3U7VA

The structure of a putative beta-galactosidase from caulobacter crescentus cb15.
Total Genus 159
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
159
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
DAAMPQLVTKDGRHALMVDGAPFLMLAAQVNNSSAWPSQMAKVWPAIEKVGANTVQVPIAWEQIEPVEGQFDFSYLDLLLEQARERKVRLVLLWFGTWKNSSPSYAPEWVKLDDKRFPRLIKDDGERSYSMSPLAKSTLDADRKAFVALMTHLKAKDAAQKTVIMVQVENETGTYGSVRDFGPAAQKVFNGPAPATLVKAVGAKPGTWSQAFGKDADEFFHAWHIGRFVDQVAAGGKAVYPLPMYVNAALRDPIKPGDPKTYSAGGPTDNVIGVWQAAAPSIDLIAPDIYMKESVKYEAVLGHYARPNNALFVAETGNDPAYARYVFSTLGKQGIGWSPFGMDYTGYGNYPLGAAKVDEALIEVFAANYRLLAPMARELARLSFEGKVWGGAEPDDRAAQTTTMGDWTVSLRYGKWQFGASDWTWLKDRPPGPQGPEGGGLVAQLSPNEFLVTGRNVRVEFGRATADGKPMMMARVEEGHFENGQWVFDRLWNGDQTDYGLNFTGGSQILRVKLATY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-galactosidase
publication title The structure of a putative Beta-galactosidase from Caulobacter crescentus CB15.
rcsb
source organism Caulobacter crescentus
total genus 159
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature ec 3.2.1.23: Beta-galactosidase.
pdb deposition date 2011-10-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02449 Glyco_hydro_42 Beta-galactosidase
A PF18120 DUF5597 Domain of unknown function (DUF5597)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.220.20 Mainly Beta Sandwich Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3 putative beta-Galactosidase from caulobacter crescentus 3u7vA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3u7vA01
4MB3A 3KL3A 3K46A 4PUEA 1N82A 4J7RA 3VGGA 5CPTA 1BVZA 4AD0A 5FL0A 3LPPA 3ARPA 2GJPA 3AIVA 4DUXA 5M3WA 4UTFA 3K1DA 1ESWA 3NSMA 1KGUA 4D1IA 4JFSA 3OLGA 1JZ8A 4RL3A 4B3LA 2DSKA 3AHYA 3VMOA 3IAQA 4AY1A 4D6CA 4X0VA 1I1WA 4R27A 4UFHA 1KXVA 3AMDA 3TTYA 1LLOA 4U3AA 2Y8VA 3CHEA 2JEQA 3II1A 3WQ4A 2G41A 1DHKA 3HMCA 1EQCA 1GVYA 1WAWA 1XSJA 3DYPA 4P8VA 2VZTA 3THCA 1E70M 1QHZA 2XWEA 3ZJKA 3SCPA 1CXEA 1B31A 2XVLA 3VIMA 3PZQA 4HA1A 2CBIA 4NSBA 3L2LA 4J3TA 4AIEA 3T0BA 4D6JA 3WQ6A 1W9DM 2WLZA 3WQVA 1V03A 4PTWA 4BQ2A 4M29A 4AMCA 1MW2A 2E0PA 3SUUA 1WO2A 2BNJA 3THDA 5I6SA 1M53A 4HOZA 2VT0A 3MU7A 4W86A 1EOMA 1L8NA 2WW5A 3WDHA 1G5AA 1UKQA 4PMZA 3VD5A 1W91A 1L0PA 2GJRA 2XUCA 3N15A 1JAEA 3AIRA 1WZAA 1LJYA 5CLWA 2XVGA 2ZE0A 1GCYA 1HKIA 4Z2JA 5I77A 3VVGA 3WF4A 1JZ3A 4PMNA 4BF7A 1Q6GA 4UQ9A 4JCLA 2WXDM 2GK1A 2FHBA 5JIWA 5D9PA 1E4IA 5E0FA 4HZ7A 1ITCA 3WNNA 1QI3A 2UY4A 2DT2A 5DT7A 1QW9A 3VD9A 4DUWA 1FA2A 4CUCA 2BHUA 5HNNA 1C7SA 4TTGA 4CGTA 1UG6A 2WKGA 3AIUA 1QBAA 4U2ZA 3T2OA 2WWDA 2O9RA 1MXGA 3WMSA 2JFEX 5I2UA 1PZ3A 4GXPA 2BS9A 1JG9A 1HN1A 1R7OA 3GBEA 3OGRA 1MQQA 4W84A 1UQZA 1UR4A 3VD4A 3N9KA 2CPUA 5A94A 1UWSA 1GOQA 1G9HA 2DH2A 3POHA 4YHGA 1HL8A 4J3UA 4GZIA 4CCDA 4AXNA 4LYPA 4F79A 5BXSA 3ZR6A 4WKHA 1GONA 2JIWA 3CUHA 4EK7A 3IJ7A 4HTYA 2VNCA 5JBDA 1UD8A 4PRWA 2PC8A 2YDQA 2Z1SA 4GZJA 1JIBA 3A4WA 1B1YA 2OWCA 5D8WA 4OBSA 3M07A 3AHXA 1B0IA 4KMQA 2J25A 1EH9A 1OGSA 2WMIB 1GOMA 4IPLA 3T2QA 1J0YA 2RGMA 2WHKA 3N13A 1ZU8A 4W7WA 2WBGA 3VOCA 1V6XA 2ZXBA 3MUZ1 4JFVA 2XYLA 2O92A 3VIHA 5DO8A 1UKOA 4EKJA 7A3HA 2BY0A 4U3CA 3BSGA 1ZJAA 3CIVA 1VBRA 4QLKA 2VX7A 1NWTA 2E9BA 2EPKX 1XD0A 1EQPA 1V3IA 2A3AA 2D23A 4D6DA 1CDGA 3RM8A 1JXKA 1QI0A 2J7GA 2ZICA 1K9FA 4HOWA 2YDRA 1WDPA 3IAPA 2WVSA 1PZ2A 3WENA 1CEOA 3WF0A 3RJXA 3GH5A 1HJUA 4PSPA 3PTQA 4MJ4A 2GFTA 5LYRA 2WKLA 1WCGA 1XSKA 4JL1A 1ISWA 4B9YA 3T09A 2O9PA 1E56A 1LL4A 3RJYA 3ZM8A 5A8PA 1B3ZA 1J18A 1HVQA 4MJ2A 3KL5A 3PHAA 3FXYA 2BV9A 3OZPA 1XGZA 3D5HA 1KBBA 1JXJA 5BRQA 2ZIDA 3WEOA 2WM0A 4HA3A 1CGWA 4WSJA 1WE5A 5CGMA 1JNDA 2GSJA 2WVVB 3WQ5A 1DWFM 2J75A 4NRSA 1LG1A 2V3FA 2DT0A 3EMZA 4Z2KA 1R85A 3WFZA 4A4AA 4GIAA 1NWUA 4UZSA 1AQHA 4BCEA 2AAAA 5A2BA 4MPKA 1VENA 5A69A 2DPEA 3WD2A 5A2CA 3ALGA 1XHGA 1DWAM 1RP8A 5BXPA 3L4TA 3AMLA 1JZ7A 3CZ8A 3WD1A 2IXUA 1WB0A 3CUIA 1C90A 1UD6A 1JZ2A 1V6YA 2VTFA 1CYGA 4DM2A 2XIBA 3L2MA 1KGXA 3ARWA 1NWRA 5JBEA 1QI5A 1JI1A 3PZUA 2G4FA 2DT1A 2J79A 2YOCA 3CMJA 1UD5A 2XTKA 3W4RA 4TX8A 1AQ0A 2BXYA 1D2KA 3MMWA 2ZXQA 2Y5EA 1DWIM 4ZXLA 2D20A 2ZUNA 1M03A 4BA0A 2EQDA 1WDQA 4E8DA 4PTXA 2W67A 2WPGA 3VPLA 1V0KA 4NZCA 5DF0A 3UG4A 1W3HA 2BY3A 4LXFA 1W1VA 3PZTA 4L4PA 2OWXA 3B9DA 1WP6A 4RE2A 3VM7A 1ISYA 3VGHA 4Z2LA 4H04A 1ZBVA 4EANA 2PWFA 3AHVA 2W61A 4W7UA 3WBEA 4ZE5A 3APGA 1TVNA 2CXGA 1G94A 1JZ5A 4JKKA 1MFUA 1GQJA 5DT5A 1K9DA 2C8NA 4QLLA 1P6WA 3PZIA 3AS1A 3N1AA 1Y7VA 3MUIA 4C7DA 1C93A 2ZUMA 3TP4A 2F61A 3RPMA 1EO7A 1FOBA 3A47A 3VIIA 3F5KA 1HJVA 1ZBKA 1MVYA 1JYNA 4JCMA 4JFUA 1HP5A 3UESA 1JNEA 4QLJA 4JIEA 1E72M 3G6MA 1GW1A 3T2PA 1E1FA 1HT6A 1GNXA 2PBOA 2YJQA 4KGJA 2PI6A 2YIHA 1XC6A 2GJXB 1W1TA 4C7FA 1ISVA 4HOXA 2OSWA 2BXZA 1FH8A 1RPKA 3GYCA 1HJSA 2PBGA 3WDPP 4J27A 4N0RA 2XM1A 4Z2HA 3WH8A 1SYTA 3L4WA 4PYSA 2UY2A 2EPNA 3WUEA 1E3XA 4ZFMA 4AZCA 5A6BD 4JHZA 5JBFA 5E09A 3VIFA 5JUVA 3VX0A 3KWXA 2JIEA 1E5JA 3WQWA 1VJZA 4AEFA 4ATLA 3SUSA 1GORA 2O9TA 4NI3A 1QPKA 5A8QA 3OGVA 4Z2GA 3IK2A 1WZLA 2VMFA 2ZX9A 3PZVA 1BYCA 2Y24A 3W27A 3O2LA 3N11A 4KH2A 1UZ4A 2WSKA 1SMDA 2Y4SA 3IANA 3WDJA 3L4UA 3WBAA 2XIIA 4V27A 3WKZA 4P8XA 1CGUA 1J0IA 1CZ1A 4W8BA 3UR8A 2ZUTA 1E0XA 4TVCA 1HNYA 1V02E 2WANA 3MO4A 1VEOA 3OB8A 5GNZA 4GPNA 2NSXA 4P7RA 3AIQA 3CZJA 4XZWA 2J7DA 5BRPA 1UWRA 5CSYA 2E9LA 4ACYA 5A2AA 2QPUA 5HPOA 3GBDA 3PZNA 3WN6A 1R8LA 2XM2A 3CUGA 4BQ3A 1TA3A 2XHYA 1DTUA 1LF1A 1C8QA 4W5ZA 4J3XA 3RCNA 5CSUA 2WK2A 3WH7A 2DIEA 1OIMA 4AYSA 4U5KA 2XFFA 3M46A 3K4DA 5EMYA 3WF2A 4D6FA 3VDCA 5FOOA 5FIPA 5BXTA 1JF6A 3M6DA 4PMXA 4XZBA 1Z32X 5HDRA 4XUYA 3WELA 4WIWA 4A3YA 2QLYA 3ZJ8A 1BSIA 3ZIZA 3ZT5A 4XX6A 3QOMA 4A3HA 3AISA 1VFOA 5A6MA 1XCWA 4W8AA 4H7VA 4UFMA 4QAWA 5E6YA 3GZAA 3PTKA 3ZT7A 2GK1B 3B8SA 2X0HA 1YHTA 5CJ5A 4LGXA 1BFNA 5E6ZA 2PWEA 3VIPA 1Q6EA 1UWTA 4M56A 5D8ZA 4TTUA 1EDQA 3CTTA 4ZXOA 1G1YA 3AYSA 4TUFA 1VB9A 3GNRA 1E6ZA 1NWSA 3VDHA 1KBKA 3K8MA 4AWEA 1WKYA 2VQUA 2CBVA 2E9MA 1CXLA 3WDRA 4FLSA 4TOQA 3RO8A 2J7HA 5D9NA 1VEMA 3WNOA 3DYMA 3L4XA 4PBGA 2ZWYA 3O9NA 3N12A 3WMCA 1OM0A 4CD6A 2BY1A 4YHEA 4MB5A 5GPRA 2ZWZA 4HPGA 2DSZA 1O7AA 2JF7A 3ARYA 3QHOA 2FH6A 2CNCA 1ECEA 3QR3A 2AOSA 4UFIA 4M81A 4AZ5A 2D0FA 2DT3A 1BQCA 4BQ5A 2J62A 4AD4A 5HPCA 2DH3A 1OWQA 1ITXA 2GDUA 2OYLA 1W1YA 1ZBWA 1B2YA 5KEZA 3EMQA 3ARUA 4M24A 1JAKA 4WSKA 3BAKA 4PN2A 1UWUA 1KFWA 4GINA 1VAHA 4UR9A 1X6NA 2IUZA 3WNPA 1WDRA 3NIYA 4E2OA 4WK9A 1V6VA 1JYWA 3M7SA 5KZ6A 2YL9A 3CLWA 4PMDA 2VX5A 3AQUA 3VDAA 4P7OA 1W32A 1MQPA 2X0YA 4OZOA 1GJWA 2V3DA 1W9VA 3WL0A 2ZXDA 4GQRA 1UR1A 4AW7A 1H5VA 4WLCA 1W1PA 3W29A 1E43A 3ARTA 3NDZA 2WMGA 3LMYA 1ZS2A 2EPOA 2NT1A 1BVNP 2J7EA 5IHRA 5CZKA 3AXXA 2PF0A 4DWSD 1OD0A 4MTVA 3A4XA 4UNIA 2DDXA 1MFVA 1KCKA 3PZMA 2ZOXA 3QGVA 1HP4A 3GTNA 2HISA 4V2XA 1QNSA 3WNLA 3SUVA 2X09A 2WCGA 1V3HA 2XVKA 4PMYA 2DSUA 2DEPA 2W66A 1CLVA 1UZ1A 2VO5A 3VM5A 1DWJM 3OIHA 5GQBA 1M01A 2J7BA 2JALA 2XSAA 1H2JA 3I3EA 1A3HA 1V3JA 5ABFA 1PX4A 1W9XA 2VL4A 2BHYA 3GM8A 3SCWA 1UD4A 2XPKA 5FKYA 1UA3A 2CERA 2ZUUA 1VJSA 2F8QA 4AD5A 1I1XA 3I3DA 3LPGA 1J10A 4BS0A 5HOSA 5A1AA 4W8LA 4FLOA 4QP0A 4QDMA 1E6SM 3AHTA 2E40A 1E0VA 5I3DA 4D6HA 4JFTA 4QCEA 3ZMRA 1CPUA 1OT2A 2DSVA 1GOKA 1OD8A 1OCQA 1FFQA 2VVSA 1Q4NX 4W7VA 1V0MA 2PWHA 3SEPA 1CENA 3HU7A 5CG0A 1LL6A 4ZE4A 4TVUA 1W9PA 4TX6A 4AD1A 1HJQA 3VUPA 1GOWA 2CKRA 1ZBCA 3EDJA 4UOQA 5C70A 4J3SA 1OT1A 4DWSA 3VNZA 1ODZA 1JYVA 2XSBA 1JYXA 4U31A 2WC3A 1B3VA 1GUVA 3AFBA 1FP8A 1LL7A 1PX3A 4CCEA 4EAMA 1O6IA 4OJYA 3W24A 4P7LA 2WHLA 1E0WA 2CESA 4RE4A 3W38A 1R87A 4B16A 4CCCA 4OUEA 3GH7A 4MNLA 2DSWA 3J7HA 3AS2A 2E8YA 1BAGA 2D3LA 1V6UA 2WAGA 4AZ7A 4FLQA 2J77A 1NP0A 3MMDA 1QOXA 3BCDA 2CIPA 3FNDA 2ZX6A 4W88A 1MW1A 3VIOA 1UUQA 2FHFA 3VGDA 3VIKA 2NW0A 2GVYA 2A3HA 4MDOA 3QHNA 2X05A 1V3KA 4EE9A 1V02A 1IT0A 2CETA 1UR8A 1CGXA 4CVUA 2WCAA 1FFRA 3VIGA 3MUY1 2YLLA 1UKTA 4AD2A 3TONA 2WZIA 4AZ6A 3SCUA 4AZHA 3AMCA 1CXKA 3ARSA 2XG9A 5IFTA 1PPIA 2EBNA 4CD5A 4FF5A 2QHAA 3HN3A 2VQTA 5IHSA 3BSHA 1BHGA 3WD3A 4JAWA 2BFGA 2BVYA 5E70A 1NQ6A 2X1IA 3OGSA 1EA9C 1DEDA 2D1ZA 1CXHA 1HIZA 2DIJA 2C7FA 4HZ8A 4KGLA 2WYSA 2ZX8A 3FAXA 1WNOA 3SCSA 4N42A 3MANA 1V3LA 3VU2A 4H8HA 4JZ5A 1C8YA 1F4AA 1TG7A 3SUTA 2C0HA 3AYRA 3OLEA 5I79A 3N18A 3WEZA 1GPFA 2QMJA 3QHMA 3FHQA 2WMFA 1TZ7A 1ZJBA 1M7XA 3ECQA 2W62A 3L4YA 3ARZA 3CBWA 4UFLA 2WBKA 4AZCB 4HMEA 3ZR5A 1LWJA 1IZJA 1MW0A 4AD3A 1CXIA 4B3KA 3JUGA 4S3JA 3RM4A 3RM9A 3AS3A 3RDKA 3O6AA 3W37A 4UCFA 4MNMA 1E71M 3D3AA 1KXTA 3MUAA 1OINA 4AZIA 2Z1KA 2ZXAA 4LQ1A 3GXMA 1FH7A 3VDBA 3HJEA 4AC1X 3FN9A 1C7TA 3EYPA 3EDFA 5EFDA 4XV0A 3SCRA 1QNPA 1AVAA 3WL1A 4U33A 3IJ8A 3VGEA 1E15A 1CBGA 2D0HA 1SFSA 5HBFA 4LX4A 4PMRA 1PJ9A 1UKPA 1CGYA 1E55A 3GDBA 2ESCA 2UWFA 3GNPA 1KWGA 1V0LA 1W3LA 4HMDA 2BHZA 2W63A 1LWHA 5M17A 4H2CA 3OBAA 3U7BA 4E8CA 3A4AA 3AIBA 2CEQA 3WQ8A 4F9JA 3PZ9A 3DC0A 1UR0A 3PZOA 1TA3B 2FDMA 3AXHA 2J47A 5CPSA 4GO9A 4HA4A 1W9BM 4X9YA 5A8OA 2VCAA 1QI2A 2YBUA 5C71A 3WY1A 1KXHA 1J01A 2WVVA 4URIA 4UFKA 1UH4A 5C8BB 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4MB3 A;  3KL3 A;  3K46 A;  4PUE A;  1N82 A;  4J7R A;  3VGG A;  5CPT A;  1BVZ A;  4AD0 A;  5FL0 A;  3LPP A;  3ARP A;  2GJP A;  3AIV A;  4DUX A;  5M3W A;  4UTF A;  3K1D A;  1ESW A;  3NSM A;  1KGU A;  4D1I A;  4JFS A;  3OLG A;  1JZ8 A;  4RL3 A;  4B3L A;  2DSK A;  3AHY A;  3VMO A;  3IAQ A;  4AY1 A;  4D6C A;  4X0V A;  1I1W A;  4R27 A;  4UFH A;  1KXV A;  3AMD A;  3TTY A;  1LLO A;  4U3A A;  2Y8V A;  3CHE A;  2JEQ A;  3II1 A;  3WQ4 A;  2G41 A;  1DHK A;  3HMC A;  1EQC A;  1GVY A;  1WAW A;  1XSJ A;  3DYP A;  4P8V A;  2VZT A;  3THC A;  1E70 M;  1QHZ A;  2XWE A;  3ZJK A;  3SCP A;  1CXE A;  1B31 A;  2XVL A;  3VIM A;  3PZQ A;  4HA1 A;  2CBI A;  4NSB A;  3L2L A;  4J3T A;  4AIE A;  3T0B A;  4D6J A;  3WQ6 A;  1W9D M;  2WLZ A;  3WQV A;  1V03 A;  4PTW A;  4BQ2 A;  4M29 A;  4AMC A;  1MW2 A;  2E0P A;  3SUU A;  1WO2 A;  2BNJ A;  3THD A;  5I6S A;  1M53 A;  4HOZ A;  2VT0 A;  3MU7 A;  4W86 A;  1EOM A;  1L8N A;  2WW5 A;  3WDH A;  1G5A A;  1UKQ A;  4PMZ A;  3VD5 A;  1W91 A;  1L0P A;  2GJR A;  2XUC A;  3N15 A;  1JAE A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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