4D1IA

The structure of the gh35 beta-galactosidase bgl35a from cellvibrio japonicus
Total Genus 177
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
177
sequence length
539
structure length
539
Chain Sequence
APLPELLSNNGKHALMVDGAPYIILGSQTNNSSNYPDALKDVWPSMEKMGANTLSIPVAWEQIEPVEGQFDFSFVDVLLKEARQRKVRLVLLWFATWKNNAPHYAPAWVKLDNARFPRVVKEDGDTLNSLSPLGQNTLAADKKAFVELMKYLAKRDKDHTVIMVQVQNEVGTYGAVRDYSPMAQAVFNAAVPDDLIQKLQLKPGTWSQVFGRDADEFFHAYQIARYCDEVTVAGKAIKNLPMYVNVALRNPFNPGLPGQYSSGGGTDNVLHIWKAAAPNIDLIAPDIYFRDYKTVSKVLELYTRPDNALFVAEIGNDQPFARYLFPTLGKGGIGFSPFGMDDTDYTNYPLGAKVYNDETIEQFAQVYRLVNPMMREWARLSYQGQVWGVAEPLDSTTETQKIWNAEATPEEKEQHKKDRASALTQQLDLGLWDAEVTYGRPMFWVTPPEGNTPAAGGALIAQLDDNEYLVTAYKARVEFKPSQELAGKKFMIERVEEGRFEKGKWVMERVWNGDQTDWGLNFTDRPHLLRVKMASYSVQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Complex Gene Locus Enables Xyloglucan Utilization in the Model Saprophyte Cellvibrio Japonicus.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BETA-GALACTOSIDASE, PUTATIVE, BGL35A
molecule tags Hydrolase
source organism Cellvibrio japonicus
total genus 177
structure length 539
sequence length 539
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature ec 3.2.1.23: Beta-galactosidase.
pdb deposition date 2014-05-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02449 Glyco_hydro_42 Beta-galactosidase
A PF18120 DUF5597 Domain of unknown function (DUF5597)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.220.20 Mainly Beta Sandwich Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3 putative beta-Galactosidase from caulobacter crescentus 4d1iA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4d1iA01
3OZPA 2XM2A 1VIWA 3GH4A 5HDRA 4F9DA 5I77A 2JEPA 1JD9A 2C8NA 3AIBA 4KRTA 1V0KA 1JF6A 3W38A 4J3WA 2RGLA 4IUGA 4WK9A 1FA2A 4BS0A 1UKQA 3AYRA 1E56A 4AMCA 4P7RA 3A6OA 3W6MA 2X0YA 2CITA 4KH2A 1VF8A 4J3TA 2DH3A 3EBVA 2WZHA 1GOOA 1RPKA 3SCSA 1JIBA 5A6BD 2YA1A 2G4FA 3U7BA 2VCBA 1CXLA 3D5HA 2DH2A 3VX0A 2YA0A 2ZX6A 4E2OA 5E09A 3AROA 4CKQA 3GBDA 2VZTA 4UQ9A 3FAXA 1QHZA 2XPKA 1ZBKA 1R7OA 3E1F1 1NWSA 1XD1A 2PWEA 4Z2GA 2E3ZA 4TX8A 2J79A 1VAHA 4U33A 2EEXA 2XHYA 4AZCB 3CZEA 1V02E 4QCFA 3WELA 3HJEA 4JFVA 2VZOA 1XCWA 1H0GA 1K9FA 5I2UA 1KXHA 2VURA 3MS8A 1TFVA 1UR9A 1VFUA 1FHLA 3A4WA 3AFBA 1E5NA 3EMQA 5ABEA 3N1AA 1GQLA 2CBIA 3SURA 1A3HA 1J18A 2OSXA 1E4MM 2A3CA 1BFNA 1V02A 2CPUA 2DSZA 1V3IA 1E73M 1AMYA 1KB3A 2J74A 2PB1A 4UQDA 4CVWA 2EPLX 3BAYA 1QNRA 3WF2A 1ZJAA 4AZHA 3POHA 3B8SA 4W88A 4ZFMA 1UD3A 3AICA 5A94A 5BXSA 1F4HA 3AHTA 1WDPA 1TA3A 4HPGA 4TOQA 5DEZA 1XH2A 3BLKA 2BNJA 4BCEA 5ABGA 3SUUA 4BQ2A 2WPGA 3UCQA 4P7NA 4B3KA 4XZWA 4P7LA 1J0KA 2W63A 2CCRA 3SCVA 3TA9A 4YPJA 2WVSA 4DWSB 5DMYA 1KR0A 1BQCA 1OINA 2BVTA 5FIPA 2X05A 2ZWYA 4PCTA 4W5UA 3AXHA 1F4AA 3L2MA 1E72M 4W7WA 5BYWA 4ZE5A 3CZJA 3ZR5A 3BAXA 2WVVA 1CXEA 4HU0A 4QLLA 2MANA 4GIAA 3IJ8A 1BVZA 1H5VA 2EO7A 4FLOA 2W5FA 4U3CA 3PZTA 4HZ8A 4TVDA 3WSUA 3OLEA 2FDMA 2EJ1A 2WWDA 1UQZA 1RP9A 1UR2A 1WPCA 1UWSA 5DFAA 2XFFA 2ZUWA 3L4ZA 3SUVA 5M3WA 3NDYA 2X09A 1JZ4A 5A6SA 4F8XA 1JDDA 1UKOA 1ODZA 2A3EA 1CYGA 1E71M 4XV0A 4AY1A 5BXPA 3MUAA 3HN3A 1JFHA 4UCFA 1JYXA 5KZ6A 3AIQA 2JFEX 4D6HA 1CGVA 3ZJ7A 1J0YA 2CNCA 4D6JA 2GUYA 3L2LA 2WVTA 2XVKA 1WB0A 1EO5A 3U5YA 1ESWA 1CGWA 1B3XA 2VMFA 4JCLA 5CZKA 1E6NA 1P6WA 3KE0A 2J7DA 2GK1B 1PX3A 3VIHA 3IAPA 2BY0A 2IUZA 1V6YA 1UHVA 1HXJA 4EKJA 3VGDA 5FD0A 3GM8A 1XHGA 3CMJA 2FGLA 1Q6GA 1TG7A 1OM0A 4MB5A 4BA0A 4AYSA 4UFHA 5FL1A 2O9OA 2WLZA 2OYMA 1ISWA 3ARWA 3U5UA 5ABFA 2WXDM 3KZSA 3VMOA 1RP8A 1QW9A 3POCA 3APGA 1HJQA 2V38A 4W7UA 3WQ8A 1WZKA 3MSDA 3WF0A 1OT1A 2GDUA 2QPSA 3VM5A 2V5DA 9CGTA 3N17A 4JIEA 4U31A 2X1IA 2ZXQA 2BHYA 2G3MA 2DIJA 2WHLA 2HISA 1EA9C 4XX6A 3WNMA 1LG2A 3PZ9A 3AIEA 3MUIA 1SMAA 1W1TA 1HJUA 5LA0A 1D3CA 1JNDA 2WKLA 2VVSA 2YA2A 4H41A 2EPOA 3F5KA 5GNZA 1WZAA 1PIGA 3IK2A 3EMZA 3ARPA 3CLWA 1C8QA 2WMIA 4CD4A 1ITXA 3OGVA 4AD1A 4IM4A 1US3A 3SCQA 2ESCA 3MUY1 4U3AA 2OWWA 3OBAA 4R5EA 2J7HA 4UFKA 1ZB5A 4Y7EA 3WNOA 5A8NA 4ACYA 2C7FA 1N82A 4NRSA 1WZLA 4NSBA 1E0VA 5DT5A 1CTNA 1JGIA 4PMZA 2J78A 3ZMRA 5BXTA 1JI1A 1G0CA 2D20A 4GZEA 1C3FA 3WD1A 1VEPA 2VR5A 4XZBA 2J7FA 1B30A 5M03A 1U33A 3WL0A 2Y8KA 1U30A 3RM4A 4ZXLA 3WD3A 4CCEA 1V6XA 2VX6A 3G6MA 3BC9A 4LXFA 4MJ4A 2F61A 2YOCA 3EDFA 2BHUA 1EDQA 4HOXA 4RE4A 3VO0A 3ARSA 4S3JA 2CKSA 1J0HA 4C7DA 4JL2A 4PMXA 3WEOA 5D9MA 4WF7A 3WNKA 3AHXA 2BY1A 3K8MA 1XD0A 4W89A 4M24A 4TTUA 2WVUA 3AHZA 3FNDA 2WVVB 3MANA 2D2OA 1GVIA 1PEZA 2VI0A 4CGTA 2BY2A 4FLRA 2AOSA 3ALGA 1E55A 1CEOA 3A4XA 1CGUA 4HA1A 1XH0A 1US2A 1JYNA 1UKTA 1CGXA 1EHAA 2PC8A 1GQIA 5JBFA 2YDRA 4YHEA 1XYZA 1UWRA 3OLGA 2DSUA 3UESA 3VKKA 2BS9A 4D6IA 4QDMA 2XYLA 2F2HA 2WNWA 3CHDA 2J77A 3QOKA 1PBGA 2E9LA 1E1EA 3IJ7A 5FOOA 1GQKA 1HKIA 3WMSA 3RO8A 1MW1A 3WD2A 4MJ2A 4FLSA 2XSAA 3AJ7A 3O2LA 3SUTA 3ARQA 3ZIZA 2G41A 3PBGA 1H49A 1ZBCA 2GSJA 2XGIA 3T2QA 1H11A 3VUPA 1FP9A 1GUVA 2NSXA 1VBRA 4QCEA 4UTFA 4TXEA 3BLPX 4Z2JA 1B3ZA 1J11A 4AISA 1B3VA 4J3SA 3WF1A 1GOIA 2NT0A 4ZENA 5F7UA 1R87A 1W1PA 3VU2A 1CXIA 2YLLA 1C7SA 1UA3A 1OGSA 5ABFB 1CGTA 3PZVA 4DM2A 1UZ1A 1QBAA 5CLTA 4BQ5A 1JD7A 3CUIA 3NJ3A 4IISA 1QHPA 4V28A 6TAAA 1YQ2A 1RD6A 4JAWA 4ML4A 3T0AA 3T2OA 1E43A 1D2KA 1UA7A 4CD6A 2IXVA 4HOZA 3ZM8A 4OKDA 3EDJA 3GXDA 5D4YA 1BYAA 3F4VA 4H2CA 3IAQA 4D71A 5A8PA 3NIYA 1EHNA 1H41A 3VINA 3DYOA 2VCCA 3QR3A 4UQBA 2WMFA 3VMPA 3RIKA 4B15A 4AZ5A 1UR0A 4OUEA 1W3LA 2DQXA 2W92A 4M81A 3W6LA 4JCMA 3VIJA 4UQAA 2ZX9A 4Z2HA 3NSNA 3CZKA 2WMIB 1MW3A 4HZ6A 3PZMA 4WKAA 2RGMA 4DUXA 1EO7A 1GHRA 1GHSA 5I6SA 1NOFA 5I78A 1DTUA 3AIVA 5LA1A 1WAWA 2QPUA 1IZKA 3OB8A 3AZTA 1HL9A 1IV8A 1MVYA 3WNNA 2QMJA 4MDOA 2D1ZA 2JE8A 3WD4A 3A47A 4L4PA 3ARZA 1EH9A 4GO8A 4UNIA 3WH6A 4AC1X 3WEZA 1OSEA 2ZUMA 3S6TA 3A3HA 4KMQA 2D0FA 1GVYA 1ITCA 1M53A 1E6RA 3CZ8A 3NCOA 3U57A 5M17A 4E4PA 1J12A 3ZT6A 5A6LA 2OSWA 3B9DA 3SCNA 1PX4A 3OGSA 4PBGA 3MSGA 4ACZA 3WMBA 2W62A 2OSYA 3F5LA 4AD3A 1SFSA 3QGVA 2CEQA 3DYPA 3VIPA 4C7FA 1MXGA 1Q6FA 4AD2A 2WCGA 3N18A 1OBAA 1LWJA 3LPPA 2XUCA 2VX4A 2VOTA 3WN6A 4PRWA 3VPLA 5E70A 1E70M 3UG5A 1MFUA 2XIIA 4LYRA 2GVYA 4W5ZA 3WH5A 1GONA 1BG9A 5DT7A 4ATDA 3GNPA 4PTXA 3WDJA 1OD0A 1LL7A 1TVPA 2O9PA 3SIMA 1BGAA 4RE3A 2DSKA 4BQ3A 1BSIA 5KEZA 4WIWA 1E6PA 1PZ2A 1W91A 3WBEA 3VGBA 1GW1A 1HKJA 1DWAM 4ZEPA 2UY5A 4IPLA 1DWHM 1QI0A 4U2YA 5BRQA 4PTVA 3VGFA 2Y2WA 2XTKA 4TVUA 4MDPA 3K8LA 1FHDA 2YBTA 1HX0A 4N42A 3SCUA 4PTWA 1AQHA 4NRRA 2CKRA 3AISA 4WLCA 3NSMA 6CGTA 4BQ4A 4OIFA 2WSKA 2D3LA 3VOCA 3W53A 3WBAA 4W84A 1E15A 1UG6A 5CQ1A 2XG9A 4AZIA 3WIJA 3SEPA 3KWXA 2VRJA 4TUFA 1ISZA 4W8LA 4UFJA 1DWJM 1BF2A 2ZX7A 3S2CA 5ECUA 2OYLA 1H09A 2WK2A 1TE1A 1ZJBA 2XIBA 1B3YA 1BGGA 3M6DA 3ZR6A 1B9ZA 2DDXA 1CPUA 2F8QA 1JZ2A 3BMWA 1QNPA 1GQJA 2FHFA 1KBKA 4C7GA 1WE5A 4KGLA 2Z1SA 1MW2A 3CGTA 2ZOXA 3CUFA 3PZOA 1G94A 2GJPA 1GPFA 1KXVA 3PZUA 1B2YA 4P7OA 4MPKA 2UY3A 5EFFA 3VM7A 2WC3A 1QNOA 3AQUA 2CXGA 3GYCA 1OD8A 4GQQA 4JKMA 3RJYA 5A2CA 1A47A 3RJXA 4W93A 4MB1A 1JXKA 5I79A 4DUWA 7CGTA 3VVGA 4EE9A 1X1NA 4A3YA 3OIHA 3KEHA 1WDQA 4MTVA 1E6ZA 1UKPA 4MNMA 1ISYA 1JZ5A 4KRUA 4MADA 1UD8A 2PWHA 1HP4A 2ZUSA 2EXOA 2O9TA 1VJZA 3WUGA 3M07A 4PMDA 3EDEA 3HU7A 4EK7A 3PZGA 5D8ZA 2ZX8A 3L4VA 1LF1A 3I3BA 1JDAA 3KL5A 4B9ZA 2D0GA 2WZIA 7A3HA 3W37A 1OIMA 5DF0A 2ZICA 4PYSA 1JXJA 1JDCA 4GZIA 5C71A 1FH8A 1PJ9A 1E1FA 3N13A 3WDPP 1S46A 2J25A 1UWIA 1PAMA 2W66A 3RDKA 5IFPA 4AW7A 5EMYA 1TMQA 2XJ7A 1B90A 5IHRA 2CBJA 2VQTA 1V0NA 4AIEA 1E4IA 4HPHA 3PHAA 1BVNP 4BZYA 2FH6A 1I1WA 3GXIA 5CPQA 4CU8A 4Z2IA 1NWUA 2J8GA 2WANA 3GXMA 2CBVA 1GOWA 4D6FA 2J7GA 2UY2A 4PMVA 4CUCA 1JI2A 5D9OA 1HF6A 4GI6A 3GDBA 4W86A 4RE2A 3AMGA 1XCXA 3ZJKA 3UR7A 3CUHA 2WAGA 3WENA 3RM8A 4UZSA 1R7AA 3WUFA 2VRKA 1E9LA 4D1IA 1IT0A 5CSUA 2QV4A 2CERA 3DHUA 1HVQA 2BVYA 2E0PA 1C8XA 5I0DA 3WNPA 1LG1A 1JZ7A 2J7EA 2D3NA 1K9TA 4URIA 3F5JA 3IJ9A 1DEDA 2CESA 1QOXA 4PMNA 1XV8A 2YDSA 4MNJA 2Y5EA 4J3UA 4HP5A 3DYMA 1LWHA 1H3GA 5HXMA 2YKKA 2DT0A 2JF6A 1MQPA 1HL8A 1G1YA 3EMCA 4UFLA 5JIWA 3UR8A 5E0CA 2JF7A 2G3IA 3M7SA 3CIVA 3NSXA 2G3JA 4AD5A 1WNOA 1CECA 3CUJA 1AQMA 3PTKA 3KL3A 4AZ6A 5EFDA 4E8DA 2X8RA 2W67A 4Q22A 3WUEA 3ALFA 3NUKA 1TZ7A 2EPNA 1E5JA 2WCAA 2Q8XA 2FHCA 2CBUA 1ZU8A 3W81A 3WQ5A 3L4XA 4AZGA 5HOSA 1W3HA 3ARXA 5CGMA 2V3GA 3UG4A 1TA3B 1NH6A 2XVGA 4Q7NA 1QW8A 4HMEA 1KWKA 1VFMA 4HTYA 1OCQA 1M04A 3VD9A 1UD2A 1LL4A 3FAWA 4TVCA 1MFVA 3VD5A 1XRVA 1HJWA 2ZXDA 1G01A 2QF8A 2XSBA 3T2PA 3PN8A 4LPCA 2UY4A 3B9AA 1BTCA 4JHOA 3PTMA 2VZVA 4GKLA 1UR4A 2QLYA 3PZNA 3UEQA 1R86A 4KGJA 3AYSA 2CYGA 3TTQA 3AS3A 2FGZA 3OZOA 3WH9A 1XH1A 2YJQA 2W61A 4LYQA 1E3ZA 2GFTA 2EBNA 3CPUA 3K8KA 3OLDA 3BGAA 5A8QA 5IDIA 1CIUA 4S3KA 2NW0A 3MO4A 1AQ0A 4PUEA 4DUVA 1BAGA 3QHNA 4JHZA 1Y7VA 3WH8A 1ZBVA 3ARUA 1GOQA 1W9UA 2VUYA 4NZCA 5CLWA 4U2ZA 3SUSA 4B3LA 2ZUNA 4P8XA 4V2XA 3BSHA 3I3EA 4FK9A 2X2YA 4XUYA 2WBKA 3FHAA 3ECQA 2XVLA 4H8VA 5E9AA 1JFXA 3LPFA 4JFSA 2DT2A 4B9YA 2PBOA 4U5KA 3CZGA 2X0HA 1HP5A 4QAWA 4W85A 3WMCA 3RCNA 2V3FA 4PMUA 3AS0A 1Q4NX 2E4TA 4AIOA 2O92A 3GH7A 3DC0A 3T0BA 4GINA 1DP0A 4AIUA 2WB5A 2BVDA 2D24A 4W7VA 3RMEA 3TOPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3OZP A;  2XM2 A;  1VIW A;  3GH4 A;  5HDR A;  4F9D A;  5I77 A;  2JEP A;  1JD9 A;  2C8N A;  3AIB A;  4KRT A;  1V0K A;  1JF6 A;  3W38 A;  4J3W A;  2RGL A;  4IUG A;  4WK9 A;  1FA2 A;  4BS0 A;  1UKQ A;  3AYR A;  1E56 A;  4AMC A;  4P7R A;  3A6O A;  3W6M A;  2X0Y A;  2CIT A;  4KH2 A;  1VF8 A;  4J3T A;  2DH3 A;  3EBV A;  2WZH A;  1GOO A;  1RPK A;  3SCS A;  1JIB A;  5A6B D;  2YA1 A;  2G4F A;  3U7B A;  2VCB A;  1CXL A;  3D5H A;  2DH2 A;  3VX0 A;  2YA0 A;  2ZX6 A;  4E2O A;  5E09 A;  3ARO A;  4CKQ A;  3GBD A;  2VZT A;  4UQ9 A;  3FAX A;  1QHZ A;  2XPK A;  1ZBK A;  1R7O A;  3E1F 1;  1NWS A;  1XD1 A;  2PWE A;  4Z2G A;  2E3Z A;  4TX8 A;  2J79 A;  1VAH A;  4U33 A;  2EEX A;  2XHY A;  4AZC B;  3CZE A;  1V02 E;  4QCF A;  3WEL A;  3HJE A;  4JFV A;  2VZO A;  1XCW A;  1H0G A;  1K9F A;  5I2U A;  1KXH A;  2VUR A;  3MS8 A;  1TFV A;  1UR9 A;  1VFU A;  1FHL A;  3A4W A;  3AFB A;  1E5N A;  3EMQ A;  5ABE A;  3N1A A;  1GQL A;  2CBI A;  3SUR A;  1A3H A;  1J18 A;  2OSX A;  1E4M M;  2A3C A;  1BFN A;  1V02 A;  2CPU A;  2DSZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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