2NRVA

Crystal structure of the c-terminal half of uvrc
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
218
structure length
218
Chain Sequence
RGLRKEALEELMKLLNMKDFPYRIEGIDISHLQGKYTVASLVVFEDGFPKKGDYRRYKIEQDHPDDYESIRTVVKRRYSKHPLPNLLFVDGGIGQVNAAIEALKEIGKDCPVVGLAKKEETVVFENREIHLPHDHPVLRLLVQIRDETHRFAVSYHRKRREKESLRSVLDNVPGIGPIRKKKLIEHFGSLENIRSASLEEIARVIGSTEIARRVLDIL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of the C-terminal half of UvrC reveals an RNase H endonuclease domain with an Argonaute-like catalytic triad.
pubmed doi rcsb
molecule keywords UvrABC system protein C
molecule tags Hydrolase
source organism Thermotoga maritima
total genus 75
structure length 218
sequence length 218
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-11-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08459 UvrC_HhH_N UvrC Helix-hairpin-helix N-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.20 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain 2nrvA02
3.30.420.340 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2nrvA01
1NK4A 5HNKA 4FO6A 4YD2A 1U9LA 4I28A 9ICVA 3G6XA 1QSLA 3SYZA 4M9LA 2C28A 2IA6A 4YMMA 3MR3A 4M9HA 4KLEA 4KLTA 2MAXA 5KFAA 3ZD9A 3KHLA 2ASDA 1ZQAA 4ECTA 2VA8A 1BPXA 3LK9A 2ZTEA 5L1LA 1U4BA 3RB4A 1QLNA 3MR2A 4KITB 1MC8A 4FS2A 4RNNA 2RDIA 2XO7A 4FBUA 3H4DA 5CP2A 4ZH4A 4RQ8A 1CEZA 9ICTA 2OWOA 1XO1A 2JZBB 4DOCA 5J0YA 4J9LA 3B0YA 4YXMA 2W8LA 3RJKA 7ICGA 3PW5A 4F4ZA 2HVIA 1XC9A 2PFOA 4I29A 5IIIA 3BQ0A 9ICGA 5CHGA 2F1JA 1QSSA 1ZQYA 3MBYA 4MFFA 4DO9A 1MSWD 2A1JA 3MDCA 1V9PA 3GIJA 1NK6A 4G3IA 5DGBA 2BQ3A 2BCRA 2PI4A 2KZZA 3RR7A 5KG5A 2UVRA 8ICWA 5KFOA 3ISBA 4JV0A 4ELUA 3QE9Y 2W9BA 4PHAA 2XY5A 3BJYA 2UVUA 1L3SA 1KSPA 1U45A 4MEXA 3C5FA 4J9MA 3QZ7A 4KN7A 2HHQA 1KFTA 1Z00B 7ICEA 1WCNA 1L3TA 9ICXA 5KFVA 5J0PA 1XSNA 5KFTA 3EPGA 4JWNA 5J0RA 1L3UA 3Q8QB 1XWLA 4B9VA 1ZQWA 2JEIA 1TAUA 1DOQA 5KFQA 5HHHA 1ZYQA 3JPOA 4YFKA 2BPGA 2FPLA 2H5XA 1RYSA 3M9MB 5HMLA 3RB3A 1KDHA 4DWIA 3OJUA 2JEGA 3ETLA 4UAWA 4B9UA 5IIJA 5J29A 3V6HA 3Q8MA 4M9NA 2BKEA 4MF2A 5BPCA 1ZQFA 1BPEA 4MEYA 5KT5A 9ICPA 3PW7A 3FDSA 4Q8FA 2ISPA 8ICVA 8ICKA 3C1ZA 4LVSA 4YR3A 5D46A 5KFUA 4F92B 4DQIA 4O3OA 5EWGA 4PGYA 1TK0A 1PZNA 3HT3A 3JPPA 4IR9A 3OHAA 9ICJA 4F5OA 3ISCA 4QWDA 5CA7A 4I2FA 3K75D 2VA2A 2BHNA 4I2GA 3SV4A 4M9JA 4RPXA 3N4MB 3Q8RB 2GWSA 3GV5B 4B9TA 4CCHA 4MFCA 8ICMA 4PHDA 9ICAA 8ICCA 3K4GA 4C8NA 4TUPA 4LZDA 4O3QA 4PGXA 4DF8A 1TFRA 2B21A 4Z6CA 3T5HA 3ZDAA 9ICLA 4ED8A 2MUTB 1ZQTA 4UB5A 3E2EA 4TQSA 5J2JA 2R8HA 4DS5A 4PHPA 4R8UB 4QWEA 3OSPA 1NK5A 1ZQXA 1NK0A 8ICFA 5KFGA 4I2JA 5DGAA 3BDPA 1SKSA 1S0NA 9ICQA 5J0QA 1ZQIA 2IBKA 4XQ8A 5KFZA 4I2BA 1XS9D 5KG6A 4ECRA 3PW0A 3C1YA 5DG9A 2BCSA 3ZDDA 4F5RA 3RJJA 1T7PA 3HP6A 2HHUA 4UB2A 3PV8A 2PFQA 3HW8A 3V7JA 2NRVA 1ZQCA 4EBCA 3RJEA 3RRHA 4B9LA 3LDAA 5KG3A 1RPLA 3PO4A 2Y1IA 4QZEA 4UB4A 2WTFA 1SL1A 4F3OA 9ICBA 9ICHA 1UA0A 2R8IA 1LB2B 1ZQDA 9ICEA 9ICNA 4IRDA 2W9CA 4F4WA 4GXJA 2ALZA 1D8LA 4B9MA 1HUZA 2NRRA 3ZDBA 7ICLA 4RQ6A 3H8WA 5KFLA 1ZQOA 1NKBA 3BQTA 4Q43A 3RH4A 5KFHA 5BOMA 2IHMA 4KLSA 3SZ2A 4YCXA 2AJQA 8ICGA 3ZD8A 1NKCA 4B9NA 3RAQA 1UT5A 4ELVA 4KTQA 4M47A 2AQ0A 2DPJA 4F93B 1XSLA 8ICLA 9ICRA 1BPDA 4P4PA 3TFSA 5DG7A 4ECWA 1X9MA 3RJIA 4RQ1A 2FPKA 4XA5A 3JPNA 1TK5A 4ELTA 5KT3A 2BPFA 4KLUA 1S10A 4DQSA 2XGQA 4DFKA 4ED2A 2R8KA 1N56A 1NJXA 3QEAZ 1ZQGA 5KG4A 5J0TA 2FMSA 4YXJA 1NK8A 4NM1A 5J2KA 2V9WA 1KRPA 2KZMA 4R66A 1JIHA 2C2RA 4O5EA 3NTUA 4ECQA 4YR2A 4DS4A 3Q8LA 1BPYA 5KFKA 2XCPA 1TAQA 2R8JA 2I9GA 3PNCA 2AU0A 1NJZA 5L1JA 2BDPA 4FBTA 2HW3A 7ICQA 4O9MA 4GLXA 4YMOA 7ICHA 5DLGA 5HMMA 2VA3A 2AGOA 4BXOA 5KT6A 1UA1A 3MR5A 3LWMA 1ZQRA 4Z6EA 4K4GA 5KFYA 8ICQA 2JZBA 3GFKB 4IQUA 2KZ3A 5KFIA 5DBBA 5F9LA 3M9NB 1S0OA 2P66A 5J2CA 1ZJNA 5DB7A 8ICPA 4QZHA 3KHGA 4BDPA 4ECSA 1ZQSA 3OSNA 5IILA 2KTQA 1IXRA 1ZQHA 4NLGA 3OJSA 1XSPA 1S0VA 3IHQB 5KFXA 3RTVA 5D4BA 2C2DA 3Q8SB 2KN7A 5DDMA 4M6WA 1COOA 1ZQBA 3EPIA 4ECZA 7ICNA 3MFIA 2PXIA 4DEZA 5DB9A 1H38A 4DFMA 3Q8KA 5J2EA 5KFCA 2C2EA 1S97A 3KTQA 4PHEA 3RJHA 3UXPA 3RBDA 4PPXA 1ZQMA 3MDAA 1Z00A 5EWEA 4R65A 1SL2A 4BWMA 3BQ2A 5J0XA 4RUAA 5KFDA 3KHHA 4B9SA 3RJFA 2ZJAA 1EXNA 8ICTA 4I2IA 5KT2A 4BWJA 9ICIA 4I2AA 4RQ3A 4J9RA 4MF8A 2IMWP 8ICUA 2XC9A 4O3PA 3UQ2A 4IQWA 2NRWA 3GQCA 3G6VA 4DSFA 1JN3A 1S9FA 4C8MA 1U47A 2FLNA 3QZ8A 4C8LA 4QZCA 3KHRA 2BCQA 5J2DA 5F9NA 5J2GA 4F8RA 4QZIA 1A76A 4QW8A 1T8EA 2BQUA 3RR8A 2FLPA 3Q8PB 4YD1A 3GIKA 1ZQUA 3T5KA 5KFSA 4DQPA 2ZJ5A 5KFJA 4KN4A 5IINA 1NJWA 3RH6A 1L3VA 4Z6DA 5KG2A 4IQVA 1L5UA 4KLFA 1S77D 4F5NA 2ATLA 4O5KA 5HP4A 4X5VA 1N48A 3RBEA 3AU2A 2Q0ZX 2BQRA 4DSKA 3JPSA 1NK9A 3H7IA 1DGSA 3C2MA 1CUKA 1XU4A 4KLQA 1BPZA 4YR0A 1KTQA 4DFJA 4JWMA 4F4XA 4EBEA 7ICKA 3THVA 4ED6A 4RQ5A 5CR0A 1A77A 4RNOA 3BQ1A 4DLGA 4QZBA 4F5PA 4EYHB 3UXNA 4F4YA 1JXEA 5KFEA 2Y1JA 3PVXA 5KG1A 9ICKA 3M8RA 4KLIA 2MUTA 2PFNA 3GV7B 2LYHA 1RXWA 5EWFA 2V4RA 3HWTA 3PX4A 2J6UA 2J6SA 4EBDA 3H40A 1TVAA 4UAZA 4TUSA 4P2HA 2AQ4A 5J2HA 7ICIA 3EWAA 1D9DA 1D8YA 9ICWA 4JV2A 1UT8A 5KTQA 7ICJA 4RNMA 7ICMA 5KFBA 1D9FA 5DQIA 4DSIA 4J9NA 1ZQJA 1RYRA 3JPTA 4E0DA 5EOZA 5DBCA 5KFNA 4YQWA 3PMNA 4F50A 4J9PA 4QWAA 4QZFA 3T5LA 4I2DA 1NKEA 1MQ3A 1ZQVA 1TV9A 2W8KA 1Y88A 1K1QA 5J0WA 4DL2A 1ZQEA 3H8JA 2HHTA 3UQ0A 1HUOA 3T3FA 1ZQKA 3RRGA 4Q8EA 2HHVA 1K1SA 5KFMA 4RZRA 2C22A 1U48A 4DL6A 3QEBZ 4DSJA 1QSYA 3C2KA 4K4IA 2F1HA 2FLLA 3OHBA 4RQ7A 1KFDA 8ICSA 1S76D 4O3RA 5DDYA 3G6YA 3M9OB 3MGIA 4P4OA 1BGXT 1X2IA 1ZJMA 2HVHA 5KT7A 2ZUDA 4J9QA 3ORYA 4KLLA 3TAQA 3PR4A 8ICIA 4GXIA 2BCUA 5KFPA 3TANA 9ICSA 3MR6A 4ECYA 4M2YA 4RQ4A 5L1KA 3V6JA 5IIKA 3T5JA 3AUOA 1ZQQA 2W9MA 4YN4A 2AGQA 4I27A 1X9WA 5DQHA 2P6UA 5KT4A 3GDXA 2HHWA 5KFFA 7ICSA 2ZJ8A 4DFPA 2KFZA 5JUMA 4EYIB 4Q44A 5J2IA 3GILA 2JEJA 2A1JB 5TZVA 3AU6A 1ZQZA 2IHNA 4KLMA 4F91B 4UB3A 1ZQPA 3GIIA 2I1QA 4M0AA 4LZGA 4BXOB 3RB6A 1ZQNA 3PO5A 4M04A 2PFPA 4ECUA 1RZTA 4J9SA 1B22A 5DG8A 2W9BB 8ICEA 3N97B 2ZUBA 3ZDCA 3C21A 3MABA 4O0IA 5KFRA 4RU9A 3B0XA 4NLKA 4YG2A 4RT3A 4ECXA 2J6TA 9ICMA 4UBCA 1Z3EB 5D49A 5J2BA 4HYKA 5J0OA 3GV8B 4XUSA 5J2FA 1KFSA 5KG7A 7ICFA 3ZDEA 4QZ9A 2V4QA 2DFLA 3TQ1A 9ICOA 5CWRA 4QZAA 4R64A 2XGPA 3JPQA 4YVZA 3TAPA 2ASJA 5L9XA 1JXLA 5DB8A 1SKRA 4ED1A 4M6WB 4BGDA 4QZDA 3HX0A 2VANA 3MGHA 1ZQLA 3RJGA 2FMPA 4TURA 3JPRA 4DOAA 3PMLA 4F2RA 3UXOA 4F4KA 1WCLA 4JV1A 2FMQA 4PGQA 2ZTDA 3PX0A 4ED7A 1QTMA 2HHSA 1JX4A 3PW4A 4MFAA 4PH5A 3V7KA 3EYZA 2XY7A 5IIMA 3OGUA 4RT2A 4FS1A 4KMUA 2UVVA 1S0MA 4DSLA 4IRCA 4KLJA 4NY8A 4UBBA 1KLNA 3SV3A 4NLNA 2ZUCA 5DBAA 1AROP 5J2AA 2ZTCA 4TQRA 5DB6A 5HHIA 4I2HA 4UQGA 4IQTA 2R8GA 4KLDA 4NXZA 7ICPA 4ED3A 3SI8A 2XCAA 3TI0A 9ICCA 4KLOA 4GXKA 3PR5B 2P6RA 7ICUA 1T4GA 3C5GA 4QZGA 1TKDA 4RQ2A 3C2LA 3FYHA 4O3NA 3ISDA 3GIMA 4QW9A 4DSEA 4J9KA 3V6KA 2ASLA 4YMNA 4KLGA 1SKWA 7ICOA 4P4MA 4DQQA 3C65A 4DL5A 1C7YA 3V7LA 4O5CA 4DQRA 4DOBA 2FPMA 3PX6A 3TARA 2KFNA 4F5QA 5DQGA 4EZ6A 8ICRA 4DL4A 2ISOA 2PI5A 4NM2A 1ZETA 4UAYA 9ICFA 1MQ2A 1T3NA 1HJPA 3EZ5A 4EZ9A 3RH5A 1SL0A 4RPYA 2M9NA 8ICHA 4RQ0A 4XRHA 2AGPA 5DKWA 4O3SA 4ED0A 1RXVA 2BPCA 3TFRA 4K4HA 2BCVA 1IM4A 3IM1A 2HHXA 5BOLA 4J9OA 4F2SA 5KFWA 5J0UA 4R8UA 1TK8A 3M8SA 4JK1A 1NJYA 1LV5A 4KLHA 4I2EA 4M9GA 2UVWA 3LWLA 4DLEA 4NLZA 9ICUA 8ICJA 5L1IA 1JMSA 4DF4A 8ICAA 5IIOA 2RDJA 3NGDA 2W9CB 1SZPA 4JUZA 1NOMA 1BPBA 5CB1A 3PW2A 4GC6A 8ICYA 2JEFA 5J0SA 4RUCA 4DL3A 1X9SA 4QWCA 4C8KA 7ICTA 1B43A 1BVSA 1KEJA 1U49A 2NRXA 2XY6A 5KG0A 4C8OA 3PY8A 8ICXA 4Z6FA 8ICZA 3EW9A 2W9AA 3RAXA 5CJ7A 3HPOA 4IR1A 3RB0A 2BGWA 5DLFA 4QZ8A 7ICRA 4QWBA 7ICVA 3H4BA 8ICOA 2NRTA 4UB1A 2NRZA 2BR0A 3C23A 4RPZA 4DL7A 2DPIA 4TUQA 8ICBA 4ECVA 3UPQA 3H8SA 2F1IA 1NK7A 4EEYA 3MFHA 4Q45A 4I2CA 4GC7A 3V72A 4R63A 4YP3A 4IRKA 8ICNA 5C5JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4I28A 2D0CA 4YD2A 1ESVA 5AFUH 4M9HA 5ALHA 2E8OA 4KLEA 4KLTA 2MAXA 4GVMA 3OS1A 2ASDA 4CW7B 3LYSA 1KKXA 2FC0A 1QZ5A 2WBNA 4OD0A 3A0BU 4CEQA 3MR2A 3WUHA 1VQ9N 2XO7A 3OS2A 4FBUA 5HBMA 2ZIUA 5AQOA 5EX5A 5CP2A 4DG1A 4FJLA 1RILA 9ICTA 1C6VA 4YDUC 2EAMA 3SMVA 7ICGA 3B0YA 1B9DA 4EFHA 2HVIA 1XC9A 4JKDA 5F2RA 3VCBA 3M1FA 9ICGA 3AO2A 5CHGA 2A41A 1QSSA 3F5AA 2CH6A 3VQEA 4BQZA 1VQNN 4DO9A 1OVYA 3LAKA 3GIJA 5FDLA 3ZX3A 2DFFA 5EXWA 3V6DA 4R5PA 3L6QA 8ICWA 3L2QA 1W97L 2IOFK 4JV0A 3QEIA 5FP0A 3QE9Y 3LP2A 1FFUA 2UVUA 4JI6K 3TSPA 1KSPA 3IAYA 4KN7A 3D2EA 1KFTA 2D8CA 3VEYA 4BRLA 7ICEA 2OH2A 5J0PA 4I2PA 3KBBA 3AVLA 4JWNA 3C94A 1ZD2P 1J2MA 3HJEA 3IG5A 3IG1A 3Q8QB 2CRXA 1WUDA 2RLTA 4B9VA 1ZQWA 2JEIA 1TAUA 4GVEA 3OW2M 4EP5A 4GV6A 5AI0A 1WSIA 4FFDA 4YFKA 2BPGA 3C6HA 1VSIA 4FWPA 3RB3A 1RT5A 1U2VB 5KAIU 2O8BB 4KHPK 2JEGA 3G71N 3CM6A 3ETLA 3CMEN 3LAMA 3M6KA 2BKEA 3O08A 5BPCA 4FOEA 1BPEA 1S1TA 4FLXA 1VQ5N 3PW7A 4HAIA 5ALQA 4NYNA 8ICVA 8ICKA 3BEXA 5F1XA 3EEQA 1HNVA 5KFUA 3EO3A 3RMAA 4EEKA 4DTMA 1TK0A 5EWGA 2WONA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1NK4 A;  5HNK A;  4FO6 A;  4YD2 A;  1U9L A;  4I28 A;  9ICV A;  3G6X A;  1QSL A;  3SYZ A;  4M9L A;  2C28 A;  2IA6 A;  4YMM A;  3MR3 A;  4M9H A;  4KLE A;  4KLT A;  2MAX A;  5KFA A;  3ZD9 A;  3KHL A;  2ASD A;  1ZQA A;  4ECT A;  2VA8 A;  1BPX A;  3LK9 A;  2ZTE A;  5L1L A;  1U4B A;  3RB4 A;  1QLN A;  3MR2 A;  4KIT B;  1MC8 A;  4FS2 A;  4RNN A;  2RDI A;  2XO7 A;  4FBU A;  3H4D A;  5CP2 A;  4ZH4 A;  4RQ8 A;  1CEZ A;  9ICT A;  2OWO A;  1XO1 A;  2JZB B;  4DOC A;  5J0Y A;  4J9L A;  3B0Y A;  4YXM A;  2W8L A;  3RJK A;  7ICG A;  3PW5 A;  4F4Z A;  2HVI A;  1XC9 A;  2PFO A;  4I29 A;  5III A;  3BQ0 A;  9ICG A;  5CHG A;  2F1J A;  1QSS A;  1ZQY A;  3MBY A;  4MFF A;  4DO9 A;  1MSW D;  2A1J A;  3MDC A;  1V9P A;  3GIJ A;  1NK6 A;  4G3I A;  5DGB A;  2BQ3 A;  2BCR A;  2PI4 A;  2KZZ A;  3RR7 A;  5KG5 A;  2UVR A;  8ICW A;  5KFO A;  3ISB A;  4JV0 A;  4ELU A;  3QE9 Y;  2W9B A;  4PHA A;  2XY5 A;  3BJY A;  2UVU A;  1L3S A;  1KSP A;  1U45 A;  4MEX A;  3C5F A;  4J9M A;  3QZ7 A;  4KN7 A;  2HHQ A;  1KFT A;  1Z00 B;  7ICE A; 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 1SKW A;  7ICO A;  4P4M A;  4DQQ A;  3C65 A;  4DL5 A;  1C7Y A;  3V7L A;  4O5C A;  4DQR A;  4DOB A;  2FPM A;  3PX6 A;  3TAR A;  2KFN A;  4F5Q A;  5DQG A;  4EZ6 A;  8ICR A;  4DL4 A;  2ISO A;  2PI5 A;  4NM2 A;  1ZET A;  4UAY A;  9ICF A;  1MQ2 A;  1T3N A;  1HJP A;  3EZ5 A;  4EZ9 A;  3RH5 A;  1SL0 A;  4RPY A;  2M9N A;  8ICH A;  4RQ0 A;  4XRH A;  2AGP A;  5DKW A;  4O3S A;  4ED0 A;  1RXV A;  2BPC A;  3TFR A;  4K4H A;  2BCV A;  1IM4 A;  3IM1 A;  2HHX A;  5BOL A;  4J9O A;  4F2S A;  5KFW A;  5J0U A;  4R8U A;  1TK8 A;  3M8S A;  4JK1 A;  1NJY A;  1LV5 A;  4KLH A;  4I2E A;  4M9G A;  2UVW A;  3LWL A;  4DLE A;  4NLZ A;  9ICU A;  8ICJ A;  5L1I A;  1JMS A;  4DF4 A;  8ICA A;  5IIO A;  2RDJ A;  3NGD A;  2W9C B;  1SZP A;  4JUZ A;  1NOM A;  1BPB A;  5CB1 A;  3PW2 A;  4GC6 A;  8ICY A;  2JEF A;  5J0S A;  4RUC A;  4DL3 A;  1X9S A;  4QWC A;  4C8K A;  7ICT A;  1B43 A;  1BVS A;  1KEJ A;  1U49 A;  2NRX A;  2XY6 A;  5KG0 A;  4C8O A;  3PY8 A;  8ICX A;  4Z6F A;  8ICZ A;  3EW9 A;  2W9A A;  3RAX A;  5CJ7 A;  3HPO A;  4IR1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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