2NRTA

Crystal structure of the c-terminal half of uvrc
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
217
structure length
217
Chain Sequence
GLRKEALEELMKLLNMKDFPYRIEGIDISHLQGKYTVASLVVFEDGFPKKGDYRRYKIEQDHPDDYESIRTVVKRRYSKHPLPNLLFVDGGIGQVNAAIEALKEIGKDCPVVGLAKKEETVVFENREIHLPHDHPVLRLLVQIRDETHRFAVSYHRKRREKESLRSVLDNVPGIGPIRKKKLIEHFGSLENIRSASLEEIARVIGSTEIARRVLDIL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of the C-terminal half of UvrC reveals an RNase H endonuclease domain with an Argonaute-like catalytic triad.
pubmed doi rcsb
molecule keywords UvrABC system protein C
molecule tags Hydrolase
source organism Thermotoga maritima
total genus 79
structure length 217
sequence length 217
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-11-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08459 UvrC_HhH_N UvrC Helix-hairpin-helix N-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.20 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain 2nrtA02
3.30.420.340 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2nrtA01
3IM1A 5J2BA 1IM4A 2W9CA 3TARA 1CEZA 4DL4A 4DSLA 4JV1A 4F3OA 5DB8A 2HVIA 4UB4A 4YG2A 2XCAA 4ECUA 9ICMA 4UAWA 4KLGA 5KG3A 3GILA 4F5QA 1WCLA 3GIIA 9ICHA 2KZZA 4Q45A 4J9LA 4FO6A 1ZJNA 4NLGA 2MAXA 1BPXA 4PH5A 4UB3A 5CP2A 3UXOA 2FPKA 3PW2A 5KTQA 7ICIA 4KITB 1XO1A 3KHGA 2AJQA 4PGQA 4UB1A 5L9XA 2FLLA 7ICTA 4O3PA 3M8SA 4ED2A 4F92B 2JEGA 4G3IA 4GXKA 4KLDA 4NLNA 9ICXA 3OSPA 3Q8QB 2PFQA 1ZQFA 4F2RA 4C8LA 4Z6EA 5CA7A 3H8JA 4RPZA 1U9LA 4C8OA 2NRXA 5D46A 5IILA 1SKRA 5J2KA 9ICIA 4NXZA 9ICLA 4YCXA 4QWEA 3Q8KA 4R66A 1NKEA 7ICHA 2ZUCA 5CJ7A 3PO5A 4B9TA 3PR5B 4DQPA 1SZPA 2GWSA 8ICJA 4F2SA 4QW8A 4KLFA 4M2YA 5KT6A 3M9NB 3PY8A 4PPXA 4DQRA 3GV5B 1L3VA 2BDPA 4IQVA 4Z6FA 5DB9A 3EW9A 5HNKA 4YQWA 5DG8A 4TQRA 2XCPA 4XUSA 4C8NA 5DLFA 4JV2A 4ECYA 4ED0A 9ICBA 4IQTA 4RNMA 3GV7B 5KFRA 4Q8EA 2J6SA 1Y88A 1S76D 3FDSA 3UQ2A 9ICRA 1BPBA 3PW7A 9ICOA 4F91B 3LWLA 2HHWA 1EXNA 4JK1A 4PHDA 3RTVA 2HHXA 2ZJ5A 1L5UA 1D9FA 4ECWA 2HHSA 4PGXA 4UB5A 4P4OA 1ZQXA 3PMNA 4QWBA 4TURA 3KTQA 1ZQJA 5J0XA 3PVXA 3RJIA 2F1HA 2DFLA 2XY7A 1T7PA 2C2DA 4RQ1A 3MDAA 1ZQMA 2KFNA 8ICTA 3C21A 4O0IA 9ICTA 1U45A 4K4HA 3BDPA 9ICGA 5CHGA 1BPDA 4DOAA 4Q43A 3JPNA 8ICQA 4DL7A 5J2DA 3PW4A 1XSNA 4UQGA 3QZ8A 4I2HA 5F9LA 3H7IA 5CWRA 2J6UA 4E0DA 4FS2A 5KFWA 4ED1A 4R65A 2R8GA 4ED8A 8ICGA 2H5XA 2BGWA 3NTUA 2AU0A 5DKWA 4M0AA 2DPIA 4P4MA 3IHQB 4TUPA 4DS5A 3TI0A 4M9LA 5KT2A 4O9MA 1TAUA 4K4GA 2W9BB 5DB6A 3KHHA 4Z6DA 1XU4A 4PHEA 4KLUA 2BPFA 4RT3A 5KFHA 3MR5A 2ALZA 2FPLA 4YXJA 1RZTA 4QWAA 3E2EA 3SZ2A 9ICPA 2A1JB 2DPJA 5CR0A 3C1YA 9ICKA 3OGUA 8ICWA 3TAPA 2JEFA 2J6TA 4DWIA 1MSWD 1ZQWA 1U4BA 4BXOB 4ELUA 4QZBA 1S0OA 1BVSA 1ZQNA 4NM2A 5KFVA 4RNNA 1COOA 2PXIA 9ICEA 1V9PA 5J0OA 3RB3A 2F1JA 5D4BA 8ICAA 8ICUA 4MF8A 1ZQVA 1DGSA 2BKEA 2PI5A 4ECSA 4QZ8A 5J0UA 1RPLA 1ZQSA 1KFSA 1RYRA 2B21A 5KFLA 1XS9D 3ORYA 5HMLA 2AGQA 4KLQA 4R8UA 3TANA 4LZDA 3BQTA 4F4YA 3ZDCA 1UT5A 1KFTA 4IRKA 1NK8A 1KSPA 3LWMA 3GV8B 2W9MA 1ZQOA 2AQ4A 1S0MA 2HVHA 1TFRA 4YMMA 5KT4A 1HUZA 4LVSA 9ICUA 8ICXA 5KFBA 5KFYA 3HW8A 4J9RA 4BWMA 3C5FA 4DLEA 4FBUA 7ICGA 1U47A 3C2KA 4EBDA 2ASDA 8ICKA 4IQWA 4F50A 4UBCA 4I29A 3NGDA 1ZQDA 4EYHB 3RRGA 3PX0A 3BQ0A 4KN7A 4YMOA 1KEJA 5DDMA 1AROP 2BCQA 4J9KA 3OHAA 5EOZA 4F4KA 3BQ2A 3H4BA 4QW9A 1WCNA 3H8SA 4ZH4A 3MGIA 2BQ3A 7ICJA 5KFNA 3T5JA 1PZNA 9ICSA 5KFXA 2HHQA 9ICVA 3GFKB 3T5LA 1NJXA 1T3NA 2VANA 3EZ5A 5KFZA 2ASJA 2IMWP 4I2GA 4DEZA 3K75D 4CCHA 4FS1A 4DL5A 2LYHA 5EWFA 1QSLA 3C2LA 4KTQA 4DL6A 1NK0A 4C8KA 3THVA 4F5RA 5KFQA 2BCVA 2PFNA 5DBBA 4MFFA 4KLEA 5BOMA 5HP4A 3RRHA 2I9GA 1A77A 3ETLA 5J0RA 4DSIA 4DO9A 5HMMA 3ZD8A 4MEXA 3RAQA 2PFOA 4IR9A 8ICVA 3MR6A 3SYZA 2Q0ZX 4EBCA 1KDHA 5KFPA 5DG7A 4O3RA 1B22A 3AU2A 7ICRA 3QZ7A 5IIMA 3C1ZA 5JUMA 2XC9A 3T3FA 4KLOA 4QZIA 2BPGA 5J2GA 4IR1A 5J29A 4RNOA 9ICNA 1ZQAA 2R8JA 1DOQA 2R8KA 3N4MB 1IXRA 1JIHA 2JEJA 2ZTEA 4I2DA 1X9MA 1Z00A 3PW0A 4KLJA 4ED3A 4TUSA 5J2EA 5KFFA 3RH6A 5KT7A 2P6UA 2MUTA 3MR2A 3RH5A 2NRRA 2IHMA 2AQ0A 2BHNA 3HP6A 8ICBA 2VA2A 4J9PA 5KT5A 2A1JA 1ZQUA 5C5JA 5KFOA 5KFCA 2BR0A 4RUCA 4KLMA 5DBCA 4F4XA 4YD2A 3JPTA 4RUAA 4M9GA 5DLGA 3EPIA 1NK9A 4BXOA 4NLZA 5KFAA 4DOCA 2BQRA 3ZDAA 7ICKA 1ZQEA 4BGDA 8ICEA 1K1QA 5KG7A 5IIOA 4F4WA 4P4PA 5J0PA 2RDIA 4X5VA 1ZETA 5EWEA 4XRHA 1S9FA 2BCUA 3C65A 1HUOA 3SV4A 1ZQLA 3PW5A 5KFSA 5KFGA 1L3SA 4GXJA 3H4DA 5DGBA 5KFKA 1X9SA 4ECZA 5DGAA 8ICYA 4F4ZA 3UPQA 3V6JA 4QZFA 1NK6A 1TK5A 4I2FA 4YFKA 1UA0A 3GIJA 4ECQA 1TV9A 4IRDA 8ICOA 3M9OB 1ZQCA 5KT3A 3G6YA 4I2BA 2KN7A 1ZQQA 4UAYA 3Q8PB 4EZ9A 1ZQZA 2BCSA 4O3NA 3PX4A 1H38A 3ZDEA 5KG5A 7ICPA 4P2HA 4YMNA 1NK4A 2JZBB 8ICIA 4QZHA 3MABA 4RQ5A 1RXWA 1ZQKA 2FMSA 4RT2A 1S97A 1SL2A 3V7JA 1MQ3A 2FLNA 1D8LA 4ECTA 2Y1IA 4DSEA 4F8RA 1UT8A 2V4RA 4LZGA 1ZQHA 4YVZA 1SL1A 5EWGA 5J2AA 8ICNA 1S10A 2I1QA 1JXLA 3RJFA 4DL2A 4M6WB 3C2MA 1QSYA 4BDPA 4I28A 1N48A 1L3UA 3SV3A 1D9DA 3GQCA 2ZUDA 3BQ1A 2V9WA 1X2IA 5BPCA 1ZQPA 1ZQTA 4F5PA 4DFPA 4F5OA 3RJEA 3TAQA 3TFSA 1SKWA 1NKBA 4QWCA 3JPOA 1MQ2A 1NOMA 5J0TA 4ED6A 2BQUA 4J9NA 5KFDA 3Q8MA 1U49A 2FLPA 5KG0A 7ICVA 4QZGA 4RQ6A 3OJUA 3MGHA 3PMLA 1ZJMA 2UVRA 1XWLA 4TQSA 3LDAA 8ICMA 5KFMA 5L1KA 3HPOA 1N56A 2HHUA 5KFTA 4Q44A 2UVWA 2XGQA 4JV0A 4RZRA 3TFRA 3RR8A 4J9QA 3AUOA 3ZDBA 4O5CA 4R63A 4XQ8A 3RH4A 1K1SA 1QTMA 3FYHA 5HHIA 3HWTA 4B9VA 4YR2A 2V4QA 3H40A 1CUKA 5IIIA 4EYIB 2KTQA 4I2JA 1LB2B 4YP3A 5KG4A 3MDCA 3UQ0A 3RJJA 1BPYA 4MEYA 4EEYA 4GXIA 5KG2A 4DSJA 3JPQA 4B9MA 1TAQA 1JN3A 3ZDDA 2HHVA 3GIKA 3Q8LA 4KLHA 3RAXA 2IA6A 5KFIA 5KFUA 3JPRA 3MFIA 3QEAZ 1A76A 1JXEA 4DQQA 5KG1A 5IINA 4BWJA 3V6HA 2F1IA 1QSSA 1ZQRA 2FMPA 2C2EA 9ICJA 3V7LA 4HYKA 3RJKA 4FBTA 1D8YA 8ICRA 1UA1A 5J0QA 5D49A 3V6KA 4ELVA 2PI4A 3UXPA 3M8RA 3C5GA 1XC9A 3V72A 1KRPA 3RBDA 4DFKA 1TVAA 1NJYA 1ZYQA 9ICWA 3C23A 4ECVA 1X9WA 4M9HA 2ASLA 1B43A 4R8UB 4NY8A 3UXNA 2RDJA 3QEBZ 3KHLA 4B9LA 4I27A 5IIKA 5J2FA 2JEIA 4I2IA 2XY6A 7ICOA 1KTQA 2W9AA 5KFJA 3B0YA 2IHNA 1Z3EB 2VA3A 5DDYA 1JX4A 4ECXA 4DSFA 2W9BA 3QE9Y 1ZQYA 2XY5A 2P66A 4Q8FA 2HW3A 7ICUA 2R8IA 5J2JA 4F5NA 2W9CB 2PFPA 4RU9A 4I2CA 2M9NA 5J2HA 4K4IA 8ICPA 5J0WA 4C8MA 1LV5A 3LK9A 3ISBA 4J9SA 3K4GA 3Q8SB 3GDXA 4QZ9A 4KN4A 4J9OA 4M9NA 4M04A 3RR7A 4KLTA 2KZMA 4QWDA 8ICLA 1C7YA 4DFMA 1NJZA 3EYZA 5HHHA 2FPMA 1L3TA 5J2IA 1TK8A 5KFEA 1BPZA 2JZBA 4B9NA 3EWAA 2ISOA 5F9NA 5DG9A 5BOLA 1NK5A 2C2RA 4KMUA 3PNCA 3N97B 5J0SA 4DLGA 3ZD9A 1ZQBA 4KLSA 4DL3A 1NJWA 7ICMA 3T5HA 4M47A 3SI8A 2UVUA 7ICEA 8ICCA 1MC8A 4M6WA 5L1JA 4R64A 4J9MA 2C22A 2P6RA 4B9SA 4KLIA 5DB7A 4QZAA 4O3OA 1U48A 8ICSA 4NM1A 4DQSA 4UAZA 4Z6CA 3PX6A 2BPCA 7ICSA 2WTFA 3V7KA 4PGYA 9ICQA 4QZDA 3GIMA 1KLNA 4YD1A 4RQ3A 4MFAA 2AGOA 3MR3A 5L1LA 2NRZA 9ICAA 2KFZA 4XA5A 3RJHA 3BJYA 2ZTDA 1BGXT 3OHBA 4O3SA 1S0NA 1SKSA 4UB2A 3JPSA 7ICLA 7ICNA 4NLKA 3H8WA 1SL0A 4ECRA 5J0YA 4O5KA 1T8EA 1S0VA 1Z00B 4PHPA 9ICFA 8ICFA 8ICZA 5L1IA 1ZQIA 4YN4A 4RPYA 4RQ2A 4QZCA 3RB4A 2MUTB 4RPXA 2XO7A 5CB1A 3G6XA 1NKCA 2ISPA 9ICCA 2C28A 4IRCA 2NRVA 4GLXA 2HHTA 3Q8RB 2XGPA 2ZJ8A 4YR3A 3OJSA 4ED7A 4DF4A 3RJGA 4B9UA 4JUZA 2R8HA 4F93B 5DBAA 5DQHA 4JWNA 1XSLA 4YR0A 3ISDA 3RB0A 1RXVA 3PR4A 4RQ4A 1QLNA 3OSNA 2NRTA 3TQ1A 5KG6A 3EPGA 2ZTCA 4TUQA 4QZEA 4DSKA 1KFDA 4RQ8A 1TK0A 2OWOA 7ICQA 3M9MB 7ICFA 1RYSA 4I2AA 4GC6A 4EBEA 4RQ7A 1XSPA 1ZQGA 5DQIA 4DS4A 3JPPA 4EZ6A 2ATLA 3PO4A 3KHRA 2FMQA 2IBKA 4I2EA 2BCRA 1TKDA 2VA8A 2NRWA 1T4GA 4PHAA 5DQGA 4M9JA 2KZ3A 3T5KA 1JMSA 4DFJA 3HT3A 3ISCA 2Y1JA 3G6VA 3AU6A 4IQUA 4ELTA 8ICHA 1NK7A 3MFHA 2W8KA 4KLLA 3PV8A 2W8LA 3RBEA 2ZUBA 2ZJAA 3MBYA 2AGPA 1HJPA 3RB6A 5IIJA 1BPEA 4DOBA 4MFCA 4YXMA 4MF2A 4O5EA 1S77D 2UVVA 3HX0A 3B0XA 5TZVA 4JWMA 4UBBA 5J2CA 4GC7A 4O3QA 4RQ0A 4DQIA 4DF8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2O4IA 5HRRA 3ID6A 3IM1A 4AYBF 5KI6A 3NH1A 1ZXOA 4W5RA 3JSMA 3VETA 4DL4A 4QS7A 3CJCA 2HVIA 4UB4A 4ID5A 4OKJA 1JLAA 4UAWA 4KLGA 3VF6A 5GTIU 3ZX0A 3GILA 1ZBLA 4F5QA 2IVNA 3GIIA 3LP1A 4X64K 3I28A 3AVJA 2FLOA 2QWRA 3D6RA 4EELA 5KQ8A 4U7CA 5CP2A 3UXOA 2CH6A 2YB1A 3P5JA 1K9MO 2HOIA 1NJIO 3I0RA 4YY3K 4Z4EA 3VCBA 2RF2A 3DLRA 3KHGA 5I9EB 5EE1A 2AJQA 1NI3A 1S1UA 4ED2A 2LSNA 4A2AA 4BDYA 2JEGA 2QARB 2P9PA 3QO9A 2JWKA 1NMNA 5AQWA 2KKZA 4JI4K 2DPNA 1P7DA 4KHNA 5CA7A 1U9LA 1A0PA 2WAQC 2NRXA 3OHRA 1G99A 9ICIA 5J2KA 1S6PA 5BPMA 4IJNA 3O4NA 3OYBA 4PL8A 1NKEA 1YF5L 4FK4A 2H3ZA 1Q18A 4UATA 2OYYA 8ICJA 4F2SA 4QW8A 4KLFA 4CIFA 4M2YA 1IG8A 2G8VA 1DTTA 4US9A 4EEKA 4NXNK 2GUPA 2YNFA 1BOTO 5F3XB 5M1KA 5HP1A 2YNGA 2QM1A 4XUSA 3QU4A 1CZ9A 4KX3A 4KHYA 4BRNA 1EO1A 3ENOA 3NGYA 1Q7YO 2UUCK 4Q8EA 1S76D 3FDSA 2P9LB 2YKMA 3N7PD 1BPBA 3I56N 4F91B 2E8MA 5AK3A 3LP0A 4CHPA 3AGRA 2E20A 4FK0A 2HHXA 4ECWA 3SUOA 3I8DA 2KIVA 4CGZA 4JMUA 3ED5A 4QWBA 4KTWA 2JLEA 2BGGA 4TSXA 2YHWA 1VQKN 4DG1A 2Z7JA 2OA8A 3SENA 3HI0A 3L2WA 1U45A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3IM1 A;  5J2B A;  1IM4 A;  2W9C A;  3TAR A;  1CEZ A;  4DL4 A;  4DSL A;  4JV1 A;  4F3O A;  5DB8 A;  2HVI A;  4UB4 A;  4YG2 A;  2XCA A;  4ECU A;  9ICM A;  4UAW A;  4KLG A;  5KG3 A;  3GIL A;  4F5Q A;  1WCL A;  3GII A;  9ICH A;  2KZZ A;  4Q45 A;  4J9L A;  4FO6 A;  1ZJN A;  4NLG A;  2MAX A;  1BPX A;  4PH5 A;  4UB3 A;  5CP2 A;  3UXO A;  2FPK A;  3PW2 A;  5KTQ A;  7ICI A;  4KIT B;  1XO1 A;  3KHG A;  2AJQ A;  4PGQ A;  4UB1 A;  5L9X A;  2FLL A;  7ICT A;  4O3P A;  3M8S A;  4ED2 A;  4F92 B;  2JEG A;  4G3I A;  4GXK A;  4KLD A;  4NLN A;  9ICX A;  3OSP A;  3Q8Q B;  2PFQ A;  1ZQF A;  4F2R A;  4C8L A;  4Z6E A;  5CA7 A;  3H8J A;  4RPZ A;  1U9L A;  4C8O A;  2NRX A;  5D46 A;  5IIL A;  1SKR A;  5J2K A;  9ICI A;  4NXZ A;  9ICL A;  4YCX A;  4QWE A;  3Q8K A;  4R66 A;  1NKE A;  7ICH A;  2ZUC A;  5CJ7 A;  3PO5 A;  4B9T A;  3PR5 B;  4DQP A;  1SZP A;  2GWS A;  8ICJ A;  4F2S A;  4QW8 A;  4KLF A;  4M2Y A;  5KT6 A;  3M9N B;  3PY8 A;  4PPX A;  4DQR A;  3GV5 B;  1L3V A;  2BDP A;  4IQV A;  4Z6F A;  5DB9 A;  3EW9 A;  5HNK A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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