4D6HA

Crystal structure of a family 98 glycoside hydrolase catalytic module (sp3gh98) in complex with the type 1 blood group a-tetrasaccharide (e558a x02 mutant)
Total Genus 219
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
219
sequence length
587
structure length
587
Chain Sequence
EVDKRREINNEHPLLMMPLYANGEEFNQGKYTFWGGDTLTGKWENIPDDLKPYTVIQLHPDDLPKRDGAARDFYEHMLEEAAKYVNPKTGKNEPIPVILTVYTAGNMPYYTSAHWLSTSWIDKMYQKYPNLHGIFSTASYWIWANDIENKAADYLKVSAKNGGYFIWAEQNSGSAIEKAFGKNGKIAFQKSVDKYWKNLIFMFKNTPAAEGNDSTTESYMKGLWLSNHTYQWGGLMDTWKWYETGKWKLFASGNIGKSQGDRQWLTEPESMLGEEALGVYLNGGVVYNFEHPAYTYGVNNKESLLFSEVIKEFFRYVIAHPAPSKEKVLEDTKVFIHGDYSNKGNGKFFVNVNTDREQTPLYMTGRYNVIPAIPGVLKTDKLKESVSSSRIQIKEITSPEFSSTQARKEYLNKLYPMNYEGDIFAQKLDNRWFVYNYKVNENVKQTGKLKFNSLEMNVEFEPHTYGIFERISNGLKVNLNNFRTNKDSLWSNAQDANQAKKLPQLTKKGAIKWIEEHYIKDTQFGEKRVTKIVLRGIDKLPTIHSLSGTNNSYDQPSLNFDQKNHMVTITINSNGNLEFELHFLEHT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
publication title Towards Efficient Enzymes for the Generation of Universal Blood Through Structure-Guided Directed Evolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords GLYCOSIDE HYDROLASE
total genus 219
structure length 587
sequence length 587
ec nomenclature ec 3.2.1.102: Blood-group-substance endo-1,4-beta-galactosidase.
pdb deposition date 2014-11-11
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.220.10 Mainly Beta Sandwich Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3 Polysaccharide lyase family 8-like, C-terminal 4d6hA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4d6hA01
3.30.2330.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich arginine biosynthesis bifunctional protein fold family 98 glycoside hydrolase 4d6hA02
2A3CA 3RJYA 1E6XM 2WC7A 2WWDA 1ZU8A 3NDZA 3U57A 3ALFA 3PZ9A 3VIGA 2WVVA 1EOMA 1ODZA 3UR8A 2DQXA 2Q8XA 4MADA 1D7FA 2XM1A 1QNRA 3PZUA 3TTSA 4E2OA 4D6IA 1FFQA 4WJXA 3O6AA 2Y8VA 1N7NA 5IXEA 1V0KA 3CZKA 5CJ5A 3RJXA 2WANA 3UR7A 1MFVA 4B9YA 1ECEA 1HX0A 2V38A 3OLGA 2WSKA 2Y5EA 2XGBA 1B2YA 4Z2GA 2DSKA 2YOCA 3K8MA 4B16A 2WBGA 2J7CA 3GH7A 4W89A 4H8VA 4U31A 3WENA 2J7BA 5HDRA 1C7TA 1US2A 5ABGA 1HP4A 1F1SA 2UWFA 2W91A 2E3ZA 1E1FA 4A3YA 1HP5A 3HU7A 4CN1A 3VGFA 4XX6A 3CHCA 4U2ZA 4U5IA 1UD2A 4X0VA 3WMSA 4KRTA 3WDIA 3AS3A 1YQ2A 4DWSD 3BAWA 3L2MA 1JGIA 4PBGA 1XSJA 5HPOA 3PZMA 1UD5A 2VQTA 1W1PA 1BYAA 5LA2A 2C8NA 5C8BB 2Z1SA 2XPKA 1JNDA 1KXVA 5CPSA 1XH0A 1OJPA 1UH2A 7CGTA 2A3EA 2GJXB 3T2OA 1MQQA 1YHTA 4UFKA 4A4AA 4Z2IA 3NSXA 1A3HA 3M07A 1SMDA 3L4YA 1ITXA 4CUCA 1UWTA 4GQQA 4U3CA 3E1F1 3PTQA 4AZIA 2XFFA 1AVAA 4D1IA 1XHGA 1UA7A 3WQWA 5CLWA 4P7OA 3ZIZA 1NWRA 1KGWA 2WMFA 1UH3A 3CIVA 1LWHA 1V3HA 3AROA 4OIFA 2WM0A 1OWQA 1CXFA 5A2AA 3WN6A 1JYXA 1GOOA 1LG1A 3BXWA 1QI5A 4ZEPA 4MTVA 1US3A 3AYRA 1W91A 1V3JA 2WMHA 3GBDA 4JFVA 5JIWA 3WY1A 1EGUA 1E71M 3GDBA 2WYSA 1WDQA 1KQYA 4LYPA 2YLAA 1VFOA 5GNYA 2YLLA 1R8LA 3BCDA 1QNPA 3ARVA 3W25A 3OGRA 4GI8A 4Y7EA 3CHDA 3RMEA 4DWSB 4CD8A 4PMQA 1QPKA 4PTVA 4CU6A 1BYDA 2J25A 3N13A 2B31A 4KWUA 5F7UA 4MDPA 2DT0A 3BAJA 2FHCA 4GO8A 2IXUA 4UZUA 5LA0A 1FH8A 3IJ7A 2PWHA 1FH9A 1L8NA 4NF7A 2ZX7A 2W61A 3BAKA 1NOUA 1XGZA 2JIWA 5CPTA 1HM2A 4PSRA 1K9DA 1NOFA 2EXOA 2A3BA 2WHJA 1B1YA 1JNEA 2YBTA 4M81A 5FD0A 2VTFA 2EBNA 1C92A 4D6HA 3ZJ6A 3AQUA 1N7RA 4PMRA 1JI2A 1VJSA 5FL0A 2OYMA 4J7RA 2GSJA 1PIFA 4B15A 3ARSA 3GBEA 2F2HA 3GXFA 5A95A 3SCWA 5A2CA 3MUAA 4DUVA 1HVXA 3RM4A 2VOTA 2BXZA 4Z2JA 4PSPA 2ZX5A 1QBAA 2DSVA 3MV01 4HZ8A 3WH7A 3HJEA 1WO2A 4Z2HA 3W29A 3ZJKA 3CZGA 4J3TA 3TA9A 4UZSA 4L4PA 4CU7A 5I24A 1XSKA 4PCTA 3RM9A 3UCQA 2YL9A 4B9ZA 4TOQA 3CUJA 4MAZA 2V5DA 1MW3A 4MNJA 5AYIA 1N7PA 1OSEA 4P7RA 2ZWYA 3OLEA 5CQ1A 1EDGA 3AXXA 2CHNA 4AZBA 4DUWA 3W81A 4AEFA 2WVTA 1EQPA 4H8UA 1E3XA 2J47A 1UOKA 4QP0A 5IDIA 2FHFA 2OSWA 4TTGA 1B3YA 1GORA 1M03A 5A8OA 4ML4A 1JF5A 3OA5A 1QI2A 4W7UA 5A6BD 4EAMA 2D0GA 3IAQA 3GXIA 1J0HA 3M7SA 3FAWA 4CD6A 1CGYA 2YL5A 3BH4A 2GJXA 1DHKA 1E6SM 3PHAA 1ZBVA 3SUWA 3CUHA 3AXHA 4URIA 4UQDA 1R86A 2V5CA 2CNCA 3KEHA 4MB3A 4E8DA 4QLKA 1HJUA 4UQBA 1QOXA 1V02A 2J79A 3EDDA 4F9DA 1HNYA 5A6AA 1JYNA 2BHUA 5BYWA 1KBKA 3PBGA 4XB3A 1J10A 2EEXA 3EMCA 1RW9A 3A6OA 4AC1X 1Q6GA 5ABFB 2X05A 1UKOA 3VGDA 4MNMA 3CH9A 1SR0A 1W9DM 1LG2A 3QHMA 3AISA 4C7DA 3AHZA 1JDAA 3CMGA 1ZBWA 3KL5A 3VD4A 1JI1A 1W9PA 2VCAA 3ZM8A 4ATWA 3SCVA 1EXPA 3MMWA 1UQZA 1OJMA 4PMVA 5CGMA 2ZUTA 2EPOA 1MFUA 1KXQA 1EDQA 1JFXA 4DUXA 3WNLA 4DWSA 1G9HA 2QV4A 2BY0A 2XM2A 1ZBCA 3BCFA 3FAXA 1E70M 1OINA 5D4YA 3POHA 3TONA 1J01A 2G3MA 1UR1A 2WMJA 1WAWA 1VFFA 2VZVA 1UG6A 3MANA 1E6RA 4UOJA 2GDUA 3AICA 4W84A 3WQ8A 4PMXA 3CUGA 4MNLA 1BYCA 5DO8A 3THDA 4CN6A 2OLHA 3BMWA 3U5UA 2PBGA 1EGZA 1H49A 3WUFA 1J0MA 3NUKA 5BCAA 1BVZA 1V6WA 1QNOA 2X03A 3N04A 2GFTA 1H09A 1Y7VA 1VIWA 3GNOA 5BXRA 2WBKA 2XVNA 3ZOAA 3AIBA 2WVSA 1VB9A 4FMVA 3DYOA 2IXVA 2QF8A 1JDCA 4H04A 2BVTA 1A47A 3I3DA 2CCRA 2OWCA 3AJ7A 1MW0A 3UERA 4GIAA 4ZE4A 1CDGA 3NDYA 5C71A 4M29A 3EDKA 3FNDA 2VCBA 4P8WA 4CN4A 4IM4A 4PMYA 2WPGA 1W2VA 1HVQA 4QAWA 3SCSA 1AMYA 5E9AA 1M53A 3ZJ8A 1W1VA 2EPNA 1WE5A 4V28A 2E4TA 3IANA 2OWXA 1WZLA 1BAGA 1AQMA 3W82A 3DYPA 2DDXA 2CIPA 3SUSA 3GYCA 4KH2A 4D71A 1G5AA 1DWAM 4ACYA 3WF3A 4BQ3A 2JF6A 2RGMA 2VR4A 4UFIA 1UD8A 5FKYA 4RE2A 1RWHA 3HMCA 4F8XA 1W3KA 5IFPA 4N42A 1F4AA 4UR9A 3VOCA 2D24A 3NJ3A 5IHRA 3WF1A 3GNRA 4MNKA 1WZMA 1EQCA 3W28A 5BXSA 4QCEA 5I0DA 1PAMA 2D20A 2W62A 4U2YA 4DM1A 2PBOA 4FLRA 1V3IA 1IT0A 2PC8A 4H2CA 1XV8A 1QHZA 3ARQA 3BC9A 1V6XA 4UTFA 1EIBA 3ALGA 5BXPA 1B31A 4N0RA 1TUXA 1XCXA 1VENA 4TX6A 3A4WA 5ABFA 1BF2A 3OGSA 5FCZA 1NARA 2YJQA 3QHNA 2O9PA 2JF7A 2G4FA 1CGXA 1BHGA 4JAWA 1QBBA 4W87A 4YN5A 3AMGA 4HA4A 3SCRA 3W27A 2QPUA 1FFRA 2D0FA 3DHPA 4EKJA 4CCEA 3M46A 4RE4A 1BTCA 3T0BA 1UZ1A 1H11A 1ISVA 4AISA 1JZ8A 4PMNA 1FP9A 2E0PA 3VU2A 4AWEA 5HPCA 1CWYA 2YDRA 3VTRA 4HOXA 2VZSA 2XWEA 3MUY1 1O7AA 1CXKA 1K9TA 2W92A 4UFLA 1PX4A 3MU7A 1BLIA 1OT1A 4HMDA 3AMDA 3ZR5A 2X09A 3T2PA 1CENA 4Q22A 3A3HA 5HXMA 1CPUA 3CUIA 3AYSA 1W3YA 4GQRA 4MJ4A 2WHMA 3WFLA 1E6PA 3W37A 1CNVA 3HN3A 3WDHA 5A6LA 3QHOA 1PIGA 3AHYA 2CESA 1EO7A 4HZ7A 2NT1A 2JEQA 1V3KA 3EMZA 4PTWA 1G94A 1Q6FA 3A47A 3ECQA 1RWCA 1V6VA 1UD3A 5E0CA 3BMVA 4GZJA 2DH2A 1NWSA 1QI3A 3ZSSA 4X0NA 2PWGA 1M04A 4BQ2A 2J7DA 5ABHA 3SUVA 2DPEA 4W8BA 3AS0A 4J3UA 1B3XA 1HL9A 1CEOA 1R85A 3BAXA 4GI6A 5D9MA 4MB5A 1CYGA 3W6MA 5AC4A 5JBFA 2CKRA 1KCKA 4PYSA 1VEPA 2VMFA 1W32A 1DWJM 4AZCA 7TAAA 1OGBA 1LF1A 1VJZA 4RE3A 4BF7A 2V3FA 1J0JA 4PMZA 2J4GA 1LL6A 1UD4A 1GZJA 1NP0A 1VBRA 2WHLA 3T08A 2VR5A 1HKKA 1UQYA 4R27A 2PI6A 1LL4A 4F66A 3VM5A 5CG0A 1E4LA 3CZEA 1E0XA 1TA3B 4H8HA 3SCNA 1HJQA 2Y24A 3VD3A 3WFZA 1V3MA 1V3LA 1GOWA 3BLPX 1J0YA 2EQDA 3W53A 5A8NA 5KZ6A 4IPNB 4LX4A 1TR1A 4NRRA 2WSPA 3VGGA 3VIMA 3L4TA 1GHSA 4J27A 3MUZ1 3WNPA 6A3HA 1DWFM 6TAAA 1K6AA 1I8QA 3KWXA 1P6WA 3VIJA 2W5FA 1KWGA 1RWAA 4W7WA 5DFAA 4W93A 1EH9A 1RP8A 2WB5A 4GKLA 4GINA 2AOSA 3ARWA 2OSXA 3WQVA 2CBIA 2PWDA 3OZPA 1UYQA 5A8QA 3VGEA 4B3KA 1JF6A 2HISA 1GVYA 5E70A 1E40A 1X6NA 3ARPA 1E72M 1TVPA 1VAHA 3VD9A 1HKJA 2ZXQA 1O6IA 1KXTA 2YIHA 1F4HA 1LXMA 3N11A 1QVBA 2VVNA 5A94A 2QMJA 3GXMA 2D3LA 5E09A 1KGUA 1GOIA 2CETA 1PJ9A 1H5VA 4IPLA 3QOMA 3ZJ7A 2RGLA 1PZ3A 2ZUNA 3ARTA 5BROA 3VMNA 3PZIA 2Z1KA 4HTYA 3GTNA 3QR3A 5CZKA 2YA2A 4LYQA 4TVCA 2PF0A 1FOBA 3ZQ9A 3VO0A 2GK1B 1CGWA 1IZKA 3L2LA 1LXKA 4XZBA 3WELA 1CECA 3VIKA 4GZIA 1E5JA 4D6CA 4YHEA 1TCMA 2WMKA 3QGVA 2WC4A 4HMEA 1WZKA 1KR0A 2EPLX 1B0IA 4CKQA 1W3LA 3GH4A 4J3XA 3AZTA 4UFHA 3THCA 3TTYA 3VIHA 5I2UA 1WKYA 5CPQA 3VUPA 2FGLA 2WCGA 1OB0A 4JCLA 2VURA 2WMGA 3EBVA 3AOFA 5JIPA 5A6JA 4LQ1A 3WBAA 3W4RA 4H7VA 2ZXDA 1Q6DA 1HKIA 4JFSA 4HA1A 3EDEA 3SURA 1EO5A 3K8LA 1ISZA 8CGTA 2IUZA 3K1DA 1K9EA 2DT3A 3KZSA 2BVYA 1N7OA 4HMCA 1B9ZA 1KCLA 1UZ4A 4M24A 5FIPA 4ZENA 4QDMA 3OB8A 3ZSTA 5FL1A 1ESWA 2WW5A 4EANA 2VX7A 3FXYA 4NRSA 3VDHA 3AS2A 3MSDA 1W1TA 1E6ZA 5M3WA 1CTNA 2WAGA 3O2LA 3AHXA 4W85A 2ZUSA 1X1HA 2O9TA 4FLSA 1U33A 4GZEA 3AZRA 1TA3A 2DSZA 1XYZA 1XCWA 5AYBA 1DTUA 4HZ6A 1GQLA 2VRQA 2BNJA 3B9EA 4W86A 3WH6A 1MVYA 3PZOA 3G6LA 2WKGA 3AIRA 1JAKA 4D6JA 4M56A 4V27A 1K9FA 1JIBA 2GUYA 1JZ7A 1NWUA 1QI4A 1GONA 1NM9A 1TG7A 1SFSA 1WCGA 3LPGA 2UY2A 4JZ5A 1BG4A 2JE8A 2MANA 3K4DA 1UWUA 5A8PA 5A69A 2YA0A 1RH9A 2BS9A 1TE1A 4W5ZA 3VMPA 5AY7A 1V03A 4X9YA 4AIUA 1RPKA 1MW2A 3ZT7A 3VDAA 4UCFA 4PUEA 1CGUA 4ZXLA 5DT7A 2X0HA 3CTTA 3IK2A 3MMUA 4AW7A 2ZX6A 2QHAA 4UNIA 3APGA 4P7LA 1FHDA 1KR1A 3LMYA 3ZMRA 3GXDA 1F9GA 2J78A 3T0AA 3MKKA 1ISXA 4AZGA 4AIOA 1JYVA 2XFRA 1QNQA 3WDQA 3WSUA 4MDOA 3CZJA 3ZR6A 3VX1A 3RDKA 1QW8A 2XTKA 2G3NA 3KE0A 2ZUUA 1GUVA 2GK1A 4FF5A 2DT2A 5I23A 3CO4A 3VDBA 1CGTA 3N17A 1E15A 1VEOA 2F8QA 3D3AA 1JZ3A 2BV9A 1E0WA 5E6YA 1CXHA 4ZXOA 3F5LA 2V3DA 4UOZA 2XVKA 4V2XA 3N1AA 4JKLA 3MSGA 5DEZA 2VQUA 4JFWA 2BRPA 1MQRA 1HJVA 1H4PA 2UY3A 4JKKA 4WKHA 1JDDA 2WCSA 3F5JA 1MWOA 3OZOA 2AAAA 3AIUA 1B3ZA 1BVNP 1W3HA 3U5YA 3B9AA 2J77A 2ZXBA 4DWSC 1WB0A 4K68A 4OOUA 1V6UA 5BWFA 1HKMA 4AD0A 1N7QA 2VT0A 3ZO9A 5EFFA 1PPIA 3PZTA 5M5DA 1CZ1A 1J12A 2BY3A 3K46A 4NI3A 2OWWA 2A3HA 1N82A 1CBGA 3FW6A 4H41A 4OOZA 3L4WA 2WZHA 3WQ6A 1JL8A 4HU8A 1CB8A 1E4MM 1ZBKA 5CLTA 2ZUWA 1NOWA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2A3C A;  3RJY A;  1E6X M;  2WC7 A;  2WWD A;  1ZU8 A;  3NDZ A;  3U57 A;  3ALF A;  3PZ9 A;  3VIG A;  2WVV A;  1EOM A;  1ODZ A;  3UR8 A;  2DQX A;  2Q8X A;  4MAD A;  1D7F A;  2XM1 A;  1QNR A;  3PZU A;  3TTS A;  4E2O A;  4D6I A;  1FFQ A;  4WJX A;  3O6A A;  2Y8V A;  1N7N A;  5IXE A;  1V0K A;  3CZK A;  5CJ5 A;  3RJX A;  2WAN A;  3UR7 A;  1MFV A;  4B9Y A;  1ECE A;  1HX0 A;  2V38 A;  3OLG A;  2WSK A;  2Y5E A;  2XGB A;  1B2Y A;  4Z2G A;  2DSK A;  2YOC A;  3K8M A;  4B16 A;  2WBG A;  2J7C A;  3GH7 A;  4W89 A;  4H8V A;  4U31 A;  3WEN A;  2J7B A;  5HDR A;  1C7T A;  1US2 A;  5ABG A;  1HP4 A;  1F1S A;  2UWF A;  2W91 A;  2E3Z A;  1E1F A;  4A3Y A;  1HP5 A;  3HU7 A;  4CN1 A;  3VGF A;  4XX6 A;  3CHC A;  4U2Z A;  4U5I A;  1UD2 A;  4X0V A;  3WMS A;  4KRT A;  3WDI A;  3AS3 A;  1YQ2 A;  4DWS D;  3BAW A;  3L2M A;  1JGI A;  4PBG A;  1XSJ A;  5HPO A;  3PZM A;  1UD5 A;  2VQT A;  1W1P A;  1BYA A;  5LA2 A;  2C8N A;  5C8B B;  2Z1S A;  2XPK A;  1JND A;  1KXV A;  5CPS A;  1XH0 A;  1OJP A;  1UH2 A;  7CGT A;  2A3E A;  2GJX B; 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