2WMHA

Crystal structure of the catalytic module of a family 98 glycoside hydrolase from streptococcus pneumoniae tigr4 in complex with the h- disaccharide blood group antigen.
Total Genus 203
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
203
sequence length
555
structure length
553
Chain Sequence
VQMRTTINNESPLLLSPLYGNDNGNGLWWGNTLKGAWEAIPEDVKPYAAIELHPAKVCKPTSCIPRDTKELREWYVKMLEEAQSLNIPVFLVIMSAGERNTVPPEWLDEQFQKYSVLKGVLNIENYWIYNNQLAPHSAKYLEVCAKYGAHFIWHDHEKWFWETIMNDPTFFEASQKYHKNLVLATKNTPIRDDAGTDSIVSGFWLSGLCDNWGSSTDTWKWWEKHYTNTFETGRARDMRSYASEPESMIAMEMMNVYTGGGTVYNFECAAYTFMTNDVPTPAFTKGIIPFFRHAIQNPAPSKEEVVNRTKAVFWNGEGRISSLNGFYQGLYSNDETMPLYNNGRYHILPVIHEKIDKEKISSIFPNAKILTKNSEELSSKVNYLNSLYPKLYEGDGYAQRVGNSWYIYNSNANINKNQQVMLPMYTNNTKSLSLDLTPHTYAVVKENPNNLHILLNNYRTDKTAMWALSGNFDASKSWKKEELELANWISKNYSINPVDNDFRTTTLTLKGHHKPQINISGDKNHYTYTENWDENTHVYTITVNHNGMVEMSI
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
publication title Differential Recognition and Hydrolysis of Host Carbohydrate-Antigens by Streptococcus Pneumoniae Family 98 Glycoside Hydrolases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords FUCOLECTIN-RELATED PROTEIN
total genus 203
structure length 553
sequence length 555
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-06-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08306 Glyco_hydro_98M Glycosyl hydrolase family 98
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.220.10 Mainly Beta Sandwich Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3 Polysaccharide lyase family 8-like, C-terminal 2wmhA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2wmhA01
3.30.2330.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich arginine biosynthesis bifunctional protein fold family 98 glycoside hydrolase 2wmhA02
1LL6A 1R7AA 2ZUVA 3FW6A 5M3WA 3VIPA 3TTYA 4JKMA 4PMUA 4HPGA 1Q6EA 4P7OA 1B0IA 2DGAA 4CU7A 1UKTA 3ZT5A 5FL0A 3L2MA 3VPLA 3LPPA 2ZE0A 2OSXA 1E4NA 2IXVA 4PTVA 3VM5A 3AZSA 3E1F1 5CSYA 3UG5A 3AYSA 2EPLX 3WKZA 2CKSA 4BQ4A 1MQRA 4UFLA 3GH5A 1HJXA 1V02A 1OIMA 4A3YA 1X1NA 4W8AA 1L0PA 4MADA 4F9DA 1UR0A 1CDGA 2J7FA 1CPUA 3ZJ7A 1ISZA 3BAWA 4D6FA 3W28A 5JBFA 2QV4A 4KWUA 3AICA 4JZ5A 4U5KA 1ZL1A 1J0JA 2JEPA 1AMYA 4UOQA 4MDOA 1UD8A 2Z1SA 3VIHA 1G9HA 3WFLA 1C92A 1JZ5A 3NYDA 1QNSA 4PSRA 2D20A 1XH0A 3FXYA 2A3EA 2CESA 2ZX8A 1V6WA 3CLWA 1E6NA 2G41A 2Q1FA 2BRWA 3VIMA 1SMDA 1KFWA 3RM9A 1OJNA 1CIUA 4AIUA 2ZX9A 1EQCA 2EXOA 2VOTA 2WANA 3VILA 1E56A 3U7BA 3FN9A 3WQ5A 2X05A 2QMJA 2VCAA 1ISVA 2WVVB 4OIFA 1X6LA 1GJUA 1J11A 4BF7A 5A3HA 1HN1A 1V6YA 4W8BA 3PZUA 1GOKA 1HVXA 1US2A 2UY2A 1NOWA 2DEPA 1IZJA 1D7FA 4XZWA 5CJ5A 1GQIA 3MU7A 3TA9A 4E8CA 5A2CA 3WQWA 3MUZ1 1KXVA 5F7UA 4GXPA 2V5DA 2V38A 2DSUA 4MAZA 3BSHA 4K68A 1I75A 1F1SA 3CUIA 3RM8A 2BNJA 5IFPA 5A1AA 1JZ6A 1V0LA 3LPOA 1TR1A 4PMXA 2GK1B 3CUFA 3WDPP 3WSUA 1G1YA 1OIFA 1MXGA 1LWHA 1OBAA 1BYDA 4HA4A 1K9TA 1XV8A 4H04A 1V3MA 4UQAA 4TVUA 4AZCB 1MFVA 3I3DA 4CD5A 1XGZA 3FAXA 4QCEA 1OD0A 3WH6A 1S46A 4S3KA 2BVYA 5LYRA 1BG9A 1FH9A 2JALA 3DECA 2B31A 2YBTA 7A3HA 3WEOA 2ZXQA 2DIJA 1DWGM 1DEDA 2OYKA 2DH2A 3VIGA 4P8UA 3II1A 5A6KA 1H41A 1BVNP 4P8WA 3MMUA 3OG2A 3ZJ8A 1JF5A 1LG2A 4J28A 3ZOAA 2WMJA 1UZ4A 3N11A 3WUGA 2ZUWA 4PUDA 3AHZA 2EPOA 4M1RA 3KZSA 2UY4A 4Z2IA 2VI0A 3UR7A 3CZGA 1BAGA 1OT1A 4TVDA 3GXDA 5CLWA 3MV01 1SR0A 4UQDA 4J27A 3A4AA 3CH9A 1J0YA 3A3HA 4AMCA 3PZ9A 5I5RA 2D24A 3AMKA 1HIZA 5CXPA 1XYFA 4E8DA 3F5JA 3ZM8A 2G3MA 2PBGA 3ARYA 2QMKA 2CNCA 4IM4A 1LL7A 4FK9A 4PMZA 2NT1A 5I23A 2VQUA 2J77A 1E71M 4C7DA 3PHAA 1KWGA 1HX0A 3OA5A 4F79A 4P7RA 2XVNA 4LXFA 2QLYA 4IPNB 1KGXA 3W26A 3BAYA 4PMDA 1CLXA 4XB3A 3WH9A 1UUQA 4PRWA 2D3LA 1FH8A 4GO8A 3A6OA 2IUZA 3ECQA 3L4WA 4U5IA 5C70A 1H49A 3QR3A 5D8WA 3ZT7A 1WB0A 4MB4A 2WVVA 5A8OA 3WF0A 1CENA 1EDGA 1UD5A 3GXFA 4LPCA 1DWJM 3OLEA 4JCMA 4W8LA 1CXHA 5HXMA 5CQ1A 3SUUA 3W38A 3EBVA 1TUXA 4R5EA 3CGTA 3PZQA 1LOHA 1D3CA 4CVWA 2V3FA 7TAAA 3RO8A 3DYOA 2J7BA 3MKKA 3GBDA 3PN8A 5DMYA 4ACZB 4W7WA 1UQYA 2GK1A 5CPTA 1PEZA 1E1EA 3AIWA 4J3VA 2BXYA 1EDTA 2WK2A 2WNWA 1LG1A 3AISA 2XTKA 1EH9A 3UERA 4D1JA 3UG4A 4TXEA 3K8LA 1RPKA 4AZCA 1VEPA 3DHUA 5BRPA 3CHDA 4H2CA 2VVSA 1TVPA 1N7NA 2X0YA 3KL3A 3VKKA 5A6SA 4W84A 2X0HA 1R8LA 2BVTA 4LQ1A 3AMGA 1B3XA 1RD6A 4UQ9A 3D3AA 1QNQA 1I1WA 3VMNA 1UH4A 1CYGA 5JIWA 3ZO9A 4J3WA 3KL0A 5FOOA 2WC4A 1OM0A 1R86A 2WKLA 3VTRA 3T0AA 2WKGA 3MUY1 1V6VA 3IJ8A 1ZU8A 2WZEA 2RGMA 4PTMA 3WD0A 2EEXA 4QP0A 3WD2A 3UETA 1FHDA 2E3ZA 2ZX5A 1CZ1A 1W32A 1EO7A 1EXPA 1W1YA 2JFEX 3LMYA 2TAAA 1CECA 1UKSA 3ZJKA 1UR4A 4M82A 1FP9A 4E4PA 3SCSA 4JFWA 2CBJA 1MVYA 3MSDA 2EQDA 4M29A 4JHZA 3K8MA 3G6MA 2OYLA 3QOMA 1HN0A 2O9RA 1OJPA 2E8YA 4CD6A 2ZUTA 2ZXDA 3VGEA 5AC4A 3W24A 3ZR5A 1N82A 1XHGA 4HA3A 1UR2A 1FH7A 5E9AA 1TMQA 3DYPA 3WFZA 3TP4A 3WUBA 1Q6DA 2G3JA 1QNPA 4U31A 3W6MA 2FH8A 3WL0A 2W61A 3SURA 2C7FA 1F4AA 3PZVA 1E55A 3WMCA 3U57A 4M80A 2Y4SA 3WDRA 3TTSA 3WNNA 3AS1A 2WCAA 2VR4A 4ATWA 1RP8A 4B3LA 3RILA 5IHRA 1NARA 4ZENA 1E43A 3A47A 3WH5A 3VMOA 3PZIA 2WAGA 4MNLA 1CGWA 5I6SA 1J9YA 3HMCA 2WMIB 4ACZA 1VB9A 3WD4A 1PPIA 3T08A 1KXTA 4Z2KA 2DPEA 3QGVA 1OT2A 2VC9A 2XPKA 1RWCA 4LYQA 3M07A 3OLDA 4NZCA 1X1HA 4UOJA 1J12A 4UNIA 3IAQA 2WMFA 2WHMA 2J7DA 2WW5A 4UCFA 1GOQA 4V2XA 5A2AA 2XVKA 2OSWA 2BRVX 1ISXA 4D6DA 1FOBA 5D9NA 4CU6A 1MQQA 2VCCA 1SYTA 1QBAA 3A4XA 3SEPA 1HXJA 1E0XA 2WMKA 1AQHA 3GM8A 1MFUA 1FFRA 2IXUA 2FDMA 3CTTA 3CPUA 5BXPA 3AMLA 1P6WA 5DFAA 4DWSC 3APGA 3ZSTA 1CWYA 3T0BA 1N7PA 3GNRA 1E6PA 3T2QA 2Z1KA 3VDCA 4NSBA 4W88A 5EMYA 2VVNA 4DUXA 1HM2A 1DWAM 4J3SA 3GH4A 2OSYA 4AD0A 1KCLA 1N7QA 2G3IA 2EO7A 2WLZA 3ALGA 4D6JA 5BWFA 4JHOA 2ZIDA 5A6BD 1HKIA 1UWQA 5A8QA 2ZUUA 3WELA 4DWSD 4B16A 4LYPA 4V28A 3AHXA 3CMGA 2NSXA 2V5CA 2X09A 3VGBA 4PUEA 3BSGA 1J0MA 4XZBA 3EDFA 1E4IA 3WQ6A 3CZKA 5I2UA 3OLGA 1CGXA 3K1DA 2D0FA 5BYWA 2D3NA 3PBGA 4KGJA 1UA3A 3WD3A 3T2PA 1OB0A 4MTVA 5I3DA 1JFXA 1V6UA 1HF6A 4GZIA 5E09A 1XSIA 4NI3A 6TAAA 3MMWA 3DC0A 3NIYA 3KEHA 1RWAA 1E9LA 5BROA 2OWWA 4OBSA 1LJYA 4UTFA 2WMIA 2DT0A 4AZBA 2XIBA 1X6NA 3L4TA 1E5NA 4RE2A 1J0NA 3VDHA 3T0DA 4WJXA 2J74A 1Y7VA 5GNXA 3SCWA 2DSZA 2XFFA 2ZWZA 1O7AA 2PC8A 3MV11 3QOKA 3VU2A 1HJSA 3CO4A 2DT2A 3K46A 2FHBA 4GI6A 1M53A 1GVYA 3HN3A 3EDDA 1HP4A 2WHLA 2ZX6A 3BAKA 1ODUA 3S6TA 1W9VA 1UWIA 1ISYA 1C3FA 4PCTA 3SUWA 5ABEA 2F8QA 4BA0A 1V0KA 4IPLA 4M81A 4PSPA 5E6YA 1LL4A 3RCNA 2WVTA 2XG9A 4J3TA 3VD5A 1WP6A 1FHLA 1A47A 3MSGA 4B3KA 3GXIA 1XRVA 3VIFA 2YA2A 3TONA 4AISA 5AYBA 1CGYA 5LA0A 2VCBA 1B3VA 5IHSA 1UZ1A 5JUVA 1MW1A 3NSNA 2FHCA 3VIIA 1H1NA 1E0VA 3AYRA 1NP2A 4TTUA 2W91A 4QLLA 4AD4A 2WMGA 1HM3A 1C7TA 2PWGA 4AC1X 5DT7A 1ZBVA 3POCA 2CKRA 3WUFA 1EHNA 4HA1A 3N12A 8CGTA 4KGLA 3AHVA 5I0DA 2YA1A 5CLTA 5AY7A 5A95A 1HVQA 2J8FA 3I3EA 1U2YA 5GNZA 1JIBA 1MW0A 1SMAA 3EMQA 3GTNA 1VFOA 3B9AA 4WSJA 4DUVA 2O9OA 3CHCA 1KBKA 4AD3A 4P7LA 3VGGA 1YQ2A 1QNRA 3L4ZA 1Z32X 3ARVA 2HVMA 3VNYA 4OZOA 4UFIA 4B9YA 3WBEA 3BGAA 1M7XA 3ARXA 2MANA 3GH7A 2V3EA 1QI5A 1ZBCA 4GI8A 1W91A 2WM0A 3AQUA 1CXFA 3K8KA 1B3WA 3IJ9A 4RL3A 5C71A 2DT1A 2C8NA 3ARPA 4W89A 1GPFA 3OIHA 4D72A 1TA3B 1CXIA 2J79A 1JYXA 4TVCA 1OD8A 4J3XA 1ZBWA 2ZXBA 2BHUA 4PBGA 2G8ZA 5M17A 1UQZA 4XUYA 1HL9A 3OGVA 5D9OA 1HKJA 4S3JA 4BCEA 4ZEPA 2AMGA 4C7FA 4KMQA 2VZUA 1K6AA 2UY5A 2XFRA 1AVAA 1EO5A 3GNPA 2YDRA 4CUCA 3AIQA 2OWCA 5A8PA 2WLYA 4UOZA 4GZEA 2O9TA 4A3HA 2YL6A 1UD4A 1M03A 2EJ1A 4X0NA 1HKKA 4LGXA 3PZGA 4FLRA 2YL5A 2X03A 2VJXA 1WDQA 3F5LA 1UD3A 2VO5A 4TTGA 2OYMA 4C7GA 4HMEA 3ZSSA 3WNOA 2XHYA 1OCQA 1VJZA 4GQRA 4D6GA 3GYCA 3RJXA 2GDVA 4HMDA 1A3HA 3GZAA 3BC9A 1K9FA 1C8YA 1LF1A 3ZIZA 1XH1A 1QI3A 3NCOA 2VZOA 2W62A 4UFKA 3N04A 4L4PA 4MAVA 1VRXA 2WSKA 4AD1A 2EPMX 2W63A 1ZJAA 5EB8A 3WDHA 1E40A 3MUIA 1KXQA 1E3XA 3W25A 1JDAA 3MANA 5A8NA 3WD1A 1J0HA 3M6DA 4HOWA 4ML4A 1W3YA 5AC5A 1WE5A 2CHNA 2J7EA 2VUYA 1VJSA 1F9GA 3WF3A 2V3DA 3AI0A 1BSIA 1JYWA 3S2CA 2X1IA 2VZTA 3VX1A 3I3BA 3GNOA 2VZSA 3T09A 4H8HA 1BF2A 3VM7A 2DH3A 2YL8A 1RP9A 5FIPA 4MB5A 1CGUA 4AZHA 1E0WA 1V0NA 1VFMA 4F8XA 4D6HA 1JI1A 4KRUA 1TA3A 3W6LA 2J25A 4D71A 2PWFA 3DHPA 3SCPA 1ZB5A 1VENA 1ESWA 1GOWA 2BFGA 4PN2A 1GCYA 2A3HA 5D9MA 3VO0A 4Z2GA 5BXRA 1UKOA 2Y5EA 3NDZA 1QI2A 1GORA 5KEZA 1TE1A 1GJWA 1QHOA 1OWQA 1H0GA 3ARRA 1V08A 1GZJA 3NDYA 4TUFA 2Y24A 4WIWA 3UCQA 4NRSA 4DWSB 4W7VA 4AZ5A 4EE9A 3FHAA 2J7HA 1QOXA 4Y7EA 2WCOA 4JL1A 2BHZA 1OINA 2WWDA 1K9DA 1QHPA 4UQCA 4NF7A 4PTWA 1DHKA 3IJ7A 5A8MA 3OLIA 1H3GA 3AROA 1L8NA 2QPSA 1C7SA 4HMCA 4N42A 2WBKA 2BVDA 1JI2A 2VR5A 4CN6A 5GQBA 4MNMA 1KQYA 1UHVA 3AZRA 5D4YA 5ABGA 1MXDA 2CBUA 1US3A 4JIEA 5EBAA 3B9EA 5TD4A 4MB1A 4YHEA 3CZ8A 1VFUA 4N0RA 1MWOA 4P7QA 1W9UA 3HJEA 3RIKA 1UOKA 4CD8A 2JEQA 1WO2A 4TOQA 4UFHA 2OWXA 4QDMA 3AS2A 4GINA 1TZ7A 1XH2A 9CGTA 3AZTA 2HISA 2XWDA 3VX0A 1XCXA 1JDCA 3ZQ9A 2X2YA 2FGZA 2ESCA 1C8QA 1HJVA 1V3LA 4D6EA 3SCQA 1J0KA 1WDSA 4XX6A 3AIUA 2YDSA 1KGUA 1JNDA 4HZ6A 2AOSA 4V27A 2Y8KA 1HJUA 1BGGA 1E4MM 1WNOA 4HTYA 1LQ0A 3TTOA 2DIEA 3U7VA 3SCTA 3VD9A 1NOFA 2D22A 1ZBKA 5A94A 3AIVA 1PZ2A 5JBDA 3WEMA 1N7RA 2PF0A 2YL9A 2WWCA 1VFFA 3RM4A 3PZTA 5IFTA 3W53A 2JF7A 2GVYA 3FNDA 3L4XA 1GNXA 1BQCA 1PX8A 3AS0A 3ZR6A 3WNMA 3WF1A 4PMVA 1U33A 1C90A 4ZXLA 1CGVA 3KWXA 2DQXA 1SFSA 3CZEA 6CGTA 4HZ7A 2VURA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1LL6 A;  1R7A A;  2ZUV A;  3FW6 A;  5M3W A;  3VIP A;  3TTY A;  4JKM A;  4PMU A;  4HPG A;  1Q6E A;  4P7O A;  1B0I A;  2DGA A;  4CU7 A;  1UKT A;  3ZT5 A;  5FL0 A;  3L2M A;  3VPL A;  3LPP A;  2ZE0 A;  2OSX A;  1E4N A;  2IXV A;  4PTV A;  3VM5 A;  3AZS A;  3E1F 1;  5CSY A;  3UG5 A;  3AYS A;  2EPL X;  3WKZ A;  2CKS A;  4BQ4 A;  1MQR A;  4UFL A;  3GH5 A;  1HJX A;  1V02 A;  1OIM A;  4A3Y A;  1X1N A;  4W8A A;  1L0P A;  4MAD A;  4F9D A;  1UR0 A;  1CDG A;  2J7F A;  1CPU A;  3ZJ7 A;  1ISZ A;  3BAW A;  4D6F A;  3W28 A;  5JBF A;  2QV4 A;  4KWU A;  3AIC A;  4JZ5 A;  4U5K A;  1ZL1 A;  1J0J A;  2JEP A;  1AMY A;  4UOQ A;  4MDO A;  1UD8 A;  2Z1S A;  3VIH A;  1G9H A;  3WFL A;  1C92 A;  1JZ5 A;  3NYD A;  1QNS A;  4PSR A;  2D20 A;  1XH0 A;  3FXY A;  2A3E A;  2CES A;  2ZX8 A;  1V6W A;  3CLW A;  1E6N A;  2G41 A;  2Q1F A;  2BRW A;  3VIM A;  1SMD A;  1KFW A;  3RM9 A;  1OJN A;  1CIU A;  4AIU A;  2ZX9 A;  1EQC A;  2EXO A;  2VOT A;  2WAN A;  3VIL A;  1E56 A;  3U7B A;  3FN9 A;  3WQ5 A;  2X05 A;  2QMJ A;  2VCA A;  1ISV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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