2HBMA

Structure of the yeast nuclear exosome component, rrp6p, reveals an interplay between the active site and the hrdc domain; protein in complex with mn, zn, and ump
Total Genus 118
50100150200250300350020406080100120
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
GMVEKPQLKFKSPIDNSESHPFIPLLKEKPNALKPLSESLRLVDDDENNPSHYPHPYEYEIDHQEYSPEILQIREEIPSKSWDDSVPIWVDTSTELESMLEDLKNTKEIAVDLEHHDYRSYYGIVCLMQISTRERDYLVDTLKLRENLHILNEVFTNPSIVKVFHGAFMDIIWLQRDLGLYVVGLFDTYHASKAIGLPRHSLAYLLENFANFKTSKKYQLADWRIRPLSKPMTAAARADTHFLLNIYDQLRNKLIESNKLAGVLYESRNVAKRRFEYSKYRPLTPSSEVYSPIEKESPWKILMYQYNIPPEREVLVRELYQWRDLIARRDDESPRFVMPNQLLAALVAYTPTDVIGVVSLTNGVTEHVRQNAKLLANLIRDALRNIKNTN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
AH4 (280-282)EMPTYS3 (250-257)TIV4 (243-246)TI4 (246-249)3H1 (132-135)S2 (234-242)TVIII1 (136-139)AH1 (162-165)TIV1 (152-155)AH2 (183-189)TIV2 (155-158)TIV3 (158-161)TIV5 (266-269)3H2 (194-196)TI5 (258-261)S1 (214-216)AH3 (219-230)S4 (262-266)TI6 (267-270)TI7 (268-271)3H3 (274-279)TIV6 (290-293)S5 (287-290)TI10 (283-286)S6 (311-313)TIV9 (344-347)TIV10 (348-351)AH6 (314-321)AH7 (328-336)TI13 (364-367)TI11 (341-344)TI12 (342-345)TIV8 (343-346)AH8 (356-364)AH10 (385-398)AH9 (368-382)TI8 (270-273)AH5 (293-304)TVIII3 (323-326)TIV11 (351-354)TI2 (207-210)TI1 (172-175)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase, gene regulation
source organism Saccharomyces cerevisiae
publication title Structure of the nuclear exosome component Rrp6p reveals an interplay between the active site and the HRDC domain.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Exosome complex exonuclease RRP6
total genus 118
structure length 390
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2006-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00570 HRDC HRDC domain
A PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 2hbmA02
3.30.420.500 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2hbmA01
4NLCA 3SAHA 3SAGA 2MA1A 4O3MA 4CDGA 2HBMA 1YT3A 2HBLA 4OO1J 4QIWF 2RRDA 1GO3F 3SAFA 4CGZA 2E1EA 2HBKA 2KV2A 2HBJA 2CPRA 3CYMA 2DGZA 2E1FA 1D8BA 5C0YA 2RHFA 4QJFB 1WUDA 4NLBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IKWA 1S8OA 3SAGA 1LCUA 3MN7A 3ZSWA 5ALNA 1OW5A 1VRUA 4UAYA 3VQ9A 1JLFA 3WK8A 3Q7CA 3D45A 1MA7A 2KZMA 1JXEA 1GO3F 4CF1A 1RILA 4PHPA 2GEMA 2B21A 2LKYA 3S41A 3C2KA 2VJ4A 4Z4FA 4IRKA 1WSGA 3CQXA 4NXZA 4H0PA 2R8HA 3Q8SB 1TVRA 4DL3A 3L2VA 1ZQKA 4X65K 4M7XA 1VDVA 2W8KA 2H3FA 4I2FA 3QFPA 3T7ZA 2OZSA 3NVYA 5F9NA 4DSIA 4DV3K 4CGIA 1V4TA 1ZQBA 1SZ2A 1X6JA 3LP1A 4IBNA 1A77A 1MWMA 1E3MA 1PVPA 2DFFA 4CIFA 1K1QA 4FZLA 4NXNK 4DQRA 2P9UB 1NJWA 3C95A 5AQGA 4LF4K 3VEXA 3QIPA 1L7MA 1REVA 1T3QA 2HHSA 1HQEA 3FE1A 2ASDA 4NL9C 2BR0A 3F5AA 1ZQHA 4GC6A 4DF8A 4CERA 2KW4A 2A42A 4WF9L 4JI5K 3CYMA 2D0BA 3N4PA 5FLXO 3KLHA 2EANA 5HMLA 4J8FA 1C7YA 1YHQN 1OUQA 2LI6A 4QJFB 3KHLA 2Z1GA 4IEIA 5J2MA 4X62K 3FYHA 4YMOA 4FK4A 2W40A 4B3TK 2E5SA 4UB4A 8ICJA 3ATUA 4DEZA 2D0OA 2AH5A 2O8BA 3QYPA 4BX9C 4JWMA 2ZJAA 4FZZA 5BOMA 2CRXA 4CNQA 1I39A 4BR2A 3HOTA 1K9MO 3QEBZ 4ED7A 3OVNA 1UPHA 2IOFA 1ZQEA 2KJ5A 8ICUA 4YORA 2OYYA 3DI6A 3MN5A 3ALRA 1JJ2M 2KFZA 3HPOA 2ZXHA 2QWPA 5KFSA 3HJFA 4NLNA 2KVSA 1RDUA 7ICPA 1RDBA 3L0QA 3JPPA 3R9KA 4KX3A 4H5VA 4B9UA 3TADA 2ZIWA 2RPIA 3KHHA 4ELTA 2QKKA 1NJZA 4RUCA 2YKNA 5AICA 3VEYA 2F8LA 1KSPA 3PZPA 1KEJA 4FYDA 5J8YC 2HNYA 3RVCA 2ZTDA 5D4BA 2CGKA 3CQYA 2HVHA 1JLQA 3LAMA 2D4WA 3CJCA 3PSTA 5G5GA 3RJJA 2HHUA 1HX1A 2VGMA 1NJIO 3WK4A 3KZXA 2LHTA 5C2FA 1CEZA 4DCCA 2MSNA 2WC9A 4X66K 4FW2A 1QVGM 5HR7A 4M3XA 4UQGA 5ALFA 1ASVA 1KCFA 2FBTA 2RHFA 8ICSA 1X6IA 5DB9A 2RDJA 3EWAA 8ICRA 2VYPA 2YHAA 3AVCA 4W5TA 4DU3A 4JI0K 3QZ8A 9ICVA 4UB6U 4HWIA 3H08A 3HKZF 3H4BA 5AQLA 4JI2K 4O3MA 1IV0A 4QZAA 2R8GA 4KN7A 2H3QA 3K75D 3F2CA 1HLUA 3SUPA 4ZTFA 1XO1A 4CEZA 3O6WA 5HHHA 1TL1A 3ZEUA 2A3ZA 2ES6A 4CJVA 4UAVA 5KT2A 4BGDA 4RNOA 4F5OA 5KT4A 2UVVA 1JLGA 3VA0A 3KLIA 2BCSA 3LP0A 3BDPA 5AQYA 2I7PA 4J9PA 2H5XA 3SD7A 2HSZA 3DLEA 3D2NA 1RYSA 5EXWA 3QEIA 2DQNB 5DBBA 8ICMA 2W11A 2K89A 3BQTA 3D2FB 4BVOA 4Z94A 3THYB 5FPEA 3C7NB 4FWKA 4PUOA 2NRTA 2IVNA 4F5RA 5D3GA 1N5YA 3CJ1A 1BPXA 2YMPA 2IAJA 3V9WA 4PZNA 2KVCA 3ED5A 3AGRA 4WFNL 5KFKA 9ICRA 1K1SA 2DKXA 3M1YA 4I2HA 2YHBA 3TFSA 3VF2A 1PK3A 4LJXA 3SI6A 2W42A 5JU5A 1ZQDA 2J6UA 5HRSA 4CE9A 1TK5A 3EEQA 2DTUA 2HHXA 3ETLA 4FWNA 3S3MA 4UW9A 4O3SA 3OSPA 1XHXA 2EAPA 2W9BB 4P4PA 4DV0K 3DLKA 5J0UA 5F9LA 3ZT4A 1ZQGA 3RH4A 1VHXA 4RW8A 1T4GA 1Z1VA 4PJ0U 1WUAA 5CE3A 4JI3K 1BPBA 2E8AA 2UU9K 4C4RA 4RTFD 4KLFA 4LVSA 9ICEA 3LDNA 9ICBA 2PMZC 2VWKA 1TV9A 3HP9A 2XI9A 2CGJA 1QHAA 7ICRA 3WK7A 2EZXA 3QDKA 3KJVA 2OTJN 1ED1A 3SQ0A 1EWQA 2WF5A 4JS5A 1TUUA 2DY4A 3TU5A 3RFAA 3VPZA 5K14A 2YNGA 4P2HA 2E1FA 4YFKA 2LMRA 3QINA 1X9WA 4R63A 4PA1A 1WSIA 2WF8A 4CJEA 4FLZA 5J2PA 5ALEA 3C1YA 3V9UA 4DF4A 4XEIA 4HTLA 1A5VA 1QQMA 1NKBA 9ICWA 1ZQXA 2PYJA 3K59A 3TTCA 2W3SA 4QZHA 1VQ6N 4BR0A 1B9DA 4RQ1A 3I76A 1Z05A 4OPJA 3IG5A 1IBMK 5KFTA 2KKPA 1K8AO 3CM6A 3ZX3A 4CFCA 1COOA 2AU0A 5BR9A 2MUTB 4F4WA 3KLGA 1A6SA 5T7BA 5KG4A 3PMNA 4DS4A 4FJ8A 1EETA 1IH7A 3O8MA 1KN5A 4M3TA 4CK1A 1ZQYA 2YNIA 1KLNA 3C6TA 5KL8B 4ILJA 3QNOA 1ZQNA 2G08A 4IFYA 2PYLA 8ICKA 3JS6A 2E8MA 4FS2A 4E1NA 1KAZA 4F5QA 3D2EB 3RBEA 2JEFA 4CJTA 1COKA 1VSLA 5AQKA 4FBTA 4MFCA 2P9NB 4JHDA 4OJRA 4RW7A 2D3DA 5CJ7A 3NE6A 4GV6A 3IG1A 2C2EA 4LZDA 3B6PA 9ICNA 1G15A 1NI3A 4YR2A 1T7PA 2P51A 4EAHD 1UQVA 5LMNK 4BC3A 1ZXOA 2ZGZA 2VWBA 3VQ8A 3AA2A 3RMCA 2M0NA 2ISPA 1RXVA 4R8UB 4DR2K 2BCUA 1RXWA 1PK1A 3PUFA 3NVZA 2A41A 3BF1A 4FJ5A 5A2QO 4KI6A 2O8EB 3CCVN 4YQWA 3G71N 3VN5A 3QU4A 3HOSA 3P5JA 4C80A 1ZBHA 4NO7A 3KLFA 3VMFB 4ISEA 2LPEA 4BRFA 3JAMO 4CGFA 3I0RA 4CEAA 1R0AA 5KFRA 4GNIA 4DS5A 3MEEA 5HRNA 1S1UA 2NO5A 5HHIA 2Q3SA 1VQKN 3KKAC 2HHQA 1Q9XA 3ATVA 3M8PA 4YHHK 3ZT3A 3AVNA 5J0PA 2PKEA 2WUSA 3MC1A 1Z3EB 5AQFA 1HMVA 1YIJN 3CW2C 2H3GX 4QZDA 1ZQRA 3V7KA 4H0OA 4K43A 4NYNA 5AK6A 3ID6A 1SL2A 2WF7A 2BPCA 1VSDA 2BANA 2YNHA 3HTVA 3U4LA 3SUQA 2EWSA 3RH5A 3ZT1A 5HL7L 4EEKA 5AQWA 4XIUA 1BNOA 5GTIU 1L8OA 2E8NA 5T14A 1TL3A 3EUB2 4JKHA 3CCJN 4OJOA 1RTDA 2E6LA 4IOAL 1ZJNA 4WFBL 1IJJA 3LK9A 5JRTA 1RFQA 2GLEA 4OPAA 5JS2A 3ZSVA 4BDPA 3L6QA 1S97A 4A59A 5AZJA 4ECXA 5KG6A 3H8WA 5IIKA 2BCVA 3MR6A 2ASPA 4O3NA 4JK1A 3TAPA 5BN9A 2ZUCA 4DTSA 2HOEA 1O13A 3DV9A 5EWFA 1SV0A 3VCBA 3VQQA 3QUQA 3QETA 1QCKA 5G5HA 1ATSA 3L5KA 1IG9A 1YITN 3NFAA 5ALHA 2PFNA 8ICNA 2UUAK 4UBBA 2QK9A 2FLPA 2X6SA 4IZ9A 3OHBA 5ALYA 2LYAA 5ALQA 2DF4B 5KFEA 1X3MA 1U9LA 8ICVA 5C24A 3MBYA 3CPWM 5D46A 1LW0A 1RDWX 2GWKA 4C1NI 1S1WA 4EX7A 1ZBFA 2EZZA 5KAFU 2B6AA 1BDGA 2B5JA 3CNHA 1S3XA 5GAEP 4C7YA 4H4OA 3PIPL 3OA9A 5AI6A 3TAMA 3VTIA 3CP8A 4KI4A 4F71A 4H5WA 2YQEA 5AQTA 3RRHA 5DLGA 1L5UA 2GV9A 3R1XA 4BQZA 7ICVA 7ICSA 4KH4A 2DFEA 1H1VA 4Y2QA 2E8OA 1A5XA 1VSEA 5ALUA 3HWTA 4XH4A 2A1AA 4H0VB 4YDUA 2KJ8A 3HXMA 8ICOA 1W7AA 2XY5A 3WNFA 3LWMA 3VQEA 1Z00A 3TWHA 5EY4A 1X9JA 3HRGA 4B9NA 2KK0A 5ALGA 2P9SB 5CZ2A 1LV5A 1EKEA 5F2RA 4DQPA 5CR0A 1TKDA 2BDPA 1ASWA 2VG7A 1Q81O 3ZSOA 8ICIA 4F50A 3SMPA 4Y2SA 3N7PD 5AQNA 1NOZA 4M7YA 1JIHA 2ASOA 1TYQA 3IMXA 3D2SA 2W04A 1BQNA 4E3SA 4A61A 3JPOA 2QXFA 2VCPA 5AQMA 4J9KA 3CCUN 1ZBIA 3R8EA 4UASA 3I55N 3SQIA 3QU5A 5ALJA 1ITGA 3QB0A 2FPLA 2PXIA 5HP1A 2O6KA 4JLHA 1HJOA 4YFUA 4YY3K 3C6HA 1JX4A 1KC8O 1RYUA 1UAXA 3NASA 4BGBA 8ICLA 3HI0A 4QOZB 2AXTU 3ZT0A 5J0RA 1QQ5A 9ICXA 1S1XA 1TKZA 3FZLA 5DK5A 2ZG6A 4O5KA 4RQNA 3D7EO 4O9MA 4M0AA 1ZQWA 3N28A 3JPRA 5KG7A 1NK7A 5HOOA 3BUZB 5AFUH 2HF4A 4DUZK 3JPTA 1BCOA 4YD1A 7ICHA 3DOKA 3E1YA 1SQKA 2UXBK 5C5JA 3DMJA 4ECYA 1HUOA 2GELA 2GH1A 4BRLA 3WQTA 3GDQA 1FXXA 2YN4A 1MQ2A 1Z4OA 3NF8A 3OYIA 9ICHA 4KAZA 5BPMA 2A1RA 2MRLA 2EAMA 3RJKA 3DLRA 2UXCK 3MAQA 3IV6A 1ZRMA 4LSLA 4MO5A 4O8KA 3T1YK 1SV5A 1X9XA 1XU4A 1N63A 4IDHA 5J8YA 4KBOA 4PZOA 2HOQA 3GG4A 2JEGA 3A2FA 1RDAA 5E79U 1URJA 4I6MB 4BRNA 3TANA 3TAQA 1WBDA 1K6YA 3TR8A 2A1JB 3KZIU 2OWOA 1LWCA 4JKDA 5LMUK 1QS4A 2OA8A 3GV7B 3WXLA 1IBKK 5AKJA 3HW8A 2A1SA 4M41A 4NY8A 4IFEA 4WQ5A 4FWSA 1HQUA 3CCLN 5CHGA 2V4RA 4E1JA 2WAQC 3CIPA 1N6QA 3DXMB 5KRSA 3M3ZA 4KTWA 3UKUA 2YMMA 3PY8A 1GLDG 5GAGP 4JS4A 1QSYA 3WEEB 5KFMA 4MDBA 4E7LA 2Q97A 4E7HA 4KHNA 4IKFA 1RT5A 4F2RA 4CZMA 4KHQA 2VGNA 8ICPA 2FBXA 5J2EA 2PZSA 3KOOA 4NLBA 4M3WA 4DFPA 5L1IA 1TFRA 5K4LA 4WYBA 5DDMA 4C23A 3LAKA 2KZ3A 1O03A 1YZ6A 4WQ4C 1HKGA 3MR3A 4B1YB 4FJHA 1JN3A 2QB1A 2IGIA 1B92A 3QUTA 1RT2A 2BTFA 2Z1HA 1X2IA 3MMVA 1T94A 3L2RA 2HBKA 4ECQA 3QEAZ 2GX9A 1YUWA 3ISCA 2G8VA 2MU2A 3THVA 1S0MA 1NGGA 3EL2A 4P4OA 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3FGUA 3GU3A 5M1KA 1D4XA 2XVTA 4GV3A 4KMOB 2NRRA 3D6RA 1S72N 5I9EB 3E66A 2D0PA 4AYBC 3CJBA 2E1YA 2QWOA 3M6KA 4EHTA 2JH7A 5JICA 1YJ9N 3BEXA 1P7DA 3ENBA 4U7CA 3FZFA 5ELZA 5GINA 4YOWA 3LM9A 4IXCA 5GADP 2YB4A 3CCEN 4B1UB 1NGHA 2ASMA 3H0RB 4QS8A 3PSFA 4GVEA 3WEEA 5JVHL 2P9KA 5EVZA 2FSNA 3ULEA 1HKBA 1V4SA 2QWQA 3VETA 2PMZF 5KQDA 3CJAA 1VQ9N 4XH1A 2G09A 1U6ZA 2PFUA 2IIRA 2E20A 2GWJA 3ENOA 3VEVA 3VEZA 4BROA 3TSPA 2YX6A 1BG3A 4JHDB 2CH6A 3NMUA 4F9OA 5F1XA 3FZKA 1X3NA 3NVMA 1LOTB 2P9IA 2YCHA 2ZIXA 4FWRA 3MX5A 4QIWC 1GLEG 3CRXA 4A57A 2F76X 3TSQA 3AAPA 3F5TA 3C29A 4A2AA 2W7PA 3O08A 2KKVA 3E9OA 4ACOA 5GIOA 4PKHA 1MDUB 5M1QA 2FF3B 3L4IA 4BC4A 3LL3A 3QMLA 3WQUA 1BOTO 3K1ZA 3AQEA 2ZIUB 4CBWA 5JMVA 3AAQA 1P90A 5AZJB 3U9DA 4BGAA 3A8YA 3IDHA 4B1VA 2BUPA 4QNLA 4QS9A 4FVUA 3SBTA 3M5RA 5AQRA 3AL0B 2JMGA 3UKRB 5AQOA 1Q86O 5AZIA 5M1OA 4IJAA 5AQZA 2KNJA 2DPNA 5TKWA 3VF4A 2KHVA 3TTFA 3DJCA 5BPLA 3CI5A 4ILGB 4ICAA 3VENA 2KD1A 3H1QA 1NGEA 4CZGA 3PSIA 1W97L 2HBJA 1C0GA 5KL1B 2K8CB 2KIWA 5M1PA 4GFJA 3LDLA 4B9QA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4NLC A;  3SAH A;  3SAG A;  2MA1 A;  4O3M A;  4CDG A;  2HBM A;  1YT3 A;  2HBL A;  4OO1 J;  4QIW F;  2RRD A;  1GO3 F;  3SAF A;  4CGZ A;  2E1E A;  2HBK A;  2KV2 A;  2HBJ A;  2CPR A;  3CYM A;  2DGZ A;  2E1F A;  1D8B A;  5C0Y A;  2RHF A;  4QJF B;  1WUD A;  4NLB A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4PKG A;  3NGD A;  2C2D A;  3ID8 A;  4DR3 K;  8ICQ A;  9ICS A;  3O3H A;  4JKB A;  3V1Q A;  3V7L A;  7ICG A;  5J0Y A;  2KIC A;  3OBW A;  4Y2P A;  1SL0 A;  4M63 C;  2VG5 A;  2VG6 A;  4P0P A;  1SB3 C;  4J9O A;  3ZET A;  4FCY A;  1N56 A;  1U2V A;  1Q9Y A;  1Y88 A;  4MF8 A;  1NK4 A;  4AHU A;  9ICI A;  3O5B A;  4PGY A;  4OPH A;  2E6M A;  4YN4 A;  5KT5 A;  3GV8 B;  3AO3 A;  3O9U A;  1VQ7 N;  5CYQ A;  4JKF A;  1YVN A;  3PW0 A;  2G5H B;  3HKZ C;  5IIO A;  4PGX A;  5AI8 A;  4RPY A;  2W03 A;  2UVR A;  2JLE A;  4BRP A;  3HP6 A;  3NGZ A;  3RH6 A;  4CCH A;  4E0D A;  3C94 A;  3FR0 A;  4DG1 A;  1HKC A;  4ELU A;  7ICJ A;  3HSC A;  4FK0 A;  2ATQ A;  4GKJ K;  5KFX A;  2I5H A;  1E4F T;  3LWL A;  5FP0 A;  2P9L A;  2F1H A;  3MAB A;  4EP4 A;  1J5O A;  3T79 A;  3AY9 A;  3AEV A;  3AVI A;  3AVK A;  2KHQ A;  4Q44 A;  3C0B A;  1HPM A;  3AA3 A;  2IOF K;  4M6W A;  2QKB A;  1VQL N;  2D8C A;  2CGL A;  4OVL A;  9ICO A;  3A0H U;  3RSE A;  2W7O A;  4CFB A;  2F2A B;  3QO9 A;  2UUB K;  3HT3 A;  4DOB A;  3T5L A;  2NRX A;  1NK6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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