4D6HA

Crystal structure of a family 98 glycoside hydrolase catalytic module (sp3gh98) in complex with the type 1 blood group a-tetrasaccharide (e558a x02 mutant)
Total Genus 219
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
219
sequence length
587
structure length
587
Chain Sequence
EVDKRREINNEHPLLMMPLYANGEEFNQGKYTFWGGDTLTGKWENIPDDLKPYTVIQLHPDDLPKRDGAARDFYEHMLEEAAKYVNPKTGKNEPIPVILTVYTAGNMPYYTSAHWLSTSWIDKMYQKYPNLHGIFSTASYWIWANDIENKAADYLKVSAKNGGYFIWAEQNSGSAIEKAFGKNGKIAFQKSVDKYWKNLIFMFKNTPAAEGNDSTTESYMKGLWLSNHTYQWGGLMDTWKWYETGKWKLFASGNIGKSQGDRQWLTEPESMLGEEALGVYLNGGVVYNFEHPAYTYGVNNKESLLFSEVIKEFFRYVIAHPAPSKEKVLEDTKVFIHGDYSNKGNGKFFVNVNTDREQTPLYMTGRYNVIPAIPGVLKTDKLKESVSSSRIQIKEITSPEFSSTQARKEYLNKLYPMNYEGDIFAQKLDNRWFVYNYKVNENVKQTGKLKFNSLEMNVEFEPHTYGIFERISNGLKVNLNNFRTNKDSLWSNAQDANQAKKLPQLTKKGAIKWIEEHYIKDTQFGEKRVTKIVLRGIDKLPTIHSLSGTNNSYDQPSLNFDQKNHMVTITINSNGNLEFELHFLEHT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Towards Efficient Enzymes for the Generation of Universal Blood Through Structure-Guided Directed Evolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords GLYCOSIDE HYDROLASE
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 219
structure length 587
sequence length 587
ec nomenclature ec 3.2.1.102: Blood-group-substance endo-1,4-beta-galactosidase.
pdb deposition date 2014-11-11
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.220.10 Mainly Beta Sandwich Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3 Polysaccharide lyase family 8-like, C-terminal 4d6hA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4d6hA01
3.30.2330.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich arginine biosynthesis bifunctional protein fold family 98 glycoside hydrolase 4d6hA02
3AMLA 3ZMRA 3HU7A 1FOBA 2VVSA 2O9RA 4JIEA 2E8ZA 2FHBA 3NSXA 2DEPA 3A3HA 2VR5A 2Y4SA 4KH2A 1LLOA 4CKQA 2HVMA 2J7BA 1W2VA 1EOMA 5BWFA 3MUAA 1UH2A 2WVUA 2XSBA 4GKLA 4OUEA 4P7RA 2WMHA 5A6AA 3T2OA 4UFLA 3BLKA 1TA3B 3RILA 2WANA 3VUPA 2OWCA 3SCNA 5CG0A 1HVQA 1OJPA 3OLDA 3VIOA 1NP0A 4UQDA 1MWOA 5AY7A 1D2KA 2J7HA 5CGMA 1E6XM 4U5IA 3EDEA 4YN5A 4XV0A 4ATDA 3CZEA 2VVNA 2CYGA 5D9OA 4PMYA 1KGUA 2MANA 2DSKA 3GXFA 3ECQA 4HTYA 1TZ7A 1BVZA 4GXPA 4WK9A 3WQVA 1UR8A 5CGTA 5CLWA 3AZTA 4TX8A 3AMDA 3LPFA 1OJOA 3VD4A 2D2OA 1VRXA 1CBGA 1RH9A 3SUWA 1QNRA 4AEFA 3RM4A 4H04A 3VNZA 4FF5A 2WZHA 5E70A 1PZ3A 3IJ9A 4MJ4A 1FP8A 3GH4A 3M46A 1EIBA 2J7DA 2YL6A 2PWDA 1J0MA 3OIHA 3BCDA 2QV4A 2BNJA 3RMEA 1X1HA 1N7NA 1CNVA 2PWFA 4B3KA 3AIBA 4EE9A 3BSHA 3II1A 3AIQA 4CGTA 3L2MA 1KR1A 3KL0A 1CLXA 3QOMA 1GVYA 5A6MA 2ZWYA 4E8DA 4UOQA 4NF7A 1GNXA 1EQCA 3RCNA 2WLYA 1B3XA 1XCWA 2E3ZA 1HL9A 1EGUA 4P7LA 2ZXAA 1FH7A 1HJXA 1K6AA 5A8QA 2X03A 3SEPA 3WQ6A 1R86A 2XPKA 2J7FA 4X0VA 1UD8A 4TUFA 3DYMA 5M17A 3SCTA 3FAWA 1ISZA 1FFQA 3GYCA 1EHAA 3DYPA 1JZ7A 4ACZB 4H8UA 1XSIA 1HL8A 4Y7EA 3VGGA 1UD6A 1JGIA 3N12A 3AMGA 3L4WA 5HNNA 3AYSA 1SYTA 2JE8A 3ZQ9A 5ABFB 1UWIA 1SMAA 1IZJA 1HIZA 2G4FA 1GOOA 2IXUA 1SFSA 1WKYA 2OWWA 2WBGA 3VDHA 1HKJA 3CMJA 4LXFA 1MW3A 1BYAA 4URIA 1OJMA 1TFVA 4AWEA 4P8WA 4BA0A 3GXMA 3VVGA 2BVDA 5KEZA 1E73M 4D6GA 2WWDA 3UESA 1OM0A 3MU7A 2DGAA 4AZ7A 2YDSA 4XX6A 2D0GA 2EPMX 3WD4A 5BRPA 1JI2A 4KMQA 4LPCA 2G8ZA 1XCXA 4P7OA 3PZOA 4PMVA 2QHAA 2V5DA 3IK2A 2Y8VA 4ATWA 3ALFA 4QLKA 2XM2A 3UEQA 2BXYA 1UUQA 1CXHA 1QHPA 1MXDA 1QI4A 1WZLA 3W82A 2PBGA 2XGIA 1XYZA 4HOZA 1J12A 1VBRA 4PBGA 2WM0A 3CMGA 4WSKA 1CXFA 3BMWA 4AZ5A 3VIFA 3WUBA 3THCA 4BCEA 4GO9A 4AD1A 2AOSA 1XH0A 4V27A 1H09A 2JALA 4W93A 1H0IA 1E4LA 1MYRA 1ZB5A 1AQ0A 4AD3A 4YPJA 5C8BB 3AQUA 1RPKA 3RO8A 2JEPA 2JF7A 2W5FA 2FGLA 1ZBVA 1OGSA 4ATLA 2VUYA 1US2A 4R27A 4ZFMA 2DH3A 1OBAA 5D9NA 4P8UA 1IZKA 3B9AA 3T0AA 2GJXA 2WMIB 1LWJA 2VZTA 3MKKA 1WZMA 2OLHA 1W9VA 2GDVA 4W85A 5IHRA 1UR2A 1XYFA 1UZ4A 2XVGA 2ZX9A 4N0RA 4UR9A 2IXVA 1J0JA 5HXMA 3S2CA 4WKHA 4GZEA 4W86A 4LQ1A 3NDZA 3D5HA 3WDQA 4PMXA 1A3HA 3CUJA 1C8XA 2ZICA 2GJPA 1Y7VA 2Z1SA 1CXLA 1MVYA 1TG7A 4TX6A 4QDMA 1OD0A 1H3GA 3WMBA 3ARXA 2G3NA 3GM8A 4NRSA 2Q1FA 1J0YA 1V0NA 2VC9A 3BC9A 1BSIA 3CH9A 5GNXA 3VGBA 4Q7NA 5A95A 1CGUA 4UFJA 3FAXA 4S3KA 2DSWA 1C7TA 1KB3A 3VD7A 1PPIA 4AD2A 2WMKA 3RPMA 2XVKA 2WC3A 3A4WA 3F5LA 4AIOA 5DO8A 2A3AA 3AIWA 2JEQA 2QPSA 3SUVA 3WN6A 3WUGA 1V0KA 3VIMA 2UY5A 4HA1A 4MAVA 3SCPA 5CPQA 2JIEA 3FHAA 4LYPA 3GDBA 5FIPA 1UHVA 1JZ5A 1HN1A 5I77A 4WKAA 3CUIA 5A2BA 3B9DA 3ZJ6A 2VX4A 4U2ZA 2GUYA 5A3HA 4JFUA 4PMQA 1E71M 5FL0A 1ZBKA 1E43A 1OCQA 1W9PA 3NYDA 1UR1A 3BAXA 1WE5A 1RWAA 4Z2KA 1E1EA 5A6KA 1E6ZA 2BY2A 2VZOA 2ZUNA 2ZXDA 3WL1A 1UYQA 1AMYA 1CXEA 1QW9A 4W8BA 5LA0A 5GNYA 3LPOA 1TE1A 2VMFA 1KXHA 2VTFA 1E70M 3GXIA 3OBAA 5BYWA 1KQZA 2W62A 3L4YA 1KFWA 3O9NA 3U5YA 1RD6A 5M3WA 1ZBCA 3OG2A 3GXDA 2E8YA 1UWRA 1DWJM 3OLIA 5A6JA 5HBFA 1GOQA 3A4XA 2XUCA 2WDAA 4UZSA 1WCGA 4UFKA 4TTUA 5FOOA 1RWFA 3W27A 3BGAA 1PAMA 1VFFA 2NT0A 1V3MA 1E4NA 1GJUA 1UKSA 2E0PA 1WZAA 3WF3A 1L8NA 2XWEA 5BCAA 3L4XA 1EDQA 5CLTA 3UR8A 4JZ5A 4IM4A 1XV8A 3FY1A 2XIBA 1VF8A 3UG5A 3WH6A 1U30A 1QNOA 3VGEA 5I3DA 5I0DA 1CYGA 4HMDA 3DECA 1EO7A 1UKOA 2D0FA 4IUGA 5IHSA 1HM3A 3W4RA 2X0HA 4WKFA 1JYNA 1V03A 1HJVA 3W53A 1KWKA 3B8SA 3DC0A 1XSKA 1C7SA 1OT1A 4W7UA 2WHKA 1PZ2A 2A3CA 1M7XA 1KR0A 1DWGM 3GZAA 4GI8A 5LA1A 3ZJKA 3OLGA 2HISA 4FLOA 1JL8A 2DT0A 3PZTA 3WSUA 4H41A 2J47A 3AS2A 2YLAA 1C90A 4V28A 1WAWA 3RIKA 4RE2A 1V6WA 4HA4A 1ZS2A 1C91A 3W29A 1JZ2A 2TAAA 3D3AA 3ARVA 4JHZA 2VOTA 1GQJA 1A47A 2VI0A 3LPPA 1HJWA 2WSKA 4WJXA 3AIEA 5JBEA 1HNYA 1H49A 1XC6A 4YHGA 1WNOA 2E9LA 2FDMA 1BGAA 1UD2A 5TD4A 1CECA 4J3XA 3LPGA 2WNWA 4F8XA 1NWTA 1GHRA 1OJNA 1Q6EA 1HXJA 3FN9A 1K9FA 4PTXA 2WVVA 5HDRA 3BAKA 3MMWA 1W3KA 3CZGA 3MV01 4Z2GA 1EA9C 3MSGA 8CGTA 5JUVA 1VENA 1W9BM 4DWSA 3KL3A 4GI6A 2V3GA 1LJYA 4E4PA 4BZYA 4M80A 4P8VA 4AZCA 2XHYA 2VQUA 4PMRA 3AIUA 3ARZA 4M56A 1UH4A 2AMGA 3UR7A 2VZUA 4QAWA 2EXOA 3A6OA 3N1AA 3BAYA 4MDPA 3T2QA 3IANA 4WIWA 5D4YA 1WDPA 4MDOA 2OYMA 2D23A 1GPFA 1UD3A 1YQ2A 2YOCA 1NOWA 4B9ZA 2ZUUA 2YL8A 3WH8A 5M5DA 3LMYA 1HMWA 3AISA 2CHOA 5CPTA 4AD5A 4AD4A 2J8GA 4HPHA 2YKKA 5JIPA 1V02E 1MW0A 3L4UA 2VNCA 2PI6A 4MNLA 3AHVA 3WUEA 5A8NA 1L0PA 1FHDA 3AHZA 1BFNA 1E3XA 2WMJA 3VM7A 2ZUMA 2D20A 2W61A 3CUFA 1QOXA 5C70A 2XJ7A 2V38A 3VIJA 1N82A 4PN2A 4MNMA 4XB3A 3VPLA 3UCQA 1ITCA 2GJXB 3AJ7A 3AI0A 3ARRA 1WDRA 2QLYA 1R85A 4N42A 1F4AA 3IJ8A 1F9GA 3POHA 5GPRA 3AZRA 2BVYA 3WD2A 1CEOA 2WVSA 3ZIZA 2EEXA 2BHUA 4UNIA 5I23A 2BRVX 1MW1A 1PEZA 2D0HA 1R87A 5ECUA 3MMUA 3SCOA 1B3VA 2WCGA 4ZXLA 1G5AA 4D71A 1JYWA 1W1PA 3DHPA 1W9XA 7TAAA 1RWHA 1NWRA 1BHGA 2EO7A 2XGBA 3O2LA 3T08A 4AXNA 5BRQA 1QBAA 1EXPA 1TMQA 1QVBA 4CN6A 2EPKX 4BQ2A 2CHNA 3K8LA 2BV9A 4W84A 2WC4A 3NUKA 2WCOA 1C3FA 3NSMA 1EH9A 3MSDA 3W26A 2J62A 4W89A 4JFTA 3WD0A 2ZXQA 1V3IA 3W28A 3WF0A 1OIFA 4RL3A 1FFRA 1GUVA 3VGDA 3QHMA 4H2CA 3VTRA 1NH6A 2FH8A 3AS1A 3I3EA 1HKKA 1G0CA 2VZVA 3CZLA 4D6CA 1N7PA 4CN4A 1N7RA 3E1F1 1Q6CA 1M04A 1V0LA 5I79A 5A6SA 3CBWA 4UCFA 3VIHA 1E6RA 1QW8A 3L4ZA 4HOXA 3MV11 4AW7A 4Z2HA 3CZ8A 3SUTA 3SIMA 4M8UA 2BHYA 2QMJA 2W67A 2AAAA 2Y5EA 3VO0A 5EFFA 1V6XA 3BAJA 3VIGA 1VB9A 4AC1X 4MTVA 3VGHA 1CLVA 1Q6GA 1WDSA 1H2JA 4FLSA 3FNDA 4S3JA 1QNPA 1W3YA 1H1NA 1X6NA 2A3BA 1UWQA 1ISVA 2DDXA 1E0XA 4W8LA 2VRQA 5ABGA 3F5KA 2DH2A 4HPGA 5BXPA 3EMQA 4BF7A 6TAAA 1BF2A 3ARQA 4Z2JA 4CU8A 5AC4A 3VMPA 5I24A 1OB0A 5C71A 1B3ZA 3NJ3A 5CJ5A 3A4AA 3BCFA 3QOKA 4PCTA 1OSEA 3VMNA 3ZM8A 2CXGA 2XVPA 1NM9A 5LA2A 1HT6A 2E22A 2YL5A 4MNJA 3UG4A 1ITXA 3GNPA 4JCLA 3AHXA 3TP4A 1QI3A 4JKMA 2WHLA 3PZGA 2PB1A 2J79A 2XM1A 2IUZA 3L2LA 4GPNA 4AZBA 1EO5A 3KE0A 1JNEA 4Z2LA 3WF2A 3PBGA 3TTQA 1JD7A 1E55A 2BVTA 2DIJA 1MW2A 4QLJA 3WNLA 5JIWA 2WW5A 1W9UA 2F61A 5DEZA 4A4AA 5EB8A 3VIKA 1QHZA 3WH9A 2WCSA 5E0CA 1V3HA 3AIVA 2DT3A 2YBUA 1J01A 2WZIA 4FLQA 4B3LA 2ZX8A 5ABEA 2J75A 5BXSA 1CGTA 5GNZA 1LXMA 2YDQA 1QNQA 4W5ZA 2XIIA 1S46A 1ZU8A 2Y8KA 1IT0A 1RWGA 3BMVA 4OIFA 4D72A 1F4HA 2J74A 5FD0A 3VD9A 3ALGA 1CGWA 1X1IA 4JHOA 2XVNA 1KXVA 1MQPA 1JAEA 1ISYA 4FLRA 4JFWA 5CSUA 3NSNA 1FP9A 4KWUA 3VDCA 2XWDA 4M82A 4QLLA 4KGLA 3VM5A 1ODUA 2ZUWA 1E6SM 3DHUA 4CD6A 3T0BA 2YA1A 2V3DA 1E3ZA 2WVVB 4NI3A 3CUHA 2WKGA 1O6IA 3AOFA 4PTVA 1CGVA 1I1XA 4MB5A 1UQZA 1LL7A 1KQYA 4CN1A 2X8RA 4NSBA 4DWSB 3WUFA 3U7BA 4AZCB 2WB5A 5F7UA 2A3EA 4CD8A 1NOFA 2X05A 1N7QA 1TCMA 1WZKA 3VX0A 1LOHA 2J7CA 3VIPA 1XGZA 2JFEX 4X0NA 3CHEA 1VBUA 5BXRA 1JF5A 3L4TA 1UD5A 2YA0A 3AZSA 1OGBA 4JKKA 2QPUA 2GFTA 1UWSA 2OSWA 5DF0A 2D3LA 3KWXA 2CESA 3WNOA 1XD1A 3AXXA 2WHMA 1DEDA 4M24A 2VJXA 3NDYA 1NQ6A 3WIJA 1E15A 1JZ8A 1WO2A 1CB8A 4H8HA 3WD1A 2X0YA 4Z2IA 4PMNA 3SURA 4D6JA 3WMCA 1U2YA 4F9JA 1R7OA 1LG1A 1LWHA 3DYOA 1E1FA 4HP5A 2FHCA 2W63A 1DWFM 2J25A 1GOWA 2G3JA 2PWEA 1J0KA 3TONA 4AYSA 5I5RA 4UQCA 1QI2A 3PHAA 2W91A 1K9EA 1AQMA 2CERA 4KRUA 1HJQA 1PIGA 3OGRA 4TVCA 2Z1KA 1HP4A 4F79A 3WMSA 2JF6A 1HP5A 4HOWA 1LL6A 1J18A 3VDBA 2VQTA 3NIYA 4AZIA 3EBVA 3AYRA 1CWYA 4U31A 3PTMA 1FHLA 1G94A 1UWTA 2DSVA 1VEPA 3CHDA 4HU8A 2GDUA 3GNOA 3WDRA 1NOUA 1W1TA 3U7VA 3K8MA 4PMZA 4UQ9A 3MANA 1D3CA 1TR1A 1VAHA 3EYPA 2CIPA 3ZJ8A 1NWSA 3VOCA 3QHOA 1BLIA 3OZPA 1JIBA 3OLEA 3N11A 3WDPP 1K9TA 3N9KA 4QCEA 3T09A 3BAIA 2GVYA 1JFXA 3OA5A 2J8FA 3WDJA 1JAKA 3WL0A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3AML A;  3ZMR A;  3HU7 A;  1FOB A;  2VVS A;  2O9R A;  4JIE A;  2E8Z A;  2FHB A;  3NSX A;  2DEP A;  3A3H A;  2VR5 A;  2Y4S A;  4KH2 A;  1LLO A;  4CKQ A;  2HVM A;  2J7B A;  1W2V A;  1EOM A;  5BWF A;  3MUA A;  1UH2 A;  2WVU A;  2XSB A;  4GKL A;  4OUE A;  4P7R A;  2WMH A;  5A6A A;  3T2O A;  4UFL A;  3BLK A;  1TA3 B;  3RIL A;  2WAN A;  3VUP A;  2OWC A;  3SCN A;  5CG0 A;  1HVQ A;  1OJP A;  3OLD A;  3VIO A;  1NP0 A;  4UQD A;  1MWO A;  5AY7 A;  1D2K A;  2J7H A;  5CGM A;  1E6X M;  4U5I A;  3EDE A;  4YN5 A;  4XV0 A;  4ATD A;  3CZE A;  2VVN A;  2CYG A;  5D9O A;  4PMY A;  1KGU A;  2MAN A;  2DSK A;  3GXF A;  3ECQ A;  4HTY A;  1TZ7 A;  1BVZ A;  4GXP A;  4WK9 A;  3WQV A;  1UR8 A;  5CGT A;  5CLW A;  3AZT A;  4TX8 A;  3AMD A;  3LPF A;  1OJO A;  3VD4 A;  2D2O A;  1VRX A;  1CBG A;  1RH9 A;  3SUW A;  1QNR A;  4AEF A;  3RM4 A;  4H04 A;  3VNZ A;  4FF5 A;  2WZH A;  5E70 A;  1PZ3 A;  3IJ9 A;  4MJ4 A;  1FP8 A;  3GH4 A;  3M46 A;  1EIB A;  2J7D A;  2YL6 A;  2PWD A;  1J0M A;  3OIH A;  3BCD A;  2QV4 A;  2BNJ A;  3RME A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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