4G7EB

Crystal structure of pigeon pea urease
Total Genus 281
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
281
sequence length
840
structure length
830
Chain Sequence
MKLSPREIEKLGLHNAGYLAQKRLARGLRLNYTEAVALIATQIMEFVRDGDKTVAQLMSIGRELLGRRQVLPAVPKLVESVQVEATFPDGTELVTIHDPIACENGNLELALLGSFLPVPSLDKFTANDEIPGEIIVVGGNLVLNDGRKAVILKVVNNGDRPVQVGSHYHFIELNPYLTFDRRKAYGMRLNIAAGNASRFEPGEKEVLLVSIGGNKVIRGGNAIADGPVNASNCIAAMQAVITRGFGHVEEANAAEGQTGEDASCPFTTVISREEYANKYGPTTGDKIRLGDTALFAEIEKDFAIYGDECTFGGGKVIRDGMGQSCGHPPALSLDTVITNAVIIDYSGIIKADIGIKDGLIHSIGKSGNPDVMDGVFQNMTTGVNTEVIAGEGLIVTAGAIDCHVHYICPQLVYEAVTSGITTLVGGGTGPTAGTRATTCTPAPIQMKLMLQSTDDLPLNFGFTGKGNCAKPDELHEIIKAGAMGLLHEDWGTTPAAIDSCLTIAEQYDIQVNIHTDTLNESGFVEHTIAAFKGRTIHTYHSEGAGGGHAPDIIKVCGEKNVLPSSTNPTRPLTSNTIDEHVDMLMVHHLDANIAEDVAFSASRIREATIAAEDILHDMGAISIISSDSQAMGRIGEVISRTWQTADKMKSARGPLQANDNFRIKRYVAKYTINPAIANGFSQYVGSVEVGKLADLVMWKPSFFGAKPEMVIKGGEVAYANMGDPNASIPTPEPVKMRPMYGALGKAGGALSIAFVSKAALDQRVKVLYGLNKRVEAVSNVRKLTKLDMKLNDALPAITVDPDSYTVTADGVVLTCFVATTVPLSRNYFIF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords urease
publication title Structural and functional studies on urease from pigeon pea (Cajanus cajan)
pubmed doi rcsb
total genus 281
structure length 830
sequence length 840
ec nomenclature ec 3.5.1.5: Urease.
pdb deposition date 2012-07-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00449 Urease_alpha Urease alpha-subunit, N-terminal domain
B PF00547 Urease_gamma Urease, gamma subunit
B PF00699 Urease_beta Urease beta subunit
B PF01979 Amidohydro_1 Amidohydrolase family
B PF18473 Urease_linker Urease subunit beta-alpha linker domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.10.150.10 Mainly Beta Ribbon Urease, subunit B Urease, beta subunit 4g7eB03
2.30.40.10 Mainly Beta Roll Urease, subunit C; domain 1 Urease, subunit C, domain 1 4g7eB02
3.20.20.140 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Metal-dependent hydrolases 4g7eB04
3.30.280.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Urease; subunit A Urease, gamma-like subunit 4g7eB01
2ZC1A 4C6LA 4GBDA 2D2GA 1FWJB 2O4QA 1RA5A 2W9MA 4L6DA 3GGMA 4EPDB 4C6JA 1A5KC 3LY0A 2HPMA 5FSEA 4EP8B 4WGXA 1FWIB 2R1MA 1EJRA 3URAA 2Z24A 1YRRA 1EF2B 1UMLA 3F2DA 3UPMA 1EYWA 2G3FA 2OQLA 4J2MA 4DLFA 3HM7A 4UBPC 3UBPA 4GK8A 1RJPA 3E2VA 4UB9A 3NURA 4QRNA 3LSCA 3HTWA 1EJXA 3LA4A 1NFGA 1E9ZA 1QW7A 4HJWA 1KRCA 3UR5A 4R88A 1O5RA 1FWFB 4LAOA 2GOKA 1FWCB 4GX8A 4KEVA 2AQOA 2YB1A 4JOMA 3JZEA 4C5YA 4GYFA 4LAKA 3MVIA 3K5XA 4HA0A 5E5CA 1ONXA 4KESA 1S3TA 2HQAA 1EJUA 3PNUA 3S2NA 3UF9A 3DC8A 4IG2B 1KRAC 3TN5A 4F0SA 2Z27A 1RJQA 3BE7A 1UBPC 4C6EA 3OVGA 1FWAB 2WJEA 1FWJA 3QGAC 4EP8A 1PB0A 2CZVA 2WM1A 1IE7C 4C65A 1FWIA 1EJTC 4KEZA 3SO7A 2ADAA 1I0DA 4LEFA 3RCMA 4XD4A 4CEUC 2HBXA 3MVTA 3GTIA 4D8LA 2Z29A 3E38A 2PGRA 3D6NA 4H9ZA 1R9XA 3GU2A 3QGKA 1V7AA 4H9XA 1A4LA 1XRFA 4AC7A 3QY7A 3RN6A 1YBQB 2UBPC 3S2MA 4Z42B 4LH8A 3URBA 4ERAA 4PBEA 2FVMA 5G4HB 2KAUC 4C6QA 1FWFA 4R7WA 1FWCA 4DI8A 4KETA 3E3HA 2OODA 3F4DA 5FSDB 3F2BA 1VFLA 4ZSTA 3URNA 1BF6A 1A5MB 4GY1A 4WVXA 1EJSC 2Z28A 4LALA 3FDKA 4IG2A 4QROA 5FSEC 4CQDA 4CQBA 2A3LA 4ERIA 4C6FA 5A6TC 3GG7A 2DVUA 2QT3A 3IGHX 1NDWA 4BY3A 1FWAA 2P50A 3IRSA 1EJVA 1FWEA 1NDZA 4IH3A 4PBFA 4RE0A 4CEXC 2Z4GA 1J5SA 1A5OB 4C6IA 1A5NB 2OB3A 1FKWA 3T8LA 1QXLA 4V1XA 4EPBC 3WYZA 3IV8A 3MPGA 4IFKB 1DPMA 1A5KB 3DUGA 1R9YA 2I5GA 1YBQA 4LANA 4IGMA 4IF2A 3O0FA 3MTWA 1EZ2A 5LXXA 3TN6A 2YXOA 1FWDA 4RDWA 1PSCA 2DVXA 3G77A 4BJHA 5FSDA 4UBPB 1WXYA 1J79A 4GY0A 3MSRA 4ICMA 1FKXA 1O12A 1A5MA 4PCPA 2HBVA 1I0BA 4QS6A 4RDVA 1FWHA 2VC5A 4PE8A 4C6CA 3TN3A 1ITQA 1FWBC 2AMXA 3A3XA 2Z00A 2F6KA 3CAKA 3NEHA 2RAGA 1P1MA 3URQA 1YMYA 3GRIA 4NG3A 4HK5A 2IMRA 4KIRA 1EJWC 4LCRA 2BB0A 3LNPA 5AKQA 3MDUA 2PGFA 3GTXA 3GU9A 2R1NA 4G7EA 1KRAB 2FTYA 3N2CA 1ITUA 1UBPB 4NP7A 2Z2AA 4AC7C 4C6PA 4DO7A 1JGMA 3GIQA 4IFOA 4DIAA 4EPKA 1A5LC 4B90A 4IFKA 1A5KA 1UIPA 4IQJA 4EPDA 1IE7B 3WMLA 1EJTB 3LS9A 4CNUA 1E9YB 3CJPA 4CEUB 1YNYA 2XIOA 2R1PA 1EF2A 1KRBC 1ZZMA 2GWGA 4I6VA 1P6CA 1YIXA 4B91A 4UBPA 2D2HA 4GC3A 4XD3A 2FVKA 3RYSA 2UBPB 3A3WA 1K70A 4KEUA 1XWYA 4BKNA 2OGJA 2R1KA 4CNSA 2KAUB 4YIWA 3EWCA 3QY8A 1EJVC 1FWEC 3OODA 3R0DA 4C6KA 4EPEC 2VR2A 2P53A 4GOAA 4GXWA 3CS2A 4IFRA 1FWGC 1EJSB 3EGJA 4E3TA 2HNHA 3GTHA 1KRAA 1GKPA 1HZYA 1UBPA 1XGEA 5FSEB 3ITCA 5A6TB 3MDWA 5HMEA 3LSBA 4H9VA 4RDZA 3B0XA 3F2CA 4J5NA 3GU1A 1M68A 1EJRC 4C6OA 1K1DA 4DZIA 4CEXB 1FWDC 2E25A 3A4JA 3E0LA 2Z26A 1IE7A 4B3ZA 3NQBA 3F4CA 1EJTA 3C86A 4DZHA 1E9YA 1RJRA 3OOQA 4INFA 4CEUA 2O4MA 1NDVA 3UBPC 1M65A 1FWHC 2PAJA 4EPBB 1M7JA 4HK6A 1V51A 1EJXC 1KRCC 1J6OA 4H01A 4IGNA 4GX9A 3GTFA 3ISIX 2BGNE 2UBPA 4ZSUA 2KAUA 4Z42A 4C6MA 3FEQA 5G4HA 3IPWA 4LAMA 1S3TC 1RK5A 1NDYA 3WZ0E 1KRMA 1EJUC 1XRTA 1V4YA 4XD5A 1EJSA 2YZ5A 3PAOA 2FTWA 1P6BA 3ORWA 1UIOA 3S2LA 1J6PA 3SFWA 4XAFA 1FWBB 3GIPA 2Q09A 4C6BA 1FWJC 3O7UA 5A6TA 4EPDC 3ICJA 4EP8C 4RDYA 1EJWB 2FFIA 1GKQA 1FWIC 2OOFA 1V77A 1RAKA 4P5UA 1RK6A 3PNZA 1A4MA 2EG8A 1EF2C 3B40A 4CEXA 1R9ZA 4B92A 3E74A 1ADDA 3KM8A 1WXZA 1A5OA 4AC7B 1A5NA 3QGKC 3IARA 1K6WA 4MUPA 1A5LB 4EPBA 3AU2A 4F0RA 2D2JA 3IJ6A 2Z2BA 1FWFC 5CH9A 4H9TA 1FWCC 3PBMA 4XAZA 2YB4A 4C5ZA 3OQEA 4PCNA 4OFCA 4KF1A 4KQNA 2PUZA 3RHGA 4RZBA 2VC7A 4H9MA 1KRBB 5HMFA 1ONWA 2P9BA 3K2GA 3LU2A 4J35A 2EG7A 4C60A 3UR2A 2WJDA 3EWDA 2VUNA 3TN4A 1FWBA 2FVHA 4LCQA 1FWAC 4CNTA 3S2JA 1FWEB 1EJVB 4V1YA 4NI8A 4H9UA 4R85A 4L9XA 4M51A 2ANUA 4EPEB 1EJWA 4QS5A 2QVNA 2Y1HA 1FWGB 2GWNA 3TNBA 4QSFA 3AU6A 4KERA 4QTGA 2Z7GA 4C6DA 2Q01A 4GZ7A 4ERGA 4G2DA 4FURA 3B0YA 4XAYA 4XAGA 4LCSA 2VHLA 2WJFA 3ID7A 2HPIA 1A5LA 3AUOA 2QPXA 3QY6A 4AQLA 1EJRB 1KCXA 2E1WA 2GSEA 1RA0A 4Z42C 4DNMA 3QGAA 1FWDB 5G4HC 2Z25A 4WHBA 4DI9A 3OU8A 2GZXA 1PTAA 5HMDA 3HPAA 5FSDC 4I6KA 2R1LA 3UBPB 4H00A 1KRBA 4F0LA 2PLMA 3V7PA 1FWHB 2AQVA 1A5MC 2UZ9A 3LGGA 1EJXB 3FDGA 1POJA 4TQTA 1E9ZB 1KRCB 3MKVA 3GUWA 3LGDA 2VM8A 4XD6A 4DYKA 4GY7A 3S4TA 1GKRA 3OJGA 2QS8A 1V79A 4H9YA 4HK7A 1W1IE 2I9UA 2EG6A 1S3TB 4CQCA 4EPEA 3DCPA 1PO9A 3MJMA 4G7EB 3E0FA 3PANA 1EJUB 4C6NA 1A5OC 1FWGA 1A5NC 1POKA 2DVTA 3IACA 4DLMA 3K4WA 2ICSA 4LFYA 3T81A 3T1GA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1SR9A 4J9RA 2PDJA 3CZKA 2QJIA 1RA5A 1GOIA 1ZBWA 2JIWA 4EPDB 4HU4A 5IFPA 2G0WA 4IRKA 1FWIB 1O5XA 3PZMA 1LF1A 3NGJA 3MFIA 2Z24A 5I79A 4L1WA 2BXZA 5GNZA 4GH3A 4QEEA 1EYWA 2OQLA 2WBKA 4U4MA 1Q66A 2WV8A 2EF9A 1HVQA 5HUOA 3V36A 1G69A 3SCSA 5EYWA 4JTCA 1T41A 1QW7A 4L65A 5M2FX 3R8HA 1C91A 5CZTA 3W53A 4Z1YA 2NQ9A 5AB3A 1DORA 2EPNA 1L8NA 4JGDA 4J9PA 4H7ZA 3ARSA 3RLUA 1XSIA 3N4AA 4GNJA 5AYYA 2Z7KA 1ZJAA 3S46A 2X1RA 4DO6A 3ZR5A 4WK9A 3S2NA 4QJ5B 3B8SA 3NVTA 5I02A 2XM1A 2E67A 2J78A 5KFRA 1NM9A 1B1YA 4ACZB 3KCLA 4DHGA 2DPEA 3UG8A 2ISVA 2Y7FA 1UR8A 1JPHA 3GHRA 1XFCA 3QHOA 3MANA 4D8LA 3TOYA 3TXVA 3G6XA 4PUDA 3GV7B 4NVTA 3WQVA 3CLMA 4MY8A 4H9XA 4AC7A 1H61A 3GS6A 3H2FA 3A4AA 3SJ3A 5G4HB 4C6QA 4PCSA 1ZHAA 3ZQ9A 2X16A 2D22A 2PRHA 1QR7A 3BMWA 1KGXA 4IHCA 5HR6A 1Q7MA 4HSNA 1WDPA 4ZSTA 4H8UA 3SGGA 2PWGA 3PZUA 3W7DA 2DT3A 4ZTYA 3CK5A 4REQB 5FF3A 6CGTA 4C1LA 3M07A 4HYVA 2HVMA 5KG5A 1EJVA 1XLDA 3CZGA 5GJPA 1S0MA 2PEVA 1PDZA 1BWVA 3NOYA 4A8LA 3AS3A 4NJGA 3IAPA 4AWTA 4JY9A 1MEIA 2I5GA 1FHVA 1P0KA 3MO7A 3PR5B 3MHGA 4ECLA 4GCAA 2I5QA 8RUCA 3W73A 3WH5A 5AC8A 4XISA 4CD7A 5I3IA 4JIPA 2CHOA 4TU1A 1H7RA 5DLCA 5HA7A 1Q6FA 5JQ9A 2GJXA 4MIMA 2NWSA 1P1MA 1OFDA 4IGSA 2FHFA 2FB3A 4GI8A 1KBIA 4PTVA 3PJTA 3H7VA 1SW7A 5DBUA 1SZRA 4I9JA 3WMBA 2ABAA 2D0FA 1EO7A 2FTYA 3NPUA 2C15A 4O1FA 2GK1A 4AC7C 3DKJA 4L9YA 1KLZA 2BQRA 5ABFA 1JI1A 1P1XA 3L21A 3MBDA 2C6QA 3SY5A 5F4WA 4CEUB 1J18A 4P61A 2ASLA 1XISA 1SW3A 3CT7A 3KOFA 4NAFB 4RR4A 1TTQA 3K4AA 4NQ1A 1N8FA 3UP8A 2FZ9A 1SVDA 3CEUA 4GVFA 2OGJA 3VOIA 4CNSA 3ITGA 3OQ8A 9RUBA 1EJVC 1AH3A 3SCRA 4BK9A 5EMLA 3FNDA 4Z08A 4HJFA 2EKGA 2CLIA 3IANA 1E15A 1OYCA 1VPYA 1ZBKA 2RJHA 4M7TA 2FGLA 5C70A 2DORA 1LG2A 3ONCA 3GUGA 2JF7A 4KEMA 3C2OA 4B4HA 3BGGA 4TXEA 3G1YA 3REQA 3RAQA 3MBFA 4B3ZA 2E5BA 1E73M 3GR4A 2ZZ4A 3BANA 4AF0B 4JKMA 4HQVA 1UR1A 3U3HA 5A6MA 2RDTA 1B9ZA 5KFHA 3Q45A 2C2EA 1DJHA 4PTNA 5DG7A 2ZRVA 2CBVA 4UNIA 5LNRA 4O3OA 4F0HA 3Q2DA 2PD5A 4F66A 1QRQA 4I5XA 3MCOA 3PZOA 1RK5A 2BBFA 4DXXA 4O8AA 1Q7ZA 3AYVA 1V4YA 4MB4A 2YZ5A 2Y2WA 3ORWA 2V5JA 1FWBB 4XIAA 4DJFA 1WOBA 2Z1VA 4NRSA 3QH2A 2HRWA 3UWVA 1OK4A 4AVOA 2DZUA 4KKXA 1OC6A 1V6VA 2FYMA 4GI9A 5I6SA 4PMVA 3WLQA 4B92A 4G5DA 2Y4SA 1ICQA 4PYSA 4ZENA 5CAKA 1TJ0A 4YWSA 3FCPA 4ZFMA 3HFYA 4R9OA 4IGHA 4F0RA 3KUMA 2E68A 2YJQA 3SUSA 4YYCA 1CYGA 1S1PA 5D2TA 3WLOA 3H4DA 3BQ5A 2F84A 4UQ9A 3LCHA 3UXIA 5LKYA 2QCHA 1RV8A 4CU7A 1JUKA 3STPA 4EAYA 4Q4RA 3BSHA 3UR2A 4LY4A 3HGRA 3EWDA 4EKJA 1E3XA 3NWRA 1WUFA 5L9FA 3S2JA 1PE1A 2JBMA 2WB5A 1KFJA 3C3NA 3KRZA 1XCFA 4PMUA 1XQKA 4UNLA 4JTTA 5C71A 1DEDA 3TWBA 3QZ7A 3WD2A 3L2LA 4V27A 5A6AA 1EO5A 4PBGA 2QUMA 3AUOA 1LOQA 3RO8A 4Z1AA 3WLKX 4X0NA 1RA0A 3B03A 3UNDA 1F8MA 3KVKA 3CUGA 5FJUA 3P6LA 1CECA 2E9MA 3U48A 1TELA 1ZAIA 3RITA 1KRBA 3M41A 3WELA 1RCOB 1X1ZA 3GIKA 1M53A 4DJFC 3TLLA 1P4CA 3E6EA 4X3ZA 1TWDA 4O3PA 3BL3A 3ZIZA 4ED7A 1O68A 2FHCA 4GY7A 1FP9A 1VFFA 3WQ8A 1FCUA 4JTIA 2C28A 4FOJA 5H8PA 1TPB1 2P5NA 4QGCA 2I9UA 1UUOA 4UOZA 4GJ1A 4JXCA 2W9AA 3NZ1A 1LORA 4AZCB 4CN6A 4LFYA 5ABGA 3EWWA 3PBGA 2ZC1A 2BQ3A 2W9MA 3ZVHA 3GGMA 5KFPA 3H4GA 4NY2A 3APGA 4NJIA 4RV8A 1EJRA 3LXBA 4RZ4A 1JX4A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2NSO A;  2POD A;  3UZZ A;  1PKL A;  3T8Q A;  1OC5 A;  2OGY A;  4CVU A;  2D2J A;  4A6G A;  3IJ6 A;  2ZIC A;  2MNR A;  1LBF A;  3OQE A;  2YOC A;  2VL4 A;  1JZ8 A;  4RZB A;  5FA5 A;  4GUJ A;  5C8B B;  3H4W A;  1IWP A;  1IEW A;  3HB9 A;  3OYZ A;  3MWA A;  3V6J A;  4LSB A;  3L4U A;  4CUC A;  3GK0 A;  1EJV B;  3UJ2 A;  3HA1 A;  4TX8 A;  4M51 A;  3WBY A;  3QZE A;  1DJN A;  5FOO A;  3EPM A;  3GFZ A;  5DQG A;  3TW7 A;  4XBS A;  5EMM A;  3QPY A;  1P0E A;  1EYE A;  4FOU A;  3D3F A;  1E6Q M;  5EBU A;  3S9Y A;  2XFF A;  4J9O A;  4M6P A;  1L6F A;  2XII A;  3QKZ A;  4P7O A;  4O28 A;  2OZ8 A;  3OB8 A;  4K7V A;  2WMF A;  3W85 A;  3WQ5 A;  5F9N A;  2D23 A;  5RUB A;  4F4Y A;  3VX0 A;  1SFL A;  1TIW A;  2UZ9 A;  3IUD A;  3TDF A;  2REQ A;  3FDG A;  3GXP A;  2PC8 A;  3MKV A;  4O3Q A;  3LGD A;  1TZ9 A;  4I90 A;  3UVA A;  2JGY A;  5BU9 A;  3RR1 A;  4O3R A;  4I8D A;  2GUY A;  2WZT A;  2J7B A;  1X1O A;  4EPE A;  1ZAJ A;  1PO9 A;  4IR9 A;  3W07 A;  1JZ4 A;  1FWG A;  3IAC A;  4BZY A;  1JQV A;  4AZH A;  3K4W A;  3PBV A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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