4D6HA

Crystal structure of a family 98 glycoside hydrolase catalytic module (sp3gh98) in complex with the type 1 blood group a-tetrasaccharide (e558a x02 mutant)
Total Genus 219
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
219
sequence length
587
structure length
587
Chain Sequence
EVDKRREINNEHPLLMMPLYANGEEFNQGKYTFWGGDTLTGKWENIPDDLKPYTVIQLHPDDLPKRDGAARDFYEHMLEEAAKYVNPKTGKNEPIPVILTVYTAGNMPYYTSAHWLSTSWIDKMYQKYPNLHGIFSTASYWIWANDIENKAADYLKVSAKNGGYFIWAEQNSGSAIEKAFGKNGKIAFQKSVDKYWKNLIFMFKNTPAAEGNDSTTESYMKGLWLSNHTYQWGGLMDTWKWYETGKWKLFASGNIGKSQGDRQWLTEPESMLGEEALGVYLNGGVVYNFEHPAYTYGVNNKESLLFSEVIKEFFRYVIAHPAPSKEKVLEDTKVFIHGDYSNKGNGKFFVNVNTDREQTPLYMTGRYNVIPAIPGVLKTDKLKESVSSSRIQIKEITSPEFSSTQARKEYLNKLYPMNYEGDIFAQKLDNRWFVYNYKVNENVKQTGKLKFNSLEMNVEFEPHTYGIFERISNGLKVNLNNFRTNKDSLWSNAQDANQAKKLPQLTKKGAIKWIEEHYIKDTQFGEKRVTKIVLRGIDKLPTIHSLSGTNNSYDQPSLNFDQKNHMVTITINSNGNLEFELHFLEHT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Towards Efficient Enzymes for the Generation of Universal Blood Through Structure-Guided Directed Evolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords GLYCOSIDE HYDROLASE
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 219
structure length 587
sequence length 587
ec nomenclature ec 3.2.1.102: Blood-group-substance endo-1,4-beta-galactosidase.
pdb deposition date 2014-11-11
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.220.10 Mainly Beta Sandwich Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3 Polysaccharide lyase family 8-like, C-terminal 4d6hA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4d6hA01
3.30.2330.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich arginine biosynthesis bifunctional protein fold family 98 glycoside hydrolase 4d6hA02
1J11A 2F2HA 4PMQA 2FH6A 1GVYA 3IK2A 1CXFA 3EYPA 3AISA 2J8FA 3NDZA 4AIOA 1Q6DA 1UKOA 3GH4A 2B31A 4HOXA 2W63A 1PX8A 1LXKA 1L0PA 2WPGA 1UR9A 1VFUA 4P8VA 1DWFM 3AROA 3CHFA 1E55A 3WUFA 3AXXA 1C82A 4AD4A 1VEOA 3WF1A 1MYRA 3AZTA 2Q8XA 3ECQA 1RP8A 4JCMA 2PWHA 1E5JA 1O6IA 1C8YA 3AIUA 1EQPA 5A1AA 3GBEA 3VX0A 2DT2A 4CUCA 1H4PA 1WZAA 4M29A 2WCOA 2CXGA 2GK1B 1WDRA 2O92A 1V3HA 3WELA 3T08A 3THCA 4QFUA 1MQRA 2WC7A 1C90A 3RO8A 2J7CA 1HVXA 3IJ9A 4HA4A 4BQ2A 2WYSA 1GZJA 1E6NA 3WIJA 4TX8A 4D6IA 1E6QM 4P8XA 3AZRA 4JFWA 3FW6A 3AYSA 3AS2A 5A2BA 3CZGA 4ZXOA 2DSVA 3HN3A 3UCQA 2GSJA 1M04A 5A6LA 1VB9A 3LPPA 1JDDA 3T0DA 2WSKA 5HPCA 1HJSA 5E70A 4AYSA 1E4NA 3ARXA 1IZKA 1GJWA 4PRWA 3KE0A 2EQDA 4HU0A 1W1TA 2IXVA 5DFAA 1TMQA 5I2UA 1FFRA 1E40A 2YKKA 2E0PA 3DYMA 3RM9A 4MTVA 5AC5A 3FXYA 3TTOA 3SUWA 3WDRA 4UQEA 4AD2A 2VZOA 1HKKA 3WDIA 4AEFA 3EMCA 1KR1A 5CQ1A 5CPQA 4ZENA 1E6SM 2OLHA 4LXFA 1OCQA 5AYIA 2WZHA 4MDPA 2Y24A 3FAWA 2W62A 2PF0A 3VM5A 4X0VA 1E15A 5A6MA 3AIWA 3PZMA 3AS3A 4DWSA 4M82A 1E6XM 2XFFA 1QW8A 5JBFA 4BQ4A 4PYSA 2W67A 4HZ8A 1UKQA 4HOZA 3MSDA 1ZU8A 1UWQA 2WC3A 1UD3A 3OLDA 2F8QA 2BXZA 3L4XA 3WMSA 2YL5A 1L8NA 5CPSA 4H8VA 2RGMA 4DUVA 1GOOA 1F9GA 1W91A 3NJ3A 3ARYA 4GZEA 3WN6A 5IHSA 1J0NA 3TOPA 3FHQA 1XSJA 5FL0A 1FHDA 1S46A 4CGTA 3MO4A 2ZE0A 2YBTA 3IJ7A 3SUUA 4LQ1A 5ECUA 2OYKA 2VZSA 3VGDA 3VIIA 1KXTA 3SUSA 4IPLA 2XPKA 1EA9C 1GPFA 2WC4A 4F9JA 4BF7A 5A6JA 3NSXA 2A3EA 3WL1A 3IAPA 3ARSA 2WMGA 1OJOA 1GNXA 3A4AA 1EHAA 5IDIA 2OSYA 3ZT6A 5M03A 4B9YA 1UH3A 4LYRA 4ATLA 1X6NA 2VVSA 3GXMA 1CWYA 3NUKA 4JFVA 4N42A 3AHYA 4CKQA 4UFJA 3SCRA 4Z2LA 1GQLA 1CXHA 1E1EA 4K68A 3GXDA 4W8BA 4UNIA 2CPUA 3OLIA 4W85A 3ZOAA 2BFGA 3PZVA 1NP2A 5A6BD 1QVBA 2WW5A 5C70A 4W5UA 3OIHA 2GFTA 2DSZA 4UFMA 3ZM8A 4OZOA 4FF5A 1RD6A 3CMGA 1ODZA 1P6WA 5JUVA 2WMFA 2VCBA 2CEQA 3W6LA 1W9PA 8CGTA 4ZE5A 2GDVA 1E72M 1B1YA 3WD1A 3RM4A 3QHNA 1Q4NX 2J7DA 2Y8VA 3OZOA 1OGGA 2CKRA 3A3HA 2E3ZA 5AC4A 1D2KA 2UY4A 4W7VA 3VIGA 4PTMA 4WLCA 2TAAA 4CD7A 1HF6A 4FLRA 1TZ7A 1K9TA 1E43A 2UY5A 2G41A 1JGIA 5BRPA 3W27A 2EEXA 3VILA 1HJWA 5I24A 2VCCA 1JFXA 4EANA 3NSMA 1PEZA 4FLSA 3QOMA 1QI4A 3VIOA 2E40A 3ARWA 3VOCA 1CXEA 1H41A 1QNQA 1OIFA 2J74A 3WUBA 4GO9A 4AD0A 1BG4A 1LWHA 4FK9A 1IV8A 4MB3A 2WBKA 2CHNA 2DDXA 3AIQA 3WFLA 4C7GA 2WSPA 2J8GA 5CLWA 1E6ZA 1OWQA 4HMEA 5GQBA 4GZJA 1HVQA 2ZXBA 1WDPA 1JD7A 3AIEA 1WDSA 4E8DA 1JD9A 2ZUWA 4NSBA 1B3YA 1HJQA 2GDUA 2O9OA 3CO4A 1WKYA 4WIWA 3VVGA 2ZIDA 4CD8A 1ISYA 1CDGA 3ARPA 1OBAA 4AWEA 3GXIA 3FHAA 2VZUA 3L4VA 2BHZA 1KFWA 1W9VA 2O9RA 2ZX5A 4KWUA 3MS8A 3ALFA 1AQ0A 4UFKA 3LPFA 4PN2A 1OJMA 1DWIM 5EFFA 4WSKA 4Z2GA 4OOUA 1BPLB 1G94A 3BCFA 3GZAA 3WD4A 1CXLA 3VGFA 3VDHA 1UQZA 1W2PA 1QHZA 2UY3A 1XD0A 3WQWA 5AY7A 2O9PA 4PSPA 1OIMA 2J62A 2XWDA 1N7NA 3T0AA 2BHUA 1WZMA 5IFTA 1H0GA 4CCDA 1FOBA 3GH5A 2YLAA 1MQPA 3EDKA 7CGTA 3II1A 3SCTA 3WQ4A 2ZUVA 3UESA 3L2MA 5ABFA 3UR8A 2ZX6A 4DM1A 1E1FA 3RM8A 4UQBA 1CLXA 1BFNA 2UWFA 1HN0A 1M01A 4AIEA 3CZEA 1JYVA 1KXHA 3POCA 2VOTA 1E3XA 2VJXA 4WSJA 2WCGA 4XB3A 3SCVA 1JZ2A 1G9HA 1CB8A 4GQRA 3T09A 3N11A 5GPRA 5A2AA 1N82A 3AMCA 3OGVA 4AC1X 5JBDA 1WZKA 1KGUA 1W9DM 1V6VA 4GO8A 2YDRA 1XD1A 2G4FA 2XGIA 3TP4A 3ZJ8A 1HIZA 1PZ3A 1C92A 2HVMA 3VIFA 2WVVA 3MV01 2OWXA 1H5VA 3BMVA 1EHNA 4QDMA 3CHCA 1VF8A 2VT0A 3UETA 4AZCA 4GI8A 5EMYA 2BY3A 3QGVA 4PUEA 1UQYA 3W37A 1TVPA 1RWCA 4OBRA 3MMUA 4KRUA 1GW1A 1ITXA 2AAAA 7TAAA 1V0MA 4PMVA 1V6UA 1E4LA 5A8PA 3WDHA 2WBGA 3WF0A 1J0IA 2PC8A 1MXDA 1MW1A 2DIJA 2X0YA 1EGZA 1MW3A 1HL8A 3BAKA 3K8MA 5A6AA 5DEZA 1AQHA 1FH8A 2CBUA 1UR1A 3OGRA 3FNDA 1VBUA 4UQAA 3WEMA 4C7FA 1BVNP 3ZJ7A 2XHYA 4URIA 3AOFA 4QLKA 3FN9A 5I79A 4UZSA 3DYOA 3VTRA 1JNEA 5CSYA 5DT5A 7A3HA 5JBEA 3U7BA 6CGTA 2XYLA 1ISWA 2ZICA 4ZXLA 1UWRA 4UCFA 3AS0A 5CZKA 2QV4A 4MDOA 3GNPA 2IXUA 2J75A 5CLTA 2BRVX 1UOKA 4JHZA 4CU8A 1V3JA 2J7GA 3VIHA 1B3ZA 3T2QA 3MKKA 4D1IA 4CD5A 5BXPA 1V03A 5BYWA 3AXHA 1JYNA 4RE3A 3OBAA 1R86A 4HZ7A 3WF2A 3JUGA 1H09A 3VD9A 3OZPA 4JHOA 3EDEA 4NF7A 5I3DA 1PX4A 4R27A 3GXFA 1TA3A 3MMWA 2BY0A 4D71A 4MAZA 1UD2A 4PMNA 3N9KA 1QNRA 2DSKA 3DC0A 4V2XA 1JL8A 4W87A 1XCWA 4P8WA 1GHSA 1YQ2A 5DMYA 2QMKA 1J0KA 1AVAA 4J28A 1OJPA 2JF7A 2YOCA 1VFMA 4YHGA 4W7WA 1C8XA 5E09A 4PTVA 2ZX9A 4WF7A 4GI9A 1J10A 1B31A 2DT3A 1CGYA 4FLQA 2DEPA 5CJ5A 5LYRA 3UR7A 1XSKA 3CUIA 1EQCA 1CGUA 5BXSA 1ZS2A 4F66A 2ZXAA 1GOIA 2J25A 3NSNA 1D7FA 2G3MA 4M8UA 1GOWA 4ACZB 5E6YA 1XHGA 5A95A 5CGMA 2CERA 1QI0A 2FGZA 3BLKA 3D5HA 1WB0A 1VRXA 3WNPA 1AQMA 3WEOA 5LA1A 1HNYA 1KQZA 4HP5A 3ZR5A 3QHOA 5ABGA 3UG5A 2VMFA 1V6XA 3KL3A 3N12A 1UZ1A 3U5UA 4RE2A 3OLEA 4OOZA 3EDDA 2C8NA 1HKMA 1VBRA 3GBDA 1EO5A 2QHAA 2VI0A 3ZMRA 2WAGA 3NCOA 2J7FA 4AZ5A 1JZ7A 4M56A 4GINA 3WDJA 2W4XA 3WKZA 2WMIB 3M7SA 1UA7A 3B8SA 2YIHA 1J0YA 2ZXDA 3A47A 5C8BB 4MNJA 3OLGA 2D0FA 1PIGA 1JZ8A 1GORA 4AD5A 1E9LA 4KMQA 4KRTA 2FDMA 3BAYA 4JFTA 3WMCA 1WNOA 2A3BA 2G3NA 1NH6A 1BYCA 1GONA 3ALGA 4MPKA 3BH4A 5I23A 4F9DA 2XM2A 1LG1A 4E4PA 1NOUA 4LGXA 4P7OA 3HMCA 1MW2A 1V3KA 4LPCA 2WWDA 4WKHA 5TD4A 5BROA 1QNPA 4U2YA 4B9ZA 2GK1A 1U33A 5FKYA 3ZSTA 2QPUA 2WLZA 1W1VA 3TTSA 2VCAA 1VFOA 2BRPA 4QCEA 1YHTA 2E8ZA 1EH9A 2W5FA 3DHUA 4BQ3A 4GI6A 1M53A 1X6LA 3BSGA 2D3LA 4A3YA 1UD5A 2BY1A 5E0CA 3WNKA 4H8UA 1V0NA 3AFBA 4D1JA 4XZBA 3SEPA 9CGTA 1GQIA 2OWWA 3NDYA 3K8KA 4NI3A 2J7EA 4AZGA 2OYMA 1LLOA 5CSUA 1GCYA 2J77A 3WNLA 3N1AA 1XSIA 4PBGA 1KCKA 2JF6A 4GQQA 1NQ6A 4F79A 1VEPA 2VX5A 4JCLA 5JIPA 4P7LA 4X9YA 1BG9A 2G3JA 1C7TA 2J4GA 3FY1A 3K4AA 5D8WA 4HPHA 5A6SA 2EXOA 5DO8A 4Z2KA 2O9TA 5A8NA 1KWKA 4FLOA 2XSAA 2Y4SA 4ZE4A 1VENA 5EB8A 2YA1A 4NRSA 1K9EA 1GOKA 1ZBCA 3WQVA 4EE9A 1E0WA 2JEPA 1FA2A 1CBGA 2D2OA 2XM1A 3O9NA 3LPGA 4D6EA 5GNYA 1K9FA 3SCOA 2J7HA 4S3JA 1UYQA 4W88A 1BLIA 4JFUA 1XC6A 4Y7EA 1JZ5A 4CD6A 1QI3A 5DF0A 4GKLA 2WANA 4X0NA 3AXIA 3BAJA 5LA0A 1C8QA 4AZ6A 3CUGA 3J7HA 4QCFA 1HT6A 5JIWA 4TX6A 5A8OA 1EDGA 5EBAA 3ZIZA 4JIEA 3AJ7A 2G8ZA 3PZTA 4TTUA 1ITCA 2FH8A 2XUCA 4P7QA 2CBVA 1US2A 3W4RA 1V0KA 3KL0A 4W89A 3IJ8A 4BA0A 4TVCA 2WVUA 2CKSA 1A47A 2WXDM 2JALA 2EPNA 2ZUUA 5F7UA 5BXRA 1EOMA 2EJ1A 3W26A 1CENA 2W91A 2DGAA 1HJXA 3M46A 4JZ5A 1W1YA 6A3HA 3VNZA 1K9DA 2ESCA 2PWEA 2FGLA 4QP0A 3VU2A 3PN8A 1V3MA 2CHOA 2YBUA 1HX0A 1KCLA 2PWGA 4Q7NA 2CNCA 2JFEX 3L4ZA 5HDRA 1JZ6A 1OB0A 2W61A 5D9MA 3AIRA 1OGBA 1E4MM 3CUHA 5A2CA 3AICA 2E22A 4HA1A 2BV9A 2VRJA 4B3KA 1B2YA 4QLLA 4ACYA 1QHPA 1NP0A 2ZWZA 2VUYA 4RL3A 3RJYA 3RCNA 2X2YA 1W1PA 1ESWA 4B3LA 1KB3A 2WKLA 3DECA 1DHKA 1JF6A 3ARZA 3ARVA 3IAQA 3VKKA 1OD0A 1ZBKA 2G3IA 4AD3A 1WO2A 1XH1A 4UR9A 3WD2A 1HM3A 1QNSA 4D6CA 2D3NA 2E9MA 1BVZA 2ZWYA 1JDAA 3I3BA 3WD0A 1HM2A 2A3CA 1JF5A 1VIWA 3B9AA 3CHEA 3K8LA 3S6TA 4H41A 3W0KA 4WKAA 2VQUA 4J27A 2ZXQA 2ZUMA 3W29A 2DQXA 1TE1A 2WB5A 1LWJA 1MFUA 1M7XA 4JFSA 4PSRA 5EFDA 4CVUA 4NRRA 3VD7A 1C7SA 1MWOA 4MNLA 1FHLA 5A6BA 1JYXA 1RWAA 2VZVA 2WZIA 3NIYA 2UY2A 4UOJA 3RDKA 1NM9A 2XG9A 4A3HA 2BVDA 3WUGA 4TOQA 1W3LA 5KEZA 1CGWA 1PAMA 4HU8A 4IISA 2WMHA 1CGXA 3K4DA 1E0XA 3VMNA 1I75A 1B3VA 2GJXB 3W25A 3K46A 3WBEA 1XCXA 1MW0A 1WPCA 1UKSA 2VQTA 2PBGA 3VX1A 1G0CA 3SCPA 1JZ3A 1B3WA 4WJXA 1OGSA 2WCSA 3CTTA 5D9NA 4WK9A 2WHMA 4V27A 1UWTA 3ARRA 4AZ7A 2Y2WA 1AMYA 3VIJA 3PHAA 2V5CA 1TG7A 1H2JA 5D8ZA 3HU7A 3WDPP 3MANA 1N7OA 1QI2A 4CN1A 1R87A 1M03A 4H8HA 4BS0A 1NWTA 2V3DA 1LF1A 3D3AA 2VR4A 2HISA 3U7VA 5M17A 4PMYA 2VTFA 1R7OA 3AQUA 1NWRA 4UQDA 4GPNA 4XX6A 1V3LA 4J7RA 3O6AA 3GNRA 3F5KA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1J11 A;  2F2H A;  4PMQ A;  2FH6 A;  1GVY A;  3IK2 A;  1CXF A;  3EYP A;  3AIS A;  2J8F A;  3NDZ A;  4AIO A;  1Q6D A;  1UKO A;  3GH4 A;  2B31 A;  4HOX A;  2W63 A;  1PX8 A;  1LXK A;  1L0P A;  2WPG A;  1UR9 A;  1VFU A;  4P8V A;  1DWF M;  3ARO A;  3CHF A;  1E55 A;  3WUF A;  3AXX A;  1C82 A;  4AD4 A;  1VEO A;  3WF1 A;  1MYR A;  3AZT A;  2Q8X A;  3ECQ A;  1RP8 A;  4JCM A;  2PWH A;  1E5J A;  1O6I A;  1C8Y A;  3AIU A;  1EQP A;  5A1A A;  3GBE A;  3VX0 A;  2DT2 A;  4CUC A;  1H4P A;  1WZA A;  4M29 A;  2WCO A;  2CXG A;  2GK1 B;  1WDR A;  2O92 A;  1V3H A;  3WEL A;  3T08 A;  3THC A;  4QFU A;  1MQR A;  2WC7 A;  1C90 A;  3RO8 A;  2J7C A;  1HVX A;  3IJ9 A;  4HA4 A;  4BQ2 A;  2WYS A;  1GZJ A;  1E6N A;  3WIJ A;  4TX8 A;  4D6I A;  1E6Q M;  4P8X A;  3AZR A;  4JFW A;  3FW6 A;  3AYS A;  3AS2 A;  5A2B A;  3CZG A;  4ZXO A;  2DSV A;  3HN3 A;  3UCQ A;  2GSJ A;  1M04 A;  5A6L A;  1VB9 A;  3LPP A;  1JDD A;  3T0D A;  2WSK A;  5HPC A;  1HJS A;  5E70 A;  4AYS A;  1E4N A;  3ARX A;  1IZK A;  1GJW A;  4PRW A;  3KE0 A;  2EQD A;  4HU0 A;  1W1T A;  2IXV A;  5DFA A;  1TMQ A;  5I2U A;  1FFR A;  1E40 A;  2YKK A;  2E0P A;  3DYM A;  3RM9 A;  4MTV A;  5AC5 A;  3FXY A;  3TTO A;  3SUW A;  3WDR A;  4UQE A;  4AD2 A;  2VZO A;  1HKK A;  3WDI A;  4AEF A;  3EMC A;  1KR1 A;  5CQ1 A;  5CPQ A;  4ZEN A;  1E6S M;  2OLH A;  4LXF A;  1OCQ A;  5AYI A;  2WZH A;  4MDP A;  2Y24 A;  3FAW A;  2W62 A;  2PF0 A;  3VM5 A;  4X0V A;  1E15 A;  5A6M A;  3AIW A;  3PZM A;  3AS3 A;  4DWS A;  4M82 A;  1E6X M;  2XFF A;  1QW8 A;  5JBF A;  4BQ4 A;  4PYS A;  2W67 A;  4HZ8 A;  1UKQ A;  4HOZ A;  3MSD A;  1ZU8 A;  1UWQ A;  2WC3 A;  1UD3 A;  3OLD A;  2F8Q A;  2BXZ A;  3L4X A;  3WMS A;  2YL5 A;  1L8N A;  5CPS A;  4H8V A;  2RGM A;  4DUV A;  1GOO A;  1F9G A;  1W91 A;  3NJ3 A;  3ARY A;  4GZE A;  3WN6 A;  5IHS A;  1J0N A;  3TOP A;  3FHQ A;  1XSJ A;  5FL0 A;  1FHD A;  1S46 A;  4CGT A;  3MO4 A;  2ZE0 A;  2YBT A;  3IJ7 A;  3SUU A;  4LQ1 A;  5ECU A;  2OYK A;  2VZS A;  3VGD A;  3VII A;  1KXT A;  3SUS A;  4IPL A;  2XPK A;  1EA9 C;  1GPF A;  2WC4 A;  4F9J A;  4BF7 A;  5A6J A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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