2HBMA

Structure of the yeast nuclear exosome component, rrp6p, reveals an interplay between the active site and the hrdc domain; protein in complex with mn, zn, and ump
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
GMVEKPQLKFKSPIDNSESHPFIPLLKEKPNALKPLSESLRLVDDDENNPSHYPHPYEYEIDHQEYSPEILQIREEIPSKSWDDSVPIWVDTSTELESMLEDLKNTKEIAVDLEHHDYRSYYGIVCLMQISTRERDYLVDTLKLRENLHILNEVFTNPSIVKVFHGAFMDIIWLQRDLGLYVVGLFDTYHASKAIGLPRHSLAYLLENFANFKTSKKYQLADWRIRPLSKPMTAAARADTHFLLNIYDQLRNKLIESNKLAGVLYESRNVAKRRFEYSKYRPLTPSSEVYSPIEKESPWKILMYQYNIPPEREVLVRELYQWRDLIARRDDESPRFVMPNQLLAALVAYTPTDVIGVVSLTNGVTEHVRQNAKLLANLIRDALRNIKNTN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of the nuclear exosome component Rrp6p reveals an interplay between the active site and the HRDC domain.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase, gene regulation
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule keywords Exosome complex exonuclease RRP6
total genus 118
structure length 390
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2006-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00570 HRDC HRDC domain
A PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 2hbmA02
3.30.420.500 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2hbmA01
3SAGA 3SAFA 2E1EA 1D8BA 2HBJA 1WUDA 2HBLA 2E1FA 2HBMA 4O3MA 5C0YA 2DGZA 4QIWF 2RHFA 1GO3F 2HBKA 2RRDA 4OO1J 4NLBA 4CDGA 3SAHA 2MA1A 4QJFB 4CGZA 2KV2A 3CYMA 2CPRA 1YT3A 4NLCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AM3A 4WE1A 4EEYA 4M6WB 1T3QA 1EWQA 2JGAA 2HW3A 2W6KA 4H5RA 4Z4IA 1WLJA 4YR3A 4O4GA 4LD0A 2F1HA 1T3VA 4RTFD 2QKBA 2W43A 3PMLA 4AM6A 3CCLN 1VHXA 4B1YB 3IG8A 4RU9A 4UB4A 3WNGA 2PMZC 2UXCK 2FSJA 3IN5A 4QZFA 4YOWA 4OJLA 3ZLJA 3OS0A 2RDJA 4NXZA 5AQHA 4BREA 1WBDA 3UKRA 4DLGA 5J2DA 4F93B 1SXDA 1SV4A 3KHHA 2EQYA 2ZJAA 3IDWA 4DTOA 2RLTA 1ZD5A 4CF4A 4UAWA 7ICUA 4M45A 4K8XA 4LZDA 4RNNA 3M6KA 5D3GA 4FM2A 2LPEA 2YJEA 1UWBA 2YMLA 3NVWA 5I42A 4OJPA 3F2DA 3OYKA 1HNZK 4PY5A 4KLQA 3I0RA 3OYAA 1T6DA 1Y88A 4FVUA 3HKZF 4IS7A 4KLSA 4OJRA 2FSKA 2OTJN 2P9UA 2P9SB 4XIUA 1WYGA 2HMIA 1NZPA 2O8BB 4OPKA 1CUKA 5H1SQ 3NF6A 3NVZA 4FCYA 2E5LK 9ICIA 4IC9A 4FWLA 2BUPA 2OH2A 2E8MA 2F96A 4K4IA 1UAXA 1ZBHA 1L8LA 2F8SA 5AKGA 4KLIA 4PHEA 1TK8A 2IHNA 5DB9A 2ATQA 2WTFA 2VGNA 4JRQA 4F2SA 8ICMA 1IKXA 1JL2A 1ZQJA 2ZUCA 5JUMA 4YFUA 3QNNA 4ZOHC 1Y97A 3VQDA 2PZSA 3C65A 3LDOA 4CJFA 1JXEA 3AGKA 2VJ4A 3OYJA 1ZQ1C 2NRWA 3GE1A 3NVVA 1JX4A 4US9A 1VQ8N 1UA1A 4JD2A 4LSNA 3LWMA 5D49A 3CCMN 3UXNA 4CGZA 3N4PA 7ICHA 2CN1A 3SI8A 1QSLA 5J2CA 1LW0A 5GIOA 5AQJA 3CHWA 4F2RA 2V9WA 2E2QA 4B9VA 2WHEA 4DTUA 5IIOA 2L5YA 5CY4A 4BRQA 5BRFA 1CZBA 4LZGA 3IAYA 1NGCA 4Z6DA 3PV8A 4UAVA 3QX7A 9ICSA 4JI4K 2MSNA 3TR8A 5C10A 3BQ1A 3PW0A 5GAGP 2P6RA 3K5LA 4J2AA 2QW9A 3RFAA 2KKPA 5ALYA 4N76A 2FLNA 2XIDA 4KB0A 1C0MA 1IJJA 3BJYA 5CHGA 4AH9A 3K5NA 4LF5K 3LZIA 1J53A 4GV6A 2BKEA 3R3LA 3R9PA 4BDZA 3D7EO 2V52B 1NK6A 4CK3A 4Q44A 4QWCA 3RH6A 4B3TK 4C7ZA 2ZIXB 1RDDA 2F77X 3PW7A 2W42A 4CZJA 3GV7B 2GUIA 1TYQA 4Z4HA 3PO4A 5KQDA 4XUSA 1DT9A 3MN5A 2G8VA 5CP2A 3MX5A 1FW6A 3HPGA 1E4GT 3G6XA 3AVLA 2KTQA 4IFEA 4K25A 3SMSA 3DYAA 1KXPA 4IRDA 4ILJA 1XC9A 1WSEA 7ICSA 4O9MA 3DAWA 4EP4A 4B9MA 5ALIA 4ECYA 3W3DA 1TV6A 2V7ZA 1HJOA 2G8UA 1NZBA 4F5RA 1ZD4A 2RN2A 1KAXA 4ED3A 4KKOA 3Q8SB 1E3MA 1ZQCA 4JAXA 4GKJK 3SUQA 3GZFA 4OJOA 2C2RA 4B6JA 2BCQA 3SUNA 3Q8PB 4CEFA 3CI5A 1WSFA 2HOQA 3HP9A 5FDLA 1U45A 4Z4GA 4JWNA 3ZDCA 3M6GA 5L1KA 3TPQA 5AQXA 3VEYA 2A5XA 3QU4A 1RTIA 3IMXA 4CJQA 3ZSVA 4M6WA 2KMDA 3P83D 4NLGA 2B6AA 4M9GA 2OEHA 2Z1HA 5J2AA 4DU3A 1QLNA 5C12A 4O55A 3NE6A 3JS6A 4IQUA 3SMPA 3EE8A 2A42A 2ITGA 5AK4A 3BP8A 3F5EA 3MECA 1TUUA 3V81A 7ICFA 3CF5L 2BCRA 3P38A 2W3SA 4IJAA 4GMJB 5DBBA 1W9HA 4A61A 1NM1A 5J2BA 4YD2A 4E7HA 3V4IA 2C28A 4PKGA 3TKAA 2H3GX 4JI7K 1ZQOA 1B4FA 3B8AX 1HUXA 1NK7A 4WCEL 4CZHA 2HBMA 3RJEA 2LYAA 5KFMA 3ZDBA 4CJSA 5AQVA 3RJIA 4M9LA 3PY8A 1K1SA 5SZTA 3UM9A 3AUOA 4P2HA 4JYAK 4KFBA 3DXMB 4CEBA 3HRDD 4KAZA 3MXMA 4JK7A 2KKVA 1FFUA 5AK6A 3MEEA 1S1XA 1KCFA 1KLMA 4I2PA 4M3YA 4Q8EA 2P9SA 2X74A 2D0BA 3RVCA 5BPLA 4ECWA 1J2MA 2F9TA 4EP5A 3UB5A 5HRSA 1YHQN 1N6QA 2CH6A 4BR0A 2O8BA 4H8KA 2VWJA 1WSIA 3ITHA 5J0OA 4WQ4A 2KFZA 4O5FA 1KEJA 4UB8U 2MRLA 3VEXA 5CE3A 2VQFK 4KN7A 4YY3K 3NVKA 5BPNA 2RE2A 4BVOA 3QEPA 4IZ9A 5AZIA 3UMBA 2DPJA 4X65K 1XUPO 2WFBA 4RW8A 5KAIU 5AQTA 3M8PA 3SZ2A 4IOCL 1BQNA 3QYPA 1HIWA 4I2AA 4QS9A 1YZ6A 4A2AA 2W41A 3MBYA 4H0TB 1Q86O 4DQPA 3HJFA 5KNIA 2BQ3A 5KFYA 3OJSA 3VQQA 1NK0A 2PI5A 3QEIA 5DM7L 2LHTA 1MU2A 2A3VA 2X78A 4CF2A 4KHPK 3I33A 4BRIA 4FLXA 2I1QA 4RQ3A 2K8CB 2QWOA 4LH5A 5D46A 2NO4A 8ICBA 3RH5A 4KHQA 4Y2RA 4N47A 3BF3A 2EANA 4NY8A 3V1OA 3WNHA 2NV3A 3MDCA 4CBXA 4HCCA 5J2PA 3IDHA 4X62K 5KRSA 1HKGA 3DM2A 2IBKA 1QVGM 4OLBA 3RAXA 3PSIA 2OWOA 2UUAK 2A1JB 5KT2A 4KBOA 3MFHA 5DB6A 4Q45A 5KFPA 1R59O 2DPIA 3I28A 2GUPA 4FJIA 4RQ6A 3OSPA 2NO5A 1CXQA 1DTTA 2FBXA 3D2FB 4JKGB 5CR4A 4BRFA 3S41A 5I3UA 2F44A 4U7CA 4DL5A 5DG7A 4Y1CA 1HNVA 2XRIA 3PSTA 3E2EA 1HJRA 2OANA 1GLLO 5DDMA 2HOIA 4JV2A 1CZAN 1DLOA 1ZOLA 4CJWA 7ICPA 1REVA 3THXA 2GTDA 1BO5O 4ED6A 2F8KA 2DGZA 3KK3A 3L2RA 5CEHA 2ZIXA 3RMBA 1GO3F 1UHUA 2P9NB 2WONA 3FZMA 4CE6A 1F0MA 4PWDA 5AKZA 4B3RK 2ZXIA 4ID5A 1SAZA 1ASWA 4RQ0A 3FR0A 1YI2N 3K58A 4DV7K 3QUQA 1OH6A 4WQ5C 4B9QA 3U4LA 1HQEA 2QKKA 1ZQMA 3CPEA 4UB6U 3QIPA 2XY5A 3H3OB 2YNHA 2FI1A 3JPSA 1O13A 3VESA 3CCSN 2Y0SF 4OJ5A 1NGFA 2BGGA 5KFNA 3KKRA 4BDPA 3GV5B 3HVRA 5EWGA 4F5QA 4YDUC 4GC6A 4DCHA 1KFSA 8ICKA 2G8WA 3A0BU 1JMSA 3OA9A 3DLKA 1D8LA 1L3UA 4RW9A 1X42A 3VPZA 3D2SA 4CNQA 3AU6A 4LFAK 4CBUA 1X2IA 4F4YA 4KLJA 5ALGA 2E1ZA 1A5WA 2WAQF 1SS6A 1RDFA 4EAHD 5ALHA 3L2QA 2F2AB 3NVMA 4FJ5A 2FBVA 1JXLA 3AVIA 1SGGA 1ZQPA 2PYLA 2OYYA 5B5EU 1L3SA 1KSPA 4E7JA 1RQLA 2GH1A 3TAQA 3HZ6A 4P0PB 3U9DA 4CF0A 2A1RA 4QZEA 3F9KA 1GLFO 1S97A 3V6HA 5LMNK 1BNOA 5F1XA 4CJUA 3K4GA 3QU9A 2O8FB 4DQRA 3K75D 3QEBZ 3DOLA 4JKEA 3S3NA 2BANA 4K4HA 3TSQA 3TTFA 1NWKA 4Q5VA 5EWEA 4ED2A 5KG4A 1XU4A 3H8MA 1HUZA 4CJ5A 2D5RA 2FMPA 3CFPA 4O5BA 3C23A 3H7IA 2ZUDA 4CGJA 4DUZK 3QLHA 4EIAA 2W04A 4DFKA 4MDBA 1M90O 4GNIA 3P1GA 2JGUA 5EXWA 2CGJA 1BI4B 3NF9A 9ICFA 4U7BA 4YQWA 3C5GA 3DXMA 2IOFA 3I8DA 2A19A 2KN7A 1JI7A 3P4IA 4BRMA 4YNQA 2EZXA 1T8EA 5E41A 3AVJA 2O8EB 2KHVA 1KDHA 1QHTA 1XNRK 3HKZC 4M9NA 1GLEG 4JI6K 1U6ZA 3KD5E 1S10A 4MFCA 9ICHA 2DY4A 3LAMA 4DS5A 3RWUA 9ICNA 5KQ8A 4J9LA 3SEIA 2XHBA 2CH5A 1EXQA 3QEWA 4YMMA 3KFUF 2WF5A 4A62A 4CZIA 3G71N 2Q2RA 1TGOA 3WK9A 3RB3A 4LJXA 1EWRA 3A2FA 4J2DA 2QARB 3DRSA 2YB1A 1VQMN 3NGYA 1S0NA 2DKXA 3JPRA 4F92B 4BXOA 4FJXA 2UU9K 1BA0A 2W9CB 9ICKA 2F8TA 5BR8K 4KRFA 3THWB 3HL8A 2QLTA 1NGEA 4FO0A 3TABA 3QU2A 3QMLA 2OZMA 5AKYA 1N33K 2DTUA 4TQRA 4KH4A 3LVWA 4FZLA 2VG6A 3QIOA 3EY1A 3PSPA 1NJYA 2ASMA 4FWPA 5BN8A 3WK4A 1HLUA 1KFTA 3S3MA 1ASUA 1VRTA 9ICQA 4G3IA 2P9PB 9ICWA 3HYFA 1Z26A 5AKIA 4H5NA 4PL7A 3H1QA 3KHGA 4DFPA 1BVSA 3KLHA 3VMFB 1RG6A 3Q8KA 3O9SA 4OD0A 4PHDA 2E1FA 1S0OA 4O3QA 1HYZA 2E8NA 1EX4A 3T5LA 2Q97A 4MO4A 2FLOA 1NK5A 5DG8A 3TARA 1JKHA 4QIWF 4KLOA 4JI0K 4HVJA 2MUTA 1QSSA 1Z1BA 1NMDA 3CFRA 1Q82O 4C8NA 3WK7A 5KFAA 3AL0B 3NH1A 3H0LB 1VQLN 2D8CA 2K4IA 2P9NA 1CI4A 3Q8RB 3SQIA 5AQUA 3F5AA 2QWLA 3FFIA 3M3ZA 1ZQFA 2BTFA 2E1EA 1G15A 5AQGA 3SJHA 1TKTA 1WN7A 3GQCA 1WSHA 1N5XA 4CZKA 2DF4B 2OPPA 4DU4A 3P5JA 2HHVA 4BGDA 4FWMA 1BHLA 4CD3A 4U67L 3C95A 1FIQA 3TSPA 4RG8A 1ITGA 2Q31A 3QO9A 3MXIA 3M8SA 1QE1A 4AILC 5AICA 5E79U 3FFKB 3O1BA 2Z1JA 2KD1A 5DGAA 5AZJB 4CEQA 2UUBK 2ASLA 2ZTEA 4JV0A 1FFVA 4R64A 3VENA 4KHNA 4FLZA 5KFKA 1XSLA 1YTUA 9ICJA 4IG0A 3MFIA 4DQ8A 2KP7A 5HR7A 3CD6N 5BPCA 4IWVA 4R8UB 4B3MK 3ZD9A 2J4RA 2QEXN 2EWSA 3BS7A 4PKIA 2NRTA 4KLGA 4CJ3A 2FE9A 2E8OA 4KMUA 2FBYA 3ZI4A 2QKQA 1ZQBA 3THYB 3NGIA 4GLXA 4P0PA 2E8AA 3VQEA 3NH2A 4CHZA 3VF4A 5AKXA 4Y2YA 2F4VK 5F9NA 5GAEP 5C25A 1N36K 5AKEA 2O8FA 4KLEA 4N5SA 1MDUB 2YNFA 4NLBA 1ZYQA 4Z0UA 4BR2A 4RPZA 3BF1A 4RQ1A 4G1QA 4JV5K 2FPMA 4CK1A 1NI3A 3BQ2A 1KAYA 5BREA 2G8HA 2ZIWA 3UMGA 1KVAA 1VSLA 3HP6A 2ZJRL 3ZSZA 4DHYA 1A77A 3HT3A 4FJNA 3KWGA 1HEKA 2Y9TA 4ECZA 1BU6O 1N61A 4CF5A 1OKJA 4AHVA 4FXDA 5J2NA 4ICAA 2Y1JA 1XS9D 4C8LA 1RBSA 2FDRA 1IV0A 1WCLA 1UT8A 4IRCA 4F5OA 4HUGA 5KFJA 1RTDA 3VQ8A 3G10A 1TUYA 8ICNA 4QZ9A 4Y1DA 4J9QA 5DLFA 4FLWA 4OCZA 3AM9A 4LF6K 2P35A 1S1UA 3O08A 4QWEA 4JKDA 4MO5A 1X66A 4F4WA 2YHXA 5AQNA 4QWBA 1X9XA 3WKBA 1FJGK 1N63A 1BPBA 1U04A 3R6MA 1KTQA 1ZQAA 4I2HA 8ICWA 1IKWA 3C7NB 4B9LA 1D8BA 4KV8A 3CC7N 4UATA 3CMAN 3PIPL 2XCPA 2A6AA 4FSVA 1S1TA 5AQQA 5IIJA 1HNWK 2P6UA 2VWKA 3SCXA 2XICA 5KFXA 3R8EA 4DWIA 2QARA 3HM9A 1YJ9N 4KLLA 1C1CA 4GIBA 2VG7A 5DQHA 3B9JA 2HNZA 2NRHA 1ESVA 3V9ZA 1WNSA 2NUBA 4B1VA 1ZD2P 1ZD3A 2K4EA 3FM9A 3E9PA 4FJ8A 2NRVA 1BPYA 1RDBA 1S9EA 3DOKA 3THWA 3ZT3A 2D4WA 1GLDG 2QWRA 1RILA 2CXYA 3QEAZ 3KZBA 1WB9A 2YY6A 1QZ5A 1J5EK 2EZZA 2KV2A 2Z1GA 3MWPA 3S3OA 5AM1A 1RYUA 4F9OA 5HR6A 3KHYA 1WWUA 4B9NA 3BY5A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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3HBTA 2E2OA 4DB3A 3WQTA 5KL1B 4BRGA 2E2NA 4FWNA 1KD1O 4LC9B 1VQKN 2A41A 4JKBA 1K73O 3IFRA 1J6ZA 4CRXA 3VEZA 2P9KA 2YX6A 2G06A 3LDPA 3C6AA 2F7TA 2K8BB 3QDKA 4MLEA 4IOXA 3L0QA 4HWIA 4ILHA 3ULEA 5FPNA 2A3ZA 3WXIA 3O4WA 2Q36A 2E2PA 4JKCA 1XO0A 2D1KA 4YOYA 4KH6A 2PMZF 3A5MC 2JHDA 2ITMA 4IOAL 3T7ZA 3F2BA 2KJ8A 3ZETB 3CCEN 3ENOA 1N8RO 5F2RA 4P0QA 3TU5A 5GINA 4BQZA 3VTHA 3E1YA 2ZIWB 2NRXA 2LYBA 3NUQA 3A5NC 4BG9A 4H5WA 3CPWM 1A0PA 1Q18A 4O3MA 3EE9A 3OBWA 3WXLA 3K9JA 1ZXOA 3HRGA 4WQ4C 5AQYA 5ADXA 2W7PA 1BUPA 2M0NA 5M1KA 1ED1A 1TAMA 3LDQA 4JMUA 4B1WB 4FWOA 3IG5A 4IEEA 2VYPA 3LYSA 3H45C 2ZGZA 2KKZA 2FF3B 3DLLL 1BOTO 3VF6A 5CHIA 1Y64A 3ICXA 3DJCA 1PVRA 3C29A 4CBWA 4PL1A 1YUWA 4CJ7A 3EKSA 4NO7A 4J8FA 4CDGA 3MCAB 4HTLA 3SAHA 2JH1A 3QB0A 2Q0RA 2Z7JA 1NGGA 3E66A 3O6WA 3EZWA 2F9WA 1W97L 1YXQA 2ASOA 3PLAA 4KX3A 1YITN 3EN9A 4OO1J 3I56N 3P39A 3E9OA 1HPMA 3UKUB 1EQYA 1MWMA 3L4IA 2F8LA 4H03B 5JMVA 3AAPA 4JKFA 1C0GA 3SAGA 2ZJQL 1PVQA 3ZETA 1L6NA 5M1FA 3CQXA 3WXJA 4Z94A 1SZ2A 3UKRB 2HF3A 4H0VB 4BR9A 1K9MO 4CZFA 4QJFB 2VCPA 2D0PA 3E9LA 3CJCA 2P9UB 2YCHA 4A5AA 2Q0UA 2NRZA 2H3ZA 4M7YA 2E88A 4MLHA 3U8XA 2KJ9A 1YJWN 5AQMA 4OPAA 3CJ7A 2IIRA 4BY9C 4BJQA 4JD2B 3SBGA 1V4TA 4JHDB 3G4SN 1ATSA 1X3MA 3PSFA 1Q81O 1JCFA 4BRAA 2WB1F 4E1JA 4WYBA 3T69A 2ZIVB 2UYTA 3DEEA 1VAZA 2H3VA 3QFUA 1VQON 1PVPA 2W03A 3O9RA 4IEIA 3LM9A 3H6EA 3LDLA 2GWKA 1OUQA 1ZBSA 3C6HA 3QICA 3QBXA 3CCJN 3F2KA 3HI0A 1ZC6A 1RDUA 5GADP 2H3FA 5B8HA 3HOSA
chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3SAG A;  3SAF A;  2E1E A;  1D8B A;  2HBJ A;  1WUD A;  2HBL A;  2E1F A;  2HBM A;  4O3M A;  5C0Y A;  2DGZ A;  4QIW F;  2RHF A;  1GO3 F;  2HBK A;  2RRD A;  4OO1 J;  4NLB A;  4CDG A;  3SAH A;  2MA1 A;  4QJF B;  4CGZ A;  2KV2 A;  3CYM A;  2CPR A;  1YT3 A;  4NLC A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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