2NRVA

Crystal structure of the c-terminal half of uvrc
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
218
structure length
218
Chain Sequence
RGLRKEALEELMKLLNMKDFPYRIEGIDISHLQGKYTVASLVVFEDGFPKKGDYRRYKIEQDHPDDYESIRTVVKRRYSKHPLPNLLFVDGGIGQVNAAIEALKEIGKDCPVVGLAKKEETVVFENREIHLPHDHPVLRLLVQIRDETHRFAVSYHRKRREKESLRSVLDNVPGIGPIRKKKLIEHFGSLENIRSASLEEIARVIGSTEIARRVLDIL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of the C-terminal half of UvrC reveals an RNase H endonuclease domain with an Argonaute-like catalytic triad.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Thermotoga maritima
molecule keywords UvrABC system protein C
total genus 75
structure length 218
sequence length 218
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-11-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08459 UvrC_HhH_N UvrC Helix-hairpin-helix N-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.20 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain 2nrvA02
3.30.420.340 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2nrvA01
2ZJ5A 1BPYA 9ICRA 3SZ2A 4BXOA 4ED8A 3EPIA 5IIIA 3BQ0A 3HT3A 7ICJA 4M2YA 4QWBA 1ZQGA 5J2BA 3MDCA 4DLEA 1N56A 4YD2A 4UB4A 5J2JA 2Q0ZX 2KZMA 1QLNA 4YMNA 3Q8LA 4QZ9A 3KHLA 2XY7A 3OHBA 5HNKA 2IA6A 5IIOA 4DEZA 1ZQRA 2XCPA 2R8HA 4IRKA 1K1SA 3RR8A 8ICMA 4J9RA 5J2CA 4EBEA 4FO6A 4JWNA 3UQ2A 5J0UA 5IIMA 2BCSA 4M9JA 1MSWD 4C8NA 3LWLA 2R8IA 4Z6EA 3TARA 3THVA 3Q8SB 1RZTA 1ZQNA 2PFOA 8ICIA 4RQ6A 4QWAA 5KFHA 4M0AA 4UQGA 2UVWA 4F3OA 4I29A 3FYHA 4IQUA 1X2IA 5KFIA 3NGDA 1JIHA 4KLLA 2P6UA 2VA8A 5HMLA 3UXNA 4P4MA 1BGXT 3ETLA 3BQ2A 4M9LA 1JXEA 1KFDA 3H8WA 1BPEA 1X9SA 4PH5A 1BVSA 2ATLA 7ICQA 4J9SA 5DB8A 1ZQCA 3Q8KA 1SKWA 5KFAA 4UBBA 3BDPA 5DB6A 4RPYA 7ICRA 1L3TA 3C21A 8ICYA 2VA2A 2BKEA 4Q8FA 8ICJA 5KFYA 1NK0A 4RQ1A 2FPMA 5KT5A 3B0XA 2RDJA 2UVUA 1S77D 2HHWA 2FLPA 5DDMA 4QWCA 2R8GA 4DQPA 4DQSA 1XSNA 3ORYA 5KT6A 9ICLA 4J9KA 4QZBA 3QE9Y 2AJQA 5HHIA 5KFKA 3GFKB 2W9AA 2BGWA 4F91B 4IQWA 9ICCA 5KFUA 1KEJA 4ELUA 2BCRA 3MR3A 2IBKA 3TQ1A 3C1ZA 5DLFA 4O5KA 2BPCA 4KITB 2B21A 5KTQA 4NLNA 3RRHA 4KLJA 1T8EA 3IM1A 4PGYA 5DBBA 7ICEA 1JX4A 1MQ2A 5J2HA 4ECZA 8ICRA 1T7PA 4LZDA 1KLNA 1BPZA 5DDYA 1ZQXA 5J0XA 4M47A 1NJYA 1COOA 4JV2A 5BPCA 4KTQA 3SV3A 2JEJA 5CB1A 5DG7A 1TFRA 5KG4A 2NRRA 4F4KA 3N4MB 4EYHB 4DSIA 4IRDA 3RJHA 2W9BB 3TFRA 1ZQSA 8ICPA 2XCAA 1JN3A 1QSSA 5J0RA 4I2BA 3LDAA 4BWJA 5KFBA 4RQ3A 4YMOA 4EZ9A 1UT5A 2NRXA 4TUQA 4PGXA 3OJUA 4I27A 4KLIA 4KLQA 4KN7A 1BPXA 2OWOA 4MFAA 4J9QA 2AGQA 1KDHA 1ZQBA 4ELTA 4M9GA 5J0PA 5J0WA 4IQTA 4K4IA 2ZUBA 3GV7B 5KFXA 5KFCA 3UQ0A 2XY5A 4DS5A 4I2IA 1WCNA 2FPLA 4F2RA 3T5HA 4XQ8A 1A76A 3PVXA 5L9XA 8ICNA 1NJWA 1KRPA 1B22A 4IR9A 4RPXA 3ZD9A 2XY6A 2FLNA 3RH4A 2ISPA 4E0DA 4MF8A 1U49A 2P6RA 4IR1A 2MUTB 9ICMA 8ICSA 4IQVA 4YCXA 2BCQA 4Z6CA 2BDPA 3QZ8A 2PFNA 2WTFA 4ECQA 1B43A 4QW9A 3PX4A 3OSPA 2R8KA 3V6KA 4B9UA 1XO1A 3C5FA 1N48A 4P4OA 4JV1A 9ICQA 7ICVA 1TK5A 8ICBA 3SI8A 9ICGA 3K4GA 4KLHA 3ISBA 1BPDA 3ISCA 7ICHA 3Q8PB 4F4XA 4DS4A 8ICCA 2JZBB 4MEYA 4UAZA 4QZGA 1UT8A 3OHAA 3TAQA 5KFLA 3GDXA 2Y1JA 4PHPA 2XC9A 3PR4A 2ASDA 2V4QA 1ZQEA 2H5XA 4M6WB 3B0YA 5BOMA 1EXNA 4J9PA 5IILA 3M9OB 1Z3EB 4NY8A 1NK5A 2PI4A 5KG0A 5DBCA 3MR2A 4O9MA 5J29A 5KT7A 5KFGA 8ICKA 1PZNA 4DOBA 5J2IA 3C23A 4GXJA 4C8MA 4KLDA 8ICEA 8ICLA 2ZUDA 1ZQVA 3PX6A 2BQRA 7ICTA 2ALZA 9ICPA 4YQWA 4O5CA 5KG6A 4KMUA 5KFVA 3PW5A 4UB5A 3ISDA 1T3NA 4NLZA 2PFQA 3RJJA 9ICEA 4PHEA 3G6XA 5IINA 5DB9A 4J9LA 4YXJA 2ZTEA 1AROP 8ICQA 3IHQB 3PW2A 4RUCA 4QZDA 4B9NA 2XGQA 2F1JA 4F93B 7ICSA 5DG9A 4O3SA 5DQHA 3GV8B 9ICNA 2FMPA 1RXVA 4DFPA 5IIJA 2PI5A 2A1JB 2AGOA 4FS2A 3PV8A 7ICGA 7ICUA 9ICBA 2V4RA 4JUZA 3MDAA 3GIMA 4YXMA 3JPOA 4J9NA 3RJKA 4B9MA 1KTQA 5HMMA 4QZFA 4O3NA 4KLSA 4FBUA 2W9BA 1Y88A 4DF4A 3UXOA 4I2JA 5C5JA 5KFDA 7ICLA 3HX0A 1T4GA 5KT2A 1U45A 1ZQLA 3RJEA 2VANA 3LK9A 3V72A 8ICTA 4DSKA 4O5EA 1NK8A 2NRZA 8ICAA 5KFWA 4GXIA 1HUZA 2KFZA 1NJXA 3T5KA 2DPJA 2IHNA 2C28A 4I2DA 3RR7A 3KTQA 4EBDA 2M9NA 1NKEA 1TK8A 2BCVA 4B9LA 2MUTA 3SYZA 4F5NA 4F50A 5IIKA 3MBYA 2ZTDA 7ICMA 4ED7A 3T5LA 4PGQA 3RTVA 4M9NA 9ICJA 4UB1A 4KN4A 4F4WA 4YG2A 5BOLA 4DO9A 8ICFA 3MFHA 4F5OA 8ICXA 3UPQA 2BPFA 4F5RA 4RQ8A 5KG7A 5JUMA 1ZQPA 4DOAA 2BQ3A 4DSFA 2UVVA 2JZBA 1MQ3A 4B9TA 4DQIA 4IRCA 3H4DA 4ZH4A 1RXWA 3GIKA 5HP4A 4X5VA 4BWMA 5L1LA 4JV0A 4EYIB 4M6WA 4RQ7A 4C8KA 5D49A 3T5JA 1QTMA 1UA1A 5D4BA 2BPGA 4GC6A 1C7YA 4KLFA 1ZQWA 4I2EA 4YP3A 1X9MA 3ZDBA 4G3IA 1ZQZA 1TAQA 4TQSA 1L5UA 5KFTA 1L3UA 4ECTA 4RNNA 1NKBA 1NK9A 3Q8RB 3H40A 4UBCA 4F8RA 4O3OA 3UXPA 5KT4A 5DKWA 3RB3A 1SL0A 3C1YA 4QZIA 3H7IA 5DG8A 3V7KA 4RPZA 2XO7A 5DBAA 3V7JA 2IHMA 1D8LA 1SL1A 2HHXA 8ICOA 4DL2A 3M8SA 3JPNA 1NOMA 3ZD8A 1ZQHA 2KZZA 1ZJNA 5CJ7A 1BPBA 4KLUA 1K1QA 3EPGA 3LWMA 3HPOA 3RH5A 3BQTA 1UA0A 5KFMA 3RRGA 4NXZA 3OGUA 1ZQYA 8ICVA 2W9MA 2A1JA 5KFNA 1IXRA 1ZJMA 3H4BA 3PY8A 9ICTA 2MAXA 1S0NA 4DL4A 3V7LA 3RJIA 1XC9A 1HUOA 1RYSA 1ZQQA 3QZ7A 4F5PA 3N97B 1NKCA 4LVSA 1D9FA 3H8SA 5J2FA 4NLGA 4KLOA 1DOQA 4MF2A 3RJFA 7ICFA 4EBCA 3ZDDA 4DF8A 1ZYQA 1S0OA 3T3FA 2V9WA 4RQ5A 1TKDA 2AU0A 2J6TA 2HHVA 4BDPA 5J0SA 4RT2A 4MFCA 5J2GA 3AUOA 4ED1A 2W9CB 1Z00B 4KLEA 4R66A 2JEFA 1U9LA 1A77A 3GIJA 4I28A 2PXIA 4JWMA 3EZ5A 4C8LA 1V9PA 1SKSA 4ELVA 3ZDCA 3JPTA 1U48A 1QSLA 9ICOA 5L1IA 2HVIA 3C2LA 4QZHA 3G6YA 1KSPA 4F2SA 3JPRA 7ICKA 1NK7A 4FS1A 4ECVA 1NK4A 4R63A 9ICSA 4Q43A 4RQ2A 4DFKA 4DQQA 4M9HA 2HHQA 1DGSA 1IM4A 5KFRA 5KG5A 3OJSA 3C2KA 4R65A 1TAUA 1QSYA 1S9FA 1RPLA 4BGDA 1XSLA 4QZEA 4Q45A 4O0IA 3V6HA 1XSPA 4NLKA 1L3VA 2HVHA 1ZQUA 1ZQIA 4DFMA 4PHDA 4ECUA 2UVRA 4I2FA 4B9VA 4QW8A 4PHAA 2LYHA 4QZ8A 4R8UB 4RNMA 4NM1A 1S0VA 2KFNA 8ICWA 9ICHA 4TUPA 2HW3A 2HHUA 4XUSA 4I2AA 2BHNA 4DL6A 4UAWA 3GIIA 3QEAZ 2ZJ8A 4GC7A 2J6UA 3PO4A 3V6JA 3RB4A 3C2MA 4O3PA 9ICAA 1XWLA 4M04A 5CHGA 4O3RA 4UAYA 1SKRA 3EWAA 5KFSA 4GLXA 5DQGA 4TUSA 4ECSA 1ZQFA 2PFPA 2BR0A 4R64A 2BCUA 3EW9A 3KHHA 4ECXA 2Y1IA 2RDIA 5DQIA 5KFFA 4EEYA 3RB0A 2FMSA 4F4ZA 1U4BA 8ICGA 1CUKA 1L3SA 3BQ1A 5KFJA 7ICNA 2C2EA 1ZETA 4FBTA 3HP6A 3KHGA 4RZRA 3M9NB 3EYZA 4Z6DA 4RNOA 1TVAA 2W8LA 2I9GA 4XRHA 7ICPA 2JEIA 5KFPA 4F92B 3TI0A 4C8OA 4O3QA 5CR0A 4UB3A 4HYKA 5KFZA 1MC8A 5F9LA 1LV5A 4B9SA 4LZGA 3HWTA 2KN7A 1KFSA 2KTQA 2FMQA 3C5GA 1ZQDA 2ZJAA 4DWIA 5TZVA 1SL2A 4I2GA 1TV9A 2VA3A 8ICUA 4QZCA 9ICFA 5HHHA 4YVZA 5EWFA 3RJGA 5DGBA 3PW4A 2DFLA 3PX0A 4DSLA 5L1KA 4RT3A 2NRTA 2F1IA 1NK6A 3M8RA 2NRVA 4BXOB 5CA7A 3QEBZ 4K4GA 9ICUA 2W9CA 2C2RA 2ZTCA 1Z00A 2ASLA 4MFFA 5DB7A 4Z6FA 4ECWA 3RAQA 1H38A 2GWSA 4ED0A 3PW7A 3RH6A 5CWRA 3Q8MA 5CP2A 3C65A 5J0YA 3PNCA 9ICKA 1XU4A 4DQRA 4NM2A 3MR5A 1D8YA 4KLGA 4DL3A 5D46A 4YFKA 4XA5A 2W8KA 4ED6A 4YN4A 4JK1A 3GILA 7ICIA 4DL5A 3JPPA 5J0OA 3RBDA 1S76D 5KG1A 4YR0A 5J0QA 4I2CA 2AQ4A 5DGAA 3GQCA 5J2EA 2HHTA 3Q8QB 3OSNA 3RAXA 2IMWP 9ICIA 4TURA 4J9OA 2DPIA 5J2DA 3JPQA 3TFSA 4TQRA 2AGPA 2C22A 2C2DA 2BQUA 4Q44A 1WCLA 5KFEA 5L1JA 1JXLA 4R8UA 4K4HA 3JPSA 4YR2A 4YR3A 3AU6A 2AQ0A 3MFIA 9ICWA 3K75D 1KFTA 3AU2A 2ASJA 3ZDEA 5KT3A 3PMLA 1ZQTA 4KLTA 1D9DA 4DSJA 5EWEA 3NTUA 4CCHA 3BJYA 1NJZA 3E2EA 3MGIA 2HHSA 4ECRA 3MGHA 5EOZA 5J2AA 2R8JA 4RUAA 1TK0A 1S10A 1RYRA 4DSEA 3GV5B 8ICZA 2I1QA 2FPKA 4YMMA 1ZQMA 4Q8EA 2KZ3A 4QZAA 4J9MA 3RB6A 2F1HA 4DLGA 5F9NA 1ZQJA 4EZ6A 4YD1A 4QWDA 4RU9A 1SZPA 5DLGA 2ZUCA 1ZQOA 3MR6A 3ZDAA 1ZQAA 1ZQKA 2NRWA 3H8JA 1U47A 9ICVA 4ED2A 3G6VA 4F5QA 5KFQA 2JEGA 7ICOA 2FLLA 4DFJA 5EWGA 4QWEA 3HW8A 4UB2A 3PMNA 4DOCA 3PW0A 1XS9D 5J2KA 4ED3A 4PPXA 4F4YA 4I2HA 4P2HA 5J0TA 5KG2A 4DL7A 3TANA 1S0MA 4MEXA 2ISOA 8ICHA 4P4PA 1HJPA 9ICXA 3M9MB 3KHRA 1S97A 3MABA 3TAPA 4RQ0A 4ECYA 1CEZA 1JMSA 3FDSA 3RBEA 2J6SA 3PO5A 4KLMA 4RQ4A 3SV4A 4GXKA 3PR5B 5KFOA 5KG3A 1X9WA 2P66A 1LB2B 2XGPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2KHOA 3QU7A 4YOUA 2B0CA 3CMAN 1V38A 3BS5B 5IIIA 1BU6O 3HT3A 4HTUA 4M2YA 3VGLA 4CF8A 3MDCA 4DLEA 1Z05A 4YD2A 2KKZA 3JAMO 1E3MA 1HPMA 1NGEA 3GG4A 2P1JA 4OO1J 1RBUA 2V7ZA 1QLNA 5FPNA 3Q8LA 3E0FA 2PAVA 5AI8A 5HR6A 4OLAA 1ZRNA 5IIOA 4UAUA 1HKGA 3LAKA 4DEZA 1NBWA 5AM3A 4IRKA 1BDGA 4EBEA 3WKBA 5F3XB 4FO6A 2GWKA 3I0SA 1HEKA 3VEOA 3UQ2A 3DLHA 4DR3K 5J0UA 2BCSA 2W54A 3HK2A 4H5TA 1SXDA 3QU2A 1GO3F 2R8IA 1N63A 3V1QA 3TARA 3VMFB 1RDWX 3WXJA 2ZJPL 4BRPA 1RM6C 4B1WB 4RQ6A 4QWAA 4AILC 1XNQK 1FKOA 3L6QA 4CK3A 3M6ZA 2Q36A 2WFBA 3C95A 3ENHA 3FYHA 2R18A 4DV6K 4KLLA 2VA8A 5HMLA 3UXNA 4P4MA 1ZXOA 1BGXT 3ETLA 3W3DA 1V97A 3H8WA 4O4GA 3GL1A 2ATLA 2CH6A 1LAVA 3Q8KA 2UXCK 1SKWA 1IG8A 3IRXA 3KLIA 7ICRA 5DB6A 3NGYA 3C21A 8ICYA 3SJJA 8ICJA 4M7YA 1NK0A 1S1TA 3B0XA 1NGHA 1RQNA 3OHRA 4QWCA 1PK1A 4MDBA 2R8GA 3AO5A 3VN5A 4DQPA 4DQSA 4CFBA 3WXLA 2FLOA 2LPEA 5AZIA 4QZBA 4H5VA 3QE9Y 2P9NB 2EAOA 2BGWA 4ACOA 1EETA 5ALQA 5DK5A 9ICCA 1F0MA 3CG7A 1KEJA 2BCRA 4KHSA 1IV8A 2BPCA 4KITB 2B21A 2CN1A 2KHVA 4NLNA 4N41A 4PWDA 2HCFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2ZJ5 A;  1BPY A;  9ICR A;  3SZ2 A;  4BXO A;  4ED8 A;  3EPI A;  5III A;  3BQ0 A;  3HT3 A;  7ICJ A;  4M2Y A;  4QWB A;  1ZQG A;  5J2B A;  3MDC A;  4DLE A;  1N56 A;  4YD2 A;  4UB4 A;  5J2J A;  2Q0Z X;  2KZM A;  1QLN A;  4YMN A;  3Q8L A;  4QZ9 A;  3KHL A;  2XY7 A;  3OHB A;  5HNK A;  2IA6 A;  5IIO A;  4DEZ A;  1ZQR A;  2XCP A;  2R8H A;  4IRK A;  1K1S A;  3RR8 A;  8ICM A;  4J9R A;  5J2C A;  4EBE A;  4FO6 A;  4JWN A;  3UQ2 A;  5J0U A;  5IIM A;  2BCS A;  4M9J A;  1MSW D;  4C8N A;  3LWL A;  2R8I A;  4Z6E A;  3TAR A;  3THV A;  3Q8S B;  1RZT A;  1ZQN A;  2PFO A;  8ICI A;  4RQ6 A;  4QWA A;  5KFH A;  4M0A A;  4UQG A;  2UVW A;  4F3O A;  4I29 A;  3FYH A;  4IQU A;  1X2I A;  5KFI A;  3NGD A;  1JIH A;  4KLL A;  2P6U A;  2VA8 A;  5HML A;  3UXN A;  4P4M A;  1BGX T;  3ETL A;  3BQ2 A;  4M9L A;  1JXE A;  1KFD A;  3H8W A;  1BPE A;  1X9S A;  4PH5 A;  1BVS A;  2ATL A;  7ICQ A;  4J9S A;  5DB8 A;  1ZQC A;  3Q8K A;  1SKW A;  5KFA A;  4UBB A;  3BDP A;  5DB6 A;  4RPY A;  7ICR A;  1L3T A;  3C21 A;  8ICY A;  2VA2 A;  2BKE A; 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 3Q8Q B;  3OSN A;  3RAX A;  2IMW P;  9ICI A;  4TUR A;  4J9O A;  2DPI A;  5J2D A;  3JPQ A;  3TFS A;  4TQR A;  2AGP A;  2C22 A;  2C2D A;  2BQU A;  4Q44 A;  1WCL A;  5KFE A;  5L1J A;  1JXL A;  4R8U A;  4K4H A;  3JPS A;  4YR2 A;  4YR3 A;  3AU6 A;  2AQ0 A;  3MFI A;  9ICW A;  3K75 D;  1KFT A;  3AU2 A;  2ASJ A;  3ZDE A;  5KT3 A;  3PML A;  1ZQT A;  4KLT A;  1D9D A;  4DSJ A;  5EWE A;  3NTU A;  4CCH A;  3BJY A;  1NJZ A;  3E2E A;  3MGI A;  2HHS A;  4ECR A;  3MGH A;  5EOZ A;  5J2A A;  2R8J A;  4RUA A;  1TK0 A;  1S10 A;  1RYR A;  4DSE A;  3GV5 B;  8ICZ A;  2I1Q A;  2FPK A;  4YMM A;  1ZQM A;  4Q8E A;  2KZ3 A;  4QZA A;  4J9M A;  3RB6 A;  2F1H A;  4DLG A;  5F9N A;  1ZQJ A;  4EZ6 A;  4YD1 A;  4QWD A;  4RU9 A;  1SZP A;  5DLG A;  2ZUC A;  1ZQO A;  3MR6 A;  3ZDA A;  1ZQA A;  1ZQK A;  2NRW A;  3H8J A;  1U47 A;  9ICV A;  4ED2 A;  3G6V A;  4F5Q A;  5KFQ A;  2JEG A;  7ICO A;  2FLL A;  4DFJ A;  5EWG A;  4QWE A;  3HW8 A;  4UB2 A;  3PMN A;  4DOC A;  3PW0 A;  1XS9 D;  5J2K A;  4ED3 A;  4PPX A;  4F4Y A;  4I2H A;  4P2H A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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