2HBJA

Structure of the yeast nuclear exosome component, rrp6p, reveals an interplay between the active site and the hrdc domain
Total Genus 126
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
126
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
GMVEKPQLKFKSPIDNSESHPFIPLLKEKPNALKPLSESLRLVDDDENNPSHYPHPYEYEIDHQEYSPEILQIREEIPSKSWDDSVPIWVDTSTELESMLEDLKNTKEIAVDLEHHDYRSYYGIVCLMQISTRERDYLVDTLKLRENLHILNEVFTNPSIVKVFHGAFMDIIWLQRDLGLYVVGLFDTYHASKAIGLPRHSLAYLLENFANFKTSKKYQLADWRIRPLSKPMTAAARADTHFLLNIYDQLRNKLIESNKLAGVLYESRNVAKRRFEYSKYRPLTPSSEVYSPIEKESPWKILMYQYNIPPEREVLVRELYQWRDLIARRDDESPRFVMPNQLLAALVAYTPTDVIGVVSLTNGVTEHVRQNAKLLANLIRDALRNIKNTN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of the nuclear exosome component Rrp6p reveals an interplay between the active site and the HRDC domain.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase, gene regulation
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule keywords Exosome complex exonuclease RRP6
total genus 126
structure length 390
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2006-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00570 HRDC HRDC domain
A PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 2hbjA02
3.30.420.500 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2hbjA01
3SAGA 4NLCA 2RRDA 4NLBA 2E1FA 2HBJA 1WUDA 3SAFA 2DGZA 4CDGA 2MA1A 4CGZA 3CYMA 1D8BA 3SAHA 4O3MA 2CPRA 2E1EA 2RHFA 2KV2A 2HBKA 4OO1J 4QJFB 5C0YA 2HBLA 1YT3A 4QIWF 1GO3F 2HBMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4U67L 3OYEA 3V9UA 4NL9C 2P9IA 3PO5A 1RT1A 5EE3A 3CP8A 2M9NA 4JS4A 1SV0C 5F9NA 4MF2A 3IS9A 4RCHA 4CZFA 2AQ0A 4GXIA 1WYGA 4O5KA 5EX5A 4OCZA 1CZBA 2UYTA 4CJVA 4YD2A 3F2KA 3RB6A 4JK7A 3LZJA 4HUFA 4U7BA 3ZT3A 1DK3A 3OSPA 2LM4A 1VRTA 3AQEA 5M1PA 3KK2A 1XWLA 3EPIA 3KLGA 1HPZA 5KT4A 2WOMA 5C2DA 4IJNA 3ZDBA 3KWIA 4JI4K 3BZKA 4RPXA 1WCNA 5AI6A 2HF4A 2P35A 4E7JA 1M90O 3E66A 3RAQA 2E2OA 2ZGZA 2ESEA 3MX2A 3AMZA 3FZHA 3ZETA 4KN7A 1SGGA 2C2EA 3AO1A 2E8AA 2W9CA 3UKUB 4BR9A 1TVAA 2XC9A 5FP0A 2VWJA 4HUEA 5ADXH 5DKWA 1FIQA 2AA4A 4C1NK 4DSJA 3L6QA 5AQNA 1EWQA 3ZDEA 7ICKA 2W11A 1L3UA 4EENA 4JV1A 2OM6A 4X65K 3TADC 4M0AA 2YHWA 4ECTA 1ZQHA 5JICA 4CHZA 4GC7A 8ICUA 2OYQA 3KHLA 4BC2A 2ISPA 4V19S 5JTIA 2KZ3A 1ZQCA 5IWAK 2HOIA 3EYZA 4O3SA 2PY5A 1FXXA 2RHFA 1U2VA 5FRMA 4ED3A 4PL7A 4H4MA 3OW2M 4BGDA 5KFVA 1B43A 4HWIA 5IIMA 2CRXA 4ECVA 4NLZA 3JPOA 5KL1B 2FJ6A 4CF4A 2J6TA 1FKOA 1ZQYA 5HRPA 3UKRA 4KHUA 1FFUA 1ZQVA 4NLCA 3GZFA 4NM1A 1VHXA 1W9HA 4RG8A 1VAZA 2IVOA 4F3OA 2Q0UA 4DTNA 3L3VA 2XY8A 1RXVA 3OHAA 3GV8B 2P9IB 4FLTA 5FPMA 3TFRA 3ZSVA 1J5EK 8ICAA 4DQQA 4CF1A 4O9MA 1W97L 2JGUA 3A0BU 5J0WA 5EOYA 4LD0A 2F8LA 4Q5VA 2H3IA 5EE0A 1B9DA 1OVYA 4AHCA 5J2NA 1WBDA 1H38A 5CR0A 4QWBA 1EQYA 2BE2A 1YITN 1BNPA 3DLRA 4PHPA 5KFEA 4PGXA 2VG6A 3D2QA 4JRQA 2PFPA 3LPTA 3GG4A 4B1WB 1RZTA 3SBTA 3ZETB 2Y0SC 2ZJPL 5AFUH 1JCFA 2W9CB 4C0ZA 2XY7A 3ZYYX 4CJSA 4J9QA 5KAFU 5T14A 4H0PA 4C7YA 5ALRA 2W8LA 5AQSA 4JK9A 4KITB 3SV3A 1NU0A 7ICJA 3NF7A 4PL2A 2ZUDA 2B6AA 2CN1A 4RNNA 4KFBA 2ZJRL 3JPNA 3CFPA 1TK0A 5AM4A 1KW4A 3IG1A 1NGIA 3CCLN 1GLLO 3OS1A 4WYBA 3MR2A 3E01A 1HUOA 2ZTCA 3QU4A 3C5GA 3QNNA 2O8CA 5D46A 3CETA 4JN4A 4Z6EA 1U2VB 4CJ4A 5ALZA 7ICNA 4CF5A 3C95A 4Y1DA 1VQ5N 4JI0K 4YFUA 4BWMA 1RT3A 3CM5A 5KFDA 1NI3A 4J2EA 3RF9A 3UKRB 2EWSA 3NMUA 4OJ5A 3ENOA 5FRNA 3K5LA 8ICIA 4NLGA 1ZQWA 4FS1A 4DG1A 3RH5A 3EN9A 1IH7A 1K8AO 2G8KA 5SZTA 1N33K 1A0PA 7ICMA 3RJEA 3KHYA 3QYPA 3PW4A 4I2PA 1VDVA 4FCYA 3AVCA 4M3WA 2I5JA 3AVHA 3VF2A 1JL1A 3C1ZA 4FWRA 5IIKA 4ISGA 4AF1A 5I3UA 4C4RA 2HCFA 2ZTDA 4IR9A 1HKGA 4LSNA 3FFIA 1OH5A 1AROP 2N1RA 5A0LA 4PHEA 1MA9B 1DGJA 4CHNA 3WKBA 2KKPA 3KKRA 4RU9A 1T8EA 3E0FA 1J2MA 2ASLA 1XNSA 7ICSA 4DF4A 8ICVA 1GOAA 3HVTA 2RLTA 9ICBA 3GIMA 3KTQA 1JXLA 3DDHA 3KK7A 1ASWA 3GV5B 5DB9A 1ILYA 4B9UA 5ALJA 1K5OA 2ZWHA 4IO9L 1M6YA 2YB1A 1X9SA 3QB0A 2NRXA 2ZXHA 1QQNA 1RGIA 8ICMA 3A8YA 3E9OA 2FMSA 3FM9A 1WCLA 4PZNA 9ICRA 1DT9A 3AGKA 2NRWA 3EWAA 2BCQA 3SZ2A 1NKCA 5J1EA 4ZTJA 4IOAL 2O8BA 1T6CA 4A61A 2DY4A 3PLAA 3N4MB 1L6NA 4WCEL 4O5EA 1MWMA 4UB8U 4LF6K 2OWOA 2IIRA 4QS8A 9ICCA 2WAQF 4OKEA 3CC7N 2O8CB 1KDHA 4E7IA 5DB8A 4F91B 4N5SA 1RXWA 5AQFA 4FZZA 3ALRA 5J2BA 3PR5B 5DBAA 1HNZK 1E4GT 3BP8A 4PA1A 1BA1A 1JLCA 9ICWA 3CXCM 2DPIA 5BOLA 2FMPA 1T3QA 3NRZA 3MXIA 3K9JA 5CR4A 2WFBA 5KPTA 3AN1A 3KHGA 3V81A 1BQNA 4DKWA 1ATNA 2EAOA 2B6GA 4J03A 3Q8MA 1KFDA 4CZEA 3T1HK 4BRPA 4FPAA 4QZGA 1U6ZA 4DR4K 3M3ZA 3EZWA 3QUBA 1V85A 4IOXA 1T05A 2HHSA 1RFQA 3DM2A 5ALXA 3H40A 3JS6A 3U6FA 3ZX3A 2RHKA 4AH9A 1J97A 2IVPA 2LSNA 3QXGA 3QLHA 2YN4A 3OS0A 1HUZA 2OANA 2Q4TA 2W55A 9ICHA 4QWDA 4CGZA 2E2QA 2PAVA 4MFAA 3BQ0A 1D8BA 3LDLA 3UXPA 1GLEG 3WKCA 4UARA 3C28A 2GWJA 1Q3VA 5AM2A 2VA2A 2OYYA 2VQEK 4DL2A 5KG3A 4O0IA 3F2DA 1K1SA 3ZSWA 1NK5A 9ICQA 3HOTA 5F2RA 2O8BB 3V1OA 3THXA 2FSNA 4FS2A 2R7YA 4RW7A 4H0OA 3HJEA 4FWSA 3CQXA 4C1NI 3HOSA 4I2QA 3DAWA 4DCCA 1U49A 3FDSA 3CRXA 2R8IA 2WTFA 2IOHA 3IMXA 1W2BM 2G06A 4OGCA 3CD6N 4O5FA 4CDGA 3ZSYA 9ICOA 2D5RA 3UXNA 2KICA 4F2RA 4MDAA 2QKBA 4AHVA 3D7EO 4CJFA 4PZOA 4I9LA 3SD7A 4JKBA 3L2QA 4RUCA 3O5BA 2OPPA 1YVUA 3D2FA 1RTHA 4WJ3B 4DFMA 4CW7B 2DF4B 5TISU 3WK7A 1QE1A 1FKPA 3CCEN 3ORYA 5AM5A 2J6SA 2GX9A 4KLTA 4E1JA 4YXJA 3H1QA 4YMOA 5FPEA 3SBGA 2HMXA 2BZFA 3C6TA 3OGUA 3Q8PB 5AM0A 3OTQA 3LL3A 2Z1GA 3EKSA 3KLEA 4EBDA 2F96A 3DRSA 4KB1A 2JEGA 3SJJA 1JROA 4DOBA 2XGPA 2I5HA 4JKAA 4UAWA 2J6UA 4KLQA 4M3XA 5J2EA 4PH5A 1SUQA 3E9LA 3ETRA 1VSEA 2K89A 3QIPA 4FM2A 4JS5A 4DS5A 2HW3A 1RYSA 1EX4A 5L1KA 1V4TA 4FOIA 4R79A 4CI6A 5GTIU 5C12A 4ILJA 4DV3K 1WG8A 1VQ4N 3ZT1A 3THXB 2ZIXA 4Y2JA 8ICCA 4JI5K 4US9A 3PVXA 4IQWA 1BG3A 3SEIA 3HPHA 3Q7CA 3P83D 3SAFA 4TQSA 8ICLA 1CXQA 3QEIA 3WNEA 2A1JA 4R8UA 4CFAA 4RTFD 4BRCA 5C5JA 4Z6FA 2IGIA 3S3MA 3LWLA 2G08A 3O9UA 3WXJA 3RB0A 3RFAA 2W9MA 4B3TK 1HNIA 4R63A 3P31A 5KFTA 4CZGA 5IINA 4FLYA 3IFRA 4B1YB 3H6EA 3D2FB 8ICZA 1X6IA 3NFAA 3CF5L 3CFOA 3C1YA 2HNZA 5AI9A 3AVMA 2MRLA 4IO8A 2E3TA 1YAGA 1S76D 3NH0A 3KZIU 1NK6A 1NOZA 4DV1K 5KFJA 4LFBK 1WSEA 5DDMA 3J7ZO 3DRPA 3IAYA 1B22A 4FK0A 2R8KA 1UQVA 2YB4A 1RT2A 3JPTA 1QCKA 4MLEA 1RBUA 4DFDA 1N6QA 2BCVA 4QS7A 4H0XB 4CEEA 5DM6L 3PZPA 1L8OA 1GLDG 2EAPA 1JX4A 4BGAA 4UB6U 3RB4A 1VSMA 4QJFB 4ICAA 3ZSOA 4JKCA 3H0LB 2E2NA 3OBYA 3VPZA 3RMBA 1N36K 4EX7A 4LY7A 4CESA 5DDYA 4ECXA 1RDFA 3ATVA 4JV0A 5AKHA 1Q3UA 1Z1VA 4CJWA 2Y1JA 4PUOA 2W6KA 4ELVA 4I2FA 4M45A 2ITGA 3PSPA 2ZIXB 4ELUA 3THVA 2NZTA 3H0MB 4C4TA 1S22A 5CHIA 4DSIA 3AY9A 5KFFA 3H46O 3SYZA 4LH4A 4H0YB 5CZ2A 4FL9A 3WK5A 4C80A 8ICBA 2G07A 1A6SA 3WUHA 2MSNA 2A1JB 5AKZA 4R8UB 1C6VA 2WF7A 2DFLA 3T5KA 1NMDA 5GINA 2HMIA 3U3YA 1DXSA 2Y1IA 3DWLA 5AQLA 3FFKB 5AKIA 1M1KO 1TAMA 2KW4A 4GXJA 1HUXA 3VF4A 2D0BA 4CGFA 4F4WA 3T5HA 4CE9A 2WF6A 4NM2A 2BPCA 3SAGA 3M8SA 1S5LU 3O6WA 4N56A 1ZETA 3MDQA 4IEIA 3OYFA 2RE2A 4LFAK 2E1FA 3TFSA 1ZQBA 1GLJO 2LYAA 3V1RA 8ICXA 2YHBA 4WQ4C 3J7AP 3K5OA 4A8EA 3MAQA 1C0MA 3D0PA 4J9OA 2NYVA 4DF8A 3SNNA 3J7YP 1ZQZA 1C0GA 5ALHA 3KKAC 1OKJA 1QSLA 3K9KA 1L7OA 4FWNA 3L4QA 1IV0A 3NVVA 4TSXA 9ICPA 4BC5A 3MGIA 1V4SA 3WK6A 1U45A 5HRNA 1VSKA 3DMJA 3LAMA 3ZI4A 4MHVA 2ZQBA 2F76X 3WNFA 4DCHA 5J0YA 4DU4A 2XY6A 2H5XA 2KSOA 2PKEA 4ECSA 1JCGA 3I56N 1LWCA 3NF9A 5DQGA 4CZMA 1VLBA 2FBVA 2BCSA 1Z00A 8ICPA 1QSYA 3ONNA 2C22A 3DXMA 3JAMO 4GC6A 4ECQA 4KHNA 2KIWA 1Q9XA 1HNVA 4CEDA 1JIHA 2FBTA 2XIDA 4QAGA 2KIVA 4JYAK 1T94A 4A57A 3CCQN 2A41A 2QEXN 4ELTA 3Q8RB 3QBWA 4BE1A 1WOQA 4K8ZA 5BN8A 4EBCA 4ED7A 2AGPA 2PMZC 1HNWK 1ZJNA 4B9VA 2ZTEA 4EP4A 3H45C 5J8YC 4DV0K 2QWQA 1X1PA 4IBNA 3DOLA 5BOMA 2OPRA 3OYDA 2YX8A 4Y2UA 4ECZA 4A5AA 3O3HA 3IDWA 2VQFK 4YXMA 2WC9A 5AQJA 4KLDA 4BDZA 2P9KA 4ZTFA 1FK9A 4F4KA 3RAXA 5KG6A 3A5LC 1QSSA 2PI4A 2WBNA 2KVCA 4BREA 5I42A 3EL2A 4CBXA 5FLXO 5D4BA 3KJVA 1S1TA 3WEEA 1KQQA 3VC8A 4FZYA 5HNKA 1NGBA 5CHGA 4KB0A 3CJAA 3QFPA 3VQDA 3AVFA 3VGKA 4ISEA 1ZQSA 5CZ1A 1DTQA 1SS6A 4KPYA 2KSOB 1EP4A 2VGMA 3MCAB 5KGWA 1B9FA 4P2HA 2IMWP 4BDPA 4AHUA 2LKYA 2Z1JA 4FLVA 3PIPL 4OJLA 2E5SA 3E1YA 1Z00B 2UU9K 1ZD5A 5KGXA 2YHXA 3DXMB 2OTLN 2BGWA 4F71A 4BXOA 4XEIA 1QVFM 3UQ2A 3MDAA 1RBTA 3D2SA 3FZFA 4ILHA 5HRRA 3F53A 4EEYA 1VSJA 4KTWA 1T44A 5EU7A 4E3SA 4JUZA 3KK1A 4GVEA 3QE9Y 1COKA 5J2FA 1N2XA 1SXEA 9ICMA 1U9LA 1IG6A 3AVKA 4ACOA 1HJRA 3K57A 4AYBC 4IJAA 5JUMA 3U26A 3LVWA 5TZVA 2YV0X 2YNIA 1WUDA 4B3SK 7ICFA 8ICFA 2Q1NA 4C4SA 3D45A 5DGAA 1JUDA 2ZUBA 4XH5A 1VSIA 4FJ7A 4Y2PA 4I2HA 3I28A 2JLEA 3SI8A 4RQ6A 4YCXA 3J81O 2P9KB 4LVSA 4KHYA 3N7SC 4RT2A 4YDUA 2HHQA 1SB3C 5HBMA 4FLWA 4J9SA 3D6JA 5HR6A 3O8MA 3VQ8A 4AM7A 3B6PA 3ZD8A 2GUIA 3M9NB 3IG8A 1IG8A 2FF3B 2CXYA 1DRGA 3WEEB 2G8UA 4RNOA 1KSPA 2YX6A 3H3NO 2C2RA 3TTCA 5AK3A 1RCHA 3L2UA 4I2GA 3ASMA 2YNFA 5KFGA 5HP1A 3WXKA 1NZPA 4RW4A 2P9SA 4B9LA 3CERA 4JMUA 4K4GA 5JLHA 4O8KA 4LZGA 4A2AA 2G8FA 3A0IX 3FAHA 3I0RA 4CD1A 3ZT4A 1N5XA 3PY8A 4BXOB 4KHPK 2P9NA 4F5RA 2GH1A 2KZMA 3VCBA 2NUBA 3CW2C 3ULDA 4RQMA 3MFHA 2VG5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3SAG A;  4NLC A;  2RRD A;  4NLB A;  2E1F A;  2HBJ A;  1WUD A;  3SAF A;  2DGZ A;  4CDG A;  2MA1 A;  4CGZ A;  3CYM A;  1D8B A;  3SAH A;  4O3M A;  2CPR A;  2E1E A;  2RHF A;  2KV2 A;  2HBK A;  4OO1 J;  4QJF B;  5C0Y A;  2HBL A;  1YT3 A;  4QIW F;  1GO3 F;  2HBM A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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