4D1JA

The structure of the gh35 beta-galactosidase bgl35a from cellvibrio japonicas in complex with 1-deoxygalactonojirimycin
Total Genus 177
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
177
sequence length
539
structure length
539
Chain Sequence
APLPELLSNNGKHALMVDGAPYIILGSQTNNSSNYPDALKDVWPSMEKMGANTLSIPVAWEQIEPVEGQFDFSFVDVLLKEARQRKVRLVLLWFATWKNNAPHYAPAWVKLDNARFPRVVKEDGDTLNSLSPLGQNTLAADKKAFVELMKYLAKRDKDHTVIMVQVQNEVGTYGAVRDYSPMAQAVFNAAVPDDLIQKLQLKPGTWSQVFGRDADEFFHAYQIARYCDEVTVAGKAIKNLPMYVNVALRNPFNPGLPGQYSSGGGTDNVLHIWKAAAPNIDLIAPDIYFRDYKTVSKVLELYTRPDNALFVAEIGNDQPFARYLFPTLGKGGIGFSPFGMDDTDYTNYPLGAKVYNDETIEQFAQVYRLVNPMMREWARLSYQGQVWGVAEPLDSTTETQKIWNAEATPEEKEQHKKDRASALTQQLDLGLWDAEVTYGRPMFWVTPPEGNTPAAGGALIAQLDDNEYLVTAYKARVEFKPSQELAGKKFMIERVEEGRFEKGKWVMERVWNGDQTDWGLNFTDRPHLLRVKMASYSVQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Complex Gene Locus Enables Xyloglucan Utilization in the Model Saprophyte Cellvibrio Japonicus.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Cellvibrio japonicus
molecule keywords BETA-GALACTOSIDASE, PUTATIVE, BGL35A
total genus 177
structure length 539
sequence length 539
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature ec 3.2.1.23: Beta-galactosidase.
pdb deposition date 2014-05-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02449 Glyco_hydro_42 Beta-galactosidase
A PF18120 DUF5597 Domain of unknown function (DUF5597)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.220.20 Mainly Beta Sandwich Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3 putative beta-Galactosidase from caulobacter crescentus 4d1jA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4d1jA01
1HVXA 3W6MA 3W37A 2G3JA 1WKYA 3KE0A 3K8MA 5AY7A 4EK7A 3QOMA 5HXMA 1M03A 1QNOA 3OZPA 2VZUA 1W91A 4J27A 3BAXA 1ZS2A 2WB5A 5ABFB 3BSHA 1NOUA 3ALFA 3BMWA 1UR1A 3EDKA 1B31A 1GCYA 1ODUA 1B3XA 4MB4A 3GXFA 3VNYA 4D1IA 2WZIA 1BSIA 1ZL1A 3MANA 1O6IA 3W53A 4PSPA 3VIGA 4OUEA 4AWEA 1W3KA 2J62A 3T2PA 1PZ2A 4WKAA 3W26A 5FKYA 2WBKA 2A3HA 3F5LA 1BF2A 3K4DA 1QNPA 3W38A 3VIMA 1XGZA 3IANA 3UERA 2E9MA 3ARTA 3PZNA 3ZJKA 1B90A 3OGSA 3UG4A 3WH7A 5I77A 4NRSA 3AIVA 2Y8VA 1ZBKA 1W9PA 5CSUA 1J0KA 4UOZA 1HJWA 1UWTA 2CESA 4DM2A 5BXSA 1H11A 1XH0A 2DT0A 1B9ZA 1HX0A 4K68A 2WKGA 1W1YA 3WD3A 3FAXA 2VCCA 1QI5A 1C8YA 4PMXA 3FHAA 4UFLA 2OWCA 2PWFA 1V0LA 2W5FA 3AOFA 3ECQA 4J3UA 3RM4A 5EMYA 4MAVA 2GVYA 1IT0A 2J74A 4JFTA 2CPUA 3ARPA 2X05A 1HKJA 1ISWA 1HJXA 1WO2A 1FH7A 1HJVA 1D7FA 4OOZA 5A6KA 1J12A 3VGEA 1FH9A 1EDTA 3CHEA 1UUQA 1AQHA 3K8LA 1S46A 4CN6A 2QF8A 1KQZA 3VDBA 1LG2A 1RP8A 3IJ8A 2BVTA 2E8ZA 2OLHA 1QVBA 4MTVA 1CXKA 3NSXA 1E3ZA 2CNCA 2WVVB 4AD5A 4D6FA 4E8DA 3GNRA 1JF6A 1BPLB 2UY5A 5BWFA 4PMOA 1QI4A 1B0IA 2VO5A 3VMNA 3NIYA 4MDOA 3GXDA 3F5JA 2E0PA 3CLWA 1E71M 2XSAA 1ISYA 5TD4A 1BYDA 1US2A 4TUFA 3T0BA 4FLQA 5BXPA 3SCPA 1L8NA 1E3XA 4FMVA 3VD9A 2D22A 3WQ8A 3GNPA 5D4YA 1LL4A 1LQ0A 1VEOA 7A3HA 3CUGA 3K8KA 3NCOA 1V3JA 2BFGA 1J0JA 1WP6A 1W1TA 2BS9A 3BAWA 2EPMX 1HKKA 4Z2LA 2WWDA 3AS0A 2PWEA 1H2JA 1JD9A 4ZXOA 1ISZA 2BVDA 4PSRA 4B9ZA 1U33A 2VL4A 3VGHA 1PIGA 2D3NA 2Z1KA 1JDDA 2EO7A 4JKLA 2JIEA 4HA1A 3ZM8A 3K1DA 3WBEA 3FNDA 1CGWA 5CQ1A 4XZBA 4GINA 3ARZA 3FAWA 1E0XA 3SUUA 3EBVA 1K9DA 3UEQA 3PZ9A 3WF1A 3DYOA 1DWFM 3WQVA 1X6LA 1GJWA 4H04A 1WNOA 1KBBA 5I2UA 5I23A 3ARUA 4F9DA 3QOKA 2JIWA 2EPNA 4KH2A 3TP4A 2MANA 1CWYA 1W1PA 4P8UA 4MDPA 3PZVA 3WQ4A 2IXVA 3EDEA 4RL3A 3WQ5A 3AHYA 3SIMA 3AS1A 4MB5A 4LYPA 3A4WA 4CCDA 4F8XA 3VVGA 4JCMA 5HPCA 2J75A 3N12A 3KL5A 4MADA 2CIPA 4AISA 1GONA 4CGTA 2WC4A 3VD7A 3TTQA 4Q22A 2PF0A 1JI1A 4UR9A 5BXTA 3N04A 5CPQA 1M53A 5HNNA 2PWHA 3A47A 4AEEA 2ZWYA 4E2OA 2DPEA 1JAEA 1TFVA 1GOIA 5M3WA 4PBGA 4U5IA 1JYWA 4H8VA 1HVQA 3VOCA 3AS3A 1ISVA 1VAHA 2CEQA 4LX4A 4MNMA 3M07A 2Y5EA 5IXEA 2W62A 3MO4A 4QLKA 3WDQA 5GQBA 1GVYA 1KXVA 1SYTA 1OSEA 4CUCA 5I3DA 2XJ7A 4UFKA 4BQ2A 2Y24A 3ALGA 4X9YA 3PZQA 4J3SA 4PMVA 5A8OA 1B3ZA 2ZXQA 1V6UA 1CYGA 3QHNA 5FL0A 1DWAM 4BA0A 5A6SA 3SCNA 1DWJM 3AS2A 4PCTA 4AZGA 3I3DA 3VUPA 3VX1A 1J11A 1B3YA 1NWTA 5CPSA 3RCNA 4CD6A 3MUAA 1VRXA 3BLPX 1C92A 1C7TA 1Q4NX 4PMRA 5A6BD 1PZ3A 2Y8KA 3MMWA 4V27A 3PZIA 1FP9A 3W28A 3ZR5A 2RGMA 3WNNA 1W3JA 1E6RA 3CPUA 4AZ7A 1W9VA 1PJ9A 1UZ1A 1KXHA 1BFNA 7CGTA 5A6JA 1VFOA 2HVMA 2F8QA 3CUIA 1W9BM 1XYFA 1ITXA 2VC9A 1UHVA 4URIA 5DF0A 2PWGA 2DIEA 5A8MA 2W67A 3KWXA 3U5YA 2C0HA 5JIWA 1NQ6A 4HMCA 1WPCA 5E0CA 4X0NA 1BTCA 1LL7A 3RJYA 1UD4A 3AHZA 2G8ZA 4HMDA 3VIPA 3VIIA 1UKPA 4PMYA 4BQ5A 3VD4A 4QLLA 4GXPA 3WD1A 5IDIA 1CGUA 2CHOA 4AXNA 1MYRA 4KMQA 2WHJA 3B9DA 4R5EA 4AIUA 3BSGA 2BHZA 3GTNA 4GO9A 1E43A 3CHDA 2CETA 1JZ3A 5ABHA 3CZLA 1CLXA 1Q6CA 2DSZA 3PBGA 2XTKA 3EMCA 4W5ZA 3BGAA 2OYKA 4J7RA 4ATDA 1QPKA 3WNPA 1U2YA 1K9EA 4D72A 2E8YA 4W8BA 2BY0A 5A69A 2VI0A 1DWHM 5M17A 3N18A 4WIWA 4GO8A 1JZ6A 1EIBA 1ZBVA 1ZBWA 5DT7A 1Y7VA 2JEQA 2WXDM 4U3CA 1RH9A 5LA2A 4GZIA 1ZJBA 3DHUA 2WLZA 1WZAA 5CSYA 4JFUA 1GQIA 3WF2A 1UWQA 1E6XM 4AD2A 2CERA 1SMAA 1BVZA 1MXDA 1LWJA 1UQYA 2GUYA 3MS8A 4QFUA 4WKHA 2PBGA 3DC0A 3IK2A 3BAJA 1ZBCA 1V02E 2F2HA 5CG0A 1VEPA 4ACYA 3CH9A 1OBAA 3FY1A 3WFLA 3KZSA 4PN2A 4LYQA 2GFTA 2WBGA 1XH2A 2EJ1A 1JG9A 3RM9A 4S3JA 2VX6A 2ZX5A 3L2MA 1XD1A 3VKKA 4DUXA 1EDQA 2Q8XA 4HA4A 7TAAA 3OB8A 4H8HA 3WUEA 4U33A 3TTYA 1E6PA 1W9DM 3CZJA 3WFZA 4UTFA 5DFAA 3EDDA 2ESCA 2VCBA 4QCFA 3M46A 4D6IA 5A1AA 2D24A 2QHAA 4TVDA 3VIJA 2WYSA 4AZ5A 1AQ0A 3S2CA 1HP4A 4UNIA 2DDXA 1GQKA 1WZMA 1WZKA 2WW5A 3QHOA 2CYGA 1C8XA 3J7HA 1PBGA 4ATWA 2J79A 1LG1A 1SMDA 3W81A 1UR2A 3WDJA 1C93A 2OSYA 4P8XA 4NZCA 1QNSA 4CVWA 3VU2A 1PEZA 1B3WA 4U2YA 4IUGA 4D6GA 2J25A 2V3GA 4GKLA 2CBVA 1FOBA 2WCGA 3UESA 4KRUA 1ZU8A 4EAMA 1GNXA 5A2BA 2WNWA 1R8LA 3N1AA 1JFXA 1WDQA 4PUDA 2BNJA 4U5KA 3OLGA 3BXWA 5AC5A 5A6BA 1KGWA 4RE3A 3BLKA 2XVPA 1GOOA 4BQ3A 2WMKA 1DWGM 2EBNA 4MB1A 5GNYA 4UZSA 4RE4A 2ZXAA 3ZJ8A 2VR5A 2J7GA 3GBEA 1ZJAA 4TOQA 2D1ZA 3NDYA 2X8RA 1IZKA 3WNOA 3CHFA 4ACZA 1ECEA 2O9TA 2VQUA 2JE8A 2QMJA 3SUSA 4UZUA 1K9FA 1UD2A 2VR4A 5BXRA 1CLVA 1GW1A 3WMBA 3FHQA 5EFFA 5DO8A 3WUBA 3B9AA 3PHAA 3M7SA 1QOXA 2DSKA 4A3HA 5A8NA 3CZGA 1EA9C 1VJSA 4X0VA 4W86A 3ARSA 1GOWA 3AICA 3CHCA 4Z2JA 1E72M 4HOZA 3PZUA 3PZMA 3AIRA 2IUZA 4XX6A 1GQLA 3OGVA 1R7AA 3QR3A 4JL2A 2ZX7A 1VB9A 1FFQA 1WCGA 1JYXA 4HOWA 3AI0A 2XFRA 3NYDA 3NDZA 1UWIA 5IHSA 2WVTA 4D6HA 1CZ1A 2ZX6A 5E09A 2JF6A 3ZSTA 1OD0A 2OSXA 3GM8A 3PTKA 1NWRA 2DSVA 4FK9A 1V6XA 1VF8A 4WJXA 1BVNP 3VIKA 2W61A 4YPJA 4W7WA 2A3CA 3LPGA 4W88A 1CGYA 5EB8A 3CMJA 4H8UA 2O9OA 3LPFA 4HPGA 1HJSA 1Z32X 1CEOA 1NM9A 1V3HA 1XD0A 3SUVA 1KCKA 4GI9A 1GVIA 1JAKA 2XGBA 1XHGA 2WC7A 3TONA 2D20A 5A94A 1DHKA 2FH8A 3BAIA 4WKFA 1YHTA 2PB1A 3A4XA 2YA2A 1JYNA 1UH4A 1CECA 5CJ5A 4L4OA 4CD4A 3ZSSA 3EMZA 4B3KA 4BZYA 3HMCA 3CUFA 3VGDA 5HBFA 3EDFA 3VIFA 1BQCA 1G94A 2FHCA 2DGAA 8CGTA 3PZGA 4BS0A 4E4PA 3WH9A 2YA1A 3QGVA 1OGBA 2D3LA 1E9LA 2EXOA 2VX5A 3UG5A 1WDSA 3VGGA 4AMCA 4CU7A 4GZEA 4AZ6A 1VFMA 4QCEA 4HA3A 1HJQA 1V6VA 1K6AA 2WHKA 2BVYA 2J8GA 1E73M 5C71A 1EQCA 3T0AA 1NP0A 2WHMA 4ACZB 3WNKA 1E40A 2J4GA 2VOTA 4A4AA 3GZAA 4CN1A 2V3DA 2YDSA 3RIKA 3W0KA 3ARWA 1CTNA 3PTMA 3L4TA 2D23A 1PX4A 4AEFA 1TUXA 2J78A 2J7DA 4MNJA 5A8QA 5D9PA 1E15A 2WZEA 1CNVA 4CKQA 2D2OA 1US3A 3AYSA 1LL6A 1XSKA 1JZ4A 4UQ9A 1CXHA 2DT1A 2EPKX 2WANA 2J7EA 3A4AA 4W5UA 1UD3A 1H41A 3N13A 5AYBA 3OA5A 1TMQA 3NUKA 3EMQA 3BAKA 4M1RA 1P6WA 3WL0A 3L2LA 1MQPA 5E6ZA 2VZTA 2JF7A 2G3IA 4W89A 1OM0A 1CGVA 1PX3A 1J0IA 1GHRA 1JFHA 3VINA 1EHNA 2PBOA 2WCSA 3WELA 1JGIA 1NARA 1DWIM 4JFVA 2CBUA 2CITA 1M04A 3WEOA 4DWSA 1TG7A 5KZ6A 2CHNA 3ARXA 3BAYA 5FCZA 4R27A 3AIBA 2A3EA 1HL9A 1CXFA 3G6LA 4KGLA 3NSMA 2YL9A 1V0MA 1AVAA 4YHEA 2GJPA 5C8BB 4W84A 2ZXBA 5DEZA 1H3GA 1X1NA 1BG9A 3WNLA 2ZUSA 4OKDA 4GQRA 3W29A 4AD0A 1OIMA 2UY2A 2WPGA 5HOSA 1XC6A 2GK1A 5GPRA 1BYAA 3AMKA 2ZICA 2WSKA 3KEHA 5D9NA 4QLJA 4MNKA 1KCLA 1OD8A 2G4FA 1E5JA 1OT1A 2YBUA 3MUIA 4P7LA 8A3HA 4XB3A 4KGJA 1B2YA 3N9KA 1I1WA 3ZT7A 2RGLA 1KGUA 4IM4A 2BHUA 2DT2A 3AIUA 2YDQA 1E0WA 1UR8A 2W4XA 3ZT6A 2VVNA 4FF5A 2VZOA 1XV8A 4PTWA 5JBFA 4MNLA 1YQ2A 3AIEA 5BCAA 3VD3A 2DQXA 5FL1A 5FOOA 3WN6A 1TVPA 4JCLA 3ZMRA 2AAAA 3OLIA 3VMOA 4CVUA 1UH3A 3AHTA 2VT0A 2J7CA 3UCQA 3VIOA 1KR0A 3WNMA 1OIFA 1V0NA 3MMUA 3VDAA 2EQDA 1I1XA 4HZ7A 2VUYA 2FHBA 2CXGA 1UWSA 4UFJA 3U5UA 1V6WA 2OSWA 1JZ8A 2F61A 2E3ZA 1V02A 1HKMA 1QW8A 4J28A 4LPCA 4AD3A 3PTQA 1NOFA 2QLYA 4MJ4A 1E6ZA 2JALA 4LXFA 1PIFA 2V3FA 4W87A 3ZQ9A 1V03A 1CGXA 1U30A 4S3KA 3POHA 1R85A 2BY1A 3WIJA 3AXIA 1TZ7A 2VRJA 1GQJA 2WLYA 1BHGA 1UH2A 3LMYA 1UKSA 3CZEA 1LJYA 2Y2WA 2EPLX 2WKLA 3F4VA 4WSJA 1Q6GA 3UR8A 3SUTA 2ZX9A 4DWSB 3MV11 4E8CA 1QI3A 3AROA 5E6YA 2XVGA 1QHPA 6CGTA 2QV4A 4HZ6A 5BROA 3VX0A 3W25A 2ZUMA 2J7BA 3T09A 1CENA 1NWSA 3KL0A 2ZUWA 1H0GA 2V3EA 1SFSA 3CZ8A 1KXTA 5GNXA 4OZOA 3AHVA 3II1A 1CPUA 1JD7A 4ZEPA 5ABGA 3FW6A 2GK1B 4JZ5A 3WH8A 1NOWA 2J8FA 4ZENA 2UY3A 3RM8A 3NJ3A 4H2CA 1QI0A 1KWKA 1NWUA 4JFWA 1E70M 3O2LA 4AZCA 1J0YA 1W2VA 4BCEA 1J01A 1E56A 3AFBA 1MFVA 3CO4A 4C7GA 1GZJA 3ZJ7A 1BG4A 4QP0A 3WDRA 4AC1X 2J7FA 1MW3A 1CXIA 1W3HA 3RPMA 3VDCA 2E4TA 1OGSA 1O7AA 4P7OA 2V5DA 2XIIA 3IJ9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1HVX A;  3W6M A;  3W37 A;  2G3J A;  1WKY A;  3KE0 A;  3K8M A;  5AY7 A;  4EK7 A;  3QOM A;  5HXM A;  1M03 A;  1QNO A;  3OZP A;  2VZU A;  1W91 A;  4J27 A;  3BAX A;  1ZS2 A;  2WB5 A;  5ABF B;  3BSH A;  1NOU A;  3ALF A;  3BMW A;  1UR1 A;  3EDK A;  1B31 A;  1GCY A;  1ODU A;  1B3X A;  4MB4 A;  3GXF A;  3VNY A;  4D1I A;  2WZI A;  1BSI A;  1ZL1 A;  3MAN A;  1O6I A;  3W53 A;  4PSP A;  3VIG A;  4OUE A;  4AWE A;  1W3K A;  2J62 A;  3T2P A;  1PZ2 A;  4WKA A;  3W26 A;  5FKY A;  2WBK A;  2A3H A;  3F5L A;  1BF2 A;  3K4D A;  1QNP A;  3W38 A;  3VIM A;  1XGZ A;  3IAN A;  3UER A;  2E9M A;  3ART A;  3PZN A;  3ZJK A;  1B90 A;  3OGS A;  3UG4 A;  3WH7 A;  5I77 A;  4NRS A;  3AIV A;  2Y8V A;  1ZBK A;  1W9P A;  5CSU A;  1J0K A;  4UOZ A;  1HJW A;  1UWT A;  2CES A;  4DM2 A;  5BXS A;  1H11 A;  1XH0 A;  2DT0 A;  1B9Z A;  1HX0 A;  4K68 A;  2WKG A;  1W1Y A;  3WD3 A;  3FAX A;  2VCC A;  1QI5 A;  1C8Y A;  4PMX A;  3FHA A;  4UFL A;  2OWC A;  2PWF A;  1V0L A;  2W5F A;  3AOF A;  3ECQ A;  4J3U A;  3RM4 A;  5EMY A;  4MAV A;  2GVY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2PDM A;  5LZL A;  1C8X A;  4ATW A;  3B4U A;  4HNV A;  2J79 A;  3NM3 A;  1IEV A;  3G3D A;  3QFE A;  2ZZ4 A;  3FA4 A;  3W81 A;  3UYC A;  3EWX A;  1C93 A;  4OEC A;  2DZU A;  4NZC A;  3WQC A;  4IPJ A;  4U2Y A;  4KES A;  1AFS A;  2C19 A;  4IUG A;  2E1D A;  3DFO A;  2J25 A;  2V3G A;  2PP1 A;  2HVN A;  4GKL A;  1FOB A;  3WLL A;  1ZU8 A;  4EAM A;  2GWG A;  4MLR A;  1C8V A;  1WDQ A;  3DFQ A;  3BXW A;  3N34 A;  1ME9 A;  5A6B A;  1JCY A;  2C1G A;  1GOO A;  4AEO A;  1XGD A;  3PP7 A;  2EBN A;  2NSO A;  1XLF A;  1JR1 A;  3LA4 A;  4RE4 A;  4Z1Y A;  1JDF A;  2VR5 A;  4QEE A;  3GBE A;  4TOQ A;  2FTP A;  1OQF A;  1PO9 A;  3CHF A;  1ECE A;  1X1I A;  3VAB A;  2QUV A;  4IMD A;  4ZTY A;  3SUS A;  4NY2 A;  4UTW A;  1O5X A;  1CLV A;  1QPN A;  4Q33 A;  3IEB A;  2R6O A;  2Z0I A;  3U6W A;  1XF0 A;  2GPT A;  3BW4 A;  3CZG A;  3L2I A;  1EA9 C;  1VJS A;  4QTG A;  3QMT A;  4X0V A;  3EWW A;  1XRS A;  1L9W A;  3LHU A;  5HAT A;  1GKP A;  1E72 M;  3UY8 A;  3AIR A;  1RQE A;  2B7N A;  1VCG A;  3QR3 A;  4XZ9 A;  5E0K A;  1LM1 A; 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