2WMIA

Crystal structure of the catalytic module of a family 98 glycoside hydrolase from streptococcus pneumoniae sp3-bs71 in complex with the a-trisaccharide blood group antigen.
Total Genus 221
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
221
sequence length
582
structure length
572
Chain Sequence
VDKRREINNEHPLLMMPLYANGEEFNQGKYTFWGGDTLTGKWENIPDDLKPYTVIQLHPDDLPKRDGAARDFYEHMLEEAAKYVNPKTGKNEPIPVILTVYTAGNMPYYTSAHWLSTSWIDKMYQKYPNLHGIFSTENYWIWANDIENKAADYLKVSAKNGGYFIWAEQNNGSAIEKAFGKNGKIAFQKSVDKYWKNLIFMFKNTPAAEGNDSTTESYMKGLWLSNHTYQWGGLMDTWKWYETGKWKLFASGNIGKSQGDRQWLTEPESMLGEEALGVYLNGGVVYNFEHPAYTYGVNNKESLLFSEVIKEFFRYVIAHPAPSKEKVLEDTKVFIHGDYSNKGNGKFFVNVNTDREQTPLYMTGRYNVIPAIPGVLKTDIQIKEITSPEFSSTQARKEYLNKLYPMNYEGDIFAQKLDNRWFVYNYKVNENVKQTGKLKFNSLEMNVEFEPHTYGIFERISNGLKVNLNNFRTNKDSLWSNAQDANQAKKLPQLTKKGAIKWIEEHYIKDTQFGEKRVTKIVLRGIDKLPTIHSLSGTNNSYDQPSLNFDQKNHMVTITINSNGNLEFELHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
publication title Differential Recognition and Hydrolysis of Host Carbohydrate-Antigens by Streptococcus Pneumoniae Family 98 Glycoside Hydrolases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords FUCOLECTIN-RELATED PROTEIN
total genus 221
structure length 572
sequence length 582
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-06-30
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.220.10 Mainly Beta Sandwich Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3 Polysaccharide lyase family 8-like, C-terminal 2wmiA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2wmiA01
3.30.2330.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich arginine biosynthesis bifunctional protein fold family 98 glycoside hydrolase 2wmiA02
3A4WA 3AXXA 3G6LA 5HDRA 4BF7A 3MO4A 2JIEA 1LG2A 4LQ1A 3W27A 2Y2WA 2ZXAA 2EPMX 3BMWA 2VL4A 3OZOA 1DHKA 1KWKA 4ATLA 1HMUA 5EBAA 1FH7A 2QMKA 3L4TA 4HZ6A 4PMDA 1BHGA 5CZKA 4CU7A 3W24A 1SMAA 4DWSA 1E4MM 2JALA 4D71A 2DSUA 3BSGA 4LYPA 1M01A 2VRJA 4L4PA 4D1IA 2YKKA 1N7PA 1GUVA 4J27A 5D9OA 1CECA 5AC5A 4BQ3A 4B15A 4H8HA 4JIEA 3OLGA 2AOSA 1Q6EA 2DSZA 4N42A 2WC7A 4W86A 1JI1A 3OA5A 2D3LA 3N11A 4D6IA 1QPKA 2VZSA 1J0NA 3HN3A 3PZMA 1NP2A 2DGAA 4LYQA 1NP0A 1AVAA 4EKJA 4MAZA 2E9MA 3KWXA 3LPPA 3MUY1 4WF7A 5GNZA 4BQ5A 1E4NA 2JEQA 3SUSA 4ACYA 4J3SA 1N7QA 5CLWA 4PMNA 2E8ZA 2BV9A 1UOKA 2OLHA 5EFDA 4JHZA 1AQ0A 5BXRA 4OUEA 3QHNA 1E6QM 1H49A 2ZUWA 5I23A 2WBKA 1KR0A 1BVZA 1VIWA 1B30A 2CXGA 1YQ2A 1B3ZA 1XSJA 5AC4A 1E56A 1UA3A 4IM4A 3T0BA 3VNYA 1M7XA 3O2LA 5A6SA 3VDHA 1W1YA 3A6OA 3VD7A 1ZBKA 2D24A 3OLEA 3S2CA 3MSDA 4J3VA 1X6NA 4EANA 3BLKA 5ABFA 2G3IA 3MUAA 4MNJA 3NDZA 2GK1B 5A6LA 3W6MA 1QVBA 2CBVA 4B3LA 4PMOA 5A2CA 4CD7A 2VOTA 1MYRA 2WMKA 4W93A 4URIA 5I2UA 5IHSA 2BFGA 1QNRA 4OZOA 2WMIA 4CUCA 2PWGA 4PYSA 5JIPA 3L2MA 8A3HA 5IHRA 1EDGA 2YL9A 3PZGA 4TVCA 1QOXA 1BFNA 2J7CA 3AMLA 4U3CA 1C93A 4W7UA 4BS0A 1OJNA 4GZEA 3BAYA 4TTGA 5C8BB 2XM1A 4FLQA 1BGGA 4GI9A 3ZJ7A 4CVWA 5E09A 1FOBA 4V28A 3W53A 1WDQA 4UZUA 4QLLA 4LX4A 4X0VA 2GDUA 4CD5A 3CMJA 4HP5A 2W4XA 2VX5A 3ARWA 3AOFA 1WE5A 4MB4A 1W9XA 1JD9A 1OSEA 4Z2LA 4XZWA 2WC4A 1KQYA 2JEPA 2A3BA 1VEPA 3PZ9A 1UWRA 3WBEA 3I3BA 1B3WA 2W5FA 4QLJA 3MUIA 3OGSA 3WMSA 4GZJA 1FH9A 1KCLA 1NOWA 4OBSA 3WMBA 1C91A 1NWUA 1X1JA 2ZE0A 1NM9A 3CH9A 3VO0A 4ATDA 3VX0A 1A3HA 1CPUA 1JYWA 2A3HA 2ZICA 3SCQA 1ZJBA 5HNNA 1OJPA 3KL0A 1TA3B 4UOJA 1UZ4A 1KXHA 3AYRA 3VGHA 2WZIA 2V3EA 3WEZA 3AQUA 1E43A 3NCOA 1UZ1A 4IISA 1N7OA 3WDPP 4GO9A 1OM0A 1Q6CA 3SCUA 3WNNA 1R85A 4J3UA 3ZJ6A 3GXMA 1FFQA 1VFMA 3PBGA 5CG0A 3KL5A 4MPKA 4DWSB 3UERA 3VPLA 2WHMA 1JGIA 1UG6A 2B31A 2JFEX 3GH5A 4CCCA 3GH4A 1HP5A 5KZ6A 5EFFA 3GDBA 1TFVA 3AHTA 2ZUTA 2ZWZA 3RIKA 5D4YA 1H09A 3WUBA 2GJXB 2XVLA 3RDKA 1E1EA 4CU6A 4AC1X 1H3GA 1OGBA 4GO8A 4PUEA 3TA9A 3WQ4A 2A3EA 1OWQA 4TVDA 2TAAA 1W32A 1MW2A 4H41A 2F61A 3W82A 1G01A 1X6LA 3VMNA 3PN8A 2CYGA 4WIWA 3GXFA 1GORA 3WQVA 3VIPA 4HPHA 4AEFA 3VD4A 2EEXA 1UR8A 1OCQA 4W8LA 3E1F1 2CESA 3OIHA 5JIWA 3U57A 1KBBA 3ZOAA 1V0NA 1R87A 3IJ7A 4ZFMA 1W2PA 3AIBA 1F4AA 2WHKA 1ISVA 3WUGA 4QFUA 1C8XA 3ZQ9A 1UUQA 3CTTA 1NH6A 3WQ6A 2BY1A 4RL3A 3L4XA 3VIHA 4FF5A 4YN5A 3WNPA 2BVYA 3B9AA 3VM7A 1LF1A 3T2PA 5CQ1A 1E5NA 3ZJ8A 2VZTA 5DO8A 4E8DA 2V3FA 1W2VA 3AIRA 3ARSA 4P7LA 4PCSA 3IK2A 4GZIA 1H4PA 4FLRA 3CZKA 3D3AA 2J7EA 2QPUA 1EQCA 1GQLA 4ACZA 1WDRA 5A3HA 4E4PA 1KR1A 1JDAA 1MXDA 4U3AA 5KEZA 1F1SA 2WLYA 4AY1A 1GJUA 3DHUA 2BXZA 4W8BA 3THDA 4F66A 2DSWA 5IDIA 3VIMA 3BH4A 4BA0A 5C70A 1YHTA 2WVVA 3RM8A 4F79A 2DIEA 3OBAA 3O9NA 2OWCA 2BRVX 2WMIB 3LMYA 1KB3A 3MSGA 4PMYA 1UD6A 4QLKA 4H04A 5ABEA 1NARA 4N0RA 4TTUA 1C8YA 2X03A 4J7RA 4JFVA 3TP4A 2E9BA 3VGEA 3GBEA 1J0JA 1K9EA 4OIFA 2V5DA 4P8WA 2DH2A 3VIGA 1CXIA 4HU8A 5BWFA 3WDQA 3WD2A 1EO7A 5ABHA 6A3HA 4GI8A 3NJ3A 4NRRA 2CPUA 2PB1A 3MANA 5I6SA 1GPFA 2BHUA 4LYRA 4J3TA 2PWHA 2XVNA 1JD7A 3MMWA 2VZOA 1GOQA 1E1FA 3AIQA 5FKYA 1TR1A 1WZKA 1WZAA 1EA9C 1KGWA 1E0WA 5DT7A 3HMCA 4ML4A 4MJ4A 4GQQA 1LJYA 4C7FA 2WBGA 4D6JA 1TMQA 2FHBA 5D8ZA 5A94A 1C90A 2GK1A 2QMJA 1B9ZA 3T0AA 2XG9A 4KRTA 4R5EA 1UWSA 2UY5A 1EIBA 2G3NA 2WPGA 2OSWA 2FH6A 3FN9A 4UQ9A 4HZ7A 4AWEA 1HF6A 3VDBA 2J7FA 4JKLA 4U5IA 1QI5A 2W91A 4DM1A 4PTVA 2J62A 4W84A 1XYZA 2J7DA 1MXGA 4B3KA 2BS9A 3VGGA 3AFBA 2FHFA 3VKKA 1FA2A 3AYSA 4PMUA 1JDCA 1LL6A 4P7RA 1BAGA 4D6HA 1CIUA 4AZHA 3GXDA 4MB5A 3N9KA 3MS8A 4BQ4A 3WMCA 5IFPA 3K46A 2OSYA 1JZ8A 1WKYA 2VC9A 1KXQA 3II1A 5F7UA 3SUTA 4AD0A 1CEOA 4Z2IA 1MFUA 2O9PA 2YIHA 4UFKA 5HPCA 4NF7A 1ISZA 4UQAA 2VT0A 1LL7A 3WD3A 3W38A 3WH9A 1K9FA 1XH0A 5I77A 2ZUVA 1B3YA 3FY1A 5BROA 1H0IA 1WPCA 4JFWA 1E6SM 3KZSA 2E22A 2XSBA 4PMZA 1UKSA 4GKLA 4F9DA 1DWFM 2UWFA 1VEMA 3AMCA 1GHRA 2VCCA 3A4AA 1WDSA 3K4DA 3AIVA 4CD8A 1UQZA 2FHCA 3GNPA 2JF6A 1V3JA 3T09A 3RJXA 1LXMA 1US3A 1R7OA 1V6UA 5E0FA 3WNLA 2DSKA 2DQXA 4AW7A 3ARTA 2XPKA 4MNKA 3GNRA 1LL4A 4LXFA 1TA3A 8CGTA 1R7AA 3BCDA 1CB8A 3ZR5A 5CPSA 1XC6A 1QI2A 3GH7A 1GVIA 1MW1A 1W9BM 2X09A 1K9TA 1E4IA 1KGXA 1V03A 1B2YA 3CUHA 1FHDA 2EO7A 5A2AA 1UR2A 1Q6FA 2G3JA 3TTYA 4WLCA 4FLOA 3ZT5A 1E3ZA 1QHZA 1VFFA 4PMRA 3GXIA 4B9YA 3CUJA 3GM8A 3SCWA 2ZUSA 3WH6A 4CCDA 5A8QA 4W85A 2J7HA 4M24A 3VOCA 4FMVA 2ZWYA 4ACZB 1XSKA 2NT0A 2X1IA 1I1WA 2FGLA 4W5ZA 4AIUA 4C7GA 1NOFA 3MMDA 1RW9A 2GJXA 1QW8A 5E70A 3EMCA 1E6ZA 2ZX8A 1W9DM 3AI0A 5I5RA 1DP0A 2J77A 3WF2A 1M03A 2WVVB 1JL8A 1XYFA 2BVTA 2D23A 3EMZA 3VMPA 3WEMA 2ZIDA 3VGDA 4CD6A 5E0CA 1RD6A 3IJ9A 2YA0A 3A3HA 1RPKA 5JBDA 2E0PA 4PEEA 2OYMA 4WSKA 1HMWA 3WFZA 1HKJA 4KH2A 2FGZA 5M5DA 3M07A 4TUFA 4K68A 3QHOA 3TTQA 1QHPA 2XVPA 3B8SA 1H2JA 7CGTA 1OD0A 2DPEA 3UG4A 1X1HA 4FLSA 3PHAA 2J8FA 2W92A 4JAWA 1BYBA 2XUCA 5EMYA 4UFHA 3UR8A 1HL9A 1ISXA 3ZIZA 1V02A 3LPFA 2JIWA 3AICA 1PBGA 1PPIA 3WQWA 2BRPA 2E4TA 5I78A 1UHVA 2EXOA 2CBUA 4F8XA 1H5VA 4CGTA 1V0MA 1E6PA 4Q22A 4DM2A 1E9LA 2QPSA 3NSNA 2WMJA 1E70M 1AQHA 4WSJA 4XV0A 1V6YA 2YOCA 3WD1A 3WENA 1E0XA 2QHAA 4UQBA 1QBBA 1MVYA 3SCNA 1H41A 1GJWA 4OOUA 3WN6A 1BYAA 1JXKA 1UR4A 2D2OA 3DECA 1W3KA 1J10A 4JCMA 4Z2KA 1W3HA 2ZX7A 2NSXA 4AZ5A 1B3VA 1SYTA 4ZE4A 3N18A 1RWFA 4DWSC 3AHVA 3EDJA 3CHDA 3W28A 4PSPA 1CYGA 1W9PA 3L4YA 3VUPA 1BG4A 1VENA 4KGLA 2UY2A 3WD0A 1OIFA 1N7NA 1JAEA 4AEEA 2XWDA 2W67A 3WL0A 1V3HA 3U5UA 2JF7A 2EBNA 1XH1A 3FAXA 2Y8VA 1L8NA 2ZX9A 4PSRA 1EOMA 3F5JA 3ZT7A 2J75A 1NWSA 1Q6GA 2MANA 1Q4NX 5JUVA 3T08A 3BLPX 2Y4SA 1V3MA 4PTMA 3EDEA 5BRQA 3VU2A 2J7GA 1EGZA 3A4XA 3F5KA 3VD9A 4UQEA 3EDKA 3WDHA 3VNZA 1B1YA 1JF5A 1UKOA 2ZOXA 2D0GA 4H8VA 4P8XA 1H0GA 1HN0A 2GFTA 5CSYA 4HMDA 1F4HA 1CGUA 1GOIA 2XIIA 1IZJA 5DF0A 3IJ8A 5D9PA 5A6BA 3CHEA 2VX4A 1RWAA 1TUXA 4JFTA 2YDQA 2RGLA 2WKLA 1XV8A 1BPLB 2PBOA 1EGUA 4V2XA 4AD1A 3RO8A 2W66A 4UZSA 1ISWA 1E6NA 3WF4A 3OG2A 3ZO9A 3W37A 3CUFA 3VDAA 4HOWA 3K8LA 3VIOA 4IPNB 4WK9A 1V3KA 4AIEA 5CGMA 4JFSA 1UA7A 1VFUA 3AZRA 3KE0A 5LA0A 3WELA 4W89A 2DSVA 4DUXA 1M04A 1WAWA 2CCRA 2EJ1A 3L4UA 4X0NA 3RILA 4PMQA 1HL8A 2WAGA 4AD4A 2CETA 2BVDA 1IZKA 3RJYA 3RPMA 4AZCB 2ESCA 1CTNA 1VBUA 2OSXA 1XD1A 5A8PA 2WZEA 3NYDA 1EHNA 2CBIA 4CN6A 2A3AA 1FP9A 1BF2A 2WZHA 3AJ7A 2Y24A 1QNPA 1CWYA 2YDRA 1US2A 3POCA 1W3YA 1V0KA 2Y5EA 3UR7A 1VAHA 2D0HA 1AMYA 1QBAA 1MFVA 1JIBA 4PMXA 1JFXA 4A4AA 3OB8A 5GNXA 4OKDA 1G0CA 1J18A 4Q7NA 1BGAA 3SUUA 2GUYA 3PTMA 1OBAA 4C7DA 1ZL1A 1JYNA 1JAKA 2BY0A 5BXTA 1WZLA 3ECQA 4TVUA 1HX0A 3WNKA 2BY3A 2VVNA 1HJUA 3N15A 4HMCA 1WZMA 5JBEA 3ARVA 3ZSSA 1DWGM 1JXJA 2PBGA 4HOXA 3BAJA 4U33A 4WJXA 1JYVA 2PWDA 1W9VA 4HZ8A 1VFOA 1GONA 1UKQA 4YHEA 3PZOA 2CITA 2VNCA 2X8RA 3BAWA 3UESA 3CHCA 5C71A 5I0DA 1JZ2A 2YBTA 3POHA 2EPKX 5HPOA 4AD3A 4ZE5A 5HXMA 3G6MA 4NZCA 2WWCA 2DT0A 3ARPA 1JZ5A 1J0MA 1GCYA 2EPLX 2O9RA 3GZAA 3AXIA 3ARZA 4IUGA 4H2CA 2JE8A 3T0DA 1E40A 1B90A 2GJPA 1V08A 3ARUA 4ZXOA 1PX3A 4U31A 1MWOA 1ODUA 4TX6A 1XCXA 1Q6DA 1QI4A 2V3DA 1W1PA 1KGUA 4XZBA 1NOUA 4PTWA 3CUIA 1ITXA 1CXEA 4CD4A 1E3XA 5M03A 1GZJA 1ZU8A 1JZ6A 1VF8A 4D72A 4UFJA 4GXPA 1V02E 5EB8A 2A3CA 2VX7A 4MJ2A 3FHAA 3HJEA 2VZVA 1JFHA 3PZUA 4W5UA 4UNIA 5AY7A 2QLYA 2ZXBA 1EH9A 2XWEA 3W25A 4MADA 1CGVA 4KWUA 2WXDM 5FCZA 1Z32X 3UG3A 3APGA 1G94A 3SUWA 1RWCA 3N12A 4CVUA 3SCOA 1Y7VA 1BYDA 3BCFA 1FH8A 4P7NA 1UH2A 2EPNA 3PZVA 4HU0A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3A4W A;  3AXX A;  3G6L A;  5HDR A;  4BF7 A;  3MO4 A;  2JIE A;  1LG2 A;  4LQ1 A;  3W27 A;  2Y2W A;  2ZXA A;  2EPM X;  3BMW A;  2VL4 A;  3OZO A;  1DHK A;  1KWK A;  4ATL A;  1HMU A;  5EBA A;  1FH7 A;  2QMK A;  3L4T A;  4HZ6 A;  4PMD A;  1BHG A;  5CZK A;  4CU7 A;  3W24 A;  1SMA A;  4DWS A;  1E4M M;  2JAL A;  4D71 A;  2DSU A;  3BSG A;  4LYP A;  1M01 A;  2VRJ A;  4L4P A;  4D1I A;  2YKK A;  1N7P A;  1GUV A;  4J27 A;  5D9O A;  1CEC A;  5AC5 A;  4BQ3 A;  4B15 A;  4H8H A;  4JIE A;  3OLG A;  2AOS A;  1Q6E A;  2DSZ A;  4N42 A;  2WC7 A;  4W86 A;  1JI1 A;  3OA5 A;  2D3L A;  3N11 A;  4D6I A;  1QPK A;  2VZS A;  1J0N A;  3HN3 A;  3PZM A;  1NP2 A;  2DGA A;  4LYQ A;  1NP0 A;  1AVA A;  4EKJ A;  4MAZ A;  2E9M A;  3KWX A;  3LPP A;  3MUY 1;  4WF7 A;  5GNZ A;  4BQ5 A;  1E4N A;  2JEQ A;  3SUS A;  4ACY A;  4J3S A;  1N7Q A;  5CLW A;  4PMN A;  2E8Z A;  2BV9 A;  1UOK A;  2OLH A;  5EFD A;  4JHZ A;  1AQ0 A;  5BXR A;  4OUE A;  3QHN A;  1E6Q M;  1H49 A;  2ZUW A;  5I23 A;  2WBK A;  1KR0 A;  1BVZ A;  1VIW A;  1B30 A;  2CXG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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