4G7EB

Crystal structure of pigeon pea urease
Total Genus 281
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
281
sequence length
840
structure length
830
Chain Sequence
MKLSPREIEKLGLHNAGYLAQKRLARGLRLNYTEAVALIATQIMEFVRDGDKTVAQLMSIGRELLGRRQVLPAVPKLVESVQVEATFPDGTELVTIHDPIACENGNLELALLGSFLPVPSLDKFTANDEIPGEIIVVGGNLVLNDGRKAVILKVVNNGDRPVQVGSHYHFIELNPYLTFDRRKAYGMRLNIAAGNASRFEPGEKEVLLVSIGGNKVIRGGNAIADGPVNASNCIAAMQAVITRGFGHVEEANAAEGQTGEDASCPFTTVISREEYANKYGPTTGDKIRLGDTALFAEIEKDFAIYGDECTFGGGKVIRDGMGQSCGHPPALSLDTVITNAVIIDYSGIIKADIGIKDGLIHSIGKSGNPDVMDGVFQNMTTGVNTEVIAGEGLIVTAGAIDCHVHYICPQLVYEAVTSGITTLVGGGTGPTAGTRATTCTPAPIQMKLMLQSTDDLPLNFGFTGKGNCAKPDELHEIIKAGAMGLLHEDWGTTPAAIDSCLTIAEQYDIQVNIHTDTLNESGFVEHTIAAFKGRTIHTYHSEGAGGGHAPDIIKVCGEKNVLPSSTNPTRPLTSNTIDEHVDMLMVHHLDANIAEDVAFSASRIREATIAAEDILHDMGAISIISSDSQAMGRIGEVISRTWQTADKMKSARGPLQANDNFRIKRYVAKYTINPAIANGFSQYVGSVEVGKLADLVMWKPSFFGAKPEMVIKGGEVAYANMGDPNASIPTPEPVKMRPMYGALGKAGGALSIAFVSKAALDQRVKVLYGLNKRVEAVSNVRKLTKLDMKLNDALPAITVDPDSYTVTADGVVLTCFVATTVPLSRNYFIF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural and functional studies on urease from pigeon pea (Cajanus cajan)
pubmed doi rcsb
molecule keywords urease
molecule tags Hydrolase
total genus 281
structure length 830
sequence length 840
ec nomenclature ec 3.5.1.5: Urease.
pdb deposition date 2012-07-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00449 Urease_alpha Urease alpha-subunit, N-terminal domain
B PF00547 Urease_gamma Urease, gamma subunit
B PF00699 Urease_beta Urease beta subunit
B PF01979 Amidohydro_1 Amidohydrolase family
B PF18473 Urease_linker Urease subunit beta-alpha linker domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.10.150.10 Mainly Beta Ribbon Urease, subunit B Urease, beta subunit 4g7eB03
2.30.40.10 Mainly Beta Roll Urease, subunit C; domain 1 Urease, subunit C, domain 1 4g7eB02
3.20.20.140 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Metal-dependent hydrolases 4g7eB04
3.30.280.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Urease; subunit A Urease, gamma-like subunit 4g7eB01
4B3ZA 3IACA 3OQEA 3ITCA 3FDGA 4QTGA 4XAYA 2D2HA 1RA5A 2HPMA 3T1GA 2I9UA 1P1MA 4EPBB 4C6OA 1GKPA 3UBPC 4BKNA 1UBPC 3PANA 4DI9A 4RDVA 4GOAA 4H01A 1YNYA 4TQTA 3LSCA 2PLMA 4LH8A 3A4JA 5LXXA 2VHLA 4IQJA 4IF2A 2ZC1A 1FWFA 2ADAA 1GKRA 1XRTA 4Z42A 3URNA 2BGNE 3GUWA 4CNSA 3B0YA 1EF2B 4EPDA 2HNHA 1NDYA 2KAUC 2UBPA 3SFWA 4GXWA 1FWDB 3PNUA 1RJRA 1DPMA 1WXYA 4UBPA 1ZZMA 2GWGA 2GSEA 4H9VA 2O4QA 4E3TA 1ONXA 2DVUA 1QW7A 4H9MA 3EWCA 1E9ZA 3QY6A 1EJVC 2AQVA 2Z29A 1EJSC 3GGMA 1EJUC 3IPWA 2ANUA 3GTHA 4UB9A 3LGDA 3OOQA 1FWFB 3URAA 4D8LA 3LA4A 4CQCA 3GTXA 1P6CA 4EPEA 1KRBC 3UPMA 3OODA 1POJA 3URBA 4C6FA 1PTAA 3E38A 1YBQB 4J2MA 2Z2AA 3E74A 1FKWA 4CEUA 1KRCB 1FWAC 4AC7C 3B0XA 2UBPB 4DLFA 5G4HC 1M65A 3K5XA 1KRAC 4I6KA 2GZXA 4ZSTA 5FSEA 5A6TC 4UBPB 3RHGA 4HK7A 3S2LA 3G77A 4L6DA 3DUGA 4XAZA 4XD3A 3ICJA 4QRNA 1FWEC 3MDWA 1E9ZB 1A5KB 3R0DA 1EJWA 1FWHB 3QGAC 2FTWA 3UR5A 2D2GA 3WZ0E 4XD5A 2VM8A 4F0LA 3TN6A 5FSDB 3JZEA 3E0LA 4GZ7A 2HQAA 2Z27A 2OOFA 4EPKA 2DVTA 1EYWA 3IARA 1J5SA 4G7EA 1A5LB 2Z24A 1A5NA 1FWBB 2XIOA 4WGXA 1PO9A 4R85A 5FSEB 1NDWA 4CEXB 4DLMA 4DO7A 1FWJA 1IE7B 1EJTC 1FWGA 1BF6A 1RJPA 3GG7A 2VC7A 5HMEA 4C5ZA 4IFOA 4Z42C 3QGKA 1K6WA 4ICMA 4B92A 3HTWA 3LY0A 1YIXA 1JGMA 3NQBA 4KEVA 4FURA 1A4MA 3KM8A 3QY7A 1EJRB 3MSRA 1UMLA 1WXZA 4EPBA 1A5NB 2PGFA 1UIOA 2YB4A 1A5MB 1R9ZA 1GKQA 3PNZA 4XAGA 3AU2A 4EP8B 4EPEC 3ISIX 1W1IE 3N2CA 2QS8A 3LNPA 3MPGA 4CEUC 2QT3A 1EF2A 1EJXC 4LCSA 3MVTA 3E3HA 4L9XA 4IGMA 4C6CA 1FWDA 3MDUA 4LANA 4CNUA 2R1NA 1RK5A 2VC5A 1HZYA 1UIPA 4IFKB 3NURA 2OGJA 3FEQA 4CNTA 4KEZA 4CQBA 4GY7A 3GRIA 4KF1A 4PCPA 1S3TC 3K4WA 1EJVB 1RA0A 4I6VA 1M7JA 4NI8A 1YBQA 1FWIB 3F4CA 3F2BA 3IV8A 3GU1A 2AQOA 4G2DA 4C6BA 1FWCC 1A5OC 1KRCA 4QROA 5HMFA 1KCXA 5E5CA 4LAMA 4C6NA 1FWAB 3O0FA 4PE8A 3UF9A 4KETA 4HJWA 4QS6A 2R1KA 1A5KA 4LCRA 1FWEB 1E9YB 3IGHX 3A3XA 3MKVA 1FWHA 3RYSA 4OFCA 4F0RA 4H9XA 2FFIA 3OVGA 4B90A 2Z26A 5FSDA 3PAOA 4XAFA 1R9YA 4EPBC 2D2JA 3DC8A 3K2GA 2IMRA 1A5LA 1FWBA 3WMLA 4V1XA 4C6JA 4DYKA 4RDZA 4KEUA 1FKXA 2A3LA 4CEXA 4C6PA 1IE7A 1ADDA 3S4TA 4KESA 4LFYA 3D6NA 1ITQA 3TNBA 3T8LA 3EWDA 4C6QA 3WYZA 2GWNA 2P50A 2RAGA 4GK8A 4IH3A 3TN5A 4C6KA 3GU9A 4HK6A 4WVXA 2P53A 1I0BA 4PBFA 4XD4A 3LGGA 2Z28A 4IGNA 1EJRA 1V4YA 3V7PA 4C6LA 3F4DA 2Z2BA 4QS5A 2R1PA 4GX8A 1A5MA 1XWYA 4NP7A 3UBPA 2OB3A 1FWFC 4YIWA 1V77A 1RK6A 4EP8A 4H9UA 4H9ZA 1PSCA 4NG3A 3E2VA 4KQNA 1RAKA 4EPDC 3GIQA 5CH9A 1P6BA 1XGEA 3A3WA 2UBPC 3AU6A 4RE0A 1PB0A 4GX9A 4UBPC 3UR2A 2PAJA 2YXOA 3S2MA 2KAUA 4CQDA 4KERA 3RCMA 2OQLA 2EG8A 4IFKA 3AUOA 4AQLA 3UBPB 1UBPB 2VR2A 4QSFA 1R9XA 1J6PA 4XD6A 1EJVA 4DZHA 4ERIA 4GC3A 5HMDA 2BB0A 1J6OA 4ERGA 2FVKA 1I0DA 1FWIA 3GIPA 4ERAA 1EZ2A 3GU2A 4DNMA 3ORWA 2CZVA 2I5GA 3F2DA 5FSEC 1FWAA 1IE7C 4AC7A 2KAUB 2FTYA 2F6KA 3OJGA 4H9TA 4WHBA 3HM7A 4V1YA 5A6TA 3LU2A 1K70A 2HBVA 1VFLA 4INFA 4KIRA 1EJWC 1E9YA 1FWEA 4C6MA 2FVMA 2ICSA 3LS9A 4LAOA 1EJSB 1EJUB 3CJPA 4LCQA 3QGAA 1EJRC 4DI8A 1KRBB 4C6IA 4LAKA 3FDKA 3IJ6A 1A5NC 2YB1A 4GY1A 4RZBA 3NEHA 2WJFA 2Q09A 1A5MC 1YRRA 4GY0A 3T81A 1FWJC 4AC7B 5G4HB 1FWGC 3IRSA 2FVHA 1KRAB 1O5RA 4C65A 4EP8C 1ITUA 5A6TB 4HA0A 1NFGA 1EJTA 4ZSUA 3QGKC 5AKQA 4B91A 2E1WA 2DVXA 1QXLA 2HPIA 3B40A 2WJDA 2G3FA 1YMYA 4J5NA 3S2NA 2W9MA 4C60A 3C86A 3QY8A 4JOMA 1O12A 1NDVA 3ID7A 3CS2A 3DCPA 2Y1HA 3OU8A 2GOKA 4F0SA 2Z25A 1EJTB 2OODA 4R88A 1M68A 1FWIC 1EF2C 1KRMA 4Z42B 4IG2A 2HBXA 4EPDB 1POKA 1FWDC 1V51A 1EJXA 4P5UA 3PBMA 3TN4A 3MVIA 4LALA 3RN6A 2EG7A 3HPAA 1V79A 2E25A 2EG6A 2Z4GA 1UBPA 4M51A 2R1LA 3MJMA 2YZ5A 4IFRA 4C6EA 3MTWA 2WJEA 4RDWA 4MUPA 1S3TA 3GTIA 3F2CA 4EPEB 4IG2B 1KRCC 2P9BA 4BY3A 4CEUB 3SO7A 3TN3A 1EJXB 1V7AA 1FWCA 4R7WA 3LSBA 3E0FA 1A5OA 3BE7A 4DZIA 1NDZA 1A4LA 1ONWA 1RJQA 2PGRA 4BJHA 1A5KC 2QVNA 4H00A 2Z00A 1FWHC 2UZ9A 3S2JA 2O4MA 1EJWB 4C6DA 2VUNA 1EJUA 1EJSA 3EGJA 2R1MA 1S3TB 2Q01A 3URQA 5FSDC 2AMXA 2PUZA 1KRBA 4GYFA 4GBDA 4LEFA 1A5LC 1FWBC 3CAKA 4HK5A 4G7EB 4DIAA 1FWCB 4CEXC 1A5OB 2Z7GA 5G4HA 4PBEA 1KRAA 1FWJB 1FWGB 2QPXA 1K1DA 4J35A 3GTFA 4PCNA 1J79A 1XRFA 4H9YA 3O7UA 4RDYA 2WM1A 4C5YA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1G1YA 4F0KA 1LP6A 4G7FA 3VMNA 2RGLA 1E55A 5KT7A 2ZVIA 2NUYA 3V5OA 3M0LA 4QE4A 1TKKA 3IS4A 3L0NA 3W1TA 2VXNA 1L6GA 4BKNA 2XH2A 1EF3A 3LMZA 1GVRA 2HXUA 3CGTA 5HNUA 3CL6A 1IXPA 2CLFA 1HKVA 4O4WA 1PUDA 5A8NA 4HPGA 3BG9A 4K36A 5A5WA 2HNHA 3V4BA 1Z7AA 2PZNA 5AYZA 1EC9A 1UMYA 1B3ZA 2J4GA 4GUFA 1GWJA 1E71M 3EWCA 2ZC8A 3TA6A 3GGMA 2Z0IA 2DIKA 4UB9A 1DXEA 4K38A 1GHRA 2EBNA 2YZRA 2GVLA 4C6FA 1PTAA 4OVXA 4WY0B 2Q3RA 1Z44A 5C9XA 3E74A 1S0OA 4LY4A 1XPYA 2VEIA 1E15A 2FPTA 2ZUMA 2PWEA 1DIOA 3Q4DA 1Y5VA 4Z1AA 1VBHA 2FLIA 4REQA 4ZTYA 3MR2A 2OZ0A 4QWCA 3LRMA 3NM1A 1HKMA 1F74A 5FIPA 2C19A 1PO9A 3NQVA 1V02A 5MKGB 3MP3A 3T55A 3CPUA 2G8ZA 1JRBA 1KGXA 3RFAA 2VRQA 4D1IA 4NLGA 1XICA 3SIMA 3WQVA 4UR9A 2E6DA 2FZ8A 2OJPA 1CGTA 1ZTVA 4J40A 3QZ7A 3KM8A 5JBFA 4PCTA 4S3EA 3LPGA 1OFQA 3R58A 3UG4A 1SU5A 3R94A 4CQ8A 2PGFA 1UIOA 3I10A 1GKQA 5GJPA 3V3WA 3U7VA 2I14A 2C91A 4JTHA 1C8QA 1P0DA 4BZYA 1LORA 4QISA 2EPNA 2Y8UA 1RP9A 3VDBA 5EBUA 5I0DA 3AIBA 3NEVA 4M7TA 5FL1A 4P8UA 4HMDA 2DZSA 3NURA 3U57A 1W91A 2BHUA 3MWCA 1REQA 3W7EA 4AMCA 2ZVRA 3GDMA 4MF4A 3VNLA 3VPLA 1LUCA 2XIQA 4U28A 3USZA 4S38A 3GM8A 5KT4A 1VEOA 5JMUA 3H26A 1UG6A 1MEIA 1XYCA 3W00A 1KLYA 1C7TA 1PZ1A 1M01A 1GHSA 2GUBA 3BDKA 1SZEA 1XKYA 3ARTA 5GQBA 3W7RA 1AJ0A 4AZ6A 3VNYA 3RYSA 5A1AA 4XUYA 4H9XA 4OE7A 1FWBA 1CXEA 3H6OA 3B4UA 4CQAA 4C6QA 3WYZA 4FF5A 4J3ZA 3LCHA 4MJ4A 5KFFA 3R2GA 3R4IA 3LGGA 1LG1A 1EJRA 4W88A 4GI4A 2YCLB 1UH4A 2QAFA 5KG5A 1SO5A 1A5BA 4GKLA 5BOEA 3HMJG 2FZDA 4K8EA 3VA8A 2FH6A 1N7KA 4UFIA 3L12A 1RBLA 3A3WA 2BY0A 3GILA 3R79A 4UTMA 1YPXA 3BZJA 1UR8A 4AHOA 1TPDA 1S2AA 3AUOA 2YCKX 1C93A 3CUHA 1KBJA 1EGMA 1YDYA 4UOQA 4GRSA 1PKYA 3HGSA 2NQ5A 1PKLA 3WBAA 4MY8A 4IIEA 1J6OA 2EPHA 3S47A 4ERAA 1XBYA 2RDWA 1NU5A 4O28A 3W1RA 1H11A 4JV0A 1W3LA 5C2CA 3AOFA 4WHBA 4V1YA 4O54A 4HNVA 3HURA 5CBBA 2A6NA 4NNAA 1R46A 1ZBKA 4AZCA 1XH2A 1EJUB 1OG0A 5M03A 1NH6A 2GJPA 1EJRC 4XVDA 1UASA 4YHGA 4DY1A 4TR9A 1UBSA 2CITA 5A6KA 4JXCA 3T81A 5FOOA 2E6AA 1ITUA 3CHDA 3EOEA 3R25A 4YLWA 4FP1A 3HPXA 1A5UA 4YN5A 2NQ9A 3VOHA 1M6JA 4LSBA 3S6TA 1FCQA 1I8JA 4W5ZA 3CWNA 3WF4A 4JOMA 3CUJA 5BNKA 2V5CA 3PUGA 4K8GA 4D8ZA 2Y8KA 4WXYA 2YA2A 4JKMA 4NUWA 2ACSA 1H7PA 2OODA 3UP8A 3ALFA 1M68A 4WGHA 2ZZ5A 1EHNA 2W9CB 4BI5A 2VZSA 1RCOB 3HBLA 5KFLA 1JUBA 2Y63A 2P76A 1R85A 3TN4A 2QGYA 2IS7A 4FX6M 3PG9A 4L80A 3BAKA 4R33A 3CV7A 1JEZA 2WSPA 3PBUA 5JBDA 3MU7A 3GTIA 1TZZA 2LLEA 3PZTA 1VR6A 3FA3A 4GYPC 3LSBA 1P0NA 2RDUA 1Q3NA 4ECXA 3MB9A 3IUDA 4OHQA 1SW3A 2DY3A 1SR0A 1FVPA 2PWVA 3DG6A 3UZXA 4ATWA 1R7OA 2AGPA 3PZNA 1ICSA 3C61A 4ADSA 1I1WA 5GJNA 1ZP3A 5I06A 2VUNA 3QHOA 1V08A 1YLVA 3NZRA 3KTXA 1H1ZA 4XKYB 2FKPA 2J9ZA 5KG3A 4CU7A 3D3AA 4AY1A 2DSKA 5A6LA 5CGMA 4H6RA 3GTFA 4TX6A 2J8GA 1TV7A 2A7NA 2CNCA 4PCFA 3HG3A 1CX9A 2CHOA 1JG9A 4KH2A 3FDGA 1UR2A 4YVVA 3PANA 1H62A 4I5XA 3AMCA 3CASA 4IRDA 1OB0A 1OT1A 3G3DA 3W28A 4Q8TA 1NWTA 1ZBVA 3RCYA 2PLKA 3M5XA 1GVFA 3UXLA 3W7LA 3REQA 1OX6A 2ACRA 1LWHA 4XQ6A 1EKOA 1ME9A 4FB7A 1QI4A 3T0TA 1MW2A 2BODX 4Q4QA 4PUNA 3ARQA 5F1VA 2PDNA 2PDIA 1I6NA 5GPRA 4KS0A 4EPEA 1N55A 1CLKA 3URBA 5LA0A 3E38A 5L9FA 1KRCB 2A0NA 1S0MA 4YR2A 1ZRQA 2DT3A 3H8AA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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