4D1JA

The structure of the gh35 beta-galactosidase bgl35a from cellvibrio japonicas in complex with 1-deoxygalactonojirimycin
Total Genus 177
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
177
sequence length
539
structure length
539
Chain Sequence
APLPELLSNNGKHALMVDGAPYIILGSQTNNSSNYPDALKDVWPSMEKMGANTLSIPVAWEQIEPVEGQFDFSFVDVLLKEARQRKVRLVLLWFATWKNNAPHYAPAWVKLDNARFPRVVKEDGDTLNSLSPLGQNTLAADKKAFVELMKYLAKRDKDHTVIMVQVQNEVGTYGAVRDYSPMAQAVFNAAVPDDLIQKLQLKPGTWSQVFGRDADEFFHAYQIARYCDEVTVAGKAIKNLPMYVNVALRNPFNPGLPGQYSSGGGTDNVLHIWKAAAPNIDLIAPDIYFRDYKTVSKVLELYTRPDNALFVAEIGNDQPFARYLFPTLGKGGIGFSPFGMDDTDYTNYPLGAKVYNDETIEQFAQVYRLVNPMMREWARLSYQGQVWGVAEPLDSTTETQKIWNAEATPEEKEQHKKDRASALTQQLDLGLWDAEVTYGRPMFWVTPPEGNTPAAGGALIAQLDDNEYLVTAYKARVEFKPSQELAGKKFMIERVEEGRFEKGKWVMERVWNGDQTDWGLNFTDRPHLLRVKMASYSVQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords BETA-GALACTOSIDASE, PUTATIVE, BGL35A
publication title A Complex Gene Locus Enables Xyloglucan Utilization in the Model Saprophyte Cellvibrio Japonicus.
pubmed doi rcsb
source organism Cellvibrio japonicus
total genus 177
structure length 539
sequence length 539
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature ec 3.2.1.23: Beta-galactosidase.
pdb deposition date 2014-05-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02449 Glyco_hydro_42 Beta-galactosidase
A PF18120 DUF5597 Domain of unknown function (DUF5597)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.220.20 Mainly Beta Sandwich Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3 putative beta-Galactosidase from caulobacter crescentus 4d1jA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4d1jA01
4AY1A 1VFMA 1WKYA 2CHNA 3NCOA 4MNLA 4CN4A 3AIBA 4PMVA 1GPFA 3OIHA 2PF0A 1JZ4A 3POHA 2CXGA 3O2LA 1CWYA 1JXKA 4IM4A 1DTUA 3VIIA 3ZOAA 1HJVA 5E6YA 1JXJA 3WQVA 4A3YA 1QNSA 5A8QA 1OT2A 2ZWZA 4R27A 2D2OA 3M07A 4IPNB 1KXHA 4MJ2A 3GDBA 2BS9A 1V03A 1EA9C 3F5KA 1QI0A 3PHAA 1E72M 4W88A 4PMYA 2W91A 5C71A 3VUPA 3AI0A 4D71A 1QI2A 1E4NA 2W61A 4E4PA 3VKKA 5JBEA 4CKQA 3L4YA 1PX4A 1KFWA 2QF8A 2GDVA 2ZUTA 2VRJA 1OIMA 3TOPA 2WKLA 1MFVA 2YOCA 1E40A 1V3IA 3VIJA 1BYBA 2WZHA 2WKGA 2VQUA 4TVDA 3KWXA 1E3XA 3CUIA 5BXPA 2ESCA 2HVMA 2YL9A 1N82A 4B3LA 4KRUA 5BCAA 3PTKA 4JZ5A 3CZLA 3WDIA 1G9HA 3W28A 5GQBA 2BXZA 1PX3A 2VRKA 2JEPA 3WUFA 1EDQA 3AROA 4Z2KA 3EDKA 1UWSA 3CIVA 2J7FA 3L4ZA 3AYRA 3FHAA 1E4IA 5EFFA 1QBAA 2WMKA 5BXRA 1UOKA 1QNQA 2C0HA 4PTVA 1JZ7A 2O9PA 4UFJA 4CCDA 1UZ1A 1FOBA 1ISXA 5A6AA 1BYAA 1C8YA 4EKJA 2G8ZA 2Y24A 2ZX7A 2ZUNA 3VD4A 1I1WA 4DM2A 1K9DA 2VOTA 3WF4A 1KXQA 2CKSA 1CPUA 1PJ9A 2O92A 3J7HA 2FGZA 4M1RA 1PIFA 3T2OA 3K4AA 5I5RA 1CGWA 1U33A 3U5UA 5CGTA 2G3MA 4JAWA 1FHDA 1HP4A 3K8MA 2CBIA 2GFTA 3M7SA 3U7BA 1MQPA 2YIHA 3K8KA 3ZMRA 4PCTA 4DWSD 3ARVA 3ARQA 3PZMA 2GDUA 5I77A 4PMUA 4LXFA 1W9PA 2A3BA 1QI3A 1CXIA 4WKHA 2E8ZA 2ZXQA 5CPQA 4UFLA 1YHTA 1LG1A 3F5JA 1EO7A 2JEQA 5DF0A 3W0KA 5I23A 3FN9A 2ZXAA 3NYDA 3ZJ8A 3VM7A 3LPFA 3EMZA 2PBGA 4BQ5A 5A6BA 3GNPA 1W1PA 1JF5A 5A3HA 4PSPA 1NWSA 2G41A 4M29A 4HOXA 1JYNA 1LQ0A 1W9VA 1HIZA 2E4TA 3BLPX 4AXNA 2CITA 2G3JA 1UWIA 4P8XA 4C7GA 3SCWA 4JIEA 4K68A 1EHAA 3WH8A 2XWDA 1R8LA 3RDKA 1LL6A 1H0IA 2DPEA 3A6OA 4A3HA 1MYRA 2VO5A 2J74A 3TTSA 1BQCA 1PZ3A 2WHKA 2CPUA 1WNOA 1JF6A 4AEEA 5IFTA 1MW2A 2W4XA 1UR2A 3CMJA 4HU8A 4TTGA 2OYKA 4Z2GA 4KMQA 2J7BA 4RE3A 1CLXA 3BCDA 4AZGA 1LWJA 2JE8A 1PEZA 4Z2LA 4CD5A 3TTOA 1W1VA 2WWDA 3SCOA 2G3IA 2A3CA 4J3TA 4TX6A 4HMDA 4J3WA 1W1YA 3G6LA 4MAZA 1Q6FA 1ITCA 4LPCA 1V3MA 1MQRA 2BY3A 1UD3A 5ABGA 4KRTA 2BY1A 4UQAA 5A6MA 2D22A 2ZICA 3SURA 9CGTA 3A47A 1BTCA 1WAWA 1TFVA 8A3HA 3WQ4A 5D9OA 4UFKA 4CVWA 1J11A 4H8VA 3MKKA 3WD3A 3E1F1 4MNMA 2XVNA 1MFUA 1EQCA 4W93A 2IUZA 3RO8A 1KWGA 4CUCA 3T09A 5D8ZA 4QCEA 3RJYA 2XSBA 3FAWA 1I75A 5M3WA 4AD5A 5C8BB 1B31A 1E0WA 4MB1A 4WKAA 4AZ5A 2J7GA 4EE9A 4NRSA 1R7OA 4PUDA 1O7AA 3VGBA 1WCGA 2XTKA 2XVLA 4WJXA 3WMSA 1GW1A 3AQUA 1PBGA 3RM4A 1HVXA 5FIPA 1KGUA 3N18A 4PMXA 3FAXA 1C7SA 2UY4A 5IFPA 3PZTA 5A6BD 3MMDA 2WMIB 2BXYA 2Z1KA 3L2MA 1OINA 4ATDA 3NSMA 3VDHA 1XHGA 3BXWA 5D4YA 1LL7A 1KR0A 1JGIA 4CD6A 5A1AA 1H2JA 2WCSA 1HXJA 1M53A 1V0NA 2CIPA 3F4VA 2EXOA 2WW5A 2GJXB 4UR9A 1E3ZA 2J78A 1F4HA 2QMKA 1JG9A 1E9LA 4UQEA 5GNYA 1HJQA 4DWSB 1BPLB 3WF3A 4GQQA 1UZ4A 5LA1A 2DT2A 1TE1A 1H3GA 1BGAA 1ODZA 2F8QA 3WFLA 2YA2A 4P7RA 4J3UA 3NIYA 4WK9A 4CU7A 1UD8A 1ZS2A 4ATLA 4PUEA 4E8DA 5A2CA 1IV8A 3GH4A 4XV0A 3CPUA 3WNNA 4H2CA 2J77A 3AHTA 4W84A 5M17A 4PMOA 5FOOA 5BRPA 4HA4A 3VD5A 1JZ6A 3CH9A 1KWKA 1J12A 1VEOA 5A8PA 3L4WA 1D7FA 5HOSA 2F61A 1V6VA 2TAAA 2EPMX 2XIBA 3WUBA 2D20A 4V2XA 4UQ9A 2CBUA 2EBNA 2D23A 2XPKA 1C90A 1ZJBA 3HN3A 4LQ1A 4QP0A 3KZSA 2WLYA 5EB8A 1DWIM 1NOUA 3WD2A 3T0DA 1BYDA 5DFAA 1R87A 5CSUA 2WSKA 3VNYA 4LYPA 1BLIA 1H09A 4AWEA 2DDXA 1XYZA 3PZQA 1QHOA 3MS8A 1CBGA 5CZKA 1UYQA 4IUGA 1QNOA 1UR4A 1GQLA 4BF7A 2D3NA 4ZE5A 3RIKA 1I1XA 5CJ5A 1OCQA 1P6WA 1NWUA 2CKRA 4AC1X 1B90A 5CQ1A 1QHZA 1TA3B 3POCA 2EPNA 4UFIA 1HX0A 2CNCA 4UOQA 4J27A 4LYRA 3NUKA 1EIBA 1R86A 2PWFA 3DHPA 4AIOA 2PWHA 4R5EA 4MB3A 1JNEA 3WUEA 2XGBA 3S6TA 1J10A 4H7VA 1HKIA 3RILA 1DWHM 3AIQA 2FHCA 1B3VA 1L0PA 1VFUA 3SUSA 1FH7A 2OWCA 3L4VA 1LG2A 3W37A 5BXSA 1E4LA 3PBGA 3RMEA 4UTFA 1L8NA 3WEZA 2WAGA 2XHYA 1ZBKA 3NSXA 4TX8A 1E4MM 1MXGA 2DSUA 1JZ2A 1HP5A 3CUJA 4P7OA 4AZ7A 1GOWA 4GZJA 3D5HA 1FH8A 3PZIA 3AXIA 2VCCA 3CZJA 3MO4A 3OBAA 4F66A 3S2CA 2DH3A 4W5ZA 1TR1A 4QCFA 1QW8A 3WF1A 5A6LA 5CPSA 3WENA 3WBAA 1US3A 1UR0A 2DSZA 2ZX6A 4F8XA 1MWOA 1Y7VA 2ZIDA 2FDMA 1GORA 5DMYA 1B3YA 1Q6CA 2VZSA 1E43A 3OGVA 1JI2A 2D1ZA 1MXDA 3GNRA 2DIEA 4ATWA 5E0CA 2WC7A 3LPOA 2CETA 3ZJKA 1TG7A 4H8HA 2NT0A 2WMJA 3WQWA 1BAGA 1FHLA 1JD9A 1JZ8A 2WCAA 1BHGA 2B31A 1H0GA 3ZQ9A 1B3WA 2WMIA 2A3HA 2JIEA 3PZOA 1VEMA 1GOQA 1GHSA 3WNLA 3VGDA 7A3HA 2DGAA 1H1NA 1JYWA 3AJ7A 3CHFA 4P7LA 2J25A 2RGMA 3WSUA 4OZOA 3BSGA 3SUTA 3GBEA 2GJXA 2V3DA 5D9MA 4X0VA 2OLHA 3SCPA 3B8SA 3PZUA 4DWSA 4MNKA 2GJPA 1G94A 4UFHA 2JFEX 1EGZA 1IZKA 3LMYA 1A3HA 3KL3A 2VCAA 3FHQA 2J7HA 2YJQA 1HJXA 3VGHA 4ZENA 3VO0A 3W24A 1V0MA 5BRQA 1FA2A 1HT6A 2EPOA 4JCMA 3VX0A 2W67A 1XGZA 4CU6A 2W92A 4B9ZA 1XSKA 2BV9A 1CYGA 3IAPA 1H5VA 3AOFA 1V02A 2W63A 3OGSA 1PAMA 3I3BA 3VDAA 1WZLA 1JZ5A 5I2UA 4PMZA 1HJSA 3ZT6A 3TA9A 2VT0A 2QV4A 3CZEA 5A94A 3MSDA 5BYWA 3WY1A 3WF2A 2WANA 4CVUA 4JL2A 1V0KA 4XZWA 1V08A 4XZBA 4NF7A 3WDQA 1BSIA 3AS2A 4ACZA 1ISWA 2ZXBA 4YHEA 1MQQA 4JFSA 2E0PA 3CZGA 1XSJA 4CU8A 3WN6A 4ZE4A 3VDCA 3CUGA 4U2ZA 1E73M 2UY5A 4FLOA 1XV8A 1ISVA 3WIJA 1TA3A 1JZ3A 3DYOA 3WNKA 1WPCA 3GXDA 5I3DA 1KBBA 1W91A 2ZXDA 4AD4A 1J0YA 4KWUA 3SUWA 1C92A 4PRWA 2EJ1A 2D24A 5A6KA 1BGGA 1WB0A 1Q6GA 3CUFA 3KL0A 3MUY1 3PZNA 2YDSA 3WDJA 3ZJ7A 4CCEA 1GOKA 1H41A 5HDRA 4PTXA 1O6IA 2ZX9A 3VILA 3WH7A 1JDDA 1JI1A 2DH2A 3UG4A 4U5KA 3WF0A 1HN1A 3MANA 4S3KA 5BWFA 1WDSA 4U3CA 2VTFA 3AXHA 2X0HA 4JFVA 4KH2A 1JFHA 2D0HA 2FHFA 5BROA 2DT1A 1BVNP 3IJ7A 1E6ZA 3ARZA 3WDHA 3BH4A 2EO7A 1GQJA 3SUUA 4AISA 5D8WA 4GIAA 2AOSA 3OZPA 3CZKA 3MV11 2OYMA 2VX5A 3CHCA 4L4PA 3WH5A 1W9XA 1KGWA 3QGVA 1VFOA 3AMDA 2VI0A 1JD7A 4JL1A 4MDPA 3WNPA 1E5NA 2J47A 2PWEA 3KE0A 1BVZA 5I78A 2VZTA 5A2BA 3PZ9A 3M6DA 3K4DA 1OIFA 3BAXA 4QAWA 3UEQA 4JFTA 1NOWA 5LA0A 1GVIA 4W5UA 4P7NA 2G3NA 3HU7A 4BQ4A 1EQPA 1DP0A 1DWGM 1E6SM 1UR8A 2J7EA 2DEPA 5AYIA 3OLGA 4HU0A 1VF8A 1QI5A 4UOJA 2X05A 3GYCA 1E56A 3GXIA 4LYQA 5A95A 1KB3A 1KBKA 3FNDA 3RPMA 2ZX5A 1ZU8A 3MUIA 3GXMA 3U7VA 2BVDA 1CZ1A 1LJYA 2WCGA 5EBAA 1NOFA 3ZR6A 3K8LA 1QBBA 2OSXA 2WVTA 3T0AA 2DQXA 1E6QM 4PSRA 5CGMA 3WDRA 3WNMA 2VZVA 4JFWA 2VNCA 1C8XA 2XM2A 3A4WA 1CXKA 1UWTA 1BG9A 4AMCA 3F5LA 2OSYA 6CGTA 1HF6A 1V6WA 1EDGA 5EFDA 3DYPA 2YKKA 3CUHA 1V6XA 1XYFA 1E6RA 4W8BA 4F9DA 4BA0A 2XSAA 1CTNA 1Q4NX 1XH1A 4AZBA 5I24A 4OUEA 1QNRA 4M24A 1ESWA 5BXTA 4W85A 3WQ5A 4V28A 4PN2A 1GOOA 5TD4A 3K1DA 3UG5A 3MV01 4MPKA 4GI9A 2RGLA 1E1EA 3HMCA 3CHEA 3SCQA 3W4RA 1K9FA 3RCNA 1WP6A 4TTUA 4D6EA 4JKLA 3THDA 2EQDA 4AD1A 1VFFA 2CESA 2A3EA 3UR8A 3GTNA 2WVUA 3GBDA 1QHPA 1HKKA 2YA0A 3IK2A 3AHYA 1UR9A 2YBUA 1J0HA 3ALFA 1RH9A 4UQCA 4B16A 3SCNA 1EO5A 1UUQA 3HJEA 1KCKA 3T2PA 2WSPA 5A2AA 3UESA 4MB4A 1E0VA 4P8UA 1U30A 3UERA 2BHYA 3KL5A 4WSJA 1OGGA 1JDCA 5I79A 4GKLA 3OGRA 2VRQA 4OOUA 2OYLA 6A3HA 4JFUA 1QOXA 2E8YA 3CZ8A 3SIMA 1JDAA 3PZVA 4M56A 4TXEA 3MUZ1 5A8NA 4AZCB 3WD0A 2Y8KA 1ECEA 3AIUA 4DUWA 1M01A 1UH2A 4GI6A 1JL8A 1UWQA 3W6LA 3N13A 2Q8XA 1H11A 2J7CA 1ITXA 1GNXA 4ML4A 2C7FA 3AXXA 1FH9A 1AQMA 2VC9A 1R85A 2XG9A 3ZJ6A 4QLJA 3AIRA 2EPKX 1QVBA 2YLLA 1AVAA 2YBTA 1OSEA 1UD6A 4BQ3A 3ARYA 4E2OA 3WMBA 3VIOA 5JBFA 4NZCA 2A3AA 3ZM8A 3ZSTA 4P7QA 4PMNA 2OSWA 5LYRA 2J4GA 4CD8A 4WKFA 1GCYA 1OWQA 4J3VA 3ZT5A 4TVCA 1ZBCA 1GHRA 3VD7A 3IANA 4H8UA 2UWFA 2GVYA 5CXPA 5AC5A 1X1NA 3OG2A 4M81A 4UCFA 2PI6A 2XFYA 1XD0A 1Q6DA 1ZB5A 5E0FA 5A8MA 5A69A 1AQHA 4Q7NA 3EDDA 1QW9A 5EMYA 4WSKA 4CN1A 1S46A 4PCSA 2VCBA 5I6SA 3ARRA 4ACZB 3OB8A 3N04A 1DWAM 5HPCA 2ZE0A 4FLSA 1G5AA 3N1AA 1AQ0A 3MU7A 2J62A 3ALGA 2Y5EA 4W89A 1Q6EA 3WQ8A 5AC4A 4L4OA 4ZEPA 3MSGA 5GNXA 1H49A 3WELA 2D0GA 4WIWA 2YL6A 3LPPA 1ISYA 1UG6A 2BVTA 4UFMA 4OBRA 2WK2A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4AY1 A;  1VFM A;  1WKY A;  2CHN A;  3NCO A;  4MNL A;  4CN4 A;  3AIB A;  4PMV A;  1GPF A;  3OIH A;  2PF0 A;  1JZ4 A;  3POH A;  2CXG A;  3O2L A;  1CWY A;  1JXK A;  4IM4 A;  1DTU A;  3VII A;  3ZOA A;  1HJV A;  5E6Y A;  1JXJ A;  3WQV A;  4A3Y A;  1QNS A;  5A8Q A;  1OT2 A;  2ZWZ A;  4R27 A;  2D2O A;  3M07 A;  4IPN B;  1KXH A;  4MJ2 A;  3GDB A;  2BS9 A;  1V03 A;  1EA9 C;  3F5K A;  1QI0 A;  3PHA A;  1E72 M;  4W88 A;  4PMY A;  2W91 A;  5C71 A;  3VUP A;  3AI0 A;  4D71 A;  1QI2 A;  1E4N A;  2W61 A;  4E4P A;  3VKK A;  5JBE A;  4CKQ A;  3L4Y A;  1PX4 A;  1KFW A;  2QF8 A;  2GDV A;  2ZUT A;  2VRJ A;  1OIM A;  3TOP A;  2WKL A;  1MFV A;  2YOC A;  1E40 A;  1V3I A;  3VIJ A;  1BYB A;  2WZH A;  2WKG A;  2VQU A;  4TVD A;  3KWX A;  1E3X A;  3CUI A;  5BXP A;  2ESC A;  2HVM A;  2YL9 A;  1N82 A;  4B3L A;  4KRU A;  5BCA A;  3PTK A;  4JZ5 A;  3CZL A;  3WDI A;  1G9H A;  3W28 A;  5GQB A;  2BXZ A;  1PX3 A;  2VRK A;  2JEP A;  3WUF A;  1EDQ A;  3ARO A;  4Z2K A;  3EDK A;  1UWS A;  3CIV A;  2J7F A;  3L4Z A;  3AYR A;  3FHA A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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