2WMG | Genus

Total Genus 199

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	199
sequence length	555
structure length	553
Chain Sequence	VQMRTTINNESPLLLSPLYGNDNGNGLWWGNTLKGAWEAIPEDVKPYAAIELHPAKVCKPTSCIPRDTKELREWYVKMLEEAQSLNIPVFLVIMSAGERNTVPPEWLDEQFQKYSVLKGVLNIANYWIYNNQLAPHSAKYLEVCAKYGAHFIWHDHEKWFWETIMNDPTFFEASQKYHKNLVLATKNTPIRDDAGTDSIVSGFWLSGLCDNWGSSTDTWKWWEKHYTNTFETGRARDMRSYASEPESMIAMEMMNVYTGGGTVYNFECAAYTFMTNDVPTPAFTKGIIPFFRHAIQNPAPSKEEVVNRTKAVFWNGEGRISSLNGFYQGLYSNDETMPLYNNGRYHILPVIHEKIDKEKISSIFPNAKILTKNSEELSSKVNYLNSLYPKLYEGDGYAQRVGNSWYIYNSNANINKNQQVMLPMYTNNTKSLSLDLTPHTYAVVKENPNNLHILLNNYRTDKTAMWALSGNFDASKSWKKEELELANWISKNYSINPVDNDFRTTTLTLKGHHKPQINISGDKNHYTYTENWDENTHVYTITVNHNGMVEMKI

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

publication title	Differential Recognition and Hydrolysis of Host Carbohydrate-Antigens by Streptococcus Pneumoniae Family 98 Glycoside Hydrolases. pubmed doi rcsb
molecule keywords	FUCOLECTIN-RELATED PROTEIN
molecule tags	Hydrolase
source organism	Streptococcus pneumoniae
total genus	199
structure length	553
sequence length	555
ec nomenclature
pdb deposition date	2009-06-30

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF08306	Glyco_hydro_98M	Glycosyl hydrolase family 98

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.60.220.10	Mainly Beta	Sandwich	Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3	Polysaccharide lyase family 8-like, C-terminal	2wmgA03
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	2wmgA01
3.30.2330.20	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	arginine biosynthesis bifunctional protein fold	family 98 glycoside hydrolase	2wmgA02

1DHKA 3VDHA 1UYQA 2PWDA 2Q8XA 2WK2A 4QCEA 1Q6EA 2W66A 1D3CA 2X2YA 5JIWA 1JZ5A 4CD8A 3UESA 3VGHA 3POCA 3M6DA 5BCAA 1GJWA 1FH9A 2J79A 4AZGA 1J0YA 1AMYA 3WDJA 1E4NA 2EBNA 3M7SA 4W8BA 5M17A 3SCNA 1E0VA 3BAYA 2VZSA 3VUPA 3BGAA 2G3NA 4ZE5A 2FGZA 2WYSA 5HXMA 2X8RA 1ZBCA 4DM1A 4UQDA 3NUKA 4TX8A 1H2JA 4W7UA 2BHYA 2AMGA 4FMVA 3WNLA 4B9YA 4PTXA 1GPFA 5I24A 4OKDA 2D23A 3WMSA 1OINA 1BPLB 1NWRA 3VIHA 4BQ3A 4JFVA 2A3BA 4V28A 1TFVA 3VGBA 4GI6A 2ZUVA 3ZSSA 3PTKA 2D2OA 3A47A 3WUBA 3IJ8A 3AIQA 2VX6A 2Y2WA 1CGXA 4C7FA 4AZHA 2VNCA 3SCWA 2O92A 2Q1FA 4JFUA 2YA1A 3L4TA 1OCQA 3WD3A 2VO5A 3ZIZA 3EYPA 1S46A 2ESCA 3THCA 3WH7A 5CJ5A 2J7CA 2ZX9A 3CO4A 5DT7A 4CUCA 4KMQA 3VGGA 3AIBA 2VX5A 2D20A 3VX0A 1MW3A 5ABGA 1NP2A 1Q6CA 4XZWA 3RPMA 4WF7A 1ZB5A 1V02A 4WKAA 3PZ9A 1HVQA 2WHLA 1E6QM 4GXPA 4AEFA 1E5JA 3SIMA 2OSWA 3D3AA 1CLVA 4ACZB 1H4PA 3WMBA 1HP4A 1R8LA 4MADA 3UR7A 2QPSA 2XTKA 3SUVA 3PZVA 4MJ2A 1JZ2A 1TR1A 1QVBA 4XUYA 5C71A 2FHCA 1P6WA 1QHPA 3A4AA 5CXPA 4DWSD 3U57A 2XJ7A 4M24A 3NSXA 2PBGA 1KGWA 4JKLA 2GK1A 3SCOA 3VOCA 2CXGA 3ARQA 1C8QA 4MNMA 7TAAA 1J0HA 4A3HA 1HP5A 4FLRA 3CZGA 2E8ZA 3WF1A 5E6ZA 3N17A 2BXZA 2XUCA 1XRVA 4D6IA 3G6LA 5E09A 3KWXA 1W1PA 3CHEA 2XWEA 1CYGA 4JKKA 2BHUA 4P7RA 4QFUA 3O2LA 4D72A 1CEOA 1N7NA 5D9PA 1V08A 1KXTA 3VX1A 2X05A 4NF7A 3VM5A 5BWFA 1VJZA 3OG2A 5KZ6A 5LA2A 2XM1A 3MUY1 3N1AA 4M82A 2YLAA 1GHSA 3WEOA 3ZT7A 6CGTA 3I3BA 1MYRA 1ISYA 1G5AA 2RGMA 4J3VA 2W61A 1TCMA 3VIGA 2WLZA 3LPOA 2DT0A 2CYGA 2VVNA 4RL3A 4M1RA 2QLYA 1PZ3A 1LOHA 4P7NA 4HOZA 1QI2A 4IPLA 5HPOA 1OM0A 7CGTA 3EDJA 5AY7A 2DT3A 3GH7A 2V38A 4QP0A 4QLJA 4PUDA 3FXYA 3FW6A 2D22A 5I0DA 5JIPA 3MU7A 2FHBA 4D6CA 4UFIA 2X09A 3BAJA 3I3EA 2Y4SA 1KXVA 2VZOA 3VD3A 4TUFA 5FL1A 4AD1A 8A3HA 1TMQA 3VKKA 2VT0A 3MMWA 1CXHA 1K9DA 3M07A 1JDCA 1ZBVA 2FHFA 2WPGA 3ARTA 3VDCA 3WQ5A 4F79A 1XC6A 3RILA 3VD5A 4BQ2A 1RW9A 3ALFA 3B9DA 1JF5A 2EQDA 3T2QA 4U5KA 5GPRA 2G3MA 4GI8A 3RM8A 3ZM8A 2XGBA 3MV01 1JXKA 2OLHA 4WSKA 3AS2A 2AOSA 1E6NA 1EXPA 1RP8A 1ZBWA 3UG4A 4PMVA 1PX8A 1J11A 1JAEA 1F4AA 4JCMA 4JCLA 4J3XA 5E6YA 1W9UA 1LQ0A 4S3KA 4EKJA 1MW1A 4TXEA 1WZKA 5DMYA 1H5VA 1B1YA 2YL9A 1B9ZA 4D71A 1H41A 1D7FA 1NQ6A 3ZJKA 1XCWA 2A3HA 3T08A 1ITCA 1ZS2A 4FLOA 2VR5A 3WNOA 1CNVA 4GPNA 3ZOAA 4AIUA 4N42A 3WQ6A 2BY1A 1ODUA 2BNJA 3WF2A 1UH3A 4DM2A 1BGGA 5DF0A 1IV8A 2DT1A 1JYVA 4C7GA 1WCGA 3MMUA 5M3WA 4WK9A 1GQJA 1QNOA 1LG2A 1EH9A 1C82A 1XSIA 1G94A 2DGAA 3CUHA 1O7AA 4XB3A 3MV11 1ITXA 4W8LA 1QNPA 1U2YA 2UY3A 1VFOA 9CGTA 3WF4A 5I6SA 1CZ1A 1KBBA 1FH7A 3WH9A 4DWSC 3LPGA 2XPKA 1NOUA 3AHXA 1RP9A 5I79A 1UHVA 1V3JA 2QF8A 4N0RA 2EEXA 5A6BA 1RWCA 4PMZA 2JF6A 1VF8A 3K4DA 3BCFA 3SCPA 3OGSA 3SURA 1XH1A 5A6LA 5CLWA 3OA5A 2E24A 5FL0A 1C90A 2Y8KA 3N15A 1V3HA 3OB8A 2VUYA 3AI0A 4H2CA 3SCVA 3CZ8A 4J27A 1LG1A 1TA3A 3CLWA 4DUXA 4WJXA 2Y8VA 2TAAA 1UH4A 4KWUA 1OT2A 1J12A 5IHSA 3WDQA 1D2KA 1Y7VA 3TONA 1W1YA 4B15A 1W3JA 2QHAA 4URIA 5HOSA 5A6JA 3HN3A 1U30A 1VB9A 1CGWA 4IUGA 3GM8A 3GDBA 1FHDA 1UR9A 2XVGA 4AZCA 4P7LA 4PMXA 2WC7A 1HJVA 2W62A 2ZUMA 2DQXA 2BRWA 2E3ZA 5GNXA 1BHGA 3AIEA 3NIYA 4OOUA 2A3CA 4PMDA 3VD4A 3IAQA 3WDRA 4GINA 1DEDA 1MQPA 1V0MA 1NARA 4E8DA 2CIPA 3PZIA 1GW1A 1HM2A 1NP0A 1XH2A 4BA0A 2EJ1A 5A8MA 5BRQA 2XYLA 1FFQA 3AJ7A 4CVWA 5AYIA 3DYPA 1WO2A 2ZX5A 3RM9A 4Z2LA 3AYSA 1WNOA 3WDIA 1C93A 1WB0A 3W6LA 5D4YA 1VENA 1HXJA 3VMNA 4HMEA 4AD5A 1R87A 1J0ZA 1KR1A 2VZUA 1EO7A 3UERA 3AXXA 1EDGA 2WCGA 4UQ9A 3F4VA 4W85A 1UD8A 4AZ5A 1WAWA 1LWJA 1I8QA 1ZJAA 2CCRA 1NH6A 3W26A 2NW0A 4PYSA 3WIJA 1B3VA 3CHDA 2PWGA 3DHPA 1C7SA 3K4AA 2WLYA 3KL5A 3N9KA 3CPUA 1V6WA 3VTRA 2E9BA 5E9AA 1HNYA 5LYRA 3GYCA 3RO8A 4ATWA 1AQHA 5IHRA 4MB3A 1UWIA 4EANA 1Q6DA 4DWSB 1DWHM 4U5IA 3APGA 2V5CA 2DH2A 5EFDA 3RJYA 4E4PA 4P7QA 1VBRA 4HMDA 2CERA 1EQPA 3VD9A 2D0GA 1W91A 4MNLA 1PX4A 1V3KA 1BQCA 4U2YA 3CZJA 2CETA 1PX3A 3WN6A 1E4IA 3DYOA 4QLKA 1GNXA 5JBDA 2GJXB 1EO5A 3FY1A 4L4PA 1EA9C 1VEPA 3QHOA 2OSXA 5JBFA 3ARZA 2VCBA 2BHZA 1M03A 3U7VA 1V6YA 1MW2A 1GVIA 3LMYA 1VRXA 5JBEA 2HISA 1XH0A 2V5DA 2WWDA 1QOXA 3CZLA 4S3JA 4U3CA 3GXIA 4AC1X 3W4RA 3PZQA 1SMDA 4HOWA 1J0IA 3IAPA 1TUXA 2F2HA 3N13A 5EB8A 5TD4A 1CGYA 3SEPA 3BC9A 2IXVA 1M53A 4HA4A 5BROA 4XV0A 3E1F1 3CHCA 3TTOA 1J9YA 5M5DA 4UFMA 3VGDA 1WZLA 4BCEA 3TP4A 4DUVA 2D3LA 2ZUSA 4HA1A 4LGXA 4U2ZA 3CUGA 3OGVA 3AISA 3CGTA 3OIHA 2DDXA 1JZ8A 2BFGA 2YBUA 4WKHA 4UOZA 2O9RA 2J25A 2WZIA 3IK2A 3U7BA 1MW0A 4JAWA 2VQUA 4JHZA 3W0KA 1LL4A 3SUUA 1JYWA 3PN8A 2CHOA 1OT1A 1CGVA 3WD2A 2V3DA 4JFTA 3EMZA 5CLTA 2RGLA 4HZ6A 3ZJ6A 5KEZA 1V0NA 1GOIA 2ZXAA 3CTTA 3RM4A 3W24A 1JI2A 4F8XA 1FP9A 3VMPA 3BLPX 5A6MA 4AZBA 5M03A 3B9EA 2WMFA 1DWGM 1JDDA 1UD5A 1XSJA 1L8NA 2OYKA 2ZIDA 1RWFA 1WZMA 1UR4A 1A3HA 3WFLA 1HIZA 1OJMA 3WUGA 3AMGA 4J3TA 5BXSA 4HP5A 4UFKA 1CXFA 1B3XA 5CSUA 4JZ5A 1KCKA 4ACYA 3IANA 2WZEA 2ZWZA 2ZE0A 1N7RA 1KXHA 4BQ5A 1UWSA 1HF6A 3CZEA 4CCEA 2PB1A 4K68A 1A47A 5A94A 2VRKA 2DSKA 1VFMA 2CKRA 1OD8A 5CQ1A 1GJUA 2XFRA 1C7TA 4GKLA 1U33A 2Y5EA 1GHRA 1RH9A 3DECA 1BLIA 1Z32X 1GOWA 2CITA 2OWXA 3WBEA 1MQRA 1V3LA 2WB5A 2BVTA 4NRRA 2WC3A 2BXYA 1EIBA 1KXQA 2VX7A 3MUAA 4NI3A 1E15A 4PCSA 4JIEA 1CTNA 1N7OA 3MKKA 3PTQA 4NRSA 2W91A 5HPCA 4AISA 1E0WA 2WVVA 4YHGA 3SUWA 2IUZA 5C8BB 1UD6A 2GDUA 4DUWA 4QCFA 3OZOA 1EGUA 1H11A 1PEZA 5IFTA 3M46A 2JFEX 1XV8A 1NM9A 2WMIB 2JIEA 1F9GA 4PTWA 3WY1A 4ZENA 3A3HA 2YA0A 1MVYA 4UZUA 1BG4A 4D6EA 1BYDA 1LLOA 3KL3A 4UOJA 2UY4A 2JE8A 4MDOA 3WQ4A 1HKMA 3K8LA 2ZWYA 2X1IA 1QHOA 4F66A 1BG9A 4PTVA 4RE2A 1KGXA 5A6KA 4UQAA 2WANA 1CXEA 1QI0A 1W1TA 5BRPA 1FOBA 2EPKX 1F1SA 2CEQA 2F8QA 1J0NA 2QV4A 2VZVA 4AD2A 5A8OA 1UA3A 3GH4A 4AD3A 1IT0A 4B9ZA 6TAAA 1B30A 2J8GA 4CCCA 1X6LA 3AMLA 2VRQA 1MFVA 1V02E 1M01A 3FHQA 4M29A 1VBUA 5BXTA 2DSZA 4TTGA 1OWQA 2EPMX 4P8XA 3W53A 2VRJA 2B31A 7A3HA 1TVNA 4P8VA 1CBGA 4AWEA 4HU0A 1XYZA 3AIWA 4HZ8A 3K46A 3EBVA 2XM2A 2G41A 2CBVA 4EK7A 3WFZA 1GQIA 5IDIA 4OZOA 4M56A 1ZJBA 2BVDA 1K9FA 1WE5A 6A3HA 3DHUA 4GO8A 2WMHA 3CBWA 2WKLA 3BSGA 1EOKA 5FD0A 4E8CA 4ATDA 4LYPA 3MSGA 3WUFA 1WKYA 1QW9A 4CU7A 3VNZA 3OLGA 3CHFA 4R5EA 3MUIA 4UFHA 2J7BA 5HBFA 5I5RA 3PZUA 4V27A 1JL8A 1C8XA 1DWJM 1E0XA 1W3YA 3WNNA 1XHGA 4CD5A 1B31A 1DWAM 3WDHA 1X6NA 3WH5A 2DSWA 2HVMA 3VIMA 4AIOA 3L4XA 4WKFA 5A8PA 3VO0A 4F9DA 4EE9A 3EDKA 1HVXA 1UKTA 1GZJA 3O6AA 3S2CA 1Q4NX 2JEPA 4HU8A 3OGRA 3W37A 3VD7A 5CPSA 4IPNB 2WVUA 3RCNA 1UZ1A 1JG9A 3AFBA 4DWSA 3ZO9A 5I77A 3HMCA 1GVYA 2D1ZA 1E4MM 3CH9A 2NT0A 1OB0A 3AMKA 5A6SA 1B90A 3QGVA 2XVLA 4W84A 2WHJA 3WMCA 3ZT5A 1E6XM 2VCCA 1V6UA 4BS0A 1EHAA 1GQLA 3BSHA 4PEEA 5A3HA 4Z2IA 4L4OA 1UR8A 3WQ8A 3BCDA 4OUEA 2GK1B 1EDQA 4ZFMA 3S6TA 1OIFA 2XFFA 4W89A 3SUSA 3W82A 1CGUA 2CNCA 1V0KA 2D24A 1UUQA 1QW8A 1MWOA 4Q22A 3O9NA 3ZJ7A 1GONA 1BVNP 3ALGA 1RD6A 4W93A 1BYBA 5F7UA 4PMOA 2PC8A 2JIWA 1HL9A 2YA2A 4OOZA 4CU6A 1IZJA 1NWUA 3WD1A 2ZICA 2DH3A 1AQMA 3VIJA 1JNDA 2GDVA 3MO4A 3ZJ8A 1MXDA 1E5NA 1XD1A 3DYMA 1UOKA 3AZRA 4W87A 2W67A 4HZ7A 2PWEA 3WNPA 5ABFA 1JGIA 3ARXA 1CXLA 4HPGA 4BF7A 4D6GA 3U5UA 1ECEA 3ARUA 4AZIA 3BAIA 3WEZA 4PMUA 3WH6A 4ML4A 3AHZA 1UR0A 2UY5A 1CXKA 4PSPA 3BXWA 1ZBKA 5DFAA 1WPCA 1CLXA 2WCOA 1KGUA 1FFRA 1HMUA 1H1NA 5LA0A 2FDMA 1JNEA 4U31A 4Z2KA 2WSPA 1OJNA 4R27A 1ISWA 1SFSA 1UA7A 2ZX8A 1KBKA 1FA2A 4W5UA 2PWHA 2EPLX 2OWWA 5EBAA 1AQ0A 4J3UA 3CIVA 4D6FA 1HJWA 3WQVA 2VQTA 4W7VA 1MXGA 1QI4A 1EGZA 4J7RA 5CGMA 1W9PA 2BVYA 2O9PA 2VOTA 2CPUA 1EOMA 1GOKA 4U33A 4UQEA 4UNIA 5FIPA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 5CSY A;  2XG9 A;  5ABH A;  3NSM A;  1MFU A;  4PBG A;  2VTF A;  3TTY A;  2O9T A;  3AOF A;  4W7W A;  1FP8 A;  4PMN A;  2WBG A;  3AIR A;  1CB8 A;  3AIV A;  2UY2 A;  1GQK A;  3UG5 A;  1BYC A;  1G9H A;  2W5F A;  2GJX A;  3VIN A;  3PBG A;  1I1X A;  3PZT A;  1B3Y A;  2NT1 A;  2E22 A;  4FF5 A;  2O9O A;  2XII A;  4RE3 A;  2Z1K A;  4B16 A;  2G4F A;  3EMC A;  1BYA A;  1N7Q A;  3B8S A;  3THD A;  3L4U A;  1HN1 A;  2GJP A;  3TTQ A;  1NWT A;  2WVV B;  4BZY A;  2ZXD A;  1V6X A;  1JYN A;  2BV9 A;  2W4X A;  1E4L A;  1UD2 A;  4YHE A;  4UCF A;  2ZX7 A;  3L4Z A;  1C8Y A;  3F5K A;  1H3G A;  1LL6 A;  2DSV A;  1X1N A;  4EAM A;  1PPI A;  4KGJ A;  1JI1 A;  3GBE A;  4TOQ A;  2C0H A;  3SCQ A;  2CBI A;  2W92 A;  4GO9 A;  4UFL A;  2XFY A;  1E40 A;  1UKP A;  1ZU8 A;  4HMC A;  4Y7E A;  1CPU A;  4RE4 A;  2WSK A;  1QBA A;  3SCS A;  4XZB A;  3OLD A;  2YL6 A;  3BAW A;  4KGL A;  4MDP A;  4X9Y A;  3T0B A;  4MNK A;  3BAK A;  1PBG A;  5A2C A;  3WNK A;  4WSJ A;  3PZO A;  2ZUW A;  2WMJ A;  3ZMR A;  2DEP A;  4A4A A;  1CIU A;  1TE1 A; 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 2JEQ A;  3AMC A;  2YDQ A;  1JF6 A;  1DTU A;  3VII A;  4AIE A;  2ZUU A;  5ECU A;  4FLS A;  2XVP A;  1E6S M;  4H8V A;  1VEM A;  1X1I A;  1C3F A;  1YQ2 A;  1B0I A;  4KRT A;  2EO7 A;  2V3F A;  4ATL A;  4LYR A;  3FN9 A;  2WXD M;  1X1H A;  4PUE A;  3AQU A;  2ZUN A;  1X1J A;  3L4V A;  3VIO A;  2EXO A;  1WP6 A;  1L0P A;  3T0A A;  2W63 A;  1TG7 A;  3WL0 A;  4QLL A;  1B3Z A;  3FND A;  1N7P A;  1LL7 A;  4AEE A;  4HA3 A;  2WBK A;  4KH2 A;  4H04 A;  2VL4 A;  5A2A A;  1K9E A;  1R7O A;  3GXD A;  4MPK A;  1E6Z A;  3N04 A;  2WMI A;  1PIF A;  4WIW A;  2J7H A;  4Z2G A;  2Y24 A;  4AW7 A;  2WDA A;  1ISX A;  4FK9 A;  1BTC A;  4CN1 A;  3K8M A;  4PN2 A;  3AZT A;  4AD0 A;  1KQY A;  1M7X A;  1MQQ A;  2XSB A;  4CD7 A;  1JZ7 A;  2YLL A;  3NDZ A;  3T09 A;  1J0J A;  1J0M A;  3PZG A;  5AC5 A;  1QI3 A;  2YBT A;  3OLE A;  2C8N A;  2XWD A;  4F9J A;  2VX4 A;  1LXM A;  3VGE A;  1J0K A;  4AMC A;  1CDG A;  3WEN A;  1OD0 A;  3RDK A;  1AVA A;  2D3N A;  2G3J A;  5EFF A;  3HU7 A;  2VC9 A;  5AC4 A;  1HM3 A;  4UTF A;  1E3Z A;  5HDR A;  4H7V A;  1R85 A;  1HJU A;  5ABF B;  3WUE A;  3AS0 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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