOA 3WD1A 1W8SA 2Z1SA 2VGGA 2W9BA 4LAUA 5F2GA 1GVYA 1B4KA 1OG0A 3TJ4A 4HMDA 2VDIA 1TTQA 4RV8A 5DLGA 1TR9A 4I3GA 1FWJA 2QS8A 4LUJA 1RJRA 3RDKA 8RUCA 1XFCA 4JPGA 4ADUA 1EC8A 1D7FA 1CBGA 1UP2A 2HISA 1W17A 2UY4A 3T09A 5J8LA 3B9NA 3W1PA 1IWAA 2PODA 4BR1A 5TQLA 3TJXA 3GIJA 1QOXA 1ZSXA 3LB0A 4BFAA 2I5QA 4S3DA 3KCJA 3A4XA 3OQ8A 2PEVA 2V3FA 1CEOA 3SCRA 3C2YA 2HVMA 1N55A 4LCRA 1DBTA 2NLYA 4G7FA 1YHTA 1UH4A 1EX1A 1UD5A 5KG2A 3HG5A 3VD4A 5I00A 4F0RA 4NYYA 1EIBA 5C54A 4AAJA 4PMNA 5G2WA 4J40A 1KFLA 1FWBC 4O3NA 4IMAA 2JKPA 1NF7A 3KVLA 4DL4A 4WKAA 2CZFA 3D3FA 1R2TA 3TYEA 4Z2HA 3BAXA 1Z7AA 5L1IA 1EXPA 4GX8A 3T55A 1FWFB 4WOZA 2Y5SA 3E96A 3F4WA 4QWDA 1WPCA 3A12A 3F5JA 4G9PA 2OSWA 1XCFA 1AMYA 3GTXA 1UIPA 4ZENA 4YP3A 1EHNA 3QFWA 4UFKA 4H6QA 3MSGA 1E4MM 3T40A 4E8DA 5AC8A 3ZVHA 4NI3A 4NNCA 1JFXA 3A64A 4JHZA 4EPBC 2VCCA 4FR1A 3V18A 4KF1A 2V2DA 4DPQA 4IMGA 4YR2A 4EPDC 5IFPA 1OK6A 1C8YA 4MY1A 4PN2A 2YGYA 5KG5A 4F50A 4P7OA 1E72M 3G6MA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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