4D6GA

Crystal structure of a family 98 glycoside hydrolase catalytic module (sp3gh98) in complex with the blood group a-trisaccharide (l19 mutant)
Total Genus 224
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
224
sequence length
587
structure length
587
Chain Sequence
EVDKRREINNEHPLLMMPLYANGEEFNQGKYTFWGGDTLTGKWENIPDDLKPYTVIQLHPDDLPKRDGAARDFYEHMLEEAAKYVNPKTGKNEPIPVILTVYTAGNMPYHTSAHWLSTSWIDKMYQKYPNLHGIFSTESYWIWANDIENKAADYLKVSAKNGGYFIWAEQNSGSAIEKAFGKNGKIAFQKSVDKYWKNLIFMFKNTPAAEGNDSTTESYMKGLWLSNHTYQWGGLMDTWKWYETGKWKLFASGNIGKSQGDRQWLTEPESMLGEEALGVYLNGGVVYNFEHPAYTYGVNNKESLLFSEVIKEFFRYVIAHPAPSKEKVLEDTKVFIHGDYSNKGNGKFFVNVNTDREQTPLYMTGRYNVIPAIPGVLKTDKLKESVSSSRIQIKEITSPEFSSTQARKEYLNKLYPMNYEGDIFAQKLDNRWFVYNYKVNENVKQTGKLKFNSLEMNVEFEPHTYGIFERISNGLKVNLNNFRTNKDSLWSNAQDANQAKKLPQLTKKGAIKWIEEHYIKDTQFGEKRVTKIVLRGIDKLPTIHSLSGTNNSYDQPSLNFDQKNHMVTITINSNGNLEFELHFLEHT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Towards Efficient Enzymes for the Generation of Universal Blood Through Structure-Guided Directed Evolution.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords GLYCOSIDE HYDROLASE
total genus 224
structure length 587
sequence length 587
ec nomenclature ec 3.2.1.102: Blood-group-substance endo-1,4-beta-galactosidase.
pdb deposition date 2014-11-11
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.220.10 Mainly Beta Sandwich Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3 Polysaccharide lyase family 8-like, C-terminal 4d6gA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4d6gA01
3.30.2330.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich arginine biosynthesis bifunctional protein fold family 98 glycoside hydrolase 4d6gA02
4UTFA 1PIGA 4DWSC 4M24A 5EBAA 4D6EA 1HT6A 2RGMA 1BLIA 5GPRA 4PMVA 3W37A 2A3CA 2W63A 4IUGA 2ZWYA 1VENA 1ZS2A 4RE2A 2Z1SA 3W53A 1C90A 1BTCA 1LWHA 1W3KA 1CGXA 2D3NA 1CGVA 2JFEX 1JZ4A 2WHKA 3ZJ8A 2WM0A 2XVLA 3T2OA 3TTSA 3WUEA 3CUHA 2AOSA 3WQWA 1HL8A 2ZXAA 2EXOA 1GOWA 3ZOAA 2WDAA 1XV8A 2GK1A 1MYRA 1E1EA 3CHFA 3N11A 1BSIA 1ITCA 2CCRA 5I3DA 1XC6A 2A3EA 1GHRA 3KL3A 1W9XA 1KXVA 5HBFA 4CGTA 1US2A 1OIMA 5E09A 3VDBA 5JUVA 3ARZA 5BWFA 1CTNA 4ZE4A 3WNOA 2XFRA 2VO5A 1MXGA 4F8XA 1C3FA 4J3WA 1OD8A 3T2PA 1KQYA 4AZGA 1HKKA 1H1NA 3VX1A 1TR1A 1E0XA 3VD4A 3PZMA 1GORA 4XB3A 4M1RA 4TXEA 2WB5A 3RO8A 2V38A 2ESCA 1UZ1A 1W3JA 1VB9A 2XSAA 3OLIA 1MW2A 5DEZA 1GQLA 2PWHA 1QOXA 2GJPA 4EAMA 3BCFA 3ZIZA 4UZUA 1UD6A 2VR5A 1B2YA 3BMWA 3MSDA 1HKMA 3EMQA 4PEEA 3SUSA 3AHZA 1C92A 1QI2A 1QHZA 1V6WA 4N0RA 2CNCA 4HMDA 3VIPA 2VZTA 3G6LA 1J0KA 3WIJA 3IAPA 3ZMRA 1MXDA 3CUGA 4P7NA 2F8QA 1JFXA 5AYIA 1EO5A 1UKQA 1QNSA 4PMUA 1E0WA 4PMQA 2JEPA 3NSNA 3TTQA 4XX6A 3RM4A 3W25A 4J28A 4W88A 1E4NA 2PWFA 1LLOA 1EQPA 1HKIA 3AIBA 3WFZA 3MUAA 3CUFA 4OJYA 2EPLX 1ODUA 2VR4A 3BLPX 2DSWA 1KXTA 3BGAA 2DSKA 1E15A 3GZAA 1J0HA 5A6MA 1JF5A 5KEZA 1FP9A 4X0VA 1VJSA 4P8XA 1UZ4A 2CKSA 2BV9A 3ARPA 1NWTA 1L8NA 5I77A 8CGTA 4L4PA 2GJRA 2J79A 2XGBA 2WVVA 1M03A 3IAQA 4TTUA 3JUGA 1DWHM 4JFUA 4UOZA 4J3TA 3ARRA 3O2LA 4RE3A 2VVNA 2WVTA 1B3YA 3OZOA 3PTQA 4GQRA 1QNQA 4OBSA 1RH9A 5A6BD 1B30A 3ARXA 3RMEA 7A3HA 4NI3A 4D6GA 2TAAA 3ARWA 1DWGM 2WZHA 4DWSB 2YLAA 4D6IA 1XYZA 4KH2A 3BAYA 3M46A 1BYBA 4UOQA 1PAMA 1BF2A 3VGHA 4JKKA 2DT3A 3AIQA 2V5DA 3L2MA 1UD5A 1JZ7A 2BFGA 3AMGA 3NSMA 1MFUA 2J77A 1W9VA 2J62A 4PTXA 1V3JA 2GSJA 3M07A 1K9DA 4V2XA 2YLLA 3VIHA 1H41A 2WLYA 3AROA 2ZXBA 3N12A 3N04A 1OSEA 4OKDA 4FF5A 4HU8A 2CPUA 3GXDA 1Q6DA 3RM9A 4EANA 4ACZA 3SUVA 5ABGA 2WVVB 5JBDA 2E8ZA 1KGXA 5CPSA 2DT1A 3MV11 2Y24A 4AIEA 3U57A 4HP5A 1MWOA 3PZQA 4GKLA 4PUEA 5A2AA 3I3DA 3CHCA 2XM2A 1JD7A 2W62A 4AZ5A 4E8DA 1R7AA 3FAWA 2BHZA 3VIGA 1E0VA 1X1JA 4U5IA 4J3XA 3AHTA 1KQZA 4HPHA 4MB4A 1DWAM 3BAXA 1BHGA 3CHDA 4M29A 4AEFA 3W81A 1EH9A 1GZJA 3VM5A 1GONA 3RM8A 1UD8A 3CIVA 1H0GA 2XSBA 5I2UA 3ZR6A 1IT0A 1JFHA 1VFFA 2WVSA 1J0JA 3ARUA 1FHLA 3BAIA 1E72M 1CXFA 2CHOA 2GJXA 4JCLA 1HJVA 2EPOA 4FLQA 1ZBWA 1M7XA 5CXPA 1US3A 2FGZA 2Y8KA 1E70M 1JF6A 1MVYA 3WMSA 1R86A 1H3GA 1B3WA 1E6ZA 2W5FA 4DWSD 1HVXA 1PPIA 2O9OA 1UD3A 3GXIA 3GBEA 4BA0A 3N1AA 1UR2A 1UR9A 2XIIA 4B3LA 2WMIA 1NOFA 2WKGA 1W3LA 4H8HA 2VNCA 2XG9A 3EDDA 4M81A 1MQRA 3VNYA 4U3CA 1UD4A 5CGMA 4LGXA 4QFUA 3KZSA 4J7RA 3CGTA 1H2JA 3VNZA 3BMVA 2ZUNA 2WAGA 1V6UA 1CWYA 5I23A 4C7GA 1CLXA 3VDAA 5E0CA 4H41A 2CEQA 3K8KA 1OM0A 1K9EA 4UFIA 1CBGA 2UY5A 4AW7A 4MADA 1EIBA 4JFSA 2XYLA 1E3XA 4E4PA 4BS0A 1DHKA 3VINA 4ATLA 2E24A 4CD4A 3PZOA 3HU7A 3WL1A 3L4XA 3N17A 3WBEA 1V02A 2VRQA 3SCRA 3CBWA 3M6DA 5EMYA 3TP4A 1JG9A 1JI1A 1GQIA 1XCWA 3ARQA 4TVCA 4MAVA 4UFJA 3GH7A 2CBJA 1E5JA 3QR3A 4PBGA 1ISZA 2OSXA 4TX8A 2V3DA 1FHDA 3AZRA 1F1SA 2E40A 1C7SA 3FW6A 1HM2A 4CU8A 2UY4A 1V3IA 2VCAA 3WUGA 4LXFA 1U30A 5CSUA 1E6SM 2VMFA 2D2OA 4LQ1A 4XZBA 3U5UA 3L4WA 5A6KA 3LPGA 3ARSA 1NWUA 3BAJA 3WH7A 1OGSA 1UUQA 1VF8A 2VOTA 1N7PA 2VL4A 1NP0A 5CZKA 5I78A 2BXZA 5JBFA 2J4GA 4HTYA 1UWIA 2V3GA 4BCEA 3F5LA 4CVUA 3ARTA 1LJYA 1DEDA 1CGTA 2J7HA 3EMCA 2IXUA 4ACYA 1TA3B 4DUXA 2ZXDA 4AZIA 5E9AA 1BGAA 2BVDA 5C71A 3WH6A 3WF4A 1V0KA 4U3AA 4GZJA 2QF8A 3CZGA 1ZBVA 1I1WA 5KZ6A 3AS1A 2WCAA 4L4OA 2RGLA 2UY2A 5D9NA 2QV4A 1W1PA 3W0KA 3WUFA 5TD4A 2X0HA 3WNLA 1JAKA 2ZICA 3VM7A 5CQ1A 4CVWA 2ZE0A 4HMEA 1VJZA 2C8NA 3SUUA 1WDPA 3CZKA 4P7QA 4NZCA 1UWQA 1TZ7A 4JHOA 1V3KA 2D1ZA 3VMOA 1KXHA 3HN3A 5JBEA 5LA1A 4Z2KA 2ZUUA 4S3KA 4AWEA 3WDJA 3W6MA 2F61A 1JZ3A 1W1TA 1V0MA 2ZX7A 3GNOA 3VX0A 1JZ6A 1TVNA 1BG4A 4F66A 1E4IA 2E0PA 2VI0A 2DPEA 2WHJA 4QP0A 3U7BA 3WENA 1BQCA 1KGUA 2VRJA 3WDIA 3PZGA 4MDPA 4CN4A 4PMNA 3W82A 3AIRA 1JNDA 1JI2A 1HJWA 2WCSA 1OGGA 1UD2A 1UWRA 1DWJM 3HMCA 2VC9A 2E8YA 4AZBA 1K9TA 2DDXA 1H5VA 1I75A 2NT1A 4WK9A 1XH1A 1VBUA 3T0BA 5HOSA 1PZ3A 4CD8A 1PX3A 4CKQA 3PZVA 3T0AA 3QHNA 5DMYA 1SMDA 2WSKA 3BSGA 4AZHA 1GUVA 1ZBKA 2XVNA 4GINA 4J3SA 1HP4A 3W24A 4RL3A 3WKZA 4JFTA 3N18A 4UZSA 3VPLA 4MNKA 4MB1A 1WZMA 2J47A 4P8UA 5A6BA 1UH2A 4RE4A 3UETA 3CZEA 7TAAA 3MANA 4DUWA 1QBAA 1CZ1A 1VEOA 4U33A 2E9MA 3CUJA 1GHSA 2AMGA 1QW8A 1QVBA 5HNNA 3VIFA 3M7SA 1YHTA 1TE1A 3OZPA 1XSKA 4J27A 3TA9A 1EDTA 1QNRA 1U33A 4KWUA 1LL6A 2EPMX 4KGLA 1HL9A 3NDYA 4UFHA 2QPSA 2J7CA 1GQJA 1W3YA 4HMCA 3N15A 1LL7A 1DTUA 3UR8A 5GQBA 1WDRA 2ZXQA 3FY1A 5FIPA 3N9KA 2O9RA 4HOWA 2Y8VA 4AD4A 2QLYA 3A4XA 1FH9A 5BXRA 3AJ7A 4UQ9A 4KMQA 1N82A 1EGUA 3CLWA 3VGDA 3MO4A 3BSHA 1C7TA 1NARA 2WBGA 1FFQA 1I1XA 2ZWZA 4W5UA 3ZSSA 1GOMA 2UY3A 4W87A 2XFYA 3NSXA 3VU2A 1PX8A 4TVUA 4HA3A 5LA0A 2D0HA 4EE9A 1QPKA 4GO9A 2OSWA 3SIMA 1CDGA 4AEEA 3AFBA 2MANA 2A3HA 4E2OA 3VMPA 1XD1A 1NQ6A 3WQ6A 2YOCA 2AAAA 3CPUA 2PI6A 1KCLA 1OCQA 2XPKA 1W2PA 4W7UA 1XD0A 1E4MM 3L4TA 4GPNA 2WLZA 4W8LA 5ABHA 4Z2HA 1UKSA 2ZUMA 2W92A 1K6AA 1NWSA 3AHXA 3GXFA 1HP5A 1UWTA 1I8QA 2D24A 3WMBA 3A4AA 2ZX6A 3NUKA 4MJ4A 1LG1A 3GDBA 3VD7A 2WMKA 1CECA 2WC7A 3UG3A 1NM9A 1HJSA 1WDSA 4M82A 4DWSA 3EDJA 3IJ8A 5FCZA 6TAAA 1WNOA 3SCPA 1JAEA 1XYFA 2WNWA 3WQ5A 1CLVA 1NWRA 3WFLA 5IFTA 2PB1A 4N42A 3VO0A 4UQBA 1UWUA 2BNJA 3PZNA 1OJOA 1BYCA 1J10A 2CBUA 4KRTA 1LWJA 3WDPP 4BQ2A 2VX4A 1VBRA 2BRWA 4ZXOA 3L4ZA 3PZ9A 3ALFA 5A6SA 5AC4A 3UR7A 2WANA 3AXXA 1UA7A 3POHA 2VCCA 3WH9A 2FHCA 4FMVA 4W7VA 1CXEA 3W28A 4CN1A 2VVSA 3AQUA 1V3LA 3APGA 3VDHA 5IXEA 4HA4A 1N7QA 4OOZA 2IUZA 3NJ3A 5BRPA 3DYMA 2D0GA 4OBRA 4R27A 1Y7VA 1SFSA 4ZE5A 3ZO9A 1ZL1A 2X2YA 3K8LA 1KB3A 2G8ZA 3AMCA 5FL1A 1DP0A 3NYDA 1Z32X 1TFVA 1G94A 4JFWA 2E22A 6CGTA 3AISA 4D6DA 1D7FA 3SURA 1JNEA 2QMKA 3T0DA 5HPOA 2WMJA 2A3AA 3CO4A 1ISXA 3WDQA 2OWWA 2YIHA 3ZT6A 1W9UA 2EPKX 3EDFA 1AQHA 2G3MA 5IHSA 1WO2A 5BROA 2V3EA 4AC1X 4QLKA 4Z2GA 5A1AA 1UA3A 2PWDA 1ZB5A 4AD5A 4AIUA 1XH2A 3WD3A 1B90A 2V5CA 3MUIA 3GTNA 1W9DM 3SUTA 1E73M 5F7UA 5I6SA 2PWEA 2FHBA 1QHPA 1JIBA 1FP8A 3FN9A 3WNMA 2DSZA 1KR1A 4HOXA 1ODZA 1ECEA 2OWCA 4P8VA 5A8OA 1JXKA 1V3MA 1J0MA 1HJQA 4AYSA 4PMRA 4S3JA 1GOKA 3AXIA 3MV01 4NRSA 4AZ7A 4GQQA 5A3HA 4D1JA 3AYSA 3NCOA 2OWXA 1RWAA 3PTMA 1H4PA 4ZXLA 3AS3A 2J7DA 3OGSA 2NW0A 4W8BA 4J3VA 1W91A 1JYXA 1LOHA 1HMWA 4UNIA 2BXYA 4TX6A 5HPCA 2JF6A 3DECA 1E6XM 4MB3A 1V6XA 1XCXA 3I3BA 5AY7A 2D22A 2BHYA 2OSYA 1B1YA 1EOMA 3F5JA 1QI3A 1B3ZA 3IANA 1VEMA 3VIOA 1WZKA 4AD3A 2E9BA 3AMDA 1BGGA 4LYQA 4U5KA 3WF0A 4HU0A 1DWIM 3SUWA 4UFMA 1VIWA 1JDCA 1E6RA 2CBIA 4QDMA 3SCSA 3PBGA 3VGGA 5A2CA 2W91A 5D9MA 3L4UA 1E3ZA 1EHAA 1MQQA 1U2YA 1TVPA 4URIA 4PSPA 5GNYA 1ISWA 4AMCA 1SR0A 1M53A 1GOIA 2QPUA 1RWHA 2GVYA 4KGJA 1AVAA 1OJMA 1CGUA 1IZKA 1WZAA 2WWDA 2VX5A 3AHVA 5M17A 1TCMA 2VTFA 1OJPA 4HZ8A 5I0DA 1V0NA 3WDHA 1WDQA 4DUVA 5DT7A 3PTKA 1GVIA 1WPCA 1E43A 1NP2A 3SEPA 2WXDM 3VIIA 4HZ7A 4GI6A 3WSUA 2B31A 3WDRA 1W3HA 3AIUA 2EO7A 3T2QA 2WCGA 3W38A 1J12A 4Y7EA 3MUZ1 2O9PA 1C8QA 4PMZA 3SCQA 3O9NA 3OGVA 1XHGA 4MNLA 1TA3A 1ZJBA 3WMCA 5E70A 5E6ZA 3RJXA 1E71M 1FH7A 4X0NA 3RJYA 2VZSA 4BQ4A 4UR9A 1HN0A 3MU7A 2W61A 2D0FA 1R8LA 3WQVA 1A3HA 1PZ2A 4P7LA 1RP9A 1H09A 4PTWA 3LPOA 6A3HA 2BRVX 4QAWA 3OGRA 1BPLB 2E3ZA 2W4XA 2YA2A 3AMKA 2WPGA 3GH5A 3WD2A 2BRPA 4PMDA 1GQKA 3THDA 2XFFA 1LQ0A 1V3HA 2BY2A 2WCOA 1JD9A 3N13A 2Y4SA 4ZENA 2WC3A 5ECUA 4PYSA 1V6YA 4JL2A 1LF1A 3I3EA 2YDRA 3AMLA 3QHMA 4PCTA 5CPQA 4PTMA 2V3FA 2YBTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4UTF A;  1PIG A;  4DWS C;  4M24 A;  5EBA A;  4D6E A;  1HT6 A;  2RGM A;  1BLI A;  5GPR A;  4PMV A;  3W37 A;  2A3C A;  2W63 A;  4IUG A;  2ZWY A;  1VEN A;  1ZS2 A;  4RE2 A;  2Z1S A;  3W53 A;  1C90 A;  1BTC A;  1LWH A;  1W3K A;  1CGX A;  2D3N A;  1CGV A;  2JFE X;  1JZ4 A;  2WHK A;  3ZJ8 A;  2WM0 A;  2XVL A;  3T2O A;  3TTS A;  3WUE A;  3CUH A;  2AOS A;  3WQW A;  1HL8 A;  2ZXA A;  2EXO A;  1GOW A;  3ZOA A;  2WDA A;  1XV8 A;  2GK1 A;  1MYR A;  1E1E A;  3CHF A;  3N11 A;  1BSI A;  1ITC A;  2CCR A;  5I3D A;  1XC6 A;  2A3E A;  1GHR A;  3KL3 A;  1W9X A;  1KXV A;  5HBF A;  4CGT A;  1US2 A;  1OIM A;  5E09 A;  3VDB A;  5JUV A;  3ARZ A;  5BWF A;  1CTN A;  4ZE4 A;  3WNO A;  2XFR A;  2VO5 A;  1MXG A;  4F8X A;  1C3F A;  4J3W A;  1OD8 A;  3T2P A;  1KQY A;  4AZG A;  1HKK A;  1H1N A;  3VX1 A;  1TR1 A;  1E0X A;  3VD4 A;  3PZM A;  1GOR A;  4XB3 A;  4M1R A;  4TXE A;  2WB5 A;  3RO8 A;  2V38 A;  2ESC A;  1UZ1 A;  1W3J A;  1VB9 A;  2XSA A;  3OLI A;  1MW2 A;  5DEZ A;  1GQL A;  2PWH A;  1QOX A;  2GJP A;  4EAM A;  3BCF A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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