4D1IA

The structure of the gh35 beta-galactosidase bgl35a from cellvibrio japonicus
Total Genus 177
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
177
sequence length
539
structure length
539
Chain Sequence
APLPELLSNNGKHALMVDGAPYIILGSQTNNSSNYPDALKDVWPSMEKMGANTLSIPVAWEQIEPVEGQFDFSFVDVLLKEARQRKVRLVLLWFATWKNNAPHYAPAWVKLDNARFPRVVKEDGDTLNSLSPLGQNTLAADKKAFVELMKYLAKRDKDHTVIMVQVQNEVGTYGAVRDYSPMAQAVFNAAVPDDLIQKLQLKPGTWSQVFGRDADEFFHAYQIARYCDEVTVAGKAIKNLPMYVNVALRNPFNPGLPGQYSSGGGTDNVLHIWKAAAPNIDLIAPDIYFRDYKTVSKVLELYTRPDNALFVAEIGNDQPFARYLFPTLGKGGIGFSPFGMDDTDYTNYPLGAKVYNDETIEQFAQVYRLVNPMMREWARLSYQGQVWGVAEPLDSTTETQKIWNAEATPEEKEQHKKDRASALTQQLDLGLWDAEVTYGRPMFWVTPPEGNTPAAGGALIAQLDDNEYLVTAYKARVEFKPSQELAGKKFMIERVEEGRFEKGKWVMERVWNGDQTDWGLNFTDRPHLLRVKMASYSVQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Complex Gene Locus Enables Xyloglucan Utilization in the Model Saprophyte Cellvibrio Japonicus.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Cellvibrio japonicus
molecule keywords BETA-GALACTOSIDASE, PUTATIVE, BGL35A
total genus 177
structure length 539
sequence length 539
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature ec 3.2.1.23: Beta-galactosidase.
pdb deposition date 2014-05-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02449 Glyco_hydro_42 Beta-galactosidase
A PF18120 DUF5597 Domain of unknown function (DUF5597)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.220.20 Mainly Beta Sandwich Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3 putative beta-Galactosidase from caulobacter crescentus 4d1iA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4d1iA01
1SR0A 5A95A 4UZUA 4W84A 2VOTA 3S6TA 3L4UA 5AC4A 2WHJA 4UQEA 3GYCA 3AS0A 4V27A 2ZWYA 2WYSA 3PZQA 4QCFA 1UD3A 1UHVA 1H3GA 2DIJA 3VIFA 3N04A 3VPLA 2VX5A 1Q6EA 5A8MA 3THDA 5LA2A 5JBDA 1J0KA 1XH0A 3ZJ8A 3BXWA 1NH6A 3A47A 5C71A 1D7FA 4PTMA 2XIBA 2XVPA 3KWXA 1TG7A 1J18A 3IANA 1FFQA 1BF2A 1GHRA 2OSXA 3WDHA 3WMCA 1V3MA 2DPEA 4A3HA 2O9RA 2GDVA 2VX4A 3UETA 4Q7NA 1AQHA 1KXQA 4PMOA 4DUWA 4HPGA 3ALGA 4OBSA 1BVNP 3AZSA 3OGSA 4C7FA 2D0HA 2XTKA 2YLAA 2PF0A 1HJVA 1VB9A 3VX1A 3OLGA 1OINA 5I2UA 3WF0A 3TTQA 1V6WA 4JFVA 1CGWA 4ATWA 4XZWA 4QLJA 1GOKA 4MB3A 3VTRA 4B9ZA 4GI9A 4QFUA 4B3KA 3SUSA 1B0IA 5DEZA 3UESA 3IJ9A 1BQCA 1SFSA 4D6GA 1CGXA 3AIWA 3TA9A 2FDMA 3CMGA 1CGVA 4HPHA 1V6UA 1W3JA 3F5JA 4XZBA 2CESA 1JXJA 4OOUA 3GXMA 1B3ZA 1MQRA 5IHSA 1J0ZA 3TTYA 1GQIA 1B2YA 4UOJA 4FMVA 2BV9A 1KQZA 1OD0A 1H41A 1V3IA 2E9MA 3K8LA 4FK9A 1UQYA 4J28A 1V0NA 1TVPA 3F5LA 4GO9A 3S2CA 1JZ8A 5JUVA 3QR3A 2E3ZA 3VIJA 1UD6A 2WMGA 4U2ZA 4AZCB 3KL3A 2Y5EA 5BROA 5DFAA 3D5HA 1W32A 2DGAA 3AS1A 1M7XA 1CECA 1NM9A 2WC3A 4AISA 5I79A 3K8MA 4D6EA 5ABGA 3ARZA 1JI2A 4A4AA 1GZJA 2QHAA 1UD8A 1E3ZA 3UERA 3GZAA 3ARUA 1UD5A 2XVGA 1UWQA 3OIHA 4ZXLA 4KH2A 4PTXA 3W25A 3T2PA 4UQBA 3RDKA 3FN9A 1UKTA 1XH2A 2J7HA 4AZ6A 1V3JA 1BG9A 1EXPA 1KQYA 3GXFA 3ZQ9A 3T0BA 3CUGA 4JAWA 1KB3A 3PZOA 2W92A 1EO7A 2A3BA 2Y24A 3TOPA 4BS0A 1HN1A 1VEMA 3ECQA 3AISA 1AMYA 1JXKA 1MW1A 3AMCA 4HZ8A 3BAWA 4TX8A 3FNDA 3KE0A 3UCQA 1C7TA 4ZENA 5I77A 1G5AA 3QGVA 1FA2A 3FXYA 4TVCA 1H11A 1C8YA 2CYGA 1AQMA 3OB8A 5BXPA 1S46A 1QBBA 4JFUA 3VGGA 5A2AA 4RE3A 1DTUA 3NDZA 4FLQA 2J75A 6CGTA 2GFTA 3MANA 1VAHA 3AS3A 3CZEA 4HP5A 2C0HA 4LYRA 1FP9A 1OT2A 1UKOA 3VOCA 1VF8A 1WCGA 4W89A 2XFYA 4Z2LA 2Y8KA 1QI5A 5CZKA 3I3BA 3WNNA 3VMNA 2V3FA 5LA1A 5D8ZA 4H2CA 4RE2A 3GXDA 5EMYA 2ZWZA 1EDGA 4DM2A 1A47A 4H8UA 2W61A 3WH7A 3WH9A 2RGMA 1GOMA 1ECEA 3FW6A 3T08A 3VD4A 4RE4A 3ZJKA 3G6MA 1B3VA 4UQ9A 3SCWA 1TA3B 1BGAA 2DSKA 3A4WA 3FAXA 3RM9A 3U7BA 2BXYA 1GOWA 3ZO9A 5BXTA 2D24A 4DWSC 5F7UA 4OOZA 4F79A 4MNMA 3NIYA 1O7AA 2FHBA 1E72M 3A4XA 1GVYA 2ZUUA 4V28A 3GDBA 1J10A 3IAQA 3ZIZA 3RMEA 3AIRA 5FIPA 3VD9A 1XSIA 1DP0A 1GOQA 1J12A 1RPKA 1EIBA 2E9LA 3WEMA 2XVLA 1FP8A 2Q8XA 2EXOA 3VNYA 4AY1A 1UYQA 2VCCA 2VZUA 4M29A 1V6YA 1JDCA 1E56A 1GPFA 2CKSA 3TONA 1E0VA 1C92A 5CPSA 2WMJA 3OGVA 3U5UA 1E4LA 2AMGA 2BVTA 2DQXA 1EHAA 3QOMA 1PAMA 1Q4NX 3BH4A 3IAPA 5A6KA 4YN5A 4AEEA 1JD9A 4AD3A 4BCEA 2XGBA 4GZEA 5E6ZA 3AOFA 2WKGA 3WUFA 1BSIA 4U5IA 4GPNA 1CDGA 2JALA 3DC0A 5CSUA 1EDQA 3L4XA 4Q22A 4GZIA 3B9AA 3AMLA 3RILA 1ITCA 2A3CA 1XYFA 1BYCA 3WD3A 5HBFA 4M56A 4JFWA 2WMKA 1EH9A 3ARSA 1HNYA 5A94A 1VJZA 1CPUA 4OKDA 3A4AA 1JG9A 3WELA 3W6LA 1PJ9A 3BAYA 3VGBA 3PZ9A 2HVMA 5CLWA 3GBDA 4LX4A 3AXXA 5D9MA 1ISWA 1WZMA 3SUVA 1ZBVA 1C90A 3CHCA 1E5NA 4AZCA 2UY4A 2WSKA 4CD8A 4P8XA 1NWRA 5M03A 1HKMA 5FL0A 1W9UA 4BA0A 1WE5A 3PZIA 1EHNA 1CGYA 1VRXA 3AHYA 4NSBA 3WNPA 1E6PA 4H8VA 4H8HA 1C7SA 1XH1A 2J7GA 4CCCA 1CIUA 2OWXA 4IISA 1BPLB 2V3EA 1J9YA 1UR4A 2GVYA 2DH2A 3M6DA 1CNVA 2BY1A 4D6HA 1NP2A 1OSEA 4ACZA 3W81A 2YJQA 1K9FA 1GQLA 3WQWA 4U5KA 3N17A 2ZX5A 4S3KA 1KFWA 5CGTA 1B31A 1WAWA 2XM1A 3K4AA 3LPPA 1RD6A 1I75A 1WZAA 5FOOA 2ZUWA 2VZVA 3WD2A 5D4YA 1M04A 3LPGA 3LPFA 3AFBA 4L4OA 3ZSSA 3OG2A 1MFUA 3MSGA 1ZB5A 7A3HA 2GJXA 2VVNA 5KEZA 1NP0A 3D3AA 3SEPA 1V03A 1QHOA 4AXNA 4J3SA 3EDDA 2GDUA 3RPMA 4U3CA 4UNIA 3WEZA 3QHOA 2VR4A 3VDBA 3AICA 4UFIA 2QV4A 4PTWA 1Z32X 4LYQA 2DT1A 2VX7A 2VMFA 3AQUA 3WL1A 2JIWA 3BSGA 1JZ4A 4HOXA 4W5UA 1XCXA 2W4XA 2CBIA 1UKQA 3BCFA 2Y8VA 2FHCA 3WDPP 4CD7A 3FY1A 4MB5A 1KCKA 1JZ6A 4AW7A 2OSWA 2QF8A 1JYNA 1QVBA 1E55A 1CXKA 4J27A 2VC9A 3W0KA 3WNMA 3T2OA 2J8FA 1QBAA 4E8DA 4WIWA 2CBJA 1ZJBA 4LYPA 1D3CA 2F2HA 1GORA 1E1FA 1BFNA 2IUZA 1W9XA 3K46A 2GSJA 2G3JA 1HXJA 3CZJA 1WDQA 1L8NA 4L4PA 3WF3A 4AD0A 1W1YA 3CH9A 3W29A 1CBGA 3A3HA 2J77A 1QI4A 2BVDA 1WPCA 1F4HA 1C8QA 2X1IA 1ISVA 1XRVA 4QCEA 1BYDA 3OGRA 4KWUA 3POHA 1XHGA 1UD4A 2ZXQA 4YHGA 4K68A 2QMJA 5DO8A 1JIBA 2QMKA 3SUUA 1ODUA 1UWIA 4P7RA 4CD6A 4XUYA 3EDEA 2VJXA 2CBUA 4YPJA 1H09A 2DT2A 3SCTA 2WVVA 2XWEA 4FLOA 3WQ6A 4E2OA 2J7EA 4LQ1A 5BWFA 1OIMA 3BCDA 4KRTA 3WMSA 4WSJA 1DEDA 4MAVA 2EPMX 3CBWA 1JF5A 3VDCA 3WDQA 4Z2IA 5M17A 3TP4A 5A3HA 3GM8A 4J7RA 4Y7EA 3RM8A 2PWGA 1GJWA 3ARWA 2WBGA 4JHZA 1HJWA 1UH3A 3W27A 1QW9A 1UA3A 2XPKA 1E3XA 5IXEA 4AZHA 1VEOA 1F4AA 5CPQA 1KXHA 3AXIA 2PB1A 5I23A 1QNOA 1V0MA 5C70A 8CGTA 1J11A 2HISA 2VUYA 4P7NA 1E43A 4U33A 3MMWA 1US2A 5GPRA 1R86A 1US3A 3WL0A 1E0WA 4N42A 1V08A 2XM2A 3VDAA 3WENA 3NDYA 1VJSA 3EDKA 3VX0A 2VRQA 3WD4A 4BQ4A 1B3YA 1V0LA 1GNXA 1R7OA 1TZ7A 2CERA 1KWKA 1JGIA 4GINA 1ISXA 2YDSA 1PEZA 1QI3A 1UZ4A 3UR7A 3HMCA 1ESWA 2ZOXA 1JI1A 3E1F1 4PCSA 2EPNA 3ZJ6A 1UUQA 3GNOA 5EFDA 2ZX6A 1QNSA 4DWSA 4FF5A 3VNZA 4RL3A 2JE8A 2XWDA 1B30A 1U30A 2XSBA 3F5KA 3W53A 2WWCA 1W9BM 4ZXOA 1OIFA 5FD0A 1U2YA 4UZSA 4B16A 2WHLA 4GXPA 1VFOA 3SCQA 1UKPA 2GK1A 5A6MA 3NJ3A 1GJUA 1M01A 5CXPA 2WVSA 3EMQA 1HVQA 3VUPA 1MQPA 1M03A 3TTSA 5A8OA 4PBGA 1MW3A 2XGIA 1C3FA 3OLIA 1XSJA 4MJ4A 3BGAA 1VIWA 4AD4A 5I24A 1DWIM 4GI8A 3VIKA 3SUTA 2VCBA 2YL6A 4QDMA 5A2CA 1FFRA 4W87A 4AMCA 2OYKA 2WZHA 1LG2A 3OLDA 2VX6A 5DT5A 5HOSA 5JBFA 4NI3A 3ALFA 2G8ZA 1EA9C 3WFLA 1FH8A 3AIVA 3WMBA 2VT0A 1KR1A 3ZJ7A 1B9ZA 1NARA 1V6VA 1MFVA 1G94A 2YL5A 1DWFM 1LWHA 3AHXA 1B3XA 3OLEA 4ATDA 5ABEA 1KXVA 3PBGA 1WZKA 3T2QA 4U2YA 4P7QA 4D71A 2VTFA 3PZUA 4JL2A 4ACZB 3PHAA 1HJQA 3GBEA 1JL8A 2G3MA 2J7CA 1UH2A 4MB1A 1Q6CA 3LMYA 5A1AA 1E6QM 1UQZA 4MNLA 3U7VA 4UFKA 3W26A 1QPKA 3L4TA 2JF7A 2WC4A 4NRSA 3NUKA 1J01A 1E9LA 1PZ3A 3WDIA 4ZEPA 4ZFMA 1UG6A 2DH3A 2OLHA 2X8RA 4IM4A 2WCSA 4GZJA 3N18A 3O9NA 2GJXB 2IXUA 2WVUA 1HP4A 1KGUA 1KWGA 3GNRA 1SMAA 4Z2GA 1UH4A 1IT0A 1YQ2A 3CO4A 1MW0A 3VKKA 1X6NA 2OYMA 4AEFA 5DMYA 2V5DA 4HZ7A 1ISZA 2EQDA 1QNQA 2G3NA 2BHZA 1CLVA 2WHKA 1H0IA 1K9TA 5A6BA 2W91A 1LL6A 1VFMA 3HJEA 3VGDA 2YBUA 4HA3A 1W1VA 1B1YA 3W24A 5ABHA 3K4DA 4PUEA 1G9HA 2VCAA 3WSUA 1MW2A 4Z2KA 4M82A 4GO8A 3VGEA 4PCTA 1JFXA 1PX4A 5IFPA 3SCNA 4MAZA 4M81A 1MWOA 2WPGA 4P7LA 1KXTA 1UWSA 3U57A 3T09A 2VZTA 2WB5A 1TE1A 4AIOA 3QOKA 3WEOA 3DECA 5KZ6A 1VFFA 2PWDA 3KL0A 5A69A 3WQ4A 4EKJA 3WQVA 4WSKA 1E70M 4UCFA 4AZBA 3GH5A 1XYZA 4CGTA 2A3AA 4MNKA 5ABFA 1UA7A 1B3WA 1TVNA 1HL8A 1OGBA 1G0CA 2CXGA 3THCA 1CXIA 5CQ1A 1OCQA 1UD2A 9CGTA 2DSVA 3CPUA 1JYVA 5JIWA 1CLXA 2DSWA 3SCSA 4D72A 2BXZA 3MUY1 3WUBA 1WO2A 4GQRA 2CEQA 1TUXA 1H49A 3OZOA 3CUFA 3NSNA 1E1EA 4MPKA 4LXFA 4B9YA 4AZIA 2WVVB 1UWRA 4J3XA 4MJ2A 3RIKA 4ZE4A 3PTMA 3VIMA 2WMIA 4J3WA 3WBEA 4TTGA 1IZJA 3L4YA 2G41A 3A6OA 1W1PA 5BXRA 3ZT6A 1QI0A 1V02A 4BQ3A 3PZTA 3BMWA 4DUVA 3EMCA 4Z2HA 4S3JA 1ZU8A 3CIVA 1EDTA 2CKRA 3VIHA 4X0NA 4A3YA 5A6SA 3VMOA 5CLTA 1LF1A 3RO8A 4HMDA 1P6WA 3WF4A 5A2BA 3BC9A 1VENA 2W63A 1GOOA 4IUGA 2ZX7A 1R8LA 4GIAA 1E71M 4PTVA 4F9DA 3ARRA 3W38A 1BAGA 4WK9A 3L4VA 4UOZA 5D9NA 3L4WA 3MSDA 3POCA 3FAWA 2ZUNA 4D1JA 3AZTA 3WQ8A 3II1A 2OWWA 4AWEA 4DWSD 4IPNB 3L2LA 3K1DA 3IJ8A 2D2OA 3WF2A 1J0JA 2WNWA 1GHSA 4HMEA 3EDFA 5LYRA 1K9DA 1XD0A 5I3DA 1ZBKA 3WQ5A 1ISYA 2VL4A 3G6LA 1QOXA 1HL9A 2NT0A 1KBKA 4M24A 4V2XA 3AIEA 3APGA 1ZS2A 4HA1A 1UWTA 1FHLA 4ACYA 2O92A 3DHUA 3DYMA 2WZIA 4LPCA 3AIUA 1HJXA 4CU6A 3L2MA 4DWSB 3CHEA 3DHPA 2OSYA 2FGZA 4DUXA 1H4PA 4BQ2A 3VM7A 2X05A 2BNJA 2WSPA 5C8BB 3B9DA 1WKYA 4EK7A 5I5RA 2GK1B 3AHZA 3AROA 2WMHA 4AYSA 3NYDA 2NT1A 3VIOA 2CITA 2YKKA 2E8ZA 2Y4SA 3M46A 2EPKX 4JKLA 4C7DA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1SR0 A;  5A95 A;  4UZU A;  4W84 A;  2VOT A;  3S6T A;  3L4U A;  5AC4 A;  2WHJ A;  4UQE A;  3GYC A;  3AS0 A;  4V27 A;  2ZWY A;  2WYS A;  3PZQ A;  4QCF A;  1UD3 A;  1UHV A;  1H3G A;  2DIJ A;  3VIF A;  3N04 A;  3VPL A;  2VX5 A;  1Q6E A;  5A8M A;  3THD A;  5LA2 A;  5JBD A;  1J0K A;  1XH0 A;  3ZJ8 A;  3BXW A;  1NH6 A;  3A47 A;  5C71 A;  1D7F A;  4PTM A;  2XIB A;  2XVP A;  3KWX A;  1TG7 A;  1J18 A;  3IAN A;  1FFQ A;  1BF2 A;  1GHR A;  2OSX A;  3WDH A;  3WMC A;  1V3M A;  2DPE A;  4A3H A;  2O9R A;  2GDV A;  2VX4 A;  3UET A;  4Q7N A;  1AQH A;  1KXQ A;  4PMO A;  4DUW A;  4HPG A;  3ALG A;  4OBS A;  1BVN P;  3AZS A;  3OGS A;  4C7F A;  2D0H A;  2XTK A;  2YLA A;  2PF0 A;  1HJV A;  1VB9 A;  3VX1 A;  3OLG A;  1OIN A;  5I2U A;  3WF0 A;  3TTQ A;  1V6W A;  4JFV A;  1CGW A;  4ATW A;  4XZW A;  4QLJ A;  1GOK A;  4MB3 A;  3VTR A;  4B9Z A;  4GI9 A;  4QFU A;  4B3K A;  3SUS A;  1B0I A;  5DEZ A;  3UES A;  3IJ9 A;  1BQC A;  1SFS A;  4D6G A;  1CGX A;  3AIW A;  3TA9 A;  2FDM A;  3CMG A;  1CGV A;  4HPH A;  1V6U A;  1W3J A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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