4JBZA

Structure of mcm10 coiled-coil region
Total Genus 131
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
131
sequence length
401
structure length
401
Chain Sequence
MKIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPAAAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYAAGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSAVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDAALAAAQTNAAAMGVCQEKSKDELEDELRKMQAQMKKLQEQL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Replication
source organism Escherichia coli
publication title Mcm10 self-association is mediated by an N-terminal coiled-coil domain.
pubmed doi rcsb
molecule keywords MALTOSE-BINDING PERIPLASMIC PROTEIN FUSED WITH XENOPUS LAEVI
total genus 131
structure length 401
sequence length 401
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-02-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.5.420 Mainly Alpha Up-down Bundle Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces Immunoglobulin FC, subunit C 4jbzA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4jbzA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4jbzA01
1SW1A 4LATA 3IO4A 3PD9A 5AE4A 1B3HA 3M3LA 4PETA 2O51A 1MY1A 3TTNA 4FORA 3FD3A 1GVCA 1OLCA 4ISUA 1LFHA 3O2AA 2OWTA 3S9LC 5I57A 5H8NB 2XD3A 3UP9A 1DSNA 2O1MA 2I4BA 3N26A 1D9YA 1R9QA 4DXBA 3K2DA 4M4GA 1M5DA 5ITOA 4ZEDA 2QMXA 1F9BA 2UYFA 3QSLA 5K5GB 3EQ1A 1B5JA 2Y84A 5AA1A 5CMBA 1JM0A 3QYTA 5ICQA 4YICA 5A5XA 3KZGA 4R2BA 1OVUA 3FJ7A 1B46A 3TCHA 3O28A 1B51A 3T93B 3KN8A 1FQAA 4GODA 1NH7A 4PFTA 3S9NC 5KCJB 4KPTA 2ESNA 3LUYA 2ZYKA 1Y4CA 4GQOA 3FVOA 3VXCA 4LONB 3OSRA 1LT1A 3PD8A 2H5YA 5JTYA 3MVYA 1P1WA 4OVJA 4TOZA 4QFOA 3O6HA 4KYSA 3UORA 4BLAA 3I3VA 2O69A 1GV8A 4G8NA 3CR9A 3T22A 5I58B 4H8JA 3OO7A 3ZKLA 4G68B 2ZYOA 3IB2A 1QUKA 3KN3A 5ICTA 3PPPA 4OXVA 3TQLA 3T96B 2GHAA 3HHFA 1NKXA 1NNFA 3TDJA 1RYOA 3KEIA 3IOVA 1PB8A 1B4ZA 4OMBA 1JW4A 2H98A 4NTLA 1Z7NE 4PFYA 4GWOA 3JV9A 1ATGA 1H0TA 3MW0A 5LOMA 2VD3A 1A55A 1XS5A 4GIZA 2I3WA 3PUYE 3OELA 1B32A 2R9JA 5CMCA 5ISUA 4KCDA 4GOTA 2Y7RA 2P0SA 1B4HA 2DQVA 3CI8A 1B7HA 3C34A 1OQGA 3TKDA 2HFBA 4BDNA 2DWHA 3KG2A 5IAIA 1H45A 4WWIA 4Q0CA 1N76A 1NNPA 4NPDA 4G2ZA 2YLNA 3O6GA 4P0GA 4ND9A 4OEVA 2PT2A 3PMWA 1ZJLA 3N6TA 4FJPA 3B6TA 3MVZA 3ZSFA 1IZ1A 2QMWA 5H8NA 3FXDA 4OFJA 3W9VA 3CRBA 3TMGA 1EDKA 2RF1A 3TTMA 3MVWA 1MH3A 3O97A 3DP6A 2DE3A 1SBPA 2UVHA 3IB0A 2QRYA 1MY3A 5EYFA 5HM4B 1H3DA 3TAJA 2V3TA 2OK2A 3C4MA 3MPKA 3PH0A 4IO4A 5C39A 2DYXA 3CFLA 3K1NA 4XIGQ 3SKPA 1OVVA 3R26A 3R6UA 3V8XB 4G8MA 4LZ8A 1SYIA 1URDA 4NPEA 4EXKA 1JVXA 5KCJA 4KYEA 5ITPA 1M5FA 3IAZA 4GL8A 2UXAA 1ZXGA 3G3GA 3ECRA 1MXXA 4YZZA 3Q25A 4F3PA 2R44A 4DCYA 4IOIH 1WDNA 4THIA 3EF7A 3ZKKA 2QPQA 3KSJA 4NWCA 3H7MA 3RGYA 5I58A 4XKQA 4G68A 1URSA 2F6PA 3PUWE 4WEDA 1HSEA 4Z7EA 4YB7A 4X9TA 1FQDA 1N3XA 3OO8A 2KS1B 1SI1A 3R7XA 2B87B 4F1UA 2X7PA 2Z8EA 2AL5A 3KJTA 2IEEA 2D5WA 2ZYMA 1SD3A 4M1VA 4DXCA 3KSXA 1P1QA 1Q2NA 3MZBA 3GZGA 2XXTA 3PMVA 3H6VA 1MY4A 1N3WA 1VR5A 3G7WA 2E1SA 4ZEKA 2XXXA 1NL5A 3S9MC 1UIUA 5DTBA 5I2NB 1A8FA 3S9EA 1PBQA 1Q35A 2XHDA 4YMBA 1JEVA 3VVEA 4F39A 1Q1KA 2F7CA 4EYYQ 4G68C 1FTKA 1B7UA 4IY6A 3HPIA 3OOAA 4H65A 1GTKA 4LP2B 4N07A 3KOSA 4QSCA 1O7TA 2I8DA 1LB8A 4XKRA 4O3BA 4R74A 2XXIA 1NH8A 5CMKA 2OWSA 5H8FB 4OETA 3PPOA 2OLBA 4FE8A 1AH5A 4YKPA 1HSLA 4OERA 4QF9A 1LAHE 4O3CA 1JW5A 1LB9A 5TPAB 2V93A 3PPNA 3KJ7A 1RYXA 2Y7KA 4IB2A 4DDDA 1FW0A 2OJTA 3SESA 2ZXTA 3A3UA 1KWHA 3WAFA 2DXRA 4IO6A 3OO6A 3CG3A 4MLQA 1SDXA 2OBGA 4Q8RA 2XXYA 3MC2A 3VVFA 1H44A 1QVSA 5I56B 1S7YA 1R9LA 4EQ9A 4H67A 3KGCA 5TP9B 5AA4B 4E0WA 2M0BA 5BUUA 3IB1A 2BJJX 1BTJA 4NF5B 4K3FA 3U72A 4YMAA 1MPBA 2Z22A 3FIRA 4R9GA 2H4IA 2R6GE 2VOZA 3S4UA 1LGBC 1MXUA 4KD5A 2B65A 4HJGH 4QFPA 1QUIA 4ZEIA 4JXIA 3T9HB 1I6BA 1FCKA 4NF4B 2B87A 4ZZAA 2XD2A 1J1NA 4HTGA 4ZS9A 1II5A 3H06B 4F18A 4YKKA 1SW4A 2Y7WA 4U2RA 4XKPA 5K2YA 1AMFA 4QSEA 2Z23A 1OVTA 4ELOA 4KR5A 3UK4A 3SEWA 2Y7PA 1IXCA 2O68A 4R75A 2D21A 5L9OA 5CI5A 2I6EA 2QS4A 1VE4A 1ZTYA 3A09A 4ZEFA 1H43A 4IO2A 2YJPA 4KCCA 5I2NA 3QAXA 5DVFA 3ILTB 2LR2A 2Q9TA 1D3KA 4ZNCA 4H5FA 4ZDMA 3SEXA 4R9FA 4LVQA 1MQJA 3CFXA 2HQ0A 3CG1A 1R6ZA 2Y7IA 3O9PA 1XHYA 1Z7ME 3VE1B 1B5IA 4NEDA 1GR2A 4RPOA 1A8EA 3RY3A 4I1DA 1SYHA 1USYE 3MQ9A 1Y9UA 1MRPA 3EN3A 1Y1ZA 5H8FA 3LSWA 1B3GA 1LBBA 2NXOA 3I6VA 5TPAA 4IY5A 2V25A 1BLFA 5FHOA 4LQ2A 1USYH 2THIA 1FQBA 4I62A 3D4GA 4JWYA 3PU5A 2AIXA 3M3FA 3IJOB 1M5CA 5I56A 3FVNA 3RNNA 2I3VA 1QUJA 1S50A 2E0SA 4MF3A 1FTJA 4QRZA 2HZLA 5TP9A 2NOOA 5AA4A 3KN7A 5BWJA 4HB1A 2DSFA 4BDRA 2A5TB 3LBSA 3K6VA 3FJMA 4JB7A 4NF5A 5CBSA 2Z8DA 3O66A 4AB5A 4CPGA 4F1YA 4UACA 1TXFA 3RN8A 3Q27A 1FTOA 1ZW0A 3S1KA 4DCXA 1ELJA 2ANJA 4C1TA 1FC2C 1URGA 2DOJA 1B7ZA 1Y3NA 4LUBA 4EQBA 4NF8B 4YU0A 2UWJE 1AIVA 2XXWA 4NF4A 2RKMA 4QHQA 3EHUA 3ZS6A 4XXUA 4U22A 3FZVA 2F7AA 2KLFA 1NVOA 1US5A 4KQPA 1UIVA 3RTWB 1PB9A 3W9WA 2F34A 2PBWA 3MP8A 2GHBA 3K1PA 4HKZH 2H9BA 3MWBA 2ONKE 4X48A 2F35A 2QS1A 3TODA 1EU8A 1ZBMA 4ASVA 4X1BA 4H1XA 3MUQA 4GL0A 3BKIB 1QKAA 2O7IA 1D4NA 2FYIA 4NWDA 2KZIA 3G3KA 4YAHX 3VVDA 3FJGA 3HV1A 5I2KB 1IIWA 3RT8A 1MM7A 3MJNA 4GOFA 1DTZA 2XXQA 1NFTA 4OHNA 4DZ1A 3SDFA 1MFTA 3MBPA 3CVGA 4XTCQ 3IR1A 1FQCA 3FASA 3KOTA 1TT1A 2DXYA 3M8UA 1B0LA 4R6YA 3HO7A 2Q2AA 1O64A 1P1UA 4R2FA 1I6AA 3IX1A 3H4ZA 4F29A 1BKAA 2Z8FA 3PPRA 3TUSA 1JEUA 1HSJA 4YKJA 4IO7A 2KZJA 2OCUA 4RNSA 3OXNA 3OSQA 4TLLB 1N04A 4K35A 3IL1B 1P1NA 4GF8A 2DE2A 2R71A 2JWDA 1EDLA 2DP8A 2KIKA 1YPNA 2DWJA 2HZKA 4POWA 4LZ5A 3MP1A 1TWYA 2XXRA 3TCFA 2Q1KA 3C35A 2ZNSA 5F1QA 4EDPA 4GXAA 3H6TA 2FA7A 1MXWA 4R6HA 3D4CA 1DEEG 3TZAA 1PBPA 4QSDA 1MXVA 4BDMA 1JETA 2KI7B 2A5TA 4F1VA 2I58A 1Y47A 2M5AB 1OLAA 4IO5A 1PDAA 2UVIA 3IJXB 1BIYA 2W7YA 5FTIA 1BDCA 1B3LA 5B7DA 2LXCB 1B3FA 1M5EA 3U93A 3H6WA 2LXBA 2RC7A 4LQ5A 2VD2A 1SI0A 1P1OA 2PMSA 4P11A 2B88A 4NF8A 2I0CA 4U4SA 4X1DA 4RXLA 2AL4A 4JWXA 1NNKA 3HHGA 1R1NA 3IOUA 2F78A 3P7IA 3O29A 3TEPA 3PGFA 1JNFA 1VSOA 1ZKBA 2B3BA 3U1OA 2VP1A 3IK6B 5CMMA 3QIMA 3DP8A 4RK2A 2P58A 4IO3A 4BDQA 3G3IA 2ABHA 2F8DA 4TLMB 4G4PA 1DPEA 2XXHA 4I8CA 1Y4TA 5M2VA 2XX9A 3Q26A 5CBNA 4BDOA 4U1ZA 3ODBA 3HSTA 4I9DA 4AQ4A 1EDIA 1U7JA 1S3JA 4WXJA 2RC8A 2ZAEB 5I2KA 1FTMA 3SEUA 4GVOA 4EF1A 1EZOA 4H0WA 1MG1A 3CFZA 4RA1A 2QS2A 2XXUA 2F5XA 1S9TA 3B7DA 3JYRA 1XT8A 4C0RA 3RPWA 3OEMA 3CIJA 3C32A 4YKIA 2SPZA 3VV5A 2PYYA 3H3GA 1UTBB 5H8QB 3RQTA 3SEVA 3K00A 4ZZEA 5K2XA 4OESA 2REGA 3MPLA 1Y3PA 1YAEA 3G3FA 3QK6A 2CMOA 2H99A 2ZMBA 4RJZA 3HCQA 5JEIA 3MZ1A 4PFWA 3TELA 3C31A 4DE8A 2O1LA 1QW0A 1DPPA 2LAOA 2B3FA 3HN0A 3RTFB 3SEYA 1MDQA 4FATA 1MQDA 1IXHA 1LP1B 4MH5A 3SETA 3DP4A 5L9SA 2O84X 3PV0E 2PX1A 2DWIA 4TQUQ 5CRYA 2UVGA 2DVCA 3VXBA 3K01A 2M5AA 3TFLA 4IGTA 2VGQA 4R73A 3QWOC 1SVXB 3MHVA 1VFEA 1B1XA 3IOTA 2RC9A 3K1MA 1MXYA 4U23A 5DEXB 3V5AA 5EFWB 3RT6B 3FUZA 3TYHA 1UQWA 4DLDA 3U8QA 2XX8A 5F7VA 2F97A 1EC5A 3OD7A 4PP0A 2RINA 4MBPA 3RUMA 3C36A 2ZYNA 4HCWA 3EHTA 4U21A 3FV2A 3Q29A 3MVXA 3T9VA 4IGRA 5CBRA 1OIBA 3I5OA 3W15C 4LA9A 2G29A 3FXQA 1EH3A 1IEJA 5DYHA 4N13A 4HS7A 1JMBA 1EZPA 2GH9A 2HAVA 3FXUA 4OTEA 2YPNA 1CE2A 3E4RA 1LLSA 2QJEA 2D3IA 2RCBA 1LFIA 4OZ9A 4AB6A 3OENA 3TCGA 4Q5TA 1B2HA 3FGSA 3WAEA 4JSDA 4EUOA 2DS9A 2I48A 2WMMA 2DVZA 5CBOA 4GFRA 1IXGA 5IKBA 2F6GA 1RKMA 3QXMA 4ONYA 1JVYA 4G77A 1FQFA 1VFDA 2F7BA 2WKYA 4F22A 2K3RA 1FTLA 1BDDA 4R6KA 1N7XA 3OEKA 4KI0E 5H8SA 4XKNA 3VLWA 3TTLA 2IA4A 1MPDA 2RKLA 2Q88A 4QFNA 1Y3QA 3FVKA 2M8CA 4PE5B 5AA2B 1EDJA 1B58A 3VLUA 3N94A 4Z0IA 2OZZA 2NUVA 4JBZA 5DJUB 5H8QA 1UTBA 2X26A 5FHNA 3GBBA 3KBRA 4ELRA 2NVUB 4HW8A 5DVJA 1WODA 3S2VA 1XVXA 1I6QA 3U94A 5EHSA 4FEDA 3EPEA 4Q30B 3CSGA 5I59B 1NMUA 3TPAA 2QS3A 3LC8A 1JQFA 1LAGE 1LP1A 3EHSA 3Q28A 4FEBA 1B6HA 4ELPA 4ZE8A 2F36A 5KDTB 3GBAA 1ZMGA 2I0BA 3PUZE 2GFEA 4O3AA 5DEXA 1ZLQA 4ESWA 5HBCA 4MLVA 4KFQA 1Y20A 4RYAA 3IORA 3OO9A 1MH4A 3H6UA 4L17A 5I84A 3T9XB 5TU0A 3RLFE 4H8IA 3G3JA 3FATA 4YB5A 3U92A 3AXFA 4OFOA 3K6XA 1P99A 1YTVA 1B3EA 1PEBA 1XVYA 1SW2A 3IO6A 3VLVA 1A99A 4P0IA 5AA3A 4ZECA 3UN6A 4F2OA 3A3CA 1IQ7A 2QSXA 1POY1 2PT1A 2HEUA 3K02A 4DIGA 1QJMA 4PFUA 4ECFA 1A40A 3BBRA 3USDA 4NE4A 4RPNA 5H8HB 1MY2A 3SERA 2FNCA 2PVUA 3C9HA 2B89A 3FXEA 1LAXA 2XXVA 4GLIA 2ZNUA 3L6GA 3V83A 2KUBA 1SW5A 3TQWA 4U4XA 1A54A 3C33A 3LSXA 1DTGA 4ELQA 5AA2D 1DMBA 4EF2A 2DWAA 3ONMA 1U7MA 1LFGA 1D9VA 4NF6B 5DT6A 1N0TA 1B0HA 3FXRA 5CC2A 1WVJA 3PUVE 4N6PA 1YCJA 5AA2A 4NPFX 4LZ7A 1QKBA 4QFKA 4OWDA 1OMPA 1Y1MA 1ANFA 1MQIA 3O6IA 1LAFE 5L8DA 4WEPA 2Q8JA 2P1SA 1CB6A 4K3AA 1JW1A 2A5SA 1NNTA 4H5GA 4JDFA 3T9UA 1EZ9A 3V89B 4H6DA 1POTA 5I59A 1A7LA 2Q89A 3QUJA 3LSFB 4FIMA 5ELVA 3B6WA 1GGGA 5J1DA 2QVAA 1SS1A 1MXZA 1X0TA 1AOVA 3LR1A 4E0XA 4G8HA 3M3KA 2UYEA 5KDTA 3ILUB 5CM6A 1N7WA 1B5HA 1UTHB 4MN4C 1I69A 4F3BA 5B70A 5JK4A 2QL3A 1B40A 4QFLA 4BXLA 2REJA 1DOTA 1OVRA 3LSLA 3PPQA 3VDFA 5DJTB 2ZNTA 3DELB 1MQGA 4ASWA 3RGUA 2CZLA 3K0VA 3MZ9A 2UVJA 3FV1A 1TFDA 4OQOA 4GOEA 2AYSA 5HPQA 4ESXA 2V3UA 1LSTA 4OEUA 4ZEBA 4OYVA 4UA8A 3H03A 5FTHA 2HAUA 2XX7A 1IXIA 4RY1A 2HCAA 4ZE9A 2HXWA 3DM0A 3E3KA 3KFMA 1AL3A 1B9JA 3K4UA 4EXLA 4F2QA 5EHMA 5H8HA 2HR3A 4ZMDA 4HCYA 4PQJA 4YB6A 2ONSA 4EQ7A 3GXAA 2VHAA 3BFTA 3UA8A 3N6UA 3B6QA 1O63A 1XOCA 5I57B 4DXUA 2V84A 2ONRA 5DVIA 4NMYA 4F31B 2G93A 4GXSB 1MQHA 2ALUA 3G3HA 1MM6A 4JSOA 4NF6A 4KHZE 1TFAA 1PC3A 3ZDMA 5KZTA 4RK9A 1OQHA 4R72A 5A5XB 3TTRA 2XXPA 1H76A 3E13X 1BP5A 3E9XA 3MAMA 3OMBA 1XC1A 1ZIUA 1US4A 3UIFA 4BDLA 2RCAA 3JZJA 4FAJA 1MY0A 3DLNA 2OTKE 2V3QA 1MS7A 4MFIA 1PB7A 4OENA 4F3GA 3N5LA 2DE4A 2QRXA 1QULA 4GRKA 1LCFA 5JTYB 1N84A 4KYDA 3F11A 2I4CA 4JWOA 3PMXA 2O7UA 1ZU0A 4F3SA 3UGWA 1MDP1 1LBCA 1OVBA 3MZWB 1SQYA 2H25A 4GD5A 1UTHA 3T66A 3VFJA 3IOWA 2GRVA 3MP6A 3PUXE 3K6UA 1B05A 2X7QA 1B52A 2Q2CA 1L5TA 2O6AA 3L6HA 1MPCA 4WKMA 3CSBA 3THIA 4U1OA 1LCTA 2P2AA 4OFLA 1H0TB 4POXA 3K6WA 2NWJA 1B1HA 5FHMA 1FQEA 3BFUA 2I49A 3TTKA 4KJMA 1IITA 4C1UA 3GLBA 3QUFA 1T0KA 3FVGA 1IUDA 4FECA 1M5BA 5L9MA 4F19A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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