4D71 | Genus

Total Genus 221

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	221
sequence length	586
structure length	586
Chain Sequence	EVDKRREINNEHPLLMMPLYANGEEFNQGKYTFWGGDTLTGKWENIPDDLKPYTVIQLHPDDLPKRDGAARDFYEHMLEEAAKYVNPKTGKNEPIPVILTVYTAGNMPYYTSAHWLSTSWIDKMYQKYPNLHGIFSTASYWIWANDIENKAADYLKVSAKNGGYFIWAEQNSGSAIEKAFGKNGKIAFQKSVDKYWKNLIFMFKNTPAAEGNDSTTESYMKGLWLSNHTYQWGGLMDTWKWYETGKWKLFASGNIGKSQGDRQWLTEPESMLGEEALGVYLNGGVVYNFEHPAYTYGVNNKESLLFSEVIKEFFRYVIAHPAPSKEKVLEDTKVFIHGDYSNKGNGKFFVNVNTDREQTPLYMTGRYNVIPAIPGVLKTDKLKESVSSSRIQIKEITSPEFSSTQARKEYLNKLYPMNYEGDIFAQKLDNRWFVYNYKVNENVKQTGKLKFNSLEMNVEFEPHTYGIFERISNGLKVNLNNFRTNKDSLWSNAQDANQAKKLPQLTKKGAIKWIEEHYIKDTQFGEKRVTKIVLRGIDKLPTIHSLSGTNNSYDQPSLNFDQKNHMVTITINSNGNLEFELHFLEH

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__8712820082543375__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__8712820082543375__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4D71/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__8712820082543375__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"8712820082543375","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4D71/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__8712820082543375__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Streptococcus pneumoniae
publication title	Towards Efficient Enzymes for the Generation of Universal Blood Through Structure-Guided Directed Evolution. pubmed doi rcsb
molecule keywords	GLYCOSIDE HYDROLASE
total genus	221
structure length	586
sequence length	586
ec nomenclature	ec 3.2.1.102: Blood-group-substance endo-1,4-beta-galactosidase.
pdb deposition date	2014-11-19

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF08306	Glyco_hydro_98M	Glycosyl hydrolase family 98
A	PF08307	Glyco_hydro_98C	Glycosyl hydrolase family 98 C-terminal domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.60.220.10	Mainly Beta	Sandwich	Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3	Polysaccharide lyase family 8-like, C-terminal	4d71A03
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	4d71A01
3.30.2330.20	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	arginine biosynthesis bifunctional protein fold	family 98 glycoside hydrolase	4d71A02

1QW8A 3PZMA 1GJWA 3CPUA 2VZSA 3G6MA 1CPUA 2XIBA 1B31A 4MB4A 2YA2A 2J7DA 3PZQA 1W9DM 4U33A 5E0CA 5ABGA 3ARSA 1E56A 5HBFA 1HM2A 2UY5A 4LGXA 4ZE5A 2XGBA 4U31A 2D20A 1QNSA 1Y7VA 4AIEA 4HOXA 1MQRA 3WD1A 2XGIA 4JKMA 3S2CA 4WKFA 3FHQA 1C7TA 1EA9C 3ZSTA 4GXPA 3RO8A 1PAMA 2WBGA 1WDRA 2JFEX 4IUGA 3DHPA 4P7QA 1HNYA 3CMJA 4AY1A 2RGMA 5EBAA 1V3LA 1H41A 3GNPA 4J7RA 4PUEA 4RE2A 3W29A 1RW9A 3N9KA 4QCFA 3AYRA 5M5DA 4E8DA 2CERA 3ECQA 1J0ZA 3OZPA 2D22A 2BY3A 1BVZA 2E40A 1NARA 3WH9A 5A6KA 3WEMA 2WM0A 1VFUA 1NOFA 3W26A 3VINA 2GK1A 3WEZA 3WH7A 2G8ZA 1XV8A 3CO4A 1E6XM 4NI3A 1GQKA 1CXFA 2V3GA 3AI0A 4JFWA 1LWHA 1W3LA 5ABFA 4B9ZA 4D6GA 2W63A 4XX6A 3ZT6A 1LQ0A 1FH9A 4C7FA 4CN6A 4HMEA 3MSGA 3W24A 5EB8A 3AMLA 2EEXA 2CESA 5A6AA 1JDAA 2JIEA 4GI9A 2VNCA 1WE5A 2X2YA 4GZIA 3ARPA 1HMWA 2OYMA 4HP5A 1CIUA 1K9EA 1BG9A 1TMQA 3WH6A 3EMCA 3WF3A 2WVSA 4AZCA 4D6HA 1PX3A 2CBVA 3M6DA 1BYAA 3FNDA 1TA3B 2EXOA 3SCNA 5CPSA 3EDEA 1LL7A 4J3VA 2XHYA 1X1JA 1PIGA 5A69A 3PZOA 1TE1A 1H4PA 1HKIA 1VJSA 1E71M 2D0FA 4KWUA 3AIUA 3O9NA 3W25A 2D1ZA 3WD2A 2WYSA 1GOOA 2YL9A 1W9XA 4AD2A 3CLWA 4B16A 4QLLA 1LXKA 1E43A 2GDUA 1MQPA 3VGDA 2CPUA 4PUDA 3VGHA 1MXDA 2YKKA 4B3LA 4PTXA 3THDA 4JFTA 3CHCA 4CUCA 4JFSA 1BGAA 1XSJA 2V5CA 3VGBA 1ZJBA 4BQ4A 3ARWA 1Z32X 3WNPA 2YDQA 3KE0A 3CHFA 5DO8A 3WF1A 1H3GA 2PWFA 2YIHA 5CPQA 4WKHA 1DP0A 1QI5A 5CPTA 2JF7A 3U7VA 1JAEA 4HU8A 1MW1A 2XWDA 3AXIA 1DWIM 1QHZA 3TP4A 1JAKA 1R86A 3B8SA 2FGZA 4JFVA 2PWDA 3WD0A 1WNOA 1RP8A 2VZTA 2AAAA 2W66A 3TTQA 3VM7A 3BAIA 1DWFM 2FH6A 4UQDA 2XM1A 3VO0A 5CG0A 2ZX7A 2Y4SA 1UQYA 4W88A 1J0JA 2WZIA 2WPGA 3FAWA 2J7GA 2QMJA 4WSKA 2J8GA 1UA3A 4GO8A 4V27A 6TAAA 3RDKA 3K8LA 2ZUVA 2WKGA 2FHBA 3AHYA 4YPJA 1DWJM 3MUIA 4HZ8A 3T2OA 1H09A 3WH8A 1V0MA 4PMNA 1TCMA 3GH7A 4MB1A 2DDXA 3B9EA 3WDQA 1TVPA 1E0WA 4H8UA 4Q22A 1N7NA 2E9MA 2TAAA 5E0FA 3SCTA 2Z1KA 1L8NA 3N17A 1WP6A 1WB0A 4PCTA 5AYIA 2ZX8A 1CBGA 2C0HA 2EPKX 5D9MA 3IJ8A 5EFFA 2W62A 3A47A 3OLDA 3OG2A 1PZ2A 3E1F1 2Y8KA 4KGJA 2XIIA 1SFSA 4AIOA 2WMIB 1X1IA 1B2YA 1UD6A 2MANA 4UR9A 3AICA 2O9TA 1FOBA 1V3KA 3VNYA 1E6SM 5CSYA 2OYKA 2YBTA 3K8MA 2PWEA 2A3BA 4W7WA 1OIMA 3WFZA 1J18A 1X6LA 3MMWA 1C3FA 2XSBA 4B15A 5HOSA 4LYRA 1KCKA 1JFHA 3CH9A 3L4VA 5A2AA 3ZJKA 2VMFA 2BRWA 2YDRA 4GO9A 1ISXA 1JL8A 1WDPA 3VIOA 2ZXQA 3EDJA 1E72M 4WIWA 1E70M 2J79A 4GI6A 3MS8A 3FAXA 4D6JA 2G3IA 3AXXA 1B3XA 5JBEA 1HL9A 5E70A 4HOZA 1JGIA 2VCCA 4AW7A 2CBIA 4AYSA 2WCAA 3FY1A 3AOFA 2XM2A 3VDCA 1M53A 4EK7A 3GTNA 5TD4A 1UYQA 3AMDA 1J0KA 1HXJA 2VTFA 4GQQA 3F5LA 4AD3A 2DSVA 3BSGA 2WCOA 4UFHA 4NRSA 1QOXA 2WZHA 3CZJA 3MV11 1XH2A 4CCDA 1R85A 2QHAA 1E40A 1UD8A 2YLLA 1K9FA 2VCBA 2VQUA 2YA0A 1J0NA 4PTVA 2ZXDA 2VJXA 2Z1SA 2A3AA 1JZ6A 1UD2A 1WKYA 2C8NA 4LPCA 1E73M 1HM3A 4P7LA 2BRVX 1GNXA 5CZKA 4ZE4A 4ATLA 1HJUA 5E6ZA 3VD9A 2WC3A 4MTVA 1EDQA 3CGTA 1B30A 4B3KA 1ZBCA 3WL0A 3I3BA 1JG9A 4HZ6A 1KR1A 1ZBVA 3LPPA 2EJ1A 3A4XA 4FK9A 1UWIA 3SCRA 1RH9A 1KB3A 3N13A 5AC4A 1FFQA 3F4VA 4CD7A 2QMKA 2PBOA 4LX4A 1EHNA 7CGTA 2PWGA 4H41A 2GSJA 1RWGA 4MDPA 1XC6A 3NCOA 1QI2A 2XFYA 3HMCA 3W37A 3ZJ8A 2XFRA 3GXDA 2XVLA 5DT5A 1N82A 2E9LA 1RP9A 1U33A 3PBGA 1V6YA 1E6NA 2PB1A 2CKSA 4CD4A 2J8FA 1O6IA 4XZWA 4AIUA 2OWXA 1OCQA 1UR4A 4P8WA 3UCQA 3ZR6A 1OB0A 1V0KA 2AMGA 3MU7A 1HJSA 1EOMA 2UWFA 4AD1A 3PTKA 4RE3A 3AIQA 3MMUA 5I79A 1CXLA 3W6LA 1NWSA 4PBGA 3QHOA 1C90A 5BXTA 2VUYA 1KXTA 1W3HA 1NM9A 2D24A 2VOTA 3QR3A 4W87A 4S3KA 3AFBA 4WLCA 4LYPA 1JF6A 4JHZA 2W67A 2WVVB 2XVPA 3IAQA 1AQHA 4W84A 3BLPX 3WY1A 3AHXA 2DIEA 3VX0A 4TUFA 4GIAA 4KH2A 4F8XA 2WCSA 3UR7A 3MUAA 3POCA 1UD5A 4M1RA 3WDIA 3U5YA 1NP0A 4W5ZA 3VIMA 3MSDA 3UEQA 4ACZA 1BHGA 5CGMA 3VNZA 3WF0A 3CZLA 3SEPA 3RJYA 3M46A 3U5UA 3AQUA 2E9BA 2RGLA 1OWQA 2VI0A 5IHSA 1EOKA 2VZUA 3GXMA 2QF8A 1UZ4A 1OBAA 2QLYA 2DH3A 1TZ7A 3IK2A 1LWJA 1N7RA 1OGBA 2DIJA 2X0HA 1F4AA 1M04A 2J62A 3PZGA 1G0CA 3K8KA 4E2OA 3WDRA 4AZHA 1X1NA 1I1WA 1N7QA 3L4TA 3VPLA 2WC7A 4KGLA 4M8UA 2WNWA 1SMDA 4H8VA 4M24A 1H1NA 1OINA 4ZENA 4AMCA 2WLYA 4HPHA 1XH0A 3VD3A 3VU2A 1CTNA 5LA2A 3ARRA 3SCPA 2C7FA 2FH8A 2YJQA 1E0XA 3WUEA 2ZX9A 1VBRA 4D6EA 3CZEA 2G3NA 2BVTA 4Z2JA 1GZJA 1TFVA 5FD0A 4H7VA 1RWCA 3HJEA 1AMYA 3UR8A 2UY3A 2X1IA 4HA4A 5FIPA 4YHEA 3WDPP 2WMFA 1PIFA 3CHEA 2W92A 3AZTA 3RILA 5A6BA 3WN6A 4UOQA 1B0IA 4FLQA 4A4AA 4AD0A 3VMOA 3NJ3A 2WVVA 1JZ4A 1WDQA 2Y8VA 4OBRA 1JNDA 3PZIA 4PCSA 4A3YA 3VVGA 4AD5A 1UQZA 1FA2A 2CXGA 2YLAA 2YDSA 1DWAM 4UFMA 3DYPA 5A8OA 4FF5A 2D0HA 5AY7A 1W1YA 4KRTA 4EAMA 1LJYA 5DF0A 2WMKA 2X8RA 5C70A 3SIMA 2DSWA 4UCFA 3NDYA 2V3FA 3ZO9A 2OWCA 2E22A 1HJWA 1AVAA 1MW3A 1G1YA 1PPIA 3MO4A 3VM5A 5C71A 1GJUA 3GNRA 2FHCA 3WMCA 2BVYA 3OGSA 3F5KA 4D72A 2A3CA 2XSAA 3WMBA 3LMYA 3UG5A 1VJZA 1CECA 4M80A 3WKZA 1UD3A 2BHYA 1V03A 2CBJA 5FL1A 1BTCA 1A3HA 1JZ7A 4X0NA 2B31A 5E6YA 2EO7A 2WZEA 1ITXA 1V6XA 1UH2A 3A3HA 1U2YA 3WQ5A 1R7OA 3AZRA 1L0PA 1WAWA 1N7PA 5D9PA 1DHKA 2WHKA 1GONA 2D3NA 2J75A 3WSUA 4BQ5A 2WVTA 1E1EA 3WQ4A 4UFIA 1HN1A 5CLTA 2WWDA 3O6AA 1E4MM 4J27A 3PZNA 4UZUA 1EO5A 2GFTA 2GVYA 2V3DA 3T0BA 3GBDA 4PMRA 8CGTA 2D0GA 3T08A 3M07A 1E55A 5CSUA 1JD9A 4JCMA 1LF1A 3MANA 3AIWA 3WEOA 3WFLA 3GDBA 4DWSD 1V6UA 3N18A 3AHZA 1W2VA 3OGRA 3ZR5A 5IDIA 1M7XA 1UWTA 2Q8XA 3WUFA 1BFNA 5AYBA 1UR0A 4U3CA 4MPKA 4D6IA 1RWAA 2G4FA 3KL5A 4RL3A 1GQLA 3CZ8A 2F61A 4KMQA 1NOUA 3RPMA 4CGTA 1NH6A 4W8LA 3PTMA 9CGTA 3L2LA 1FH7A 2DT3A 1K9DA 2AOSA 3GXFA 3ZSSA 1FFRA 4CCCA 1PX4A 1BGGA 1C7SA 1V6WA 3BSHA 3ALGA 1EO7A 1UR2A 1R87A 4UQAA 5DFAA 1RWFA 1TVNA 4PMUA 2ZIDA 2BHUA 4Z2IA 2J74A 3KL3A 4HTYA 3OIHA 1UUQA 3WMSA 2CEQA 3OZOA 1JYXA 1OJPA 2QV4A 1UH4A 3TTOA 3EDFA 2BXZA 3W4RA 1UR1A 2X03A 4WJXA 4QDMA 1V08A 2GJRA 2V5DA 4OIFA 3UERA 4CU6A 4DWSB 3L4ZA 4AWEA 2UY4A 4F66A 1UKPA 3AZSA 3I3DA 4R27A 3VGGA 1CXIA 4D71A 1V0NA 1E6QM 3OLEA 1GHSA 4J3TA 1X6NA 2G41A 1CGTA 4AD4A 1BLIA 2FHFA 1DEDA 3IANA 3L4UA 1ZBKA 2W61A 3RJXA 1U30A 3ARZA 4CCEA 4FLOA 4F9DA 4OOZA 1R7AA 3VDBA 3ARVA 1XD0A 5A3HA 3WL1A 1E4LA 1TA3A 5A8NA 4NF7A 3NDZA 5LA1A 3NYDA 1Q6CA 1CGVA 4H2CA 1CXHA 1JYNA 2Q1FA 2ZXAA 1W3KA 1KBKA 5BRPA 3ZIZA 3VTRA 1H0IA 3FXYA 1WZLA 1OT2A 2IUZA 1EQPA 4MJ4A 5A8QA 1W1TA 3MUY1 4URIA 1I75A 4R5EA 4GINA 5LYRA 6A3HA 3VUPA 1XYFA 2JEQA 1NWTA 3A6OA 3RCNA 1HKKA 1UG6A 1C91A 5I6SA 1QVBA 1CLXA 1KXVA 4W93A 2BRPA 3WUBA 3A4WA 4UNIA 4XZBA 2J7FA 4ZFMA 1QBAA 3TTSA 1BF2A 1B3YA 3N12A 3VDAA 2BXYA 1RPKA 3ARQA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1YHT A;  1J0H A;  5HPO A;  1AQ0 A;  5BRQ A;  4IPL A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4D71A

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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