2HBKA

Structure of the yeast nuclear exosome component, rrp6p, reveals an interplay between the active site and the hrdc domain; protein in complex with mn
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
GMVEKPQLKFKSPIDNSESHPFIPLLKEKPNALKPLSESLRLVDDDENNPSHYPHPYEYEIDHQEYSPEILQIREEIPSKSWDDSVPIWVDTSTELESMLEDLKNTKEIAVDLEHHDYRSYYGIVCLMQISTRERDYLVDTLKLRENLHILNEVFTNPSIVKVFHGAFMDIIWLQRDLGLYVVGLFDTYHASKAIGLPRHSLAYLLENFANFKTSKKYQLADWRIRPLSKPMTAAARADTHFLLNIYDQLRNKLIESNKLAGVLYESRNVAKRRFEYSKYRPLTPSSEVYSPIEKESPWKILMYQYNIPPEREVLVRELYQWRDLIARRDDESPRFVMPNQLLAALVAYTPTDVIGVVSLTNGVTEHVRQNAKLLANLIRDALRNIKNTN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structure of the nuclear exosome component Rrp6p reveals an interplay between the active site and the HRDC domain.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase, gene regulation
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule keywords Exosome complex exonuclease RRP6
total genus 122
structure length 390
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2006-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00570 HRDC HRDC domain
A PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 2hbkA02
3.30.420.500 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2hbkA01
1WUDA 3SAGA 2DGZA 2HBJA 4NLBA 2RHFA 2HBLA 2HBMA 4CGZA 2HBKA 2RRDA 2MA1A 2E1EA 2CPRA 1YT3A 2KV2A 2E1FA 4OO1J 5C0YA 1D8BA 4QJFB 4QIWF 3SAHA 1GO3F 4O3MA 3SAFA 4NLCA 3CYMA 4CDGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JV0A 2BQRA 3KKAA 3C6TA 1U47A 4BR4A 3IS9A 4FJHA 2P9NB 4GKJK 1I39A 2F1HA 4R64A 5KFIA 2MRLA 1NJZA 2WF8A 1Z00A 1XU4A 2HW3A 4CGHA 1LW2A 3RWUA 5MLCQ 1YTUA 3OS1A 1N8RO 5ALKA 2W03A 1GLLO 2ZIXA 3ZDCA 5ALPA 4PA1A 3F9MA 3ID6A 4FWOA 4LF4K 3D2NA 2P9PA 3H8WA 1FKOA 4KLDA 3NS1A 2EAPA 4KHNA 4KPYA 3FC4A 7ICNA 1KL9A 8ICPA 1P90A 1RTIA 2OPRA 4JK1A 3RJHA 4RPZA 3OHAA 1OW5A 4KMUA 3VQEA 4FM2A 2F7TA 4CIEA 2K4IA 4BWMA 4FWSA 5ALGA 1QHAA 3JS6A 4KH4A 2K4HA 4CBWA 1A0PA 3VA0A 4K8XA 1HLUA 4YNQA 4HTUA 3C28A 2VG7A 3DRPA 3G6EN 1NZPA 2HBKA 4LFBK 3SNNA 4K4IA 4BACA 5TISU 4W5TA 2V7YA 5AM0A 3IHQB 1RZTA 3EL2A 2CN1A 2HHVA 4JKFA 3O8MA 7ICRA 1VRUA 4G9ZA 4QZFA 4GVEA 4BROA 3VGKA 1FO4A 4OPAA 4OLBA 1XSNA 3CFOA 4RW6A 1ZOLA 3TANA 7ICHA 1W97L 1ZQPA 4KTZA 4HYKA 4IDHA 1YAGA 3ISNC 3VQ5A 5AQMA 3G6VA 2E20A 5AI9A 4PKHA 2KMDA 4DF4A 1TL1A 5AICA 3VEXA 4QW8A 2E8OA 3V4IA 2A41A 1FKPA 4DU4A 3AGKA 4I6MA 3CQ8A 4F3TA 4UAZA 1TGOA 5DGBA 1VQ9N 1VQ8N 8ICHA 4MEYA 2GWJA 3CCEN 3NTUA 4RQ6A 2D0BA 2KEYA 3GV8B 4YOYA 2VJ4A 3VC8A 5T14A 2ETJA 2YHWA 1U4BA 3U6FA 1COOA 1I3AA 4M04A 3CQXA 1EWRA 4FWNA 3RMCA 1UCVA 4YXJA 4FZNA 1H38A 4CCHA 4LY7A 3QEPA 3NF8A 4DFKA 2HOQA 8ICOA 1U49A 3JPOA 1GLAG 1ZQSA 4R8UA 3ZX2A 2BE2A 2FE9A 2W55A 3M6GA 4CD3A 1S8OA 4CHYA 4YQWA 2PYLA 3RFAA 1JLQA 3VA3A 2ASOA 4M3XA 3T5KA 1JN3A 1ZXIA 1XWLA 4YFKA 4JKGA 3AVMA 2ZIXB 3PW5A 1JCGA 4AH9A 4ED6A 2OYYA 3WKCA 3KWIA 2YKMA 2P9PB 3AU2A 3QE9Y 4KLQA 1T94A 1X2IA 1OUQA 1NWKA 5JU5A 1KKXA 1J5EK 1S76D 5KFKA 3MFIA 1FEZA 2ATLA 3AAPA 5FROA 2YHAA 3CPWM 3I76A 4C4TA 2YX8A 1CLQA 3W0LA 3NVYA 3LAMA 5JMVA 3HXMA 2QW9A 5KTQA 1PK1A 4JNEA 3AEVA 2I1QA 4N5SA 2QB0A 4J9SA 2JXJA 4H0YB 3FAHA 2JGAA 3EY1A 4PL7A 4DOBA 3EZWA 4BR5A 2B0CA 3L3FX 4CHPA 2DKZA 1NJWA 3MX2A 4JWNA 3VGLA 2HVIA 3VENA 4C80A 3H45C 1DK3A 2X6SA 4F71A 4LD0A 3T79A 4DV4K 1NNLA 4TURA 4NXNK 4YN4A 3B9JA 3IRXA 2YMQA 5GTHU 4UBCA 1TKZA 4DTPA 4KH5A 1OH8A 2AQ0A 3DDHA 4CJTA 3UMCA 4M41A 3BF3A 4YG2A 3KZXA 4B1VA 3M9MB 4NLZA 4DL2A 3E0FA 4DOCA 3MABA 1AROP 5AFUA 5EE1A 3T5LA 1C7YA 4BG8A 3AVLA 4CK1A 4DKWA 2FF6A 5ADXH 2JHDA 2F8KA 1TAMA 3QLHA 1YUWA 3KIOA 1HRHA 4I6MB 4A61A 2AHOB 4I2PA 1N60A 1VQON 1SS6A 1W7AA 1ZQCA 4UB5A 4DFJA 1O08A 2JEGA 4ED7A 2LHTA 4N76A 4L3QA 1N61A 1RILA 4FS2A 1HPMA 3U8XA 3KBBA 4EYHB 1J5OA 5KG0A 3EO3A 3G10A 2WBNA 4ED8A 3IDWA 4DWIA 4RQ4A 2OTLN 1BGXT 3KOOA 4R8UB 1N34K 2HMPA 2I7PA 1RG6A 3E9LA 3SUQA 3OYMA 1BNOA 4Q44A 2HOFA 4KHYA 2G06A 3P5JA 2KG5A 2PMZC 2P5OA 2HOEA 3WK8A 1EP4A 4JKGB 3ETLA 7ICOA 2KKZA 4YMOA 5J0UA 4MLEA 2W54A 1XQSC 3V9UA 5J2IA 3L2VA 4CJFA 2F8LA 4IQTA 4QIWF 4DSEA 1S1VA 3S3OA 3L2RA 2E8MA 1NGAA 1HPZA 3ATUA 3SAGA 3OYNA 4Y2JA 4PGYA 3OSPA 3ALRA 3OYFA 2ZIUA 4KLIA 1HR0K 1KVAA 3Q8PB 1JL1A 1XUPO 4JN4A 3I33A 1PK1B 2F76X 2GWSA 2BCSA 1U45A 3UB5A 4EFHA 3MXIA 4DTXA 1TAQA 8ICTA 2Y9TA 4E0DA 4JS4A 2O8EA 4QZDA 2E6LA 3L2QA 5HLFA 1Q82O 4PHDA 4FZYA 4F2RA 5A2QO 1ZQAA 5AM4A 4KLFA 3TU5A 2O8DB 1IKXA 3CYMA 4AHTA 2VG6A 3O9SA 3RAXA 1IKWA 2ATQA 1ECWA 4OPKA 3CFRA 4UATA 4M7XA 4R63A 5BR8K 3ZETA 1TUUA 4F5RA 5CZ2A 5AQFA 1EX4A 3CJCA 4DR4K 5JICA 2MSNA 1N62A 3P4IA 4AQYK 1RT4A 3BGRA 2XGPA 1NOMA 3SYZA 3ZI4A 3H40A 3PIOL 4DV1K 1U6ZA 1QCKA 4XQ8A 1JXBA 3SZ2A 3MN6A 3SQ0A 4OJOA 5C10A 2DPIA 1YZ7A 1RDUA 2ZGYA 3D2FA 4CERA 5KFNA 4ECQA 5KPTA 2BPCA 5KT6A 4JRQA 2A1RA 4DR6K 5KG7A 3MN9A 1SIJA 2I9GA 3KK7A 2XICA 3GILA 4BDPA 3ZSYA 3KHYA 4I2BA 4CJ4A 1JLGA 3ZSXA 4KITB 5G5GA 1RBSA 2FSNA 2QXFA 5AQOA 2J6TA 4KV8A 4K0KK 5ALQA 1ZRNA 3DLGA 2OPPA 2LYBA 2BPFA 2FXUA 4YP3A 1E4GT 4WFNL 1GLJO 5JUMA 2JH1A 5J2MA 3GDXA 2CPRA 2B6GA 4USAA 3V1OA 2EX3A 9ICIA 4GXIA 2QM1A 3HI0A 1RDBA 3CFPA 4AYBF 2UXCK 2IMWP 5KFJA 1RQNA 4B1YB 2VJ5A 4CJPA 3WXIA 4W5RA 4ECVA 4OJLA 1D8BA 5D3GA 3PW7A 1D8LA 1XO0A 3LDOA 1VSLA 4CJRA 3MDAA 4DSFA 3P83D 3RH4A 2PFPA 4OKKA 5ALEA 9ICOA 4DL4A 4FPAA 4ECSA 2LM1A 1TYQA 4BRLA 1PUZA 3K75D 1B0XA 3OS0A 1X9JA 2ZIUB 4KLUA 3MR3A 4B3TK 4QS9A 4LH4A 5GAHP 3FGUA 5J2NA 5EWFA 4B9LA 3OHBA 5HROA 2XY5A 4LSLA 1V97A 1OVQA 3LDAA 3QERA 3AVFA 3EN9A 3MDQA 3HPGA 3CCUN 4DLEA 2P9LA 5EY4A 4GXJA 1N6QA 5FPDA 3SAHA 3RRGA 2UUAK 4QWBA 4Y2YA 1XC9A 4A59A 3OYJA 2NYVA 2CH6A 4CF9A 3RJGA 4EP4A 4BVPA 1KQSM 4FJKA 3M6KA 3I28A 3J81O 5C12A 2J6UA 4I9QA 3K5MA 2GEMA 2PI4A 5AQIA 4JMUA 5ALSA 3ZETB 4J2BA 4Z4GA 2H3GX 4DQRA 4CHOA 4DV2K 1JALA 4M0AA 1CI4A 2G8VA 1VQMN 3AGRA 4KLHA 4KFBA 5KFDA 8ICJA 2NRHA 1DGSA 3WXLA 3N7PD 4AHSA 1GLEG 2E1ZA 2PAVA 3C6HA 8ICFA 3K5OA 1BQMA 5BN8A 3SD7A 4FWRA 2UXBK 4JB3A 2OPSA 5FPNA 3D2FB 1G99A 2OH2A 1QZ6A 4DTJA 2W04A 4KBOA 1RT6A 1C0UA 2RN2A 3CCSN 4M3ZA 3UMGA 4B8AB 4G1QA 3HJEA 3QUQA 4CJ7A 1B92A 1IV8A 4RU9A 3LDQA 3F2BA 3MR5A 2W43A 3AY9A 3UXPA 2HBMA 5AZJA 5FP0A 2YHYA 2LKYA 1WNSA 1JLBA 3D45A 8ICWA 2NRTA 5EXWA 2JRZA 2R8IA 3B6OA 3F5TA 4BC5A 4CF8A 2LI6A 3JPTA 4I2DA 1WLJA 3RJEA 4FLXA 3ZX3A 1S5LU 1RTJA 2VCPA 3A0IX 5JS2A 3U9DA 4RUAA 1D5AA 2KHVA 3CCMN 3THYB 4LZGA 2PYJA 4EHUA 4RCHA 3I56N 4O0IA 4EZ6A 4WQ4C 5AQNA 3HVRA 1BVSA 5KFTA 1T6DA 4J9QA 2RKIA 1TYQB 1WSIA 3K9JA 2DFLA 4I2EA 5ALUA 3I0RA 4Z0UA 2A3ZA 1BIZA 1XSPA 1NJIO 3QEVA 3C2LA 1NGIA 1RYRA 4A2BA 4FBUA 5IIKA 1XHXA 1RNHA 5AQSA 4BY9C 2V51B 2IVOA 4DHYA 3V6DA 1BL3A 1B43A 1DRGA 4FJJA 2BDUA 2RLTA 3PX4A 1FXXA 3KK3A 4DQSA 2XIDA 5CEHA 2DKXA 5BOLA 4O3QA 2P9LB 4QS8A 1RBRA 2P5GA 1S6PA 4Z4HA 1L7MA 1RDWX 3CHWA 4DS4A 1X9MA 3KHRA 3CCRN 1DOQA 4M9NA 3VGMA 5EU7A 2V4RA 4W5OA 1HJRA 3KD1E 2RPIA 2PMZF 5J2JA 3M9OB 1ZQLA 2NLXA 4QWCA 2UXDK 2VA3A 2ZJPL 1ZQZA 4CF0A 4Y2RA 2ZTDA 1WSJA 1JX4A 1U2VA 2GX9A 2QWQA 3ULEA 1ZYQA 3QU4A 3VPZA 4CGIA 4ECYA 4R66A 5KFMA 4ILJA 1S22A 2D4WA 1FIQA 3Q7CA 1JLEA 1D9FA 5BRHA 3PSTA 2FLLA 2ITMA 1VQ4N 2P1JA 2EDUA 3K0SA 4B9VA 3DM2A 5IIJA 2NUBA 1V4TA 5K4LA 4DL5A 1SL1A 2R8GA 3H46O 2W42A 4N56A 2F44A 2E4LA 4BX9C 2NO5A 4M45A 2YY6A 4M6WA 1R59O 4JI2K 2IOFA 5C5JA 4KLLA 4QWEA 5AKYA 1XNRK 4MFCA 1K5OA 3JXUA 2LSNA 4KLGA 1RGIA 4A2AA 3N7SC 2F1IA 4GC6A 3I0SA 2OCEA 4EP5A 2RDIA 3GIMA 4PL8A 1WN7A 3OSNA 1ZQHA 3LM9A 5AZJB 1ZBFA 4Y2QA 4FWMA 1KVCA 3RB6A 2DQNB 7ICUA 2D5RA 4Q8FA 2A1SA 2ZD1A 3OJUA 4V19S 4IQWA 5KT2A 4YOUA 4J9RA 4KO0A 1RXVA 2F9WA 4Q45A 5KT4A 4BRIA 2F1JA 1HUZA 1QQ7A 1XS9D 4I2GA 5DM6L 5AQPA 4HVJA 2H3QA 1T3QA 3HOSA 1C1AA 4M7YA 5CWRA 1NLVA 5AQXA 3VEZA 2FBYA 5AQWA 3WNEA 4CEFA 3CF5L 4Y0WA 1EO1A 1QSSA 2YQEA 1XO1A 2C2DA 4ECTA 5HMLA 3MEGA 3CJ1A 5E84A 4CHNA 4DV6K 1VQKN 5DBBA 1LVHA 2YHXA 3CETA 3DXMA 5CYMA 5BN9A 4M2YA 2ZQBA 5HRRA 3LP2A 4M9GA 3ZCMA 1FFUA 1LOTB 1OKJA 3CP8A 4ICLA 1JROA 1J2NA 5KFHA 5J0RA 3HRDD 2OM6A 5JVGL 2WF6A 2GV9A 1E3MA 1CXQA 2H3VA 4EELA 2KJ9A 4QZCA 3AN1A 2Q0RA 4J03A 5J2QA 4CJWA 3MEEA 1JI7A 4P0QA 4A57A 3JYTA 5BOMA 4IC9A 4Z4EA 3VMFB 3THWA 4BRMA 5ALFA 5HOOA 3TTFA 4QZHA 2UUBK 3ULEB 1U2VB 2B21A 3V7LA 4C4RA 1U48A 9ICQA 1J6ZA 4ACOA 4BRCA 5KFQA 5KGWA 1RQLA 3DJCA 3OYBA 1UHUA 2ASPA 5DB7A 4CJ5A 2ZJQL 3QX7A 4ISFA 4YDUC 3UIQA 1SZPA 3I55N 3CJ7A 9ICFA 1N33K 2HHSA 1HQEA 1QQNA 5AQJA 4YD2A 2DFHA 5IWAK 2DL0A 3N4QA 1DXSA 4M6WB 5KG2A 5SWMA 2WF9A 1VRTA 4YXMA 1QSYA 3H6EA 5GIPA 2Z1GA 3M5RA 1Q9XA 2W9BA 1WSGA 3VTHA 4DUYK 4O9MA 3CC2N 3B8AX 3S3NA 5CYQA 3OPXA 3E66A 3LK9A 4KTWA 3RSEA 2JH7A 4F5OA 4OKEA 3FM9A 2CGLA 4FJ5A 3T1HK 5HRSA 4P4PA 1C20A 3WK9A 5L1LA 3F5EA 4GVMA 1ZD2P 3H0MB 2KIWA 3KZIU 3EYZA 2JGUA 4Z6CA 2ISPA 3ENHA 4B9TA 1J2MA 5AQKA 3WUHA 5DDYA 3BS7A 5FDLA 3OTQA 3WEEA 4BG9A 1ZXOA 4F5QA 2W6LA 2KVSA 4F50A 5HRNA 5KQ8A 5DG7A 4H0PA 3SJJA 5ALMA 1E4FT 2RQ5A 2NRRA 1RTDA 1X6IA 2HBLA 2VG5A 4RW7A 1Q7YO 3V6KA 4EX7A 2RRDA 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4FVUA 3HBTA 1NGEA 1DGKN 2HOIA 2OTJN 3SJHA 4OJ5A 3SQIA 1BU6O 2G07A 3M7DA 2KICA 3C6AA 3MGVA 3DWLA 3CCJN 4IOAL 2P9UB 3MK6A 2FSJA 3IG8A 5CHIA 5AQYA 2E2PA 4BC2A 4IOCL 2ZGZA 2P9NA 3P31A 2XI9A 3TTDA 1ZC6A 2F9TA 2AP1A 3J7ZO 4M63C 5LJWA 4FE3A 3RF9A 1T44A 3FE1A 5H1SQ 1Q3UA 2YB1A 1CRXA 3A5MC 4OO1J 4NLCA 4CZHA 3GBTA 2ZG6A 3MCPA 3L0QA 2A5XA 3O9RA 4WCEL 5AQZA 4CI6A 2QWLA 1S72N 1PVRA 5GAEP 4CD1A 2KHOA 1JCFA 3SAFA 3O8MA
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1WUD A;  3SAG A;  2DGZ A;  2HBJ A;  4NLB A;  2RHF A;  2HBL A;  2HBM A;  4CGZ A;  2HBK A;  2RRD A;  2MA1 A;  2E1E A;  2CPR A;  1YT3 A;  2KV2 A;  2E1F A;  4OO1 J;  5C0Y A;  1D8B A;  4QJF B;  4QIW F;  3SAH A;  1GO3 F;  4O3M A;  3SAF A;  4NLC A;  3CYM A;  4CDG A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4EEK A;  5KFF A;  1QLN A;  3LWL A;  5J1E A;  4CEE A;  3L8B A;  2XHB A;  5L1K A;  1NNE A;  4M63 C;  2EZY A;  2YNF A;  3CG7 A;  4AHR A;  2XRI A;  3KLG A;  5LJW A;  3AA3 A;  1V85 A;  4IDK A;  1BPB A;  3BQ7 A;  4I2I A;  4FE3 A;  4BGD A;  3RF9 A;  3H8S A;  3UMB A;  3WU2 U;  1T44 A;  4HCC A;  2XCP A;  3FE1 A;  1HNX K;  5KAI U;  4DR7 K;  3QEB Z;  5H1S Q;  4AIL C;  4QOZ B;  4OKJ A;  2HNZ A;  5HHH A;  5CY4 A;  4DTS A;  1ZBH A;  1IM4 A;  1Q3U A;  2YB1 A;  4CEB A;  1CRX A;  5AKH A;  3A5M C;  4CE9 A;  4E7K A;  4F5P A;  2WFA A;  2Z1H A;  3TAD A;  2PFN A;  4OO1 J;  4JI5 K;  1ASW A;  3QYP A;  5L1J A;  4NLC A;  4CZH A;  3GBT A;  3WNH A;  2ZG6 A;  3MCP A;  3L0Q A;  4HHT A;  1X9S A;  4BDY A;  2A5X A;  2FPL A;  4NXZ A;  3AV9 A;  3O9R A;  4WCE L;  4CGG A;  1UT5 A;  5AQZ A;  1YVU A;  1RT2 A;  1WAF A;  4F93 B;  2QWL A;  4CI6 A;  1PVR A;  1S72 N;  4TUQ A;  3NGD A;  1J97 A;  5GAE P;  4LFA K;  1ZJN A;  4CD1 A;  3ETR A;  4QZE A;  4B9M A;  3O3G A;  2KHO A;  9ICL A;  4CEC A;  1JCF A;  3SQ1 A;  1TE2 A;  2ZUC A;  3TKA A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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