2WMJA

Crystal structure of the catalytic module of a family 98 glycoside hydrolase from streptococcus pneumoniae sp3-bs71 (sp3gh98) in complex with the b-trisaccharide blood group antigen.
Total Genus 213
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
213
sequence length
582
structure length
572
Chain Sequence
VDKRREINNEHPLLMMPLYANGEEFNQGKYTFWGGDTLTGKWENIPDDLKPYTVIQLHPDDLPKRDGAARDFYEHMLEEAAKYVNPKTGKNEPIPVILTVYTAGNMPYYTSAHWLSTSWIDKMYQKYPNLHGIFSTENYWIWANDIENKAADYLKVSAKNGGYFIWAEQNNGSAIEKAFGKNGKIAFQKSVDKYWKNLIFMFKNTPAAEGNDSTTESYMKGLWLSNHTYQWGGLMDTWKWYETGKWKLFASGNIGKSQGDRQWLTEPESMLGEEALGVYLNGGVVYNFEHPAYTYGVNNKESLLFSEVIKEFFRYVIAHPAPSKEKVLEDTKVFIHGDYSNKGNGKFFVNVNTDREQTPLYMTGRYNVIPAIPGVLKTDIQIKEITSPEFSSTQARKEYLNKLYPMNYEGDIFAQKLDNRWFVYNYKVNENVKQTGKLKFNSLEMNVEFEPHTYGIFERISNGLKVNLNNFRTNKDSLWSNAQDANQAKKLPQLTKKGAIKWIEEHYIKDTQFGEKRVTKIVLRGIDKLPTIHSLSGTNNSYDQPSLNFDQKNHMVTITINSNGNLEFELHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Differential Recognition and Hydrolysis of Host Carbohydrate-Antigens by Streptococcus Pneumoniae Family 98 Glycoside Hydrolases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords FUCOLECTIN-RELATED PROTEIN
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 213
structure length 572
sequence length 582
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-06-30
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.220.10 Mainly Beta Sandwich Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3 Polysaccharide lyase family 8-like, C-terminal 2wmjA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2wmjA01
3.30.2330.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich arginine biosynthesis bifunctional protein fold family 98 glycoside hydrolase 2wmjA02
1SMAA 1QW9A 5AC4A 2DT1A 4PUEA 2WWDA 3ZQ9A 2CBIA 4WSJA 4M80A 1W9UA 3AJ7A 3GXFA 3N04A 5A3HA 2CESA 4ZEPA 2CIPA 4HMDA 1MQRA 2DSWA 4TXEA 4PMVA 1EQPA 2RGLA 1E4MM 1ISVA 2CHNA 4FK9A 3L4TA 1E9LA 3WH6A 1FH7A 3SUWA 2WMJA 4UOJA 4BQ4A 1HMWA 1QNPA 1OD0A 2YA1A 3WFLA 3ARSA 3NDZA 1HJVA 2VX5A 4AIUA 3FHQA 1B3YA 2CPUA 1BF2A 1KR0A 2E0PA 3VIJA 2D20A 1UA7A 3THDA 3WBEA 2WPGA 4XZBA 2DIEA 4ZE4A 1WPCA 2VCCA 1CEOA 2NSXA 3W38A 2GVYA 3T0DA 1CGVA 1Q4NX 3WKZA 1JD7A 4P7LA 3L2MA 1VB9A 4W8LA 1BYDA 5CJ5A 2EJ1A 4DUWA 2J75A 1E71M 3U5YA 2XHYA 1PX3A 2W61A 3G6MA 2BHUA 4PBGA 1WAWA 3OLIA 1J0NA 9CGTA 1BHGA 1EO7A 1GQIA 2A3HA 5A8QA 5M3WA 3ARZA 3NCOA 4UTFA 1WB0A 1U2YA 3T0AA 3T09A 2C7FA 4ZENA 2PC8A 2XWEA 1UH4A 3L4VA 4MDPA 2GJXA 4TOQA 1JXKA 6CGTA 3EDFA 3SCTA 3MUZ1 4H41A 3CHDA 2W66A 4AIOA 2EPLX 5BRPA 1XSKA 4AD0A 3CUIA 1OT2A 1GVYA 4R27A 4QCFA 4V28A 4RE3A 4PTWA 1BFNA 3I3BA 4P7QA 4M82A 4N42A 2F8QA 3FHAA 2VR4A 1E4IA 1E3XA 3WUFA 1NM9A 4W86A 1JDCA 1YHTA 3IAPA 1GW1A 2YDRA 2J78A 1RWCA 2VZVA 2QHAA 2VX7A 3ARPA 2W63A 1MQPA 2WLZA 1GHSA 1W2PA 1XH1A 4HP5A 5IFPA 1PIFA 1LOHA 4RE2A 5FL1A 3ZSSA 4C7FA 2MANA 2VZSA 1ZBKA 5A6JA 2WKLA 2YDQA 2VTFA 3AHZA 3ALFA 1DEDA 2J77A 3M46A 2WC4A 3MSDA 4CCCA 4B3KA 3DYMA 2WCAA 1ISZA 1EOKA 1CXFA 2YA0A 3K1DA 3AMLA 2BXZA 4GO9A 4BF7A 4JCMA 1OM0A 4EE9A 3IJ7A 2J7HA 1CGTA 1KCLA 1TE1A 4U3AA 3MUIA 1KBKA 1VENA 1VF8A 3KL3A 1BPLB 3BGAA 2O9OA 1TR1A 3VIOA 2W91A 5C8BB 1MVYA 1QI3A 1IT0A 5ECUA 1HL8A 4QLKA 3HMCA 3VU2A 2G3JA 2X8RA 4OJYA 4GZIA 1W3YA 3WH8A 3K4AA 5FCZA 2XVLA 4FLOA 1PJ9A 3SCUA 4U33A 1ZS2A 4U5IA 3AXXA 4J3SA 1WDRA 2ZUUA 1CPUA 3KEHA 3W82A 4W85A 1XCXA 4S3JA 1BTCA 2EPOA 3CPUA 5A1AA 3GNRA 2ZUVA 5I23A 1X1HA 1UQYA 1V6VA 4AZBA 3WEOA 1QVBA 5E6YA 5A95A 3KL5A 5EBAA 4HA1A 5GPRA 1UD8A 4MB1A 1GNXA 2JIEA 1WZMA 2X0YA 1CGYA 2YJQA 1AVAA 1E0WA 1C7TA 1AMYA 4E8DA 5LA1A 1ITCA 4TTGA 1JI1A 3PTQA 2W4XA 4C7DA 4AD2A 2DIJA 3O9NA 2DDXA 3VILA 2WZHA 3QOMA 1OINA 3ARRA 3AFBA 3QHOA 1QNRA 1J9YA 4KMQA 3WUBA 4D6HA 4GZJA 5A8NA 3GXMA 3WUEA 4BS0A 1NWTA 2VCBA 2CYGA 1OBAA 2VO5A 3N12A 2OWCA 2GDVA 3SCVA 2WVVA 5A6BA 1PBGA 2QMJA 3MANA 4MDOA 1JXJA 4W5ZA 2WDAA 2J79A 4M81A 1HN1A 3OGRA 4GZEA 3WDQA 2XVNA 4H7VA 4CCDA 3S2CA 2A3AA 1Y7VA 4H8VA 5CPSA 3B8SA 1GOOA 1W1TA 1UD4A 1QI0A 1OIMA 3SCNA 1CNVA 1DWJM 4QLJA 1PX4A 4AEEA 1C92A 2QV4A 3WY1A 1JNEA 1QBAA 2Y24A 2E3ZA 1VEMA 3VIPA 4J28A 2Y2WA 3RILA 1ZBVA 1V3LA 4D72A 1JAEA 2HVMA 7A3HA 4ACZA 3AS0A 3VIKA 1EXPA 5IHRA 4JKLA 1FH9A 1CWYA 1J01A 3NIYA 1GOKA 3PZMA 1RD6A 3VMNA 1H2JA 4LPCA 2CERA 3WELA 1D3CA 3L4WA 2XYLA 4H8UA 1N7RA 5FD0A 3W6MA 3THCA 3WF1A 1US3A 2WMHA 2ZXAA 4W87A 1AQHA 1C91A 1C3FA 2YOCA 1MWOA 3ZIZA 3CZ8A 4JAWA 5C70A 4P8VA 4W8BA 3CZLA 3L4UA 2BY3A 1UWUA 1UH2A 1C8YA 3MUY1 3ZT6A 5KEZA 1HT6A 2FHCA 4MADA 1PZ3A 2ZUTA 1XSIA 3MO4A 4XZWA 5BRQA 3PTKA 3WIJA 2A3CA 1I1XA 1NH6A 1V08A 2X1IA 4B3LA 4FMVA 3WN6A 5A2CA 1MW2A 2V3EA 1ZBCA 3LMYA 1GHRA 1KB3A 5A8MA 4J3VA 3DHUA 4UQDA 2BY2A 1CZ1A 1CXLA 2BHYA 2D1ZA 2EBNA 4HZ8A 3VMOA 3NDYA 5HDRA 1W32A 2IXVA 5A2AA 1JDDA 1H49A 3ARXA 4GI6A 3AISA 1UR2A 3CZGA 5E9AA 2PF0A 4AD4A 2GJXB 4OOZA 3UG3A 3AYSA 2ZUWA 1CECA 3AHTA 3GH4A 3WNMA 2D3LA 1V0MA 1B3WA 4FLQA 1NWRA 1E4NA 4OIFA 1QBBA 1Q6CA 3RDKA 1HKMA 4XUYA 1XH2A 1V3HA 1JZ5A 1PIGA 4KRTA 3WD1A 1LQ0A 2ZXQA 1GPFA 4CD5A 1GQKA 2ZUMA 1JAKA 3DHPA 3U7BA 3IANA 3WD2A 1E0XA 4PMNA 4D71A 2VVSA 5CSUA 3BSHA 1BVNP 1EIBA 1CYGA 2OSYA 4AZ7A 2GJRA 2GJPA 1MYRA 3WF3A 1HIZA 4GQRA 5DEZA 5DMYA 2J7CA 4W5UA 3PZQA 2C0HA 1KCKA 4JIEA 3AROA 4UFKA 1C7SA 4JFVA 1E43A 3L4YA 2VURA 4XX6A 4P8UA 4F79A 1C82A 1GVIA 4MAVA 3W28A 2EPMX 2UY2A 1OIFA 3I3EA 5FOOA 1VFUA 5CGTA 2YL5A 4MNJA 1GORA 2PWGA 3BLKA 1QHPA 2J25A 3UEQA 2E22A 1H1NA 2NT1A 2XSAA 1XGZA 1RWAA 3BAKA 4EAMA 1KFWA 3CBWA 1JNDA 4BQ3A 3FY1A 5HPOA 5I5RA 4GIAA 4URIA 4NF7A 3N18A 1QI5A 2OYMA 3K8MA 3PZ9A 1V03A 1BLIA 4UQCA 4KRUA 4N0RA 3N11A 2JEPA 3WFZA 4V27A 1QHZA 2ZICA 1MFUA 3RPMA 4HTYA 3GM8A 5I0DA 1VIWA 3OZPA 2E8YA 1ZU8A 1UQZA 1X1JA 2DSUA 3UG4A 5BXTA 2W62A 3KZSA 5JBDA 2X09A 3OZOA 3GTNA 4AISA 3TTQA 4XV0A 4OBRA 3OLGA 4UOQA 3UESA 3WDJA 2VCAA 4TTUA 2E40A 3VX0A 1AQMA 1U30A 1W1VA 2EPNA 3MMDA 4LGXA 3ZT7A 2ZXDA 3AS3A 5D8ZA 1P6WA 2F61A 5JUVA 2FGLA 3MMUA 1X6LA 1FFRA 4Z2KA 2VQUA 5LA0A 1XCWA 3WUGA 4NRSA 1W3JA 3VGEA 4AY1A 1CXHA 1UH3A 2G8ZA 4JCLA 3VDAA 5DT7A 3I3DA 1W1PA 4Z2LA 2GSJA 1UUQA 4H04A 3VPLA 1G01A 3VNZA 3FW6A 2J8GA 2WZIA 3GBEA 5LA2A 1OGBA 1UKOA 2AOSA 1H3GA 3AHYA 3T08A 2WVVB 1HKIA 1FP8A 3W6LA 1F1SA 3HN3A 4RL3A 2J62A 1EGZA 3MKKA 3AZTA 2DPEA 1IZJA 1FA2A 1VFOA 2BRVX 2W67A 3B9EA 1GOWA 5E0CA 2OSXA 1QNQA 3AMCA 4QCEA 2VRQA 3APGA 3UCQA 2CKSA 1HNYA 2WCOA 1H09A 3FN9A 3T2QA 1MFVA 2WMGA 4MTVA 3ZR5A 1GUVA 1UR0A 3F5JA 1ZJAA 1V3KA 3SCPA 4M8UA 4ACZB 2XG9A 4W7UA 3WL0A 3BAJA 1KXTA 4CU8A 2PWDA 4J3UA 1ZJBA 2FHBA 4OBSA 5DT5A 5CLWA 4LQ1A 4DWSA 2IXUA 2QPUA 3WMBA 5ABGA 3NYDA 2YA2A 2X0HA 1H0GA 1UD2A 4UQ9A 1HP4A 1LG2A 1TVNA 3A4WA 1Z32X 1H41A 4NSBA 4U2ZA 4DUXA 2JE8A 2WBGA 4MNMA 5E70A 3TP4A 4TVUA 1QI4A 4EK7A 2WAGA 1N7QA 3W0KA 2ZWZA 4WK9A 1E6ZA 1ECEA 4B9ZA 2WC7A 2WWCA 1UWRA 4J3XA 1E56A 1KR1A 3OIHA 4HA4A 5A8PA 3SEPA 1LJYA 2C8NA 3W25A 2G3NA 2UWFA 2D23A 1GOIA 2DSVA 2YBTA 4A3YA 4AZ6A 2WM0A 1GQJA 4Q22A 3OA5A 4JFWA 5ABHA 2D0HA 3DC0A 1B3ZA 3RJXA 1JI2A 3BSGA 1KGWA 3WF0A 1V3IA 5CQ1A 2CXGA 1TA3A 2VNCA 1B9ZA 3CGTA 3CTTA 1E15A 1HM3A 2YKKA 2QPSA 3MV11 2BRPA 3LPPA 3DECA 3WEZA 1D7FA 2YIHA 3CH9A 1B1YA 2X05A 3ARQA 4AD1A 4PRWA 3WF4A 4B16A 1CXIA 4ZFMA 2B31A 2BNJA 2XUCA 2YL9A 2X2YA 3BCFA 1KXVA 1B31A 1W3LA 2WHLA 1OWQA 4JKKA 2ZX6A 1JFXA 2J8FA 3PBGA 4KH2A 1E6NA 3GDBA 3CHCA 3ZMRA 2J7BA 3AHXA 3VIGA 1XYFA 5DFAA 3ZJ7A 1CGUA 3AIBA 3W26A 4WJXA 3NJ3A 3HU7A 2WHMA 4Z2IA 3WNPA 4IUGA 3LPFA 4FF5A 4ZXOA 5BROA 1XC6A 8CGTA 1MW1A 2VOTA 6TAAA 3QR3A 2DT2A 3EDDA 1NQ6A 1LWHA 3L2LA 2V5DA 1ODUA 1FHDA 2E9BA 5FKYA 2PBGA 3CZJA 3K46A 4CD7A 1KBBA 3AHVA 1OCQA 1E4LA 1QOXA 1W3KA 1HP5A 4UCFA 4HOZA 7CGTA 2FH6A 4AZCA 2V3DA 4ATWA 2YL8A 1V6YA 3L4XA 3D5HA 4E4PA 2EEXA 1CIUA 4RE4A 4HOXA 2ZWYA 3AMKA 3VUPA 2Y8KA 2JF7A 1GZJA 2BVDA 2PWHA 2DT3A 4X0VA 2Y8VA 1JZ4A 5DO8A 5GNXA 1NWUA 4PMUA 3WQVA 3TTYA 1HKJA 3FAWA 1K9FA 3EMQA 3POHA 2EO7A 3RJYA 1OD8A 7TAAA 2VX6A 3VGGA 1TMQA 2WMIA 1W9BM 8A3HA 1MW3A 1DWFM 4J7RA 2WW5A 1UWSA 1DWAM 3PZGA 4M29A 2WMKA 5C71A 2O9RA 1Q6EA 4DUVA 4AZIA 1B2YA 4AWEA 2OSWA 4DM2A 4ACYA 3VNYA 1CXKA 2RGMA 1QI2A 2BVYA 2CKRA 4AMCA 5A6KA 1HN0A 3SUVA 4WKFA 3CUFA 2XFYA 3TA9A 4GINA 2DSKA 2CITA 5IXEA 2XTKA 2CHOA 1AQ0A 4PTVA 1HL9A 1M7XA 1HJQA 4DWSC 1GJUA 3J7HA 1LLOA 3CUJA 1G94A 3CHEA 3F5LA 2BV9A 4MPKA 4YHEA 1VJSA 2D24A 3QOKA 5AC5A 4HPHA 3GNOA 1N7OA 1UOKA 2PB1A 4LX4A 4F66A 4PMQA 4W7WA 3ALGA 4Z2JA 2CEQA 1HJSA 1R7OA 1E72M 5EB8A 4UFIA 1ESWA 4MB4A 5CSYA 1HVXA 1VEOA 3VTRA 4UQBA 5E0FA 5BXSA 2UY4A 5A6BD 2YLLA 3A3HA 2ZXBA 1XRVA 1Q6GA 4PSRA 3WL1A 4PYSA 3GXDA 1J18A 3IAQA 1WDQA 2WZEA 4MJ2A 4M1RA 1BYAA 3CZEA 1BSIA 4H2CA 1H0IA 3GXIA 2GUYA 1B0IA 2ZUNA 2G4FA 4UZSA 3EBVA 1JD9A 4YHGA 2DT0A 1J10A 3ZJ6A 3N15A 1HXJA 3WMSA 1XHGA 3WH9A 4UNIA 3AICA 1UZ1A 1RWFA 4D6DA 3WEMA 3VIHA 1OJMA 1OGSA 3VIIA 4Q7NA 5IFTA 2J74A 1FOBA 2DH2A 1E6XM 1BQCA 4JL2A 4CVUA 2XVGA 3S6TA 3UR7A 4E8CA 1OB0A 4HU0A 2YBUA 4DWSB 1HJXA 3WH7A 3WENA 4HZ7A 4MJ4A 4CN6A 2GK1A 4L4PA 3F4VA 5A6AA 4Z2HA 3GH5A 5AY7A 1V6XA 1QNSA 1F4AA 6A3HA 2O9PA 4HMCA 3SUSA 2BFGA 3O6AA 1W9PA 1ITXA 2J7FA 4Y7EA 3RO8A 4JKMA 2OWWA 4JZ5A 4D6IA 1EO5A 2BHZA 2D2OA 3PZIA 1W9DM 4ML4A 1UD3A 4WKAA 3KE0A 4UFLA 1KWGA 2HISA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1SMA A;  1QW9 A;  5AC4 A;  2DT1 A;  4PUE A;  2WWD A;  3ZQ9 A;  2CBI A;  4WSJ A;  4M80 A;  1W9U A;  3AJ7 A;  3GXF A;  3N04 A;  5A3H A;  2CES A;  4ZEP A;  2CIP A;  4HMD A;  1MQR A;  2DSW A;  4TXE A;  4PMV A;  1EQP A;  2RGL A;  1E4M M;  1ISV A;  2CHN A;  4FK9 A;  3L4T A;  1E9L A;  3WH6 A;  1FH7 A;  3SUW A;  2WMJ A;  4UOJ A;  4BQ4 A;  1HMW A;  1QNP A;  1OD0 A;  2YA1 A;  3WFL A;  3ARS A;  3NDZ A;  1HJV A;  2VX5 A;  4AIU A;  3FHQ A;  1B3Y A;  2CPU A;  1BF2 A;  1KR0 A;  2E0P A;  3VIJ A;  2D20 A;  1UA7 A;  3THD A;  3WBE A;  2WPG A;  4XZB A;  2DIE A;  4ZE4 A;  1WPC A;  2VCC A;  1CEO A;  2NSX A;  3W38 A;  2GVY A;  3T0D A;  1CGV A;  1Q4N X;  3WKZ A;  1JD7 A;  4P7L A;  3L2M A;  1VB9 A;  4W8L A;  1BYD A;  5CJ5 A;  2EJ1 A;  4DUW A;  2J75 A;  1E71 M;  3U5Y A;  2XHY A;  1PX3 A;  2W61 A;  3G6M A;  2BHU A;  4PBG A;  1WAW A;  3OLI A;  1J0N A;  9CGT A;  1BHG A;  1EO7 A;  1GQI A;  2A3H A;  5A8Q A;  5M3W A;  3ARZ A;  3NCO A;  4UTF A;  1WB0 A;  1U2Y A;  3T0A A;  3T09 A;  2C7F A;  4ZEN A;  2PC8 A;  2XWE A;  1UH4 A; 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