2WMIB

Crystal structure of the catalytic module of a family 98 glycoside hydrolase from streptococcus pneumoniae sp3-bs71 in complex with the a-trisaccharide blood group antigen.
Total Genus 212
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
212
sequence length
582
structure length
571
Chain Sequence
VDKRREINNEHPLLMMPLYANGEEFNQGKYTFWGGDTLTGKWENIPDDLKPYTVIQLHPDDLPKRDGAARDFYEHMLEEAAKYVNPKTGKNEPIPVILTVYTAGNMPYYTSAHWLSTSWIDKMYQKYPNLHGIFSTENYWIWANDIENKAADYLKVSAKNGGYFIWAEQNNGSAIEKAFGKNGKIAFQKSVDKYWKNLIFMFKNTPAAEGNDSTTESYMKGLWLSNHTYQWGGLMDTWKWYETGKWKLFASGNIGKSQGDRQWLTEPESMLGEEALGVYLNGGVVYNFEHPAYTYGVNNKESLLFSEVIKEFFRYVIAHPAPSKSKVLEDTKVFIHGDYSNKGNGKFFVNVNTDREQTPLYMTGRYNVIPAIPGVLKTIQIKEITSPEFSSTQARKEYLNKLYPMNYEGDIFAQKLDNRWFVYNYKVNENVKQTGKLKFNSLEMNVEFEPHTYGIFERISNGLKVNLNNFRTNKDSLWSNAQDANQAKKLPQLTKKGAIKWIEEHYIKDTQFGEKRVTKIVLRGIDKLPTIHSLSGTNNSYDQPSLNFDQKNHMVTITINSNGNLEFELHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Differential Recognition and Hydrolysis of Host Carbohydrate-Antigens by Streptococcus Pneumoniae Family 98 Glycoside Hydrolases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords FUCOLECTIN-RELATED PROTEIN
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 212
structure length 571
sequence length 582
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-06-30
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.220.10 Mainly Beta Sandwich Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3 Polysaccharide lyase family 8-like, C-terminal 2wmiB03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2wmiB01
3.30.2330.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich arginine biosynthesis bifunctional protein fold family 98 glycoside hydrolase 2wmiB02
1EQCA 3VD3A 2VTFA 2CEQA 3AIRA 3QR3A 1GUVA 1N82A 3HU7A 2WHLA 1RWCA 5KZ6A 4AXNA 2V38A 4GXPA 4AD2A 1TE1A 1MQRA 4PMQA 1J01A 1PX8A 5DO8A 2Q8XA 1V6WA 5A6JA 1O6IA 3KL5A 2IUZA 3WL0A 2PF0A 4UOZA 2MANA 3GNOA 3WBAA 3ZR5A 1C8QA 4TVCA 4DUXA 1XD1A 3CO4A 2XWDA 1ESWA 1MW2A 4ZXOA 1WDRA 3AMKA 1E3ZA 1HJSA 2YBUA 2O9TA 1UWRA 3BAWA 1XV8A 1JAKA 3PZOA 4W7WA 1GJUA 2CPUA 3W81A 1B3ZA 3GM8A 5IFPA 1V3HA 3L4WA 4OUEA 4N42A 5HDRA 3U5UA 4OBSA 1CGVA 5CGTA 2CITA 5A94A 1WE5A 1E6RA 1FA2A 2WHJA 3WD1A 1HT6A 3T2QA 1UWTA 3K8KA 1QPKA 1DWGM 1W1YA 1VFOA 3AIVA 1B3YA 4AD1A 1PX3A 3WF4A 2FH6A 1B31A 1X1IA 1CEOA 2VX6A 1JNDA 2VNCA 2OLHA 2O9RA 2YBTA 1XYFA 3LMYA 1NARA 2ZUWA 3AIBA 5I3DA 2WSKA 3W26A 1PIGA 3MMUA 1NP0A 4A3HA 3AJ7A 3TP4A 4AZ7A 3CHEA 4NSBA 3SCQA 3WEMA 4BA0A 1UZ4A 3VMOA 3SUSA 4XZBA 3SUWA 1CZ1A 2WCSA 3W0KA 4LXFA 5EB8A 5FL1A 2D0FA 1OBAA 2J47A 5JIWA 3VMNA 4NF7A 3WH5A 3VKKA 2C0HA 3ZM8A 3W25A 4QCFA 2VZTA 1TZ7A 1W3HA 4PCTA 1H2JA 3DHUA 4F66A 3MMWA 4K68A 3EDJA 3GTNA 1J0NA 4D6HA 5A95A 1WAWA 3T0BA 4HZ6A 1DWFM 4HA3A 3BCFA 1LG2A 4CVWA 2WMIB 2J77A 4J7RA 3AIWA 2VI0A 3K8LA 2DT3A 4HOWA 2EPMX 2ZXQA 3F5KA 1IT0A 2WW5A 5DT5A 5FOOA 2VMFA 4D6IA 3A3HA 5CZKA 1KCLA 4HP5A 1NWUA 3OIHA 4W5ZA 1L0PA 3VO0A 1OM0A 2XM2A 1EA9C 3IAQA 4HA1A 3ARPA 1WZKA 3LPPA 3WF1A 3EMZA 4MDOA 1J0MA 3ALFA 1U2YA 2DSZA 1OJNA 5JBDA 1CBGA 5I2UA 1OD8A 2OYLA 5CQ1A 1EDGA 1MW3A 3ZOAA 3VX0A 4PUEA 3UG5A 3WF2A 4HZ7A 5M17A 3DHPA 4TX8A 1H3GA 5E9AA 2W5FA 2XIIA 2EBNA 2DSUA 1CXLA 1ISVA 4RE3A 2VQTA 3DYPA 2Z1KA 5I24A 1JG9A 1CIUA 4PTWA 1WB0A 1XSIA 1BF2A 1UA7A 3CLWA 5TD4A 4M81A 1MXGA 4P8UA 1H4PA 3MUAA 3VIIA 2ZUSA 4JFWA 2BXYA 1GOMA 2G3JA 2CIPA 3ZR6A 1HVQA 4JHZA 2WC7A 4AZGA 2DSVA 3RO8A 1JL8A 1E4LA 4B16A 1KQZA 3N11A 4GO9A 2ZX7A 2XFFA 2CHNA 2XIBA 4D6JA 3AYRA 1GOOA 4PBGA 1ITCA 2GJPA 1DWJM 1E6NA 1TVPA 1BG9A 2YL8A 1UR8A 1EHNA 1LWHA 1W1PA 4YPJA 1QI0A 1J10A 1QNPA 2YDRA 2VVNA 4NI3A 1E1FA 1K9DA 3WH7A 1TR1A 3AMLA 2AMGA 4FLRA 2Q1FA 2QMKA 1HNYA 1W9PA 2QF8A 2WVTA 2CYGA 3RM9A 3SCTA 4JKLA 4ACYA 1XD0A 1J11A 3K4DA 1BSIA 2B31A 4CVUA 3CUJA 3L4VA 1ZS2A 3PBGA 2BXZA 2D22A 1V3MA 4RL3A 4PMZA 2XVNA 4UNIA 3WNLA 1BYAA 3W6MA 3EMCA 1C90A 3VINA 3O9NA 5DMYA 2XPKA 2OYMA 2YA1A 1GHSA 1TUXA 4UZUA 5D9MA 1HJUA 1NH6A 2WKGA 1PEZA 3CGTA 2J74A 3SCUA 4OJYA 2PBOA 1KR1A 1JZ6A 1W9BM 2WMKA 4CN1A 1U33A 4EK7A 2WCGA 1JDAA 5CLWA 5BRQA 3CUGA 2FH8A 2VX5A 3TOPA 1GVYA 3VM7A 1JYVA 4GPNA 2ZWZA 2PBGA 1UR4A 3WUFA 3MV01 2YDQA 3KZSA 1F9GA 4D6FA 1W3LA 1LL7A 2W62A 1XCWA 4V27A 3VIFA 1ZJAA 1H11A 1BHGA 3A4AA 3G6MA 1CLXA 1JF6A 1DEDA 2A3HA 4AZ6A 2WAGA 1OD0A 4M80A 1EQPA 1BPLB 3AOFA 1HM3A 1V03A 1QI5A 4R5EA 3WL1A 3OLDA 2AAAA 5IHRA 1QOXA 3CHFA 2ZX8A 4BS0A 1SYTA 5GNZA 4GI6A 3VGHA 4WLCA 5E0CA 4E4PA 4TX6A 4WK9A 3SCWA 3WH9A 4OOZA 4LX4A 1W9DM 2A3EA 4F9DA 3WDQA 1UR0A 2ZUVA 4KRTA 5GNYA 5CG0A 2XM1A 1G0CA 4QFUA 2ZWYA 3N1AA 3PZUA 1ECEA 1W9XA 3WF0A 1LXMA 2CHOA 5IHSA 3U7VA 4H8UA 3FHAA 4HU8A 1HP5A 4YHEA 4RE4A 3KE0A 3ZJ7A 1ZBVA 3L4TA 1UWIA 1CENA 1W32A 5I77A 3GNRA 3ZJKA 4TVDA 1ZBWA 4IUGA 4D6GA 2VCBA 1D3CA 2YLLA 4U5IA 4JFVA 5LYRA 3CZEA 2XGBA 3ZSSA 2JALA 4NRSA 1UWQA 5EMYA 3A47A 2J7EA 3AS1A 1YQ2A 1VAHA 5BCAA 5HNNA 3WQVA 2ZOXA 1J0KA 1V02A 1V3KA 2V3FA 3W53A 1R87A 3A4WA 1JZ2A 1IZJA 1V0MA 4CD7A 4H41A 4TOQA 4WKHA 5BYWA 1JZ5A 1JI2A 3M07A 4PUDA 4F79A 1CXFA 2ZIDA 3ZSTA 1ITXA 4NRRA 2VRKA 2WVUA 2BY0A 1E5NA 5C70A 6A3HA 1HKMA 1R7OA 3MSDA 3GXDA 1HXJA 2OSWA 4JFUA 4XUYA 3AXHA 2XTKA 3NYDA 4J27A 2CKSA 5EBAA 1UD2A 1JXKA 1OIMA 3UEQA 4PEEA 3AZSA 1SMDA 1JFHA 1JYNA 2WLYA 1JNEA 4AWEA 3CMJA 4PMOA 1RH9A 5C8BB 1W9UA 1E0VA 3UESA 1W3YA 2XFYA 3MANA 3N13A 2DH3A 1CB8A 2VZSA 3AYSA 3KL3A 1UD5A 4JZ5A 1UD8A 4KH2A 2W4XA 2D0HA 1VEMA 1EO5A 5ABEA 5GQBA 2EQDA 1NWTA 5A2BA 3UERA 1WDPA 1TG7A 5I79A 1ISZA 1SFSA 2VZUA 2VJXA 2X2YA 1CDGA 3ZO9A 1I1WA 1WZLA 2DIEA 3FXYA 1E70M 3TTYA 1FHDA 2OYKA 4UFIA 1EO7A 1B3XA 2J7DA 3OG2A 1WDQA 2VX4A 3VGBA 1GONA 4PTXA 3PTKA 4DWSD 4KGLA 4QLLA 2W91A 3ALGA 1P6WA 4P8XA 2CESA 3MU7A 2BNJA 2Y8VA 1MW1A 1UOKA 3SCPA 4IISA 5A6KA 3QHNA 1H5VA 1E72M 1ZL1A 2PWDA 5F7UA 3WBEA 3ARZA 1N7PA 3SCSA 1X1HA 2WHKA 2YJQA 1QNSA 2BY2A 2J8GA 4UQEA 3OA5A 3CPUA 2VX7A 2WMIA 3QGVA 5DF0A 8A3HA 3B9AA 4P8WA 3K4AA 2Y5EA 1KXQA 4AIEA 3BMWA 2WSPA 4PMRA 1QNQA 3RMEA 1KWKA 2WVVA 4PTMA 1CGXA 3QHOA 5D4YA 3AZRA 5LA1A 5LA0A 1G94A 4S3JA 1LL4A 1Z32X 4J3TA 1M03A 3DYMA 1QBBA 2YL6A 3AS3A 4AYSA 4DM1A 3SCVA 3D5HA 1BVNP 2ZUUA 5E6YA 3OGRA 1NWSA 3EDDA 5M3WA 5AC4A 4UFHA 5A6AA 2DGAA 4ZFMA 3WH8A 1GOKA 3N9KA 1M7XA 1QBAA 1PX4A 4YHGA 3ZJ6A 3BAJA 4BZYA 4W8BA 3BGAA 2BY3A 4E8DA 1RWAA 1LL6A 1IZKA 1NOFA 2XUCA 3CZLA 4P7QA 1FH8A 4WKAA 1LLOA 4P8VA 4L4OA 1AVAA 3B9DA 2D20A 3WNOA 2G3NA 1UD4A 2WZIA 2X09A 1VEOA 3PTMA 1UKSA 3CUHA 2C7FA 2PWHA 1ZBKA 4H7VA 3BC9A 3UG4A 1JDCA 5CLTA 2G3IA 1OSEA 2G8ZA 1HL9A 2BHUA 1V02E 4UZSA 5HXMA 3THCA 4KGJA 2YKKA 1UKOA 2V3EA 4DWSC 2JIWA 4DUVA 5I6SA 1W2VA 2CBUA 4GQRA 1ZBCA 2XJ7A 2AOSA 1GW1A 1OGBA 1C8XA 3VIJA 2O9PA 2W66A 3AIEA 1KBBA 2ESCA 1CPUA 1NM9A 3K46A 1PBGA 3IAPA 3AROA 1FH9A 2BVTA 3T0AA 3WFZA 4P7RA 4JL1A 2Y24A 3HMCA 2WBKA 1X1JA 4M1RA 1FP9A 2OSXA 3CHCA 3WUBA 2YL5A 2VURA 3VD4A 1R86A 1WZMA 2ZXDA 4E8CA 3NDYA 1GORA 1XYZA 3PZ9A 2W63A 1N7RA 4W84A 1CXEA 4UFKA 3L4YA 5IFTA 4GINA 3BLPX 4CGTA 1KQYA 5ECUA 1RWFA 1ODZA 3L2LA 4AZBA 2QLYA 3UR7A 2WK2A 4UOJA 3UG3A 3WD0A 1UD3A 2GJXB 1EHAA 4LPCA 2WVVB 1KGWA 3CZ8A 3TONA 3SEPA 1N7OA 3OLEA 2WC4A 3ARXA 4HPGA 2WWCA 4B3KA 1PZ3A 2NT0A 1VFMA 2WB5A 4URIA 3B9EA 4HZ8A 3MUY1 2DH2A 2WHMA 2OWCA 2RGMA 1M04A 3GBDA 5A6BA 1W3KA 1H49A 4D1IA 2XVPA 3GBEA 2XVGA 5ABFB 1GCYA 5E09A 1HM2A 2DSKA 3CZKA 4EANA 3VNZA 4ZE5A 5M03A 3AMGA 1TA3B 5IDIA 2J75A 1GJWA 1GQIA 4F8XA 5IXEA 5CPQA 5A6BD 1GQLA 4WF7A 1N7NA 4B9ZA 2E9LA 3ARYA 5CPTA 4J3UA 5KEZA 1VIWA 5DT7A 2DSWA 1ZB5A 1KB3A 2YOCA 5GNXA 1KGUA 3CIVA 3MKKA 1DTUA 5A1AA 2PC8A 3FNDA 3GZAA 3GH5A 4UQBA 3WD2A 3AMDA 2WWDA 3MSGA 4W89A 3F4VA 4X0VA 4AZIA 3VIKA 1E4MM 3ARSA 4W85A 5A8NA 1HIZA 4ML4A 3TTOA 4MAZA 4BQ3A 2GDUA 2EPLX 2UWFA 5A69A 2IXUA 2XSAA 3FW6A 3BXWA 4PRWA 5BXSA 1HKJA 3EDFA 1J9YA 4HMEA 3AS2A 3POHA 2HVMA 3PTQA 5D8WA 1E6SM 1U30A 3CTTA 2FGZA 2E4TA 1V08A 1XH1A 1F1SA 1B0IA 1E4IA 4QAWA 4W8LA 1MFVA 2VRJA 1AQMA 1LQ0A 4PMYA 1G01A 5FD0A 3O2LA 4H04A 5A8PA 1UQYA 1Q6EA 1VF8A 3APGA 2QPUA 3VVGA 1CGYA 2JE8A 2VVSA 3T09A 3T2OA 4J3SA 1TVNA 3WDRA 4A4AA 3SUTA 4JAWA 4HU0A 3VIOA 5HPCA 2NW0A 2WPGA 4FLOA 3BH4A 1JZ4A 2J7CA 3J7HA 1BYBA 1KCKA 1JF5A 5GPRA 1HKIA 4Z2JA 3U57A 3VM5A 4CD8A 2G4FA 1W1TA 4JCMA 3AHTA 1WKYA 1WDSA 5HPOA 4PMNA 4S3KA 3VIPA 3VX1A 5A6MA 3WUEA 4U31A 2XYLA 2X0YA 2J8FA 1I1XA 4HMCA 1JZ8A 3I3DA 1EH9A 4V2XA 1UKPA 5JIPA 4U3AA 3RCNA 1BVZA 4W7UA 5I78A 1KXTA 4J3VA 4MNMA 1LG1A 4MTVA 3QOMA 1HVXA 1J0HA 4CUCA 4W88A 4BQ4A 4OIFA 4CN6A 2WYSA 2CCRA 2VL4A 1DWIM 2E8YA 1FOBA 1LWJA 1E6ZA 1DHKA 3BSGA 3BLKA 3UCQA 3AIQA 2BRPA 4V28A 2V5DA 1OB0A 1JAEA 2EXOA 3IJ8A 3FN9A 3VD5A 1WP6A 3K8MA 3WEOA 3N18A 3OGSA 4M56A 5FCZA 3WELA 1GOWA 5HOSA 1NP2A 3AQUA 5FKYA 4WJXA 5EFFA 3FY1A 2OWXA 2J7BA 3SCOA 3PZVA 1LXKA 4W8AA 3WQ6A 1TFVA 1CXHA 4LYRA 4Z2GA 1S46A 1V3IA 4C7FA 5E0FA 3ARRA 2WCOA 3NDZA 4D6EA 1BAGA 5A2AA 2ZUTA 3U5YA 1N7QA 1UUQA 1VENA 1EGUA 1BYCA 3VDAA 2FDMA 1C7TA 1E6QM 2VCAA 4GI8A 4CKQA 1X6LA 2WLZA 5A8MA 3ARTA 1ISXA 1XGZA 3RILA 1J0JA 2WCAA 1RP9A 1DP0A 5BWFA 2D3NA 2J79A 1PAMA 5C71A 2Y8KA 1US3A 4OZOA 5EFDA 3ZIZA 2A3CA 3CUFA 3RM8A 5A6LA 2BRWA 4HA4A 4HTYA 4PMUA 3AIUA 1CTNA 2GVYA 1B9ZA 2D1ZA 5LA2A 1V0LA 3L4ZA 3BAYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1EQC A;  3VD3 A;  2VTF A;  2CEQ A;  3AIR A;  3QR3 A;  1GUV A;  1N82 A;  3HU7 A;  2WHL A;  1RWC A;  5KZ6 A;  4AXN A;  2V38 A;  4GXP A;  4AD2 A;  1TE1 A;  1MQR A;  4PMQ A;  1J01 A;  1PX8 A;  5DO8 A;  2Q8X A;  1V6W A;  5A6J A;  1O6I A;  3KL5 A;  2IUZ A;  3WL0 A;  2PF0 A;  4UOZ A;  2MAN A;  3GNO A;  3WBA A;  3ZR5 A;  1C8Q A;  4TVC A;  4DUX A;  1XD1 A;  3CO4 A;  2XWD A;  1ESW A;  1MW2 A;  4ZXO A;  1WDR A;  3AMK A;  1E3Z A;  1HJS A;  2YBU A;  2O9T A;  1UWR A;  3BAW A;  1XV8 A;  1JAK A;  3PZO A;  4W7W A;  1GJU A;  2CPU A;  3W81 A;  1B3Z A;  3GM8 A;  5IFP A;  1V3H A;  3L4W A;  4OUE A;  4N42 A;  5HDR A;  3U5U A;  4OBS A;  1CGV A;  5CGT A;  2CIT A;  5A94 A;  1WE5 A;  1E6R A;  1FA2 A;  2WHJ A;  3WD1 A;  1HT6 A;  3T2Q A;  1UWT A;  3K8K A;  1QPK A;  1DWG M;  1W1Y A;  1VFO A;  3AIV A;  1B3Y A;  4AD1 A;  1PX3 A;  3WF4 A;  2FH6 A;  1B31 A;  1X1I A;  1CEO A;  2VX6 A;  1JND A;  2VNC A;  2OLH A;  2O9R A;  2YBT A;  1XYF A;  3LMY A;  1NAR A;  2ZUW A;  3AIB A;  5I3D A;  2WSK A;  3W26 A;  1PIG A;  3MMU A;  1NP0 A; 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 4TX8 A;  1H3G A;  5E9A A;  2W5F A;  2XII A;  2EBN A;  2DSU A;  1CXL A;  1ISV A;  4RE3 A;  2VQT A;  3DYP A;  2Z1K A;  5I24 A;  1JG9 A;  1CIU A;  4PTW A;  1WB0 A;  1XSI A;  1BF2 A;  1UA7 A;  3CLW A;  5TD4 A;  4M81 A;  1MXG A;  4P8U A;  1H4P A;  3MUA A;  3VII A;  2ZUS A;  4JFW A;  2BXY A;  1GOM A;  2G3J A;  2CIP A;  3ZR6 A;  1HVQ A;  4JHZ A;  2WC7 A;  4AZG A;  2DSV A;  3RO8 A;  1JL8 A;  1E4L A;  4B16 A;  1KQZ A;  3N11 A;  4GO9 A;  2ZX7 A;  2XFF A;  2CHN A;  2XIB A;  4D6J A;  3AYR A;  1GOO A;  4PBG A;  1ITC A;  2GJP A;  1DWJ M;  1E6N A;  1TVP A;  1BG9 A;  2YL8 A;  1UR8 A;  1EHN A;  1LWH A;  1W1P A;  4YPJ A;  1QI0 A;  1J10 A;  1QNP A;  2YDR A;  2VVN A;  4NI3 A;  1E1F A;  1K9D A;  3WH7 A;  1TR1 A;  3AML A;  2AMG A;  4FLR A;  2Q1F A;  2QMK A;  1HNY A;  1W9P A;  2QF8 A;  2WVT A;  2CYG A;  3RM9 A;  3SCT A;  4JKL A;  4ACY A;  1XD0 A;  1J11 A;  3K4D A;  1BSI A;  2B31 A;  4CVU A;  3CUJ A;  3L4V A;  1ZS2 A;  3PBG A;  2BXZ A;  2D22 A;  1V3M A;  4RL3 A;  4PMZ A;  2XVN A;  4UNI A;  3WNL A;  1BYA A;  3W6M A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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