3LA4A

Crystal structure of the first plant urease from jack bean (canavalia ensiformis)
Total Genus 285
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
285
sequence length
840
structure length
833
Chain Sequence
MKLSPREVEKLGLHNAGYLAQKRLARGVRLNYTEAVALIASQIMEYARDGEKTVAQLMLGQHLLGRRQVLPAVPHLLNAVQVEATFPDGTKLVTVHDPISRENGELQEALFGSLLPVPSLDKFAEDNRIPGEILCEDECLTLNIGRKAVILKVTSKGDRPIQVGSHYHFIEVNPYLTFDRRKAYGMRLNIAAGTAVRFEPGDKSVTLVSIEGNKVIRGGNAIADGPVNETNLEAAMHAVRSKGFGHEEEKDASEGFTKEDPNCPFNTFIHRKEYANKYGPTTGDKIRLGDTNLLAEIEKDYALYGDECVFGGGKVIRDGMGQSCGHPPAISLDTVITNAVIIDYTGIIKADIGIKDGLIASIGKAGNPDIMNGVFSNMIIGANTEVIAGEGLIVTAGAIDCHVHYICPQLVYEAISSGITTLVGGGTGPAAGTRATTCTPSPTQMRLMLQSTDDLPLNFGFTGKGSSSKPDELHEIIKAGAMGLLHEDWGSTPAAIDNCLTIAEHHDIQINIHTDTLNEAGFVEHSIAAFKGRTIHTYHSEGAGGGHAPDIIKVCGIKNVLPSSTNPTRPLTSNTIDEHLDMLMVHHLDREIPEDLAFAHSRIRKKTIAAEDVLNDIGAISIISSDSQAMGRVGEVISRTWQTADKMKAQTGPLKCDSSDNDNFRIRRYIAKYTINPAIANGFSQYVGSVEVGKLADLVMWKPSFFGTKPEMVIKGGMVAWADIGDPNASIPTPEPVKMRPMYGTLGKAGGALSIAFVSKAALDQRVNVLYGLNKRVEAVSNVRKLTKLDMKLNDALPEITVDPESYTVKADGKLLCVSEATTVPLSRNYFLF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Urease
publication title Crystal structure of the first plant urease from jack bean: 83 years of journey from its first crystal to molecular structure
pubmed doi rcsb
total genus 285
structure length 833
sequence length 840
ec nomenclature ec 3.5.1.5: Urease.
pdb deposition date 2010-01-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00449 Urease_alpha Urease alpha-subunit, N-terminal domain
A PF00547 Urease_gamma Urease, gamma subunit
A PF00699 Urease_beta Urease beta subunit
A PF01979 Amidohydro_1 Amidohydrolase family
A PF18473 Urease_linker Urease subunit beta-alpha linker domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.10.150.10 Mainly Beta Ribbon Urease, subunit B Urease, beta subunit 3la4A03
2.30.40.10 Mainly Beta Roll Urease, subunit C; domain 1 Urease, subunit C, domain 1 3la4A02
3.20.20.140 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Metal-dependent hydrolases 3la4A04
3.30.280.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Urease; subunit A Urease, gamma-like subunit 3la4A01
4EPKA 4C6EA 2YB4A 2Z29A 4XD4A 4DI8A 4WGXA 5AKQA 3MDWA 1FWCA 3T8LA 1WXZA 4IG2A 1KRBB 4H01A 4C6QA 4CEXB 3S4TA 3FEQA 4DLFA 3KM8A 4E3TA 1YNYA 4INFA 1I0BA 4AC7B 1V79A 4R7WA 3TN4A 4B90A 4EPEA 3F4DA 3QY7A 3A3WA 3DCPA 1A5KB 1KRCB 4B91A 1A5MB 5G4HC 3MDUA 1YRRA 1EJTB 1A5NA 1A5OC 4YIWA 4BKNA 2EG6A 4ERGA 1EJUB 1NFGA 4I6KA 4CEUB 1QXLA 1V77A 1JGMA 1PB0A 5CH9A 4BY3A 4QTGA 1WXYA 4V1YA 2GWNA 3TNBA 4IF2A 3DUGA 1ZZMA 1EJXC 3F2BA 5FSDB 4HA0A 4QROA 3IJ6A 2FTYA 2DVUA 2OODA 4DI9A 1PSCA 4R85A 1R9XA 4ZSTA 4IFRA 1S3TC 1FWFA 3R0DA 5HMFA 1FWJC 4IGMA 3O0FA 2PLMA 1K1DA 3WYZA 1NDWA 3RHGA 3UPMA 3QY8A 4L9XA 3E2VA 4HK7A 1A5OB 1O5RA 4XD5A 4C6BA 1FWEC 1I0DA 4LANA 3GU2A 3RYSA 1ITUA 2Z27A 2WJEA 3OJGA 3OODA 1EZ2A 4XD6A 2PGFA 2D2GA 2VHLA 1EJXB 2CZVA 2VC5A 1EJRB 4F0RA 1KRMA 1PTAA 4GYFA 4EPDC 2HBVA 4RE0A 4PCNA 3ISIX 2BB0A 4GC3A 1FWAB 4EPBC 5A6TC 3RN6A 1A5LA 3GTFA 3MVTA 4KQNA 2YZ5A 3URQA 1XRFA 1FWHA 1UIOA 1FWJB 4KEVA 1FWCC 3NQBA 1FWDC 5HMDA 1IE7A 4R88A 2Z7GA 2XIOA 3F4CA 1RA0A 4XAGA 4EPEC 1YBQB 2E25A 4HJWA 4C6DA 4UB9A 1E9YB 3G77A 2R1MA 4C6IA 4RDWA 1FWGB 4ICMA 1RJPA 5FSEC 4KETA 1FWEB 3B40A 2D2HA 1A4MA 1RK6A 1A5NC 3B0YA 4GY0A 2Q09A 2HPMA 4L6DA 3T81A 3LY0A 1EF2B 4EPDB 1XRTA 4ERAA 2UBPA 1RAKA 3E0LA 1M68A 5E5CA 2R1PA 4LCQA 2ICSA 4JOMA 4GOAA 5A6TB 1K6WA 2OB3A 4IQJA 4EP8A 1UBPA 4DNMA 4H9VA 4G7EA 4H9TA 1HZYA 2AQVA 3E3HA 4J35A 1FWDB 3IACA 4CNUA 3B0XA 2FTWA 1KRAA 1J79A 1ADDA 3LGGA 1FWFC 3CJPA 4DLMA 2QPXA 4IFKB 3FDGA 5FSEB 4IH3A 2BGNE 2GWGA 1GKQA 3GTXA 3GIQA 2GOKA 4CEXA 3AUOA 1BF6A 1V7AA 2PGRA 2DVXA 3O7UA 4ERIA 4AC7A 2Z2BA 1E9ZB 1EJSB 4C6OA 1EJWB 1J6OA 2D2JA 3QY6A 4KF1A 1P6CA 3S2NA 3AU6A 1A5MA 3ITCA 4ZSUA 3T1GA 4UBPA 4XAFA 4KIRA 3S2LA 1FWBA 4CEUA 4AQLA 4IGNA 3QGKA 3GIPA 4LAMA 3NEHA 4B92A 2I5GA 3JZEA 1A5LC 4C6FA 3IARA 1FWFB 4D8LA 5LXXA 3MJMA 4WVXA 4C6NA 5FSDA 1IE7C 5G4HB 3ORWA 2Z2AA 3GUWA 3AU2A 3NURA 3URNA 4LAKA 3DC8A 2Z4GA 3UBPA 3LGDA 1XWYA 4KEUA 4XAYA 2KAUA 4C6LA 3ICJA 3LA4A 2F6KA 3UR2A 1GKPA 2OOFA 3LSCA 2HNHA 4TQTA 3GGMA 4J5NA 1ONWA 1EJVA 4CQDA 2Z24A 2O4QA 4PBEA 2QVNA 2UBPC 4C6MA 2P53A 4C5YA 1A4LA 4NI8A 1S3TB 2EG8A 3A4JA 4EP8C 1UBPC 2FVHA 1NDVA 2Z26A 1FKXA 4GXWA 4M51A 4BJHA 1NDZA 3C86A 4WHBA 1EJRA 3OVGA 4I6VA 3GG7A 3GRIA 4C65A 1KRAC 2Z00A 3F2DA 1IE7B 4C5ZA 3E0FA 3EWCA 3OOQA 1FWAA 2FFIA 3MTWA 3HTWA 3IV8A 2ADAA 3GU9A 3URBA 4LH8A 3QGAA 4LCRA 2WJDA 3CS2A 3IPWA 4DZHA 4NP7A 4H9ZA 3OU8A 3URAA 4LCSA 2Z25A 3UR5A 2DVTA 2UZ9A 1FKWA 1QW7A 1POKA 4RZBA 4AC7C 3S2MA 3S2JA 1RJRA 1FWGA 2O4MA 4H9MA 3MSRA 4HK6A 1FWEA 4EPBB 3V7PA 3BE7A 4F0LA 3IGHX 2Z28A 3PBMA 4GX9A 1A5MC 3RCMA 4GK8A 4EP8B 4RDVA 4UBPC 4V1XA 1VFLA 3PNZA 1FWCB 1P6BA 1DPMA 2GSEA 4GZ7A 1NDYA 4IG2B 1FWBC 4CEUC 4PE8A 1EF2A 4EPDA 4QSFA 3QGKC 3MVIA 4EPEB 3LS9A 1FWIA 2AQOA 2P9BA 4XAZA 4C60A 4DZIA 4Z42A 4DO7A 4IFOA 2YXOA 4XD3A 4C6CA 5FSDC 1EYWA 2YB1A 3HPAA 2PAJA 1R9ZA 5HMEA 1KRBA 1FWDA 1A5NB 2FVMA 4J2MA 3MKVA 4CNSA 4GBDA 4HK5A 4RDYA 4DIAA 3UBPC 4LEFA 1KCXA 2KAUC 1XGEA 4IFKA 3D6NA 1A5KA 3K2GA 1KRCA 3HM7A 3MPGA 5FSEA 1PO9A 2VR2A 2RAGA 2R1KA 4GX8A 1EJTA 1EJVC 3UF9A 3F2CA 2EG7A 4UBPB 4G2DA 2Q01A 3EWDA 1EJUA 3PANA 2G3FA 2OGJA 1E9ZA 1FWBB 2QT3A 1YMYA 1UMLA 1EJSA 1EJWA 1J6PA 4PBFA 4C6JA 3WMLA 1FWHC 4KESA 4QS5A 3LSBA 1EJRC 3EGJA 4P5UA 4F0SA 1ONXA 2VUNA 3TN3A 2A3LA 1FWAC 1K70A 2IMRA 4DYKA 2OQLA 1RK5A 4C6KA 3QGAC 3UBPB 2R1LA 2KAUB 2WJFA 2WM1A 4MUPA 1YIXA 3PAOA 4PCPA 4OFCA 2Y1HA 5G4HA 2QS8A 2R1NA 4GY1A 1EJVB 1A5OA 4H00A 2HQAA 3ID7A 3E74A 1FWGC 4C6PA 4KEZA 1RJQA 3A3XA 1M7JA 1W1IE 1A5LB 1O12A 1FWHB 1EJXA 2W9MA 3LU2A 1J5SA 1V4YA 2GZXA 2E1WA 4QS6A 3WZ0E 2P50A 1EF2C 3OQEA 1POJA 2VC7A 4NG3A 1FWIC 4Z42C 4LALA 4LFYA 1S3TA 1V51A 4CQCA 1FWJA 3SFWA 2HBXA 2ANUA 1KRBC 4CEXC 4GY7A 4CQBA 3K4WA 3LNPA 1YBQA 3GTHA 3PNUA 1E9YA 2FVKA 3E38A 1R9YA 3IRSA 1RA5A 2UBPB 4QRNA 3GTIA 2I9UA 2AMXA 1A5KC 1KRCC 4H9XA 1ITQA 3TN5A 2PUZA 3CAKA 1UIPA 3GU1A 1UBPB 4CNTA 2ZC1A 4G7EB 1EJTC 3FDKA 3TN6A 2HPIA 1EJUC 1P1MA 1KRAB 1EJSC 1EJWC 4H9YA 4KERA 4LAOA 4FURA 3K5XA 3SO7A 1M65A 3N2CA 1FWIB 5A6TA 4B3ZA 4EPBA 2VM8A 4H9UA 4Z42B 1GKRA 4RDZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1CXLA 3MDWA 3KRSA 1FWCA 4PFHA 4C6QA 4A05A 3GIJA 3W29A 3TN4A 2QF7A 9CGTA 4RE3A 3H2EA 4XZMX 4RNIA 4JTDA 1CLXA 2A3AA 1A5KB 4B91A 1AQFA 9XIMA 1ESWA 1OF8A 3E02A 2OLHA 4O13A 4CD4A 4DBDA 1OVDA 4H8HA 4NYUA 4U3AA 4H6QA 1TELA 3VPLA 3WBWA 3GS6A 4OECA 1GVOA 3HZ3A 4DF0A 1E56A 3PBWA 2O7SA 5T8GA 3O16A 2PE4A 4R85A 4J9SA 2XIQA 3H12A 5BRBA 3A3HA 2V5LA 4NX0A 3NO5A 3DFNA 1Z89A 5D2VA 4Z1BA 2PS2A 2PWHA 1N8WA 5EL1A 2WV8A 3STCA 4AEOA 4NZJA 4KRZA 1FH7A 3TJ4A 4J7RA 4KWSA 3AHXA 3RM9A 1GOXA 5L1LA 1F4HA 4IRCA 2FH6A 2WMJA 1EZ2A 4U10A 4XD6A 1WX0A 1ISYA 4N9CA 3TOYA 4O54A 3TR9A 3AZRA 3W2JA 5A94A 3Q8PB 4PCNA 2VZUA 2VRQA 4AD4A 3W2MA 3P8IA 4LBRA 4W8LA 2QLYA 2V3FA 4CD7A 4Q4QA 1QAPA 1WBJA 5HMDA 3WBYA 2QUNA 3ARPA 3L4ZA 1QDSA 1VHNA 2BXZA 5L1KA 4HSHA 4RNHA 1FFQA 4K6AA 4AZHA 1IHIA 4RW3A 1C9DA 4FNPA 5TAOA 5TNVA 3UCQA 3ES8A 1OCNA 3AHZA 4FS1A 1JYWA 4IIFA 1AMYA 2NSOA 3L2IA 4YQWA 3N9SA 5AVHA 1XV8A 3OP2A 2BX7A 4Q8MA 5LIWX 4AWSA 3BCDA 3CEPA 3HGSA 3TK7A 1E70M 1SFJA 1Q5MA 5FI8A 3KBMA 2G50A 2BGNE 5E9AA 5CCZA 4LAZA 1A5SA 3OLDA 2FHFA 3B4UA 1BF6A 4WRHA 3DIPA 4AHPA 1Q6QA 4UOQA 3RDKA 2VZTA 1X8CA 1LL7A 1UWQA 3S2NA 3B9NA 4UZUA 3AXIA 1AJ2A 5F4WA 1ML1A 3ITLA 4B9YA 1PCWA 2OZ8A 3EBVA 2CLEA 4XZLX 3QGKA 2QAPA 5C54A 1Q2RA 4C1NB 2VD9A 3KOWA 3W1XA 1XYLA 1SPQA 2NLYA 4LBSA 1F5ZA 2WHMA 3TXVA 3O8AA 2V68A 3U4FA 1XWYA 2KAUA 4G6CA 4DAIA 3QZ8A 1VFTA 4MY8A 1VAHA 1K8XA 1GG0A 1UWSA 4GZIA 4LB4A 4L6OA 2WZTA 4AXNA 4NI8A 4I9MA 1UBPC 1UR3M 2Y70A 4K1GA 2FJKA 1W1PA 5AFDA 3TFCA 3I6EA 3VA8A 3HTWA 3C2VA 1WDQA 3GV8B 2DUXA 5HBFA 2H3BA 3KWXA 3EMCA 4CQAA 3W4RA 7PTDA 4IQLA 2A7PA 2W3ZA 1NOWA 4RZBA 1IR1A 2Y7GA 3GW3A 5KFWA 2D73A 3ARWA 5EFFA 3W1TA 4GK8A 3IGUA 1CB7B 2E7FA 3ARXA 3K4DA 2V2DA 3PNZA 3LLXA 4QEEA 3P81A 4PUJA 1O6IA 2DW7A 3SB0A 2GVJA 4CEUC 2FLNA 3NL3A 3QVQA 1B3YA 4EPEB 1OK4A 4DZIA 4Z42A 3AWOA 8XIMA 1E1FA 1GYNA 1UC5A 1X39A 4QCFA 4XD3A 1WQ5A 3EB3A 1KRBA 5FAGA 2WXDM 5E93A 4CNOA 4FB7A 4CNSA 1DJZA 1OYAA 4MNKA 3NIYA 1S2AA 3GFXA 3MR2A 3MPGA 1MUCA 3PHAA 4DO6A 5KG5A 3O6CA 4UFMA 2C2RA 2BFGA 1P0BA 3WDIA 1UMLA 2GPTA 2WO5A 1HF6A 3TW9A 4PBFA 4EX4A 5D9MA 3HQOA 5K4XA 4AU0A 3WEOA 3SZ8A 3U2ZA 3EGJA 1BSLA 1ONXA 3QGVA 1DHKA 4ICCX 5LHFA 2QMJA 1WZLA 4C6KA 5EWEA 1LOLA 1QNRA 4K7VA 5AYBA 3APYA 4JCMA 1A3HA 1TMQA 3NO3A 5D30A 3CIVA 1VZWA 2PSNA 2WB5A 1L6WA 3ATZA 4HZ8A 5KETA 1IIHA 3KP1A 2YFNA 1FWGC 3B3DA 2I16A 4J3VA 5DLFA 1EQCA 1F2JA 3VO0A 1A49A 2VR5A 3Q45A 2YXGA 3DG3A 2G4JA 2WLYA 4FX6M 3VI2A 4NZ4A 4W9TA 1W3NA 3DHPA 1JIHA 5F4SA 5EBAA 4F0HA 1MEWA 4TVCA 1S39A 4AMCA 1OZQA 4HPNA 2X0HA 3M9MB 4K36A 3NSXA 1B3ZA 1ZHAA 1VRDA 3ATYA 3N04A 1Q63A 2DQWA 5KFIA 4M3PA 4KWOA 3TTEA 3WNOA 3W7OA 3AWNA 3POHA 4ECYA 4ZQOA 2Y7EA 4WDWA 4AB4A 1P0EA 4H9YA 1EH9A 1Z9AA 3NQMA 4GZJA 5MHBA 1TE6A 1CWYA 1CXIA 2X1SA 4RDZA 4GQQA 2Z1XA 4B3KA 4RNNA 2NT1A 3FJNA 1KCKA 4S39A 5CZ0A 2HVNA 4PULA 3M5XA 3N17A 1FHUA 3SSJA 5IDIA 3OZYA 5AZ0A 1VKFA 4ATWA 5CLTA 2VFEA 4I6KA 1XFBA 1WDRA 5F4XA 3WLQA 1IZCA 2YDQA 1XLGA 4J9NA 4Y96A 1K3UA 2CZ5A 4GH1A 2YDSA 1O68A 5FEPA 4N7QA 1UH2A 1UWUA 3RR1A 4QXIA 1XXXA 4YPJA 3NPVA 1RP9A 3HPSA 3RG6A 3H4BA 3AIQA 3DG6A 4ED8A 2C3ZA 3H7VA 3S9YA 2QIWA 3RHGA 3IGSA 3W86A 1XYMA 4OHQA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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