2NRTA

Crystal structure of the c-terminal half of uvrc
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
217
structure length
217
Chain Sequence
GLRKEALEELMKLLNMKDFPYRIEGIDISHLQGKYTVASLVVFEDGFPKKGDYRRYKIEQDHPDDYESIRTVVKRRYSKHPLPNLLFVDGGIGQVNAAIEALKEIGKDCPVVGLAKKEETVVFENREIHLPHDHPVLRLLVQIRDETHRFAVSYHRKRREKESLRSVLDNVPGIGPIRKKKLIEHFGSLENIRSASLEEIARVIGSTEIARRVLDIL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of the C-terminal half of UvrC reveals an RNase H endonuclease domain with an Argonaute-like catalytic triad.
pubmed doi rcsb
molecule keywords UvrABC system protein C
molecule tags Hydrolase
source organism Thermotoga maritima
total genus 79
structure length 217
sequence length 217
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-11-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08459 UvrC_HhH_N UvrC Helix-hairpin-helix N-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.20 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain 2nrtA02
3.30.420.340 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2nrtA01
4O3QA 3M8RA 4I2JA 1NJWA 2BGWA 4DFPA 3RAQA 4I2GA 5J0RA 1JN3A 8ICYA 2UVUA 5KFKA 4M04A 2VA8A 4TURA 5KFUA 4DL7A 3UXNA 2BCUA 7ICIA 4DF8A 1IM4A 4DQSA 2BHNA 2VANA 5EWGA 4F3OA 1T8EA 5CR0A 1KEJA 3HW8A 4YR2A 3MBYA 4RQ2A 5J2HA 1SL1A 2BPGA 2BCRA 3RR7A 7ICEA 3ZDCA 4ECSA 3M9NB 5KT4A 2B21A 1N48A 1MQ2A 3OHBA 5L1IA 4O5CA 1TAQA 5D46A 5J0QA 4GXIA 2GWSA 1S0VA 2KTQA 1XU4A 3RH4A 3C1ZA 4DOBA 5DDMA 3KHGA 2FPLA 3RB4A 2BR0A 4DSLA 1S0OA 1ZQOA 5J0YA 4B9NA 4IQVA 3MDAA 4O5EA 1RPLA 4PGXA 1NJXA 4I2IA 3TARA 3GFKB 5HHIA 9ICSA 2PFPA 1KTQA 2F1JA 4P2HA 4RUAA 4BWJA 4F50A 3H8JA 4Z6FA 2XCPA 2FLLA 4KLTA 3TAPA 2C2DA 3BQTA 5J2BA 1KFTA 1L3TA 5KFZA 1XS9D 2ZJAA 4XA5A 5CJ7A 3UPQA 4YR3A 3QEAZ 2UVRA 3RRGA 3MR6A 3N4MB 4NY8A 3LWLA 3T5KA 2PFNA 5J0XA 1SKWA 4ELUA 3PX0A 4Q8EA 9ICHA 3H7IA 2NRXA 3ISBA 2ASJA 2HHQA 4R8UA 4EBDA 4IQWA 5CWRA 2P6RA 9ICAA 1PZNA 1RYRA 4M6WB 4DQQA 1C7YA 2HVHA 3RB3A 4YD1A 3OSPA 1D9FA 1HUZA 4P4OA 3B0YA 4B9SA 2KFZA 8ICVA 4KLHA 3V7LA 9ICWA 5KFFA 2FPKA 5KG7A 4PPXA 4C8LA 3PW5A 4Q43A 3LDAA 3QZ8A 3JPRA 3TQ1A 2JEGA 4KLLA 4JV0A 8ICCA 1B22A 2PXIA 5DG8A 5F9LA 2UVWA 5IIMA 2F1HA 1XO1A 4Z6EA 4CCHA 2KZMA 4RQ7A 5J2JA 3UXPA 4RQ5A 1S76D 3TAQA 4UB3A 3PW4A 4X5VA 1JMSA 5DB8A 4LVSA 2KZZA 1NKCA 1TK0A 4IQTA 2AGOA 1KLNA 2A1JA 4QZFA 1NK4A 4UB2A 4DL3A 1ZQLA 4ZH4A 3ZD9A 4O3SA 2VA3A 3ZDAA 4Z6DA 4MF8A 3SYZA 4EZ9A 1ZQQA 3M9MB 1DOQA 4F91B 4LZGA 4MFCA 2W9CB 1NOMA 4UBBA 9ICVA 3JPOA 3T5HA 3C21A 5DGAA 1SL2A 5KT5A 3SV4A 1SZPA 5KT7A 2ASDA 3PMLA 2FLPA 3MABA 5TZVA 2XCAA 3JPNA 4JUZA 2PFQA 4JWMA 1NKBA 8ICLA 1XSLA 5KFSA 3BJYA 5J2GA 4TQSA 3OSNA 5KG3A 3ETLA 2FMQA 3ZDDA 1KFDA 5KFHA 3RB6A 4J9LA 2NRTA 2UVVA 4UQGA 2ISOA 9ICFA 1ZQZA 2W9BA 7ICGA 3ZDBA 1ZQWA 4DLGA 1TVAA 1U4BA 3TFRA 5BOMA 3PW2A 7ICSA 2ZUBA 3GIKA 4MFAA 4UBCA 1ZQSA 8ICHA 4J9KA 2ZUCA 1ZQKA 1N56A 3GV5B 3GIJA 8ICOA 4DSIA 4RPZA 1NJZA 4EYHB 1ZQEA 4EZ6A 1COOA 5KFMA 2BQUA 4KMUA 5DGBA 4MFFA 3G6YA 4IRDA 4KLGA 2OWOA 5DB9A 4KLOA 1Z00A 5D49A 9ICMA 5HHHA 4IRKA 1KRPA 8ICGA 2NRZA 2IBKA 5KG2A 5BPCA 7ICMA 1UA0A 1KFSA 4F8RA 1WCNA 4YD2A 3H40A 5KTQA 3M9OB 3N97B 2ASLA 5KFPA 9ICOA 2R8HA 9ICQA 5KFTA 5DKWA 4UB4A 2C22A 2R8KA 3Q8SB 1V9PA 4RQ1A 4R63A 1D8YA 5J0UA 9ICXA 5F9NA 2W8LA 4DSFA 1BPZA 2NRVA 3Q8PB 4QZDA 5J2IA 4NM1A 4Q8FA 3GDXA 3B0XA 4KITB 5J0SA 3PV8A 2JZBA 4ED3A 5DQIA 1Z3EB 4PHAA 4DFJA 5IIOA 4DL4A 5J2EA 3RH6A 4O3RA 3G6XA 4QWEA 4I2HA 4GXJA 5J0PA 4JWNA 5KFVA 4IR1A 1ZYQA 8ICNA 4ECVA 2J6TA 4QZ8A 2F1IA 5DLGA 3OJUA 1ZQFA 5KT2A 4ED7A 4DEZA 1U49A 9ICJA 4YP3A 2DFLA 2PI4A 2MUTB 9ICLA 1U9LA 8ICUA 3H8WA 4BDPA 4ED2A 3NGDA 3Q8KA 4I2EA 4YMNA 2XGPA 2ZTEA 4QZCA 4JK1A 3OGUA 1ZJMA 4RT2A 4M0AA 2KFNA 5KFRA 4UB5A 4ECYA 4F5RA 9ICPA 3H4BA 4RZRA 3MGIA 1NK0A 4KN7A 1IXRA 3GQCA 3C2LA 4KLFA 4G3IA 5J0OA 4YVZA 4O0IA 1CEZA 5DBCA 8ICTA 4KLIA 4ELTA 3V7KA 3C65A 5KG4A 5J0TA 3EW9A 2KZ3A 4QZHA 1L3VA 1UA1A 1TV9A 1NJYA 4F5QA 3RR8A 9ICKA 4YXMA 1BPBA 3JPSA 4TUQA 1DGSA 4J9RA 3RAXA 5DB6A 1S10A 1ZQUA 5DDYA 1KDHA 1ZQGA 5DG9A 3HP6A 3QEBZ 5KFGA 3MFHA 9ICEA 4E0DA 4C8KA 4KLSA 1ZETA 4DSJA 4I29A 2AGQA 1RYSA 4DS4A 1SL0A 4ED0A 4I2FA 2HHTA 4QW9A 2ATLA 2HHUA 1S77D 3RH5A 8ICQA 3BQ2A 1S9FA 1X9WA 3ISDA 4ECWA 4PGQA 3TFSA 2FMSA 1XC9A 2XY7A 1TKDA 7ICHA 1ZQCA 3PX4A 1A76A 4BXOB 4PHDA 7ICJA 3MFIA 5IILA 3RBEA 4O5KA 7ICKA 1D9DA 1L3SA 4J9OA 5EOZA 4DSKA 4J9NA 2FLNA 1B43A 2P6UA 4QZ9A 1QSLA 2HHSA 1MSWD 8ICJA 2J6SA 3PO5A 4PHPA 7ICRA 3GIIA 4M9HA 4QWCA 1H38A 4UAYA 2IHNA 3C1YA 2AU0A 2AGPA 4QZIA 5L1JA 4XUSA 3RJHA 4I2CA 4DSEA 1K1QA 4EBCA 2AQ4A 3BDPA 3IHQB 1NK7A 4DFMA 1NK9A 7ICOA 4QZAA 3RRHA 4YR0A 4M6WA 3AUOA 3QE9Y 2WTFA 8ICRA 4TUPA 3FYHA 1JXLA 4YFKA 4DFKA 4O9MA 3UQ0A 2BCVA 2FPMA 5KG5A 4M2YA 5J2FA 4ECTA 9ICCA 4MEYA 4BWMA 1WCLA 2P66A 5KFLA 8ICWA 4ECQA 3GIMA 5D4BA 3Q8RB 3V6KA 4KLDA 3EPIA 2NRRA 8ICXA 2LYHA 4J9QA 2BKEA 5DBAA 2HHWA 2HVIA 5KT3A 3V72A 4DF4A 5KFYA 1BPDA 4RNOA 3Q8QB 4M9NA 4KLEA 4RQ3A 5DBBA 4M9JA 4TUSA 1TK5A 1U47A 7ICQA 2ZJ5A 2ZTDA 4I28A 4I2BA 2HHVA 4FS2A 4FO6A 2BPCA 5KFWA 4F5OA 1S0NA 8ICAA 1RZTA 4Z6CA 1BGXT 4DWIA 1TK8A 4YCXA 2BCSA 3JPTA 3UQ2A 4NLGA 5IIJA 4JV1A 4B9MA 3MR5A 2R8IA 3KHLA 3OJSA 1XSNA 3MR3A 3KHRA 9ICRA 3FDSA 3IM1A 3C5GA 4I27A 7ICNA 2IA6A 1AROP 1ZQYA 5JUMA 2C2RA 2W9CA 1JXEA 2PI5A 4KLJA 9ICIA 3V6HA 1RXVA 3QZ7A 8ICEA 4I2DA 3PMNA 5L1LA 1HJPA 2W9MA 2JEJA 1JX4A 4YN4A 4JV2A 3HWTA 3BQ1A 4ED8A 1ZQMA 4RQ4A 1JIHA 3PY8A 1TAUA 1ZQXA 4YMOA 5J2KA 3HX0A 4MEXA 2PFOA 8ICMA 2W8KA 4QWBA 5HNKA 1T3NA 2FMPA 4QZGA 4UAWA 2RDIA 3ORYA 3T5LA 1RXWA 4FBTA 4R8UB 3T3FA 2BCQA 5KFNA 8ICSA 5L1KA 9ICNA 3GV8B 4EEYA 4IR9A 9ICTA 2C2EA 2M9NA 1MC8A 4F5PA 4KN4A 4UAZA 4TQRA 3JPQA 4YXJA 1ZQIA 1A77A 1X2IA 4ED1A 1ZJNA 8ICIA 4QZEA 5DB7A 3JPPA 2I9GA 4KLQA 2HW3A 3K4GA 5CHGA 2W9AA 3EPGA 4ECZA 4FBUA 4NLNA 1BVSA 4NM2A 3M8SA 1X9MA 3GILA 5KG6A 4I2AA 1QSYA 3KTQA 3RJFA 3HT3A 5DLFA 3PW0A 5HP4A 5DQGA 4ECUA 3PVXA 1K1SA 3MR2A 4DQPA 4GC6A 2I1QA 4DO9A 4DS5A 2XC9A 2C28A 5KFDA 1U48A 4RT3A 2AQ0A 1ZQBA 2ZTCA 3V6JA 1XWLA 1S97A 4F4KA 3H8SA 3Q8LA 3RJJA 2AJQA 8ICPA 4IRCA 4NLKA 1ZQRA 5J2DA 3HPOA 2A1JB 4C8MA 9ICGA 5KT6A 2XY5A 5HMMA 4R64A 4UB1A 2Y1JA 1BPEA 2ZUDA 5L9XA 4C8OA 5KG0A 3THVA 1EXNA 3EWAA 4KLMA 2Q0ZX 5IINA 3SV3A 4F92B 1ZQDA 4B9VA 4F4WA 1ZQPA 2IHMA 2JEFA 1L3UA 3ISCA 4RQ8A 4GC7A 4P4PA 1ZQNA 4O3PA 3SZ2A 4YMMA 7ICTA 2ZJ8A 1SKSA 3RJGA 3GV7B 8ICBA 8ICFA 3ZDEA 2BPFA 8ICZA 1U45A 1NK6A 1ZQJA 7ICFA 3MDCA 4M9GA 2RDJA 2XY6A 4NXZA 4F4XA 4O3OA 5DQHA 5BOLA 3BQ0A 2ISPA 2XGQA 3K75D 4F93B 3LK9A 2W9BB 4R65A 1QLNA 4PH5A 5KFAA 4J9PA 3EZ5A 3ZD8A 1NK8A 5J0WA 3C5FA 7ICPA 1QTMA 1S0MA 1HUOA 1QSSA 4YQWA 4J9SA 4Q44A 4F4YA 4GLXA 3OHAA 1Y88A 2Y1IA 9ICBA 4YG2A 5J2CA 2MUTA 4RQ0A 1L5UA 4F2RA 4PGYA 3RBDA 1UT5A 4P4MA 4M47A 4RUCA 4J9MA 5EWEA 4XQ8A 5KFOA 5J29A 5HMLA 5KFCA 5CA7A 4K4HA 4LZDA 4RPXA 1ZQAA 2BDPA 4FS1A 1Z00B 1NKEA 3RJKA 7ICVA 1MQ3A 5KFXA 3PR4A 4B9TA 3G6VA 2V9WA 4PHEA 3AU2A 3RJIA 5DG7A 4ELVA 2DPJA 4DL6A 3C2KA 2XO7A 1UT8A 2V4QA 3TANA 1T4GA 1ZQTA 7ICUA 4NLZA 5KFIA 4R66A 3H4DA 3NTUA 2VA2A 2R8GA 4O3NA 5KFBA 5KFQA 3PX6A 3PO4A 5EWFA 4KLUA 2V4RA 4KTQA 5IIIA 1CUKA 2BQRA 4B9UA 4RNMA 3PR5B 1LV5A 3RTVA 4RPYA 4EBEA 2JZBB 7ICLA 4C8NA 1LB2B 2ALZA 4DQRA 3AU6A 5J2AA 3KHHA 4F2SA 3LWMA 4F4ZA 1SKRA 4RU9A 4ECRA 4ED6A 3SI8A 1TFRA 3UXOA 1KSPA 2HHXA 2BQ3A 4RQ6A 4BXOA 5KFEA 1BPXA 2JEIA 4XRHA 4GXKA 3PW7A 3RJEA 4Q45A 1ZQVA 2NRWA 4QWAA 5C5JA 3MGHA 1ZQHA 4M9LA 5KG1A 4B9LA 5IIKA 3TI0A 5CP2A 4HYKA 1X9SA 4QZBA 3E2EA 4MF2A 8ICKA 4QWDA 9ICUA 4RNNA 4DLEA 3RB0A 4BGDA 4F5NA 4ECXA 1XSPA 4DOCA 4K4GA 4QW8A 3EYZA 4K4IA 3T5JA 2R8JA 4DQIA 4IQUA 3PNCA 1D8LA 3C23A 4DOAA 1BPYA 2DPIA 1NK5A 2KN7A 3V7JA 1T7PA 3Q8MA 3C2MA 4EYIB 2MAXA 4DL5A 2J6UA 5KFJA 4DL2A 5CB1A 2IMWP 2H5XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2EAPA 2I6XA 3LP0A 5AQKA 4M3TA 3KKRA 3RAQA 4I2GA 2K4EA 2F9TA 3AAQA 5C42A 4AP9A 3HRDD 4P0PA 1MWMA 3I0SA 2PMZC 4K43A 7ICIA 3C6AA 2BCUA 4XIUA 4EAHD 4CGZA 1VDVA 2G8WA 3LVWA 2VANA 4CJTA 5CR0A 1KEJA 1KL9A 3DM2A 4FOIA 2DY4A 3ZDCA 2GX9A 4FXDA 3ZT0A 3IAYA 5D46A 4BRMA 4WF9L 5ALJA 3CFPA 5TISU 4DOBA 4BC3A 2NRHA 5CZ2A 1ZQOA 5AI4A 2G07A 4OGCA 3QICA 4KHUA 3KZIU 4IG0A 1XNQK 5HHIA 5EE1A 1VQMN 4BRLA 3V6DA 1RTDA 4P2HA 4RUAA 3DYAA 1T03A 2O6KA 1NOZA 4EHUA 3RWUA 3F5AA 5TKWA 5AKJA 3R8EA 5AM5A 3CCSN 2F3NA 2JR5A 4KLTA 2C2DA 1CZ9A 3A5MC 2P5GA 5J2BA 4BG9A 1T6CA 2ZJAA 2A5XA 3VGMA 3QEAZ 4UB8U 4JAXA 3RRGA 2L5YA 3S3OA 3S3MA 3JSMA 3PX0A 4FLZA 3QEWA 1NNEA 5CWRA 4I9LA 2D1KA 3Q7CA 1ATNA 1C7YA 1RYRA 4ISGA 3OSPA 1D9FA 4B9SA 4H0VB 4P4OA 5AK5A 3K59A 1NOYA 3F2KA 5HBMA 4KLHA 1X40A 3V7LA 5KFFA 1QZ5A 3VQAA 5KG7A 3CC7N 3N7SC 3DLHA 3MN5A 2UUCK 3PW5A 1JL1A 2K4IA 3U9DA 4IEEA 2HMIA 4AHSA 2GEMA 3I8BA 1JRPA 3T1YK 2GUPA 4GKKK 3DI6A 1KXPA 5ALVA 2RKIA 3AAPA 4ICLA 4CHOA 4OJ5A 3ENOA 4NV0A 2IOFK 4LVSA 2JXJA 4YOTA 3E58A 1TK0A 2RE2A 4CF1A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4O3Q A;  3M8R A;  4I2J A;  1NJW A;  2BGW A;  4DFP A;  3RAQ A;  4I2G A;  5J0R A;  1JN3 A;  8ICY A;  2UVU A;  5KFK A;  4M04 A;  2VA8 A;  4TUR A;  5KFU A;  4DL7 A;  3UXN A;  2BCU A;  7ICI A;  4DF8 A;  1IM4 A;  4DQS A;  2BHN A;  2VAN A;  5EWG A;  4F3O A;  1T8E A;  5CR0 A;  1KEJ A;  3HW8 A;  4YR2 A;  3MBY A;  4RQ2 A;  5J2H A;  1SL1 A;  2BPG A;  2BCR A;  3RR7 A;  7ICE A;  3ZDC A;  4ECS A;  3M9N B;  5KT4 A;  2B21 A;  1N48 A;  1MQ2 A;  3OHB A;  5L1I A;  4O5C A;  1TAQ A;  5D46 A;  5J0Q A;  4GXI A;  2GWS A;  1S0V A;  2KTQ A;  1XU4 A;  3RH4 A;  3C1Z A;  4DOB A;  5DDM A;  3KHG A;  2FPL A;  3RB4 A;  2BR0 A;  4DSL A;  1S0O A;  1ZQO A;  5J0Y A;  4B9N A;  4IQV A;  3MDA A;  4O5E A;  1RPL A;  4PGX A;  1NJX A;  4I2I A;  3TAR A;  3GFK B;  5HHI A;  9ICS A;  2PFP A;  1KTQ A;  2F1J A;  4P2H A;  4RUA A;  4BWJ A;  4F50 A;  3H8J A;  4Z6F A;  2XCP A;  2FLL A;  4KLT A;  3TAP A;  2C2D A;  3BQT A;  5J2B A;  1KFT A;  1L3T A;  5KFZ A;  1XS9 D;  2ZJA A;  4XA5 A;  5CJ7 A;  3UPQ A;  4YR3 A;  3QEA Z;  2UVR A;  3RRG A;  3MR6 A; 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 5CA7 A;  4K4H A;  4LZD A;  4RPX A;  1ZQA A;  2BDP A;  4FS1 A;  1Z00 B;  1NKE A;  3RJK A;  7ICV A;  1MQ3 A;  5KFX A;  3PR4 A;  4B9T A;  3G6V A;  2V9W A;  4PHE A;  3AU2 A;  3RJI A;  5DG7 A;  4ELV A;  2DPJ A;  4DL6 A;  3C2K A;  2XO7 A;  1UT8 A;  2V4Q A;  3TAN A;  1T4G A;  1ZQT A;  7ICU A;  4NLZ A;  5KFI A;  4R66 A;  3H4D A;  3NTU A;  2VA2 A;  2R8G A;  4O3N A;  5KFB A;  5KFQ A;  3PX6 A;  3PO4 A;  5EWF A;  4KLU A;  2V4R A;  4KTQ A;  5III A;  1CUK A;  2BQR A;  4B9U A;  4RNM A;  3PR5 B;  1LV5 A;  3RTV A;  4RPY A;  4EBE A;  2JZB B;  7ICL A;  4C8N A;  1LB2 B;  2ALZ A;  4DQR A;  3AU6 A;  5J2A A;  3KHH A;  4F2S A;  3LWM A;  4F4Z A;  1SKR A;  4RU9 A;  4ECR A;  4ED6 A;  3SI8 A;  1TFR A;  3UXO A;  1KSP A;  2HHX A;  2BQ3 A;  4RQ6 A;  4BXO A;  5KFE A;  1BPX A;  2JEI A;  4XRH A;  4GXK A;  3PW7 A;  3RJE A;  4Q45 A;  1ZQV A;  2NRW A;  4QWA A;  5C5J A;  3MGH A;  1ZQH A;  4M9L A;  5KG1 A;  4B9L A;  5IIK A;  3TI0 A;  5CP2 A;  4HYK A;  1X9S A;  4QZB A;  3E2E A;  4MF2 A;  8ICK A;  4QWD A;  9ICU A;  4RNN A;  4DLE A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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