4D6FA

Crystal structure of a family 98 glycoside hydrolase catalytic module (sp3gh98) in complex with the type 1 blood group a-tetrasaccharide (e558a, x01 mutant)
Total Genus 215
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
215
sequence length
586
structure length
586
Chain Sequence
EVDKRREINNEHPLLMMPLYANGEEFNQGKYTFWGGDTLTGKWENIPDDLKPYTVIQLHPDDLPKRDGAARDFYEHMLEEAAKYVNPKTGKNEPIPVILTVYTAGNMPYYTSAHWLSTSWIDKMYQKYPNLHGIFSTASYWIWANDIENKAADYLKVSAKNGGYFIWAEQNVGSAIEKAFGKNGKIAFQKSVDKYWKNLIFMFKNTPAAEGNDSTTESYMKGLWLSNHTYQWGGLMDTWKWYETGKWKLFASGNIGKSQGDRQWLTEPESMLGEEALGVYLNGGVVYNFEHPAYTYGVNNKESLLFSEVIKEFFRYVIAHPAPSKEKVLEDTKVFIHGDYSNKGNGKFFVNVNTDREQTPLYMTGRYNVIPAIPGVLKTDKLKESVSSSRIQIKEITSPEFSSTQARKEYLNKLYPMNYEGDIFAQKLDNRWFVYNYKVNENVKQTGKLKFNSLEMNVEFEPHTYGIFERISNGLKVNLNNFRTNKDSLWSNAQDANQAKKLPQLTKKGAIKWIEEHYIKDTQFGEKRVTKIVLRGIDKLPTIHSLSGTNNSYDQPSLNFDQKNHMVTITINSNGNLEFELHFLEH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Towards Efficient Enzymes for the Generation of Universal Blood Through Structure-Guided Directed Evolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords GLYCOSIDE HYDROLASE
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 215
structure length 586
sequence length 586
ec nomenclature ec 3.2.1.102: Blood-group-substance endo-1,4-beta-galactosidase.
pdb deposition date 2014-11-11
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.220.10 Mainly Beta Sandwich Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3 Polysaccharide lyase family 8-like, C-terminal 4d6fA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4d6fA01
3.30.2330.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich arginine biosynthesis bifunctional protein fold family 98 glycoside hydrolase 4d6fA02
2CCRA 1X1NA 3K8KA 1UZ1A 3EMZA 2PWEA 5IFTA 3AIBA 3AXIA 3EDEA 4PMQA 1M03A 4FLOA 4U2ZA 1HX0A 4GQRA 3AZSA 2CYGA 2DH3A 4CCEA 3T09A 2WPGA 1XH2A 1QNOA 3VM5A 2WMIB 3AS0A 1CECA 3IJ7A 4AD4A 2BHZA 1UD3A 3MS8A 1E9LA 4FLQA 1QW9A 7CGTA 2ZX6A 5AY7A 4HA4A 2OWXA 2DT3A 1ESWA 4AISA 4D6IA 1QVBA 5IHSA 1H3GA 2HISA 1UKTA 1X1IA 1OJNA 1HJVA 3EDKA 4TXEA 1GOOA 1V6UA 4W93A 1CLVA 3AQUA 4OKDA 4U33A 3AIWA 3SUVA 4GI6A 5A8MA 4DUXA 2BHUA 2VR5A 2DPEA 4GKLA 6CGTA 4JFVA 1E55A 2QLYA 3M07A 1W3HA 4Z2LA 2D0GA 3TP4A 1FP8A 1OCQA 1V02A 3S2CA 3DHPA 1UD2A 4CVUA 3T2QA 1J18A 2ZUNA 2YA2A 1EO7A 1QI5A 1Z32X 3DECA 4PRWA 3THDA 3RJXA 3WMBA 3PN8A 4PN2A 5IHRA 2NSXA 2VX4A 2W91A 4LYQA 3AFBA 4GZJA 2Z1SA 3QHMA 1SYTA 2OSWA 4P7RA 2CIPA 4ZE5A 3WKZA 1E15A 1HM3A 2OSXA 3VD7A 1W3YA 4B9YA 1UWQA 1EOMA 1E72M 3VTRA 4JIEA 4W88A 1C8QA 5I2UA 2CBIA 1XGZA 2E9LA 2D22A 3DC0A 3WUFA 3E1F1 3ZSTA 1PEZA 3WDPP 2E8YA 2WKLA 1DHKA 4HPHA 1UWUA 3VOCA 9CGTA 3KE0A 3NSNA 5C70A 3AZRA 2W67A 3PTKA 2CETA 3FW6A 3PZNA 1FFRA 4Q22A 1H41A 2XUCA 4D6CA 4NSBA 1JZ5A 5BXRA 1C92A 5HOSA 4ZFMA 4MPKA 1NH6A 4M29A 1E6RA 2J62A 4C7FA 1W1YA 4TVDA 4DUWA 3PZOA 2XVGA 2FHCA 4AIUA 3OG2A 4R27A 4KGLA 1TE1A 3PZQA 4MDPA 4CCCA 1H11A 5ABHA 3AS3A 4LGXA 4OBRA 3VNZA 4GI9A 4J3UA 2NT0A 4A4AA 2W92A 3VMNA 1CPUA 4UQEA 4ZEPA 1N7RA 4BQ3A 5TD4A 2DT1A 4MB3A 4IISA 1HJXA 4GPNA 1OIMA 2D23A 1KFWA 3N18A 1E6ZA 4HMCA 2E22A 1I75A 1XYFA 1W3JA 2EPLX 2XSBA 2OYKA 2NW0A 3WH7A 1ODUA 1JGIA 3FAXA 1NM9A 1RP8A 3ZOAA 3OLEA 1UUQA 1B31A 1XC6A 3ALFA 1BTCA 4NRRA 1IT0A 3GXMA 2J7EA 1Q6EA 1W1VA 2Q1FA 3TA9A 1GOWA 1B3YA 4BQ5A 4A3YA 4FMVA 3ARXA 4MADA 1FHLA 5ABFA 4U3CA 1CIUA 2WVSA 1WDQA 2UWFA 3ALGA 4PYSA 1JL8A 4N0RA 2X05A 2XVKA 3AZTA 3VIFA 4ACYA 1WNOA 3AOFA 1MW1A 2AOSA 4TVCA 3NSMA 1KGXA 2WKGA 1DWHM 1W32A 1RP9A 1W9VA 1N7NA 2Y24A 1QHPA 3SCNA 5A6MA 2X8RA 4U2YA 1ISVA 1VFMA 3CZEA 3RJYA 3VINA 3UEQA 1XSJA 3EDFA 3K46A 1H4PA 3WNKA 4W85A 3T0AA 4YPJA 3MV11 2WC7A 3TTQA 1JIBA 4N42A 1AQ0A 4QLLA 3EMQA 2OWWA 2G4FA 1GOQA 1LG2A 2E40A 1PJ9A 4V28A 1VF8A 3PTMA 2XIIA 3PBGA 4QFUA 2BY0A 3CUFA 3OIHA 5BXTA 3CUJA 5A6KA 3VX0A 3SCPA 5A95A 1B1YA 2OSYA 4TTGA 1QBBA 1UOKA 1GONA 3VDAA 2V3FA 1KB3A 1JXKA 3ZSSA 5LA1A 5FOOA 1EHNA 1RH9A 5AYBA 3WD3A 1W1PA 4FF5A 2QHAA 4HOWA 3GBEA 5EFDA 3VGFA 2E0PA 3I3DA 4JFWA 2XFYA 1H1NA 1J0IA 1UR9A 4JAWA 2F8QA 3WDHA 1H09A 2Y2WA 2DIEA 1TUXA 3SUUA 3MMUA 1HN0A 3T08A 3UCQA 1EA9C 1CWYA 4JKKA 1UYQA 3NSXA 1PBGA 1CLXA 2WBGA 3VMOA 4UCFA 5FIPA 1NARA 6TAAA 3VDHA 4HTYA 4AZGA 3MUAA 3PZTA 3MUIA 2W62A 5A6BD 4JZ5A 3NCOA 4OBSA 1BYCA 1JDDA 3WQ6A 1BPLB 3D5HA 5I5RA 3F5JA 2E24A 3BAKA 1MW3A 3AHYA 1W91A 2DEPA 1UD8A 5BYWA 4TUFA 3VIHA 2J7GA 3VPLA 4ZENA 2WHLA 3VIMA 2BRWA 4OOZA 1LJYA 1UKOA 1PPIA 3WNOA 1I1WA 1HKJA 2O9TA 2CKRA 5A3HA 4WLCA 3CGTA 3ZT5A 3WFZA 4M82A 1HKKA 1GHSA 4C7DA 1UR2A 1EOKA 1FP9A 1V3MA 3G6LA 3WNPA 1E4MM 3ZJ6A 3TOPA 4NI3A 1KXTA 3T2PA 1E6NA 3PZIA 2CHOA 3L4ZA 1GOMA 1ISYA 1ZJBA 4MB1A 5I78A 1BQCA 1XCXA 3WF4A 1KXVA 3SCVA 1WCGA 4MNMA 5FL1A 2WMIA 2V38A 3AXHA 4S3KA 4F79A 1MYRA 4CD6A 2IUZA 3W4RA 4W8BA 1VEOA 3L4XA 3WDQA 1VB9A 1LL6A 4PMDA 2JE8A 5CLTA 1OB0A 1UD6A 1W3LA 4M24A 3BAWA 4E8CA 5AC5A 5ABFB 5CPTA 3ARRA 4JKLA 2GJXA 1E4NA 4LXFA 1U30A 1ITXA 3CUGA 2EO7A 2BS9A 2WAGA 3CO4A 2PC8A 1LL7A 1PX4A 4ACZA 1DWAM 4M81A 5CGTA 2YJQA 1DWJM 1GUVA 4MJ4A 4UZSA 1LWJA 2YDRA 3L4VA 3B8SA 1W9BM 4V2XA 4WK9A 1M01A 5E6ZA 1E4LA 1GOIA 4W5ZA 3BLPX 2A3BA 2X0YA 1H5VA 2BHYA 2WZIA 2PWFA 2Y5EA 3SUTA 2WXDM 2ZUUA 4AWEA 2V3DA 2ZXBA 5I0DA 2WWDA 1JAEA 4HOXA 1ZB5A 4Z2IA 3PTQA 3ZJKA 4KMQA 1CXHA 3ZQ9A 3AICA 1IV8A 4FLSA 3B9EA 3W26A 1CYGA 1E1EA 2XJ7A 3VGGA 2E3ZA 1GHRA 3OLDA 1UKSA 2WDAA 4PMUA 2VZTA 2BY2A 4GQQA 3SCSA 3VIOA 4Q7NA 1WZKA 5EBAA 5LYRA 2OYLA 1J9YA 3OGRA 1FOBA 2Y8VA 1B2YA 1FH7A 5CG0A 1OM0A 2VX5A 4U5KA 3GH5A 3GNRA 3ZJ8A 4Z2GA 4JHZA 1UR4A 2WC4A 3CHCA 1AVAA 1MW2A 4K68A 1D7FA 1C8YA 1HJSA 2PWHA 1B0IA 3PHAA 1WAWA 3VIJA 2J8GA 5IXEA 3WF0A 4P8UA 4ATWA 2DSVA 4HMEA 2W5FA 3AHTA 3GNOA 1N7OA 1QNQA 4JL2A 1PZ3A 2DSWA 3AMLA 4JCMA 2WMHA 1CEOA 5A8OA 1HJQA 4PMRA 2DDXA 1IZJA 1ZBWA 1H0IA 3WD1A 1J0KA 3VMPA 2J7HA 2VR4A 4XV0A 1UZ4A 1CBGA 1NP2A 5EMYA 1HJWA 1XH0A 3CUIA 2D3LA 4IPNB 3CMGA 1UH4A 2BXZA 3PZVA 3GH4A 2FDMA 4UOQA 3QHNA 2XPKA 3ECQA 5A6AA 1CGXA 3DYPA 3ZIZA 3SUWA 1U2YA 2VUYA 2UY2A 1W2VA 1KR1A 3II1A 2WSKA 1JI2A 1TVNA 4AZIA 5D9PA 3WD0A 5GNZA 1QHZA 4GZIA 4PTVA 2GUYA 1LG1A 2CKSA 3SCRA 3LPGA 1JI1A 2VZSA 4HA1A 5KZ6A 4L4PA 3VILA 1IZKA 3VVGA 3WDRA 5A8NA 4B3LA 4J27A 2EBNA 3VO0A 2V3EA 1UH3A 1HVQA 2XGBA 2VZVA 3AHZA 1XV8A 4CD5A 3AYRA 3VIGA 1E5NA 3DHUA 1LXKA 2WC3A 1EIBA 4D71A 3O9NA 2BV9A 4AD5A 4H41A 4UQ9A 4OOUA 3WNNA 5BCAA 2J78A 5D8WA 3WD2A 2VRKA 4HZ6A 3MUZ1 2GDUA 1JF5A 4PTWA 4F9DA 2GJXB 3ARWA 2CBVA 4A3HA 1B3XA 3BAJA 4B3KA 2G3IA 1MQRA 1E70M 4JKMA 4ACZB 3VD9A 1WO2A 1H49A 5E0FA 1A3HA 3LPOA 3AIEA 3MO4A 1GOKA 1WPCA 1WB0A 3W29A 4CU8A 4P7LA 3UG4A 2EPMX 3VU2A 1XH1A 3WUBA 3K4DA 1HL9A 3WQWA 1OJPA 1HVXA 1OJOA 3MV01 5FD0A 4U3AA 4HA3A 3WUGA 1NWRA 4UZUA 3PZMA 2PF0A 2DQXA 3CPUA 3M7SA 1UR0A 4ZE4A 2C7FA 1R87A 2JIEA 2XIBA 3O2LA 3WL1A 1FFQA 1CGUA 2CPUA 4AZ7A 1MVYA 5GNYA 3KEHA 1HF6A 4PTXA 1JD9A 3MKKA 4AMCA 3WH5A 4UQDA 1D2KA 1R7OA 1TMQA 2CNCA 5A6BA 1BAGA 2VC9A 1QBAA 1O6IA 3QHOA 1VFUA 5I3DA 3DYMA 4RE3A 1W3KA 3L4TA 3OB8A 1V3LA 2WCSA 4H2CA 3FY1A 4JHOA 4BZYA 3JUGA 3WEOA 4AW7A 1MXGA 5M17A 1LXMA 2PBGA 3G6MA 1RW9A 4Y7EA 3BLKA 3GM8A 1JYWA 2BXYA 3RIKA 2DT2A 1O7AA 3TTSA 2WMKA 5A6JA 5DO8A 4RL3A 4GO8A 1K6AA 2ZE0A 2DSZA 2ZUWA 1XHGA 1N82A 4AD3A 4J7RA 3WIJA 4BA0A 3W37A 2VRJA 3AXXA 1WDSA 2VTFA 5GQBA 4V27A 3MANA 4H8HA 1VENA 1VBUA 1WE5A 3GDBA 2X1IA 2GVYA 4PMYA 2WNWA 2WVUA 3LPPA 1BF2A 2J7BA 3U5YA 1E73M 1OT1A 2FH8A 3OZPA 1XYZA 2RGLA 1BHGA 1M04A 1CXEA 2IXVA 4ATDA 4OUEA 4Z2HA 2ZIDA 1JZ2A 3W82A 3WQ5A 2RGMA 2VNCA 4AZCB 3N1AA 2VURA 1V3JA 5I23A 1CTNA 1GQJA 2PI6A 2VI0A 3BSHA 1R7AA 3GXIA 2WCOA 1MW0A 1Q6GA 2ZX9A 3BH4A 1FH8A 3W27A 4D1IA 5BXSA 1BFNA 2VMFA 1X6NA 2E8ZA 2O9OA 2CBJA 4R5EA 1VRXA 1CXLA 3BGAA 4BCEA 4Z2JA 2D24A 2GJPA 2GJRA 1ZBCA 4GI8A 3J7HA 1ISZA 5JIWA 1ODZA 4LPCA 3APGA 2O9PA 4LX4A 4WSJA 1CXKA 4AXNA 2WHMA 3K4AA 3BAYA 2G8ZA 2ZUSA 4CGTA 1OSEA 3EDDA 4UFIA 1UA3A 4FK9A 4WJXA 1QI4A 1V08A 1WP6A 4QAWA 1TA3A 2VQTA 1JZ3A 4UTFA 3I3BA 1Q4NX 3CMJA 1C3FA 3AJ7A 4U31A 3K8LA 2D0FA 1VJSA 1I8QA 3GH7A 1YQ2A 2JF6A 2VZUA 1B90A 1CDGA 1LOHA 3KL3A 5M3WA 4WF7A 1L0PA 4TTUA 3SUSA 4JFTA 8A3HA 2YL9A 2OYMA 4M1RA 1W9UA 1J0YA 2BNJA 1KWKA 2FGLA 3A6OA 4AEEA 1K9EA 3SCOA 1UKPA 1V02E 3HN3A 4J3XA 4AD1A 3OLGA 3AS1A 2FHBA 1WDPA 2PWGA 5A2CA 3A4XA 1MFUA 4UNIA 3WH9A 3GZAA 2EEXA 4OIFA 3NDYA 1BG9A 3BAXA 3W0KA 1E56A 3AHVA 5HBFA 1GQIA 2G3NA 1PX3A 2VCBA 4IM4A 3QOKA 3QR3A 4KRTA 1JNEA 2EXOA 1E6QM 2Q8XA 4PMOA 2O9RA 3VNYA 3T0BA 1K9TA 1QNPA 2W66A 1F4AA 4AZ6A 4PMXA 2WM0A 2VCCA 2YDSA 1JFXA 3AIRA 1J10A 1QOXA 1V0NA 1OT2A 3L2LA 1JG9A 3WUEA 4UQCA 1UA7A 3T2OA 1TZ7A 1GJWA 2PB1A 1W9XA 1K9DA 4GZEA 1OGBA 3GTNA 1JD7A 4XZWA 2CHNA 1QHOA 3IJ8A 5CLWA 1E6SM 4UQAA 3CUHA 1HIZA 1CGYA 1KXQA 5FCZA 4MTVA 2WMGA 4W84A 4AEFA 3ZM8A 4NRSA 1CXIA 2WMFA 3OBAA 3AMCA 3VD5A 4XX6A 1E6XM 1F9GA 2ZWZA 4MDOA 4PMNA 3LPFA 1HKIA 1TG7A 2WVTA 3UR8A 1KBKA 1E40A 2XVNA 2C0HA 1ISXA 3RM4A 3N11A 2A3AA 1WZLA 2WZHA 3CHFA 3GYCA 2J77A 4MB5A 1V0LA 1JAKA 2YLAA 2J75A 5IDIA 1GORA 3U57A 1E0XA 1RWAA 2QPUA 4F66A 4AIEA 2UY5A 2VL4A 5GNXA 2JFEX 1L8NA 1ZS2A 2XSAA 2D0HA 4D6GA 3NDZA 4PSRA 4KRUA 1J0ZA 2YA1A 1CGWA 3CZJA 2DGAA 1QI2A 5CZKA 3CTTA 2ZXQA 5IFPA 3WELA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2CCR A;  1X1N A;  3K8K A;  1UZ1 A;  3EMZ A;  2PWE A;  5IFT A;  3AIB A;  3AXI A;  3EDE A;  4PMQ A;  1M03 A;  4FLO A;  4U2Z A;  1HX0 A;  4GQR A;  3AZS A;  2CYG A;  2DH3 A;  4CCE A;  3T09 A;  2WPG A;  1XH2 A;  1QNO A;  3VM5 A;  2WMI B;  3AS0 A;  1CEC A;  3IJ7 A;  4AD4 A;  2BHZ A;  1UD3 A;  3MS8 A;  1E9L A;  4FLQ A;  1QW9 A;  7CGT A;  2ZX6 A;  5AY7 A;  4HA4 A;  2OWX A;  2DT3 A;  1ESW A;  4AIS A;  4D6I A;  1QVB A;  5IHS A;  1H3G A;  2HIS A;  1UKT A;  1X1I A;  1OJN A;  1HJV A;  3EDK A;  4TXE A;  1GOO A;  1V6U A;  4W93 A;  1CLV A;  3AQU A;  4OKD A;  4U33 A;  3AIW A;  3SUV A;  4GI6 A;  5A8M A;  4DUX A;  2BHU A;  2VR5 A;  2DPE A;  4GKL A;  6CGT A;  4JFV A;  1E55 A;  2QLY A;  3M07 A;  1W3H A;  4Z2L A;  2D0G A;  3TP4 A;  1FP8 A;  1OCQ A;  1V02 A;  3S2C A;  3DHP A;  1UD2 A;  4CVU A;  3T2Q A;  1J18 A;  2ZUN A;  2YA2 A;  1EO7 A;  1QI5 A;  1Z32 X;  3DEC A;  4PRW A;  3THD A;  3RJX A;  3WMB A;  3PN8 A;  4PN2 A;  5IHR A;  2NSX A;  2VX4 A;  2W91 A;  4LYQ A;  3AFB A;  4GZJ A;  2Z1S A;  3QHM A;  1SYT A;  2OSW A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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