2HBLA

Structure of the yeast nuclear exosome component, rrp6p, reveals an interplay between the active site and the hrdc domain; protein in complex with mn, zn, and amp
Total Genus 119
50100150200250300350020406080100120
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
GMVEKPQLKFKSPIDNSESHPFIPLLKEKPNALKPLSESLRLVDDDENNPSHYPHPYEYEIDHQEYSPEILQIREEIPSKSWDDSVPIWVDTSTELESMLEDLKNTKEIAVDLEHHDYRSYYGIVCLMQISTRERDYLVDTLKLRENLHILNEVFTNPSIVKVFHGAFMDIIWLQRDLGLYVVGLFDTYHASKAIGLPRHSLAYLLENFANFKTSKKYQLADWRIRPLSKPMTAAARADTHFLLNIYDQLRNKLIESNKLAGVLYESRNVAKRRFEYSKYRPLTPSSEVYSPIEKESPWKILMYQYNIPPEREVLVRELYQWRDLIARRDDESPRFVMPNQLLAALVAYTPTDVIGVVSLTNGVTEHVRQNAKLLANLIRDALRNIKNTN
5010015020025030035035030025020015010050
020406080100Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTI9 (283-286)AH3 (280-282)TIV4 (243-246)TI3 (246-249)3H1 (132-135)S2 (234-242)TVIII1 (136-139)AH1 (183-189)TIV1 (155-158)TIV5 (266-269)3H3 (194-196)TI4 (258-261)S1 (214-216)AH2 (219-230)S3 (250-257)S4 (262-266)TI5 (267-270)TI6 (268-271)TI7 (270-273)3H4 (274-279)TIV6 (290-293)S5 (287-290)S6 (311-313)TIV10 (344-347)TI10 (348-351)AH5 (314-321)TIV8 (342-345)TIV9 (343-346)AH8 (368-383)TIV11 (351-354)AH9 (385-398)3H2 (163-165)AH4 (293-304)TIV2 (158-161)AH6 (328-336)AH7 (356-365)TVIII3 (323-326)TI1 (207-210)TIV3 (172-175)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase, gene regulation
source organism Saccharomyces cerevisiae
publication title Structure of the nuclear exosome component Rrp6p reveals an interplay between the active site and the HRDC domain.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Exosome complex exonuclease RRP6
total genus 119
structure length 390
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2006-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00570 HRDC HRDC domain
A PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 2hblA02
3.30.420.500 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2hblA01
2KV2A 4OO1J 2RHFA 4QIWF 3SAGA 4QJFB 2MA1A 2HBJA 2HBLA 1YT3A 3CYMA 4CDGA 2RRDA 3SAFA 2E1EA 4O3MA 1D8BA 2HBMA 2E1FA 4NLBA 3SAHA 1GO3F 2CPRA 4CGZA 4NLCA 2DGZA 1WUDA 2HBKA 5C0YA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2JEFA 4M0AA 3EE8A 4H4OA 3C6TA 2F8LA 5GTIU 5AQFA 3SUQA 2P9KB 3RJJA 1ATSA 4ILJA 2GWJA 3M3ZA 3BZKA 4FZNA 3DOLA 2G09A 4CJ7A 4M3TA 4B9MA 1ZOLA 3M6ZA 1C1AA 2NRXA 3QUBA 9ICXA 3DWLA 5J2NA 2UUAK 4RUAA 1HNVA 2FLNA 3OJUA 4Y1CA 4BY9C 2Q4TA 1V4TA 4KX3A 3D6JA 3MGIA 3DAWA 3L0QA 4CHZA 2CPRA 3AEVA 2UVWA 4Z4CA 5IINA 1S9FA 3TAQA 3PW2A 1WSJA 2KKVA 1TK5A 4B6JA 4F5NA 2KZZA 1D4XA 3LAKA 4FJKA 2VJ4A 4RQ8A 4CF9A 3TABA 1J5OA 2OTJN 5AQMA 4KX5A 3QO9A 2DKXA 2W6KA 2NRRA 3R9PA 3HJEA 1CLQA 3I28A 1ZQTA 8ICKA 4Y2JA 4FWRA 3L4QA 5KFAA 4MO5A 4M9NA 1ZD4A 5ALSA 1BNPA 2P9LB 4JYAK 4PWDA 2HBLA 3ZDAA 4RQ0A 3VEZA 4E3SA 4OLAA 4DWIA 1NGAA 1O13A 2B4JA 5ALOA 1XMQK 2D6FC 5ALVA 1ZQIA 1V97A 8ICWA 3GV8B 4AH9A 3RB4A 2YHWA 4XQ8A 5DB9A 3ZEUA 1X66A 2IVPA 5J2AA 2OPSA 3U9ZA 3L6QA 4DQIA 2P9NA 3L2RA 3F5TA 4W5OA 1ZD2P 4EFHA 2CGKA 4QAGA 5AM2A 3LVVA 2QWNA 3NAEA 2KEYA 2KIVA 3JSMA 3LZJA 2XCAA 3F2KA 2Z1JA 2A40A 5CWRA 4NL9A 1LWCA 2VG6A 3T5HA 3RB0A 3IDWA 5KGWA 5AKJA 1NU0A 5ELZA 3D6RA 1CXUA 4BVPA 1FKPA 4AILC 1X9MA 4FZYA 2QK9A 2F77X 5AICA 1VSKA 4UASA 2VQEK 3B8AX 3SK3A 2FBTA 4CZEA 5AQRA 3M6KA 3RMBA 3AQEA 4EELA 1D8LA 1WNSA 3ZSXA 3CCQN 4QOZB 1RT2A 4JI1K 4JKHA 1EX4A 2BDPA 4W5RA 5J29A 1ZBUA 3SQ0A 2NRVA 3E2EA 3LWMA 4YDUA 3WK4A 3QETA 4V19S 1A0PA 4J03A 3HT3A 4F92B 1KLNA 1HQEA 1RTDA 4N5SA 5AQHA 1QE1A 3UXPA 5C2FA 5HP1A 7ICUA 2AXTU 2ZG6A 1SUQA 2UU9K 2GO7A 1L3VA 4RT3A 3DLLL 2HSZA 5KG3A 2H3ZA 1F0MA 1FKOA 2F9WA 4M9GA 2DL0A 2GWKA 4DTUA 3VEYA 2FI1A 4BACA 3S9HA 1HPMA 4N56A 3P83D 3TAMA 4PKGA 1S0OA 3D0PA 3T79A 5KQ8A 1RFQA 1ZBIA 4HUEA 3AVMA 2KKPA 5F9LA 2QI2A 3FE1A 2VWJA 3I33A 1JIHA 3GIIA 3C5FA 5JVHL 4JUZA 1NJYA 5BN8A 3VCBA 5DBAA 1W0HA 2WOMA 3GOIA 3O6WA 5KFZA 9ICKA 2GX9A 4NM2A 3D2FB 3OYMA 2KSOB 2P5GA 3RAXA 4O5FA 2RRDA 5ALIA 1HJOA 3SNNA 4FK0A 3BP8A 5IIOA 5GINA 2W7OA 4DV0K 1TAQA 2KVSA 4ED3A 4EZ6A 3QUTA 4FYDA 1X9JA 4IOXA 1NOZA 4J8FA 1K5OA 2W3RA 4QZDA 5JLFA 2P9SB 1N32K 3THVA 1GLCG 1LAWA 5C5JA 4UBCA 1T3QA 1KN5A 3OVNA 3H6EA 5E79U 4DL3A 1WG8A 4DR2K 2YCHA 3JPSA 1JJ2M 3SV3A 4LFCK 4U67L 1F5SA 2ZGYA 4OPKA 2VA8A 3A0HU 1ZBSA 3VA3A 1YVUA 3AGKA 2R8KA 3E01A 2OWOA 5EY4A 2JGAA 8ICXA 3D45A 4YOYA 3HJFA 3CYMA 2A42A 4WQ4C 5T7BA 3QU4A 2YNGA 1JLCA 5J0OA 1VQMN 1VQON 5JICA 4EP5A 4H0OA 3V1OA 4FJNA 7ICHA 2IVOA 3D2SA 3AL0B 2C2EA 1IBKK 1BPDA 3SQIA 3QXGA 1BIUA 3ZSVA 3JYTA 4J9MA 2BCUA 4RQ1A 3LDLA 4N76A 1N5XA 1XMOK 3RR7A 5M1QA 1H1VA 2WTFA 5KAIU 4RUCA 1IKYA 4E1JA 1QLNA 1U9LA 4IWVA 3VA0A 4BROA 3WKEA 1HJPA 4IDHA 5CHIA 4EBCA 4JKGA 2ISPA 4F3TA 1QVGM 3C65A 1RBTA 3I0RA 4A57A 3OW2M 5KFXA 5LMNK 5CR0A 3EZ5A 5M1OA 2HMPA 2HBMA 1C0MA 4BR5A 2W8LA 4UAYA 4M9LA 3AGRA 4DMNA 2IOFK 2ZQBA 2PMZF 3RRGA 1D9FA 3P4IA 3MN9A 5KFMA 1ZQSA 1DK3A 2V4RA 4KAZA 2Q0ZX 3NH0A 2FDRA 2G0AA 3V1QA 3U4LA 4LJXA 1UPHA 3TACB 4C7ZA 3RJGA 1XU4A 3OYHA 2NV3A 8ICYA 4PL1A 4BWMA 2DPIA 2C28A 1ZQQA 5CR4A 5D4BA 1JCFA 2A3ZA 1FJGK 3SAFA 2GUIA 4BC2A 3EZWA 4DTRA 4OJRA 1MQ2A 3TAEA 3GU3A 3CCUN 7ICPA 4E7KA 1KCFA 4Y1DA 4RQ6A 3FC4A 1CXQA 4DOAA 4H5VA 5ALDA 2NRHA 3G6XA 4C8KA 4CHQA 4K0KK 3OYAA 2PFPA 5DG7A 1RBSA 2ASLA 3ULDA 2OEHA 4IR9A 4P0QA 4CJ5A 1W7AA 3ZT2A 3AO1A 3CQXA 2WAQF 2BUPA 3BQTA 2LYAA 1OXJA 2O4IA 4CF0A 3SUOA 4Y2UA 4ECTA 4FOEA 3WXJA 1DTQA 1R0AA 1T4GA 4Z4EA 3FZLA 4FLXA 4GKKK 1WWVA 4F5QA 2A19A 5ALQA 2P9UB 3WEEB 4FM1A 3PW4A 1ZQAA 2Q31A 2G5IB 2F96A 4M7XA 4F72A 3C1YA 1ZBLA 2AGOA 1REVA 1FEZA 1QQNA 1RYUA 2E6MA 3DXMA 1Q8IA 1KVAA 2O8DB 1WYGA 4ED1A 3SCXA 2UVRA 3K5OA 5ADXH 5KFDA 2X6NA 1VQ5N 4IC9A 4DL4A 2KK0A 4FOIA 4FK2A 2W9MA 4IRCA 8ICRA 1W2BM 1DTTA 1IG8A 3DLKA 4CGHA 5BOLA 4DR1K 1DLOA 2BCSA 3QMLA 1KFSA 4KLJA 2MRLA 2JEGA 2ESEA 2ZJ8A 3ZCMA 4FWMA 2V4QA 4H5WA 2Z1GA 3LP0A 4NJ8A 3THYA 2H3QA 2YMQA 3VQ9A 4CZJA 1QTMA 1X2IA 5DG8A 3H3OB 1N62A 3QYPA 2BZFA 1YXQA 4MLEA 2PFNA 4B9QA 4BXOA 3LM2A 4YFKA 4OJ5A 3F9KA 2KOBA 3ICXA 4QS9A 5KG7A 1Z19A 5CJ7A 4CK1A 1MN8A 1NKCA 4AM6A 3EN9A 2LM4A 1KW4A 5GTHU 4BDYA 3G0ZA 2EAMA 4I9LA 4QNLA 3WKAA 1RNHA 3CCRN 1RDUA 1ZJNA 8ICTA 1UT8A 2XVTA 4O5CA 5KFFA 5AQQA 4RQ5A 2VGNA 4CFCA 3F2CA 5F9NA 3GL1A 2LKYA 3QEAZ 3O4WA 4UB6U 2O8EB 1HEKA 1O03A 1Q46A 5AHXA 3KHHA 1E4GT 1RGIA 2A41A 3GV7B 4BQZA 4CEZA 1VAZA 4KHUA 4DR3K 5J0XA 1Q82O 3ZLJA 1NGFA 4R5PA 4DTMA 1N36K 1I94K 3KKAC 4RNOA 1UA1A 9ICMA 4QIWC 5HRRA 2OZMA 2D5RA 4NLZA 4UB3A 2ODGA 3FAHA 4B3MK 4LF7K 5M1FA 1T6CA 5AI8A 3EKUA 4NCAA 1D8BA 3O0FA 5KFBA 3H4DA 4EYIB 5DQGA 3VEWA 1RTJA 2P1JA 3GV5B 4XH4A 1U47A 4CEFA 2FE9A 2PFOA 1Z4OA 1BO5O 4QCLA 2ZIVB 4A62A 1ZQMA 3PX4A 2BQUA 1Q18A 3VF6A 2A1JA 2W9BA 3I8BA 3EO3A 3QBXA 4CK3A 5I42A 3DYAA 4N47A 3BQ7A 5ALWA 2Y0SC 2DFFA 4M9JA 5KFPA 4DV1K 5J2FA 3QU9A 2HNYA 5JU5A 4P4OA 1IV8A 3RR8A 3VQCA 3DMJA 1ASVA 5GAGP 3AVIA 2G07A 2IOHA 1U2VA 2YKMA 2DPJA 2ASDA 1KAXA 2P66A 3M7DA 4CGGA 1A5XA 3HTVA 3ID6A 1S6PA 1JXBA 4OKJA 1F21A 4FZLA 1UHUA 2O4GA 4DTJA 3ENHA 1LV5A 2X6SA 3AV9A 4TURA 3M9OB 3P5JA 4FZMA 3AO3A 5BR8K 3FDSA 3JS6A 3OBYA 1S22A 4Z6DA 4ICAA 4MF8A 4KLDA 3K5LA 4Q8FA 5ALZA 5AKZA 2Y9TA 4O3QA 4C4TA 1VQPN 5ALKA 4YOXA 2O8BB 3AQFA 3H0LB 1NG9A 3SJJA 3KK2A 1ZQFA 2PYJA 4CDGA 2R8HA 5IIMA 3V7JA 4FJ9A 3SBTA 4DQQA 3VGLA 3TTFA 3CPWM 4G3IA 5SZTA 4LF9K 3UMGA 3J7YP 1C7YA 2PXIA 3SV4A 4NYFA 1JALA 3LYSA 4BR7A 3RAQA 1GO3F 4JV5K 3T3FA 4IJNA 1TFRA 4E7HA 2VYPA 4J2DA 4IOAL 3C2LA 3ED5A 4JV0A 4F5OA 2EHGA 4JI5K 1NOYA 8ICCA 4GVEA 4CFBA 3K5NA 4DSEA 1S1VA 2JRZA 1W9HA 2JGUA 1LWFA 1KFDA 4M42A 8ICHA 5FP0A 5DMRA 3RB6A 3AVHA 2H5XA 4E7LA 3TI0A 2HHQA 2G8FA 2NRZA 4IG0A 3KWGA 1ATRA 8ICEA 4JKAA 3ZX3A 2G8IA 4GV6A 2RPIA 3KJVA 3AU2A 3F2BA 2ATLA 4BRQA 3QLHA 2OCEA 2RP5A 4RQNA 3ZEUB 1HX1A 1J2MA 5IIIA 4DB3A 3JPOA 2ZJQL 1NMNA 2IVNA 2KE7A 5KG5A 7ICTA 1J54A 4JD2A 3A5NC 4PGQA 5AK5A 3ZT1A 4DR5K 4CIGA 1N61A 2XRIA 2HHTA 5DQIA 1LKYA 3ISBA 4F4ZA 1TV6A 3OYKA 1DXSA 1IKWA 3KKSA 3NASA 2FLPA 1BA1A 1HIWA 3G6YA 1QSSA 3EE9A 4I2PA 5KFGA 4B1ZA 4NV0A 3TFSA 3AU6A 1RT6A 1S6QA 2Q1NA 4WFAL 3S3NA 1PVRA 2AQ0A 4IG3A 4F9OA 3TANA 3FM9A 4OJOA 3MR6A 1VSHA 2DY4A 1RT5A 4C4RA 5KFYA 4FWPA 1RBRA 1NGEA 4XRHA 4QZ8A 4B3TK 2O8FA 2JMGA 4EBDA 1DOQA 4JKDA 2AGPA 4PL8A 3QEXA 2CRXA 2OH2A 1YI2N 3LANA 4DU1A 2G8WA 1KAYA 3IG8A 5J1EA 2AA4A 2FSKA 4KMOB 4RZRA 3PV8A 2Z1HA 4JK9A 1KDHA 2JV3A 3JPNA 4B9TA 3NH2A 1YUWA 4MO4A 3B9JA 1WUAA 2E88A 3AA3A 4CEEA 2UUBK 2DPNA 3AAQA 3CD6N 4DSFA 4BRHA 1V4SA 1VDVA 1HNIA 2WTUA 4CGZA 3P39A 3VERA 3L4PA 4DEZA 2HI0A 4B3SK 5EOZA 5EE1A 3AA5X 3VQ5A 2BKEA 3IN5A 4CJ4A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2KV2 A;  4OO1 J;  2RHF A;  4QIW F;  3SAG A;  4QJF B;  2MA1 A;  2HBJ A;  2HBL A;  1YT3 A;  3CYM A;  4CDG A;  2RRD A;  3SAF A;  2E1E A;  4O3M A;  1D8B A;  2HBM A;  2E1F A;  4NLB A;  3SAH A;  1GO3 F;  2CPR A;  4CGZ A;  4NLC A;  2DGZ A;  1WUD A;  2HBK A;  5C0Y A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2F1J A;  4FLY A;  4QS7 A;  4QIW F;  3KFU F;  2YX8 A;  4F93 B;  4E7I A;  9ICQ A;  1ZXI A;  4J9P A;  4DUY K;  5L9X A;  5AQO A;  1IH7 A;  4R8U A;  4OD0 A;  1Y97 A;  4BRN A;  1QSL A;  4WQ5 C;  2IOF A;  2QB0 A;  4O3R A;  2F9T A;  5E84 A;  1W97 L;  4FJ7 A;  3MWT A;  4HCB A;  3MC1 A;  1T94 A;  1SV0 A;  3VQ7 A;  3L8B A;  3B6O A;  2ZIX A;  1SV4 A;  4ELT A;  5AKL A;  2IS3 A;  4KHP K;  1U45 A;  1PK1 A;  2PMZ C;  4DFD A;  2Y0S F;  1ZQH A;  4KHY A;  2DGZ A;  1G15 A;  3UQ0 A;  3CJA A;  5KRT A;  4H5T A;  3CCS N;  4ECU A;  5AKI A;  3ATV A;  1V85 A;  1C1C A;  3PSF A;  1IG6 A;  1I39 A;  4QW8 A;  2AH5 A;  2BCR A;  3V9S A;  3UKR B;  3H45 C;  7ICJ A;  1ZQP A;  2BAN A;  1S9G A;  4BC4 A;  3KK3 A;  3TWH A;  1ZQV A;  2BR0 A;  3ZDD A;  1RT7 A;  3D2E A;  3PW0 A;  1HKB A;  5AQU A;  3OS2 A;  1RT4 A;  3CER A;  2BPG A;  3JXU A;  2FLO A;  2JH7 A;  4I2H A;  3HYF A;  4FBU A;  2VA2 A;  3IRX A;  1VQN N;  4IDK A;  5HRP A;  1ZJM A;  1B9D A;  3O4Q A;  3VGK A;  2XY7 A;  2KTQ A;  1Y64 A;  3I0S A;  3KZB A;  3L2V A;  4FLW A;  3RWU A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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