2HBLA

Structure of the yeast nuclear exosome component, rrp6p, reveals an interplay between the active site and the hrdc domain; protein in complex with mn, zn, and amp
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
GMVEKPQLKFKSPIDNSESHPFIPLLKEKPNALKPLSESLRLVDDDENNPSHYPHPYEYEIDHQEYSPEILQIREEIPSKSWDDSVPIWVDTSTELESMLEDLKNTKEIAVDLEHHDYRSYYGIVCLMQISTRERDYLVDTLKLRENLHILNEVFTNPSIVKVFHGAFMDIIWLQRDLGLYVVGLFDTYHASKAIGLPRHSLAYLLENFANFKTSKKYQLADWRIRPLSKPMTAAARADTHFLLNIYDQLRNKLIESNKLAGVLYESRNVAKRRFEYSKYRPLTPSSEVYSPIEKESPWKILMYQYNIPPEREVLVRELYQWRDLIARRDDESPRFVMPNQLLAALVAYTPTDVIGVVSLTNGVTEHVRQNAKLLANLIRDALRNIKNTN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase, gene regulation
source organism Saccharomyces cerevisiae
publication title Structure of the nuclear exosome component Rrp6p reveals an interplay between the active site and the HRDC domain.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Exosome complex exonuclease RRP6
total genus 119
structure length 390
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2006-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00570 HRDC HRDC domain
A PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 2hblA02
3.30.420.500 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2hblA01
1GO3F 3CYMA 4QJFB 2RHFA 2RRDA 3SAGA 1D8BA 2KV2A 4CDGA 2HBLA 4NLBA 2MA1A 2E1EA 2HBKA 4OO1J 4O3MA 1YT3A 5C0YA 4CGZA 1WUDA 3SAHA 4NLCA 3SAFA 2HBMA 2HBJA 4QIWF 2DGZA 2CPRA 2E1FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4I9LA 2QA4N 5F9NA 3GE1A 3ZT1A 2P9LB 3SBGA 5EVZA 1UOCA 3Q8LA 1TKZA 3L3FX 5KG7A 3Q8KA 1U47A 4IL6U 4YXJA 2PZSA 1KLNA 1Y64A 2BQRA 4FZXC 3THWA 4C7YA 4B9TA 1ZQVA 5IILA 1IKYA 4OLAA 3VGMA 3V7JA 2OANA 4R66A 1E4GT 2EAOA 2RPIA 1VAZA 3DAWA 1X9WA 1RNHA 3P39A 5HOOA 4HUEA 1SWVA 3JPOA 5B5EU 3NF8A 1CZ9A 4FPBA 1MU2A 3IDHA 2I5JA 1URJA 1VSEA 4KN4A 2P9KB 4ELVA 3TU5A 4X65K 4FW2A 3P1GA 1S76D 4CZIA 3MN9A 2W11A 5ADXH 1FIQA 3K1ZA 4FM2A 4FJLA 2OHFA 3RJEA 5GADP 2HOFA 4MO5A 4I29A 2E6MA 1HQEA 5J2GA 1H38A 1KAYA 4DV6K 1HNXK 1O08A 2MA1A 3KKAA 3TADA 4GY2B 1MQ3A 3ASMA 1HLUA 4RT3A 3Q8MA 1Q8IA 1BQNA 2H3VA 1IG8A 4JHDA 3SAFA 3OSPA 4KMOB 8ICRA 2O4GA 4L3QA 3HKZC 2RE2A 5J2DA 4CEAA 3WXKA 3Q7CA 3JSMA 5KFWA 4DV0K 2MAXA 4A5BA 1EP4A 4NM2A 1Z19A 1QTMA 3VGKA 3VQDA 1JIHA 3D0PA 4KLTA 2ZTDA 4UB4A 3KZBA 4KHWA 1CRXA 5CZ1A 2ATQA 4KAZA 3RB3A 4EIAA 5HR7A 1V38A 1C1BA 4W5NA 5EXWA 3LP1A 4PA1A 9ICOA 5DBAA 3ENOA 1QVFM 4GC7A 1ASVA 2CGJA 3O1BA 1B4FA 4JWNA 1N61A 3F73A 1DGSA 3DMJA 5ALRA 4DV3K 2EDUA 1SWWA 4IO9L 2ZUDA 5HHIA 2JGUA 4E89A 4QWAA 1HYVA 3M3ZA 1IBLK 2IOFA 3UPQA 4FK0A 3RVCA 4M3YA 1DTQA 4XRHA 2DF4B 5AM0A 4JKFA 2KFNA 4CEQA 5C2DA 1N63A 4ZH4A 2MU2A 3TSPA 4DTJA 1B0XA 3LAMA 4O0IA 3ZETA 4CJLA 4JYAK 2K4HA 4F72A 4TSXA 5EX5A 4CBUA 5KPZA 4DR7K 2AQ0A 4NLBA 3AVFA 1XHXA 4CERA 2P5GA 4FJKA 2RDJA 3QICA 5EOYA 4EBEA 2Q36A 4WFBL 4GV6A 4X64K 5KFZA 4FLZA 1VHXA 4CFAA 1TVRA 3ISNC 4QS8A 4Z6EA 3D7EO 4PHEA 4O3RA 1J2NA 3QINA 3VF2A 2P9PA 1U48A 4FVMA 2O6KA 2AXTU 2WUSA 4W5OA 4JRPA 1KSPA 9ICPA 3NF7A 4O8UA 3HSTB 3VQ8A 5C42A 1U9LA 1S5LU 4JI0K 2KKPA 4Y2QA 5ALUA 4ED3A 3CJAA 1B92A 3QMLA 1Z4OA 4YQWA 4F5RA 1KVAA 1PVRA 1GLCG 2PFUA 1K73O 1L5UA 5I42A 4F3TA 3ZSOA 5D4BA 2R8JA 4QZIA 4K42A 3HL8A 4KV8A 2O8DA 4NM1A 5J8YA 2OH2A 1JXBA 2G0AA 5ALQA 3C28A 2P9SA 2ZGZA 3DLBA 4JKBA 1RBSA 3ID8A 4CF5A 1ZRMA 3RF9A 1SKSA 1IJJA 3VEOA 1K9MO 3IMXA 3U9ZA 3KTQA 3VN5A 1ZQKA 1KVCA 3WK5A 1EKEA 4IG0A 5LJVA 1ASWA 3M9NB 4IQVA 2DL0A 5KFTA 1DKGD 4H0VB 3ZSXA 3ZX0A 2X6SA 4C8LA 1RDDA 5JLHA 3KK3A 3QUQA 3K57A 3HX0A 3T5JA 4I7FA 5AQRA 3I1YA 4GW6A 2LKYA 1KC8O 5AKHA 5AZIB 3ZSYA 4PL2A 4QNLA 3LDQA 1DK3A 2HI0A 2HNZA 1A76A 3BQ0A 3AGKA 4CGJA 2YMLA 4F93B 4RT2A 2JWKA 2QKKA 1QQNA 2P9LA 3U9DA 4FLVA 1WUDA 2UVUA 3NVKA 3OW2M 4B9LA 3OYBA 1ZD3A 2BCUA 2DUYA 4O5BA 2R8KA 1XSNA 2HNDA 4M41A 4OKKA 4KLDA 4B08A 3FM9A 3V6DA 1GLEG 5T7BA 3DV9A 4C8NA 4YY3K 1V4SA 5LJWA 4RNOA 4CF2A 2P6RA 3VEWA 2KEYA 3QNMA 3E66A 4CFBA 3DJCA 4FM0A 4B1UB 8ICZA 3UKUB 4MFAA 2HOEA 1EO1A 4DR4K 3RWUA 1BPXA 2FPMA 3R9KA 2LI6A 5AIBA 3U4LA 3V9ZA 1S9FA 1WLJA 2PFOA 9ICAA 2P9KA 4R8UB 3QYPA 2E4LA 4FE3A 2GBZA 1T94A 3W3DA 3H7IA 3O5BA 4M3WA 4FLWA 9ICUA 4DTSA 3CC4N 4JI7K 4NXNK 1ZQFA 2F4VK 1TAMA 5IIMA 4IXCA 3KKSA 1N34K 4YOVA 5G5HA 3MR6A 4LC9B 3V1RA 4FZLA 5C2FA 3M8QA 3TSUA 3TTCA 2YV0X 4CZGA 5J0XA 5BRFA 2I6XA 3PZPA 4MEYA 3MFHA 4I2EA 2EX3A 4ECYA 2P9IB 2UUBK 1D5AA 1MC8A 4PH5A 1RXWA 4NLKA 2NO5A 2D6FC 2HHWA 3Q8RB 3GIKA 2KHOA 3LK9A 1W0HA 2V7ZA 3ZX3A 3VQEA 3PR5B 2ITGA 2B21A 5KFYA 5KAIU 3C6HA 1X6JA 3ZYYX 1S8OA 4EHUA 3WKAA 4EZ9A 5ALSA 3DEEA 5IIOA 1ZJMA 4I2DA 3HT3A 4YFKA 2GOLA 4F3OA 1WWUA 1TKXA 2VWBA 4IR9A 2C2EA 3RJFA 3KKAC 3AL0B 5AM1A 3LVWA 4LFAK 1NGBA 4IJNA 2O4IA 3NVMA 3NF6A 4Y2RA 2ZTEA 2AQ4A 4CZEA 4JNEA 3WUHA 3L4PA 2A1AA 3M6ZA 2R8IA 4DCHA 2B5JA 1KFTA 2IAJA 4YMMA 3CHWA 1ASUA 1N8RO 1RT6A 1PVQA 1GLLO 1YF5L 5FPMA 1WG8A 2OPQA 1C0MA 2X74A 3VESA 4P4PA 4F71A 1L7NA 2EZXA 1E3MA 1HYSA 4BR2A 3IAYA 4EBDA 3EZWA 5ALTA 1SIJA 4JEPA 1JN3A 3GBTA 4ILJA 3CMAN 2YY6A 1LWEA 1BO5O 5CWRA 3OHBA 1YTUA 1ILYA 1NK9A 4IS7A 5LY3A 4K41A 4QAGA 4CDGA 2E2PA 2KKZA 1Q46A 1LWCA 1ZQPA 4NCBA 2FF6A 4B3OA 2GEMA 1Q82O 2VGMA 1YVUA 1PK3A 3N28A 4RQ1A 1BCMA 2UYTA 4M47A 2D3DA 4DSLA 4CF4A 1EXNA 3WKEA 2LM1A 4BRIA 3O0FA 1CXQA 1UT5A 5KNIA 2BANA 5DBCA 5AQXA 1X9JA 4FJ9A 4YMOA 3D2EB 1IKXA 2CN1A 3SZ2A 1L7MA 5AKKA 2ZIWB 5KGWA 3ZSQA 5KPTA 1KXPA 3H4DA 5EWEA 1B22A 4I2JA 4DL3A 4HHTA 4JD2B 5J0TA 1HQUA 4AHRA 3F9KA 2D0BA 4OLBA 2ZG6A 4BVPA 3MN6A 1VSDA 4B1ZA 4I2IA 2IS3A 4W5TA 1PZNA 1NWKA 1WSHA 3V9WA 5J2JA 2IDOA 2JV3A 2ZIUB 5ALDA 5J2BA 4UAUA 5DGAA 1U2VB 2QEXN 1X2IA 1Z3EB 1TYQB 1IXRA 4BRPA 3CG7A 1SL0A 1NMDA 5AZIA 3ZI4A 4DHYA 2LYAA 4PGYA 4NCGA 3CCUN 3NGDA 4DF4A 2KFZA 3J80O 1DXSA 2BUPA 5AQHA 5ALOA 1T3VA 2IVPA 4Z4EA 1U4BA 2K4PA 2HB5A 1IIPA 1D8BA 4DFJA 4A2AA 4X62K 1NOMA 5KFUA 1ATSA 5F1XA 4DLGA 5TKWA 3FE1A 4NYFA 3SNNA 3N4MB 4RW7A 5IWAK 2RHKA 3MGHA 3LP3A 4WCEL 3TSQA 4AHVA 4JV0A 1FJGK 4H8KA 5AKLA 3WNGA 1VK0A 4QZEA 5BN9A 1RT7A 1VQ5N 3TAMA 3UKUA 1OUQA 4KLOA 4JKGB 4PKHA 4UB3A 5TISU 4QCLA 4JK9A 2AP1A 4C8OA 3VGLA 4DR1K 3THXA 4R8UA 1SQKA 3VENA 3KJVA 4GLXA 3L4QA 4EFHA 2JGAA 2QB1A 1KW4A 3BS5B 1YI2N 2VKQA 2NUBA 4O4GA 2E1YA 3NVWA 3AA2A 2W41A 5AKEA 2UUAK 3CCVN 2H3FA 4Z94A 5CY4A 5L1MA 4RQNA 4LF6K 1X40A 4TQSA 3SR6A 4CGDA 4XIUA 3H0LB 1Q86O 3ZDBA 2W6LA 3GQCA 1EWRA 8ICSA 2P9IA 4FBTA 2ESEA 3RMCA 2B4JA 4GIBA 2P9NB 1WSGA 2J6TA 3VQQA 4E1MA 4M9JA 1QQ6A 3BZCA 4P4MA 4DSJA 2QARB 2KQ2A 2WFBA 4KLJA 4ILGB 3A0HU 3H0MB 4P2HA 4B8AB 3HTVA 3IHQB 3AU6A 3ULEB 4EEYA 4JI2K 3T1HK 3H8JA 3SUNA 1ZQBA 3QUBA 4OGCA 5JUMA 1ZRNA 1VQLN 3F2KA 2KMDA 2KZZA 4ED8A 2RF2A 3SI6A 2EHGA 2GTDA 3E01A 4QZBA 4PGQA 5SWMA 1KTQA 3GIMA 2JWLA 4NLNA 2H5XA 4CIEA 4I27A 4AYBF 5H2FU 2E1FA 4AHTA 4DF8A 4YMNA 1N60A 3PW7A 5BRDA 1QQ5A 1B43A 1JLGA 3BEXA 1XI1A 1HUXA 4FLTA 2NV3A 4R63A 1QS4A 2BHNA 4XEIA 2RRDA 3PMNA 8ICEA 3PW2A 4Z4HA 2FPLA 3H8MA 1T3NA 1DRGA 2B6GA 5LMUK 1JL1A 3K1RB 1X42A 5ALZA 3LP0A 2EAMA 4BR0A 1HNWK 3O9TA 2ZM6K 3QNOA 3S9HA 2HW3A 1LW0A 3OY9A 1EQYA 2F1JA 4FS2A 3IKMA 2FSKA 2J6UA 3LWMA 3H6EA 2E8AA 1TK8A 3HK2A 1ZBFA 4FCYA 1KBUA 3ZSVA 5J2QA 4BC5A 3RFAA 4KLIA 1LWFA 1X9SA 3MMVA 4K43A 4K4GA 3FZLA 3ZSWA 7ICSA 3QE9Y 4FSVA 5AQFA 4Z4CA 1KN5A 2X78A 1MDUB 2DFLA 2KVSA 3D2EA 3VMFB 4CGHA 8ICVA 5M1NA 4KHUA 1RYSA 2ZIWA 4BX9C 3GILA 1RT3A 3NVVA 2NRZA 2OWOA 1ZXIA 4JD2A 3EPGA 2QTDA 1T6CA 3K2PA 4DV7K 1QSSA 4LF9K 1NK0A 3D6RA 3MBYA 4C8MA 2BQUA 5BPCA 9ICVA 2UVVA 5TZVA 1JLQA 1DT9A 3G25A 4NWIA 4BRCA 3O9SA 4OGEA 4JK8A 2Y0SC 4M9HA 1G15A 2ZXHA 1WSEA 4KBOA 1TGOA 3KHGA 1V9PA 3H1QA 1L8LA 4RPZA 4QW8A 2ZIUA 1NNEA 4O3OA 1WN7A 5J2NA 5ALWA 1ZBUA 2HSZA 1HEKA 1U2VA 4JKAA 1JKHA 8ICKA 1RDCA 3SQ2A 3UXPA 4EZ6A 1TYQA 1TKTA 1ZQWA 4CHOA 4DS5A 1UCVA 2Y9TA 1I3AA 3RBEA 1UAXA 5AKZA 3DLEA 3HYFA 2YB4A 1T4GA 4OJPA 2MRLA 4J9PA 4BRFA 3NH1A 3O3GA 1ZQRA 1DK2A 2WF9A 2WBNA 3RMDA 2EANA 2F7TA 4BGAA 4K0KK 5GTHU 1JCGA 3AO3A 3SD7A 5JVGL 2BQ3A 1ZQYA 1VSIA 4JLHA 1X9MA 5HRSA 3RJJA 2FLOA 4CZJA 1BIZA 2VCPA 5KFNA 2D0AA 3M8SA 3Q7BA 2FI1A 3G6XA 4BRNA 4HTLA 2UUCK 2YTUA 2GH1A 2Y1JA 4JI6K 2Z1JA 3RRGA 2XCAA 3P4IA 1ZQ1C 4Z6CA 4CJ7A 5L1KA 2HMXA 2Q3SA 4JKGA 4E3SA 3ORYA 3F5TA 5DK5A 4KPYA 1N62A 1D8LA 9ICIA 8ICXA 4OX9K 3G10A 5DQGA 2JLEA 4FLXA 1BPEA 2EQYA 4FFDA 5KFAA 3BS5A 5FLXO 1RPLA 1T03A 1K6YA 3QEVA 2WAQC 1TAUA 4UAZA 3VQ9A 1QSYA 4LZGA 3UKRB 1CLQA 5JICA 2GLEA 3F2CA 3FZKA 1L7OA 3A0BU 5KG0A 3AVBA 3MXJA 3KLGA 4IQTA 1KFSA 3MN5A 5CZ2A 3VA3A 2FPKA 2Q1NA 4KI4A 4E19A 3PO4A 4R65A 2VA2A 2JEGA 4C23A 3L2WA 5DDYA 2E2NA 1WAJA 3QBXA 4CF9A 2YNHA 1S1VA 4ID5A 2P9NA 2OM6A 4K8XA 3D2FB 3I0RA 5G5GA 4ED0A 1G99A 3AVAA 4FWMA 4NO7A 2ZXIA 3BZKA 3O8MA 2W9MA 1VQ7N 3ULEA 5AI9A 2PBDA 1XO1A 4JK7A 3L8BA 4JI5K 3ZD8A 1ED1A 2ALZA 4HCCA 1TL1A 1D4XA 4ECXA 4WYBA 3TTDA 5AZJB 5CYMA 4CZFA 4JK1A 4KLSA 5J0SA 3C6UA 4C4SA 2ZIVB 2ZUCA 2RHFA 3C2LA 3K59A 5F0XA 3KWIA 4YNQA 1VQ8N 3V1OA 4RQ0A 4CBWA 2FJ6A 3RH6A 5AK6A 2G8WA 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2D0OA 4H0TB 3PLAA 3AAPA 2XICA 2DGZA 4H5NA 3A5MC 1YHQN 3CYMA 3HOTA 2ITMA 5DM6L 4WQ4C 4JKEA 3R1XA 3K9KA 2CH6A 4IFEA 3K9JA 1QZ6A 3ZETB 1NZBA 3FZFA 3I55N 2QWOA 1BWFO 5BR9A 4FOEA 3MDQA 2ZWHA 2P9PB 2ZJQL 4AF1A 3LDNA 3EKSA 4QS9A 4HWIA 3EE8A 2Q31A 3IG8A 1RGIA 2P9SB 3DWLA 3CERA 1RDWX 4FOIA 1VQ4N 2K8CB 3KHYA 4OJLA 3O9UA 4IEEA 5M1KA 1BUPA 4ISFA 3CD6N 2ASOA 1P8ZA 3F5EA 2P9UA 5M1PA 4MLHA 2EWSA 3U9DA 3CJBA 4YDUC 1YUWA
chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GO3 F;  3CYM A;  4QJF B;  2RHF A;  2RRD A;  3SAG A;  1D8B A;  2KV2 A;  4CDG A;  2HBL A;  4NLB A;  2MA1 A;  2E1E A;  2HBK A;  4OO1 J;  4O3M A;  1YT3 A;  5C0Y A;  4CGZ A;  1WUD A;  3SAH A;  4NLC A;  3SAF A;  2HBM A;  2HBJ A;  4QIW F;  2DGZ A;  2CPR A;  2E1F A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1NZB A;  1REV A;  3G0Z A;  3FZF A;  4KLL A;  4FM1 A;  3AVG A;  3SPY A;  2YN4 A;  3AVH A;  4IQU A;  3WK9 A;  4CW7 B;  3I55 N;  3FYH A;  3NGY A;  1IV0 A;  3MXI A;  1HUO A;  1IKV A;  4MQ3 A;  2QWO A;  4CCH A;  1BWF O;  4CIF A;  3WKC A;  3QU5 A;  5L1L A;  5BR9 A;  4FOE A;  3MDQ A;  2DKZ A;  3ZDD A;  2P9P B;  2ZWH A;  2ZJQ L;  3G6Y A;  3T5H A;  4FBU A;  4IRC A;  1L7P A;  4EYH B;  1FKP A;  2FBV A;  3NH2 A;  5AKJ A;  4DQR A;  5KT3 A;  2W9B A;  4AF1 A;  2VG6 A;  3RRH A;  2E8P A;  4DFM A;  3EKS A;  3LDN A;  4QS9 A;  1RDB A;  3BP8 A;  5HBM A;  1EWQ A;  4HWI A;  2O8D B;  3EE8 A;  1SB3 C;  4DO9 A;  2Q31 A;  4CF8 A;  3IG8 A;  1RGI A;  3GII A;  2P9S B;  3DWL A;  2WTU A;  4M0A A;  3CER A;  4E7L A;  1RDW X;  4FOI A;  1VQ4 N;  1S0O A;  7ICO A;  2K8C B;  4IR1 A;  3KHY A;  4OJL A;  8ICM A;  1QE1 A;  3AVJ A;  3O9U A;  4F5O A;  4IEE A;  5M1K A;  3OYL A;  3B6P A;  1BUP A;  1X66 A;  1IH7 A;  4ISF A;  2BGG A;  3CD6 N;  4LF7 K;  4OPJ A;  2F8S A;  2ASO A;  1P8Z A;  1NKB A;  3F5E A;  2C22 A;  1TK5 A;  2P9U A;  2BCQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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