2HBKA

Structure of the yeast nuclear exosome component, rrp6p, reveals an interplay between the active site and the hrdc domain; protein in complex with mn
Total Genus 122
50100150200250300350020406080100120
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
GMVEKPQLKFKSPIDNSESHPFIPLLKEKPNALKPLSESLRLVDDDENNPSHYPHPYEYEIDHQEYSPEILQIREEIPSKSWDDSVPIWVDTSTELESMLEDLKNTKEIAVDLEHHDYRSYYGIVCLMQISTRERDYLVDTLKLRENLHILNEVFTNPSIVKVFHGAFMDIIWLQRDLGLYVVGLFDTYHASKAIGLPRHSLAYLLENFANFKTSKKYQLADWRIRPLSKPMTAAARADTHFLLNIYDQLRNKLIESNKLAGVLYESRNVAKRRFEYSKYRPLTPSSEVYSPIEKESPWKILMYQYNIPPEREVLVRELYQWRDLIARRDDESPRFVMPNQLLAALVAYTPTDVIGVVSLTNGVTEHVRQNAKLLANLIRDALRNIKNTN
5010015020025030035035030025020015010050
020406080100120Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTI9 (283-286)S3 (250-257)TIV4 (243-246)TI3 (246-249)TVIII2 (173-176)3H1 (132-135)S2 (234-242)TVIII1 (136-139)AH1 (162-165)TIV1 (155-158)AH2 (183-189)TIV2 (158-161)TIV3 (172-175)TIV5 (266-269)3H2 (194-196)TI4 (258-261)AH3 (219-230)S1 (214-216)S4 (262-266)TI5 (267-270)TI6 (268-271)TI7 (270-273)S5 (287-290)S6 (311-313)TIV10 (344-347)TI10 (348-351)AH6 (314-321)AH7 (328-336)TI11 (364-367)TIV8 (342-345)TIV9 (343-346)AH9 (368-383)TIV11 (351-354)AH8 (356-364)AH10 (385-398)3H3 (274-279)AH5 (293-304)AH4 (280-282)TVIII4 (323-326)TI1 (207-210)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase, gene regulation
source organism Saccharomyces cerevisiae
publication title Structure of the nuclear exosome component Rrp6p reveals an interplay between the active site and the HRDC domain.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Exosome complex exonuclease RRP6
total genus 122
structure length 390
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2006-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00570 HRDC HRDC domain
A PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 2hbkA02
3.30.420.500 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2hbkA01
1WUDA 2HBKA 4NLBA 5C0YA 2KV2A 2HBLA 2DGZA 2E1FA 4QIWF 4OO1J 3CYMA 2MA1A 2RHFA 2CPRA 1D8BA 1GO3F 4QJFB 3SAFA 4CDGA 3SAGA 2HBJA 1YT3A 2RRDA 4NLCA 4O3MA 2E1EA 2HBMA 3SAHA 4CGZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3DLLL 4IS7A 3OYAA 4I2EA 4FO6A 4YR0A 1IH7A 2D5RA 2GTDA 1KKXA 1C0FA 5J0PA 4BR5A 8ICOA 9ICLA 2G08A 2BUPA 4BACA 1OH8A 4KHYA 3CI5A 2HMPA 2NRRA 4Q5VA 2WFAA 4H0XB 1BPBA 1RYRA 4Z6EA 3OYCA 5SWMA 4F91B 4OPJA 4GFJA 2LHTA 4PL1A 1DLOA 1XUPO 3BGRA 4FJ9A 4FJ5A 4ECQA 1L5UA 3KBBA 1HJRA 3O9UA 4IXCA 8ICEA 4J2AA 2BDPA 1HX1A 3VGLA 1Z26A 4Q45A 1TUYA 4NV0A 2LI6A 5IWAK 2UUBK 3SAHA 4CI6A 2YN4A 1N60A 1PVPA 2IDOA 1HKCA 5EY4A 2GEMA 3C1YA 3SENA 4BE1A 2KNJA 8ICHA 2N1RA 3KLFA 1U6ZA 2GWSA 1J5OA 2FLPA 5D49A 2UVUA 1TL3A 3S6JA 1K6YA 2MU2A 3OSPA 1BQMA 4K43A 3H8SA 4HYKA 1ZBFA 2HNYA 1JN3A 3NRWA 1SZHA 3FGUA 1RILA 2AA4A 4FJKA 4IRDA 2Q3SA 5AQPA 2X6SA 1T05A 4EHTA 4TUPA 5JUMA 4M9JA 2PMZF 4QZCA 1LW2A 2AHOB 3AO3A 1Q81O 2Z1IA 2DBYA 5ALHA 4RQ8A 1WAFA 1N36K 1B22A 1RBSA 4NJ8A 4B9NA 3PMNA 4O3PA 3HO1A 5HR6A 4MLHA 3ZYYX 4EP5A 3QYPA 2BCSA 4L3QA 3CYMA 3LDSA 1CZBA 3C0BA 3SQ2A 2ZJ8A 5ALXA 5ALLA 4NWIA 1K8AO 5M1NA 2W8KA 2JXJA 4OJ5A 2RQ5A 5KG2A 4WQ4C 5AQNA 5KFQA 1L8LA 4DLGA 1BPXA 3P39A 2OZSA 7ICIA 2E4LA 3ZSWA 3P83D 4AHRA 4MFCA 1PVRA 3V9XA 1O13A 3AVFA 3QU4A 4O9MA 4YR3A 1IKYA 1LAVA 1Q18A 1C6VA 4CJEA 3QNOA 3V9UA 2VYPA 3QU9A 2HOQA 1WUDA 1VRTA 3CC4N 1UPHA 1WCLA 2K4IA 4CERA 4F71A 4LH5A 1ZQYA 3DRSA 1T03A 3TAEA 4HWIA 5F3XB 1D9DA 4BR4A 1YJNN 3ZX0A 4RQ1A 7ICJA 8ICMA 2R8GA 4BVOA 4A2AA 4Z4CA 2BANA 2YNIA 4PGYA 1WSHA 3JPNA 1N33K 2DUYA 4BXOB 5LL6Z 4Q8EA 3JPQA 1VK0A 1LWFA 4FPBA 4NCAA 2HI0A 4HCCA 2QB0B 1SS6A 5ALZA 3QETA 1R0AA 4NB4A 1JL1A 3S3OA 4R64A 2VJ4A 3PSFA 5GTHU 3CJBA 5AQVA 3OSNA 4RQ0A 1ZJNA 3NVWA 3OHAA 2DWQA 2I7NA 5LY3A 5FLXO 4TQRA 1BCMA 3RMBA 5J0WA 3H08A 4J9MA 1TL1A 1Z4OA 3EPIA 2HHQA 3NHGA 3QERA 1EX4A 1KAZA 4DSFA 5HRPA 4YOXA 2K8AA 5EWFA 3TADC 5IILA 1HNVA 3LVVA 4M3ZA 2W43A 3G71N 1J5EK 3E01A 2PY5A 3L5KA 3LL3A 1DGJA 2E1EA 2DTUA 1XC9A 1VQ5N 1XNQK 1RZTA 5KFAA 1QQMA 2PFUA 3F2BA 5GAHP 4FK0A 4QWDA 1CUKA 4I2BA 2PFPA 4BUGA 4XH1A 4PUOA 3RRGA 3MEDA 3M8PA 3F9MA 4JLHA 4K41A 4DTRA 4LF8K 2X78A 1IG6A 3OY9A 2W9BB 4HVJA 2JHDA 5KFTA 4QJFB 5BOLA 2Y1JA 3CCEN 1WWUA 2PMZC 3QU7A 2ASDA 2OPRA 4RW6A 4FOEA 2C2EA 2A1AA 4DCCA 2GWJA 3K9KA 3THWB 5ALPA 5D4BA 1RXWA 5ALEA 2IA6A 2YKMA 2BKEA 3ZSXA 3Q8SB 3TQ1A 2QM1A 1RTHA 3DXMA 4BR9A 3AGRA 1K1QA 3SV4A 2F3NA 5AQYA 1NOYA 3A0BU 1O1WA 4DOBA 1QZ6A 3K1ZA 2RLTA 1VLBA 4GLXA 3MFHA 3I8DA 4GXIA 3EY1A 3L2VA 4PGXA 2ZGZA 4E7KA 3S41A 4CHZA 2AXTU 3L8BA 4FCYA 4ED2A 2D8CA 4AHSA 2PZSA 5AQQA 2EWSA 4EEYA 2ITGA 5BRHA 5HMMA 3KHYA 2Q2RA 2AQ4A 2W9MA 4FWOA 4FPAA 5TISU 4IBNA 4IJNA 5BRDA 3PX6A 4YOTA 4A61A 5BR9A 2BCRA 3H8WA 3O9RA 1K9MO 2ZF5O 2E20A 2HBLA 1XHZA 1C0TA 5CHGA 5DBAA 3TI0A 3PX0A 2RPIA 3GQCA 2YHBA 3IN5A 1Q3VA 3T3FA 2G8KA 4RW7A 1FXXA 3WKBA 3T1HK 4FJLA 3FZFA 1ZBHA 7ICKA 4B3SK 3RWUA 3NUQA 5ALSA 4UATA 3UKUA 4MF2A 4NM1A 1VQPN 4FZXC 3TPQA 3TAFA 4DQQA 3J8AA 1RBRA 1CZAN 3IRXA 5AQLA 4YFKA 2UXCK 4DV6K 2Q0UA 4PPXA 5KFMA 2YMMA 3PSPA 4ICAA 2OPQA 1Q82O 3WK6A 3DRPA 1NKEA 4HTLA 5K14A 5CHIA 5DK5A 4BRAA 4DFKA 3LP0A 1RT2A 1BI4A 4FJNA 4IWVA 2H5XA 2PAVA 1N48A 1IBMK 3EO3A 3HVTA 2RN2A 2VA3A 3RSEB 2VKQA 1ZQMA 1S3XA 4BRDA 4M3RA 1HNWK 3ZT4A 3HXMA 3RH5A 1U45A 4IQVA 1KCFA 4Z4IA 3AY9A 2H3FA 1I3AA 1K73O 1I94K 2E2OA 4KH5A 4J2EA 4CJFA 4MO5A 2NRWA 1NJIO 8ICIA 4H0PA 1VJ5A 3IV6A 1K5OA 8ICPA 4F4KA 2DY4A 1VSEA 2QWRA 4ECYA 1C1BA 1H1VA 2BH1A 4XA5A 4FSVA 4BGBA 4DL3A 1ATRA 1IG9A 1T94A 5KT3A 4B6JA 3WK7A 1N5YA 4P0QA 2BGGA 4BRGA 9ICOA 3VQDA 3CG7A 2A19A 3DLRA 4B9MA 3N4PA 2AH5A 7ICQA 4JHDA 2FF3B 5AQZA 5KT4A 2YHWA 4CBWA 4CIEA 5KFZA 4FWMA 4NO7A 1S8OA 1J97A 3D2QA 1YXQA 4US8A 5KT5A 3V9ZA 3O1WA 1CI4A 5KAFU 4KLGA 4FM2A 1RDUA 3LANA 3V6DA 3JYTA 4PZOA 3I8BA 3WXJA 1BU6O 2HHWA 3IRUA 5AKXA 9ICWA 2W6LA 1RTJA 4K4HA 3HT3A 2YJEA 2MUTB 4QW9A 3LP2A 2P6RA 5AKGA 2GV9A 1JLAA 4M04A 5GAEP 4UB1A 4DV1K 4Y1CA 2HOEA 7ICHA 4KHUA 4KHWA 1JROA 1XU4A 1L3UA 4DFMA 3LP3A 3HVRA 3KWIA 4GW6A 2W54A 3ORYA 4KHNA 4B9LA 2BR0A 3M9MB 4EFHA 1T44A 4I9QA 2V9WA 2P1JA 4FE3A 1J9AA 4DSKA 4IG0A 4CZMA 1KD1O 2IHMA 4NLNA 2CH6A 3SI6A 4RNOA 2J4RA 4KN7A 4BRMA 2W8LA 4KLIA 3BZCA 4BC5A 4F72A 1V9PA 5EVZA 3THWA 8ICZA 4Y2YA 3L2UA 4Z4HA 4Z6FA 2H3ZA 4R65A 1RGIA 3C6HA 4DUYK 3C5GA 1TK5A 3TU5A 2PXIA 3O3GA 4LF7K 1FFVA 1ED1A 3JPTA 1HRHA 4UB4A 2HVIA 3CCRN 4ED0A 1PUZA 4KN4A 4FO0A 5DDMA 4NLZA 2HF3A 1LWEA 4IQWA 3RH6A 3BP8A 2C2RA 2P9UA 1JLCA 1WYGA 4M9HA 1RBTA 2YMLA 2LPEA 3PR5B 4DMNA 4DSIA 4WFAL 2G8VA 4IKFA 4CF8A 3HWTA 1NGHA 4FZLA 7ICRA 3C95A 5L1JA 1RT3A 1TAQA 1Z00B 1NGBA 5M1KA 2ZQBA 4CJ7A 4J9RA 2JEIA 4UAZA 2VANA 4DWIA 1ZOLA 1X9XA 4CIFA 5L1IA 1QTMA 5AQKA 5J2HA 5KI6A 3SPYA 3F73A 1ZQEA 3KZXA 4N5SA 5ALJA 4F4XA 2IS3A 4I2CA 4FL9A 3DJCA 4CFCA 1A6SA 3AAQA 3RJJA 5C12A 5KNIA 3U6FA 4DL6A 1T3VA 1S22A 2JR5A 2O6KA 5M1FA 2LYHA 3C94A 1X9MA 3SJHA 2AU0A 1ZQXA 4QZBA 1NGCA 3UXOA 2BHNA 4CEFA 3C23A 4Y2SA 5HHHA 2MA1A 1D9FA 2OPPA 4HUGA 1TK8A 3ENHA 1L7PA 4AH9A 2MAXA 3PNCA 1HUZA 3V7KA 1K8KB 4FLZA 5IIKA 5DB7A 3V1OA 2P9KA 2JRZA 5BPMA 1S0NA 4M7YA 2UVRA 2F9WA 2V7ZA 2GO7A 4Z4EA 1WSJA 4KRFA 4RW4A 4YCXA 4M63C 3DXKB 4IC9A 4CHNA 3VENA 2PYJA 3ENBA 3RSEA 2Q4TA 2W11A 5EWEA 1HPZA 4UASA 1NLVA 3IDWA 4CHQA 1RDWX 1SZPA 2Z7JA 5KFYA 3H1VX 4JD2B 3KHRA 2ZGYA 2KSOB 2Z1JA 4Y0WA 4CBUA 3Q7CA 3QU5A 5AKEA 3RAXA 1HKBA 2FPMA 2QWPA 1ZQQA 4X64K 4E7JA 3WKEA 3G10A 4DO9A 3PW5A 3M6GA 4C4SA 1X40A 3QFUA 4ILJA 9ICRA 3HRDD 4CHOA 5KL1B 5G5GA 1S77D 1ZXOA 2W40A 3IFRA 3EZWA 1TAMA 1JKHA 1O08A 3QEVA 1Y97A 4B9TA 3UIQA 2KVSA 3GOIA 5E26A 4A57A 5J0YA 1ZD5A 2Y9TA 1S9FA 2FSKA 1NMNA 3OYHA 2JEGA 2WUSA 3VEOA 4UB8U 3VQ5A 1L7OA 3OJUA 3ZSRA 4YDUA 3KHGA 3OJSA 4JRPA 1IO2A 1BG3A 3AV9A 4TUQA 3LDOA 3IHQB 3ZT0A 3CCMN 4E3SA 1NK0A 3ZD8A 5J8YA 3KZIU 2IVNA 1BPZA 4QZHA 2QXFA 3L6QA 4K0KK 4F2RA 4JMUA 4AP9A 1C0MA 5MLCQ 2OXOA 4CEZA 4CE6A 5DLFA 3NGIA 1QSYA 5E41A 2QTDA 3MN6A 2QARA 1CXQA 2B6AA 1Y88A 4GIBA 1X1PA 4OVLA 1NJWA 1ZQKA 4CZLA 2G5HB 2KHVA 5AM0A 4ISGA 4K42A 5M1OA 4CIGA 1QVGM 4IFVA 3OYEA 3TTFA 4CZJA 4C8NA 4RCHA 5KG5A 3UPQA 4I29A 3AVNA 3SUQA 2YTUA 3RFAA 2VIXA 2A5XA 1ILYA 5CY4A 3OS1A 2QWOA 3UXPA 4Z94A 3RVCA 2JWKA 3R9PA 3N7RC 5J2DA 1CEZA 2QI2A 3U4LA 3ZCMA 1IM4A 4DV4K 3VGMA 1TFRA 3WNEA 3VQPA 3C7NA 5ALIA 5J29A 3DM2A 4O3OA 8ICFA 4KHSA 2VA8A 3O3FA 3HPHA 1PK1A 3QZ8A 4JKGB 3P38A 4XEIA 1BPEA 4PHTX 1DTTA 2QKBA 4FJ8A 1A0PA 5DGAA 3E2EA 4USAA 3K5MA 2XC9A 1JI7A 2EAOA 2G07A 4UARA 3KLIA 2HVHA 2FSNA 4H5RA 4RQMA 1P90A 5AZIA 5DB8A 2P9LB 3ICXA 2DFFA 1RQLA 5C10A 4YMMA 4EHUA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1WUD A;  2HBK A;  4NLB A;  5C0Y A;  2KV2 A;  2HBL A;  2DGZ A;  2E1F A;  4QIW F;  4OO1 J;  3CYM A;  2MA1 A;  2RHF A;  2CPR A;  1D8B A;  1GO3 F;  4QJF B;  3SAF A;  4CDG A;  3SAG A;  2HBJ A;  1YT3 A;  2RRD A;  4NLC A;  4O3M A;  2E1E A;  2HBM A;  3SAH A;  4CGZ A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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