2HBLA

Structure of the yeast nuclear exosome component, rrp6p, reveals an interplay between the active site and the hrdc domain; protein in complex with mn, zn, and amp
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
GMVEKPQLKFKSPIDNSESHPFIPLLKEKPNALKPLSESLRLVDDDENNPSHYPHPYEYEIDHQEYSPEILQIREEIPSKSWDDSVPIWVDTSTELESMLEDLKNTKEIAVDLEHHDYRSYYGIVCLMQISTRERDYLVDTLKLRENLHILNEVFTNPSIVKVFHGAFMDIIWLQRDLGLYVVGLFDTYHASKAIGLPRHSLAYLLENFANFKTSKKYQLADWRIRPLSKPMTAAARADTHFLLNIYDQLRNKLIESNKLAGVLYESRNVAKRRFEYSKYRPLTPSSEVYSPIEKESPWKILMYQYNIPPEREVLVRELYQWRDLIARRDDESPRFVMPNQLLAALVAYTPTDVIGVVSLTNGVTEHVRQNAKLLANLIRDALRNIKNTN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of the nuclear exosome component Rrp6p reveals an interplay between the active site and the HRDC domain.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Exosome complex exonuclease RRP6
molecule tags Hydrolase, gene regulation
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 119
structure length 390
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2006-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00570 HRDC HRDC domain
A PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 2hblA02
3.30.420.500 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2hblA01
4O3MA 2HBKA 2HBMA 2MA1A 5C0YA 4NLCA 3CYMA 4CGZA 4CDGA 3SAHA 1GO3F 2E1FA 1YT3A 2E1EA 1D8BA 2HBJA 2RRDA 2HBLA 2KV2A 4QJFB 4QIWF 4OO1J 2CPRA 2DGZA 3SAGA 3SAFA 1WUDA 4NLBA 2RHFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AK3A 2YB4A 1HNVA 4MF8A 5J0PA 1N34K 4CERA 2E8AA 2W8LA 4EP4A 4CK2A 3FFKB 3TACB 4FCYA 4R8UB 4GKJK 4Z4EA 4UW9A 4CJLA 3RH5A 4Z0UA 3OY9A 2DPJA 1BA1A 3BJYA 2HSTA 4NLKA 5IIIA 4WF9L 3FFIA 5KFVA 3PMLA 4C1NI 4NLZA 4N56A 2GO7A 5F1XA 3TTCA 5IIJA 4H0XB 1GLBG 2GBZA 5TZVA 2P6RA 4M3XA 8ICIA 1NLVA 5DM6L 4YOXA 4BR9A 1N56A 2B21A 4JI5K 4QCLA 2OHFA 2EQYA 4J9LA 4OVLA 1M6YA 4ELTA 3NGIA 3VQEA 4QZHA 4JI6K 2ZIXB 4CGZA 4JV5K 4HCBA 4CF2A 1KXPA 2XGPA 3PNCA 5AQOA 1RTJA 1JKHA 3Q7CA 3BP8A 4AHCA 1NZPA 5J2EA 4F5NA 4GXKA 1A77A 2HHSA 4B1WB 5AM5A 2A41A 4CFCA 4I29A 2RDJA 1YITN 3E0FA 1RFQA 2OYYA 1VSJA 4K25A 4CEFA 5AKIA 2QW9A 4B9UA 2QWPA 3SQ1A 3CCUN 3VF6A 1TYQA 2YI1A 5AM0A 3E01A 4I2QA 3K5LA 4ISEA 3SQIA 1LKYA 5LL6Z 2G09A 4UAWA 3CMAN 3KD1E 3AVKA 1BISA 4J2BA 3ZT3A 2KJ9A 1CZBA 8ICHA 4JD2A 4NLGA 1VQ9N 2IOFA 4QZEA 4F3TA 1KL9A 2QXFA 1JRPA 4DL3A 3RF9A 4PGQA 2WUSA 4E1MA 3QBXA 3EKSA 1Z19A 4DL6A 3NVWA 1C0TA 2KSOB 3O3FA 3QUQA 1RXWA 4X65K 3OYIA 4FLYA 4IKFA 4A8EA 2CPRA 5L1LA 5FLXO 2ZJQL 5CR0A 1NGCA 5HBMA 1J5OA 1FEZA 2O8FB 4Z94A 1M90O 1ZQJA 4NLBA 2I5HA 5M1KA 3T3FA 1JJ2M 4QS9A 3FYHA 3TTDA 3VQCA 1W2BM 1EO1A 4NXZA 1LKYB 1CXUA 4TURA 8ICLA 4KB0A 8ICEA 4O5CA 4DSKA 1EWRA 4FLTA 3T1YK 2BHNA 4FK2A 3CPEA 1J9AA 3LL3A 3LDAA 4N47A 5E79U 1RDBA 3CP8A 3ID6A 4J8FA 2WFBA 2VKQA 2YNFA 3CCMN 5I42A 2QARB 2HVIA 3AQFA 1IKYA 8ICMA 1KW4A 4RNMA 2ZUBA 1CI4A 1IH7A 1XUPO 3QO9A 1MWMA 2XI9A 3K5NA 3FZKA 4DTMA 2ASJA 1VSFA 4MO4A 3L4PA 2A42A 1VQ6N 3QUCA 1U48A 8ICKA 9ICKA 2OTLN 2VWJA 3TARA 2Q31A 4CJ3A 4F8RA 4YN4A 3MXJA 4FWRA 2KKZA 2W04A 4P0PA 2VJ4A 4DU1A 3ED5A 1SKWA 4IEIA 3DOLA 4Y1CA 5EWFA 1ZQNA 1Z3EB 3RJHA 2F9TA 3J8AA 3R8EA 5KFXA 3PUFA 3RMAA 4R5PA 3ENHA 4IO8A 1ZQVA 3V7JA 2F8LA 4YD1A 5KRTA 3C5FA 4DFMA 4CGJA 9ICXA 4I28A 1T6CA 3HJFA 3MCAB 1NBWA 4PL8A 3S41A 2E2NA 1Z00A 1NGAA 1RTHA 1U4BA 4FJ7A 4U6PA 4ED7A 4E7IA 4FYDA 4KO0A 4CF8A 4EIAA 4O55A 4X66K 9ICTA 2OA8A 8ICUA 1UT8A 1CRXA 4DTOA 5D49A 3OSNA 3UQ0A 2HHUA 4JN4A 4AF1A 3GE1A 3NVVA 3CETA 3V9ZA 4O3SA 2W9MA 2Y9TA 1KVBA 3RSEB 3K5MA 3SQ2A 3OTQA 4RT3A 3W0LA 3L2VA 1YTAA 5AKLA 3J7ZO 1VDVA 2KNJA 2A19A 2DF4B 3A0BU 5ELZA 3LDSA 4GKKK 3NVZA 2P9PB 1Y97A 5AQXA 2NV3A 3CM6A 3OS2A 5FROA 4UAUA 1MWKA 4FSVA 1JCGA 4CJTA 3EEQA 3PW4A 5HP4A 3LP2A 3KLIA 4Y2XA 3RAXA 1WNSA 1RQLA 3WXMB 4UATA 2CH5A 4HTLA 4BRQA 5ALVA 4FWOA 2AU0A 3O9TA 3D7EO 2Q97A 1Q9YA 2FI1A 1B9FA 3ZSZA 5I9EB 1LVHA 3K9JA 5AQFA 4F92B 3HT3A 5J0RA 2HOQA 5M1OA 4EHUA 4G3IA 1R59O 4H5TA 3O3GA 3LDQA 3TAEA 3I1YA 1ED1A 5CZ2A 3C2MA 1FO4A 2JEFA 5ALKA 1QSLA 1JLEA 2Q36A 4O8KA 3KD5E 4O3OA 1V85A 4O0JA 3H1VX 1VRUA 2KKPA 3C2KA 1KCFA 3DRPA 3UKRB 5KFWA 8ICGA 5ADXA 3NVMA 3SBGA 3M8QA 4A61A 2HSZA 3ZEUA 4IOAL 5DQIA 5DG7A 1TAUA 1VQLN 4I9QA 4PHEA 3OYEA 3AEVA 1ZQIA 4M63C 2HW3A 3IS9A 4DL5A 1SV5A 5J2AA 9ICWA 7ICOA 4UARA 4NM1A 2LMRA 4HYKA 1JL2A 2ASMA 3RWUA 3TR8A 2PFQA 4DOAA 3WQUA 3QNMA 4KLOA 3BQ7A 4UB1A 3GIJA 4EBDA 2R8JA 2FBYA 3G71N 2DQNB 4M9JA 1MN8A 1E3MA 4C23A 3JS6A 1NMDA 4RQ3A 3SNNA 5AQRA 5DG8A 2I7PA 4Q0BA 9ICVA 4HUFA 4DL4A 4JEPA 3HKZC 4EEKA 4LSLA 4MEXA 3I33A 3OSPA 2WHEA 4KX3A 1YUWA 3CI5A 4BRPA 4KLIA 1AROP 4PA1A 1WUDA 3DXMA 2ZGZA 4J9RA 3QE9Y 4BRCA 4PY5A 2QTDA 5HMMA 3ZSRA 3VQ9A 2VA3A 2AH5A 4RQNA 5KTQA 2R8KA 3CPWM 3PX4A 5ALYA 2IBKA 4BRAA 4Q8EA 4W5QA 2BQ3A 2W3RA 1ATSA 3FGUA 5EOYA 4LSNA 5KL8B 5BR9A 3L8BA 3RH6A 1JROA 1BNPA 4FLVA 4F2RA 4DV6K 5EE0A 3EUB2 5JUMA 8ICFA 2CGJA 3EN9A 4CF1A 2E2PA 2XCAA 3AAQA 4CJEA 1SV0C 3M9MB 2HHHK 4C4SA 2MRLA 3HX0A 2ZJPL 3E9PA 4RW7A 2PBDA 3E66A 4C8MA 4FJHA 5DKWA 4JKAA 1X42A 1QQNA 4BG9A 4LVSA 2BE2A 3C21A 1JXBA 1L3TA 1YVNA 3DRRA 4P2HA 5J0SA 2HHTA 4CZFA 2EAMA 4NCBA 4NLCA 4QZFA 4RQ2A 5ALOA 1RG6A 2OM6A 1S22A 5KFHA 2HMXA 4M45A 2GUPA 1OVQA 4M47A 4BR2A 7ICGA 1UOCA 3LAKA 1X6JA 1KFTA 1BPDA 4QZDA 2CRXA 2WAQC 3IUCA 1B43A 5AKGA 5GAGP 1T94A 4B1XB 1DXSA 1T3NA 4ECSA 4CF5A 3RBEA 5J0QA 2C28A 1ZQKA 1J6ZA 1JLBA 4G9ZA 2KQ2A 4EFHA 1BQMA 1NOZA 4IFYA 2IGIA 2V51B 3H3OB 3NCIA 2OPRA 2YB1A 1WB9A 3I55N 2GWSA 4UB6U 2VWBA 1ZRNA 4Z4CA 4PKIA 4DFDA 2J6SA 4F5RA 2E2OA 5DDMA 3G10A 3BQ2A 3UB5A 4CEDA 2JR5A 1NGBA 5KFTA 2W43A 4AYBC 2VYPA 3PO4A 1SKSA 4M6WA 3O80A 3MR3A 4HVJA 2W42A 4M9HA 1RDUA 1VSLA 4KI6A 4P4PA 2FBXA 3PLAA 2RRDA 3HRGA 3K2PA 4IWVA 4EYIB 2KG5A 3AVJA 4CFAA 2M0NA 4QW8A 3HOSA 4B6JA 1L3UA 4ID1A 3CCVN 2LHTA 1XU4A 4O5KA 2NZTA 3V9WA 1OH5A 2WF7A 3V6HA 1SQKA 4KHSA 2UVVA 1X3MA 3OYMA 3CCSN 4NJ8A 2BGWA 5AK5A 4PGXA 1HUZA 2DFEA 5JTIA 1L3SA 2IVOA 2ETJA 3EE8A 4M3UA 4O5EA 2O8DA 5GIPA 5DB7A 3AVHA 2HDOA 3Q8LA 4H5RA 1K8AO 2K4IA 1ATNA 2Q0UA 5C15A 3ZT4A 1NG9A 3ZCMA 2A1JB 5AICA 3RH4A 1KSPA 3MEEA 3KK7A 3QU2A 5CRXA 4IJNA 1NOMA 1RT4A 4P4MA 2BR0A 4B9VA 3IKMA 1PK1B 2KEYA 3R6MA 1MA9B 3A5LC 3H8MA 3LDNA 3MABA 3MR6A 1X9WA 5L1KA 3HVTA 3BS5B 1ZD3A 5AZIB 4R79A 2HHVA 3N7PD 3ENBA 2XY7A 4NLNA 5KG4A 5JU5A 1GLAG 2A6AA 1F5SA 4FK4A 2RKIA 5AQJA 1X9XA 4WFBL 2RE2A 2E3TA 2FMPA 1K9MO 3PSIA 4GXIA 3EE9A 4BRLA 1NJXA 1L3VA 3VQQA 1A76A 5BPNA 3THXA 2AGPA 4DQ8A 2O6KA 3ISCA 4W5RA 2E5SA 4XEIA 4JS4A 2W9CA 4KTZA 3SUPA 3L4IA 2P35A 3FE1A 1RBVA 4BRKA 1MQ3A 1R0AA 1FK9A 4MF2A 4PL1A 1D8BA 1S0NA 1NGIA 1TUYA 1QQ5A 5HR6A 3KK1A 3KZIU 3V7KA 3OYBA 1DEJA 5TKYA 1Z1BA 2WF8A 2A3VA 8ICWA 4KHPK 2FBTA 7ICTA 5J1EA 9ICLA 3ATVA 1KQSM 1ZQUA 4DFPA 4O0IA 2YNHA 4G9BA 2D0AA 3CJ1A 2F44A 4TSXA 1X2IA 3LPUA 7ICFA 2VA2A 3DLRA 4XH4A 5M1QA 4A57A 1A6SA 4CJ5A 2F8TA 3CW2C 2WF6A 4CVNE 5AM4A 2KVCA 2C2DA 2A1RA 2D3DA 1I94K 2P9UA 4Z6FA 3BF3A 3DWLA 5ALUA 3LALA 4F4WA 4H5WA 1BPYA 5AQVA 1NK0A 3H8SA 2GLEA 4BDPA 1U2VB 1X3NA 3MN9A 5CA7A 3MWTA 5ALJA 2XC9A 5KFMA 2K8CB 3CFOA 3VGKA 1VQ8N 1S0VA 1ZBUA 4KLHA 3Q8RB 1YJ9N 5FDLA 5D46A 2ZE2A 2LI6A 4I2IA 2W41A 2YTUA 1QZ6A 1XSLA 2OPPA 5GINA 1IV0A 2GV9A 8ICQA 3B9JA 1Y88A 3THYB 3GFKB 4FJMA 2O8BA 4DR7K 3MK6A 4JI0K 3KVGA 5KAFU 2O8EB 2HOEA 3UKUB 5L1MA 3PY8A 1VQPN 5AFUH 5J0TA 9ICCA 4WFAL 2RLTA 3LPTA 2Z1GA 3TAFA 4QWDA 2K8BB 3PO5A 5JVGL 1N33K 2UVRA 1B92A 3VPZA 3N4PA 5LJWA 4JK1A 4QWBA 4DR5K 4CJKA 2VANA 3M5RA 3NGZA 3V6KA 3WKAA 2FSJA 1VLBA 3M6ZA 1QSSA 4CESA 3DV9A 5DLFA 2DWQA 4JKGB 2XIDA 4CFDA 2KN7A 5CE3A 1KAYA 3CRXA 3RB0A 5F9NA 1S5LU 4B9SA 3ALYA 3E1YA 4E89A 4DQIA 1P8ZA 3WKCA 4AM6A 1T3QA 3MECA 2DKXA 1ZQBA 2PI5A 4KH6A 4KAZA 1Q18A 1VQON 1N60A 4TQSA 1JCFA 4MLEA 3UM9A 2FLNA 3MC1A 2EWSA 3ORYA 3AVAA 3R3LA 2ZJAA 7ICNA 4H0PA 4EENA 4FJ5A 2HBLA 1VJ5A 1WCNA 5G5GA 3IG5A 4B8AB 1GLEG 4CJSA 4NL9A 5KFQA 1KEJA 4JI7K 1W9HA 1GLDG 4FO6A 2P9NB 3OYJA 3ULEB 4RPXA 4BY9C 3K1ZA 1SGGA 1MQ2A 3AA2A 5J8YC 3M1FA 2HVHA 5AHXA 3MEDA 4KKOA 4NO7A 5FPDA 3DOKA 3P83D 3VMFB 2G8IA 3BEXA 3C6AA 4KLMA 5C0YA 1ZBFA 4AQYK 2VGMA 3OHRA 4BR4A 3QB0A 3WK8A 1U6ZA 2IC3A 3QEVA 5KAIU 4DR6K 1SWVA 4TQRA 4AHSA 4DFKA 5LY3A 3HVRA 4P0QA 3B0XA 1DLOA 4US9A 3BUZB 3ZT0A 2D0BA 2XICA 3FLCO 4PUOA 5BN8A 1NI3A 2YMQA 3AVIA 2OYQA 5IT9O 1QQ7A 2HF4A 4DV4K 2OEHA 7ICIA 2D4WA 4CZJA 4CF3A 2JH1A 1KBUA 2OZSA 3WK4A 1NKEA 1XC3A 2CGKA 5KT4A 3MR5A 3GIKA 2X74A 3VQ7A 2AQ0A 2FLPA 3WK9A 1SV0A 1ZBHA 4CEZA 4ECUA 1BI4A 2DL0A 2BANA 4BC5A 3ISNC 4GMJB 2ZIUA 4PKGA 3VA3A 4H4OA 2J6UA 5KG1A 1Z05A 7ICRA 3K58A 8ICRA 3F2KA 3SBTA 5JLHA 2WTUA 1L8OA 2YMLA 3Q8KA 9ICAA 3K5OA 3WKDA 2HNDA 4JKEA 3SJJA 4KHWA 4CBUA 5AIAA 4N5SA 4I2PA 3U4LA 2AJQA 2K89A 3WXJA 1QTMA 2LKYA 3L2UA 3WKEA 1C6VA 3T1AA 3THWA 2BQUA 2G8FA 3EKUA 3ENOA 4ISFA 3UIQA 4JMUA 3N97B 3VQBA 1C0GA 2ZJ8A 4YOVA 3OYGA 5F2RA 5KFRA 1XQSC 2PMZC 5CJ7A 2VCPA 4WFNL 3I8DA 2LYBA 1TK8A 3SV3A 1XC9A 1B4FA 2HCFA 4CIGA 3GIIA 3EO3A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4O3M A;  2HBK A;  2HBM A;  2MA1 A;  5C0Y A;  4NLC A;  3CYM A;  4CGZ A;  4CDG A;  3SAH A;  1GO3 F;  2E1F A;  1YT3 A;  2E1E A;  1D8B A;  2HBJ A;  2RRD A;  2HBL A;  2KV2 A;  4QJF B;  4QIW F;  4OO1 J;  2CPR A;  2DGZ A;  3SAG A;  3SAF A;  1WUD A;  4NLB A;  2RHF A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1LKY A;  5LL6 Z;  2G09 A;  4UAW A;  3CMA N;  3KD1 E;  3AVK A;  1BIS A;  4J2B A;  3ZT3 A;  2KJ9 A;  1CZB A;  8ICH A;  4JD2 A;  4NLG A;  1VQ9 N;  2IOF A;  4QZE A;  4F3T A;  1KL9 A;  2QXF A;  1JRP A;  4DL3 A;  3RF9 A;  4PGQ A;  2WUS A;  4E1M A;  3QBX A;  3EKS A;  1Z19 A;  4DL6 A;  3NVW A;  1C0T A;  2KSO B;  3O3F A;  3QUQ A;  1RXW A;  4X65 K;  3OYI A;  4FLY A;  4IKF A;  4A8E A;  2CPR A;  5L1L A;  5FLX O;  2ZJQ L;  5CR0 A;  1NGC A;  5HBM A;  1J5O A;  1FEZ A;  2O8F B;  4Z94 A;  1M90 O;  1ZQJ A;  4NLB A;  2I5H A;  5M1K A;  3T3F A;  1JJ2 M;  4QS9 A;  3FYH A;  3TTD A;  3VQC A;  1W2B M;  1EO1 A;  4NXZ A;  1LKY B;  1CXU A;  4TUR A;  8ICL A;  4KB0 A;  8ICE A;  4O5C A;  4DSK A;  1EWR A;  4FLT A;  3T1Y K;  2BHN A;  4FK2 A;  3CPE A;  1J9A A;  3LL3 A;  3LDA A;  4N47 A;  5E79 U;  1RDB A;  3CP8 A;  3ID6 A;  4J8F A;  2WFB A;  2VKQ A;  2YNF A;  3CCM N;  5I42 A;  2QAR B;  2HVI A;  3AQF A;  1IKY A;  8ICM A;  1KW4 A;  4RNM A;  2ZUB A;  1CI4 A;  1IH7 A;  1XUP O;  3QO9 A;  1MWM A;  2XI9 A;  3K5N A;  3FZK A;  4DTM A; 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 3HPH A;  4BRI A;  2QKK A;  1LV5 A;  1HUO A;  3ZD9 A;  1DKG D;  2YHX A;  3VEO A;  2RP5 A;  3AVF A;  2YY6 A;  1KAX A;  3GV7 B;  4DUZ K;  4KHY A;  3SYZ A;  1KLM A;  1WSJ A;  2G8H A;  2KV2 A;  2KKV A;  2JH7 A;  3SV4 A;  1WAF A;  2UUA K;  2ZXH A;  2NRR A;  4JHD B;  4Z6D A;  5L1J A;  2NO4 A;  2WB1 F;  4F5O A;  4IR1 A;  1S1V A;  1WSG A;  3DJC A;  1Q46 A;  1GOB A;  4LZG A;  3F5T A;  5C24 A;  3HK2 A;  4BDY A;  2KD1 A;  3G6X A;  3CF5 L;  1F0M A;  5AQS A;  2GX9 A;  4RNN A;  5KG7 A;  3ETL A;  3QU7 A;  1EQY A;  3WKB A;  1YHQ N;  4TUP A;  3KHR A;  3JPO A;  3TAP A;  4IFV A;  3SR6 A;  4J9S A;  5KRS A;  3M6K A;  3RBD A;  2PZS A;  3C0B A;  3VER A;  3H4D A;  5SZT A;  4FOE A;  4K4G A;  1RIL A;  5DQG A;  3ZX2 A;  2VG6 A;  3QDK A;  4FJX A;  3U3G A;  2KVS A;  4KH5 A;  4C4T A;  2DKZ A;  3E9O A;  4PZN A;  1SV4 A;  1QH9 A;  3TQ1 A;  2E8N A;  3RMD A;  3LWL A;  2BKE A;  5EE3 A;  5DGB A;  3KKA A;  5IIM A;  1C1C A;  2F3N A;  5AQI A;  3T7Z A;  4KHU A;  1NMN A;  2D0P A;  3D2E A;  2QKB A;  5AM2 A;  5M1F A;  1RYS A;  4DOC A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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