4D1JA

The structure of the gh35 beta-galactosidase bgl35a from cellvibrio japonicas in complex with 1-deoxygalactonojirimycin
Total Genus 177

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
177
sequence length
539
structure length
539
Chain Sequence
APLPELLSNNGKHALMVDGAPYIILGSQTNNSSNYPDALKDVWPSMEKMGANTLSIPVAWEQIEPVEGQFDFSFVDVLLKEARQRKVRLVLLWFATWKNNAPHYAPAWVKLDNARFPRVVKEDGDTLNSLSPLGQNTLAADKKAFVELMKYLAKRDKDHTVIMVQVQNEVGTYGAVRDYSPMAQAVFNAAVPDDLIQKLQLKPGTWSQVFGRDADEFFHAYQIARYCDEVTVAGKAIKNLPMYVNVALRNPFNPGLPGQYSSGGGTDNVLHIWKAAAPNIDLIAPDIYFRDYKTVSKVLELYTRPDNALFVAEIGNDQPFARYLFPTLGKGGIGFSPFGMDDTDYTNYPLGAKVYNDETIEQFAQVYRLVNPMMREWARLSYQGQVWGVAEPLDSTTETQKIWNAEATPEEKEQHKKDRASALTQQLDLGLWDAEVTYGRPMFWVTPPEGNTPAAGGALIAQLDDNEYLVTAYKARVEFKPSQELAGKKFMIERVEEGRFEKGKWVMERVWNGDQTDWGLNFTDRPHLLRVKMASYSVQ

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Cellvibrio japonicus
publication title A Complex Gene Locus Enables Xyloglucan Utilization in the Model Saprophyte Cellvibrio Japonicus.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BETA-GALACTOSIDASE, PUTATIVE, BGL35A
total genus 177
structure length 539
sequence length 539
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature ec 3.2.1.23: Beta-galactosidase.
pdb deposition date 2014-05-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02449 Glyco_hydro_42 Beta-galactosidase
A PF18120 DUF5597 Domain of unknown function (DUF5597)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.220.20 Mainly Beta Sandwich Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3 putative beta-Galactosidase from caulobacter crescentus 4d1jA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4d1jA01
6TAAA 3L4ZA 2Q8XA 1ZL1A 3QOMA 3U5UA 3BSHA 2VQUA 3VD7A 2GVYA 3G6MA 3GXFA 4AZCA 5FCZA 1K9DA 3AMLA 1I1WA 2D0GA 3J7HA 1JI2A 4JHOA 3O6AA 1XSKA 1ZB5A 4P7LA 3WUFA 3AYRA 1JDCA 4W7UA 2WAGA 3VNYA 4H2CA 2WVVB 1QBAA 4JFSA 3GH7A 1DWHM 2E8ZA 2VCAA 4MB4A 4UFLA 1UWUA 3BAYA 3AIUA 3KL3A 3F5KA 2NW0A 3RPMA 3TONA 3POCA 1Q6EA 2WMHA 1BHGA 3AZRA 1EA9C 1Q6DA 2GJPA 1HP5A 1ZBKA 3BAJA 1IV8A 1TA3A 2G3IA 4MTVA 1CTNA 1HP4A 4HTYA 3CTTA 2VI0A 1EQPA 4DM1A 1GJUA 1Q4NX 5I77A 3SURA 4GI8A 1V6XA 1E3XA 4R5EA 4Z2HA 2VURA 4WJXA 1E4NA 1E40A 5CPTA 1CYGA 4PRWA 2DSVA 1JXJA 1UKTA 3N1AA 5CG0A 5EB8A 1UWRA 2VRJA 2OYLA 3ZR6A 2YJQA 4WF7A 1AQMA 4OBSA 1C7TA 4UZUA 2WMIB 3ZQ9A 5JIPA 2YBTA 1HJWA 8A3HA 3WDQA 1DWIM 3AS0A 3BAIA 2E40A 3CLWA 1CGVA 3MU7A 4AZ7A 4AXNA 5A8OA 1BVZA 4GKLA 4DWSB 4W87A 4BQ4A 2DIEA 4UFJA 1KXVA 1NARA 1W32A 3WL1A 4KMQA 1JZ5A 1M03A 4V28A 3AISA 2OYMA 3WQ8A 4OJYA 4OKDA 1KGUA 4M29A 1E5JA 1E70M 1E55A 1CECA 3E1F1 5GNYA 1L8NA 4N42A 5CZKA 1B0IA 4J3XA 2BHYA 1SYTA 1PZ2A 2YLAA 3CIVA 2W61A 1PPIA 2DPEA 1VBRA 3CZLA 3BLKA 2V3EA 1CXKA 4J3SA 3VNZA 5ABHA 1DWJM 2WB5A 4HZ8A 3WFZA 3ZT5A 1ZU8A 2ESCA 2BHUA 1H49A 1GOKA 5D9PA 1GVIA 4MADA 1JFHA 1GW1A 2PWEA 4X9YA 1HJUA 3UCQA 3AZSA 1AQHA 5DT7A 4Z2GA 3B8SA 1GOQA 1UD4A 3QOKA 5EFDA 5BYWA 2JEPA 3VVGA 4JCLA 3RO8A 1QI2A 5E9AA 2WNWA 1BYAA 3AZTA 1XSIA 3SEPA 2VCBA 1JF6A 1Q6FA 2XUCA 3MSGA 4D6JA 4W8LA 1GNXA 3VD4A 1V02E 1WO2A 2YLLA 3NUKA 4PMVA 3WDRA 4CD7A 1SMDA 3N15A 1MW2A 5DFAA 4Q22A 1V3KA 4NRSA 1WDQA 1WZMA 3L4VA 3PZNA 3BCFA 4CKQA 4E8DA 3ZT7A 4AIOA 4RL3A 1CLVA 3WD2A 1HKMA 2WANA 2VTFA 1GOIA 3ARQA 1ODUA 2QHAA 3VX0A 3RILA 4JZ5A 5I2UA 4CD4A 2XFRA 1W91A 2V3FA 3WF4A 4MDPA 2WW5A 2X1IA 1WDPA 2WZHA 1EHAA 1X6LA 2D0HA 2XFFA 1WNOA 4DWSC 4AEEA 1RPKA 3EDDA 1CGYA 1CGTA 4W7VA 2HVMA 3VGBA 1KWKA 1B1YA 2GK1A 2OWWA 4MDOA 1HIZA 5EBAA 3WH5A 2RGMA 2PBGA 3VIHA 1OT2A 3AYSA 1C90A 1IZKA 3W82A 2VNCA 4B3KA 3K46A 4AMCA 3N12A 3NSMA 3WD4A 3RMEA 1B2YA 3IJ8A 1FOBA 5AC5A 3MUZ1 3RDKA 4QP0A 4W8BA 5BXSA 1UR8A 3CMJA 3GH5A 2VQTA 1WZLA 1V03A 1BFNA 1GUVA 3U57A 4TTGA 2VVSA 1RD6A 1IZJA 1UR2A 5HPCA 1KXTA 1KGXA 2OSYA 2QLYA 3VO0A 4ZE4A 2J77A 1NH6A 4HPGA 1UKPA 3BCDA 2DSKA 3VDCA 2WHKA 4DUXA 2CNCA 4XUYA 2BS9A 4Y7EA 1Q6GA 2XIBA 4QCFA 3TTYA 3CHCA 2ZICA 3EMQA 1QNPA 1C8XA 5JUVA 3W37A 1J12A 4UTFA 1U33A 4D6CA 3PZQA 3UEQA 1UD2A 4OBRA 5A6KA 2GFTA 4HMDA 5KZ6A 8CGTA 3ZIZA 3AXHA 4QLJA 2WWCA 1J11A 5I23A 5CJ5A 4FLQA 1ODZA 4W5UA 3WF0A 1UH3A 4D1IA 1GOOA 1U30A 3A3HA 3W38A 1M01A 2QMJA 1V3IA 4X0NA 5HXMA 4GXPA 2DH3A 2VZOA 1QHOA 3WIJA 2X0YA 3G6LA 5E0FA 1Y7VA 1HL9A 3ZSSA 1D3CA 2G3MA 2XWDA 2CHNA 5HBFA 1Q6CA 2Y24A 4HZ7A 1B3XA 1FHDA 3WD3A 3T09A 1DWGM 1EDQA 4J3VA 2WHLA 2CHOA 1QNRA 2VOTA 3L4WA 3NIYA 2BHZA 2YDRA 2ZWZA 3I3EA 1W3HA 2X2YA 3CHDA 3EDEA 1DEDA 3ZJ6A 1QNQA 2CXGA 3VGDA 5ABEA 1EGZA 3GNRA 3B9EA 5I78A 3PBGA 4RE3A 2EXOA 1MW0A 1HJSA 1XYZA 2CETA 2UY5A 1FHLA 4UR9A 1SFSA 2XSBA 1B3YA 3QHNA 4WK9A 3L2MA 3AHZA 1UG6A 1HNYA 3ARWA 2BY0A 3OA5A 5A94A 4P7NA 5CLTA 2ZX7A 2WCSA 4HMEA 2J75A 3GM8A 2YA2A 1BYBA 1FH9A 4GZIA 1E6RA 4JL1A 4FK9A 2EBNA 3OZPA 1CXFA 5D8WA 3VD5A 3OIHA 1W3JA 1WPCA 3EBVA 4ACZB 2J7BA 5E6ZA 2O92A 2VT0A 2XM2A 3MO4A 1UWQA 3ARTA 5BRPA 3WL0A 4CUCA 1ZS2A 4M81A 1PIGA 1PAMA 2PWGA 2ZX8A 4A3YA 2ZXAA 3LPFA 5BROA 4S3KA 4DUWA 2YA0A 4D6HA 4DUVA 2EO7A 3MMDA 3EMCA 1OIMA 4TXEA 1H0IA 3PHAA 4Z2JA 4EK7A 4OZOA 3CPUA 5A6AA 2VZUA 2Y8VA 3CZKA 5LA0A 3S6TA 3MS8A 5FIPA 4UQAA 3QR3A 2AOSA 2BXYA 4C7FA 4BQ2A 3UG5A 2EJ1A 1HL8A 3SCWA 2BVDA 2BFGA 3BSGA 3PZMA 1W1VA 2AAAA 2VR5A 4BF7A 1B30A 2E0PA 3N13A 1QW9A 2JIWA 4AY1A 2J4GA 4PMXA 4JKKA 1V6VA 3II1A 3W29A 4CD5A 3SCQA 2ZX6A 4PCSA 4JFWA 1J0KA 2D0FA 4W89A 4GINA 1UR1A 2QMKA 1MQPA 3DHUA 1HN1A 1WP6A 2E3ZA 5FKYA 1AVAA 4PMUA 3AOFA 4AZCB 1GQIA 3LPOA 4LX4A 1MW3A 1S46A 1JFXA 5DO8A 3EMZA 2WHJA 1HVQA 2XVKA 1V6WA 1ISVA 4P8UA 3W27A 1G94A 4U3AA 3VMPA 1KGWA 3EYPA 1H0GA 1FH7A 1ISZA 2WC4A 4F8XA 5IDIA 1VFFA 2D1ZA 1UH2A 1UKOA 1KXHA 1RP8A 1W9DM 1HXJA 4MB3A 4UCFA 1WDRA 5CQ1A 4AYSA 1TFVA 2EPMX 3VINA 3POHA 3F4VA 4P8WA 3ARZA 1QI0A 3IK2A 1E72M 4HPHA 4AIEA 1CWYA 3A4AA 3ARXA 5FOOA 1XHGA 2ZE0A 3WQ5A 3GXDA 5D9MA 3WMCA 4UOZA 5HNNA 3W81A 3VIPA 1TA3B 4CGTA 5E70A 3T08A 1XCXA 1UWSA 2FH6A 1UWTA 3W4RA 1WZKA 3CMGA 4PMRA 3VPLA 3AJ7A 4IPLA 1NQ6A 3QGVA 3UR7A 1CGXA 4UQ9A 4P7RA 5BRQA 4NRRA 1JF5A 1PJ9A 5A2CA 1CBGA 2VZSA 2YL5A 3PTKA 1X6NA 2PC8A 3FAXA 1W9XA 4CU6A 4B9ZA 4GZEA 1NWSA 1ZBVA 3WF2A 1OCQA 1MXDA 1XV8A 1H2JA 1JD7A 1EDTA 1VENA 3KE0A 4MNJA 4U2YA 2WYSA 2WZIA 4BQ5A 3M7SA 4OIFA 3AIQA 3FW6A 3L4YA 4AD4A 2A3EA 3VX1A 3WFLA 1E71M 1NP0A 5A95A 1W9BM 2D22A 3WH6A 1UD6A 2VMFA 3T0DA 3RM8A 5A6BD 4M80A 4QAWA 1W1PA 4LYPA 2XPKA 1J01A 2ZOXA 1LF1A 2ZUNA 1OWQA 2OWXA 2ZUUA 4HU8A 4JCMA 5AYIA 5C70A 4IM4A 5LA1A 2WC3A 3BMVA 1KB3A 3PZIA 4TUFA 3VGHA 2EPNA 3ALGA 5AYBA 1PX8A 3I3BA 2WLYA 3FY1A 1JNEA 5DF0A 1BSIA 2DT2A 3LPPA 3MANA 4AZ5A 1P6WA 2XSAA 1QBBA 2XJ7A 4MAZA 3FHQA 3HU7A 1AQ0A 2WVUA 3WQ4A 3KL0A 1VFUA 1QOXA 3KL5A 1DWAM 3ZJKA 4AD5A 1V0LA 4JKLA 5TD4A 3AHXA 2VRKA 3AIVA 3OGVA 4H41A 3HJEA 3WD1A 1FFRA 1N82A 1E6PA 2Y4SA 2EPOA 5I79A 2CBVA 2O9PA 3GBEA 3WKZA 3WH9A 4L4OA 1MQRA 4PBGA 3DC0A 2ZXDA 2E9LA 4PMOA 1W9PA 4TTUA 3QHMA 1VF8A 5CGMA 1C8QA 1LG1A 2GJXA 3SCUA 1HJQA 3AHVA 2WMIA 1VFMA 1W2VA 4J3UA 5FL1A 4TVUA 2GUYA 5A69A 3WELA 3CGTA 1M53A 1V3MA 4L4PA 1JD9A 5A6BA 3OLGA 3APGA 2IXVA 2VX7A 1JDDA 1EIBA 2PB1A 2DH2A 1DWFM 2AMGA 3TTQA 2QPUA 3VIKA 1UQZA 4FF5A 4WSKA 3W26A 3PZVA 4AW7A 1DP0A 1EQCA 4UQDA 2D2OA 4PMZA 1GQJA 3WBEA 3WQVA 4PEEA 4M56A 5A3HA 2E9BA 1PBGA 2OWCA 3K8MA 3VGEA 2BV9A 2GK1B 2A3BA 4B9YA 4GIAA 1EO7A 3FNDA 4V27A 2GSJA 2Z1SA 3AIBA 6A3HA 4D1JA 1I75A 1OGGA 2DEPA 2WKGA 5IHRA 3KWXA 1BF2A 1LG2A 3ARYA 1JYNA 5CSUA 1HKIA 1F4HA 3D5HA 4UQEA 2WMKA 1VIWA 1J0IA 5LA2A 1UD8A 2YOCA 4J28A 1US3A 2DSWA 2VJXA 4HA3A 2W4XA 2DDXA 2CYGA 1MXGA 1YQ2A 4ATLA 4JIEA 4D72A 4UOQA 4KH2A 1G1YA 2BNJA 3WMSA 4HA4A 1QVBA 5CLWA 4LQ1A 3WQ6A 3WUEA 2EPLX 5CPSA 3L4TA 1ISXA 5JBEA 1AMYA 2HISA 4LYQA 1XRVA 4AD3A 4HOXA 1EOMA 4WIWA 1JL8A 3PZUA 3T2QA 2ZUMA 3VIJA 4UOJA 1MVYA 3VMNA 2WMGA 4C7DA 3TTOA 1CGUA 1J0YA 5A8MA 4ZFMA 4J3TA 4DM2A 4AC1X 3MMWA 1U2YA 1E3ZA 2CKSA 2ZXQA 1UKSA 1V6UA 1XYFA 2QPSA 3OB8A 2GJRA 4U5IA 4XX6A 2DT0A 2EEXA 2VL4A 3S2CA 2WXDM 4WKFA 2J7CA 1KFWA 4E2OA 4QDMA 1LL4A 2C7FA 1GPFA 4HU0A 4A4AA 1XSJA 1CENA 1E1EA 1VJZA 2BY1A 5AY7A 4AD0A 1TCMA 1HJXA 3THCA 2EPKX 2WSKA 3ZMRA 2WC7A 1X1NA 4FMVA 4CVUA 3NJ3A 1LL6A 1ZJAA 3AHTA 2DSZA 3T2OA 1XD1A 3GH4A 3ARUA 4AWEA 1UOKA 1UQYA 3N18A 6CGTA 3AICA 4QCEA 3GZAA 1E5NA 1HT6A 1UD5A 4D6FA 2J8FA 4EE9A 1ITXA 3W24A 1WB0A 4CCCA 4KGLA 2J8GA 1JZ6A 3VIGA 4HMCA 4PMYA 4ML4A 5A6JA 2E9MA 4X0VA 3UR8A 4PYSA 4C7GA 3MUAA 1B3WA 1XH2A 2A3HA 5HPOA 4OOZA 1E56A 1HF6A 1B90A 1UA7A 1OM0A 3ZO9A 3IANA 2FH8A 4KRUA 1VB9A 1V3JA 5A8QA 2V5CA 2YL6A 5BXRA 5BCAA 2FGLA 2J62A 3CHFA 3B9AA 1JDAA 2JF6A 2RGLA 4HP5A 2B31A 1CPUA 1V0KA 2CCRA 2YBUA 5ABGA 4UFHA 4JAWA 3VDBA 4PTWA 3VILA 3O9NA 7CGTA 9CGTA 4J3WA 4PTVA 3PZ9A 5CSYA 1H3GA 1UA3A 3BC9A 3TA9A 4ACYA 5I0DA 2V3GA 3UG3A 3D3AA 3MSDA 1HJVA 1UH4A 3AS2A 2J7GA 4GPNA 1J0HA 3AMKA 3SCPA 1H4PA 1XGZA 3I3DA 1NOFA 1VAHA 4D6IA 4MNKA 3OLEA 3GDBA 1J0JA 5HOSA 1G9HA 4XZWA 1E4MM 1JXKA 4W8AA 1Z32X 1WCGA 3DHPA 3AXIA 4V2XA 1W3KA 4AD1A 2OYKA 4PUEA 1R86A 3UETA 2G8ZA 2YL8A 2WK2A 3L4XA 1A3HA 1IT0A 2TAAA 3FHAA 4ZXOA 4W85A 3SCNA 2YIHA 2X05A 3TOPA 1K9FA 3MUY1 3MMUA 3OGRA 4RE2A 5FD0A 3GYCA 1KXQA 3UERA 1E4IA 1C93A 1JZ8A 3LMYA 2ZUVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 6TAA A;  3L4Z A;  2Q8X A;  1ZL1 A;  3QOM A;  3U5U A;  3BSH A;  2VQU A;  3VD7 A;  2GVY A;  3G6M A;  3GXF A;  4AZC A;  5FCZ A;  1K9D A;  3AML A;  1I1W A;  2D0G A;  3J7H A;  1JI2 A;  4JHO A;  3O6A A;  1XSK A;  1ZB5 A;  4P7L A;  3WUF A;  3AYR A;  1JDC A;  4W7U A;  2WAG A;  3VNY A;  4H2C A;  2WVV B;  1QBA A;  4JFS A;  3GH7 A;  1DWH M;  2E8Z A;  2VCA A;  4MB4 A;  4UFL A;  1UWU A;  3BAY A;  3AIU A;  3KL3 A;  3F5K A;  2NW0 A;  3RPM A;  3TON A;  3POC A;  1Q6E A;  2WMH A;  1BHG A;  3AZR A;  1EA9 C;  1Q6D A;  2GJP A;  1HP5 A;  1ZBK A;  3BAJ A;  1IV8 A;  1TA3 A;  2G3I A;  4MTV A;  1CTN A;  1HP4 A;  4HTY A;  3CTT A;  2VI0 A;  1EQP A;  4DM1 A;  1GJU A;  1Q4N X;  5I77 A;  3SUR A;  4GI8 A;  1V6X A;  1E3X A;  4R5E A;  4Z2H A;  2VUR A;  4WJX A;  1E4N A;  1E40 A;  5CPT A;  1CYG A;  4PRW A;  2DSV A;  1JXJ A;  1UKT A;  3N1A A;  5CG0 A;  5EB8 A;  1UWR A;  2VRJ A;  2OYL A;  3ZR6 A;  2YJQ A;  4WF7 A;  1AQM A;  4OBS A;  1C7T A;  4UZU A;  2WMI B;  3ZQ9 A;  5JIP A;  2YBT A;  1HJW A;  8A3H A;  3WDQ A;  1DWI M;  3AS0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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