2NRTA

Crystal structure of the c-terminal half of uvrc
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
217
structure length
217
Chain Sequence
GLRKEALEELMKLLNMKDFPYRIEGIDISHLQGKYTVASLVVFEDGFPKKGDYRRYKIEQDHPDDYESIRTVVKRRYSKHPLPNLLFVDGGIGQVNAAIEALKEIGKDCPVVGLAKKEETVVFENREIHLPHDHPVLRLLVQIRDETHRFAVSYHRKRREKESLRSVLDNVPGIGPIRKKKLIEHFGSLENIRSASLEEIARVIGSTEIARRVLDIL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of the C-terminal half of UvrC reveals an RNase H endonuclease domain with an Argonaute-like catalytic triad.
pubmed doi rcsb
molecule keywords UvrABC system protein C
molecule tags Hydrolase
source organism Thermotoga maritima
total genus 79
structure length 217
sequence length 217
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-11-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08459 UvrC_HhH_N UvrC Helix-hairpin-helix N-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.20 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain 2nrtA02
3.30.420.340 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2nrtA01
5J2CA 3OHAA 3QZ7A 1XU4A 5KFIA 2W9CA 1BPYA 5DBCA 4M9NA 5CP2A 4M9JA 9ICRA 3KHRA 4EZ6A 4KLSA 4TURA 4UBCA 7ICRA 4F4XA 1HJPA 3N97B 4B9TA 3MR2A 5DLFA 1NK5A 5DBBA 1ZQJA 4RPZA 5J0RA 4K4IA 4ED8A 9ICHA 3RB6A 2FPLA 1X2IA 4F5RA 1ZQZA 1SKWA 3M9OB 1KDHA 3ZDBA 4P4OA 3GIIA 9ICSA 2FLNA 3C23A 4QZGA 4F8RA 4Z6DA 2ASLA 1BVSA 1U49A 2PFNA 3IM1A 4TUQA 4Z6FA 1ZQXA 2C2DA 4NM1A 9ICNA 2FMSA 3C65A 5J0SA 1ZQAA 4QWBA 3MABA 4TQRA 4DOAA 1L5UA 4KLIA 4F2RA 4EBEA 3C2LA 4DQSA 4YQWA 5IIKA 5KFSA 4MF2A 4KLEA 5KG4A 3N4MB 3PO4A 1KTQA 1S0MA 2BPFA 2R8KA 1JX4A 4K4GA 4KLMA 4YG2A 1QLNA 1X9WA 1JN3A 4DSKA 4JV1A 3Q8RB 3GV8B 3TI0A 4XA5A 3RAXA 4IR1A 2UVRA 5BPCA 4DQRA 4RT3A 2HHVA 4DSLA 1DOQA 1TKDA 2DPIA 4YD2A 1QSSA 8ICRA 7ICNA 3PR5B 3OSNA 2HVHA 3V6KA 4R64A 5CJ7A 3GV7B 3RJHA 3HP6A 4I2GA 4K4HA 1BPEA 3T3FA 3Q8PB 4DSEA 1U45A 2BCUA 2PI4A 4KN4A 3JPQA 4NLZA 1ZQHA 3QEAZ 4DSJA 1CEZA 4PGYA 5J2EA 5KT6A 1WCNA 4Z6CA 3TQ1A 4DQIA 2IBKA 3PNCA 2C28A 3Q8QB 5DDYA 4YN4A 4EYIB 1ZQTA 2AJQA 1ZJMA 4RNOA 8ICJA 4UB1A 3BDPA 1UT5A 1S77D 2XO7A 4DF4A 4ECYA 3EPIA 4BDPA 7ICPA 2ATLA 5HP4A 3PW5A 4Q8EA 5L9XA 4Q44A 1EXNA 1ZJNA 1WCLA 2BPCA 1KRPA 2W9CB 3MDCA 4ED2A 4PPXA 5KFUA 4YMMA 4DL5A 4DLGA 4KLOA 1V9PA 3B0XA 3MR5A 3H40A 4ECQA 4KITB 1SKSA 5F9LA 4I2DA 4DS5A 2FPMA 4IQWA 2IMWP 4PHPA 1S9FA 1K1SA 4XUSA 3LK9A 3RH4A 9ICEA 4PHDA 3T5JA 1XS9D 9ICBA 3ZD8A 4O5KA 2HHWA 3GIMA 8ICHA 4IQVA 1NKCA 2GWSA 4I2BA 4IRKA 5DG9A 3BQTA 2ZJAA 4RQ5A 5HMMA 3ISBA 1B22A 4QZAA 1XSLA 2BCSA 1TK5A 4O3QA 2JEGA 1XO1A 1MQ2A 4QZDA 8ICNA 1L3SA 5D4BA 4F93B 2J6TA 3ETLA 4DL6A 5J2AA 2ISOA 4IRDA 2WTFA 1IXRA 2JEFA 4O0IA 2NRTA 3V7JA 1XSNA 4DL7A 2DFLA 1B43A 5KG1A 4KLDA 5KFRA 2VA8A 2BCQA 3C1YA 4FS1A 2BCRA 1A77A 3JPNA 4I2FA 2BQ3A 1X9MA 4J9LA 4B9UA 1L3TA 5KFEA 2BDPA 3PO5A 1S76D 3GIKA 1JXEA 3H4BA 8ICMA 2KFZA 2HHXA 7ICLA 3T5KA 4F50A 4PHEA 4B9LA 2Y1IA 9ICIA 2F1HA 2UVWA 2HW3A 4M6WB 1X9SA 4QZCA 4FBUA 2PI5A 7ICJA 4YR3A 4F5QA 3HPOA 8ICBA 1T3NA 4BWMA 1A76A 5J0PA 1RXVA 3RJEA 1ZQYA 5KFQA 9ICWA 4RUCA 1XWLA 9ICCA 4TUPA 4BWJA 2ZUBA 4MF8A 4ED3A 2OWOA 4C8OA 9ICMA 3NTUA 3ISCA 7ICIA 4DL2A 2NRVA 3PV8A 4KLTA 3OSPA 3C21A 2P6RA 2C22A 9ICAA 3V7KA 1ZQIA 1COOA 4UB3A 1N56A 4ECXA 1L3UA 1D8YA 1NK4A 3JPRA 1ZQFA 2BQRA 1TAQA 2V4RA 1ZQCA 3AU6A 1ZQVA 3FYHA 3AUOA 5TZVA 3LDAA 4M04A 5C5JA 5CWRA 4QW8A 4O3PA 4QZFA 4QZ8A 2ALZA 5CA7A 4RNMA 4NY8A 5F9NA 1MSWD 4E0DA 5KG0A 4EBCA 2V4QA 3FDSA 1UT8A 2BKEA 1TK0A 8ICTA 5KTQA 5L1LA 5IIOA 1ZETA 3K75D 7ICFA 2W8KA 4ECWA 1UA0A 1HUZA 2JEJA 4YR2A 2BQUA 4QWCA 3RH6A 1K1QA 4JV0A 1ZQRA 3SZ2A 3JPPA 3E2EA 3RAQA 5KFYA 3LWLA 1RPLA 2IHNA 3RJKA 8ICQA 8ICFA 2KFNA 4O3RA 2MUTB 3IHQB 4EEYA 2P6UA 2C2EA 3B0YA 1ZQNA 4F2SA 3GIJA 3GFKB 5IIJA 4PGXA 5IIMA 2BGWA 4YMOA 5KFPA 1XSPA 1NJYA 1ZQDA 3TFRA 1BPBA 2ZTCA 3C2KA 7ICUA 4UB5A 5DDMA 4RQ2A 2FPKA 3NGDA 3KHLA 3V7LA 4NLGA 3RBDA 2VANA 4I2IA 4ED1A 3EZ5A 2XY7A 5KT3A 4NLKA 8ICCA 3ZD9A 4JWNA 2FLLA 3C1ZA 3H8WA 3SV4A 7ICMA 4J9SA 3MFIA 2M9NA 5KFOA 4JK1A 5J0TA 4DWIA 2HVIA 4PGQA 3PW4A 3MR6A 2UVVA 4M6WA 1Y88A 4F92B 5KFCA 8ICPA 1NOMA 1IM4A 3GILA 1KEJA 1C7YA 1DGSA 5KFFA 3ZDAA 4I2CA 2HHSA 5KFZA 1NK6A 1BGXT 7ICOA 3UQ2A 5KFTA 5EWGA 4YFKA 3H8SA 5KFNA 2FLPA 3PW7A 2PFOA 3PW0A 2UVUA 5DB6A 1ZQUA 1XC9A 5J2KA 1NKBA 3RR7A 2F1JA 4UB4A 1S0NA 2Q0ZX 3JPTA 3PW2A 3SYZA 4KN7A 4KLFA 3GQCA 2HHQA 4RQ3A 3EWAA 4IQUA 4J9NA 4I29A 2XCAA 4RT2A 3OJSA 4QZBA 5J0OA 4QWAA 3M9MB 3BQ2A 2C2RA 3HWTA 4ED0A 3KTQA 9ICGA 3T5HA 4RU9A 3H7IA 4UB2A 8ICEA 9ICPA 1KFSA 4YP3A 3C5FA 5L1JA 5KFGA 4KLGA 1PZNA 2NRXA 3HT3A 5J2JA 8ICAA 3Q8MA 5DG7A 3MDAA 3MBYA 9ICJA 4RPYA 5J2IA 2XY5A 4GC7A 5KFDA 3ORYA 5J0QA 3QEBZ 5KG2A 2AGQA 2XCPA 4DEZA 1SZPA 3H4DA 2Y1JA 1NK8A 3V6JA 2J6SA 4F5OA 2MUTA 4ELUA 4PHAA 4ECVA 2PFPA 1KFDA 3C5GA 2F1IA 2W9MA 3UXNA 3BQ0A 2PFQA 7ICTA 1S0VA 2NRWA 4ELVA 4EZ9A 4F5NA 1ZQGA 4DOBA 4DO9A 1UA1A 2KZZA 3V72A 4YXJA 5J2FA 3RB4A 3UQ0A 1SL2A 9ICOA 1S97A 1BPXA 1BPZA 5L1IA 4IQTA 3PX4A 1RXWA 4B9VA 4O3NA 4CCHA 4F4WA 4RQ6A 2ASJA 4YD1A 2ISPA 5J0XA 5DGAA 4ED7A 1T8EA 4B9NA 4M47A 4RZRA 1U47A 4P4PA 4I2AA 2AGPA 4J9OA 1S0OA 1H38A 3GV5B 7ICGA 7ICQA 4RQ0A 4KMUA 4TUSA 4M9GA 4R63A 8ICYA 3T5LA 1T7PA 4YCXA 4G3IA 4KLLA 5J29A 8ICSA 2XY6A 2H5XA 4ZH4A 4LVSA 4PH5A 5KT2A 3M8SA 3RRHA 4TQSA 1SKRA 3RRGA 3HX0A 3LWMA 3V6HA 5EWEA 8ICWA 1TFRA 4NM2A 3EYZA 4DFKA 3OJUA 4O3SA 4DQQA 1SL0A 4I2HA 3SI8A 5KFJA 2ZJ5A 5DGBA 4DFMA 5HHHA 5KFMA 2XC9A 4J9PA 1ZQQA 5EWFA 4MFAA 2ASDA 4JV2A 4O5CA 3RTVA 3EPGA 5J2HA 1MC8A 3SV3A 8ICGA 4EBDA 3ISDA 3PMNA 3G6XA 3G6YA 4C8NA 4YVZA 4DFPA 3MGHA 3UPQA 4MEYA 4XQ8A 5IILA 4M9HA 5DKWA 1T4GA 4GXJA 9ICUA 5J2GA 2J6UA 3ZDEA 3AU2A 4UAWA 4GC6A 1KFTA 5KG7A 4ECTA 4X5VA 1KLNA 2ZTEA 3RB3A 2XGQA 2R8HA 3RB0A 4O3OA 4DL4A 4I28A 1S10A 3KHHA 3RH5A 2KZMA 4UAZA 5JUMA 9ICQA 4MEXA 1JIHA 3PX6A 9ICXA 2RDIA 5EOZA 4RQ8A 2BCVA 5DLGA 5J0YA 5D49A 4R65A 2W9AA 4NLNA 4DFJA 7ICEA 4RQ7A 4QW9A 4R8UB 2JZBB 3PR4A 5HMLA 4MFCA 2KZ3A 3UXOA 3QZ8A 1NJWA 3M9NB 1KSPA 2ZTDA 3Q8SB 4M0AA 4RPXA 3TARA 1ZQSA 4FBTA 4DSFA 3RJGA 1RYSA 4LZDA 3EW9A 8ICUA 2P66A 4JWMA 1D9DA 2BPGA 1ZQEA 5DBAA 1RYRA 3RJIA 2MAXA 3PMLA 1QSYA 2R8JA 8ICVA 2FMPA 7ICHA 5KT7A 2A1JB 3H8JA 5KFKA 4J9KA 4GXKA 9ICTA 1NK0A 1MQ3A 5DQIA 4ECRA 2I9GA 4YXMA 4DLEA 5CHGA 2BHNA 2W9BA 8ICOA 4DQPA 4GXIA 4IR9A 4J9QA 2ZUCA 3RJFA 4F3OA 4P4MA 2VA3A 2NRRA 1CUKA 4F91B 4P2HA 1LB2B 9ICFA 3UXPA 4HYKA 1NKEA 4F4KA 4ECZA 2AQ4A 3GDXA 1TAUA 4UQGA 2VA2A 4KTQA 1BPDA 5IIIA 4EYHB 3PY8A 4BXOA 1ZQOA 3RBEA 4C8MA 1D9FA 3PVXA 5KG5A 3Q8LA 2HHTA 1TVAA 1Z00B 4R66A 4FO6A 4KLJA 2KTQA 4C8KA 1ZQWA 2LYHA 5DG8A 1U4BA 2ZUDA 3RJJA 4O9MA 4UBBA 2R8GA 3ZDDA 3TANA 1QSLA 1NJXA 4QZEA 4DL3A 9ICKA 3G6VA 1ZQLA 4QWDA 3HW8A 4O5EA 9ICLA 2AGOA 5DB7A 1RZTA 2B21A 2NRZA 1JMSA 5KFVA 4ECSA 4I27A 4Z6EA 4QZIA 4RQ1A 3JPSA 5L1KA 3BQ1A 5KFAA 3MR3A 4IRCA 3TAPA 4F5PA 2PXIA 1HUOA 4MFFA 4J9RA 5DB9A 4DS4A 5BOMA 5KG3A 4B9MA 1AROP 2RDJA 5KT4A 3TFSA 1ZQBA 4Q45A 4C8LA 2JEIA 2R8IA 4BGDA 4R8UA 5HNKA 3MGIA 3C2MA 3Q8KA 1U48A 2JZBA 5DB8A 4F4ZA 5CB1A 4GLXA 5IINA 2XGPA 5CR0A 5HHIA 3THVA 3RR8A 2I1QA 3M8RA 4QWEA 5DQHA 4RNNA 3MFHA 5KT5A 3PX0A 4XRHA 4JUZA 4RQ4A 4KLQA 4NXZA 3KHGA 2ZJ8A 9ICVA 4J9MA 2IA6A 2HHUA 5D46A 7ICKA 1NJZA 5J0WA 3K4GA 1TK8A 8ICXA 2A1JA 7ICSA 3BJYA 3TAQA 4DOCA 2AQ0A 5KFXA 4M2YA 2BR0A 1QTMA 4Q8FA 4ED6A 1D8LA 3QE9Y 4KLHA 2W8LA 2AU0A 5BOLA 1ZQMA 2V9WA 2W9BB 4M9LA 1ZYQA 5J2DA 8ICIA 3JPOA 4QZ9A 3OHBA 4B9SA 1L3VA 4LZGA 1NK7A 5KFHA 1ZQPA 1ZQKA 1Z3EB 3OGUA 1LV5A 1JXLA 4I2JA 4QZHA 4Q43A 2KN7A 4KLUA 5J0UA 1SL1A 1U9LA 4ECUA 1NK9A 5KFWA 4F4YA 1TV9A 1N48A 8ICZA 4I2EA 4DF8A 4BXOB 8ICLA 4DSIA 4YMNA 4RUAA 8ICKA 7ICVA 5KG6A 2IHMA 4UAYA 5DQGA 1Z00A 2FMQA 2DPJA 3ZDCA 5J2BA 4ELTA 4FS2A 5KFLA 4YR0A 5KFBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3QZ7A 4GMJB 1WWUA 1EWRA 5KFIA 1BPYA 4ISGA 2W6LA 3KHRA 3V9ZA 4KLSA 4DR4K 1PVQA 1NGAA 7ICRA 2JHDA 4UBCA 2EZXA 4C4SA 2QARA 5DLFA 1NK5A 5DBBA 4ZOHC 4GY2B 3M7DA 5AQWA 9ICHA 4FZXC 1DTQA 1L7OA 1Q81O 2QTDA 2FPLA 2QB0A 4F5RA 1SKWA 1JLFA 3ZDBA 4H4OA 3VQ9A 4FXDA 3QB0A 4IG3A 4FZNA 4F8RA 4CK2A 1O08A 2E8NA 4Z6DA 3H1QA 3W0LA 5C42A 4B3SK 5E26A 3CW2C 2ASOA 4TUQA 4Z6FA 1Z4OA 2C2DA 4NM1A 1CXUA 5KL1B 3NDKA 4IFVA 4Z4IA 3J7AP 1T3QA 2E1YA 3C65A 1CXQA 1ZQAA 2P9NB 4DOAA 2GX9A 4DR7K 4KLIA 4USAA 3QU9A 5AK4A 4CJLA 2O8BA 2DFHA 3PO4A 1PK1A 2D1KA 1KTQA 2CPRA 9ICNA 5AQXA 5K4LA 1QLNA 4YG2A 1X9WA 3CG7A 5BPLA 1HMVA 4FWQA 3UKUB 3L2RA 3TI0A 4XA5A 3RAXA 4IR1A 3AVKA 4BRHA 1J53A 3LYSA 2E6MA 1XMOK 4GV9A 2E20A 2HHVA 2HHHK 1DOQA 4I9QA 1QSSA 8ICRA 5AQOA 2QA4N 2VQEK 2LM1A 3V6KA 4DR2K 3RJHA 3O80A 1BPEA 2BCUA 3Q8PB 3SLCA 2PYJA 4Y2QA 5GINA 2W3SA 1VAZA 4A5AA 3JYTA 2O8EB 4PGYA 5J2EA 1J54A 3DI6A 4CF8A 4UAUA 4Z6CA 1H1VA 1LOTB 2YI1A 4M3XA 3J80O 4I6MA 5DDYA 1IBLK 2QWRA 1ZJMA 4RNOA 2P9SA 8ICJA 2IVOA 4H5NA 7ICPA 4M7XA 2HOQA 2OM6A 3SK3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5J2C A;  3OHA A;  3QZ7 A;  1XU4 A;  5KFI A;  2W9C A;  1BPY A;  5DBC A;  4M9N A;  5CP2 A;  4M9J A;  9ICR A;  3KHR A;  4EZ6 A;  4KLS A;  4TUR A;  4UBC A;  7ICR A;  4F4X A;  1HJP A;  3N97 B;  4B9T A;  3MR2 A;  5DLF A;  1NK5 A;  5DBB A;  1ZQJ A;  4RPZ A;  5J0R A;  4K4I A;  4ED8 A;  9ICH A;  3RB6 A;  2FPL A;  1X2I A;  4F5R A;  1ZQZ A;  1SKW A;  3M9O B;  1KDH A;  3ZDB A;  4P4O A;  3GII A;  9ICS A;  2FLN A;  3C23 A;  4QZG A;  4F8R A;  4Z6D A;  2ASL A;  1BVS A;  1U49 A;  2PFN A;  3IM1 A;  4TUQ A;  4Z6F A;  1ZQX A;  2C2D A;  4NM1 A;  9ICN A;  2FMS A;  3C65 A;  5J0S A;  1ZQA A;  4QWB A;  3MAB A;  4TQR A;  4DOA A;  1L5U A;  4KLI A;  4F2R A;  4EBE A;  3C2L A;  4DQS A;  4YQW A;  5IIK A;  5KFS A;  4MF2 A;  4KLE A;  5KG4 A;  3N4M B;  3PO4 A;  1KTQ A;  1S0M A;  2BPF A;  2R8K A;  1JX4 A;  4K4G A;  4KLM A;  4YG2 A;  1QLN A;  1X9W A;  1JN3 A;  4DSK A;  4JV1 A;  3Q8R B;  3GV8 B;  3TI0 A;  4XA5 A;  3RAX A;  4IR1 A;  2UVR A;  5BPC A;  4DQR A;  4RT3 A;  2HHV A;  4DSL A;  1DOQ A;  1TKD A;  2DPI A;  4YD2 A;  1QSS A; 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 3JPS A;  5L1K A;  3BQ1 A;  5KFA A;  3MR3 A;  4IRC A;  3TAP A;  4F5P A;  2PXI A;  1HUO A;  4MFF A;  4J9R A;  5DB9 A;  4DS4 A;  5BOM A;  5KG3 A;  4B9M A;  1ARO P;  2RDJ A;  5KT4 A;  3TFS A;  1ZQB A;  4Q45 A;  4C8L A;  2JEI A;  2R8I A;  4BGD A;  4R8U A;  5HNK A;  3MGI A;  3C2M A;  3Q8K A;  1U48 A;  2JZB A;  5DB8 A;  4F4Z A;  5CB1 A;  4GLX A;  5IIN A;  2XGP A;  5CR0 A;  5HHI A;  3THV A;  3RR8 A;  2I1Q A;  3M8R A;  4QWE A;  5DQH A;  4RNN A;  3MFH A;  5KT5 A;  3PX0 A;  4XRH A;  4JUZ A;  4RQ4 A;  4KLQ A;  4NXZ A;  3KHG A;  2ZJ8 A;  9ICV A;  4J9M A;  2IA6 A;  2HHU A;  5D46 A;  7ICK A;  1NJZ A;  5J0W A;  3K4G A;  1TK8 A;  8ICX A;  2A1J A;  7ICS A;  3BJY A;  3TAQ A;  4DOC A;  2AQ0 A;  5KFX A;  4M2Y A;  2BR0 A;  1QTM A;  4Q8F A;  4ED6 A;  1D8L A;  3QE9 Y;  4KLH A;  2W8L A;  2AU0 A;  5BOL A;  1ZQM A;  2V9W A;  2W9B B;  4M9L A;  1ZYQ A;  5J2D A;  8ICI A;  3JPO A;  4QZ9 A;  3OHB A;  4B9S A;  1L3V A;  4LZG A;  1NK7 A;  5KFH A;  1ZQP A;  1ZQK A;  1Z3E B;  3OGU A;  1LV5 A;  1JXL A;  4I2J A;  4QZH A;  4Q43 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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