4D6GA

Crystal structure of a family 98 glycoside hydrolase catalytic module (sp3gh98) in complex with the blood group a-trisaccharide (l19 mutant)
Total Genus 224
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
224
sequence length
587
structure length
587
Chain Sequence
EVDKRREINNEHPLLMMPLYANGEEFNQGKYTFWGGDTLTGKWENIPDDLKPYTVIQLHPDDLPKRDGAARDFYEHMLEEAAKYVNPKTGKNEPIPVILTVYTAGNMPYHTSAHWLSTSWIDKMYQKYPNLHGIFSTESYWIWANDIENKAADYLKVSAKNGGYFIWAEQNSGSAIEKAFGKNGKIAFQKSVDKYWKNLIFMFKNTPAAEGNDSTTESYMKGLWLSNHTYQWGGLMDTWKWYETGKWKLFASGNIGKSQGDRQWLTEPESMLGEEALGVYLNGGVVYNFEHPAYTYGVNNKESLLFSEVIKEFFRYVIAHPAPSKEKVLEDTKVFIHGDYSNKGNGKFFVNVNTDREQTPLYMTGRYNVIPAIPGVLKTDKLKESVSSSRIQIKEITSPEFSSTQARKEYLNKLYPMNYEGDIFAQKLDNRWFVYNYKVNENVKQTGKLKFNSLEMNVEFEPHTYGIFERISNGLKVNLNNFRTNKDSLWSNAQDANQAKKLPQLTKKGAIKWIEEHYIKDTQFGEKRVTKIVLRGIDKLPTIHSLSGTNNSYDQPSLNFDQKNHMVTITINSNGNLEFELHFLEHT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Towards Efficient Enzymes for the Generation of Universal Blood Through Structure-Guided Directed Evolution.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords GLYCOSIDE HYDROLASE
total genus 224
structure length 587
sequence length 587
ec nomenclature ec 3.2.1.102: Blood-group-substance endo-1,4-beta-galactosidase.
pdb deposition date 2014-11-11
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.220.10 Mainly Beta Sandwich Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3 Polysaccharide lyase family 8-like, C-terminal 4d6gA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4d6gA01
3.30.2330.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich arginine biosynthesis bifunctional protein fold family 98 glycoside hydrolase 4d6gA02
1R7AA 3EMQA 3PZMA 1Z32X 1UH2A 4KMQA 1UWRA 3GXDA 4NSBA 4HA1A 1MVYA 1JYNA 4JL2A 3KL0A 3LMYA 4CKQA 4JKKA 3WNNA 2CERA 4TVDA 1Q4NX 4D72A 4MNMA 1HM3A 3O9NA 2J8GA 4B3KA 2DT1A 4ZXOA 3WDHA 4UOQA 4JFUA 3BMVA 1K9EA 1EQPA 5CLWA 2JF7A 4AEFA 4CN4A 1KR0A 5HPCA 9CGTA 2WWDA 4BQ2A 3NUKA 4HMEA 4OZOA 2OYMA 2YJQA 6TAAA 3W25A 1CGYA 3QHNA 1W2PA 1WDRA 3AIBA 3SCUA 3TOPA 1WDSA 3WMBA 2DSZA 5ABFB 4IM4A 4HMCA 4GO8A 1OIMA 2E9LA 4AD2A 1MXDA 5CSUA 3AYRA 1EGUA 1VJZA 1H5VA 4Z2KA 1J11A 3CTTA 1UR1A 4JHOA 1H4PA 3QHMA 2Z1SA 1J10A 1VAHA 4MJ2A 5IXEA 3T0BA 4W7UA 4K68A 1G01A 5GNYA 5DT5A 3ALFA 1KQZA 5A95A 4IUGA 3ARUA 2BVDA 4M1RA 2XGIA 4J3VA 4WK9A 4PMUA 3AMKA 3AZRA 1HN0A 3EDKA 4AEEA 2YLAA 4HOZA 3VGGA 3ZIZA 1VF8A 3WD4A 4U33A 3L4ZA 1V6UA 2XM2A 5E09A 1H0IA 2VZOA 2WVVA 1HKKA 3WQ6A 3VIFA 3VILA 1SMDA 5FKYA 4KWUA 3PTQA 1VBUA 4PMYA 3S6TA 2UY3A 2WVUA 1D7FA 1AVAA 2CBUA 4YHGA 3IK2A 5HXMA 2DEPA 2GK1A 2ZIDA 3I3BA 2VT0A 4MNLA 1KCLA 1PZ3A 3BLKA 1E6NA 4U5KA 1E5JA 1GZJA 2FGZA 4AWEA 1J0HA 3N04A 3UEQA 3FHAA 1E6XM 3WKZA 3L4UA 2PWEA 2OWXA 1OJMA 1JYWA 1NWRA 1UD2A 1WDQA 4S3JA 1C7SA 4PMRA 1R85A 4R5EA 3RM4A 4HPHA 3MSDA 1PAMA 5CG0A 2WYSA 1KXTA 3E1F1 2DIEA 1VENA 2VX7A 3W53A 4BA0A 2WMIA 2EPMX 2QPUA 2DSUA 3AXIA 1BG9A 1W3YA 2VX6A 4JAWA 4CVWA 2EQDA 1N7RA 1BVNP 1JYXA 1W1VA 3OA5A 3BMWA 4JFVA 3ARZA 3GYCA 2ZUMA 4WIWA 4TX8A 1H41A 3TTSA 3WL1A 5CXPA 1TA3A 3VO0A 1K9DA 1XSKA 3FNDA 1JAEA 3M46A 1HKIA 4WJXA 3UG4A 2D0HA 1KGXA 2DT0A 3A4XA 5LA1A 3AIVA 1GW1A 3WNOA 3JUGA 3ARQA 2J77A 1MXGA 1PX3A 1OJOA 1W3JA 2JEQA 3QOKA 4OBRA 4P8XA 3OGSA 2J7GA 4AD1A 3KE0A 4PMVA 1HMWA 1BTCA 5BRQA 5I6SA 1VEPA 3K46A 2E9MA 4Z2HA 2CEQA 2OWCA 3WQWA 4YHEA 1MW0A 1JXJA 1ZJBA 1V3MA 1M7XA 4AIUA 4KRTA 1XYZA 5E70A 1H11A 5FL0A 1E1EA 1D3CA 1E56A 1EO5A 2BXYA 2G3NA 3AI0A 3L2MA 1TVPA 3SCQA 3WEOA 3ZMRA 4QFUA 3ZT7A 4AXNA 4HZ7A 4ZE5A 2XPKA 5JIWA 3B9DA 1P6WA 1FA2A 2E8YA 3UERA 4C7FA 3CHFA 1CZ1A 4UTFA 4WLCA 3GXFA 4OJYA 5A6AA 3WUGA 4U2ZA 1E5NA 4FLSA 4HTYA 3AS2A 5EFFA 3SCWA 2YL9A 3CHCA 4JFWA 4PN2A 4W7WA 2CBVA 3UR8A 2D22A 4WKFA 2VRKA 5AC4A 3VIIA 1HP4A 1FP8A 2MANA 1G5AA 1H49A 4RE2A 3WY1A 2VRQA 1GUVA 2A3EA 4PMZA 1OBAA 2VZSA 4D6EA 1EHAA 3T09A 4A4AA 3CPUA 4D6HA 2XJ7A 2G3IA 1J9YA 3PBGA 4GKLA 1GPFA 3VIGA 4HZ6A 3BAKA 4UFKA 2IXVA 4HMDA 1I8QA 2DH3A 2G3MA 5KZ6A 3OG2A 5A2AA 3CH9A 3K8MA 1HNYA 2WHKA 1B0IA 3HJEA 4AZCA 3WF0A 3AMCA 1B1YA 3MV11 5D8ZA 5EBAA 1JFHA 1J18A 4P7NA 5D8WA 1TCMA 1W3HA 1K9TA 2XIIA 5BXRA 5JIPA 1UD4A 4RE4A 4L4OA 1V0LA 3NSXA 2QPSA 1E4MM 3CUIA 1PJ9A 4ZEPA 4PMXA 3BAIA 1H0GA 2OSYA 3WENA 2IXUA 4J3SA 2WZEA 2F2HA 4AD0A 6CGTA 2QMKA 3W26A 1QI4A 1ZBWA 4OIFA 1CXKA 1M53A 2VCCA 1QW9A 4BCEA 4GQRA 2CBIA 1HJXA 2VJXA 4Q22A 4CCEA 4PCTA 3OB8A 1RH9A 4HU0A 1NH6A 2QLYA 5C8BB 1KXQA 1KGWA 2YDRA 3A4WA 2RGMA 5ABEA 1UQZA 2PC8A 1B31A 3GBDA 4M56A 4AZHA 4CD4A 3W82A 1GORA 1DWJM 3VM7A 1GQLA 1DHKA 5CPSA 3WN6A 3N17A 4MAZA 3L4TA 1BLIA 1EIBA 3RPMA 3ZR5A 5JBEA 1C93A 3BSHA 1F1SA 5TD4A 1W2VA 1M01A 3WNLA 5IFPA 1NOWA 4WKHA 2CPUA 1V03A 2WZIA 1GCYA 1XH2A 4S3KA 4HOXA 1BF2A 3VDCA 2D0FA 3DHUA 4GI6A 1QBAA 2VX5A 3VGDA 2WC7A 1E0XA 4LQ1A 4CD5A 2WC4A 1XCXA 4JZ5A 2ZUUA 4OKDA 4ACZB 2C8NA 1BYAA 1E70M 1VFOA 1JFXA 4U5IA 4N0RA 2OSXA 2CBJA 4UQEA 4M8UA 4P8VA 4MJ4A 1JNEA 3VX0A 2X0HA 1CXHA 1HJWA 3W28A 1JZ2A 5CPQA 2EBNA 3SURA 4GZJA 3D5HA 1MW1A 2DSWA 5KEZA 2OSWA 1YQ2A 1Y7VA 1BYCA 1UWSA 2O9PA 4URIA 3VM5A 1DEDA 4PYSA 1E55A 3VX1A 1J0MA 2B31A 4D6FA 4GO9A 1FH7A 1E6RA 3KWXA 3ZT6A 3MMUA 1N7NA 1RWCA 4NI3A 4X0VA 3T0AA 4FK9A 2V3EA 1HIZA 1LXMA 4DM1A 3RM9A 3CIVA 3WQ4A 1CGTA 2VNCA 2YA2A 2VI0A 3WSUA 1HL8A 2CNCA 4Q7NA 3N9KA 1DWIM 2CITA 1F9GA 1MQPA 1CGUA 3M6DA 2BVTA 3IJ9A 3AIQA 3ARYA 4W88A 1E72M 2D23A 1EOKA 1XH1A 1V02E 4B16A 2BXZA 5GQBA 2NT0A 2HVMA 4X0NA 3WDQA 3W6MA 2CHNA 1UKSA 5BROA 4EAMA 4QAWA 2O92A 3CUFA 1KQYA 3OLIA 5CLTA 4OBSA 2V38A 3B9AA 4E8CA 3KEHA 3OBAA 5A1AA 1KR1A 1FHLA 2UY5A 4FMVA 4EANA 1GHRA 3FAXA 2F61A 4MTVA 3AIEA 2VURA 2D24A 3SCTA 3RCNA 2XHYA 4OOZA 2CYGA 2W63A 3W0KA 5I3DA 1XSIA 4GIAA 1GJUA 1E71M 4IPLA 1R7OA 5JBFA 2FHFA 3VD4A 2JE8A 4V28A 3RILA 2WVSA 3WEZA 2VMFA 1E0VA 1H2JA 3HMCA 4W8BA 1HJSA 4CU8A 1K9FA 4CCCA 3L4XA 1OB0A 1W9XA 1W1YA 2XVGA 2W66A 2QMJA 3BXWA 4CD8A 1B3ZA 3VD9A 4AZ6A 1QI5A 3AHXA 3F5KA 4UFLA 4CVUA 3UG5A 4H8HA 1V3HA 2TAAA 1LWHA 3ARPA 3WDIA 3MV01 2PBGA 1IZJA 4PSRA 1BFNA 1US2A 1W3LA 5LYRA 2EXOA 3CZLA 3L4WA 1CDGA 1B2YA 3OLGA 1AQHA 2V5DA 3F5JA 2AOSA 3MANA 1GHSA 3SCOA 1Q6EA 3AFBA 2J47A 4W5ZA 2XFRA 3PZ9A 1J0YA 1NP2A 2XGBA 1CXIA 1KWGA 4P7RA 1UD6A 4W85A 2ZX8A 5CGTA 4A3YA 1V6VA 3AS0A 3PTKA 1ODUA 2VVNA 2PWDA 1PX8A 5E9AA 4HU8A 3FAWA 3OLEA 4LYRA 5IHSA 3WIJA 2BFGA 2BS9A 2ZUSA 1RW9A 4XX6A 2X05A 3SIMA 3ZO9A 3LPPA 2ESCA 4TUFA 4UNIA 4D1JA 4D6CA 1UWQA 3OZPA 2XIBA 3VIKA 1E4NA 1YHTA 5BRPA 2VQUA 3FY1A 3K4DA 4M24A 4M82A 3AIRA 2V3GA 2JFEX 2CCRA 3BAWA 1JXKA 4IISA 1C82A 4PRWA 1X1IA 3WELA 4CCDA 1JGIA 1HVXA 5I78A 1G9HA 4AW7A 1UD3A 4B9ZA 1JG9A 4DUVA 1L8NA 4PMOA 2O9OA 1CXEA 1JF5A 2VTFA 2G8ZA 3WDRA 3ARVA 1CGVA 2CHOA 3MMWA 5D9PA 3TTQA 4L4PA 2JALA 4AC1X 2XYLA 2WWCA 4EK7A 1E3ZA 1QBBA 1E1FA 1CENA 3MO4A 2YL6A 5AYIA 4WF7A 4BQ4A 2ZWYA 3K8LA 1CGXA 7A3HA 1HT6A 1OT1A 1GJWA 3FW6A 4J3XA 1C90A 2EPLX 1GOIA 1NQ6A 2GJXA 3O6AA 3AMLA 2QF8A 4WKAA 5BXTA 3GM8A 4X9YA 3AHTA 5GNXA 3AS1A 4EKJA 2WMKA 1JL8A 5FIPA 3W4RA 4A3HA 3ZSSA 3APGA 1R87A 1NARA 5C70A 5IHRA 4JFTA 1BGAA 2EPNA 1UHVA 3GDBA 3WUBA 4W5UA 1R8LA 3SUWA 4HPGA 3VMNA 3ZJKA 1UZ1A 1PZ2A 1UYQA 2QV4A 3VD5A 1ZJAA 3ARSA 2V5CA 3CZGA 5GPRA 4UFHA 2CIPA 1QHPA 4PTMA 1KXHA 5CJ5A 3M07A 2ZUVA 1OIFA 1J0ZA 2PBOA 3IJ7A 1ISVA 3CZEA 3TTOA 3VU2A 1H09A 4J3UA 1WPCA 4P7QA 2DH2A 2BHYA 4MAVA 4AIEA 4U3AA 2WVVB 4MB1A 4KGJA 5I2UA 2GJPA 3WUFA 3PZOA 3ZJ6A 2X2YA 4XB3A 3ARTA 4MPKA 2YLLA 3II1A 1RWFA 3OIHA 1SMAA 4RE3A 3WH5A 3ZR6A 2YL5A 2GK1B 1OINA 5A2BA 4JFSA 4JCLA 3CUGA 3N12A 1XCWA 3HU7A 3FN9A 5AC5A 3AS3A 3WQ5A 2BY2A 2A3AA 1E3XA 3UESA 1W1TA 3VDBA 5GNZA 5BCAA 4CD7A 1OGGA 4D6JA 2O9TA 1UH4A 2NT1A 3AXHA 4JCMA 4ZXLA 3T08A 2VZVA 3VNZA 1BYBA 1E40A 3HN3A 4QLLA 1LJYA 4MB4A 3KL5A 3OGVA 1CYGA 3BLPX 2WMIB 3SUVA 3CUJA 3B9EA 1TVNA 4XV0A 5M03A 4NRSA 3N1AA 2ZXQA 3VGBA 2AAAA 2Y2WA 3NIYA 1CEOA 4E8DA 4NRRA 3WNMA 1EDTA 1LL7A 1RWAA 3TONA 1HJUA 5A8NA 5A94A 3B8SA 3MUY1 3CBWA 1W1PA 3A47A 1TA3B 1HM2A 1OT2A 3WD0A 4GQQA 1QW8A 1HKMA 5E6ZA 5ABGA 2PI6A 2ZWZA 1E9LA 2WLZA 1QI0A 1CLXA 2ZICA 1BQCA 1WB0A 1MQQA 2IUZA 2WMFA 3GH5A 4W89A 4UFMA 3WD2A 3DHPA 1BVZA 2WANA 3WDJA 1LF1A 3EMCA 1CXLA 4TVUA 3U5YA 3EYPA 1QNQA 1V0KA 2EO7A 2WBGA 3W24A 3THDA 4HA3A 1DWFM 3NSMA 3NSNA 3GNRA 1ISWA 2DT2A 3GXIA 3VPLA 3OZOA 1UH3A 4AZGA 2Y8KA 4GXPA 2J74A 1AQ0A 4JKLA 1DWGM 3KZSA 1J01A 3WD1A 3TTYA 1MFVA 3MS8A 4AD3A 4TTUA 1RD6A 3IANA 1W9BM 4E4PA 5IDIA 1ZS2A 2DT3A 4P8WA 2XSAA 1M04A 1LL6A 2F8QA 1UR4A 2E4TA 3S2CA 5FL1A 4UCFA 1N7PA 4U2YA 2XVPA 3SCRA 2X1IA 5BXSA 3WFZA 1EDGA 4ACYA 2WMJA 1B3YA 2CKSA 1CBGA 3VIJA 1FH8A 2FH8A 1HN1A 3ARRA 3SUTA 3AICA 5FD0A 2WLYA 4PTXA 1Q6CA 5A8MA 2W67A 1LG2A 3AHVA 5A6BA 1XV8A 2G3JA 1CNVA 4J7RA 1XSJA 3BCDA 2E3ZA 4F66A 2W4XA 2ZX7A 1J12A 3LPGA 1Q6GA 5A6SA 2YBTA 1MFUA 2X09A 1NP0A 2VRJA 4AZCB 2E8ZA 2HISA 2VX4A 3WEMA 1EA9C 4W86A 3EBVA 2E24A 2G41A 4B15A 2VO5A 2WCGA 3GXMA 1UKQA 4MDPA 4UR9A 2BRPA 3WBAA 1C8XA 4XZWA 2Y8VA 3NDZA 4CD6A 4AISA 1JDDA 1E6QM 3WQ8A 3W27A 1VEMA 2YA0A 4PMDA 3BCFA 3TP4A 1BYDA 1TMQA 1PBGA 1BGGA 4PBGA 2J7CA 3VGHA 4UOJA 5DF0A 1WNOA 3ARWA 3FXYA 1S46A 1W9PA 1OSEA 2OLHA 2FGLA 4YPJA 1JYVA 1TFVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1R7A A;  3EMQ A;  3PZM A;  1Z32 X;  1UH2 A;  4KMQ A;  1UWR A;  3GXD A;  4NSB A;  4HA1 A;  1MVY A;  1JYN A;  4JL2 A;  3KL0 A;  3LMY A;  4CKQ A;  4JKK A;  3WNN A;  2CER A;  4TVD A;  1Q4N X;  4D72 A;  4MNM A;  1HM3 A;  3O9N A;  2J8G A;  4B3K A;  2DT1 A;  4ZXO A;  3WDH A;  4UOQ A;  4JFU A;  3BMV A;  1K9E A;  1EQP A;  5CLW A;  2JF7 A;  4AEF A;  4CN4 A;  1KR0 A;  5HPC A;  9CGT A;  2WWD A;  4BQ2 A;  3NUK A;  4HME A;  4OZO A;  2OYM A;  2YJQ A;  6TAA A;  3W25 A;  1CGY A;  3QHN A;  1W2P A;  1WDR A;  3AIB A;  3SCU A;  3TOP A;  1WDS A;  3WMB A;  2DSZ A;  5ABF B;  4IM4 A;  4HMC A;  4GO8 A;  1OIM A;  2E9L A;  4AD2 A;  1MXD A;  5CSU A;  3AYR A;  1EGU A;  1VJZ A;  1H5V A;  4Z2K A;  1J11 A;  3CTT A;  1UR1 A;  4JHO A;  1H4P A;  3QHM A;  2Z1S A;  1J10 A;  1VAH A;  4MJ2 A;  5IXE A;  3T0B A;  4W7U A;  4K68 A;  1G01 A;  5GNY A;  5DT5 A;  3ALF A;  1KQZ A;  5A95 A;  4IUG A;  3ARU A;  2BVD A;  4M1R A;  2XGI A;  4J3V A;  4WK9 A;  4PMU A;  3AMK A;  3AZR A;  1HN0 A;  3EDK A;  4AEE A;  2YLA A;  4HOZ A;  3VGG A;  3ZIZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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