4D72A

Crystal structure of a family 98 glycoside hydrolase catalytic module (sp3gh98) in complex with the type 2 blood group a-tetrasaccharide (e558a l19 mutant)
Total Genus 216

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
216
sequence length
586
structure length
586
Chain Sequence
EVDKRREINNEHPLLMMPLYANGEEFNQGKYTFWGGDTLTGKWENIPDDLKPYTVIQLHPDDLPKRDGAARDFYEHMLEEAAKYVNPKTGKNEPIPVILTVYTAGNMPYHTSAHWLSTSWIDKMYQKYPNLHGIFSTASYWIWANDIENKAADYLKVSAKNGGYFIWAEQNSGSAIEKAFGKNGKIAFQKSVDKYWKNLIFMFKNTPAAEGNDSTTESYMKGLWLSNHTYQWGGLMDTWKWYETGKWKLFASGNIGKSQGDRQWLTEPESMLGEEALGVYLNGGVVYNFEHPAYTYGVNNKESLLFSEVIKEFFRYVIAHPAPSKEKVLEDTKVFIHGDYSNKGNGKFFVNVNTDREQTPLYMTGRYNVIPAIPGVLKTDKLKESVSSSRIQIKEITSPEFSSTQARKEYLNKLYPMNYEGDIFAQKLDNRWFVYNYKVNENVKQTGKLKFNSLEMNVEFEPHTYGIFERISNGLKVNLNNFRTNKDSLWSNAQDANQAKKLPQLTKKGAIKWIEEHYIKDTQFGEKRVTKIVLRGIDKLPTIHSLSGTNNSYDQPSLNFDQKNHMVTITINSNGNLEFELHFLEH

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYO1 (484-486)AH2 (459-465)TI9 (548-551)S1 (434-440)TIV1 (424-427)TIV2 (430-433)AH1 (443-448)TII1 (453-456)3H2 (532-535)TIV3 (528-531)S5 (584-589)TI2 (467-470)S2 (474-479)TI3 (468-471)TI4 (470-473)TII'1 (480-483)TI8 (527-530)TII2 (486-489)S3 (517-523)TI6 (506-509)TI7 (507-510)AH4 (538-547)S4 (551-557)AH5 (566-581)TI1 (429-432)TI10 (559-562)AH3 (489-503)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
publication title Towards Efficient Enzymes for the Generation of Universal Blood Through Structure-Guided Directed Evolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords GLYCOSIDE HYDROLASE
total genus 216
structure length 586
sequence length 586
ec nomenclature ec 3.2.1.102: Blood-group-substance endo-1,4-beta-galactosidase.
pdb deposition date 2014-11-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08306 Glyco_hydro_98M Glycosyl hydrolase family 98
A PF08307 Glyco_hydro_98C Glycosyl hydrolase family 98 C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.220.10 Mainly Beta Sandwich Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3 Polysaccharide lyase family 8-like, C-terminal 4d72A03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4d72A01
3.30.2330.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich arginine biosynthesis bifunctional protein fold family 98 glycoside hydrolase 4d72A02
4JKKA 4AD0A 3OGVA 4BQ2A 1PPIA 2CPUA 2J79A 1W3YA 2J7FA 4BQ4A 4W87A 4C7FA 5CQ1A 2ZE0A 1FFQA 3AXHA 1IZJA 2EO7A 1ZB5A 4TTUA 3MUZ1 1J0IA 2W5FA 2GSJA 3B9EA 4F9JA 2CBIA 3BH4A 1N7QA 3NDYA 4HMDA 8A3HA 3AMCA 2PF0A 2FHFA 5A1AA 1VEMA 1V6VA 3TP4A 5CPTA 1GVIA 1GOKA 5GNZA 3AMDA 4B16A 3RDKA 1ITCA 4AZCB 4XUYA 1KGWA 1OM0A 2WVUA 4AZCA 3GBDA 1G9HA 1V02E 3AOFA 5E09A 3A6OA 3QOMA 1E1FA 4Z2JA 4UTFA 1RPKA 1S46A 1EDQA 1HNYA 2AOSA 3AHVA 2VX6A 4ZE4A 1PIGA 1BTCA 3AIRA 4W7UA 2EXOA 2XVNA 4W85A 1HX0A 3AFBA 1C3FA 5A6KA 3EDFA 1NWRA 4KGJA 1E4IA 4OZOA 5DFAA 3CHCA 1WCGA 1TVNA 2WHKA 1GQKA 3N1AA 1BPLB 2O9TA 1DP0A 5A6AA 4UFJA 1WAWA 4CU8A 1QI0A 3N12A 4D6FA 1VBRA 3DYMA 4AW7A 3ARTA 2PC8A 3II1A 4F8XA 1R8LA 3VTRA 3SUVA 5CG0A 4PTWA 1VEPA 1FH8A 2J74A 5EFDA 5HNNA 4YHEA 2X2YA 4OOZA 4ACYA 3BAXA 2XSAA 1NQ6A 1UHVA 4UNIA 1EXPA 2WVTA 1XD1A 1UUQA 4DM2A 2PWDA 4W89A 3AMLA 1UD2A 4IPLA 1E43A 1UWTA 4S3KA 4DUXA 3CUJA 1WP6A 3HMCA 4MNKA 3VPLA 4P8VA 2YBTA 2ZXBA 1UH4A 3U7VA 2CETA 4HA1A 1VFFA 3CMJA 5AC4A 3W38A 1E3ZA 4U3CA 1CB8A 4PTMA 2A3EA 4P8UA 4RE2A 2VRJA 1UWQA 5BWFA 1ISWA 2G4FA 5A6BD 5I79A 1J11A 2ZXDA 4RE3A 3TTYA 4D6JA 1UR8A 4JCMA 2BRVX 1IT0A 3F5LA 4W7VA 1KXHA 4D72A 2E8ZA 2GK1B 2ZICA 1NOWA 2BVYA 3N17A 2GK1A 1FP9A 1ZJBA 3UCQA 3WMCA 5DT5A 6A3HA 2J7CA 3VX0A 1TMQA 4FLRA 2J77A 3QR3A 5ABGA 4W84A 4AXNA 1HJWA 1W9UA 3A3HA 1VENA 2RGMA 3ARVA 1A3HA 2VVSA 3WD4A 3W37A 4GXPA 1U33A 1BG4A 3L4UA 3GZAA 1V3LA 4MJ4A 4W86A 1WB0A 4Z2HA 4QLLA 3A4XA 1HIZA 4GIAA 1KCLA 3UEQA 4BA0A 2VCBA 5BXTA 2YDSA 4WKFA 3AIBA 3VU2A 4TVDA 1JI1A 3VM7A 1OT2A 2EEXA 4A3YA 1W9BM 2XFRA 4UQEA 1BYDA 5ABFA 3LPPA 1JGIA 5BCAA 1GHSA 3T0BA 2VQUA 1KCKA 1KGXA 3RJYA 3ZSSA 1NM9A 4MB1A 4Q22A 1JYNA 4L4PA 3VIPA 4PMZA 1DTUA 3AISA 2YA2A 4AC1X 2G3MA 1C7SA 4AZ5A 2XGIA 3AMKA 5A69A 4E8DA 2VO5A 3QHNA 4J3TA 3WQ5A 4AD3A 5DEZA 2VNCA 1RWAA 4R5EA 1QHPA 3EBVA 1JAKA 3L4ZA 5M17A 3T2OA 2XFYA 2BV9A 1BQCA 3WSUA 4ML4A 2EPNA 1JNDA 1B3YA 1OINA 1JIBA 2GDUA 1OIMA 3VD5A 1YHTA 3PZTA 2MANA 2YL9A 2DGAA 2VMFA 3ARYA 3K4AA 5A95A 3TTSA 5A94A 1QBAA 3ZT5A 4MDOA 1JZ7A 1WDQA 3RILA 2Q8XA 4GO9A 2XHYA 3GNPA 2BFGA 1CEOA 5DF0A 2DEPA 4EANA 1WZAA 1E5NA 3F4VA 4Y7EA 2J25A 3FHQA 1W1TA 1E6ZA 3SCWA 4CVUA 2BHZA 2YJQA 4GQQA 3VVGA 2E8YA 1SFSA 5IDIA 3W0KA 1CXKA 3IJ7A 1KQYA 1X1IA 1SR0A 1J0NA 1XD0A 1RWHA 2XGBA 3GH4A 2CBJA 4LYQA 1WDRA 1NWSA 2XUCA 3W6LA 4GI9A 4LPCA 1DWGM 1PZ2A 4NRSA 2X1IA 3AHXA 1XH0A 1H41A 1GOOA 3PTKA 3EYPA 4UOZA 2UY5A 2ZUTA 2WMKA 3GTNA 4HP5A 2WLZA 3WDIA 3CIVA 3WD1A 1H1NA 3WQ8A 3WDRA 3IAQA 1J0HA 4HA3A 4CD6A 1XGZA 1GW1A 3HN3A 4QCEA 2WKLA 3T2QA 1H5VA 2J7DA 1MW2A 3FW6A 1ISYA 1EOKA 3QHMA 1GOMA 5JBFA 3CGTA 2DH2A 5ABHA 2OSXA 4AIUA 4ZE5A 4FK9A 3B9DA 3WDQA 4U2ZA 4RL3A 3VDAA 3MV11 3TA9A 1E4NA 1JZ8A 1HKKA 4QFUA 4CCDA 1C82A 3WFZA 3ZJ7A 1OGBA 5A8OA 5CLTA 3EMZA 1BYAA 1CGXA 1RP8A 5CLWA 2D0FA 1JFHA 3SUTA 3WL0A 4CU7A 3UR8A 1W9XA 1E40A 1JZ4A 3MANA 4F66A 2WXDM 2DT2A 4TX6A 3MS8A 5I3DA 4V28A 1J0MA 1CGWA 1LJYA 2WMFA 3K46A 1HN0A 2DIEA 1E0VA 1C93A 1U30A 4YN5A 1N7PA 4PCSA 4CKQA 3FHAA 2OWXA 3BSHA 2C0HA 4HA4A 7A3HA 4AISA 3ARSA 1HM2A 2WMGA 2Y8KA 1V3KA 2FH6A 4ACZA 3WDPP 1SMDA 1CIUA 4ATDA 3ARZA 3VGDA 4AZHA 1JNEA 3AJ7A 3OBAA 4P7NA 2WHJA 1EDTA 4OUEA 4AZGA 3VGHA 4URIA 5I24A 1BFNA 4B9ZA 2RGLA 1WNOA 1KWGA 1JI2A 4F9DA 5A6LA 1NWUA 4UFKA 2E22A 4MB5A 3SCUA 1E72M 1J0JA 3RCNA 5BXRA 4C7DA 1HN1A 4HZ6A 2WDAA 2DSWA 5IHSA 2WCOA 1V0NA 1R86A 4XZWA 3LMYA 3ZJ6A 2NT1A 2QV4A 3AYSA 1TCMA 1V6XA 4IPNB 2VRKA 3UR7A 3CUIA 3VMPA 4FF5A 2ZUVA 1MFUA 3L2MA 3GXDA 2XVPA 3VIMA 2JIWA 1F9GA 5C70A 2XWDA 3BLKA 1DEDA 3F5JA 4P7RA 2WVSA 4XZBA 1XH2A 1JZ2A 3BXWA 3AHZA 4D6DA 3U5YA 1KFWA 4JL2A 2J47A 5EB8A 1OD0A 3OLGA 3VDBA 1X1JA 4MNLA 3VGBA 3OGRA 1B30A 1NARA 4N0RA 1C92A 4UFMA 2F2HA 5EBAA 3GH7A 5HOSA 4UFLA 5A6SA 1E6SM 5E0CA 4PMQA 1NP2A 3WEMA 1UKOA 2W67A 4MPKA 2WSKA 4AIOA 4U31A 2JFEX 3EMQA 4H8UA 1HL9A 1J0YA 4PTVA 3SUWA 3W81A 1HJSA 1O6IA 2NW0A 1UYQA 2VZOA 3KL3A 2JALA 3WQ6A 1EGZA 2F61A 1X1NA 5CGTA 2G41A 3AIUA 4WLCA 1DWFM 1WDPA 1JD9A 4PCTA 1N7NA 1F1SA 2DT3A 4W8BA 4UOJA 1QNPA 2BS9A 3ECQA 3GXMA 3FY1A 2WZEA 2J4GA 1W9DM 3AROA 2VZTA 2J7HA 4P7OA 1JAEA 4ATLA 1K9DA 1XYZA 1JDDA 4OIFA 2CITA 1Q4NX 1E4MM 1VEOA 1XC6A 2Z1SA 3M46A 4GINA 2DDXA 3TONA 2CBUA 2WWDA 2VTFA 3FXYA 1X6LA 1UR9A 1V03A 4JIEA 1CGVA 2GJRA 1CECA 3ZQ9A 4AZ6A 4PUDA 1I1XA 4J28A 2WANA 1JF5A 4PEEA 3MKKA 2WC3A 1PJ9A 4E2OA 1WDSA 2PWHA 1K9TA 1FFRA 3WQ4A 4DUWA 1ZBCA 2XPKA 5E70A 5FD0A 3APGA 4UOQA 2WHLA 1OT1A 4IUGA 3W28A 2OSWA 1ZBVA 4W5ZA 3AS0A 3DC0A 3W6MA 1R7AA 1G1YA 1CXEA 2D24A 4XX6A 2X0HA 1LL4A 3ARXA 4B3KA 4D6GA 4CCCA 5LA1A 4HOWA 1HMWA 1LF1A 4YPJA 3M7SA 5HXMA 1UD3A 2J8GA 2UWFA 4CUCA 1Q6FA 4U5IA 1WZMA 4AY1A 3WDJA 2E3ZA 1OSEA 1JXJA 2OYMA 3CUHA 2WSPA 1HJVA 1I1WA 1W1VA 3CTTA 1LG1A 1NOUA 1GOWA 4EKJA 2V5DA 1ISVA 3AICA 4IM4A 4UQCA 3WFLA 1ZU8A 2WM0A 1YQ2A 3W29A 3AYRA 4KWUA 2CHNA 1MYRA 1V6WA 4PTXA 3WBEA 3JUGA 2DSVA 2BHYA 2TAAA 3RMEA 3G6LA 3U57A 1W1PA 2ZX7A 2FH8A 4JFWA 2DT0A 1CBGA 1GJUA 4LYPA 3PTQA 3D5HA 1EDGA 4GZJA 1J12A 2Z1KA 1QI3A 5M3WA 1E0XA 2CHOA 2V38A 3EDEA 1H0GA 2A3AA 4FMVA 5EFFA 2XTKA 1GVYA 1QI5A 1HKMA 2ZUNA 3L4TA 3WMBA 1CENA 3OA5A 1PX8A 1CGYA 3WUBA 3EDDA 5I23A 1NOFA 1CWYA 2VUYA 3ALFA 3PZVA 2B31A 3PZIA 3AHYA 3CBWA 3VIIA 1FH9A 4MB3A 1UR4A 5A2BA 3S6TA 2V3FA 4N42A 3B8SA 1DWIM 1UR1A 2HISA 3OIHA 1JD7A 2D1ZA 3W4RA 1WO2A 3ZR5A 1KB3A 2W66A 1XSIA 1UH3A 1ZJAA 3RM9A 4MDPA 4JFVA 3CZJA 1SMAA 2DSZA 4ZXOA 2YL5A 2GFTA 1KWKA 1L0PA 1GQJA 1VAHA 4WK9A 4EK7A 2ZWZA 3NUKA 2PWGA 2CESA 3RJXA 4JKMA 3CZGA 5FIPA 3ARUA 1W9PA 3UETA 4EE9A 1UWIA 5IXEA 4GPNA 2D23A 3VD4A 5CPSA 3PTMA 2J8FA 5AYIA 5LA2A 4NI3A 4AEFA 4HU0A 1G0CA 1EQCA 2FDMA 1UWRA 3M07A 4XV0A 3VIKA 1JF6A 5FKYA 3MO4A 1V3MA 4E8CA 5DMYA 1CXFA 4H8VA 3VIJA 3PBGA 3N18A 3ARQA 1XCXA 5ABFB 3KWXA 5HPOA 4ZXLA 3VDCA 1ISXA 1C8XA 3PZUA 5GQBA 4PMDA 3IANA 2VCCA 4AYSA 1PIFA 2BY2A 2CKRA 2JIEA 3EDKA 3K8KA 5JBDA 3ALGA 4CN4A 1HXJA 2XYLA 4S3JA 3WNLA 3VO0A 1OWQA 3PZ9A 3WDHA 2WKGA 1HVXA 3OLIA 4WKAA 1E4LA 1V6YA 1GHRA 3AS3A 1QNRA 2IXVA 2VQTA 1V3HA 3ZR6A 2VC9A 2PWFA 2VT0A 3T08A 1D2KA 4JFTA 2VVNA 3AXIA 3WEZA 2GVYA 3K8LA 4HPGA 3NYDA 1E56A 3OLEA 1QHZA 3BC9A 3CH9A 1TA3A 3VIHA 5D8WA 1Q6CA 1QPKA 2WPGA 3K8MA 1IZKA 1GNXA 5CZKA 4MAZA 3WD2A 2QPSA 1LQ0A 1BG9A 2ESCA 3SURA 1WKYA 4ATWA 3AIVA 1BVNP 1P6WA 4TX8A 3SCNA 1FOBA 2YDQA 3TOPA 3RPMA 1E6QM 1K6AA 1F4HA 1US3A 3U7BA 4PMXA 3GM8A 1AQ0A 3K4DA 5A8QA 4WKHA 2JEPA 3NJ3A 1CNVA 4HTYA 2OWWA 4W8LA 1MQRA 3AZSA 2X03A 1E9LA 3FAXA 1W3KA 3VMNA 2ZX6A 3N15A 3SCRA 7TAAA 2J7EA 3VOCA 3O2LA 3WD3A 2V3DA 1V3JA 4HZ8A 2JEQA 2X09A 4A3HA 3MU7A 1LWHA 3J7HA 1XSJA 3SCVA 1M7XA 3WNPA 3VNYA 2EPOA 3SUUA 1V0MA 2AMGA 5JIPA 5A8PA 3S2CA 4WF7A 1KXVA 5A2CA 3WEOA 4KMQA 4OBRA 1LXMA 2YLAA 2G3JA 4TOQA 2XIBA 1W3HA 2YOCA 1JFXA 1KGUA 1VRXA 1PAMA 5HDRA 3KL0A 1DWHM 4JFSA 2O92A 4JCLA 1FHDA 1EIBA 2CYGA 1ZBWA 4X0VA 3DYPA 3WD0A 1DWAM 1UH2A 3WF2A 3SCQA 1BAGA 1QNOA 4J3SA 3WF0A 1H2JA 1E55A 3QHOA 1TE1A 5D9PA 1QOXA 2D22A 1PBGA 3I3BA 1FH7A 4GKLA 3PZGA 1EHNA 4IISA 1MW1A 1NP0A 1J0ZA 4PMRA 2WZIA 1D3CA 4J7RA 2YA1A 5D9NA 3TTOA 2GJXB 1EO5A 1N82A 3GH5A 2GJXA 3BAIA 1J0KA 3CMGA 5EMYA 4UR9A 5CJ5A 3FNDA 3AXXA 5A8NA 1UG6A 1JZ5A 2GUYA 1B3VA 1UA7A 2C8NA 3WUGA 1EA9C 4BCEA 1K9EA 1E6NA 1KR1A 2VZUA 3VGEA 6TAAA 3BAJA 4J3WA 1M03A 1F4AA 1W91A 2VR5A 4QLKA 3AZRA 4UQAA 3CUGA 1VFOA 2ZX5A 2W91A 5AYBA 1BYCA 3QOKA 1UWUA 2Y4SA 4ACZB 1L8NA 2YBUA 3E1F1 1EH9A 5I0DA 3AQUA 2ZUMA 4K68A 3RIKA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4JKK A;  4AD0 A;  3OGV A;  4BQ2 A;  1PPI A;  2CPU A;  2J79 A;  1W3Y A;  2J7F A;  4BQ4 A;  4W87 A;  4C7F A;  5CQ1 A;  2ZE0 A;  1FFQ A;  3AXH A;  1IZJ A;  2EO7 A;  1ZB5 A;  4TTU A;  3MUZ 1;  1J0I A;  2W5F A;  2GSJ A;  3B9E A;  4F9J A;  2CBI A;  3BH4 A;  1N7Q A;  3NDY A;  4HMD A;  8A3H A;  3AMC A;  2PF0 A;  2FHF A;  5A1A A;  1VEM A;  1V6V A;  3TP4 A;  5CPT A;  1GVI A;  1GOK A;  5GNZ A;  3AMD A;  4B16 A;  3RDK A;  1ITC A;  4AZC B;  4XUY A;  1KGW A;  1OM0 A;  2WVU A;  4AZC A;  3GBD A;  1G9H A;  1V02 E;  3AOF A;  5E09 A;  3A6O A;  3QOM A;  1E1F A;  4Z2J A;  4UTF A;  1RPK A;  1S46 A;  1EDQ A;  1HNY A;  2AOS A;  3AHV A;  2VX6 A;  4ZE4 A;  1PIG A;  1BTC A;  3AIR A;  4W7U A;  2EXO A;  2XVN A;  4W85 A;  1HX0 A;  3AFB A;  1C3F A;  5A6K A;  3EDF A;  1NWR A;  4KGJ A;  1E4I A;  4OZO A;  5DFA A;  3CHC A;  1WCG A;  1TVN A;  2WHK A;  1GQK A;  3N1A A;  1BPL B;  2O9T A;  1DP0 A;  5A6A A;  4UFJ A;  1WAW A;  4CU8 A;  1QI0 A;  3N12 A;  4D6F A;  1VBR A;  3DYM A;  4AW7 A;  3ART A;  2PC8 A;  3II1 A;  4F8X A;  1R8L A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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