2NRXA

Crystal structure of the c-terminal half of uvrc, in the presence of sulfate molecules
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
217
structure length
217
Chain Sequence
GLRKEALEELMKLLNMKDFPYRIEGIDISHLQGKYTVASLVVFEDGFPKKGDYRRYKIEQDHPDDYESIRTVVKRRYSKHPLPNLLFVDGGIGQVNAAIEALKEIGKDCPVVGLAKKEETVVFENREIHLPHDHPVLRLLVQIRDETHRFAVSYHRKRREKESLRSVLDNVPGIGPIRKKKLIEHFGSLENIRSASLEEIARVIGSTEIARRVLDIL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of the C-terminal half of UvrC reveals an RNase H endonuclease domain with an Argonaute-like catalytic triad.
pubmed doi rcsb
molecule keywords UvrABC system protein C
molecule tags Hydrolase
source organism Thermotoga maritima
total genus 75
structure length 217
sequence length 217
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-11-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08459 UvrC_HhH_N UvrC Helix-hairpin-helix N-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.20 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain 2nrxA02
3.30.420.340 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2nrxA01
3H40A 5IIKA 4YVZA 4F93B 3TI0A 2HVHA 2JEIA 3T3FA 5KFLA 4UB1A 8ICCA 3EWAA 3PMLA 8ICZA 9ICIA 4QZHA 4I2IA 3EPIA 4KLEA 9ICVA 1ZQWA 8ICLA 4Z6EA 4TQRA 1XC9A 1S10A 4NY8A 4DSLA 4YN4A 3SV4A 1SKWA 3RH4A 4ECUA 2UVRA 1S0NA 1KFSA 2FMPA 5KG1A 8ICKA 1Y88A 2NRWA 4BDPA 3UXPA 2VA2A 1KRPA 5C5JA 3KHHA 3GIJA 4I2CA 2ALZA 2HHUA 4O3QA 4XQ8A 1NK9A 1XWLA 3PMNA 5KT3A 4UB4A 2R8KA 4TUQA 2ASDA 1DOQA 5CHGA 4NLNA 5DDMA 4IRDA 4RUAA 5D4BA 2A1JB 5CP2A 4J9SA 3H4DA 4DOBA 4PGYA 4YMNA 5KFOA 4DF8A 1TVAA 1NJXA 8ICWA 8ICVA 1X9WA 3MR3A 4KLUA 3UQ0A 5KFBA 2ATLA 4I2DA 1NKEA 2XO7A 4DL3A 5IIOA 2JZBB 1ZQAA 2MUTB 1ZETA 5KFVA 5L1LA 3E2EA 4F5RA 1ZQFA 2FLLA 2UVWA 5KG2A 2BQRA 2IHNA 1ZQYA 4O5CA 1NOMA 4F5QA 3OSPA 4F2SA 2GWSA 2R8HA 4YD2A 3M8RA 1BPXA 1SKSA 1ZQKA 4RNOA 2A1JA 4QZCA 5HHHA 7ICFA 5KTQA 1NK8A 5DG9A 4RPZA 8ICSA 5KT6A 2KN7A 1S0MA 5DB6A 4DOAA 2BHNA 4DOCA 3TQ1A 3TARA 2IBKA 4JUZA 3UXNA 4ED8A 3RRHA 1XU4A 4Z6CA 3ZDEA 3MR6A 1UA1A 2H5XA 5DG7A 2JZBA 1ZQOA 5DDYA 5CWRA 2MUTA 5J0SA 4M47A 4KLGA 3TAQA 3ORYA 1SL0A 1S0VA 5DG8A 4DEZA 3V7KA 1RYSA 2W9MA 1U47A 8ICPA 7ICNA 7ICUA 3BQTA 2BGWA 9ICKA 5CA7A 4QW9A 4B9UA 4MF8A 9ICTA 5DQHA 2IA6A 5KG4A 2HHSA 4YFKA 4DQIA 3V6HA 3SYZA 5IINA 3JPTA 2BPFA 4IRCA 5CB1A 1S76D 7ICPA 3EPGA 1HJPA 2KZMA 2KFNA 4R63A 1H38A 1S9FA 1TK5A 3C1ZA 4LZDA 8ICOA 2BKEA 3ZD9A 1KEJA 8ICRA 2W9BB 2WTFA 4DSFA 8ICNA 4RQ3A 4KTQA 3H4BA 4DFJA 3N97B 5BOMA 4XUSA 3RJFA 4O3NA 1U45A 3V6KA 3PX6A 4ECVA 5BPCA 1BPZA 2PFQA 3KHRA 3MR5A 5DB8A 4O3RA 1Z00B 3RBEA 4F4XA 2JEJA 1ZQHA 1X2IA 2HHWA 5J0XA 4UAWA 3KTQA 3MFIA 2FMSA 5KFJA 3QE9Y 3AUOA 4B9VA 4ELTA 3LK9A 4KLDA 4BWJA 5HMMA 4UB5A 4Q44A 1BGXT 5EWEA 1RXVA 2V9WA 2FPMA 2ZTCA 5IILA 9ICAA 4RT2A 3C2KA 3G6YA 3BQ1A 8ICYA 3PY8A 2W9BA 2NRXA 3TFRA 2HHXA 4B9SA 7ICIA 3RB0A 4JWNA 4UAYA 3Q8RB 3AU2A 4RUCA 3Q8QB 5J2IA 1XSNA 3OJSA 3QEAZ 1T8EA 4P4OA 4MF2A 3LWMA 5D46A 1MC8A 2BPGA 1WCLA 1Z00A 1TV9A 3RJHA 4F3OA 4JWMA 3M9OB 4FS1A 4YXJA 9ICLA 4PGQA 1NKBA 2ZJ8A 3NTUA 4I2JA 4F5OA 3RR8A 4BXOB 2C28A 2XCAA 3GV8B 4ED7A 3AU6A 3PO4A 2NRTA 4RPYA 4QZIA 2B21A 4O0IA 3C2LA 2XY5A 3PW4A 8ICEA 3C2MA 2UVVA 4DWIA 2HVIA 4QZDA 9ICXA 4YG2A 1KTQA 2ISPA 1RPLA 2KFZA 5KFDA 3ZDDA 1K1QA 3MABA 2W8KA 5F9NA 4TUPA 5L1KA 4F4WA 4F91B 5JUMA 4PGXA 5KG7A 4PHAA 4DSKA 2ASJA 4LZGA 2BQ3A 2XGPA 4QWAA 1ZQRA 4Q8EA 8ICAA 2R8GA 4QZEA 2ZUDA 5DQGA 3HPOA 2AJQA 3KHGA 4EEYA 3RAXA 4BXOA 2BCQA 1HUZA 1BVSA 4J9NA 3B0YA 4KN4A 3HX0A 4ECZA 4MFCA 4PPXA 5KFPA 4IR1A 8ICMA 4YR2A 8ICXA 4RU9A 4KLSA 5KG5A 4M04A 4ECSA 3RJIA 1RYRA 2JEFA 5DQIA 4J9MA 1ZQMA 4DS4A 1ZQJA 2IHMA 4K4HA 5KFHA 3BJYA 3JPOA 5TZVA 3QEBZ 4M9JA 4KLLA 9ICHA 4M9HA 5J2BA 3RR7A 3ISBA 2P6UA 3N4MB 4O3PA 4NM1A 4F92B 3FDSA 2M9NA 3GDXA 4X5VA 4QZGA 5F9LA 9ICPA 1SL1A 4HYKA 3RJGA 1QSYA 4JV2A 4RQ0A 9ICSA 4YR3A 5KFMA 5EWGA 3G6XA 3RRGA 5KFEA 4O3SA 4NLZA 2F1JA 3GFKB 3ETLA 1QSLA 3THVA 3C23A 4UAZA 1ZQCA 2BCUA 2W9AA 5J2CA 5KFWA 2FMQA 2P6RA 4B9TA 4YP3A 3JPRA 1NK6A 5EOZA 3T5KA 3EYZA 5KFXA 2PI5A 4MFFA 2XGQA 2PFPA 3QZ7A 1NK0A 4RPXA 4UBBA 3T5JA 8ICHA 2HHVA 3RB6A 4TQSA 4I29A 4EBDA 7ICRA 1NK5A 2V4RA 4K4GA 4QWBA 8ICIA 4DSEA 1Z3EB 2C2DA 2W9CB 3SV3A 4DSJA 2AGPA 7ICMA 3GIIA 1TAUA 3T5HA 2BQUA 5L9XA 2AQ0A 3SZ2A 1LV5A 3C21A 3OHAA 4C8KA 3C1YA 5J2EA 2XY6A 3Q8KA 8ICTA 1XSPA 3ZDCA 2VANA 2Q0ZX 5J0PA 4M9NA 4FBUA 4J9LA 4P2HA 5KFYA 5J0QA 1UT5A 4ED2A 5KG6A 3GILA 5J2DA 3UPQA 2ZJAA 4M9LA 4ED0A 4O5EA 3Q8MA 1X9MA 4F5PA 5J0TA 4BGDA 2HW3A 7ICTA 4GC7A 5DB9A 2FLNA 4KLIA 3H8SA 5HMLA 3EZ5A 2NRZA 3JPPA 1N48A 4DO9A 3PX4A 1NJYA 4Z6DA 4DFPA 4RQ2A 5DBBA 1X9SA 3MDCA 2W9CA 5J2KA 1V9PA 4R8UB 5J0WA 4I2AA 1ZQIA 4KLHA 4DFKA 4KLQA 4E0DA 1NK7A 4LVSA 1QTMA 1T4GA 5BOLA 4DSIA 2R8JA 3FYHA 4B9MA 1RZTA 4J9QA 5KFTA 3RH5A 2DFLA 1SL2A 5KFSA 4J9PA 3PW7A 1JN3A 5KFFA 3BQ2A 4XA5A 3LWLA 1ZQZA 1U4BA 1ZJNA 1U48A 1NKCA 2JEGA 2NRRA 1IXRA 2BCRA 4EYHB 4C8OA 4FBTA 3HP6A 1S77D 4EZ9A 4ECRA 4GC6A 2OWOA 4M2YA 1ZQDA 2Y1IA 4EBEA 4DL6A 8ICJA 3GIKA 3K75D 5L1IA 4R66A 4QZBA 4RQ4A 2ZJ5A 1PZNA 3G6VA 4R8UA 2ZTEA 1TFRA 5KFGA 4ECYA 5KFUA 4MEXA 4NLGA 4F4ZA 4GXKA 3IM1A 4DLEA 3ZDAA 1XSLA 2RDIA 4IR9A 1ZYQA 4GXJA 5J0OA 3TFSA 1BPEA 4I28A 3GV5B 4ED3A 1HUOA 3B0XA 4YCXA 4F2RA 4I27A 4I2HA 9ICJA 3MR2A 4ECWA 1A77A 9ICWA 5DBCA 3PNCA 2AU0A 9ICGA 4DL4A 5J2FA 1L3UA 5HHIA 4EBCA 3RJJA 4TURA 3RB3A 3HWTA 2C2RA 3M9NB 5J0RA 4O9MA 1S97A 4O3OA 4RNMA 2XC9A 1BPDA 4J9KA 4TUSA 9ICRA 2RDJA 1ZQNA 1MSWD 4DLGA 2BPCA 1AROP 4DL7A 4Q8FA 3PR4A 1A76A 1T3NA 4IQWA 9ICOA 4MEYA 3V7LA 2AGOA 1N56A 1ZQXA 3Q8SB 2PXIA 4P4PA 1TKDA 1ZQQA 2ZUCA 3PO5A 8ICUA 3T5LA 4NLKA 4I2EA 4DQQA 2PFOA 3V7JA 4J9RA 5J2GA 4P4MA 4RT3A 4DL5A 1MQ2A 1L3TA 4M9GA 1UA0A 3PW0A 5IIIA 4XRHA 3ISCA 4GXIA 1ZJMA 4EZ6A 4RQ7A 3JPSA 1L3VA 1TK0A 1JIHA 3OSNA 9ICBA 4RQ8A 4K4IA 1L3SA 4IQUA 1ZQPA 4F8RA 1T7PA 9ICFA 2FPLA 4M6WA 4KITB 4QZ8A 5DKWA 2XCPA 2KZZA 4I2GA 3TANA 1QLNA 1ZQGA 1TK8A 9ICUA 4PHPA 1IM4A 3JPNA 4YQWA 5EWFA 2KTQA 4DFMA 1JX4A 1ZQTA 4IQVA 3QZ8A 4IRKA 2ZTDA 2V4QA 4F4YA 3JPQA 3PW2A 1KFDA 2XY7A 3Q8LA 3HT3A 5J2JA 9ICCA 1UT8A 4ZH4A 2PFNA 3IHQB 4NXZA 5KFNA 5DLGA 1JXLA 2MAXA 5DB7A 4YR0A 9ICEA 1B22A 2I1QA 3RBDA 1KFTA 4JV0A 5DGBA 1XS9D 1MQ3A 9ICQA 4ECQA 3GQCA 2J6SA 4KLMA 4YXMA 2R8IA 4PH5A 1EXNA 1JMSA 5CJ7A 3ZDBA 4RQ1A 4PHDA 3C5GA 3LDAA 3UXOA 1NK4A 4FS2A 1S0OA 4F4KA 2BR0A 1C7YA 4ED1A 3GV7B 3RB4A 5KT2A 4DQPA 5DLFA 3UQ2A 4JK1A 4FO6A 4GLXA 3M9MB 7ICGA 4PHEA 4M0AA 4KN7A 4B9LA 3OHBA 2W8LA 2ISOA 3HW8A 4RQ6A 1NJZA 7ICOA 2FLPA 1QSSA 5KT7A 4ECXA 7ICHA 4UBCA 4EYIB 5KFQA 5KFCA 4CCHA 1WCNA 4DQRA 2F1HA 2VA8A 4YMOA 1D9DA 2IMWP 4QZ9A 3OJUA 2ASLA 5IIMA 9ICMA 5D49A 1COOA 5L1JA 5CR0A 1U49A 2VA3A 4JV1A 4KLOA 2HHTA 4QZAA 7ICKA 3V72A 4MFAA 1ZQBA 4IQTA 8ICBA 7ICVA 4DL2A 4UQGA 2ZUBA 4KLJA 2KZ3A 5DBAA 3MDAA 3OGUA 1D9FA 2P66A 5KFKA 1KSPA 4KLTA 5KG0A 3PW5A 4QWEA 4KMUA 1RXWA 4UB3A 3PV8A 3C65A 3MGHA 2C22A 4C8MA 3M8SA 3RJKA 3PX0A 4YMMA 4DS5A 3BQ0A 3TAPA 3H7IA 2UVUA 4I2BA 3ZD8A 4Z6FA 2DPIA 7ICSA 1BPYA 4ED6A 4ELUA 4UB2A 2J6TA 4J9OA 5J29A 3PR5B 2FPKA 4DQSA 5DGAA 8ICQA 4C8LA 4RNNA 1L5UA 3C5FA 5HNKA 4I2FA 7ICJA 1ZQEA 2C2EA 4R65A 1K1SA 3MFHA 1ZQVA 4NM2A 5KT5A 3PVXA 3ISDA 2I9GA 1SZPA 4F5NA 3EW9A 3MGIA 5J2AA 1XO1A 2DPJA 1TAQA 5KFIA 4ELVA 3RH6A 4ECTA 2BCVA 4KLFA 2AQ4A 1D8LA 5KFRA 3RTVA 5KFAA 1JXEA 4BWMA 4F50A 3K4GA 7ICEA 4QW8A 4RZRA 1ZQUA 9ICNA 1B43A 4DF4A 5KFZA 3KHLA 4Q45A 1SKRA 2HHQA 4C8NA 4RQ5A 4QZFA 3SI8A 2BCSA 2PI4A 2F1IA 1KDHA 1CUKA 1KLNA 4B9NA 3RAQA 3Q8PB 3RJEA 1CEZA 1U9LA 8ICFA 7ICLA 3H8WA 2Y1JA 2BDPA 4R64A 4M6WB 5KT4A 1DGSA 3H8JA 3NGDA 4G3IA 5KG3A 4QWDA 1LB2B 1D8YA 3MBYA 8ICGA 4QWCA 1NJWA 4O5KA 1ZQSA 4YD1A 2NRVA 5J0YA 5J0UA 5J2HA 2J6UA 3V6JA 3GIMA 1ZQLA 5HP4A 4Q43A 7ICQA 5IIJA 3BDPA 2LYHA 2AGQA 1BPBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Z1IA 3GG4A 4BG8A 3T3FA 5BREA 1PVQA 3OYBA 8ICCA 2FBXA 9ICIA 5AI0A 4B3SK 4RW9A 2QKKA 5GAGP 1XC9A 2WAQC 4NY8A 1SKWA 2WHEA 3DM2A 3RH4A 1IKWA 4H0PA 4CF9A 3OYIA 2GOLA 4CNQA 4CFCA 1KVCA 3CCLN 4CESA 1Y88A 4YOWA 3HI0A 5ALUA 3VTIA 2QARB 4J2EA 5C5JA 3KHHA 2H3QA 1CXUA 5KT3A 1Z19A 4TUQA 4Y2VA 4NLNA 2HMPA 1SS6A 3VQ7A 2YX8A 4JKHA 1IG8A 3OYJA 5D4BA 5KRTA 2A1JB 2D8CA 2ITMA 4Y2XA 5CP2A 3AVHA 1TAMA 4DR1K 4PGYA 2E6LA 3H1VX 3CCSN 1T44A 4O55A 8ICVA 4PUOA 3MR3A 1CZAN 4E89A 4NLCA 3N7RC 3NE6A 1QQCA 3NRWA 4DL3A 3SJJA 2V51B 2JZBB 2MUTB 3NVWA 1B0XA 2E6MA 2P9UB 3VQ4A 3E2EA 2JMGA 3WK8A 3WT0A 4CD1A 2IHNA 4UARA 4O5CA 4YHHK 2H3ZA 3OSPA 3BP8A 2GWSA 1J5EK 3WK4A 4YD2A 3M8RA 4CGDA 1T94A 3PUFA 1N60A 2VQEK 2W04A 2JLEA 5KTQA 4IFVA 4JN4A 1NK8A 4NL9A 2WBNA 4BACA 2KN7A 1S0MA 5DB6A 2IBKA 4CEFA 4JUZA 3RRHA 5E84A 3G4SN 2PY5A 1TL3A 1RG6A 1X3MA 2HSTA 1NGFA 4WFAL 1SL0A 2CH6A 4DEZA 1ZD4A 2EAOA 2P9IB 3NUQA 3BQTA 3AVJA 3OS1A 5CA7A 4QW9A 4B9UA 1IBLK 1F21A 2HCFA 4EP5A 2HHSA 4CRXA 5IINA 2KNJA 2NYVA 2BPFA 1EQYA 3KK3A 4FM0A 1UCVA 2KSOB 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3H40 A;  5IIK A;  4YVZ A;  4F93 B;  3TI0 A;  2HVH A;  2JEI A;  3T3F A;  5KFL A;  4UB1 A;  8ICC A;  3EWA A;  3PML A;  8ICZ A;  9ICI A;  4QZH A;  4I2I A;  3EPI A;  4KLE A;  9ICV A;  1ZQW A;  8ICL A;  4Z6E A;  4TQR A;  1XC9 A;  1S10 A;  4NY8 A;  4DSL A;  4YN4 A;  3SV4 A;  1SKW A;  3RH4 A;  4ECU A;  2UVR A;  1S0N A;  1KFS A;  2FMP A;  5KG1 A;  8ICK A;  1Y88 A;  2NRW A;  4BDP A;  3UXP A;  2VA2 A;  1KRP A;  5C5J A;  3KHH A;  3GIJ A;  4I2C A;  2ALZ A;  2HHU A;  4O3Q A;  4XQ8 A;  1NK9 A;  1XWL A;  3PMN A;  5KT3 A;  4UB4 A;  2R8K A;  4TUQ A;  2ASD A;  1DOQ A;  5CHG A;  4NLN A;  5DDM A;  4IRD A;  4RUA A;  5D4B A;  2A1J B;  5CP2 A;  4J9S A;  3H4D A;  4DOB A;  4PGY A;  4YMN A;  5KFO A;  4DF8 A;  1TVA A;  1NJX A;  8ICW A;  8ICV A;  1X9W A;  3MR3 A;  4KLU A;  3UQ0 A;  5KFB A;  2ATL A;  4I2D A;  1NKE A;  2XO7 A;  4DL3 A;  5IIO A;  2JZB B;  1ZQA A;  2MUT B;  1ZET A;  5KFV A;  5L1L A;  3E2E A;  4F5R A;  1ZQF A;  2FLL A;  2UVW A;  5KG2 A;  2BQR A;  2IHN A;  1ZQY A;  4O5C A;  1NOM A;  4F5Q A;  3OSP A;  4F2S A; 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 1KSP A;  4KLT A;  5KG0 A;  3PW5 A;  4QWE A;  4KMU A;  1RXW A;  4UB3 A;  3PV8 A;  3C65 A;  3MGH A;  2C22 A;  4C8M A;  3M8S A;  3RJK A;  3PX0 A;  4YMM A;  4DS5 A;  3BQ0 A;  3TAP A;  3H7I A;  2UVU A;  4I2B A;  3ZD8 A;  4Z6F A;  2DPI A;  7ICS A;  1BPY A;  4ED6 A;  4ELU A;  4UB2 A;  2J6T A;  4J9O A;  5J29 A;  3PR5 B;  2FPK A;  4DQS A;  5DGA A;  8ICQ A;  4C8L A;  4RNN A;  1L5U A;  3C5F A;  5HNK A;  4I2F A;  7ICJ A;  1ZQE A;  2C2E A;  4R65 A;  1K1S A;  3MFH A;  1ZQV A;  4NM2 A;  5KT5 A;  3PVX A;  3ISD A;  2I9G A;  1SZP A;  4F5N A;  3EW9 A;  3MGI A;  5J2A A;  1XO1 A;  2DPJ A;  1TAQ A;  5KFI A;  4ELV A;  3RH6 A;  4ECT A;  2BCV A;  4KLF A;  2AQ4 A;  1D8L A;  5KFR A;  3RTV A;  5KFA A;  1JXE A;  4BWM A;  4F50 A;  3K4G A;  7ICE A;  4QW8 A;  4RZR A;  1ZQU A;  9ICN A;  1B43 A;  4DF4 A;  5KFZ A;  3KHL A;  4Q45 A;  1SKR A;  2HHQ A;  4C8N A;  4RQ5 A;  4QZF A;  3SI8 A;  2BCS A;  2PI4 A;  2F1I A;  1KDH A;  1CUK A;  1KLN A;  4B9N A;  3RAQ A;  3Q8P B;  3RJE A;  1CEZ A;  1U9L A;  8ICF A;  7ICL A;  3H8W A;  2Y1J A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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