4D71A

Crystal structure of a family 98 glycoside hydrolase catalytic module (sp3gh98) in complex with the type 2 blood group a-tetrasaccharide (e558a x02 mutant)
Total Genus 221
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
221
sequence length
586
structure length
586
Chain Sequence
EVDKRREINNEHPLLMMPLYANGEEFNQGKYTFWGGDTLTGKWENIPDDLKPYTVIQLHPDDLPKRDGAARDFYEHMLEEAAKYVNPKTGKNEPIPVILTVYTAGNMPYYTSAHWLSTSWIDKMYQKYPNLHGIFSTASYWIWANDIENKAADYLKVSAKNGGYFIWAEQNSGSAIEKAFGKNGKIAFQKSVDKYWKNLIFMFKNTPAAEGNDSTTESYMKGLWLSNHTYQWGGLMDTWKWYETGKWKLFASGNIGKSQGDRQWLTEPESMLGEEALGVYLNGGVVYNFEHPAYTYGVNNKESLLFSEVIKEFFRYVIAHPAPSKEKVLEDTKVFIHGDYSNKGNGKFFVNVNTDREQTPLYMTGRYNVIPAIPGVLKTDKLKESVSSSRIQIKEITSPEFSSTQARKEYLNKLYPMNYEGDIFAQKLDNRWFVYNYKVNENVKQTGKLKFNSLEMNVEFEPHTYGIFERISNGLKVNLNNFRTNKDSLWSNAQDANQAKKLPQLTKKGAIKWIEEHYIKDTQFGEKRVTKIVLRGIDKLPTIHSLSGTNNSYDQPSLNFDQKNHMVTITINSNGNLEFELHFLEH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Towards Efficient Enzymes for the Generation of Universal Blood Through Structure-Guided Directed Evolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords GLYCOSIDE HYDROLASE
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 221
structure length 586
sequence length 586
ec nomenclature ec 3.2.1.102: Blood-group-substance endo-1,4-beta-galactosidase.
pdb deposition date 2014-11-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08306 Glyco_hydro_98M Glycosyl hydrolase family 98
A PF08307 Glyco_hydro_98C Glycosyl hydrolase family 98 C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.220.10 Mainly Beta Sandwich Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3 Polysaccharide lyase family 8-like, C-terminal 4d71A03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4d71A01
3.30.2330.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich arginine biosynthesis bifunctional protein fold family 98 glycoside hydrolase 4d71A02
1W9PA 4PTXA 2VX7A 3WDHA 3WEOA 4CU7A 3N17A 4RE4A 3TOPA 2O92A 3MMDA 1O6IA 2VL4A 4AZ5A 4PYSA 2Y24A 1JYNA 4DWSC 2AMGA 3AIUA 4HU0A 1OJNA 1ECEA 1CYGA 1W1YA 2BNJA 2VX5A 2X0HA 3PZNA 4W84A 4AD1A 2XM2A 3WY1A 3AHZA 1UWRA 1VEOA 1K6AA 2WSKA 2PWGA 1B2YA 3ZT6A 2AOSA 3GH4A 4ML4A 1M7XA 1C8YA 3EBVA 3MUZ1 3EDFA 1V3MA 5E6ZA 4BCEA 4E2OA 2MANA 2DT1A 3TTSA 3ZR6A 1BVZA 1GQJA 1XD1A 1N82A 2D20A 1W1TA 1QVBA 2EPNA 2WMHA 1BQCA 3VNZA 1HXJA 2WMIB 1QNPA 3SUUA 3IK2A 3M07A 2JEPA 5C8BB 1XD0A 3AIVA 3VMNA 2G3IA 4U2YA 1W9DM 3WL1A 1XRVA 3AMGA 3AHVA 2FH6A 1OWQA 1EO5A 2F2HA 3PZUA 3D5HA 1B30A 1HL8A 2DT2A 2DDXA 3WQWA 2VC9A 5ABFA 4AZHA 1H0GA 2Y4SA 1XSJA 2VMFA 3CZKA 1E3XA 3VU2A 3CUIA 1OGGA 3OG2A 2BXYA 2TAAA 4J3SA 2V3DA 4UTFA 4M8UA 1HIZA 1ZL1A 4H2CA 4LYPA 1E9LA 3VGBA 3M7SA 3L4ZA 1TVNA 3NCOA 4ZXOA 5I3DA 3KL5A 1BG9A 1FP9A 3HU7A 4FK9A 1UZ1A 3AROA 1JF5A 5C70A 1K9FA 1PX3A 2JEQA 1NOWA 1ODZA 1PIFA 1TUXA 1TE1A 4PMZA 4L4OA 1G0CA 1C7SA 2X03A 1H4PA 1W3KA 1KGXA 3VKKA 4WKFA 1GVYA 4NF7A 4MAVA 1DWFM 3NIYA 1GONA 5AY7A 1HM2A 4PSPA 4ATWA 3IAQA 1SFSA 4PMUA 1Q6DA 1F4AA 2GJXA 1D3CA 1I1WA 1RWFA 1QBAA 3ZJ8A 3BAIA 4MTVA 2DH3A 2VX4A 5BXPA 4LQ1A 3VDAA 2EQDA 1UD2A 1OSEA 3OLIA 2V38A 1HM3A 5DFAA 2CBVA 1C8QA 3QOMA 4KGJA 2VI0A 1W3LA 2G3MA 3DHPA 4KWUA 3UG3A 3VX1A 1NM9A 1JG9A 3N9KA 3NYDA 3VIJA 3MMWA 1JYVA 1VEPA 4HZ6A 4J27A 4AIEA 3ZT5A 1E6XM 2Y5EA 5HPCA 2DSZA 1E1FA 2J7EA 3AQUA 5A8MA 2XVLA 4AZGA 2G3JA 1Q6GA 1ESWA 1C92A 2CNCA 4HU8A 3VOCA 4WKHA 4AC1X 1VRXA 2FGLA 1JI2A 1B1YA 1GZJA 3DYMA 2RGMA 3CPUA 3QGVA 4XZBA 2W62A 1OM0A 1GQKA 4ATDA 5CQ1A 1JDDA 1E6PA 2OSWA 2C8NA 4CD4A 5A6JA 2BVTA 4GO9A 1XSIA 1Q6CA 3O2LA 1CZ1A 1HF6A 2JALA 4XB3A 3RM9A 1DWHM 1XCXA 1N7PA 1V3IA 2XGIA 4AZCB 2UWFA 7TAAA 1CENA 2GDVA 4CKQA 5I23A 1LJYA 4P8WA 1XHGA 3W53A 5A8NA 4QAWA 1GCYA 2J25A 2V5CA 2XTKA 4E8CA 1UG6A 4J28A 2OWCA 3CUHA 2O9RA 3GXIA 4HA4A 2WVVA 1NWTA 3TA9A 1DWJM 1V3KA 1Q4NX 3POCA 5A6BA 1A47A 2DSWA 2D3NA 3RCNA 4PRWA 5I24A 1F4HA 1J0NA 1PX4A 3W6LA 5IFPA 3W6MA 4HPHA 2OYKA 2J62A 2VCBA 4D6JA 1E0WA 1E72M 3ZM8A 5A69A 2CEQA 4D6FA 4F79A 3GTNA 4MB1A 3K4DA 3ARYA 3ARRA 7A3HA 2WBGA 4U33A 4QP0A 3RJXA 5F7UA 5CSUA 5EB8A 4Z2IA 4IISA 2XFYA 4TVCA 5E0FA 3ZJKA 1UD8A 3TTOA 3NSNA 4PCSA 1W1PA 1H2JA 3QOKA 4LPCA 1V6UA 3L2MA 3T2QA 2J8GA 4NSBA 1WZMA 1QI0A 4W88A 4AD0A 2XVPA 3F5JA 2Z1KA 1WZKA 1H1NA 1V6XA 1JAKA 1QHOA 1XH1A 4AWEA 2QMKA 1KB3A 2EPMX 2NT1A 3KL0A 1XYFA 4UR9A 2BY0A 4M82A 1UWSA 5A6KA 1KFWA 4GO8A 3CZEA 3EMQA 1UKOA 1IT0A 2JF6A 3AS2A 2BHZA 3K8KA 5D8WA 1UWIA 1MFUA 1UKQA 1Z32X 1UA7A 3VIMA 3AHTA 9CGTA 2FHFA 4UCFA 1LL4A 4UQAA 1GPFA 3UR7A 4TUFA 1K9EA 2WVSA 3AJ7A 5HXMA 2AAAA 1RH9A 2EPOA 5GQBA 1VIWA 3TTQA 4P8VA 4UZUA 2ZIDA 2CHNA 1D2KA 1X1HA 4MNKA 4D71A 4H04A 1C91A 1XC6A 3IANA 2YOCA 2WCSA 4D6DA 2DT3A 3FAXA 1V0KA 4JFVA 2G41A 5LYRA 1V0NA 4JFWA 4D6EA 1J0HA 5GNYA 1PZ2A 2W67A 3CHEA 1WO2A 3T08A 1BG4A 2CKSA 2HVMA 1QW9A 1E56A 1M53A 4X9YA 4UQEA 2WW5A 2XPKA 1RD6A 2EBNA 1ISZA 2ZX9A 3ARZA 3AS1A 3SCVA 5I0DA 4JCLA 4C7FA 4WF7A 5JBFA 2OLHA 4M56A 3VNYA 3ZMRA 1QI5A 4DUWA 4MPKA 1LF1A 2WC3A 5CG0A 3PHAA 4GINA 4EAMA 1CBGA 3WNNA 4EKJA 1ODUA 1MW0A 4MDOA 5A8QA 2BRPA 1GHSA 3WNPA 5BWFA 4B9YA 4CGTA 4M29A 2VO5A 1J0JA 1TG7A 2WZEA 3K46A 3BAWA 3SCTA 1W9VA 1EOKA 2V3GA 3ZOAA 2FH8A 1AQ0A 2BRVX 3WQVA 5KZ6A 3W38A 1U2YA 2CERA 2WHKA 1CECA 3ZR5A 2VZTA 1TA3B 2PC8A 4RL3A 3N13A 5HOSA 1D7FA 1E4IA 5BYWA 2PWFA 8A3HA 3SUTA 3RO8A 2JIEA 1KBKA 4UFIA 3RDKA 4AD2A 4ACZB 5M5DA 2YLLA 1MFVA 2FGZA 4H41A 3BLKA 4CD7A 4IUGA 2GJRA 1CXEA 3VIHA 2WANA 4AW7A 1FHDA 4XX6A 1JZ7A 3JUGA 3NDZA 4WSKA 4Z2GA 3VD3A 4B3LA 1KGUA 1WZAA 1WE5A 2XYLA 5A8OA 3ZT7A 2J7HA 1TVPA 4ATLA 3FY1A 2VR5A 3CZ8A 4EK7A 2CCRA 3F5LA 1W9BM 3N18A 4TTGA 5EFFA 3W82A 1HP5A 2UY2A 3RJYA 3CLWA 3PZGA 4MJ2A 4W7VA 4JFTA 2YL9A 3AMDA 4XUYA 1UKSA 1HKKA 4TXEA 4Z2HA 3GDBA 2XVKA 4BA0A 1H0IA 1VENA 3BAKA 1CPUA 3NSXA 3OGSA 3AISA 1N7RA 4PTMA 1K9DA 2WLZA 4H8HA 1EIBA 2DSKA 2YBTA 5GPRA 1E55A 4JAWA 3VGFA 1JNEA 2PWEA 3ARVA 3QHNA 1MW3A 1C93A 3MSGA 2DSVA 3AZRA 4OIFA 1UQYA 3BGAA 3MV01 1BGGA 4JHZA 3SUVA 3WBAA 1MQQA 4D72A 1AVAA 4XZWA 1IZJA 1KCKA 2PWDA 2D2OA 4DWSA 5IXEA 5M17A 4CD8A 2WC7A 3LPGA 1I1XA 1JZ6A 3VPLA 4DM1A 3VILA 4UQ9A 1J9YA 2J7GA 1UUQA 1QW8A 2J7DA 2QPUA 2WMFA 1XGZA 2VRQA 4BQ5A 4OKDA 3NJ3A 1ZBKA 3WF3A 3N12A 1JXKA 1HJXA 2GK1A 2WPGA 4UFKA 1CDGA 1EDGA 1LWHA 1J0YA 4AXNA 3VD7A 3AXXA 2X05A 2VVSA 4UFLA 3SIMA 2O9OA 1ZJAA 3WNLA 1UD5A 1G01A 5BROA 4AZ6A 3ECQA 4OJYA 1E0XA 4GZIA 1R7AA 1SMDA 4JFSA 1S46A 1CXIA 4HOXA 4E8DA 3I3EA 2ZX6A 1AMYA 3S6TA 1W9XA 1RWCA 4PSRA 1UA3A 1Y7VA 1HJQA 3CHFA 3O6AA 2CPUA 1OJMA 1E6ZA 1SMAA 1HJSA 4B9ZA 3VIKA 1B3WA 1H5VA 2E24A 2Z1SA 5D4YA 3LPPA 1YHTA 3W26A 3AIRA 2XIBA 3PZVA 4QFUA 1B31A 3THCA 4P7OA 1JZ2A 2EEXA 2J7CA 1WP6A 2F61A 3ZJ6A 5AC5A 4M1RA 3OIHA 1F9GA 1BTCA 3ARXA 2VQTA 2XUCA 2VOTA 3AZTA 1BYBA 3AIBA 1J01A 4JL2A 2DIJA 3L4UA 3QHMA 1TA3A 3AMKA 3THDA 3AI0A 5E9AA 2E40A 1VB9A 3NDYA 5A8PA 3RMEA 1CXLA 2ZUSA 3WH8A 1DP0A 2VRKA 3TTYA 5LA0A 1G1YA 1OCQA 3VDHA 4BZYA 3MS8A 5A6LA 1EQPA 1XYZA 1GJUA 1FH7A 4L4PA 2QMJA 2ZE0A 1AQHA 4ACZA 5FL1A 1MYRA 1EGZA 4TVUA 5A94A 4BQ4A 1NOFA 5A6AA 4YPJA 2OYLA 4YHGA 2OWWA 4PTWA 1C3FA 5DMYA 1WCGA 4WJXA 2D0HA 3AICA 3BMVA 3WUGA 4YHEA 2ZICA 2O9TA 4AD4A 2YL5A 3WN6A 1J0MA 3BSGA 1KR1A 2ZWYA 4JIEA 2J75A 2QV4A 3DECA 4JFUA 4S3KA 1GQLA 3QR3A 4D6CA 4KMQA 3SUWA 2XJ7A 1UD6A 2J47A 2W4XA 2Q8XA 4XV0A 2E22A 2A3EA 3RM4A 2E0PA 1R7OA 3KE0A 4M24A 3HMCA 3PZOA 2ZX7A 2WSPA 1XSKA 3UG4A 5A1AA 3K1DA 4HMCA 1KGWA 1M01A 4PMDA 2YA0A 4QLJA 2Y8KA 5ABGA 3IJ8A 1BHGA 1G94A 3WQ6A 2JF7A 1RWHA 1WB0A 4ZFMA 1JXJA 3KWXA 3WEMA 5CLTA 1JFXA 1GUVA 1OD8A 4NZCA 4GI8A 1KWGA 1NWUA 3BAJA 2QPSA 2YDSA 3WUFA 4TVDA 1JF6A 2C0HA 3VMOA 4B3KA 3FHQA 1MW1A 4Q7NA 1W1VA 1B0IA 2GVYA 1UR0A 5TD4A 5D9OA 1E4LA 3IJ9A 4W87A 3GM8A 4OOUA 4E4PA 1E40A 3MV11 1V02E 2JIWA 3OGRA 4FLSA 2JFEX 3CBWA 1WDQA 5BRQA 2BV9A 1CXFA 4JKKA 1GOKA 1C8XA 3L4XA 4CN4A 2NW0A 3WH7A 1BF2A 1UD4A 2VZUA 2WWDA 5HDRA 5LA1A 4H7VA 4ZE4A 1UH3A 1OIFA 1CWYA 3WMSA 3SURA 1NWRA 4OBRA 4MADA 3UEQA 2E8YA 2CXGA 4JKMA 3VGEA 3SCWA 5E70A 1CNVA 1E4NA 3CUFA 1JI1A 4K68A 2PI6A 3EDJA 3TONA 1B3ZA 2WDAA 1JIBA 1MXGA 3SCSA 4TTUA 1ZBVA 1SYTA 2J8FA 4U31A 1E5JA 2ZOXA 3ALGA 2IUZA 3EMZA 2GJPA 1QPKA 3EMCA 3T09A 1FP8A 1MW2A 1ISXA 1J0ZA 1DWIM 1MVYA 3AIQA 2WMIA 1M04A 2YJQA 5FL0A 2WHLA 2WBKA 1V6VA 2V5DA 1W3JA 2WMKA 1XH0A 1ZJBA 3OB8A 5D9NA 1X1JA 1OINA 4UFJA 1ITXA 3B9DA 6CGTA 3LMYA 1GNXA 4N0RA 3CHDA 1QNQA 2V3EA 2EPKX 4MJ4A 1FOBA 3ARPA 2WHJA 3ZIZA 4M81A 3GNRA 4RE2A 2ZXQA 3L2LA 2G3NA 1NP2A 2BS9A 2CITA 5A2BA 4F9DA 4CUCA 2ZWZA 1DWAM 2GFTA 1I8QA 3MANA 3UERA 4DUVA 4AIOA 1QI3A 1HJUA 1JD9A 2ZUNA 2EO7A 5A2CA 3GXFA 1VFUA 1KQZA 4KRUA 5FD0A 4CCCA 5FKYA 1JYXA 1R87A 1ITCA 5IHRA 2WKLA 1VBUA 1HKMA 2J77A 4J3WA 5DO8A 4P7LA 1JFHA 2BY1A 3CMGA 3AHYA 1KQYA 2VNCA 4MB5A 2G8ZA 3I3BA 4UFMA 1L0PA 5ABHA 3FAWA 3MUIA 1KWKA 3VIIA 5CSYA 1J10A 3E1F1 1CGYA 3PBGA 1KXQA 1CGTA 3T0AA 1HMUA 1CLXA 4M80A 3APGA 5EMYA 1GHRA 4HZ7A 3LPFA 1JZ8A 4V2XA 4GQQA 3GBDA 1P6WA 3UR8A 1JDCA 1BYDA 1UR9A 4D1JA 2V3FA 4P7RA 3W81A 4QCEA 1JZ4A 4LYQA 1IZKA 1R8LA 2WM0A 1JZ5A 4PMYA 5A6SA 4LYRA 2BVYA 1LL7A 5DEZA 1W32A 3M46A 1N7OA 3OLGA 1W3HA 1KCLA 4HA3A 4FF5A 2WB5A 1NWSA 5D9MA 3WUBA 3SCRA 3VUPA 4J3VA 3GH7A 1FHLA 3IAPA 2E8ZA 4P8XA 2Q1FA 1VEMA 1UR1A 2DGAA 3OLEA 1V0LA 1HMWA 1JYWA 4U5IA 4F9JA 2WK2A 5I78A 4GXPA 2ESCA 2YLAA 3OBAA 1HN1A 1LG1A 3BXWA 3AS3A 3CZLA 4D1IA 5M03A 1B90A 1E71M 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1W9P A;  4PTX A;  2VX7 A;  3WDH A;  3WEO A;  4CU7 A;  3N17 A;  4RE4 A;  3TOP A;  2O92 A;  3MMD A;  1O6I A;  2VL4 A;  4AZ5 A;  4PYS A;  2Y24 A;  1JYN A;  4DWS C;  2AMG A;  3AIU A;  4HU0 A;  1OJN A;  1ECE A;  1CYG A;  1W1Y A;  2BNJ A;  2VX5 A;  2X0H A;  3PZN A;  4W84 A;  4AD1 A;  2XM2 A;  3WY1 A;  3AHZ A;  1UWR A;  1VEO A;  1K6A A;  2WSK A;  2PWG A;  1B2Y A;  3ZT6 A;  2AOS A;  3GH4 A;  4ML4 A;  1M7X A;  1C8Y A;  3EBV A;  3MUZ 1;  3EDF A;  1V3M A;  5E6Z A;  4BCE A;  4E2O A;  2MAN A;  2DT1 A;  3TTS A;  3ZR6 A;  1BVZ A;  1GQJ A;  1XD1 A;  1N82 A;  2D20 A;  1W1T A;  1QVB A;  2EPN A;  2WMH A;  1BQC A;  3VNZ A;  1HXJ A;  2WMI B;  1QNP A;  3SUU A;  3IK2 A;  3M07 A;  2JEP A;  5C8B B;  1XD0 A;  3AIV A;  3VMN A;  2G3I A;  4U2Y A;  1W9D M;  3WL1 A;  1XRV A;  3AMG A;  3AHV A;  2FH6 A;  1OWQ A;  1EO5 A;  2F2H A;  3PZU A;  3D5H A;  1B30 A;  1HL8 A;  2DT2 A;  2DDX A;  3WQW A;  2VC9 A;  5ABF A;  4AZH A;  1H0G A;  2Y4S A;  1XSJ A;  2VMF A;  3CZK A;  1E3X A;  3VU2 A;  3CUI A;  1OGG A;  3OG2 A;  2BXY A;  2TAA A; 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