2NRTA

Crystal structure of the c-terminal half of uvrc
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
217
structure length
217
Chain Sequence
GLRKEALEELMKLLNMKDFPYRIEGIDISHLQGKYTVASLVVFEDGFPKKGDYRRYKIEQDHPDDYESIRTVVKRRYSKHPLPNLLFVDGGIGQVNAAIEALKEIGKDCPVVGLAKKEETVVFENREIHLPHDHPVLRLLVQIRDETHRFAVSYHRKRREKESLRSVLDNVPGIGPIRKKKLIEHFGSLENIRSASLEEIARVIGSTEIARRVLDIL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of the C-terminal half of UvrC reveals an RNase H endonuclease domain with an Argonaute-like catalytic triad.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Thermotoga maritima
molecule keywords UvrABC system protein C
total genus 79
structure length 217
sequence length 217
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-11-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08459 UvrC_HhH_N UvrC Helix-hairpin-helix N-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.20 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain 2nrtA02
3.30.420.340 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2nrtA01
3MFIA 1UA0A 5KFOA 2AGPA 2BQUA 1ZQJA 4NLZA 4F4KA 1ZQWA 3C1YA 4NLNA 2ALZA 5L9XA 4Q45A 4O3PA 4DQQA 4DFJA 1RXWA 5J2JA 3ISDA 1NKBA 4UB3A 3PY8A 2BQRA 2UVVA 5J0RA 2ZTEA 3Q8LA 4O3SA 4R64A 5CWRA 3RJFA 4E0DA 3IM1A 2BQ3A 5KFWA 4F91B 4ED8A 1ZQUA 5IIKA 4TUSA 7ICGA 4Q8FA 4J9RA 4F4WA 2PFNA 3PNCA 5J2AA 4JWMA 2JZBB 4HYKA 3AU6A 5CA7A 1XC9A 1A76A 5DGAA 1KFTA 3KTQA 1ZQIA 1ZQCA 1BPEA 1ZQZA 4RT3A 4BWMA 4B9TA 4IRCA 1S0MA 4Q43A 2I9GA 9ICIA 3JPNA 3SYZA 5EWFA 2KN7A 9ICFA 5DG9A 4R66A 3EPIA 5KG2A 2HHVA 1MQ2A 3PW5A 3UXPA 4YMMA 2W9CB 2ZTDA 1ZQNA 4M2YA 4BDPA 3LK9A 2W8KA 1AROP 5DG8A 1S0NA 9ICTA 4DQIA 5D46A 4KLIA 3GV7B 3THVA 1T3NA 5CB1A 1NK4A 7ICMA 5J0WA 3RR8A 7ICHA 2F1JA 4GXIA 5CJ7A 2BPGA 1BPZA 4BXOA 3V7JA 2ZTCA 7ICNA 2RDJA 4QZHA 4I2GA 8ICFA 4JV1A 3H7IA 3K4GA 3V6KA 3AUOA 3RAXA 3RJIA 3RB3A 1QSSA 1ZQDA 1IM4A 1NJZA 2NRXA 4B9MA 8ICSA 1TVAA 3H8SA 4RQ8A 5KFJA 5BOLA 3RTVA 3UQ2A 4RQ3A 2XY6A 3MR6A 2J6UA 4YD1A 4DSIA 5KFBA 2PXIA 3HW8A 3EPGA 4F5QA 4GXJA 2MUTA 1WCNA 4DLGA 1NKCA 1Z00B 3K75D 4UBBA 2P66A 3RH4A 3C65A 1S97A 3Q8PB 3RBEA 4M9HA 1X9WA 3EZ5A 4J9SA 4TQRA 5CP2A 5JUMA 4UB2A 3GIMA 3QZ8A 4DF8A 4RUCA 4CCHA 4IR1A 3RRGA 1JIHA 5KFSA 2ASLA 8ICPA 5DDMA 4RT2A 3RJJA 4KLTA 4ECZA 5J0SA 4FO6A 3PX6A 2DPJA 2PI4A 4K4HA 3G6YA 1QSYA 9ICSA 3Q8QB 3NGDA 4B9LA 4O9MA 5J2FA 4MFAA 3B0YA 3PMLA 4EBDA 2LYHA 2V9WA 4B9UA 2XGQA 5HNKA 3PV8A 4P2HA 2IHNA 5EWEA 2ZJ8A 4LVSA 4KN7A 4UB4A 4UQGA 5KFTA 8ICJA 4DS4A 2ZUBA 2VA3A 4KLOA 1HUZA 2C2DA 4JV2A 1S77D 3OSNA 2DFLA 3KHLA 1MQ3A 4NLGA 3PR4A 2FLLA 4K4GA 4XA5A 4QWBA 4RQ4A 4DOBA 5KG5A 1ZQOA 1D8YA 4KLSA 2HHUA 2FPMA 5DLGA 4F5PA 4J9OA 1X9MA 2HHWA 4RUAA 9ICRA 3TQ1A 1TK8A 9ICMA 2W9BB 2C28A 4RQ2A 9ICVA 2W9AA 3OHAA 4MFCA 3Q8KA 1TV9A 1BVSA 5CR0A 4C8NA 5KFYA 1ZQVA 5L1KA 4YG2A 3RH5A 2I1QA 4M9GA 4DL2A 1XWLA 2BCRA 4O3OA 5KFAA 4DQRA 3PW0A 1ZQFA 3PO4A 1EXNA 5DQIA 1NK7A 1WCLA 4F5RA 5KT6A 2KTQA 3FDSA 5IIJA 1ZQLA 1RZTA 2IHMA 2FPLA 7ICQA 1K1QA 3GQCA 3LWLA 4O3NA 4PH5A 3RBDA 5J2CA 1TK0A 1RXVA 4I2IA 4EEYA 2JZBA 4YD2A 2KFNA 4ED3A 5CHGA 3M9OB 1ZQSA 4I2CA 3GV5B 1JXLA 4ECTA 3MGHA 1U45A 1TKDA 4P4OA 1SKWA 2PI5A 4F4YA 4C8LA 4DSJA 1N56A 2R8KA 1HJPA 5BOMA 3RJHA 3G6VA 3HP6A 2HHSA 4B9SA 5J0QA 3IHQB 1UA1A 1KEJA 3OSPA 4DSFA 4UB1A 4KMUA 4X5VA 2C2EA 2HW3A 4J9LA 5KFCA 5KFEA 4IQWA 1Y88A 3T5KA 9ICPA 3M9NB 3JPQA 1NK0A 2VA2A 2NRTA 7ICLA 3BQTA 1RYSA 4ED0A 3RH6A 1ZQGA 4F2RA 5KFHA 4M6WA 4Z6DA 1LV5A 3N97B 1X2IA 4RNOA 2ASJA 3QEAZ 2BDPA 1JN3A 2VANA 2RDIA 2ZUDA 4RQ7A 5J2GA 4RPZA 5L1LA 1SZPA 4QWAA 4DS5A 3MFHA 3TI0A 3RB4A 1L3SA 4C8MA 2UVWA 4O3RA 3G6XA 5J0TA 2ISPA 4IQVA 5KFZA 5IIIA 4DQPA 2HHQA 3HWTA 4FS1A 5DG7A 3RR7A 4MF8A 5J2KA 4I2HA 1ZQEA 1TAUA 3JPSA 1ZQYA 2IA6A 1QLNA 1NK8A 4KLLA 7ICVA 5J2DA 2B21A 2JEFA 2C2RA 4DOCA 4QW9A 1KDHA 4DF4A 1L3VA 2BCQA 2M9NA 4JV0A 5HMMA 5KG6A 2PFQA 4F5NA 3BQ1A 3V6HA 1H38A 4KTQA 9ICEA 3UXOA 4KLEA 7ICSA 2XCAA 3PW2A 4J9NA 4F4ZA 5IIMA 3TANA 2BPCA 4KLQA 4UAWA 1C7YA 1CEZA 5J0YA 2FPKA 3ZDDA 1L3UA 5BPCA 3KHGA 3ZDBA 1B43A 2A1JA 4O3QA 2KZ3A 9ICUA 2FLNA 4YMNA 4XQ8A 1N48A 2R8GA 1T8EA 3H40A 3JPOA 4PHEA 4DL5A 5DGBA 1L3TA 4KLFA 4M47A 1A77A 1K1SA 5HHHA 1T7PA 7ICFA 4EYIB 4ECXA 5DBAA 4KITB 1U9LA 2DPIA 5DBBA 1D9DA 4Z6EA 4ELUA 3OHBA 2P6UA 4F2SA 4NXZA 2BHNA 4YFKA 1NK6A 4DOAA 3MR5A 4DFMA 2AQ4A 1NJXA 4EZ6A 4TQSA 4IQTA 5J2BA 4F8RA 4DO9A 4ED7A 5KT2A 4PGXA 1SL0A 8ICKA 2XGPA 4O5KA 4PHDA 4F4XA 1X9SA 3OJSA 1TK5A 4LZDA 3TAPA 4DLEA 2MAXA 4JK1A 2BCVA 4ELVA 3KHHA 4ECQA 4M04A 2JEIA 3MABA 5TZVA 4BXOB 8ICUA 3OGUA 2PFPA 1ZQKA 1ZQRA 2FMQA 4EBEA 3GDXA 3H4BA 4YP3A 4IRKA 9ICKA 1ZQQA 3ZDCA 4MEYA 4YR2A 2W8LA 3BDPA 2H5XA 3M9MB 4R8UA 9ICWA 4B9NA 2OWOA 4QZDA 3ZD8A 4NM2A 5KT5A 4UAZA 1KRPA 4RU9A 4QZAA 5J0XA 5KFQA 5L1JA 3PW7A 2BGWA 8ICBA 3FYHA 4J9KA 2MUTB 3JPTA 1ZQTA 4O0IA 1KSPA 4QWCA 4DL3A 5DBCA 1XO1A 1XSNA 1HUOA 2BCUA 4O5EA 3JPRA 4KLGA 3SV3A 4PGQA 4NY8A 1SL2A 1ZQMA 4R65A 1JX4A 2V4RA 5L1IA 4EBCA 3RAQA 2P6RA 5J0OA 4I27A 1D8LA 4DL4A 4KN4A 5KFLA 4RQ5A 4YVZA 2Y1JA 5KFVA 3PX0A 4DSLA 4Q44A 4GC6A 1NK5A 8ICMA 4GXKA 3SZ2A 3RJEA 8ICAA 4ZH4A 3H4DA 2R8IA 8ICCA 5KFXA 5KT3A 3PO5A 3C5FA 5DB8A 2ZJ5A 2J6SA 4KLUA 5HHIA 2HHXA 4BGDA 4RQ6A 2NRRA 5HMLA 4QZFA 3LDAA 2JEJA 5J2IA 4M9NA 1BPDA 5DB9A 8ICLA 5D49A 1KFSA 8ICHA 4F50A 1ZJNA 4I2FA 3ZDAA 5KFPA 4NLKA 1RPLA 2XO7A 4QZ9A 3UQ0A 1UT5A 4ECUA 3GIKA 3BQ2A 4JUZA 2ZUCA 3MGIA 1V9PA 4YXMA 1XSPA 2VA8A 5KG1A 5DB6A 5EWGA 3T5LA 3AU2A 9ICOA 1NK9A 4XUSA 1S10A 4RZRA 4MEXA 1ZQBA 3C21A 2W9CA 4ECYA 2FMSA 3V7LA 4DEZA 3C2KA 1KFDA 4ELTA 4MF2A 4I2AA 3UPQA 4J9PA 4KLDA 2C22A 5KT7A 2BR0A 3GFKB 4DL7A 2IMWP 4KLJA 2XY7A 3ETLA 1JMSA 1S9FA 1NKEA 3QE9Y 5KFGA 1U48A 1B22A 1ZJMA 5IINA 5J2EA 3M8RA 4Q8EA 1BGXT 4TUQA 1XSLA 1SKSA 3GV8B 8ICYA 3PR5B 4DL6A 4QZBA 7ICPA 1BPBA 4F92B 4RQ0A 2IBKA 1UT8A 8ICQA 3V7KA 1KLNA 5DLFA 2R8HA 4C8KA 2FMPA 4J9MA 5KT4A 5J2HA 4ECSA 2BCSA 3QEBZ 1BPXA 4M9LA 3TARA 2PFOA 1IXRA 4YCXA 9ICXA 1TFRA 3HPOA 3H8JA 5KG4A 4DQSA 4I2EA 3T3FA 4F3OA 4IR9A 4FS2A 4TURA 4RPYA 3Q8MA 9ICAA 3MDCA 2XY5A 3PX4A 4RQ1A 1Z00A 3RRHA 2Y1IA 2ASDA 4ED1A 4MFFA 2Q0ZX 3PMNA 4QZEA 2KFZA 9ICQA 3Q8SB 4ED6A 7ICTA 4ECWA 5DDYA 3JPPA 1QTMA 3N4MB 3PVXA 2ISOA 2WTFA 4B9VA 8ICTA 4KLMA 1S0OA 4KLHA 4F93B 4Z6FA 3C5GA 1T4GA 3V6JA 1U49A 4M6WB 9ICBA 7ICJA 4M0AA 4P4PA 4O5CA 4EYHB 5KFKA 4RNMA 2AGQA 1U47A 7ICOA 2NRWA 2BPFA 9ICCA 8ICEA 5DQGA 2XC9A 3C1ZA 4I2DA 3QZ7A 3C2MA 5DKWA 4DFKA 2AU0A 1NJYA 3RJKA 3E2EA 9ICHA 4G3IA 3C23A 4QWDA 3EWAA 2XCPA 2J6TA 3SV4A 3ZDEA 4PGYA 4I28A 4DWIA 5KFIA 4RNNA 5IIOA 1DOQA 4DSEA 3T5HA 1LB2B 1D9FA 8ICVA 4QZGA 4I2BA 1S0VA 3V72A 4YR3A 1TAQA 3UXNA 3KHRA 5KFRA 2ATLA 2AGOA 2KZZA 2JEGA 1ZQAA 1COOA 3MBYA 3GILA 5IILA 4QZCA 4I29A 2HVIA 2W9BA 1S76D 1Z3EB 4EZ9A 4QZ8A 7ICRA 4UBCA 3BQ0A 4DSKA 4ECVA 1ZYQA 9ICLA 3OJUA 3TFSA 3RJGA 3MR3A 4DFPA 7ICIA 1QSLA 2HHTA 4FBUA 1ZQHA 1NOMA 5KFUA 3M8SA 5J0PA 2A1JB 2F1HA 3HX0A 1U4BA 1L5UA 4JWNA 4YXJA 3LWMA 3TAQA 2BKEA 5KTQA 3RB0A 5EOZA 5J29A 3C2LA 4YN4A 4ED2A 2HVHA 4P4MA 1MC8A 5F9LA 1SL1A 7ICEA 4PHAA 5KFNA 4R63A 1KTQA 4TUPA 4ECRA 7ICKA 3EW9A 5F9NA 4J9QA 4PPXA 5DB7A 3ORYA 4RPXA 2UVRA 2NRVA 3T5JA 8ICXA 5DQHA 1XU4A 2AQ0A 8ICRA 5C5JA 1JXEA 2FLPA 1DGSA 4I2JA 1ZETA 4FBTA 4QZIA 4GLXA 4PHPA 4YR0A 5J0UA 1SKRA 4UB5A 3TFRA 5KG7A 3ISBA 1NJWA 9ICNA 4QW8A 5KFMA 3Q8RB 3ZD9A 8ICOA 2ZJAA 5KFDA 4C8OA 8ICIA 2W9MA 2V4QA 8ICNA 1MSWD 2GWSA 4QWEA 3MR2A 5HP4A 1BPYA 4UAYA 4M9JA 2AJQA 7ICUA 4BWJA 4IRDA 4Z6CA 3GIJA 3EYZA 8ICZA 9ICGA 4XRHA 4R8UB 5KFFA 2NRZA 4YQWA 4F5OA 3SI8A 5KG3A 1RYRA 2R8JA 3H8WA 4K4IA 4GC7A 8ICGA 5KG0A 5D4BA 2F1IA 1CUKA 3NTUA 3RB6A 4LZGA 3HT3A 1ZQXA 3ISCA 3PW4A 4YMOA 1ZQPA 3MDAA 4IQUA 1PZNA 8ICWA 3GIIA 1XS9D 3B0XA 9ICJA 4NM1A 2KZMA 3BJYA 2UVUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CFAA 1UA0A 2BANA 4H4MA 5M1QA 2BQUA 3VQQA 4F4KA 3NE6A 2DY4A 3NVWA 3F2CA 5LL6Z 1IBKK 1T3VA 2UUBK 2WC9A 1RT1A 1RXWA 3ISDA 3SK3A 5BREA 1IG9A 3E58A 4Y1DA 4UB3A 4JB3A 2UVVA 1QHAA 5J0RA 4WQ5C 4F9OA 4YORA 3AVNA 3DOKA 2ZIUB 2K89A 3O0FA 4F91B 5ALOA 7ICGA 3WKAA 3LDNA 4BQLA 5CHIA 5KL1B 1VQMN 2HMIA 3AVJA 2O8FA 3AA3A 5J2AA 4JWMA 4HYKA 2VQFK 3B6PA 4R79A 3WK9A 4EENA 5DGAA 4KH5A 5KPTA 3V9UA 2F76X 3CI5A 2GLEA 1ZQZA 1GLDG 2KIWA 3MX5A 2FBXA 1RDDA 3NFAA 1DTTA 3SYZA 4NO7A 3ZT4A 2XI9A 3QU5A 4HVJA 5AQWA 2E1FA 3VESA 3LDQA 5KGXA 3EPIA 3KK2A 4WF9L 1MQ2A 1LCUA 4M2YA 3HL8A 2W9CB 1S1WA 2KHVA 4M3TA 1AROP 5DG8A 3R9PA 1S0NA 3OA9A 4DQIA 1YI2N 2RE2A 2WONA 7ICHA 2F1JA 5AK3A 3L3FX 5AM4A 4BE2A 4UW9A 3FC4A 4HCCA 3V7JA 3WXLA 4I2GA 4QZHA 8ICFA 5CE3A 3ZSXA 2KSOA 4J8FA 4NJ8A 3V6KA 1W0HA 2E5LK 3KFUF 1NJZA 4B9MA 3OYIA 3N7SC 5ALIA 4LF7K 3SQIA 3WK6A 3UQ2A 4E7LA 1S6PA 4DQ8A 1C1BA 5KFBA 4KX3A 2F8TA 3AMZA 3HW8A 4NV0A 3EPGA 2NZTA 3QUCA 1XHZA 4JKBA 4DLGA 1Z25A 1NKCA 5AI4A 1Z00B 4UBBA 4FFDA 3RMDA 1GLJO 4KHNA 2XHBA 3EZ5A 3JAMO 2YHXA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3MFI A;  1UA0 A;  5KFO A;  2AGP A;  2BQU A;  1ZQJ A;  4NLZ A;  4F4K A;  1ZQW A;  3C1Y A;  4NLN A;  2ALZ A;  5L9X A;  4Q45 A;  4O3P A;  4DQQ A;  4DFJ A;  1RXW A;  5J2J A;  3ISD A;  1NKB A;  4UB3 A;  3PY8 A;  2BQR A;  2UVV A;  5J0R A;  2ZTE A;  3Q8L A;  4O3S A;  4R64 A;  5CWR A;  3RJF A;  4E0D A;  3IM1 A;  2BQ3 A;  5KFW A;  4F91 B;  4ED8 A;  1ZQU A;  5IIK A;  4TUS A;  7ICG A;  4Q8F A;  4J9R A;  4F4W A;  2PFN A;  3PNC A;  5J2A A;  4JWM A;  2JZB B;  4HYK A;  3AU6 A;  5CA7 A;  1XC9 A;  1A76 A;  5DGA A;  1KFT A;  3KTQ A;  1ZQI A;  1ZQC A;  1BPE A;  1ZQZ A;  4RT3 A;  4BWM A;  4B9T A;  4IRC A;  1S0M A;  4Q43 A;  2I9G A;  9ICI A;  3JPN A;  3SYZ A;  5EWF A;  2KN7 A;  9ICF A;  5DG9 A;  4R66 A;  3EPI A;  5KG2 A;  2HHV A;  1MQ2 A;  3PW5 A;  3UXP A;  4YMM A;  2W9C B;  2ZTD A;  1ZQN A;  4M2Y A;  4BDP A;  3LK9 A;  2W8K A;  1ARO P;  5DG8 A;  1S0N A;  9ICT A;  4DQI A;  5D46 A;  4KLI A;  3GV7 B;  3THV A;  1T3N A;  5CB1 A;  1NK4 A;  7ICM A;  5J0W A;  3RR8 A;  7ICH A;  2F1J A;  4GXI A;  5CJ7 A;  2BPG A;  1BPZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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